导读:本文包含了全编码区序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:黑鲷,真鲷,CDS序列,微卫星
全编码区序列论文文献综述
曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐[1]（2019）在《黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析》一文中研究指出本研究采用生物信息学方法分析比较了黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区(Coding sequence.CDS)中微卫星序列(简单重复序列.SSR)的分布规律及密码子偏好性。结果表明:(1)黑鲷、真鲷及其两种杂交子代微卫星序列均以叁碱基重复类型为主,其次为二碱基重复,片段长度大多数在12—20bp之间。(2)黑鲷与反交(黑鲷♀×真鲷♂)在叁、五碱基中优势基元类型相同,真鲷与正交(真鲷♀×黑鲷♂)在叁碱基中优势基元类型相同,而黑鲷与正交在四碱基中优势基元类型相同。(3) UUC、UAC等28个密码子为黑鲷、真鲷及其两种杂交子代基因编码区的偏好性密码子,偏爱使用以C或G结尾的密码子,且第叁位密码子碱基的GC含量(GC3s)均高于基因编码区平均GC含量。(4)真鲷与正交的密码子使用的偏好性相似,一定程度上说明黑鲷、真鲷杂交子代偏母系遗传。分析结果将为研究鲷科鱼类微卫星标记、研究其群体遗传多样性、构建转基因表达系统和开展分子遗传育种提供理论基础。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2019年05期）
胡露露,赵子雅,王瑞宁,王亚琪,刘铮铸[2]（2019）在《赤狐EDNRB基因编码区序列分析及启动子预测》一文中研究指出为了研究赤狐内皮素受体B基因(EDNRB)编码蛋白的结构、功能及预测其5′端上游2 000 bp的候选启动子区的核心启动子区与转录因子的结合位点,从NCBI数据库中获得赤狐EDNRB基因的数据,利用生物信息学方法分析其编码区及候选启动子区。结果表明:赤狐EDNRB基因编码氨基酸的总数为443个,编码产物为不稳定的疏水蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,存在信号肽和二硫键。该编码蛋白存在于内质网、细胞质膜和线粒体中。该编码蛋白含有7次跨膜G蛋白偶联受体超家族结构域。赤狐与乌苏里貉的亲缘关系最近,与犬关系较近。该基因的5′端上游存在潜在的启动子区域,同时发现存在转录调控元件和转录因子结合位点,不存在CpG岛。通过对赤狐EDNRB基因进行生物信息学分析,能够初步预测其编码区的结构、功能以及该基因的核心启动子区与转录因子结合位点,为其遗传特性及调控机制的研究提供基本信息。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年08期）
王玉书,王欢,庞彩燕[3]（2018）在《观赏羽衣甘蓝BoMYB114基因编码区的克隆及序列分析》一文中研究指出花青素是羽衣甘蓝叶片呈紫色、红色及粉色的重要色素,R2R3-MYB类蛋白被认为是调控植物花青素生物合成的转录因子。本研究以羽衣甘蓝叶片为试材,采用同源克隆的方法克隆BoMYB114转录因子基因的编码区序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明:BoMYB114基因编码区长度为753 bp,其包含1个完整的开放阅读框ORF,可编码250个氨基酸,预测蛋白的分子量为28.5 kD,等电点(pI)为9.08。BoMYB114蛋白不存在信号肽,很可能定位在细胞核中。BoMYB114蛋白含有2个MYB保守结构域,二级结构以无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角为主。进化树分析表明,羽衣甘蓝的BoMYB114蛋白与甘蓝型油菜MYB114蛋白序列的一致性最高。羽衣甘蓝BoMYB114基因的克隆与序列特征分析对于进一步研究该基因结构和功能及植物花青素合成代谢途径具有重要意义。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年14期）
彭澎,王楠,陈升位,王家曦,沈真辉[4]（2018）在《大麦幼穗MLOC-14401基因编码区的同源克隆和序列分析》一文中研究指出【目的】编码区序列是基因作用机制、遗传多样性和进化关系等研究的重要资源。【方法】以盐城红茎大麦、青田红大麦、淳安六棱胭脂大麦和北青7号为材料,采用同源克隆技术分离、克隆MLOC-14401基因CDS序列,利用ORF Finder、BLAST和Clustal X等软件分析所克隆的CDS序列。【结果】MLOC-14401基因CDS序列全长1 248 bp、包含3个外显子、GC含量为62.82%,位于大麦3H染色体的609 892 778~609895 303 bp区间,起始密码(ATG)和终止密码序列(TAA)分别位于119 bp和1 366 bp位点。所编码多肽链包含415个氨基酸、2个MYB结构域,与普通小麦等9个物种的MYB基因编码多肽链具有不同程度的氨基酸序列相似性,保守序列位于105氨基酸与237氨基酸之间。【结论】MLOC-14401基因属大麦转录调控基因R2R3-MYB,所克隆的CDS序列对于大麦MYB基因作用机制等研究具有一定指导作用。(本文来源于《云南农业大学学报(自然科学)》期刊2018年01期）
