一、出口罗非鱼中沙门菌的分离鉴定(论文文献综述)
张山[1](2020)在《鲫鱼温和气单胞菌的分离鉴定与生物学特性分析》文中研究说明鲫鱼是我国目前养殖的主要淡水鱼之一,在我国绝大多数省、直辖市以及自治区都有一定养殖量,为辐鳍鱼纲(拉丁学名)、鲤形目、鲤科、鲫属的一种鱼类。随着科学技术的不断发展,现代鲫鱼养殖规模越来越大,集约化程度越来越高,养殖量相当巨大。养殖量比较大的几个地区是:江苏、江西、湖北,全国年均产量已经超过100万吨。随着养殖量的不断增加,鲫鱼受到不同种类疾病的困扰越来越多,大规模的病害现象越来越频繁。温和气单胞菌(Aeromonas sobria)属弧菌科、气单胞菌属,其在自然界中广泛存在,是一种常见的人—兽—鱼共患条件致病菌,可以导致人患各种疾病,也已明确是很多水产养殖动物的病原菌。2018年,安徽省淮南市某养殖场品种为中科3号的鲫鱼出现大量死亡现象,外观检查发现患病鱼体表有1个或者多个疥疮样病灶,疥疮处鳞片松动或脱落,并有渗血现象,疥疮内部肌肉已溶解并化脓。解剖发现腹腔内有大量液体,肝脏有充血现象。从病鱼的疥疮和肝脏取样,在固体培养基上分离纯化后得到四个优势菌株,分别命名为AHWH-1、AHWH-2、AHWH-3、AHWH-4。通过对纯化菌株进行革兰氏染色、氧化酶试验、菌落形态观察、生理生化鉴定,判定所纯化的菌株属于气单胞菌属细菌。接着对四个菌株的16S r RNA进行PCR扩增,对目的条带进行纯化回收后送测序。所得的测序结果在NCBI中进行同源性搜索,通过多重序列比对以及系统发育树分析,结果显示四个菌株均为温和气单胞菌,因此选择AHWH-1菌株进行后续试验。采用常规PCR的方法,对AHWH-1菌株进行十种气单胞菌主要毒力基因检测,结果显示:AHWH-1菌株含有气溶素(Aer)、细胞毒性肠毒素(Act)、酯酶(Lip)、鞭毛(Fla)、弹性蛋白酶(ahy B)、溶血素(hly A)、热不稳定性肠毒素(Alt)七种毒力基因,不含有热稳定性肠毒素(Ast)、核酶(Exu)和丝氨酸蛋白酶(Ser)。研究AHWH-1菌株在不同的温度和p H条件培养基中的生长情况。研究结果表明:AHWH-1菌株在所选的15~40℃范围内均能生长,生长最快的温度为30℃。在PH为4~10的范围内均能生长,小于4或大于10基本不生长,生长最适p H为7.0。通过药敏纸片法检测AHWH-1菌株对13种常见抗生素的体外敏感性,结果显示:AHWH-1菌株对庆大霉素、新霉素、四环素、恩诺沙星、诺氟沙星、复方新诺明、卡那霉素、氟苯尼考、丁胺卡那、氧氟沙星、多西环素、甲氧苄氨嘧啶敏感,对氨苄西林耐药。人工感染试验表明该菌的LD50为1.0×107CFU/ml。
胡文婷[2](2017)在《基于代谢组学的温度对罗非鱼链球菌病的影响和调控方法研究》文中提出罗非鱼是我国南方的重要淡水养殖鱼类。近年来,由无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,SA)导致的链球菌病具有高发病率和高死亡率,每年高温期均大面积爆发,对罗非鱼产业造成巨大影响,经济损失巨大,成为制约罗非鱼养殖业可持续健康发展的最主要因素。目前。对罗非鱼链球菌病仍缺乏安全高效的防控方法,迫切需要开展与其致病机制相关的研究,为寻找罗非鱼链球菌病的有效防治途径奠定基础。温度是影响罗非鱼链球菌病爆发的重要环境因子之一。为了解温度对宿主和病原菌生理状态的影响,本文选取从患病罗非鱼分离的无乳链球菌致病菌株PBSA05和PBSA52,考察了其在25℃、30℃和35℃的生长情况和部分毒力因子的变化,并检测了宿主尼罗罗非鱼在不同水温时的血清非特异性免疫指标。结果表明,在本研究的3个实验温度下,两株无乳链球菌菌株的生长速度与温度呈正相关,且35℃时的最高菌浓度比其他2个实验温度下略有增加;菌株的溶血能力也与温度呈正相关,35℃时的溶血能力均显着高于25℃;对惰性基质的非特异性粘附和对罗非鱼体表粘液的特异性粘附随温度升高而显着增强。菌株PBSA05在30℃培养时透明质酸酶活性最高,25℃培养时透明质酸酶的活性最低,菌株PBSA52的透明质酸酶活性受温度影响不明显。以罗非鱼全血孵育2株致病菌,高温培养菌的存活率显着增加。不同温度对罗非鱼血清非特异性免疫的影响研究结果表明,罗非鱼血清总抗氧化能力随温度增加而降低,35℃时总抗氧化能力显着低于25℃时;碱性磷酸酶活性随温度升高而下降,35℃时的酶活力显着低于25℃。血清溶菌酶活性在30℃时显着高于25℃和35℃,在35℃时活性最弱。罗非鱼血清超氧化物歧化酶和补体C3的活力在不同实验温度下无显着变化。以3×107 CFU/mL菌液对罗非鱼进行腹腔注射感染(0.1mL/尾),结果菌株PBSA05和PBSA52在25℃对罗非鱼的致死率分别为38.33%和16.67%,35℃时的致死率为分别为81.67%和71.67%。上述结果表明温度变化影响病原菌和宿主的生理状态,两者共同作用导致不同温度下罗非鱼链球菌病的发病率和危害程度明显不同。为了从代谢水平上阐明温度变化对病原体的影响,通过超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)技术结合模式识别方法和代谢途径分析,研究了致病性无乳链球菌PBSA05和PBSA52在25℃和35℃进入稳定期时的胞内代谢物组。从两株菌种共找到34种变化一致的代谢物作为无乳链球菌受温度影响的潜在生物标志物。无乳链球菌在不同温度下的代谢状态明显不同,温度变化对核酸代谢、糖代谢、氨基酸代谢和脂类代谢均有影响。35℃时大量核苷酸及其衍生物,能量物质、细胞壁的组分和与应激调节物质,如甘油醛-3-磷酸、焦谷氨酸、谷氨酸、D-丙氨酰-D-丙氨酸、甘油磷酸胆碱、脱磷酸乙酰辅酶A、氧化型谷胱甘肽的含量显着增加。而甘露糖、麦芽三糖、6-磷酸乙酰葡糖胺、尿嘧啶、脯氨酸和瓜氨酸等形成荚膜、抗原和毒力蛋白的前体物质在高温时含量降低。代谢的变化主要与无乳链球菌的能量代谢、碳源的选择性利用、核苷酸水平、蛋白质和细胞结构物质合成以及应激状态有关。高温下稳定期的无乳链球菌代谢活性降低,但对环境的适应性增强,对宿主粘附、定植、入侵和抵抗免疫清除的能力增强。本研究首次确定了无乳链球菌对温度变化的代谢响应,其结果有助于揭示其致病机制,并为寻找有效的罗非鱼链球菌病防控方法奠定了理论基础。采用基于气象色谱串联质谱(GC/MS)技术的代谢组学方法比较了罗非鱼在水温为25℃和35℃时的血清代谢谱,采用主成分分析(PCA)和偏最小二乘判别分析(PLS-DA)模型可以根据检测到的278个有效峰将不同温度的血清样本点分开。利用t检验(p<0.1)结合正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)分析(投影重要度,VIP>1.0),从识别出的87种代谢物中筛选到17种差异代谢物。35℃时罗非鱼血清中的肌醇、核糖、N-乙酰甘露糖胺、羟胺、乳酸、3,6-脱水半乳糖、氨基甲酰基天冬氨酸、甘油酸、a-酮戊二酸、戊二酸、3-羟基脯氨酸和3-羟基甲基戊二酸含量比25℃时上升,而木糖、鸟苷、油酸、棕榈油酸和N-乙酰半乳糖胺的含量比25℃时下降。代谢途径分析显示,罗非鱼的甘油脂代谢、磷酸肌醇代谢、戊糖和葡萄糖醛酸转换、三羧酸循环、丙氨酸天冬氨酸和谷氨酸代谢、嘌呤代谢受到温度变化的影响。高温环境使罗非鱼能量代谢受到扰动,氨基酸分解增强,蛋白质合成减慢,脂肪分解加速。通过灌胃和腹腔注射两种方式对罗非鱼外源性补充木糖,结果表明,通过腹腔注射补充木糖可以提高罗非鱼的血清总抗氧化能力和碱性磷酸酶活性,而通过灌胃补充木糖对上述两种血清非特异性免疫指标无显着影响。研究结果为提高罗非鱼对高温环境的适应性,预防高温期链球菌病的发生提供了参考。对25℃和35℃感染无乳链球菌的罗非鱼血清进行GC/MS代谢组学分析,比较不同温度下罗非鱼感染无乳链球菌后的血清代谢谱变化。结果表明,25℃组和35℃组感染无乳链球菌的罗非鱼与未感染罗非鱼的血清样本均可以通过OPLS-DA模型分开。血清中受到较大影响的代谢物是碳水化合物和脂类物质。35℃时罗非鱼对感染无乳链球菌的代谢响应比25℃时更强烈。以OPLS-DA结合变化倍数(VIP>1.0,Foldchange>1.2或<0.8)作为判断标准,从25℃和35℃组分别筛选到21种和27种潜在代谢标志物。罗非鱼感染无乳链球菌后,25℃组有6条代谢途径受到影响,35℃组有8条代谢途径受到影响,其中共同包含的代谢途径是花生四烯酸代谢、糖酵解或糖异生和磷酸戊糖途径。感染无乳链球菌使罗非鱼血清中6-磷酸葡萄糖的含量增加,2,6-二磷酸果糖和花生四烯酸含量降低,表明糖酵解受到抑制,花生四烯酸代谢相关的炎性反应增强,并且糖代谢受阻碍的程度与罗非鱼在不同温度下的发病程度相关。对人工感染无乳链球菌的罗非鱼通过腹腔注射外源性补充1,6-二磷酸果糖作为糖酵解促进剂,5mg/尾和1Omg/尾,每天1次,连续5天,分别使罗非鱼存活率从31.11%提高至42.22%和57.78%。利用功能代谢组学调整代谢网络对无乳链球菌引起的罗非鱼链球菌病进行调控,为进一步探讨罗非鱼链球菌病的发病机制和寻找有效防治方法奠定了基础。
