导读:本文包含了分子对接分子动力学模拟论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:整合酶链转移抑制剂,叁维定量构效关系,分子对接,分子动力学模拟
分子对接分子动力学模拟论文文献综述
刘冬琳,刘鹰翔,李耿,马玉卓,曾巧玲[1]（2019）在《HIV-1整合酶链转移抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究》一文中研究指出为了获得高活性、结构新颖的整合酶链转移(INST)抑制剂,本文采用Co MFA和Co MSIA两种方法对32个萘啶类INST抑制剂进行了叁维定量构效关系研究,并建立了相关模型,其交叉验证系数分别为q~2=0. 809和q~2=0. 816,拟合验证系数分别为r~2=0. 998和r~2=0. 981,表明所建立的模型是可靠的且具有一定的预测能力。利用分子对接探讨小分子化合物与INST蛋白的相互作用模式,结果表明,萘啶类化合物主要通过疏水作用和氢键作用与INSTIs蛋白结合。最后通过分子动力学模拟进一步验证对接结果发现,对接的结合模式与分子动力学模拟得到的结果是一致的。本研究获得的综合模型和推论可以为开发有效的HIV INSTIs提供重要的理论信息。(本文来源于《化学通报》期刊2019年07期）
易忠胜,段家喜,聂瑾芳,赵赛[2]（2018）在《基于分子对接、分子动力学模拟的新型酰胺-膦酸酯类hsEH抑制剂的QSAR研究》一文中研究指出结合定量结构-活性相关(QSAR)技术和分子对接、分子动力学(MD)模拟,研究了新型酰胺-膦酸酯类衍生物与可溶性环氧化物水解酶(hsEH)结合的相互作用特征.二维QSAR模型表现出较好的拟合能力和预测能力(r~2=0.942,q2=0.918),并且模型表明酰胺-膦酸酯类衍生物中C—N键的频数对hsEH活性抑制能力具有重要影响.采用比较分子力场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)建立了相关性显着、预测能力强的叁维QSAR定量模型(CoMFA:r~2=0.986,q2=0.619;CoMSIA:r~2=0.912,q2=0.630),模型指出疏水作用力、静电作用力和氢键作用力对hsEH活性抑制能力有重要的影响.二维QSAR模型的预测结果更为准确,叁维QSAR模型更为直观地表现了由于分子结构差异导致不同的力场效应对预测结果的影响.分子对接结果指出了分子内酰胺基团、膦酸酯基团、以及—NH—分子结构能与氨基酸残基HIS524,ASP335,TYR383,TYR466,GLN384和Trp525形成稳定氢键来增加结合的稳定性,并且小分子受到氢键作用力的同时还受到结合位点疏水残基的强疏水作用力和芳香性π环之间相互吸引的π-π堆积的非共价键作用.分子动力学模拟通过残基结合后的柔性差异变化验证了结合位点分子对接结果的可靠性,结合自由能也为对接作用机制的合理性提供了验证.(本文来源于《分子科学学报》期刊2018年03期）
王志正[3]（2018）在《LSD1抑制剂的3D-QSAR，分子对接和分子动力学模拟研究》一文中研究指出组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶1(LSD1)是一种黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)依赖的氨基氧化酶,能够特异性地实现单甲基和双甲基化的组蛋白赖氨酸H3K4与H3K9的去甲基化过程。许多研究已经表明,LSD1在细胞内的过度表达直接与多种肿瘤的发生和发展,以及心脏的发育相关。利用RNA干扰技术或小分子LSDl抑制剂调节LSD1的表达量与活性,能够有效地控制肿瘤细胞的增殖、转移和侵袭。同时,靶向LSDl的抗肿瘤治疗方案表现出较高的选择性和较低的毒副作用。因此,LSDl已经成为了表观遗传学抗肿瘤药物的重要靶点。目前,已有一些新型的小分子LSD1抑制剂在体外实验中显示了良好的抗肿瘤活性,但它们的结构与活性之间的关系以及与LSD1蛋白的作用机理并不明确,相关的计算研究也很少。因此,运用定量构效关系(QSAR)、分子对接和分子动力学模拟的方法研究这些小分子抑制剂与LSD1之间的构效关系和作用机理,对于新型LSD1抑制剂的设计具有重要意义。