导读:本文包含了甲状腺结合前清蛋白论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:甲状腺结合前清蛋白,分子动力学模拟,分子对接,定量构效关系
甲状腺结合前清蛋白论文文献综述
赵丽君,雷鸣[1]（2014）在《甲状腺结合前清蛋白的理论研究》一文中研究指出甲状腺结合前清蛋白TTR是一种具有重要生理功能的蛋白质,它是约30种与淀粉样疾病相关的非同源蛋白中的一种。与TTR相关的淀粉样疾病主要有:家族淀粉化心肌疾病,家族淀粉化神经系统疾病,老年系统性淀粉样病变,以及中枢神经系统选择性淀粉化疾病等。这些疾病是由TTR四聚体解聚过程中错误折迭形成cross-β-sheet结构形态的淀粉样纤维所导致。本文介绍了TTR的生理功能及结构特征,并综述了到目前为止用分子动力学模拟、分子对接和定量构效关系等方法在研究TTR淀粉样机理及TTR和小分子相互作用过程中的计算化学研究成果,为基于TTR结构的TTR淀粉样抑制剂药物分子的设计和筛选提供有力参考。(本文来源于《化学进展》期刊2014年01期）
赵丽君[2]（2013）在《镇痛药设计及甲状腺结合前清蛋白抑制剂的研究》一文中研究指出疼痛作为一种正常的防御反应，能够保护机体正常的生命活动，但是，过度的疼痛也会引发多种并发症，甚至导致患者死亡。常用的阿片类镇痛药在长期服用后会产生成瘾性，并伴随有一定的副作用，因此，对于具有较小副作用的非阿片类镇痛药的研究具有非常重要的意义。随着对于镇痛机理的不断深入理解，针对不同靶点的新型镇痛药也不断发展起来。在高速发展的计算机时代，通过计算机辅助药物分子设计的方法快速效地发现具有潜在活性的先导化合物越来越受到研究者们的重视。在本课题中我们采用多种计算方法对文献中报道的活性化合物进行了研究，利用SYBYLx1.3软件包对29个芳烷基哌嗪类衍生物建立了药效团模型和3D-QSAR模型，并将其应用到药物筛选当中，所筛选的数据库为含有超过300万个小分子的ZINC Drug-like数据库，经过筛选以及活性预测得到了22个具有潜在镇痛活性的化合物，可进行进一步的实验研究。甲状腺结合前清蛋白（transthyretin，TTR）是一种具有四聚体结构的运输蛋白，其错误折迭能够聚集形成淀粉样纤维，进而引发相关的淀粉样疾病，如帕金森症等。小分子与TTR中央孔道的结合口袋结合能够稳定TTR四聚体的结构，抑制淀粉样纤维的生成。因此寻找和设计选择性强，结构新颖的TTR小分子抑制剂对于淀粉样疾病的治疗具有重要的意义。在本研究中，我们分别对78个包含ABZ和linker-Y两个系列的小分子分别建立了CoMFA和CoMSIA的叁维的定量构效关系模型。另外，我们还对部分小分子进行了分子对接研究，着重讨论了小分子与TTR在正向与反向结合中的选择性问题，以及小分子与TTR结合口袋中与各主要残基的相互作用特点。研究所得到的结论对于设计和筛选新的TTR抑制剂具有重要的指导意义。(本文来源于《北京化工大学》期刊2013-04-23）
王后芳,雷鸣[3]（2008）在《小分子抑制剂与甲状腺结合前清蛋白对接,分子动力学模拟及结合自由能计算研究》一文中研究指出本文采用分子对接与动力学模拟来研究抑制剂分子与甲状腺结合前清蛋白(TTR)的结合模式,并通过MMPBSA/MMGBSA的方法计算体系的结合自由能。抑制剂分子包括二氯苯胺乙酸类化合物(本文来源于《中国化学会第26届学术年会化学信息学与化学计量学分会场论文集》期刊2008-07-01）
王后芳[4]（2008）在《甲状腺结合前清蛋白与小分子结合的分子对接及动力学模拟研究》一文中研究指出甲状腺结合前清蛋白(TTR)为血浆运输蛋白的一种,主要运输甲状腺素和维生素A结合蛋白。甲状腺素及其同系物可以在TTR中心空腔内结合。在一些非自然条件下,TTR能够形成淀粉化纤维,淀粉化纤维造成新陈代新紊乱,最终导致组织淀粉化类疾病。已有实验表明一系列小分子能够和TTR四聚体有效结合。这个结合增强了TTR四聚体的稳定性,而阻止了其分解,在体外有效地阻止了淀粉化物的形成。本文采用分子对接与分子动力学模拟来研究抑制剂分子与TTR的结合模式,并通过MM/PBSA和MM/GBSA的方法计算体系的结合自由能,对于寻找高活性的抑制剂有重要的意义。主要工作如下:1、本文采用动力学模拟研究了flufenamic acid(FLU)and N-phenylphenoxazine(BPD)与TTR的结合模式。