导读:本文包含了功能基因多样性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:温泉,土壤,放线菌,多样性
功能基因多样性论文文献综述
郑洁,庹利,李伟,保玉心[1]（2019）在《山西太子滩温泉土壤放线菌多样性及功能基因筛选的研究》一文中研究指出收集太子滩温泉周围的4份土壤样品,用6种分离培养基对土壤中的细菌进行分离,再通过分析16S r RNA基因序列对分离菌株进行初步分类鉴定。采用PCR技术和琼脂糖凝胶电泳检测放线菌是否具有抗生素生物合成基因NRPS、PKS I、PKS II。从4个土壤样品中共分离出104株放线菌,主要分布于放线菌域的3目5科12属,包括链霉菌属(Streptomyces)、微杆菌属(Microbacterium)、壤霉菌属(Agromyces)等;菌株M6W4-7-2与发表菌株Streptomyces ruber NRRC 14600T的16S r RNA基因序列相似性为98.58%,可能为链霉菌科链霉菌属的潜在新种。太子滩温泉附近土壤有着丰厚的放线菌资源,且放线菌的抗生素合成基因的阳性率较高,具备从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。(本文来源于《中国酿造》期刊2019年09期）
张哲,杨章武,葛辉,杜秀萍,卓吓晃[2]（2019）在《凡纳滨对虾育苗水体中叁种生物絮团的菌群多样性及Tax4Fun基因功能预测分析》一文中研究指出为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)育苗期水体中3种生物絮团的形成过程、水质净化效果、菌群结构及功能,实验通过测定各组絮团含量和水质指标并采用Illumina MiSeq高通量测序技术,比较葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组生物絮团的不同特征。结果显示,各组形成的生物絮团可有效调节水质,降低水体中的氨氮和亚硝酸盐氮水平。在3个碳源添加组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显着低于对照组(P<0.05),在不同碳源组中淀粉组的氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮的浓度显着高于葡萄糖组和蔗糖组(P<0.05);淀粉组的生物絮团沉降体积(BFV)显着低于葡萄糖组(P<0.05),蔗糖组BFV最高, 3组粒径大小呈现:蔗糖组>葡萄糖组>淀粉组; 3组样品分别测得553、515和542个OTU,菌群丰度指数Chao1、Shannon值葡萄糖组>蔗糖组>淀粉组。各组菌群在门水平中,以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)为各组优势菌门, 3个菌门在各组中占比分别达到91.7%、97.6%和88.7%。在属级水平中,葡萄糖组中Oceanicella属为优势菌属,占比最高为18.4%,淀粉组中丰度较高的Muricauda、Cyclobacterium属,占比分别为9.8%和5.9%,均高于葡萄糖组和蔗糖组。在蔗糖组中Rhodopirellula属具有较高占比,较葡萄糖组和淀粉组分别高1.8%和4.1%。通过Tax4Fun法在3组中检测到细胞新陈代谢、遗传信息加工和环境信息处理等基因功能。这些功能基因在葡萄糖组中的丰度均高于蔗糖组和淀粉组。各项结果表明,凡纳滨对虾育苗水体中生物絮团不仅可以净化水质,还能提高水体菌群多样性,其中以葡萄糖作为碳源效果最好,生物絮团技术对于维持水质与水体生态系统平衡具有重要意义。(本文来源于《水生生物学报》期刊2019年04期）
