导读:本文包含了蛋白结构预测论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:羊传染性脓疱病毒,OVIFNR蛋白,生物信息学,结构
蛋白结构预测论文文献综述
成伟伟,陈伯祥,杨明,赵子惠,常攀峰[1]（2019）在《羊传染性脓疱病毒OVIFNR蛋白结构分析与B细胞表位预测》一文中研究指出本研究应用生物信息学方法,预测分析羊传染性脓疱病毒(ORFV)的OVIFNR蛋白结构与B细胞抗原表位。从羊传染性脓疱病羊嘴唇结痂中扩增出ORFV的OVIFNR基因序列并进行测序鉴定,上传至NCBI;应用生物信息学软件,将扩增所得的OVIFNR基因序列和GenBank公布的参考序列,在核苷酸和氨基酸水平上进行同源性分析和遗传进化树构建,并对OVIFNR蛋白分子的理化特性、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、叁级结构和B细胞抗原表位进行预测分析。结果显示:所扩增序列与Hoping和Nantou毒株的OVIFNR基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.6%和100%;通过遗传进化树发现,所扩增序列的毒株与Hoping、ShanX、Nantou毒株处于同一分支;OVIFNR蛋白的理论等电点为4.83,半衰期为30 h,脂肪族指数77.92,总平均疏水性为–0.181,无跨膜区和信号肽,不属于跨膜蛋白;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占68.64%、7.56%、15.13%、9.18%,筛选出了8个优势B细胞表位;OVIFNR蛋白为亲水性蛋白,含有较多B细胞表位,具有抗原性,可以作为ORFV检测的新靶点。本研究为OVIFNR蛋白的功能研究和ORFV检测方法的建立提供了理论依据。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2019年11期）
吴阳开,范文胜,张雪莲,李智丽,郭锦玥[2]（2019）在《新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析》一文中研究指出本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折迭、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年10期）
孔慧芳,张杰,李玉娇,龚巧巧,周彦霞[3]（2019）在《细粒棘球蚴重组蛋白EgG1Y162-2诱导表达条件的优化及其蛋白结构预测》一文中研究指出目的优化探索重组质粒pET30a-EgG1Y162-2蛋白表达条件并预测其蛋白结构模型。方法将构建的重组质粒pET30a-EgG1Y162-2转化至E.coli BL21 (DE3)菌株中,用不同浓度的IPTG进行不同时间段的蛋白诱导表达,诱导后的菌液超声破碎、离心,分别取上清和沉淀用SDS-PAGE分析重组蛋白EgG1Y162-2的表达情况,Western blot鉴定表达蛋白的反应原性。采用在线SWISS MODEL预测EgG1Y162-2蛋白的叁维结构。结果 EgG1Y162-2蛋白在37℃,IPTG终浓度为0.5 mmol/L,诱导4 h条件下的表达量较高,蛋白相对分子质量约为15×10~3,与预期相符,且能被鼠抗His-Tag抗体识别。在线Swiss-model预测EgG1Y162-2-2蛋白3D结构模型,与4Ixo.1.A结构的相似度为37.71%。结论优化的重组蛋白EgG1Y162-2表达最优条件预测的该蛋白叁维结构,为细粒棘球蚴疫苗EgG1Y162-2抗原的功能研究奠定了基础。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2019年09期）