黄婷[3](2017)在《喹诺酮类抗菌药物残留和耐药性及菌群的相关性研究》文中指出在畜牧养殖业上,抗菌药物主要用于预防治疗感染疾病,同时也作为饲料添加剂用于动物的促生长。中国每年约生产21万吨的抗菌药物,其中46.1%用于畜牧业生产。抗菌药物进入畜禽体内后并不能被机体完全吸收,其中30%-96%会以药物原形排出体外,致使粪便中有较高的药物残留,而后通过施肥等活动残留药物会进一步转移到环境中去;加之医院和工厂污水废水的不规范排放,环境中抗菌药物的污染情况日益严重。研究显示,环境中四环素类药物和磺胺类药物不仅会影响耐药细菌以及耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的发生发展,还会影响环境微生物群落的构成。然而,关于药物的残留量对环境和肠道细菌的耐药性和菌群组成是否有影响、如何影响等问题尚不明确。本文旨在对猪场中抗菌药物残留和耐药基因流行现状进行调研,并分析两者相关性;探究环境中残留量较高的抗菌药物对环境本身以及动物肠道内细菌耐药性和微生物群落的影响。应用液相色谱串联质谱法测定猪场猪粪中以及土壤中21种抗菌药物的残留浓度,并利用荧光定量PCR检测猪场猪粪以及土壤中质粒介导喹诺酮类药物耐药(Plasmidmediated quinolone resistance,PMQR)基因相对丰度,同时对喹诺酮类药物残留浓度与PMQR基因相对丰度进行相关性分析。结果显示,在猪场猪粪以及土壤中均检出抗菌药物残留,且均以金霉素、四环素、土霉素和替米考星残留量最高。猪场土壤中抗菌药物的检出率表现为喹诺酮类药物>四环素类药物>大环内酯类药物>磺胺类药物>截短侧耳素类药物,其中喹诺酮类药物中环丙沙星检出率最高,最高检出浓度为25.75μg/kg,最小检出浓度为2.18μg/kg,平均检出浓度为11.47μg/kg,检出率为100%。利用实时荧光定量PCR对猪粪以及土壤进行PMQR基因相对丰度检测,结果显示,猪粪中qnrS和aac(6’)-Ib-cr基因相对丰度较高,土壤中qnrS、oqxB以及aac(6’)-Ib-cr基因相对丰度较高。对猪粪和土壤中PMQR基因相对丰度和喹诺酮药物残留浓度进行归一化处理和相关性分析得到,qnrS和oqxB与恩诺沙星、依诺沙星、沙拉沙星、环丙沙星以及诺氟沙星呈显着正相关;aac(6’)-Ib-cr与依诺沙星和环丙沙星呈显着正相关性。实验表明,猪场猪粪和土壤中有较严重的抗菌药物残留以及PMQR基因污染,且检出的PMQR基因与喹诺酮类药物残留呈显着正相关性。由此,本实验继续研究了环丙沙星对土壤中细菌耐药性变化及微生物群落结构改变的影响。将不含药的空白土壤和猪粪混合均匀并分成四组,每组设置三个重复,分别添加治疗浓度(4 mg/kg)、土壤中高残留浓度(0.4 mg/kg)和土壤中低残留浓度(0.04mg/kg)的环丙沙星作为处理组,对照组中不添加任何抗菌药物。在第0,30和60天时采集粪土样品,利用高通量16S rRNA测序方法分析各组中土壤微生物群落构成变化,应用实时荧光定量PCR方法检测各组中PMQR基因相对丰度,再用标准微生物培养法检测耐药细菌比例的变化情况。结果显示,不同时期各个组中均有qnrS,oqxA和aac(6’)-lb-cr检出,在060天内PMQR基因均呈下降趋势。与治疗组和对照组相比,残留组中PMQR基因的相对丰度消除率要小且差异显着(p<0.05)。另外,在060天中,所有组环丙沙星耐药菌的比例均呈下降趋势,但在30天和60天时,残留组中耐药菌比例要显着高于治疗组和对照组(p<0.05)。对土壤微生物群落结构分析得到,不同浓度的环丙沙星对土壤中的微生物结构的影响不同:低残留浓度的环丙沙星对土壤中目水平的Xanthomonadales和Bacillales以及属水平的Agrobacterium、Bacillus Enterococcus和Burkholderia具有显着的选择性。本实验表明,土壤中低残留浓度的环丙沙星可以延缓耐药基因以及耐药细菌的消除,且有利于耐药细菌以及致病菌的筛选。基于以上结果,本实验后续研究了水体中不同浓度的环丙沙星对罗非鱼肠道细菌耐药性以及微生物群落结构的影响。首先将健康的罗非鱼随机等量分成四组,分别向水中添加治疗浓度(10 mg/L,A)、水体高残留浓度(1 mg/L,B)和水体低残留浓度(0.1 mg/L,C)的环丙沙星作为处理组,对照组无药物添加。分别在实验第0、7、14、21、28和35天采集罗非鱼肠道内容物,应用标准微生物培养法检测肠杆菌和气单胞菌以及相应耐药细菌的变化;同时提取肠道内容物DNA,应用实时荧光定量PCR检测PMQR基因相对丰度变化,再用16S rRNA微生物多样性测序法检测罗非鱼肠道微生物群落结构的变化;在第35天时分离并纯化气单胞菌进行药敏实验、PMQR、一类整合子、QRDR和毒力基因的检测。PMQR相对基因丰度结果显示,第35 d时,与对照组相比,所有处理组中检出的PMQR和Int I基因均呈上升趋势。气单胞菌和肠杆菌数量变化结果显示,在第0天时,处理组和对照组中气单胞菌、耐药气单胞菌、肠杆菌以及耐药肠杆菌数量大体一致,但第35天时,治疗和高残留组中气单胞菌和肠杆菌数量显着小于对照组(p<0.05),且与对照组相比,处理组中耐药气单胞菌和耐药肠杆菌均呈上升趋势。对气单胞菌进行药敏实验结果显示,所有组中气单胞菌均对萘啶酸呈高水平耐药,对照组中气单胞菌对环丙沙星和恩诺沙星敏感,治疗组中气单胞菌对环丙沙星和恩诺沙星呈高水平耐药而两个残留组则呈低水平耐药。对气单胞菌进行PMQR基因检测结果显示,治疗组中PMQR基因检出率最高,其次为高残留组。对气单胞菌进行QRDR突变检测结果显示,对照组中仅检出gyrA S83V单突变,而处理组中不仅检出gyrA S83I单突变,另外还检出gyrA S83I和parC S87I双突变。对气单胞菌进行毒力基因检测结果显示,治疗组中毒力基因检出率最高。对罗非鱼肠道微生物群落构成分析结果显示,与对照组相比,低残留组中微生物多样性没有显着变化,而治疗和高残留组则显着下降(p<0.05);鱼肠道微生物在门水平上主要是由Fusobacteria、Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria和Firmicutes组成,属水平上主要由Cetobacterium组成,Actinobacteria除了在低残留组和对照组中上升外,在治疗和低残留组中均下降。本实验表明,水中治疗浓度以及高残留浓度和低残留浓度的环丙沙星均对肠道细菌耐药性有促进作用,且治疗和高残留浓度的环丙沙星可以降低鱼肠道微生物多样性,降低核心菌群丰度;而低残留浓度的环丙沙星对微生物多样性影响不显着。综上所述,猪场猪粪和土壤中有较严重的抗菌药物残留以及PMQR基因污染,且检出的PMQR与喹诺酮类药物呈显着正相关性。土壤中低残留浓度的环丙沙星可以延缓耐药基因以及耐药细菌的消除,且有利于耐药细菌以及致病菌的筛选。水体中治疗浓度、高残留浓度和低残留浓度的环丙沙星均对肠道细菌耐药性有促进作用,且治疗浓度以及高残留浓度的环丙沙星可以降低鱼肠道微生物多样性,降低核心菌群丰度;而低残留浓度对微生物多样性影响不显着。