陈静怡,刘瑞华,王丽丽,李静,李刚[3]（2019）在《磷高效转基因水稻连续种植对土壤微生物功能多样性的影响》一文中研究指出为评价磷高效转基因水稻对土壤微生物功能多样性的影响,以磷高效转基因水稻OsPT4为研究对象,设施磷和不施磷两种处理,基于Biolog生态平板法,分析比较了4个生育时期的OsPT4及其亲本‘日本晴’对土壤微生物功能多样性的影响。结果显示:OsPT4和‘日本晴’的土壤微生物群落平均吸光值AWCD均随培养时间的延长而增加,但不同生育时期AWCD最大值和生长趋势有所不同。土壤微生物多样性指数分析结果显示,OsPT4和‘日本晴’的Shannon多样性指数和Simpson优势度指数在全生育时期均表现为施磷处理高于不施磷处理;OsPT4的Shannon指数在分蘖期和拔节期差异显着,抽穗扬花期和成熟期则差异不显着,Simpson指数则表现为前3个生育时期差异不显着,而在成熟期出现显着差异;Os PT4和‘日本晴’的Mc Intosh均匀度指数均在分蘖期最大,且远高于其他3个生育时期;OsPT4的Mc Intosh指数在全生育时期均无显着差异。不同类型碳源利用显示,OsPT4和‘日本晴’均以糖类、羧酸类和氨基酸类为主要碳源。主成分分析显示,‘日本晴’呈聚集分布,OsPT4呈分散分布,表明二者在土壤微生物群落碳源的代谢利用上存在差异。综上所述,OsPT4与非转基因水稻相比,不同施磷条件和不同生育时期对土壤微生物群落活性、多样性指数、优势度指数和碳源主成分分布有所影响。(本文来源于《天津农学院学报》期刊2019年02期）
郑洁,庹利,李伟,保玉心[4]（2019）在《江苏盐城沿海滩涂湿地放线菌多样性及功能基因的筛选》一文中研究指出目的研究江苏盐城沿海滩涂湿地中可培养放线菌的多样性,并比较不同分离培养基对该批样品放线菌的分离效果以及进行NRPS、PKS I、PKS Ⅱ功能基因筛选。方法使用6种分离培养基,对采集的4份土壤样品中的放线菌进行选择性分离。通过16S rRNA基因序列分析所分离得到的放线菌多样性。运用PCR技术检测菌株合成相关基因的情况。结果菌株去重复后,分离得到放线菌共134株,主要分布于放线菌域的4个目7个科12个属中,除优势菌链霉菌属(Streptomyces)外,还分离到微杆菌属(Microbacterium)、节杆菌属(Arthrobacter)、Paenarthrobacter等稀有放线菌属;菌株BY5-10与最近有效发表菌株Agromyces binzhouensis Oact353~(T )(GenBank登录号:KC493987)的16S rRNA基因序列相似率为98.35%,可能为放线菌科壤霉菌属的潜在新种;菌株EY6-7与最近有效发表菌株Mycetocola manganoxydans MB1-14~T(GenBank登录号:GU217690)的16S rRNA基因序列相似率为99.14%,可能为诺卡氏菌科Mycetocola的潜在新种;53株菌存在至少1种所探测的生物合成基因簇,阳性率为87.3%。结论江苏盐城沿海滩涂湿地中有着多样性丰富的放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。(本文来源于《遵义医学院学报》期刊2019年03期）
王义勋[5]（2019）在《油茶炭疽病病原学、病菌遗传多样性及CaCUT1基因功能分析》一文中研究指出炭疽病是我国油茶产区油茶上重要病害之一,严重影响了油茶产业健康发展。目前,关于油茶炭疽病的系统性研究报道较少。本文研究了我国油茶主产区油茶炭疽病的病原,根据形态学和多基因序列分析进行病原菌种级鉴定,比较了不同种间炭疽病菌的致病力、药剂敏感性等生物学特性差异;以优势种山茶炭疽菌为材料,采用ISSR分子标记技术研究了山茶炭疽菌的遗传多样性;采用ATMT介导转化进行了角质酶CaCUT1基因的敲除和互补,研究了该基因在致病过程中的作用。主要研究结果如下:(1)从湖北、安徽、湖南、浙江、福建、江西、广西和广东8个省(自治区)20个油茶园发病的油茶果实和叶片上分离获得232个菌株。