董莹,刘淑萍,徐艳春,刘言,邓艳[4]（2019）在《云南省1例伯氨喹诱发溶血患者的G6PD基因编码区突变分析及酶蛋白空间结构预测》一文中研究指出目的分析伯氨喹诱发溶血患者的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)基因突变对空间结构形成的影响。方法于2018年5月18日采集1例因服用伯氨喹出现溶血反应、 G6PD酶活性下降75%的间日疟病例血样。提取血样的人基因组DNA,通过PCR分别扩增含G6PD基因exon2、 exon3～7、 exon8～9和exon10～13等12个外显子的片段并测序。整理获得的DNA序列与G6PD基因野生型、突变型序列比对,以确认12个外显子分别的起止点并拼接成exon2～13外显子的cDNA序列。用MEGA5.04软件分析cDNA序列的错义突变、同义突变和进行氨基酸链转换。采用SWISS-MODEL预测氨基酸链空间结构(www.swissmodel.expasy.org/interactive), PyMOL2.2.0软件修饰空间结构预测图。结果间日疟患者血样基因组经4个PCR反应体系扩增,分别获得含G6PD基因exon2、 exon3～7、 exon8～9、 exon10～13外显子的336、 2 277、 976和1 421 bp等4种目标产物。由测序结果整理获得12个外显子的cDNA链为1 545 bp,与野生型序列比对的同义突变、错义突变位点分别为c.1311T> C和c.1376G> T,导致437、 459氨基酸呈Y/Y不变和R/L变异,空间位置均未在G6PD与NADP+、乙醇酸配体的结合区。515 aa氨基酸链的二聚体空间结构模型GMQE、 QMEAN分别为0.97和0.66,建模质量高,与野生型模型(6e07.1.A)比对,459氨基酸均处于模型表面,与NADP+配体的结合区均包括238、 357等16个残基;四聚体的建模质量略差,乙醇酸的配体结合区仅为47等6个残基,少于野生型的11个。结论G6PD基因编码区c. 1311T> C同义突变与c.1376G> T错义突变同时存在,可能不影响该患者G6PD二个亚基的聚合及其与NADP+配体的结合,但四聚体的形成受到干扰。(本文来源于《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》期刊2019年04期）
尹悦,孔祥伟,张清霞[5]（2019）在《防御假单胞菌FD6中RpoS蛋白理化性质预测及rpoS-lacZ转录融合结构构建》一文中研究指出Sigma因子是一类依赖于DNA的RNA聚合酶亚基,在生防细菌中通常可调控抗生素的合成。防御假单胞菌(Pseudomonas protegens) FD6中rpoS基因编码的RpoS蛋白是一类非必需sigma因子。利用BPROM在线工具预测rpoS基因的启动子区,并用PCR技术将其克隆到pRG970Km质粒中无启动子的lacZ基因上游,将构建的rpoS-lacZ转录融合质粒转化至菌株FD6中,为后续抗生素合成调控机制的探究提供重要的试验材料。此外,利用生物信息学方法分析P.protegens FD6中RpoS的功能,并通过邻接法构建RpoS的系统发育树。结果表明:FD6中RpoS蛋白分子量约为38 ku,理论等电点为5.14;具有多个磷酸化位点;无跨膜结构,且N端无信号肽;二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。系统发育树结果显示, FD6中RpoS蛋白的氨基酸序列与防御假单胞菌Pf-5相似性最高,二者在系统发育树中位于同一分支。(本文来源于《扬州大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年04期）
谭静,胡秀彩,吕爱军,孙敬锋,刘小雪[6]（2019）在《半滑舌鳎黏蛋白MUC5AC基因的克隆与结构预测》一文中研究指出黏蛋白作为鱼类黏液的主要成分,在抵御病原感染过程中发挥重要作用。以半滑舌鳎(Cynoglossussemilaevis)黏蛋白为研究对象,采用RT-PCR方法对其皮肤黏蛋白MUC5AC(即Cs MUC5AC)进行基因克隆及结构预测分析。结果获得CsMUC5AC基因片段的长度为2 771 bp,推测编码917个氨基酸,预测所含5个抗原表位分布在314-321、507-516、578-589、748-762和811-826aa,3个结构域主要为C8(164-238,624-698 aa)、VWD(1-128,430-588 aa)和VWC(303-365,768-836 aa)。二级结构预测C8区主要由α-螺旋构成、VWD区以β折叠为主,叁级结构蛋白亚基主要由VWD-C8-VWC组成。构建系统发育树分析显示,其与大菱鲆、攀鲈、罗非鱼黏蛋白MUC5AC亲缘关系较近,与分泌型黏蛋白家族自然聚为一支。以上结果为研究半滑舌鳎黏蛋白MUC5AC基因功能提供科学参考。(本文来源于《天津农学院学报》期刊2019年02期）