丁秀琼,聂芳红,孙良娟,雷晓凌,孙艳波[4](2017)在《2012年-2015年湛江市出口罗非鱼微生物污染状况调查》文中研究指明目的了解2012年-2015年湛江市出口罗非鱼中微生物污染状况,为该类产品监管提供参考依据。方法采用GB 4789系列微生物检验方法,检测待出口罗非鱼中菌落总数、大肠菌群、沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、副溶血性弧菌及霍乱弧菌,并对2012年-2015年微生物检验结果进行总结分析。结果共检验5 607份罗非鱼类产品,菌落总数污染量均<5×105cfu/g,不超标;大肠菌群超标率为2.70%;沙门菌、单核细胞增生李斯特菌、副溶血性弧菌和霍乱弧菌的检出率分别为0.20%、2.81%、0.80%和0.51%。结论湛江市出口罗非鱼类产品中存在不同程度的微生物污染,单核细胞增生李斯特菌的污染尤为严重,应该引起重视。
袁乾乾[5](2016)在《烧鸡中沙门氏菌的污染调查与风险评估研究》文中认为烧鸡是我国非常着名的一种传统酱卤肉制品,是中华民族美食文化孕育的代表美食,它以香味浓郁持久、色泽鲜艳诱人、肉质可口酥软的特点,深受国内外消费者的喜爱。沙门氏菌是鸡肉中最常见的食源性致病菌之一,烧鸡因其传统的加工工艺、流通、销售环境、烹饪食用方式等因素使其很容易污染沙门氏菌,它具有潜在的食源性风险。本研究对河南省不同地市流通环节中的冰鲜鸡肉制品与郑州市市售烧鸡制品中沙门氏菌的污染情况进行了市场调查。以河南省某大型烧鸡加工企业生产的新鲜烧鸡和市售鸡肉中分离的甲型副伤寒沙门氏菌株(SPA)为实验原材料,对波动温度条件下SPA在烧鸡肉制品中生长曲线拟合,采用数值分析与蒙特卡洛模拟法建立其生长动力学模型并对模型进行验证。对郑州市5个区985位居民进行烧鸡产品消费情况问卷调查,得到郑州市居民的膳食消费情况、流通消费环节贮藏温度与时间等数据资料,使用@Risk5.5软件进行蒙特卡洛模拟。同时结合沙门氏菌流行病学资料与人口资料构建了郑州市居民从零售—消费阶段烧鸡肉制品中沙门氏菌的风险评估模型,为提高烧鸡制品食用安全性和食源性致病菌的风险管理提供科学的理论依据。研究结果表明:(1)河南省市10个城市20家大型超市与20家农贸市场中抽检的200份冰鲜鸡胸肉与冰鲜鸡腿肉中沙门氏菌阳性检出率为10.50%(21/200);郑州市5个区抽检的108份烧鸡制品中沙门氏菌检出率为8.33%(9/108)。MPN法得到的郑州市市售烧鸡肉制品销售环节沙门氏菌初始污染水平为1.865±0.6513 Log MPN/g。冰鲜鸡肉与烧鸡中均存在不同程度的沙门氏菌污染,得到的污染率与污染水平可为后面进行的风险评估模型构建提供数据依据。(2)研究了不同动态波动贮藏温度(包括4℃、6℃、8℃、10℃、12℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃)以及恒温15℃、20℃条件下SPA在烧鸡中生长特性。在波动温度条件下,4℃、6℃、8℃、10℃、15℃、20℃、25℃温度下,当温度从较高温度下降至较低温度时SPA菌落数会明显下降,对波动温度降温过程不同温度差对下降速率进行方差分析,温度差为31℃、26℃、25℃与13℃、14℃、16℃以及12℃和4℃、8℃时它们之间的下降速率存在显着性差异;4℃、8℃温度差之间差异不显着,13℃、14℃、16℃温度差之间的差异不显着。15℃时,对恒温组与波动温度条件下相同菌落数范围内平均速率进行独立样本T检验,除了菌落数范围在89LogCFU/g以外,其他菌落数范围内,恒温组与波动温度组差异显着性检验值均小于0.05,具有显着性差异。在20℃时,除菌落数范围在45,67 Log CFU/g范围内,恒温组与动温度组差异显着性检验值大于0.05,差异不显着,其他菌落数范围内,恒温组与波动温度组差异显着性检验值均小于0.05,具有显着性差异。(2)通过对5组不同波动贮藏温度以及恒温15℃、20℃条件下SPA在烧鸡中生长曲线进行模拟拟合,采用数值分析法与蒙特卡洛模拟法建立波动温度条件下SPA在烧鸡中的生长动力学模型,并对模型进行验证。模型模拟拟合的统计指标MSE与RMSE值均较低,对第1、2、3三组波动温度条件下生长曲线拟合的标准偏差为0.30 Log CFU/g。动力学模型对第4、5组不同波动温度与15℃、20℃的预测标准偏差为0.53 Log CFU/g。同时,建立的动力学模型对2组动态波动温度与2组恒温实验中SPA的预测残差中有70.4%在-0.5 Log CFU/g与0.5 Log CFU/g范围内,模型的预测准确性较好。(3)使用@Risk5.5软件对烧鸡肉制品污染情况、消费者消费量、消费频率、食用方式、从销售门店到家庭的以及在家庭的贮藏时间与温度进行了模拟分布,结合流行病学资料与问卷调查资料构建了郑州市烧鸡肉制品中沙门氏菌从销售门店—居民消费食用阶段的风险评估模型,估计了郑州市居民每人每年因食用烧鸡产品而引起食源性疾病的概率为9.476×10-6(9476/1000000000)。
叶青华[6](2016)在《食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统和耐药性研究》文中研究表明致病微生物尤其是肠杆菌科某些菌如沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌等引起的食源性感染是食源性疾病发生的突出因素,为有效遏制这些感染性疾病的发生,对这些致病菌的快速鉴定成为迫切需要解决的问题。并且随着抗生素在临床与农业生产的广泛使用,肠杆菌科细菌耐药株迅速出现,多重耐药严重,己成为21世纪最大的公共卫生安全问题之一。本论文针对目前我国在商品化的数值鉴定系统空白及食源性致病菌耐药性监测方面缺乏系统性研究的问题,以肠杆菌科细菌为研究对象研制出具有自主知识产权的肠杆菌科数值鉴定系统;在此基础上,以本系统鉴定的肠杆菌科细菌种为受试菌株,从细菌学分析、抗生素敏感性实验以及超广谱β-内酰胺酶(extended spectrumβ-lactamase,ESBL)、质粒介导头孢素酶(plasmid-mediated cephalosporinase,AmpC)的分子生物学分类等方面进行研究,探讨我国食品与广州珠江水样中肠杆菌科细菌的耐药现状、ESBL与AmpC的流行情况及基因型分布。具体研究内容和结果如下:1、建立了肠杆菌科数值鉴定系统理论模型,与现行商品化的数值鉴定系统相比增加了各菌属与小肠结肠炎耶尔森菌6种生物型的数学模块,通过优化后筛选出不同于目前市面上进口的任何相似产品的24种生化反应组合,研制出生化鉴定条;结合我国肠杆菌科细菌主要生化型特征制定了适合我国肠杆菌科数值鉴定系统结果评价标准;利用C++6编写了数值鉴定分析软件Numide v1.0,实现在线分析功能。2、对建立的数值鉴定系统进行置信度的验证与应用,API 20E(梅里埃,法国)和MID-GNA+MID-GNB(Microgen,英国)对某些16S rRNA基因测序结果为肠杆菌科细菌株鉴定为非肠杆菌科细菌,而本系统与测序结果一致,表明本系统针对性较强;本系统对小肠结肠炎耶尔森菌、沙门氏菌、阪崎肠杆菌、无丙二酸盐柠檬酸菌、克氏柠檬酸菌等的鉴定效果比进口API 20E、MID-GNA或/和MID-GNB产品更优,具有广泛应用价值。3、我国食品中小肠结肠炎耶尔森菌的生物型/血清型以1A/O:8为主;没有出现典型的致病菌株,但携带有除inv、ail、ystA、yadA、virF 5种典型毒力基因外的其他9种毒力基因,并分离到了1株1A型ail阳性菌株,具有潜在的致病性;全部菌株均为多重耐药株,耐3种抗生素以上分离株为92.2%;ERIC聚类结果比较分散,无明显优势ERIC型别,ERIC型别与生物型、血清型、毒力基因型、药敏型、菌株来源、采样地点均不具有相关性,具有遗传多样性特征。4、广州食品与珠江水样中分离的282株肠杆菌科细菌,55.3%的分离株为多重耐药株,耐3种抗生素以上分离株为42.2%;经双纸片确认和三维试验初筛分别有25、27株分离株产ESBL与AmpC酶,其中1株同时产ESBL和AmpC酶,产酶菌株的耐药性高于非产酶菌株;经PCR扩增及序列分析,产质粒编码ESBL和Amp C酶基因型分别以CTX-M型和DHA-1亚型为主;Ⅰ类整合子基因检出率为100%,Ⅱ类整合子基因无检出;接合实验中产酶分离株的接合率为25.5%,供体菌相应的β-内酰胺酶基因与β-内酰胺类抗生素的耐药性传递给了受体菌,且部分接合子出现了对非β-内酰胺类抗生素的耐药,表明质粒编码ESBL编码和AmpC酶基因可通过接合转移方式使ESBL和AmpC酶基因水平传播、β-内酰胺类抗生素耐药性横向传递,以及部分非β-内酰胺类抗生素的耐药性可以与β-内酰胺类抗生素的耐药性随质粒发生共转移,从而导致多重耐药性的蔓延。