姜合祥,蔡孜萌,秦晓冰,单虎[5]（2017）在《水貂TOll样受体5编码区基因的克隆及序列分析》一文中研究指出为了解水貂Toll样受体5(TLR5)蛋白的结构特征和遗传演化关系,采用RT-PCR方法从水貂肺脏组织总RNA中扩增出TLR5基因的片段,经拼接获得全长编码区序列。序列全长2 577 bp,编码858个氨基酸,含172%的亮氨酸,并有一段20个氨基酸的信号肽序列。蛋白预测结果表明,该分子具有亲水性,由胞外区(具有LRR结构域)、跨膜区和胞内区(具有TIR结构域)组成,表现出典型的TLR家族结构特征;同源性分析结果显示,与蒙眼貂同源性最高,达97%以上,与海象、大熊猫和北极熊同源性80%以上,与其他物种同源性大都在70%以上。水貂TLR5基因序列的成功克隆为进一步研究其在水貂机体免疫应答中的作用奠定了基础。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2017年12期）
刘天波,周志成,彭曙光,曾维爱,唐前君[6]（2017）在《基于全基因组编码区序列的烟草花叶病毒分子进化分析》一文中研究指出为揭示烟草花叶病毒分子进化特征,从Gen Bank中下载已报道的烟草花叶病毒全基因组编码区序列,进行重组、系统发育、遗传变异、种群结构和基因漂流等分析。结果表明:突变和负选择作用是驱动烟草花叶病毒进化的主要作用力,种群结构稳定,处于扩张趋势中,基因变异程度低,重组在烟草花叶病毒分子进化中作用不明显。烟草花叶病毒不同分离物形成叁个有一定地理相关性的种群ChinaⅠ、ChinaⅡ和Europe。欧洲分离物核苷酸序列多样性比中国的差异大,Europe和ChinaⅠ种群可能受到遗传漂变影响,Europe与ChinaⅡ、ChinaⅠ与ChinaⅡ之间存在发生基因交流的渠道。(本文来源于《中国烟草学会学术年会优秀论文集》期刊2017-11-01）
张翠霞,李丛艳,雷岷,张翔宇,杨超[7]（2017）在《家兔雌激素受体1基因编码区序列分析》一文中研究指出家兔的繁殖性状属于低遗传力性状,基于传统育种方法的遗传改良很难取得显着进展。家兔雌激素受体1(ESR1)基因是影响繁殖性状的重要候选基因,本研究利用PCR技术扩增了德国巨型白兔ESR1基因的编码区序列。结果表明:基因进化树与已知进化树一致,哺乳动物的ESR1基因可能来自于同一个祖先基因;德国巨型白兔ESR1基因与猪的同源性最高(87.1%);预测的蛋白包括4个主要的功能区域A/B区(aa1-187)、C区(aa188-264)、D区(aa265-314)和E区(aa315-598);分析发现5个保守的磷酸化位点,可进一步作为与性状关联研究的候选位点。测定的德国巨型白兔ESR1编码区序列将为基因功能突变和繁殖性状的相关性研究提供理论基础。(本文来源于《中国畜牧杂志》期刊2017年10期）
刘天波,周志成,彭曙光,曾维爱,唐前君[8]（2017）在《基于全基因组编码区序列的烟草花叶病毒分子进化分析》一文中研究指出为揭示烟草花叶病毒分子进化特征,从GenBank中下载已报道的烟草花叶病毒全基因组编码区序列,进行重组、系统发育、遗传变异、种群结构和基因漂流等分析。结果表明:突变和负选择作用是驱动烟草花叶病毒进化的主要作用力,种群结构稳定,处于扩张趋势中,基因变异程度低,重组在烟草花叶病毒分子进化中作用不明显。烟草花叶病毒不同分离物形成3个有一定地理相关性的种群ChinaⅠ、ChinaⅡ和Europe。欧洲分离物核苷酸序列多样性比中国的差异大,Europe和ChinaⅠ种群可能受到遗传漂变影响,Europe与ChinaⅡ、ChinaⅠ与ChinaⅡ之间存在发生基因交流的渠道。(本文来源于《植物保护》期刊2017年05期）
伍革民,徐龙鑫,朱丽莉,唐继高[9]（2017）在《瑶山鸡TRHR基因编码区序列SNP检测及其与繁殖性状的相关性》一文中研究指出为探明促甲状腺激素释放激素受体基因TRHR(thyrotropin-releasing hormone receptor,TRHR)与瑶山鸡繁殖性状的关联性,以找出可作为瑶山鸡繁殖性状选育的重要标记,采用PCR产物测序法对促甲状腺激素释放激素基因TRH(thyrotropin-releasing hormone,TRH)编码区进行序列变异检测,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明,在瑶山鸡群中,TRHR基因检测到5个编码区变异位点和1个内含子变异位点,5个编码区变异位点均能引起蛋白质相应氨基酸发生同义突变;统计分析表明,6个位点与300日龄产蛋量、首次就巢日龄、首次就巢持续时间和就巢次数等性状均没有显着关联性;初步说明,该基因不能作为瑶山鸡繁殖性状选育的候选基因开展辅助选育,但可以作为鸡生长性状的候选基因开展进一步研究。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2017年17期）