本论文选取对LSD1具有良好抑制活性的叁个系列化合物,采用分子对接,比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)和分子动力学模拟的方法进行叁维定量构效关系和作用机理的研究。经过计算分析,构建了具有良好统计参数和预测能力的3D-QSAR模型,发现了影响活性的关键结构特征以及关键的氨基酸残基。这些发现,为设计高效、高选择性的新型LSD1抑制剂提供了思路。本文包括以下几个部分:第一章前言,主要介绍LSD1的结构及其生物学作用,并总结了LSD1抑制剂的研究现状和研究进展。同时介绍了计算机辅助药物设计的发展,常用的计算方法和基本原理,着重介绍了本论文使用的计算方法,并说明了本论文的研究方案。第二章,选取了一系列对LSD1具有良好活性的6-芳基-5-氰基嘧啶类化合物,该类化合物可竞争性地结合到LSD1的FAD结合位点,我们对其进行了3D-QSAR,分子对接和分子动力学模拟研究。运用分子对接,分析抑制剂与LSD1可能的结合模式和活性构象,在此基础上,运用3D-QSAR的方法,建立了具有可靠统计学意义和预测能力的3D-QSAR模型,并据此对化合物的构效关系进行讨论。使用分子动力学模拟的方法验证复合物结合模式的稳定性,并通过结合自由能的计算及分解,找出可能影响化合物活性的关键氨基酸残基。第叁章,选取了一系列对LSD1具有良好活性的吡啶衍生物,该类化合物可竞争性地结合到LSD1的底物位点,从而发挥抑制作用。我们对这些化合物进行了3D-QSAR,分子对接和分子动力学模拟研究。运用分子对接,研究抑制剂与LSD1可能的结合模式和活性构象,在此基础上,运用3D-QSAR的方法,建立了具有良好统计学参数和可靠预测能力的3D-QSAR模型,对化合物的影响活性的因素进行讨论。使用分子动力学模拟的方法验证复合物结合模式的稳定性,并通过结合自由能的计算及分解,找出影响化合物活性的关键氨基酸残基。第四章,由于底物竞争性抑制剂表现出更好的活性,我们选取了一系列作用于LSD1底物结合位点的(4-氰基苯基)甘氨酸衍生物,对其进行了3D-QSAR,分子对接和分子动力学模拟研究,希望能进一步证实第叁章的研究结果。运用分子对接,探索了化合物与LSD1可能的结合模式并得到了化合物的活性构象,在此基础上,运用3D-QSAR方法,建立了具有良好统计学参数和可靠预测能力的3D-QSAR模型,对化合物的影响活性的因素进行讨论。使用分子动力学模拟的方法验证复合物结合模式的稳定性,并通过结合自由能的计算及分解,找出影响化合物活性的关键氨基酸残基。第五章,对本论文的工作进行了简要的总结与展望。(本文来源于《郑州大学》期刊2018-04-01）
蔡晓力[4]（2018）在《JAK3选择性抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究》一文中研究指出非受体型酪氨酸蛋白激酶JAK3主要存在于人体内的各造血组织细胞中进行表达,并且在人体的造血和免疫调节反应等相关细胞内过程中能够起到重要的作用,近年来被看作是一种治疗类风湿性关节炎等免疫缺陷类疾病的重要靶点,具有良好的药用前景。然而至今依然缺乏对JAK3激酶具有高度选择性的治疗药物,由于选择性的不足导致服用当前上市的JAK3抑制剂药物可能会产生严重不良反应。所以设计研发具有高度选择性的JAK3抑制剂成为了这一领域的重点问题。目前,有文献报道了一系列嘧啶类JAK3选择性共价抑制剂,具有对JAK3激酶高度的选择性,但是对于这一类化合物结构与活性的关系以及化合物与受体蛋白之间的相互作用模式的报道尚不明确。本研究利用计算机辅助药物设计方法对这一类化合物进行分子模拟研究,有助于完善JAK3抑制剂与受体蛋白的作用模式以及新型JAK3选择性抑制剂的设计与优化提供相关信息。本论文从文献中选取了被报道对JAK3激酶有高度选择性和良好活性的52个嘧啶类化合物,分别通过分子对接、分子动力学和叁维定量构效关系对它们进行了理论研究。使用分子对接和分子动力学探析了这类化合物与受体蛋白的结合模式以及对复合物稳定性起到关键作用的结构特征;使用叁维定量构效关系获得了两个具有高度可靠性和预测能力的3D-QSAR模型,分析模型获得了化合物结构与活性之间的关系,并以此为线索对化合物进行了结构优化,最终设计了16个新的化合物。我们希望本研究能够为设计新型JAK3选择性抑制剂提供有效信息。