5、全国食品中分离的1024株肠杆菌科细菌,产ESBL酶菌株的检出率为9.4%,ESBL阳性样本率为16.8%;产ESBL酶分离株除对碳青霉稀类(5.2%)与头孢西丁(6.3%)的耐药率相对较低外,对其他抗生素的耐药率均在47.9%以上,94.8%的分离株耐7种及7种以上的抗生素;产ESBL酶菌株β-内酰胺酶以CTX-M和TEM基因型为主,87.1%的菌株携带2种及2种以上β-内酰胺酶基因;Ⅰ类整合子基因检出率为97.2%,Ⅱ类整合子基因无检出;接合率为30.6%,供体菌相应的β-内酰胺酶基因与β-内酰胺类抗生素的耐药性传递给了受体菌,且部分接合子出现了对非β-内酰胺类抗生素的耐药,进一步表明细菌的耐药性与耐药基因可通过质粒接合转移方式而蔓延。本论文研制的肠杆菌科数值鉴定系统不仅打破了西方发达国家的技术壁垒,而且为促进其它种类细菌检验的类似鉴定系统的开发和应用,建立系列的简便快速的细菌数值鉴定方法方面提供技术支持。同时本论文研究的质粒型产ESBL与AmpC酶的流行规律、耐药基因型分布及耐药的分子机制,为正确掌握我国食源性细菌耐药的发展趋势、合理使用抗生素及控制耐药基因的蔓延提供理论依据。
陈明[7](2013)在《罗非鱼链球菌病分子流行病学研究及tHSP70在该病的免疫功能探索》文中研究说明链球菌病是目前对罗非鱼养殖危害最为严重的病害,呈全球流行,每年给世界罗非鱼养殖造成巨额经济损失,2009-2012年给中国罗非鱼养殖业造成的经济损失累计达16亿美元。近年该病在中国的流行发生了巨大变化,目前还未找到有效的预防控制措施。本论文对中国罗非鱼主要养殖省区广东、广西、海南、福建及云南近7年(2006-2012)链球菌病流行菌株分离鉴定、血清型与基因型分析、菌种更替原因及流行菌株免疫原性进行研究,旨在全面掌握该病病原在我国的流行变化情况;同时,论文通过重组酵母分泌表达获得罗非鱼热休克蛋白70(tHSP70),并在基因、细胞及机体水平探索了tHSP70在该病的免疫学功能。2006-2012年,研究从广西、广东、海南、福建和云南5省罗非鱼集中养殖区共分离到罗非鱼源链球菌临床菌株210株,建立了目前国内菌株来源最广、数量最多、数据最详的罗非鱼链球菌病原库;临床菌株鉴定表明我国罗非鱼链球菌病流行菌种已从过去(2008年前,91.30%)以海豚链球菌为主转变为现在(2009-2012,97.86%)以无乳链球菌为主;2009-2012年流行的无乳链球菌株存在Ia、Ib和Ⅲ型3种血清型,其中Ia(94.67%)为绝对优势血清型,各区域流行菌株血清型和PFGE基因型存在地域差异,并且随时间发生变化;罗非鱼无乳链球菌流行菌株免疫原性与其血清型和PFGE基因型均有关联,很难筛选获得1株疫苗候选菌株可以保护相同血清型内的所有基因型菌株;2008年初南方罕见持续低温天气和菌种致病力差异是我国罗非鱼流行菌种在2008年发生更替的直接原因。研究构建了罗非鱼HSP70蛋白高效、稳定的毕赤酵母分泌表达系统(KM71/pPIC9K/tHSP70),表达量达30mg/L。重组表达的tHSP70具有ATPase和结合蛋白多肽的生物学活性;tHSP70(100μg/mL)可显着增强罗非鱼腹腔巨噬细胞的贴壁和生长、NO释放及吞噬海豚链球菌菌体抗原能力;tHSP70(10μg/mL可极显着提高海豚链球菌菌体诱导罗非鱼淋巴细胞的增殖(P<0.01),并可减轻海豚链球菌胞外产物(ECP)对淋巴细胞增殖的抑制作用;基因表达分析显示,tHSP70可显着增强海豚链球菌体外诱导罗非鱼腹腔巨噬细胞IL-8、HSP70、 CXCR4和PGRN四个基因,以及罗非鱼外周血淋巴细胞ICER、PGK、 MMP9和MHCII四个基因的表达(P<0.01);研究采用微粒包裹技术制备的罗非鱼海豚链球菌tHSP70-肽微粒疫苗口服免疫罗非鱼,第10d和20d的免疫保护率分别为76.78%和69.09%,极显着高于其它口服免疫对照组(P<0.01)。本研究全面掌握了近7年我国罗非鱼链球菌病发病规律及其病原分布与变化特征,并阐明了2008年流行菌种更替原因,为该病科学防控和疫苗研发应用提供了直接依据;研究从基因、细胞和机体水平探索了tHSP70在罗非鱼链球菌病中的免疫学功能,初步证实tHSP70且有很好的免疫佐剂功能,为今后利用HSP70开发新型口服鱼类疫苗奠定了基础。
沈兰[8](2011)在《入侵物种红耳龟沙门氏菌携带率及对环境影响的研究》文中认为红耳龟(Trachemys scripta elegans)又名巴西龟,原产于美国中部密西西比河,该物种已在欧洲、非洲、澳洲、亚洲和美国原产地以外的美洲等世界范围内成功入侵。国际自然资源保护联盟(IUCN)已将红耳龟列为世界最危险的100个入侵物种之一,该物种生命力顽强,极易饲养,又由于色彩艳丽,价格低廉,极易销售,自二十世纪八十年代经香港引入我国内陆,目前该种的贸易遍及我国所有省区,我国大部分地区已发现有红耳龟的野生种群。为了解红耳龟传播沙门氏菌对我国本土龟的威胁和和生态系统的影响,迫切需对红耳龟在我国的入侵现状进行调查。本文对红耳龟及其生境中的沙门氏菌携带状况进行了调查研究,为制定防治红耳龟生物入侵相关法律法规提供科学依据。在自然水域(万泉河、南渡江)、半人工水域(海口市东湖、海口市金牛湖)和人工环境(市场、养殖场、饭店)中采集红耳龟样本,泄殖腔取样后经细菌培养、形态学观察、生理生化检测、血清型鉴定等对沙门氏菌进行检测。结果显示红耳龟沙门氏菌携带率分别是:南渡江51.70%(n=29),万泉河49.10%(n=55),海口市东湖55.60%(n=9),海口市金牛湖(n=9)11.10%,市场81.80%(n=11),养殖场62.50%(n=8),饭店100.00%(n=8),总沙门氏菌携带率为54.26%。红耳龟沙门氏菌血清型鉴定结果为:南渡江样本中有两株查理沙门氏菌(S.chailey),一株纽波特沙门氏菌(S.newport),一株利奇菲尔得沙门氏菌(S.litchfield),一株茨昂威沙门氏菌(S.tshiongwe);万泉河样本中有一株斯坦利沙门氏菌(S.stanley),一株山夫登堡沙门氏菌(S.senftenberg),其他地点未检测出常规分型沙门氏菌。红耳龟沙门氏菌高携带率和多种致病性血清型的检出,说明红耳龟可通过传播沙门氏菌直接危害水生生态系统。在南渡江、万泉河、海口市东湖、金牛湖自由生活的红耳龟生境中取样,取样包括中华条颈龟(Mauremys sinensis)、乌龟(Mauremys reevesii)、虎纹蛙(Hoplobatrachus chinenisis)、鱼类、虾类、螺类、及水样。经细菌培养、PCRinvA基因的检测、生化鉴定、血清分型,结果显示红耳龟生境中不同取样类别沙门氏菌携带率分别为:中华条颈龟35.71%(n=14),乌龟7.14%(n=17),虎纹蛙25.00%(n=12),鱼类15.69%(n=5),虾类15.00%(n=20),贝类17.24%(n=29),水样25.00%(n=25)。血清型鉴定结果:甲型副伤寒沙门氏菌(S.partyphi),生物沙门氏菌的检出,说明本地物生物也可以传播沙门氏菌,危害人类健康;水样中沙门氏菌的检出,说明红耳龟可能将沙门氏菌传播至生态系统,威胁本地生物和人类的健康。