陈闻达,裴悦,周晓龙,赵阿勇,杨松柏[10]（2017）在《猪ADAM10基因编码区及其剪接体克隆、序列分析与组织表达研究》一文中研究指出旨在克隆猪ADAM10基因及其剪接体的编码区(Coding sequence,CDS),利用生物信息学方法分析其序列结构和生物学功能,并揭示ADAM10基因及其剪接体mRNA在猪组织中的表达特征。根据GenBank中公布的猪ADAM10基因的序列信息,设计特异性引物,运用反转录PCR(Reverse transcription-PCR,RT-PCR)方法结合T/A克隆技术进行ADAM10基因及其剪接体编码区的克隆,利用生物信息学方法分析ADAM10及其剪接体蛋白的结构,同时用半定量PCR(Semi-quantitative PCR)分析猪ADAM10基因完整型及其剪接体mRNA在猪不同组织中的表达谱。结果显示,克隆和测序获得两种ADAM10CDS序列,其中完整型CDS长2 247bp,编码748个氨基酸;剪接型CDS缺失外显子2~7和部分外显子8,其长度为1 344bp,编码447个氨基酸。和完整型蛋白相比,猪ADAM10剪接体编码的蛋白不存在前引导序列,但存在完整的信号肽序列和跨膜结构域,并含有金属蛋白酶域和解聚素结构域,其叁级结构也和完整型一致。序列比对和进化树分析表明,猪ADAM10完整型蛋白在物种间具有较高的保守性。半定量PCR分析表明,ADAM10基因完整型mRNA在脾中表达量较高,在肾、乳腺、腿肌、输卵管、卵巢、子宫、小肠等组织中低水平表达;ADAM10基因剪接体mRNA在肺中表达量较高,在脾和胃中也有低水平表达。本研究为进一步探究猪ADAM10基因的结构和生物学功能提供了基础资料。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2017年09期）
全编码区序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了研究赤狐内皮素受体B基因(EDNRB)编码蛋白的结构、功能及预测其5′端上游2 000 bp的候选启动子区的核心启动子区与转录因子的结合位点,从NCBI数据库中获得赤狐EDNRB基因的数据,利用生物信息学方法分析其编码区及候选启动子区。结果表明:赤狐EDNRB基因编码氨基酸的总数为443个,编码产物为不稳定的疏水蛋白。二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,存在信号肽和二硫键。该编码蛋白存在于内质网、细胞质膜和线粒体中。该编码蛋白含有7次跨膜G蛋白偶联受体超家族结构域。赤狐与乌苏里貉的亲缘关系最近,与犬关系较近。该基因的5′端上游存在潜在的启动子区域,同时发现存在转录调控元件和转录因子结合位点,不存在CpG岛。通过对赤狐EDNRB基因进行生物信息学分析,能够初步预测其编码区的结构、功能以及该基因的核心启动子区与转录因子结合位点,为其遗传特性及调控机制的研究提供基本信息。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全编码区序列论文参考文献
[1].曹广勇,张志勇,张志伟,陈淑吟,祝斐.黑鲷、真鲷及其杂交子代基因编码区微卫星序列及密码子偏好性分析[J].海洋与湖沼.2019
[2].胡露露,赵子雅,王瑞宁,王亚琪,刘铮铸.赤狐EDNRB基因编码区序列分析及启动子预测[J].畜牧与兽医.2019
[3].王玉书,王欢,庞彩燕.观赏羽衣甘蓝BoMYB114基因编码区的克隆及序列分析[J].分子植物育种.2018
[4].彭澎,王楠,陈升位,王家曦,沈真辉.大麦幼穗MLOC-14401基因编码区的同源克隆和序列分析[J].云南农业大学学报(自然科学).2018
[5].姜合祥,蔡孜萌,秦晓冰,单虎.水貂TOll样受体5编码区基因的克隆及序列分析[J].畜牧与兽医.2017
[6].刘天波,周志成,彭曙光,曾维爱,唐前君.基于全基因组编码区序列的烟草花叶病毒分子进化分析[C].中国烟草学会学术年会优秀论文集.2017
[7].张翠霞,李丛艳,雷岷,张翔宇,杨超.家兔雌激素受体1基因编码区序列分析[J].中国畜牧杂志.2017
[8].刘天波,周志成,彭曙光,曾维爱,唐前君.基于全基因组编码区序列的烟草花叶病毒分子进化分析[J].植物保护.2017
[9].伍革民,徐龙鑫,朱丽莉,唐继高.瑶山鸡TRHR基因编码区序列SNP检测及其与繁殖性状的相关性[J].江苏农业科学.2017
[10].陈闻达,裴悦,周晓龙,赵阿勇,杨松柏.猪ADAM10基因编码区及其剪接体克隆、序列分析与组织表达研究[J].畜牧兽医学报.2017