在致病性测定的基础上,根据菌落形态、生长速率、分生孢子和附着胞形态等特征的差异,从232个菌株中鉴定出山茶炭疽菌(C.camelliae)、果生炭疽菌(C.fructicola)、暹罗炭疽菌(C.siamense)、隐秘炭疽菌(C.aenigma)和胶孢炭疽菌(C.gloeosporioides)5种病原菌。采用ITS、ACT、TUB2、CAL、CHS1和GAPDH基因序列联合分析进行分子鉴定,232个菌株被聚类成5个组,即C.camelliae聚类组、C.fructicola聚类组、C.siamense聚类组、C.aenigma聚类组和C.gloeosporioides聚类组,进一步佐证了形态学鉴定结果。232个炭疽菌中,山茶炭疽菌有170个菌株,占73.3%,属于优势种群,在湖北、湖南、浙江、安徽、广东、江西、福建和广西等8省(自治区)油茶上广泛分布;该病菌以危害果实为主。果生炭疽菌有54株,占总菌株数的23.3%,在湖北、湖南、浙江、安徽、广东、江西和广西等7省(自治区)广泛分布,属于叶片上炭疽菌优势种群,以危害叶片为主。暹罗炭疽菌、隐秘炭疽菌和胶孢炭疽菌的菌株数出现频率较低。此外,还发现在同一田块或同一棵油茶树叶片和果实的炭疽病可以由相同种或不同种的炭疽菌引起。5个种的38个代表性菌株的致病力测定结果表明,炭疽菌种间致病力差异显着,其中,山茶炭疽菌对油茶叶片和果实的致病力最强。不同种的炭疽菌对杀菌剂敏感性也存在显着差异,对咪鲜胺表现最为敏感,而对多菌灵表现出不同程度的抗性。通过β-tubulin基因分析,山茶炭疽菌高抗菌株和抗性菌株的基因密码子第198位由GAG变为GCG,相应氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala);中等抗性菌株的基因密码子第200位由TTC变为TAC,相应氨基酸由苯丙氨酸(Phe)变为酪氨酸(Tyr)。(2)应用ISSR-PCR分子标记技术对山茶炭疽菌的遗传多样性的分析结果表明,在物种水平上,7个省16个地理种群的山茶炭疽菌的多态性条带的百分比(PPB)为98.99%,Nei?s基因多样性指数(H)为0.28,Shannon信息指数(I)为0.43,山茶炭疽菌具有丰富的遗传多样性,表明山茶炭疽菌在长期进化过程中积累了较高的遗传变异。遗传变异和种群结构分析结果表明,山茶炭疽菌在湖北省、浙江省、江西省、湖南省和广西壮族自治区的地理种群内存在不同程度的遗传分化,5个省之间的种群间多样性高于种群内多样性;在同一个省内,湖北地理种群间多样性高于种群内多样性,而浙江、江西、湖南和广西的地理种群内多样性高于种群间多样性。从菌株的群体和个体聚类分析结果表明,菌株群体之间和个体之间都存在一定的遗传变异,且菌株的遗传多样性与其地理来源无明显相关性。(3)用特异性引物cutF和cutR扩增山茶炭疽菌基因组DNA获得角质酶基因CaCUT1,该基因开放阅读框序列长度为727bp,含有52bp内含子,与其它子囊菌门真菌的角质酶基因具有较高的相似性;CaCUT1基因蛋白分子量为23.4 kDa;等电位点(pI)为6.58;蛋白序列的结构域为从44个氨基酸到223个氨基酸。CaCUT1基因含有角质酶基因所含有的-GYSQG-保守序列模块,并且存在一个肽信号,剪切位点位于第16个氨基酸与第17个氨基酸之间;含有α-螺旋和β-折迭片,且β-折迭片被α-螺旋包围。利用农杆菌介导转化(ATMT)基因同源重组技术,获得山茶炭疽菌CaCUT1基因敲除转化子和互补转化子,敲除转化子的角质酶活性和致病力都有显着降低;而互补转化子的产酶活性和致病性与野生型菌株无显着差异,表明角质酶基因CaCUT1在致病中起着重要作用。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01）