陈静,卢浩然,张磊,廖承红,韩谦[7]（2019）在《埃及伊蚊表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位的生物信息学预测》一文中研究指出【目的】预测埃及伊蚊Aedes aegypti表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位。【方法】通过DNAStar 8的Protean软件对埃及伊蚊表皮结构蛋白AACPR100A的二级结构和亲疏水性、表面可及性、柔韧性等特性进行分析,预测其潜在的B细胞抗原表位和潜在的T细胞抗原表位。【结果】AaCPR100A蛋白的二级结构以转角和不规则卷曲为主,表面可及性、柔韧性较强,存在7个潜在的B细胞抗原表位,位于18-29、32-42、47-82、87-98、111-178、194-248氨基酸残基或其附近,同时有11个潜在的T细胞抗原表位,位于20-24、35-39、44-48、51-53、79-82、103-106、109-112、146-148、150-152、185-203、224-235氨基酸残基或其附近。【结论】AaCPR100A蛋白潜在的B细胞抗原表位有7个,潜在的T细胞抗原表位有11个,综合后有3个潜在抗原表位,预测结果将为进一步研究AaCPR100A蛋白的免疫学特性和功能奠定基础,并为蚊虫的控制提供潜在的靶标。(本文来源于《应用昆虫学报》期刊2019年02期）
孙小洁[8]（2019）在《绿盲蝽12个气味结合蛋白的表达、纯化、结构预测与功能研究》一文中研究指出绿盲蝽Apolygus lucorum是我国重要的棉花害虫之一,因其寄主范围广,隐蔽性强等特点而难于治理。化学感受行为在绿盲蝽生活的许多关键阶段中发挥着重要作用,如在求偶、寄主转移过程对性信息素和寄主植物挥发物的识别。气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)能将疏水性气味分子运输到感器淋巴液中,是昆虫化学感受过程的第一步。本研究以12种绿盲蝽气味结合蛋白为研究对象,采用计算生物学和分子生物学方法,对其进行了结构预测和功能验证,有助于揭示绿盲蝽与寄主植物的相互作用机理,为绿盲蝽综合防治提供理论指导。主要结果如下:1.成功表达和纯化了12个绿盲蝽气味结合蛋白,其中4个在上清中表达,8个在包涵体中表达。2.运用折迭识别方法成功预测了12个绿盲蝽气味结合蛋白的叁级结构,其中有7个含有6个α螺旋和3对二硫键;5个含有多于6个α螺旋,4对及以上二硫键。12个气味结合蛋白均形成口袋形空间结构,可能是气味配体结合的疏水腔。3.AlucOBP2、AlucOBP6、AlucOBP10、AlucOBP12、AlucOBP19、AlucOBP25和AlucOBP33的功能是结合普通植物挥发物,推测为普通气味结合蛋白,在寄主转移与定位过程中发挥作用;AlucOBP27、AlucOBP28、AlucOBP30、AlucOBP34的功能是结合性信息素类似物和普通植物挥发物,推测为性信息素结合蛋白。4.12种绿盲蝽气味结合蛋白中共有10种能够与β-紫罗兰酮结合,11种能与茴香醛结合,11种能与β-紫罗兰酮衍生物结合。综合比较了β-紫罗兰酮、β-紫罗兰酮衍生物、茴香醛与AlucOBPs的结合特征,发现结合能力的大小以次为β-紫罗兰酮衍生物>β-紫罗兰酮>茴香醛,意味着β-紫罗兰酮衍生物有希望成为绿盲蝽的新型引诱剂。5.口针中表达量较高的AlucOBP19、AlucOBP25和AlucOBP33可以特异性识别味觉配体槲皮素、棉酚、芦丁和单宁,可能参与了它们的味觉识别过程。(本文来源于《山东农业大学》期刊2019-03-01）