李昱妲[9](2010)在《杀菌液全蛋中沙门氏菌预测模型的建立》文中研究表明沙门氏菌是一种较为常见的导致人类食物中毒的致病菌,自然界中存在广泛。在各类食物中,蛋制品中沙门氏菌检出率最高。我国是蛋品生产大国,在世界蛋制品生产中占有一定比例,沙门氏菌的污染严重影响了我国蛋制品的质量和优势地位。本文对沙门氏菌的生长特性进行了研究,建立了其在杀菌液全蛋中生长的一、二级模型,旨在快速、准确地预测沙门氏菌数量变化,及时采取一定的预防措施,规避风险、消除危害。本实验从市售的鸡蛋中分离出17个可疑菌落,经分离鉴定,其中2株为沙门氏菌,且血清型均为O。从中国科学院微生物研究所购买的菌种编号为1.1552的沙门氏菌,它与分离出的沙门氏菌在杀菌液全蛋中的生长情况并无显着性差异,确定其为预测模型的研究对象。分别对沙门氏菌在营养肉汤培养基和杀菌液全蛋中的生长特性进行研究,确定其在两种营养基质中的最适生长温度、pH值及NaCl浓度。选择Gompertz、Richards和Logistic三个模型拟合沙门氏菌在4℃、7℃、12℃、20℃、25℃、30℃、37℃条件下的生长数据。除4℃不能拟合S型曲线外,其余温度均能与S型曲线较好的拟合。经过相关系数和标准差的对比及模型参数表达意义和模型复杂性的比较,最终决定用Modified Gompertz模型(修正的Gompertz模型)拟合不同温度下沙门氏菌在杀菌液全蛋中的生长数据,建立一级模型。相关系数都在0.99以上,拟合度相当高。根据一级模型得到不同温度下有实际意义的参数值,应用Belehradek的平方根模型分别建立生长速率平方根与温度、延滞期倒数平方根与温度之间关系的二级模型。两个模型的相关系数在0.98以上。可以通过平方根模型对各温度下的生长速率和延滞期进行预测,了解不同温度下沙门氏菌的生长情况。对比4℃、12℃和25℃条件下沙门氏菌在杀菌液全蛋和液全蛋中的生长数据,进行显着性分析,P都大于0.05,说明沙门氏菌在两种基质中的生长情况并无显着性差异,沙门氏菌在巴氏杀菌杀菌液全蛋中的生长预测模型同样可应用于液全蛋中。在模型的应用中,根据一级模型和具体的二级模型建立了沙门氏菌在杀菌液全蛋中生长的动力学模型,只要确定初始菌数,就可以计算出任何时间和温度下的沙门氏菌菌数。将沙门氏菌中毒的最低反应剂量105cfu/ml代入生长动力学模型,整理后,得到关于时间t的方程,即货架期预测模型。本研究对模型进行验证,结果表明模型对沙门氏菌在杀菌液全蛋中生长速率和延滞期的预测是可信的,对货架期的预测也是合理可靠的,从而扩大了预测模型的应用范围。
吴燕燕,李来好,李凤霞,杨贤庆[10](2010)在《春夏季养殖罗非鱼体内食源性致病菌分析》文中研究指明[目的]为罗非鱼食源性致病菌的预警和防治提供理论基础。[方法]以2008年2~7月广东省不同区域罗非鱼养殖场为调查对象,定期采样分析罗非鱼体内及养殖环境中食源性致病菌的分布情况。[结果]春季罗非鱼养殖环境中共鉴定出8种致病菌,鱼体内共鉴定出6种致病菌;夏季罗非鱼养殖环境中共鉴定出13种致病菌,鱼体内共鉴定出12种致病菌;致病性嗜水气单胞菌、致泻大肠埃希菌、霍乱弧菌是养殖罗非鱼体内的主要食源性致病菌;夏季食源性致病菌的种类与数量多于春季。[结论]罗非鱼食源性致病菌的分布与养殖区域、水温及溶氧量等具有密切关系。
二、出口罗非鱼中沙门菌的分离鉴定(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、出口罗非鱼中沙门菌的分离鉴定(论文提纲范文)
(1)鲫鱼温和气单胞菌的分离鉴定与生物学特性分析(论文提纲范文)
致谢 |
摘要 |
ABSTRACT |
文献综述 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料与仪器设备 |
2.1.1 病鱼的来源 |
2.1.2 试剂材料 |
2.1.3 培养基和溶液的配制 |
2.1.4 仪器设备 |
2.2 细菌的分离与纯化 |
2.3 菌株的保种 |
2.4 革兰氏染色观察与生理生化鉴定 |
2.4.1 菌液的制备 |
2.4.2 革兰氏染色观察 |
2.4.3 氧化酶试验 |
2.4.4 细菌生理生化鉴定试验 |
2.5 细菌总DNA的提取和16S rRNA基因的扩增及测序 |
2.5.1 细菌总DNA的提取和PCR扩增 |
2.5.2 琼脂糖凝胶电泳 |
2.5.3 对目的条带切胶回收 |
2.6 系统发育进化树的构建 |
2.7 毒力基因检测 |
2.8 pH值对细菌的生长影响 |
2.9 温度对细菌的生长影响 |
2.10 药敏试验 |
2.11 人工回归感染试验 |
3 结果与分析 |
3.1 患病鲫鱼的临床症状 |
3.2 病原菌的分离纯化 |
3.3 菌落形态 |
3.4 革兰氏染色结果 |
3.5 生理生化鉴定结果 |
3.6 PCR凝胶电泳图 |
3.7 AHWH-1 16S rRNA测序结果 |
3.8 系统进化树的构建 |
3.9 毒力基因检测结果 |
3.10 pH对 AHWH-1 菌株生长的影响 |
3.11 温度对AHWH-1菌株生长的影响 |
3.12 AHWH-1菌株的药物敏感性 |
3.13 人工回归感染试验 |
4 讨论 |
5 结论 |
参考文献 |
作者简介 |
(2)基于代谢组学的温度对罗非鱼链球菌病的影响和调控方法研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1 罗非鱼及罗非鱼链球菌病研究进展 |
1.1 罗非鱼产业发展情况 |
1.2 罗非鱼链球菌病的病原及危害 |
1.3 对鱼源无乳链球菌致病机制的研究 |
1.4 罗非鱼的先天性免疫机制及其在对抗病原菌中的作用 |
1.5 罗非鱼链球菌病的常用防控方法 |
1.6 温度对罗非鱼链球菌病的影响及机制研究 |
2 代谢组学简介 |
2.1 代谢组学的概念 |
2.2 代谢组学的常用研究方法及特点 |
2.3 非靶向代谢组学与靶向代谢组学 |
2.4 发现代谢组学和功能代谢组学 |
3 代谢组学在水产养殖中的应用和展望 |
3.1 代谢组学在水产动物研究中的应用 |
3.2 代谢组学用于致病微生物研究 |
3.3 代谢组学在中草药作用机制研究中的应用 |
3.4 代谢组学在机体与肠道微生物相互作用研究中的应用 |
3.5 基于功能代谢组学的代谢网络调控 |
4 本研究的目的及意义 |
第二章 温度对罗非鱼源无乳链球菌毒力及罗非鱼非特异性免疫指标的影响 |
1 材料与仪器 |
1.1 实验菌株 |
1.2 实验用罗非鱼 |
1.3 主要试剂和药品 |
1.4 主要仪器和设备 |
2 试验方法 |
2.1 温度对无乳链球菌生长和毒力的影响 |
2.2 温度对罗非鱼非特异性免疫能力的影响 |
2.3 温度对感染无乳链球菌罗非鱼死亡率的影响 |
2.4 数据处理 |
3 结果 |
3.1 培养温度对无乳链球菌生长和毒力的影响 |
3.2 环境温度对罗非鱼非特异性免疫力的影响 |
3.3 温度对感染无乳链球菌罗非鱼死亡率的影响 |
4 讨论 |
第三章 温度变化对罗非鱼源无乳链球菌影响的代谢组学分析 |
1 材料与仪器 |
1.1 菌株 |
1.2 实验材料 |
1.3 实验仪器设备 |
1.4 数据分析软件 |
2 方法 |
2.1 样品的准备 |
2.2 色谱条件 |
2.3 质谱条件 |
2.4 数据分析和潜在生物标志物鉴 |
2.5 代谢物鉴定 |
2.6 代谢途径的识别和重建 |
3 结果 |
3.1 不同温度下无乳链球菌胞内代谢的差异 |
3.2 代谢物的鉴定 |
3.3 重要差异代谢物的筛选 |
3.4 受影响的代谢途径及其相互关联 |
4 讨论 |
第四章 水温对罗非鱼血清代谢组的影响 |
1 材料与仪器 |
1.1 主要实验材料 |
1.2 主要试剂和药品 |
1.3 主要仪器和设备 |
2 方法 |
2.1 试验用鱼和无乳链球菌的准备 |
2.2 代谢组学分析 |
2.3 外源性加入木糖对罗非鱼部分非特异性免疫指标的影响 |
3 结果与分析 |
3.1 不同温度下罗非鱼血清的代谢特征 |
3.2 不同温度下罗非鱼血清的代谢差异物 |
3.3 罗非鱼血清代谢物的鉴定和温度变化的代谢标志物筛选 |
3.4 外源性补充木糖对罗非鱼血清碱性磷酸酶和总抗氧化能力的影响 |
4 讨论 |
第五章 尼罗罗非鱼在不同温度对无乳链球菌感染的代谢响应研究 |
1 材料与仪器 |
1.1 主要实验材料 |
1.2 主要试剂和药品 |
1.3 主要仪器和设备 |
2 方法 |
2.1 试验用鱼和无乳链球菌的准备 |
2.2 代谢组学分析 |
2.3 外源性1,6-二磷酸果糖对罗非鱼感染链球菌病的保护作用 |
3 结果与分析 |
3.1 不同温度组罗非鱼的血清代谢谱 |
3.2 罗非鱼血清代谢物的鉴定 |
3.3 感染无乳链球菌后罗非鱼血清代谢谱的变化 |
3.4 感染无乳链球菌后罗非鱼血清中的潜在生物标志物 |
3.5 感染无乳链球菌罗非鱼受影响的代谢途径 |
3.6 代谢调节物质的筛选 |
3.7 1,6-二磷酸果糖对罗非鱼感染无乳链球菌的保护作用 |
4 讨论 |
全文总结 |
主要创新点 |