文安宁[6]（2019）在《OsNCED基因在水稻耐低温中的功能及遗传多样性研究》一文中研究指出低温冷害是影响我国南方稻区水稻生产的主要灾害之一。脱落酸(ABA)是植物响应低温逆境的重要植物激素,而水稻OsNCED蛋白是控制ABA合成的关键性限速酶。目前为止对OsNCED家族中各基因在水稻耐低温中的作用仍了解甚少。本研究对不同水稻品种在不同发育期进行低温处理,分析不同水稻品种的耐低温能力与OsNCED家族中各基因的关系,以期促进对水稻耐低温机制的认识和耐低温水稻的育种。结果如下:1.不同水稻品种耐低温能力的比较破胸后水稻种子经3d低温(4℃)处理对发芽没有明显伤害;经7d低温处理,不耐低温水稻品种发芽率急剧下降,其中720-196发芽率仅28.5%,耐低温水稻品种发芽率在80%以上,日本晴发芽率高达95.0%;在叁叶期低温(4℃)处理7d,不耐低温水稻品种9311等幼苗全部凋亡,耐低温水稻品种日本晴等在常温下可恢复生长,成活率最高达100%;在孕穗期气温由30℃突降至22.5℃,不耐低温水稻品种花粉可育率下降明显,气温降至16℃时,所有水稻品种花粉可育率均大幅下降;初冬自然低温下(6℃),耐低温水稻品种日本晴、抗126梗、17抗迟7-3、恒59S生长良好;不耐低温水稻品种730S、抗90、9311植株死亡。2.耐低温能力不同的水稻品种OsNCED基因表达差异的比较萌发期低温处理3d,不同水稻品种种子中OsNCED1、OsNCED2、OsNCED3、OsNCED5基因均响应了低温胁迫且表达上调;在7d低温处理后,耐低温水稻品种OsNCED5基因的表达量明显高于不耐低温水稻品种;叁叶期低温处理7d,耐低温水稻品种OsNCED5基因的表达量高于不耐低温水稻品种;孕穗期经历低温,耐低温水稻品种OsNCED3、OsNCED5基因的表达量高于不耐低温水稻品种;在初冬自然低温条件下,耐低温水稻品种OsNCED1、OsNCED5基因的表达量高于不耐低温水稻品种中的表达量。3.耐低温能力不同的水稻品种OsNCED基因序列比较分析不同水稻品种OsNCED1、OsNCED2、OsNCED3基因编码区序列存在明显差异,耐低温水稻品种中差异碱基基本一致,不耐低温水稻品种中差异碱基一致,并且差异碱基导致所编码的蛋白序列出现差异。OsNCED4、OsNCED5基因编码区序列的差异无规律。OsNCED基因启动子序列分析结果表明,耐低温水稻品种日本晴以及叁个野生稻品种具有的功能碱基序列一致,不耐低温水稻品种9311、720-9、720-196缺少了多个功能碱基序列,如光响应元件、厌氧诱导元件等。上述研究结果表明OsNCED基因与水稻耐低温能力密切相关,其中OsNCED5基因可能在水稻耐低温中发挥重要作用。(本文来源于《湖南师范大学》期刊2019-05-01）
靳晓拓,周彦妤,夏杨荣畅,陈丽君,李涛[7]（2019）在《多效唑对芒果园土壤细菌多样性的影响及PICRUSt基因功能预测分析》一文中研究指出为了探究多效唑对芒果园土壤微生物多样性和群落结构的影响,本研究以海南乐东某芒果园为研究对象,设置施用和不施用多效唑的土壤分别为处理组和对照组,通过Illumina Miseq测序平台对芒果园土壤进行16S rRNA高通量测序分析。2组样品通过高通量测序共得到3586个OTUs(operational taxonomic units),可注释到38个门、89个纲、195个目、378个科、673个属、1353个种。Alpha多样性分析表明,施用多效唑后,土壤细菌丰富度指数显着高于同时期未施用多效唑的土壤;但施药后土壤的细菌多样性显着降低。主成分分析表明,施用多效唑对土壤细菌的群落结构产生影响。与对照组相比,施用多效唑的土壤中变形菌门和浮霉菌门等含量显着增高,而放线菌门和厚壁菌门等含量显着降低。PICRUSt功能预测分析结果表明,芒果园土壤细菌主要涉及细胞生长与死亡、碳水化合物代谢、次生产物代谢的生物合成、氨基酸代谢等43个子功能,表现出功能上的丰富性。多效唑处理后,会降低土壤细菌的整体代谢能力。由此可见,施用多效唑会降低土壤细菌的多样性,改变土壤细菌的相对丰度,且对土壤细菌的功能会有一定的影响。(本文来源于《热带作物学报》期刊2019年04期）