对TTR与FLU、BPD复合物的晶体结构进行动力学模拟。TTR与FLU,BPD的动力学模拟结果解释了负性结合和独立结合的机理。FLU在第一个结合位点结合后,引起第二个结合位点的扩张导致FLU分子在第二个结合位点结合能力的削弱。但是BPD在第一个结合位点结合后,第二个结合位点变化不明显,BPD分子可以在第二个结合位点紧密结合。2、采用MM/PBSA方法计算了TTR与FLU,BPD的结合自由能。其计算结果能较好的与实验值匹配,从能量的角度解释了FLU和BPD与TTR结合的不同结合模式。采用MM-GBSA方法得到了对TTR与配体结合自由能较大的贡献的残基,为设计高活性的小分子抑制剂提供了能量方面信息。3、利用DOCK程序对TTR与几个系列抑制剂分子进行对接,预测TTR与不同抑制剂结合的复合物结构。将对接所得到的TTR与抑制剂的复合结构进行MD模拟。同样利用MM/PBSA和MM/GBSA的方法计算抑制剂分子与TTR的结合自由能。结果说明抑制剂与TTR结合采取多种结合模式,并且能够有效地抑制TTR四聚体的分解,这与实验结果相一致。(本文来源于《北京化工大学》期刊2008-06-02）
王后芳,唐艳辉,雷鸣[5]（2007）在《与小分子抑制剂结合的甲状腺结合前清蛋白的分子动力学模拟》一文中研究指出(本文来源于《第九届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集》期刊2007-08-01）
甲状腺结合前清蛋白论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
疼痛作为一种正常的防御反应，能够保护机体正常的生命活动，但是，过度的疼痛也会引发多种并发症，甚至导致患者死亡。常用的阿片类镇痛药在长期服用后会产生成瘾性，并伴随有一定的副作用，因此，对于具有较小副作用的非阿片类镇痛药的研究具有非常重要的意义。随着对于镇痛机理的不断深入理解，针对不同靶点的新型镇痛药也不断发展起来。在高速发展的计算机时代，通过计算机辅助药物分子设计的方法快速效地发现具有潜在活性的先导化合物越来越受到研究者们的重视。在本课题中我们采用多种计算方法对文献中报道的活性化合物进行了研究，利用SYBYLx1.3软件包对29个芳烷基哌嗪类衍生物建立了药效团模型和3D-QSAR模型，并将其应用到药物筛选当中，所筛选的数据库为含有超过300万个小分子的ZINC Drug-like数据库，经过筛选以及活性预测得到了22个具有潜在镇痛活性的化合物，可进行进一步的实验研究。甲状腺结合前清蛋白（transthyretin，TTR）是一种具有四聚体结构的运输蛋白，其错误折迭能够聚集形成淀粉样纤维，进而引发相关的淀粉样疾病，如帕金森症等。小分子与TTR中央孔道的结合口袋结合能够稳定TTR四聚体的结构，抑制淀粉样纤维的生成。因此寻找和设计选择性强，结构新颖的TTR小分子抑制剂对于淀粉样疾病的治疗具有重要的意义。在本研究中，我们分别对78个包含ABZ和linker-Y两个系列的小分子分别建立了CoMFA和CoMSIA的叁维的定量构效关系模型。另外，我们还对部分小分子进行了分子对接研究，着重讨论了小分子与TTR在正向与反向结合中的选择性问题，以及小分子与TTR结合口袋中与各主要残基的相互作用特点。研究所得到的结论对于设计和筛选新的TTR抑制剂具有重要的指导意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
甲状腺结合前清蛋白论文参考文献
[1].赵丽君,雷鸣.甲状腺结合前清蛋白的理论研究[J].化学进展.2014
[2].赵丽君.镇痛药设计及甲状腺结合前清蛋白抑制剂的研究[D].北京化工大学.2013
[3].王后芳,雷鸣.小分子抑制剂与甲状腺结合前清蛋白对接,分子动力学模拟及结合自由能计算研究[C].中国化学会第26届学术年会化学信息学与化学计量学分会场论文集.2008
[4].王后芳.甲状腺结合前清蛋白与小分子结合的分子对接及动力学模拟研究[D].北京化工大学.2008
[5].王后芳,唐艳辉,雷鸣.与小分子抑制剂结合的甲状腺结合前清蛋白的分子动力学模拟[C].第九届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集.2007