参考文献 |
附录Ⅰ |
附录Ⅱ |
博士期间主要成果 |
致谢 |
(3)喹诺酮类抗菌药物残留和耐药性及菌群的相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第一章 前言 |
1.1 研究背景 |
1.1.1 抗菌药物残留现状 |
1.1.1.1 粪便中抗菌药物残留现状 |
1.1.1.2 土壤中抗菌药物残留现状 |
1.1.1.3 水体中抗菌药物残留现状 |
1.1.2 抗菌药物残留在环境中变化 |
1.1.3 环境中耐药基因 |
1.1.4 抗菌药物残留对耐药基因的影响 |
1.1.5 喹诺酮耐药机制 |
1.1.5.1 拓扑异构酶以及DNA解旋酶突变 |
1.1.5.2 细胞膜通透性以及外排泵突变 |
1.1.5.3 质粒介导的喹诺酮耐药 |
1.1.6 抗菌药物对微生物多样性的影响 |
1.2 研究目的以及意义 |
1.3 技术路线 |
第二章 广东省猪场抗菌药物残留检测 |
2.1 引言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 材料 |
2.2.1.1 药品与试剂 |
2.2.1.2 仪器与设备 |
2.2.1.3 溶液配制 |
2.2.2 方法 |
2.2.2.1 样品采集 |
2.2.2.2 样品前处理 |
2.2.2.3 LS-MS/MS测定 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 猪粪中抗菌药物残留 |
2.3.2 土壤中抗菌药物残留 |
2.4 讨论 |
2.4.1 猪粪中抗菌药物残留 |
2.4.2 土壤中抗菌药物残留 |
2.5 小结 |
第三章 广东省猪场中喹诺酮耐药基因丰度检测以及与喹诺酮抗菌药物残留的关系 |
3.1 引言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 材料 |
3.2.1.1 仪器与设备 |
3.2.2 方法 |
3.2.2.1 粪便DNA提取 |
3.2.2.2 土壤DNA提取 |
3.2.2.3 实时荧光定量PCR |
3.2.2.4 数据处理 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 喹诺酮耐药基因丰度 |
3.3.2 喹诺酮耐药基因与抗菌药物残留相关性分析 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
第四章 环丙沙星对粪土中的耐药基因和微生物的影响 |
4.1 引言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 材料 |
4.2.1.1 药品与试剂 |
4.2.1.2 仪器与设备 |
4.2.1.3 实验土壤和粪便 |
4.2.2 方法 |
4.2.2.1 粪土环境建立 |
4.2.2.2 抗菌药物浓度检测 |
4.2.2.3 菌落计数 |
4.2.2.4 DNA提取 |
4.2.2.5 实时荧光定量PCR |
4.2.2.6 数据处理 |
4.2.2.7 16S rRNA微生物多样性测序 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 环丙沙星浓度 |
4.3.2 耐药基因丰度变化 |
4.3.3 耐药菌丰度变化 |
4.3.4 微生物多样性变化 |
4.3.4.1 样品测序数据结果统计 |
4.3.4.2 菌群组成 |
4.4 讨论 |
4.4.1 土壤中抗菌药物残留 |
4.4.2 环丙沙星对耐喹诺酮细菌的影响 |
4.4.3 环丙沙星对喹诺酮耐药基因的影响 |
4.4.4 环丙沙星对土壤微生物的影响 |
4.5 小结 |
第五章 环丙沙星对罗非鱼肠道耐药性和微生物结构的影响 |
5.1 引言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 材料 |
5.2.2 方法 |
5.2.2.1 试验方法 |
5.2.2.2 菌落计数 |
5.2.2.3 鱼肠道内容物DNA提取 |
5.2.2.4 荧光定量PCR |
5.2.2.5 鱼肠道 16S rRNA微生物多样性测序 |
5.2.2.6 气单胞菌分离鉴定与保存 |
5.2.2.7 药敏实验 |
5.2.2.8 基因检测 |
5.2.2.9 体内攻毒 |
5.3 结果 |
5.3.1 耐药基因丰度 |
5.3.2 耐药菌的变化 |
5.3.3 气单胞菌耐药性分析 |
5.3.3.1 气单胞菌药敏实验 |
5.3.3.2 气单胞菌中PMQR基因检测 |
5.3.3.3 气单胞菌QRDR检测 |
5.3.4 气单胞菌毒力分析 |
5.3.4.1 毒力基因检测 |
5.3.4.2 毒性检测 |
5.3.4.3 致死率检测 |
5.3.5 肠道微生物结构分析 |
5.3.5.1 数据质控 |
5.3.5.2 多样性指数分析 |
5.3.5.3 微生物群落构成 |
5.4 讨论 |
5.4.1 水体中抗菌药物浓度 |
5.4.2 环丙沙星对耐药性影响 |
5.4.3 鱼肠道微生物 |
5.5 小结 |
第六章 全文讨论与结论 |
6.1 全文讨论与结论 |
6.2 本研究创新点 |
致谢 |
参考文献 |
附录A:发表文章及参加相关学术会议 |
发表文章 |
参加的相关学术会议 |
附录B:攻读博士期间所获奖项 |
(4)2012年-2015年湛江市出口罗非鱼微生物污染状况调查(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 样品 |
1.2 试剂 |
1.3 方法 |
2 结果 |
2.1 出口罗非鱼菌落总数的污染状况分析 |
2.1.1 出口罗非鱼菌落总数污染情况 |
2.1.2 出口罗非鱼不同产品类型菌落总数污染情况 |
2.2 出口罗非鱼大肠菌群的污染情况 |
2.3 出口罗非鱼致病菌污染状况分析 |
2.3.1 致病菌检出情况 |
2.3.2 不同类型罗非鱼产品中致病菌检出情况 |
3 讨论 |
(5)烧鸡中沙门氏菌的污染调查与风险评估研究(论文提纲范文)
致谢 |
摘要 |
第一章 文献综述 |
1.1 冰鲜鸡肉类产品概况及质量安全问题 |
1.1.1 冰鲜鸡肉的概况 |
1.1.2 冰鲜鸡肉类产品现状与质量安全问题 |
1.2 烧鸡类产品的概况与质量安全问题 |
1.2.1 烧鸡类产品概况 |
1.2.2 烧鸡产品的质量安全问题 |
1.3 沙门氏菌的介绍 |
1.3.1 沙门氏菌生物学特性 |
1.3.2 沙门氏菌在肉制品中污染情况 |
1.4 预测微生物学 |
1.4.1 预测微生物学概念 |
1.4.2 预测微生物学的模型类型 |
1.4.3 预测微生物学国内外研究现状 |
1.5 食品微生物风险评估 |
1.5.1 食品中病原微生物风险评估概述 |
1.5.2 风险评估的步骤 |
1.5.3 食品微生物风险评估常用软件工具 |
1.5.4 国内外不同食品中沙门氏菌风险评估的研究进展 |
1.6 课题研究的内容和意义 |
第二章 河南省冰鲜鸡肉与烧鸡中沙门氏菌污染情况调查 |
2.1 前言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 样品的来源与种类 |
2.2.2 主要实验仪器与设备 |
2.2.3 沙门氏菌定性检验方法 |
2.2.4 郑州市烧鸡中沙门氏菌的初始污染水平检测 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 冰鲜鸡肉中沙门氏菌生化鉴定结果 |
2.3.2 河南省鸡肉产品中沙门氏菌污染情况 |
2.4 讨论与结论 |
2.4.1 讨论 |
2.4.2 结论 |
第三章 烧鸡中甲型副伤寒沙门氏菌在波动温度条件下生长特性的研究 |
3.1 前言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 材料 |
3.2.2 主要实验仪器设备 |
3.2.3 实验方法 |
3.2.4 预测模型的建立方法 |
3.2.5 数据分析优化 |