孙红英,辛全伟,林兴生,罗海凌,林辉[8]（2019）在《人工湿地植物种类和多样性对氧化亚氮释放及功能基因丰度的影响》一文中研究指出为了解人工湿地处理中碳/氮水平的废水时植物种类及多样性对系统氧化亚氮释放及功能基因丰度的影响,本研究构建了实验尺度的垂直流人工湿地微宇宙实验系统。选取芦苇(Phragmites australis)、千屈菜(Lythrum salicaria)和海寿花(Pontederia cordata) 3种人工湿地常用、景观效果好的植物,在系统中配置了3个单种处理和1个叁物种混种处理。结果表明:芦苇、千屈菜与海寿花混种系统的氧化亚氮释放强度(24597.0μg N_2O·m~(-2)·d~(-1))高于叁物种单种系统的平均值(11744.8μg N_2O·m~(-2)·d~(-1))(P<0.001),同氧化亚氮释放一样,混种系统的amoA基因绝对丰度(6.33×10~7copies·g~(-1)soil)和nirS基因绝对丰度(1.92×10~6copies·g~(-1)soil)也高于叁物种单种系统的平均值(5.70×10~7和1.58×10~6copies·g~(-1)soil)。此外,混种系统的出水硝态氮浓度低于叁物种单种系统的平均值(P<0.05),但出水硝态氮浓度、微生物量和植物生物量在单混种系统间无显着差异(P>0.05)。3个单种系统间的氧化亚氮释放强度、amoA基因绝对丰度、nirS基因绝对丰度、出水铵态氮浓度、微生物量和植物生物量存在显着差异(P<0.01),但出水硝态氮无显着差异(P>0.05)。通过植物种类和丰富度对各指标变异的解释度发现,植物种类和丰富度分别解释变异的比率存在一定差异,总体上,植物丰富度对氧化亚氮释放、amoA基因绝对丰度和nirS基因绝对丰度的影响大于植物种类,植物种类对出水硝态氮浓度的影响大于植物丰富度。(本文来源于《生态学杂志》期刊2019年08期）
王志彬[9]（2019）在《柑橘查尔酮合成酶基因遗传多样性及其功能研究》一文中研究指出柑橘植物的根、茎、叶、花、果实以及种子中富含多种类黄酮类次生代谢产物,对人类具有重要的保健功能。目前对柑橘类黄酮生物合成的遗传调控研究较少,对类黄酮生物合成量有明显影响的关键基因也鲜有报道。查尔酮合成酶CHS(Chalcone synthase)是类黄酮生物合成途径上游的关键酶,对类黄酮的产量有重要影响。本学位论文重点研究柑橘中CHS基因的遗传多样性及其对类黄酮产量的影响,鉴定了新的CHS功能基因,研究了其表达调控机制及对类黄酮生物合成的作用。利用UPLC检测了37份柑橘种质中的11种类黄酮成分,分析了其种类与含量在不同遗传背景下的分布特征;从10份类黄酮含量差异显着的种质中克隆了CitCHS2基因,研究了其遗传多样性及其表达与类黄酮含量的关系;利用同源序列比对从柑橘基因组数据库中检索到77条CHS相似序列,通过聚类分析筛选到10个CHS候选基因,通过对不同处理条件下各基因的表达模式进行研究,明确了CHS在柑橘中是家族基因及其主要功能成员,并发现了一个新的CHS基因。通过转基因实验,对2个功能成员影响类黄酮产量的作用进行了功能鉴定,对新的CHS基因进行了基因功能验证,基本明确了3个CHS基因对类黄酮生物合成的调控影响。获得的主要结果如下:1、柑橘类黄酮的时空分布UPLC分析结果显示,37份柑橘种质生理成熟期果皮中类黄酮的含量有较大的变化,种质间的总黄酮含量变化范围为1,918.51~17,037.80 mg﹒kg~(-1)鲜重,除金弹中总黄酮含量低于2,000 mg﹒kg~(-1)鲜重外,其余36份种质的总黄酮含量均超过3,000 mg﹒kg~(-1)鲜重,其中代代酸橙果皮中总黄酮含量最高,与金弹相比,两者相差近8倍。通过聚类分析可以清楚地看出,类黄酮含量有明显的种质特异性,特别是宽皮桔类和橙类等种质的聚类结果与遗传亲缘关系的分类结果基本一致。