管鑫,何梦荣,汪速飞,许娟娟[9]（2019）在《肺表面活性蛋白SFTPB结构与功能预测》一文中研究指出目的肺表面活性蛋白B(pulmonary surfactant-associated protein B,SFTPB)作为一种重要的特异性蛋白,其有关肺癌预后的研究正逐渐受到关注。本研究拟采用生物信息学方法分析SFTPB结构并预测其功能,以期为肺癌诊疗提供思路。方法采用Expasy服务器工具分析SFTPB蛋白理化性质;采用ScanProsite分析SFTPB功能结构域;NCBI分析SFTPB保守结构域;STRING预测SFTPB与其他蛋白质交互作用;Jpred 4预测其二级结构;Swiss-Mode预测其叁级结构,并用PDBsum中拉氏图进行结构模型评价。结果 SFTPB蛋白由381个氨基酸组成,等电点为5.27,不稳定指数为58.32,脂肪系数为96.51。二级结构预测发现14个α-螺旋(占51.7%),1个β-折迭。叁级结构预测拉氏图分析落在最大允许区域内的氨基酸残基占95.6%,相似波形图得分均值>0.6,表明预测模型B结构较稳定。SFTPB亚细胞定位主要位于细胞外、细胞核和内质网,主要有两类功能结构域(共8个),为鞘脂激活蛋白A(sphingolipid activator protein A,SAP-A)和SAP-B。蛋白质互作发现其可能与CTSH、CSF2RA和NAPSA等蛋白存在交互关系。结论 SFTPB蛋白是一种以α-螺旋为主的不稳定亲脂性蛋白,由肺泡细胞分泌,主要作用于细胞外,可稳定肺泡表面张力,对防止肺损伤有重要作用,可能有助于肺癌诊疗。(本文来源于《中华肿瘤防治杂志》期刊2019年04期）
王越,李秋芬,张艳[10]（2019）在《嗜碱盐单胞菌X3中异化型硝酸盐还原酶编码基因簇的功能验证及蛋白结构预测》一文中研究指出细菌的氮代谢推动环境的氮循环,硝酸盐还原反应是氮代谢途径中重要步骤之一。本文运用酶活测定、qRTPCR和生物信息学软件分析的方法,对嗜碱盐单胞菌(Halomonas alkaliphila)X3中编码细菌异化型硝酸盐还原酶(Dissimilatory nitrate reductase,Nar)不同亚基的基因簇narGYJV进行了功能验证、蛋白结构预测和系统发育分析。研究表明,X3菌株中存在narGYJV基因簇并具有表达活性,测得Nar的酶活为每克蛋白21.415U;预测到的narGYJV编码蛋白功能区域中1～1246氨基酸属于NarG超家族,编码Nar的α亚基;1261～1752氨基酸属于DMSOR-beta-like超家族,编码Nar的β亚基;2061～2279氨基酸编码γ亚基,1802～2018氨基酸编码δ亚基;Nar的二级结构中无规卷曲占37.59%,α螺旋占34.43%,延伸链占18.33%;NarG、NarY和NarV的3D结构与PDB中大肠杆菌(Escherichia coli)的1Q16 3D结构最接近,覆盖率96%～100%。系统发育树显示,菌株X3中NarG与同属菌的遗传距离较近,在不同菌属间虽然功能相似,其同源性较低;NarY与大肠杆菌中的氨基酸序列的同源关系较近,说明异化型硝酸盐还原酶Nar中不同亚基的系统发育地位不同。研究结果表明,Halomonas alkaliphila X3菌株中存在编码Nar的基因簇narGYJV,编码蛋白具有独特的3D结构,不同亚基的系统发育地位不同。研究结果为进一步研究该菌的氮代谢通路选择和调控机制提供了依据。(本文来源于《中国海洋大学学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
蛋白结构预测论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折迭、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
蛋白结构预测论文参考文献
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[3].孔慧芳,张杰,李玉娇,龚巧巧,周彦霞.细粒棘球蚴重组蛋白EgG1Y162-2诱导表达条件的优化及其蛋白结构预测[J].中国病原生物学杂志.2019
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[10].王越,李秋芬,张艳.嗜碱盐单胞菌X3中异化型硝酸盐还原酶编码基因簇的功能验证及蛋白结构预测[J].中国海洋大学学报(自然科学版).2019