3.2.6 蒙特卡洛模拟与模型的验证 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 动态波动条件下甲型副伤寒沙门氏菌的生长变化情况 |
3.3.2 波动温度条件下SPA生长特性的比较 |
3.3.3 菌落数相同时波动温度与恒温条件的平均速率差异性分析 |
3.3.4 不同波动温度条件下烧鸡中SPA菌落数的生长变化与曲线拟合 |
3.3.5 不同波动温度与恒温条件下SPA菌落数的生长的模型验证 |
3.3.6 波动温度下SPA在烧鸡中的生长动力学模型的参数及统计指标 |
3.4 讨论与结论 |
3.4.1 讨论 |
3.4.2 结论 |
第四章 烧鸡产品流通环节环境变化因素与消费者消费情况市场调查 |
4.1 前言 |
4.2 调查方法 |
4.3 数据分析 |
4.4 结果与分析 |
4.4.1 问卷调查样本人群构成 |
4.4.2 郑州市居民消费烧鸡肉制品情况调查 |
4.4.3 郑州市居民购买烧鸡肉制品后即食的人数 |
4.4.4 烧鸡产品从销售门店到消费者家庭的贮藏时间 |
4.4.5 烧鸡产品在消费者家庭的冷藏贮藏时间分布 |
4.5 讨论与结论 |
4.5.1 讨论 |
4.5.2 结论 |
第五章 烧鸡中沙门氏菌的风险评估研究 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 风险评估模型结构 |
5.2.2 风险评估中暴露评估环节的数据信息与资料 |
5.2.3 危害特征描述 |
5.2.4 风险特征描述的方法 |
5.2.5 风险评估的研究方法与软件工具 |
5.3 结果与分析 |
5.3.1 危害识别 |
5.3.2 危害特征描述 |
5.3.3 暴露评估 |
5.3.4 风险特征描述 |
5.4 讨论与结论 |
5.4.1 讨论 |
5.4.2 结论 |
全文结论 |
参考文献 |
ABSTRACT |
(6)食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统和耐药性研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 绪论 |
1.1 肠杆菌科细菌的生物学特性 |
1.2 肠杆菌科的检测方法进展 |
1.3 数值鉴定系统 |
1.3.1 细菌数值鉴定法的建立 |
1.3.2 细菌数值鉴定法中的可信度 |
1.3.3 细菌数值鉴定中生化试验的选择与编码 |
1.3.4 细菌数值鉴定系统的应用及存在问题 |
1.4 肠杆菌科细菌的耐药性 |
1.4.1 肠杆菌科细菌的耐药性 |
1.4.2 超广谱 β-内酰胺酶(ESBL) |
1.4.3 质粒介导AmpC酶 |
1.4.4 整合子与质粒介导的耐药性传播 |
1.5 本课题的主要内容与意义 |
第二章 食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统理论分析及软件设计 |
2.1 实验材料 |
2.2 实验方法 |
2.3 结果 |
2.3.1 数值鉴定系统的理论建模 |
2.3.2 数值鉴定系统软件的编制 |
2.3.3 数值鉴定系统生化反应鉴定条 |
2.4 讨论 |
2.5 本章小结 |
第三章 食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统的应用 |
3.1 实验材料 |
3.1.1 菌株来源 |
3.1.2 实验仪器 |
3.1.3 主要试剂 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 广州食品与珠江水样肠杆菌科细菌的分离 |
3.2.2 标准菌株与实际样品分离株的验证 |
3.2.3 肠杆菌科细菌PCR鉴定 |
3.2.4 肠杆菌科细菌 16S rRNA基因测序 |
3.3 结果 |
3.3.1 标准菌株的验证 |
3.3.2 实际样本分离株的验证 |
3.3.3 广州食品与珠江水样肠杆菌科细菌的分离鉴定 |
3.4 讨论 |
3.5 本章小结 |
第四章 食源性小肠结肠炎耶尔森菌的耐药性及遗传多样性研究 |
4.1 实验材料 |
4.1.1 菌株来源 |
4.1.2 实验仪器 |
4.1.3 主要试剂 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 生物型与血清型的检测 |
4.2.2 毒力基因的检测 |
4.2.3 耐药表型的检测 |
4.2.4 耐药基因的PCR检测 |
4.2.5 ERIC分型 |
4.2.6 遗传多样性分析 |
4.3 结果 |
4.3.1 生物型与血清型的检测 |
4.3.2 毒力基因的检测 |
4.3.3 耐药性分析 |
4.3.4 耐药基因的检测 |
4.3.5 ERIC分型 |
4.4 讨论 |
4.5 本章小结 |
第五章 广州食品与珠江水中肠杆菌科细菌的耐药性研究 |
5.1 实验材料 |
5.1.1 菌株来源 |
5.1.2 实验仪器 |
5.1.3 主要试剂 |
5.2 实验方法 |
5.2.1 抗生素敏感性实验 |
5.2.2 超广谱 β-内酰胺酶(ESBL)表型初筛与确证 |
5.2.3 AmpC表型初筛与确证 |
5.2.4 β-内酰胺酶基因的检测 |
5.2.5 整合子的检测 |
5.2.6 质粒接合实验与接合子检测 |
5.3 结果 |
5.3.1 耐药性分析 |
5.3.2 ESBL与AmpC的分离率及其分布 |
5.3.3 ESBL与AmpC阳性菌株耐药性分析 |
5.3.4 β-内酰胺酶基因的检测与序列分析 |
5.3.5 整合子基因的检测 |
5.3.6 质粒接合实验与接合子的检测 |
5.4 讨论 |
5.5 本章小结 |
第六章 产ESBL酶的肠杆菌科细菌全国食品分离株的耐药性研究 |
6.1 实验材料 |
6.1.1 菌株来源 |
6.1.2 实验仪器 |
6.1.3 主要试剂 |
6.2 实验方法 |
6.2.1 ESBL表型的初筛 |
6.2.2 ESBL分离株耐药表型的检测 |
6.2.3 β-内酰胺酶基因的检测 |
6.2.4 整合子基因的检测 |
6.2.5 质粒接合实验与接合子检测 |
6.3 结果 |
6.3.1 ESBL阳性的分离率及其分布 |
6.3.2 ESBL肠杆菌科的耐药性分析 |
6.3.3 β-内酰胺酶基因的检测 |
6.3.4 整合子基因的检测 |
6.3.5 ESBL阳性菌的质粒接合实验与接合子检测 |
6.4 讨论 |
6.5 本章小结 |
结论与展望 |
参考文献 |
附录 |
攻读博士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
附表 |
(7)罗非鱼链球菌病分子流行病学研究及tHSP70在该病的免疫功能探索(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
目录 |
缩写表 Abbreviations |
前言 |
第一章 文献综述 |
第一节 罗非鱼源链球菌分子研究进展 |
1. 罗非鱼源链球菌分子诊断研究概况 |
2. 罗非鱼源链球菌分子流行病学研究进展 |
3. 罗非鱼源链球菌功能基因研究概况 |
4. 小结与展望 |
第二节 热休克蛋白70的免疫学功能及其在疫苗开发中的应用 |
1. 热休克蛋白(HSP70)的发现 |
2. 热休克蛋白70基因特点 |
3. HSP70生物学功能 |
4. HSP70的免疫学功能 |
5. HSP70在疫苗开发中的应用 |
6. 小结与展望 |
第二章 我国罗非鱼链球菌病分子流行病学研究 |
第一节 罗非鱼链球菌病流行菌株分离与PCR鉴定 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第二节 罗非鱼无乳链球菌病流行菌株分子血清型鉴定 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第三节 罗非鱼链球菌病流行菌株PFGE基因型分析 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第四节 罗非鱼链球菌病流行菌株免疫原性分析 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第五节 中国罗非鱼链球菌病流行菌种更替原因探索 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第三章 HSP70在罗非鱼链球菌病免疫功能的探索 |