相同组织在不同的发育时期,总黄酮含量明显不同,而且不同种质间总黄酮含量的变化趋势差异显着;不同组织间的总黄酮含量也有非常大的差异,同一种质不同组织部位的类黄酮含量由高至低依次为幼果、嫩叶、幼茎、主茎和根,表现出显着的组织特异性。2、CitCHS2基因的遗传多样性从5份高类黄酮含量的种质(枳柚、巴西酸橙、塔罗科血橙、粉红汤姆逊葡萄柚和莽山大坑野桔),5份低类黄酮含量的种质(北京柠檬、宜昌橙、梁平柚、澳指檬杂柑和广西凭祥土柠檬)中,分别克隆了CitCHS2基因序列(GenBank Accession No.:KP720583~720592)。结果显示:CitCHS2基因的基本结构由一个内含子和两个外显子组成,内含子长度为102 bp,与cDNA序列比对发现其剪接位点不符合5'-GT…AG-3'的剪接方式,该内含子为非Ⅱ型剪接内含子,PolyA尾端起始于1385 bp处。CitCHS2基因的cDNA全长1313 bp,包含1,173 bp开放阅读框,编码391个氨基酸。10份种质的CitCHS2基因高度保守,共只在15个核苷酸位点上有差异并导致7个氨基酸位点(site 1~7)的改变。10份种质中的CHS蛋白均为疏水蛋白且均无跨膜结构域和信号肽,其分子量介于42,592.1~42,636.1 Da之间,等电点介于6.28~6.47之间,不稳定系数介于34.25~35.95之间。对来自10份柑橘种质的CHS的二级结构进行分析,发现有4个变异的氨基酸位点(site1(16~18 bp)、site2(442~444 bp)、site5(961~963 bp)和site7(1060~1062 bp))出现在α螺旋上,另外3个均不在任何结构域上。3、CitCHS2基因的表达及其对类黄酮含量的影响CitCHS2基因的表达具明显的组织特异性。检测了10份柑橘种质的叶片中CitCHS2基因的表达特征,除巴西酸橙外,其余种质幼嫩叶片中CitCHS2的表达水平显着高于成熟叶片。同一种质的不同组织中,CitCHS2基因的表达水平由高到低依次为幼果、嫩叶、幼茎、主茎韧皮部和根。北京柠檬、塔罗科血橙和广西凭祥土柠檬的果实在6个不同发育时期,CitCHS2基因的表达水平表现出先降低后变化趋势波动不明显。类黄酮含量的检测结果显示,CitCHS2基因的表达水平与类黄酮含量的变化趋势一致。同一种质嫩叶中的类黄酮含量高于成熟叶片。相关性分析显示,在成熟叶片中CitCHS2基因的表达与类黄酮含量之间的相关性较小(R<0.5),在嫩叶中两者表现出较明显的正相关关系(R=0.76)。除幼果外,在其它不同组织中CitCHS2基因的表达水平与类黄酮的含量之间具有一致性。北京柠檬、塔罗科血橙和广西凭祥土柠檬在6个不同的发育时期,其果皮中CitCHS2基因的表达与类黄酮含量之间表现出显着的相关性,相关系数分别为0.91,0.99和0.84。4、CHS基因家族成员的鉴定、表达分析及CitCHS3基因的鉴定从柑橘基因组数据库中通过同源序列比对筛选到77条CHS的相似序列进行聚类分析,除orange1.1t03054.1m外,其余76条CHS聚为叁类(I,II,III),注释分析表明第III类中的22条CHS基因为查尔酮合成酶基因,从中筛选了10条CHS作为候选基因,分别对甜橙幼苗进行MeJA、低温、高温、和黑暗处理,研究了CHS候选基因的活性及在不同处理条件下的表达模式。在MeJA诱导下,检测到了3个CHS基因的表达,分别是Ciclev10005133m(CitCHS1)、Ciclev10015535m(CitCHS2)和Ciclev10001405m,其中Ciclev10001405m是首次发现其为柑橘CHS基因家族的成员,命名为CitCHS3。叁个CHS中CitCHS1对MeJA的诱导响应最明显,CitCHS2和CitCHS3具有相似的表达模式,而且都在叶片、茎和子叶中表达。低温处理下,CitCHS1、CitCHS2和CitCHS3在叶片、子叶和根中均能响应低温诱导,但是在茎中,没有检测到CitCHS3的表达。CitCHS2能迅速响应低温诱导上调表达,且在所有组织中均有表达。高温处理条件下,CitCHS1的表达水平在不同的组织之间差异显着,最高的表达水平出现在根中,且高温处理4h表达水平最高,之后逐渐降低且仅有CitCHS1继续在根中表达。CitCHS2在叶片、茎和子叶中均有表达。CitCHS3在根中不表达,在叶片和子叶中虽能检测到表达但表达水平低。黑暗条件下,CitCHS1只在子叶中表达,在其余3个组织部位中不表达。CitCHS2在所有组织中均能检测到表达,但在子叶中其表达水平极低,该基因在不同组织上具有相似的表达模式,即黑暗条件下,该基因的表达水平均降低。CitCHS3在叶片、子叶和茎中有表达,在根中不表达,该基因在不同组织部位中的表达模式相似,表现为先升高后降低。相关性分析显示,3个CHS基因的总体表达水平与总类黄酮的含量之间存在正相关关系。对叁个基因的序列结构进行分析发现该叁个基因的结构非常保守,3个基因的DNA序列均由一个内含子和两个外显子组成,而且第一个外显子的核苷酸序列长度均为180bp,第二个外显子不仅长度不同,且氨基酸位点的变异频率更高。CitCHS1、CitCHS2和CitCHS3的ORF分别为1170 bp、1176 bp和1194 bp。5、CitCHS1、CitCHS2在转基因植株中对类黄酮生物合成的调控作用通过植物转基因技术在烟草上异源表达柑橘CitCHS1基因以确认CitCHS1的功能。阳性植株上,CitCHS1基因在茎中的表达量最低,在叶片中的表达量最高,在根中的表达量居中。总黄酮含量的检测结果显示,在转基因烟草的叶片中,类黄酮含量最高,分别是空白对照和野生型对照的1.33倍和1.41倍。在茎和根中,过表达植株上类黄酮含量与对照组相比,略有升高,但无显着差异。相关性分析显示,在过表达CitCHS1基因的阳性植株上,CitCHS1的表达水平与类黄酮的含量存在正相关关系(R=0.73),在根和茎中也存在一定的相关性,但相关性不强(R<0.5)。在过量表达CitCHS2基因的柑橘上,共获得4株阳性植株,3株上调表达,1株下调表达。在CitCHS2基因上调表达的植株中黄酮含量相应增加,CitCHS2基因下调表达后,类黄酮含量相应下降。相关性分析显示,CitCHS2基因的表达与类黄酮含量呈显着正相关。6、CitCHS3基因的功能验证构建了pGBi干扰载体遗传转化柑橘获得转基因植株,4株阳性植株上,CitCHS3基因平均干扰效果达76.01%(与野生型对照相比)和61.71%(与空载体对照相比)。对总黄酮的含量测定发现:与对照相比,4株RNAi阳性植株上总黄酮含量下降明显,表明CitCHS3基因对类黄酮的含量有重要的影响。7、CitCHS家族成员对类黄酮生物合成的影响效应利用CitCHS的保守序列通过VIGS转基因沉默CitCHS的叁个主要成员基因,4株阳性植株中,3个CitCHS基因的表达水平分别平均下调81.03%,79.67%和76.60%;与对照组相比,4株阳性植株上总黄酮含量平均下降41.11%。相关性分析显示,总类黄酮含量与3个CHS基因的表达水平之间的相关性分别为0.90,0.43和0.80,CHS基因的表达量之和与总黄酮的含量呈显着正相关。CHS基因家族不同成员存在表达差异,它们对类黄酮合成的贡献力也因此不同。进一步的分析结果表明,在转基因植株的叶片中,CitCHS1基因的表达量对CHS基因的总表达水平贡献最少,占12.02%;CitCHS2基因的贡献最大,占55.52%;CitCHS3基因的贡献力介于CitCHS1和CitCHS2基因之间,占32.47%。在所有植株的叶片中,叁个基因的表达对CHS基因的总表达水平的贡献分别为13.29%、58.63%和28.09%。基因的表达水平与类黄酮的含量之间的相关性分析结果表明,CitCHS1对黄烷酮类和二氢黄酮醇类含量的影响最大,CitCHS2对黄酮类和黄酮醇类的影响最大,CitCHS3对总黄酮含量的影响最大。同时,CitCHS2和CitCHS3基因之间存在显着的共表达。(本文来源于《西南大学》期刊2019-03-18）