第一节 罗非鱼HSP70酵母表达与活性鉴定 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第二节 tHSP70对罗非鱼腹腔巨噬细胞生长与免疫功能影响研究 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第三节 tHSP70对罗非鱼外周血淋巴细胞生长与免疫功能影响 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第四节 罗非鱼海豚链球菌tHSP70-肽微粒疫苗制备及免疫试验 |
1. 材料与方法 |
2. 结果 |
3. 讨论 |
4. 小结 |
第四章 全文总结 |
(一) 创新点与发现 |
(二) 意义 |
(三) 后续研究建议 |
参考文献 |
附录 |
表1 2007~2012年广西罗非鱼源无乳链球菌流行菌株信息表 |
表2 2010~2012年广东罗非鱼源无乳链球菌流行菌株信息表 |
表3 2009~2012年海南罗非鱼源无乳链球菌流行菌株信息表 |
表4 2010年福建罗非鱼源无乳链球菌流行菌株信息表 |
表5 2012年云南罗非鱼源无乳链球菌流行菌株信息表 |
攻读博士学位期间主持参与研究课题及获得的科技成果 |
攻读博士学位期间完成的研究论文 |
攻读博士学位期间获得授权和申请的国家发明专利 |
致谢 |
(8)入侵物种红耳龟沙门氏菌携带率及对环境影响的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1. 沙门氏菌概述 |
1.1 沙门氏菌病原学 |
1.2 龟类相关沙门氏菌病 |
2. 沙门氏菌的检测方法 |
2.1 常规检验技术 |
2.2 分子生物学技术 |
第二章 入侵物种红耳龟沙门氏菌携带率的检测 |
1 材料 |
1.1 主要采样点概况 |
1.2 样本采集 |
1.3 培养基及试剂 |
1.4 主要仪器 |
1.5 实验标准菌株 |
2 方法 |
2.1 沙门氏菌检测程序 |
2.2 沙门氏菌的培养 |
2.3 细菌形态学观察 |
2.4 生化鉴定 |
2.5 血清学鉴定 |
3 结果与分析 |
3.1 细菌培养 |
3.2 形态学观察结果 |
3.3 生化鉴定结果与分析 |
3.4 血清学鉴定结果 |
4、讨论 |
第三章 红耳龟生境中沙门氏菌的检测 |
1 材料 |
1.1 样本采集 |
1.2 取样 |
1.3 试剂 |
1.4 主要仪器 |
1.5 标准菌株 |
1.6 引物 |
2 方法 |
2.1 细菌培养法 |
2.2 PCR 检测 |
3 结果与分析 |
3.1 PCR 结果 |
3.2 红耳龟生境中沙门氏菌的检测结果 |
4 讨论 |
参考文献 |
附录 |
学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(9)杀菌液全蛋中沙门氏菌预测模型的建立(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
1 前言 |
1.1 液蛋概念、工艺及应用 |
1.1.1 液蛋概念 |
1.1.2 液蛋工艺 |
1.1.3 液蛋应用 |
1.1.4 国内外主要液蛋生产厂家 |
1.2 预测微生物学的发展 |
1.2.1 预测微生物学的概念 |
1.2.2 预测微生物学常用方法 |
1.2.3 预测微生物学研究进展 |
1.2.4 预测微生物学的应用 |
1.3 本课题研究的目的和意义 |
1.4 本课题研究的主要内容 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 菌种及原料 |
2.1.2 主要试剂 |
2.1.3 主要的设备和仪器 |
2.1.4 培养基的配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 沙门氏菌的分离鉴定 |
2.2.2 研究菌种的确定 |
2.2.3 沙门氏菌在营养肉汤培养基中生长特性的研究 |
2.2.4 沙门氏菌在杀菌液全蛋中生长特性的研究 |
2.2.5 杀菌液全蛋中沙门氏菌预测模型的建立 |
2.2.6 模型在液全蛋中适用性的研究 |
2.2.7 预测模型的应用 |
2.2.8 模型的验证 |
2.2.9 数据分析 |
3 结果与分析 |
3.1 沙门氏菌的分离鉴定 |
3.2 确定研究菌种 |
3.3 沙门氏菌在营养肉汤培养基中的生长特性 |
3.3.1 温度对沙门氏菌生长的影响 |
3.3.2 pH 值对沙门氏菌生长的影响 |
3.3.3 NaCl 浓度对沙门氏菌生长的影响 |
3.4 沙门氏菌在杀菌液全蛋中的生长特性 |
3.4.1 温度对沙门氏菌生长的影响 |
3.4.2 pH 值对沙门氏菌生长的影响 |
3.4.3 NaCl 浓度对沙门氏菌生长的影响 |
3.5 模型的建立 |
3.5.1 一级模型的拟合 |
3.5.2 Modified Gompertz 模型的建立 |
3.5.3 二级模型的建立 |
3.6 模型在液全蛋中的适用性 |
3.7 模型的应用 |
3.7.1 生长动力学模型的建立 |
3.7.2 货架期(S)的预测 |
3.8 模型的验证 |
4 讨论 |
4.1 沙门氏菌在营养肉汤和杀菌液全蛋中生长特性的差异 |
4.1.1 温度的差异 |
4.1.2 pH 的差异 |
4.1.3 NaCl 浓度的差异 |
4.2 杀菌液全蛋中影响沙门氏菌最重要生长因素和S 型曲线适用范围 |
5 结论 |
致谢 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
(10)春夏季养殖罗非鱼体内食源性致病菌分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 样品来源。 |
1.1.2 试剂。 |
1.1.3 设备。 |
1.2 方法 |
1.2.1 取样。 |
1.2.2 检测方法。 |
1.3 数据统计 |
2 结果与分析 |
2.1 春季罗非鱼养殖环境中食源性致病菌分析 |
2.2 春季罗非鱼体内食源性致病菌分析 |
2.3 夏季罗非鱼养殖环境中食源性致病菌分析 |
2.4 夏季罗非鱼体内食源性致病菌分析 |
2.5 罗非鱼体内食源性致病菌的种类与地域、水温、溶氧量的关系 |
3 讨论 |
3.1 春夏季养殖罗非鱼体内食源性致病菌的种类及特点 |
3.2 食源性致病菌的分布规律 |
四、出口罗非鱼中沙门菌的分离鉴定(论文参考文献)
- [1]鲫鱼温和气单胞菌的分离鉴定与生物学特性分析[D]. 张山. 安徽农业大学, 2020(04)
- [2]基于代谢组学的温度对罗非鱼链球菌病的影响和调控方法研究[D]. 胡文婷. 海南大学, 2017(12)
- [3]喹诺酮类抗菌药物残留和耐药性及菌群的相关性研究[D]. 黄婷. 华南农业大学, 2017(08)
- [4]2012年-2015年湛江市出口罗非鱼微生物污染状况调查[J]. 丁秀琼,聂芳红,孙良娟,雷晓凌,孙艳波. 中国卫生检验杂志, 2017(05)
- [5]烧鸡中沙门氏菌的污染调查与风险评估研究[D]. 袁乾乾. 河南农业大学, 2016(04)
- [6]食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统和耐药性研究[D]. 叶青华. 华南理工大学, 2016(06)
- [7]罗非鱼链球菌病分子流行病学研究及tHSP70在该病的免疫功能探索[D]. 陈明. 广西大学, 2013(01)
- [8]入侵物种红耳龟沙门氏菌携带率及对环境影响的研究[D]. 沈兰. 海南师范大学, 2011(11)
- [9]杀菌液全蛋中沙门氏菌预测模型的建立[D]. 李昱妲. 东北农业大学, 2010(05)
- [10]春夏季养殖罗非鱼体内食源性致病菌分析[J]. 吴燕燕,李来好,李凤霞,杨贤庆. 安徽农业科学, 2010(04)