张卓,刘茂炎,王培,黄文坤,刘二明[10]（2019）在《抗草甘膦转基因大豆AG5601对根际微生物群落功能多样性的影响》一文中研究指出明确抗草甘膦转基因大豆AG5601对根际土壤微生物群落功能多样性的影响,为转基因大豆的安全性评价提供基础数据。采用BIOLOG的方法,对抗草甘膦转基因大豆AG5601、亲本大豆SNK500和普通栽培大豆中黄13成熟期和残茬期的根际土壤微生物的碳源利用特征进行比较分析。AG5601成熟期的根际土壤微生物群落碳源利用能力显着高于SNK500,但与中黄13无显着差异;在残茬期,AG5601、SNK500和中黄13的根际土壤微生物群落碳源利用能力均无显着差异。功能多样性分析发现,成熟期的AG5601与中黄13在根际土壤微生物McIntosh指数和Simpson指数均显着高于SNK500,而残茬期,3种大豆的根际土壤微生物多样性差异不显着。主成分分析表明,AG5601与SNK500成熟期和残茬期的根际土壤微生物碳源利用在两主成分轴上的差异较小,碳源利用模式基本相同。本研究表明,抗草甘膦转基因大豆AG5601对根际微生物群落功能多样性无长期、显着性影响。(本文来源于《生物技术通报》期刊2019年07期）
功能基因多样性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)育苗期水体中3种生物絮团的形成过程、水质净化效果、菌群结构及功能,实验通过测定各组絮团含量和水质指标并采用Illumina MiSeq高通量测序技术,比较葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组生物絮团的不同特征。结果显示,各组形成的生物絮团可有效调节水质,降低水体中的氨氮和亚硝酸盐氮水平。在3个碳源添加组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显着低于对照组(P<0.05),在不同碳源组中淀粉组的氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮的浓度显着高于葡萄糖组和蔗糖组(P<0.05);淀粉组的生物絮团沉降体积(BFV)显着低于葡萄糖组(P<0.05),蔗糖组BFV最高, 3组粒径大小呈现:蔗糖组>葡萄糖组>淀粉组; 3组样品分别测得553、515和542个OTU,菌群丰度指数Chao1、Shannon值葡萄糖组>蔗糖组>淀粉组。各组菌群在门水平中,以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)为各组优势菌门, 3个菌门在各组中占比分别达到91.7%、97.6%和88.7%。在属级水平中,葡萄糖组中Oceanicella属为优势菌属,占比最高为18.4%,淀粉组中丰度较高的Muricauda、Cyclobacterium属,占比分别为9.8%和5.9%,均高于葡萄糖组和蔗糖组。在蔗糖组中Rhodopirellula属具有较高占比,较葡萄糖组和淀粉组分别高1.8%和4.1%。通过Tax4Fun法在3组中检测到细胞新陈代谢、遗传信息加工和环境信息处理等基因功能。这些功能基因在葡萄糖组中的丰度均高于蔗糖组和淀粉组。各项结果表明,凡纳滨对虾育苗水体中生物絮团不仅可以净化水质,还能提高水体菌群多样性,其中以葡萄糖作为碳源效果最好,生物絮团技术对于维持水质与水体生态系统平衡具有重要意义。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
功能基因多样性论文参考文献
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