本文包括如下四个章节:第一章:主要概括了类风湿性关节炎的危害、病因和发病机制并介绍了JAK-STAT信号通路在类风湿性关节炎发病过程中起到的关键作用,特别是信号通路中JAK3激酶的独特地位和作用,以及JAK3激酶抑制剂的研究进展。最后介绍了计算机辅助药物设计的常用方法和原理,提出了本课题的研究意义。第二章:从文献中选取了52个嘧啶类化合物,对它们进行了分子对接和分子动力学模拟研究,探索了化合物与受体之间的作用模式,并找到了影响两者结合稳定的关键氨基酸。第叁章:对上述52个嘧啶类化合物进行叁维定量构效关系研究,构建了2个具有高度可靠性和预测能力的数学模型。对模型进行分析得到了化合物结构与活性之间的关系,以此为基础对化合物进行了结构优化,设计出16个新的化合物并对它们进行了活性和ADMET预测。第四章:对本研究做出了总结和展望(本文来源于《广东药科大学》期刊2018-03-20）
张玲,刘鹰翔,赵钟祥,蔡晓力,马玉卓[5]（2018）在《由3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究吲唑类化合物与PI3Kδ抑制剂的相互作用》一文中研究指出磷酸肌醇3-激酶δ(PI3Kδ)参与慢性阻塞性肺疾病的炎性过程并且被鉴定为一个新的潜在治疗靶点。本文采用叁维定量构效关系(3D-QSAR)、分子对接和分子动力学方法研究了47个吲唑类化合物与P13Kδ激酶的相互作用,并建立了相应的模型。其中,比较分子场分析(CoMFA)模型q~2=0.719,r~2=0.972;比较分子相似性指数分析(CoMSIA)模型q~2=0.649,r~2=0.983,表明所建的QSAR模型具有稳定可靠的预测能力。CoMFA和CoMSIA等势图形象地描述了不同的场效应对活性的影响,其中立体场、疏水场及氢键受体场对活性有较大的贡献。接着采用分子对接探索小分子化合物与P13Kδ的结合模式,结合模式显示吲唑类化合物主要通过氢键作用与疏水作用与P13Kδ紧密结合,并且通过分子动力学模拟进一步验证了对接结果。最后根据等势图、对接模式和分子动力学模拟获取的信息设计了8个化合物,研究表明它们均能与PI3Kδ较好结合。(本文来源于《化学通报》期刊2018年02期）
潘显超,杨亚,魏潇,刘平先,王力[6]（2017）在《分子对接和分子动力学模拟P450 119过氧化酶催化苯乙烯类底物研究》一文中研究指出源于古原核生物硫化叶菌的P450119酶是热稳定性P450酶,晶体结构解析和定点突变研究表明催化活性位点的结构改造不影响其热稳定性,并具有过氧化酶(Peroxygenase)功能结构,能催化苯乙烯类底物的不对称环氧化反应,具有高度的区域选择性和立体选择性,在苯丙烯类天然产物环氧化合成中具有较好的应用前景[1-4]。我们近期采用定向进化技术对活性中心部位和底物通道进行结构改造,有效提高突变酶催化效率,并以野生型晶体结构为模板,采用分子对接和分子动力学模拟方法对P450119酶及其突变体与底物苯乙烯类的结合模式和结合活性进行了比较研究。活性中心附近氨基酸残基扰动分析结果显示,T213和T214的RMSF值较小,底物双键与突变体T213G和T214V活性中心的距离更接近,其催化活性相对较高且对不同底物催化活性有差异(Figure1)。我们还对P450119酶的底物结合通路进行了分析并设计了系列突变体,初步实验结果验证了这些突变对底物的催化活性具有重要影响。上述结果可为P450 119酶的理性设计和结构改造提供重要参考。(本文来源于《第十届全国化学生物学学术会议论文摘要集（墙报）》期刊2017-09-23）
黄相中,侯书群,夏福婷,李艳红,王韦[7]（2016）在《黄酮类衍生物抗癌活性的分子对接、分子动力学模拟和定量构效关系研究》一文中研究指出研究具有抗癌活性的黄酮类衍生物的定量构效关系(QSAR)、对接分析、作用机理及分子动力学的模拟。首先,利用传统的多元线性回归、基于SMILES编码的新型方法、3D-QSAR中的比较分子力场分析(CoMFA)与比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对作为核因子-κ蛋白激酶抑制剂的一系列黄酮类衍生物的结构与活性关系进行了研究,得到了多种可靠的模型,并对模型进行了验证。其中基于原子契合方式构建的模型为最佳预测模型(CoMFA r~2=0.945,q_(LOO)~2=0.657;CoMSIA r~2=0.952,q_(LOO)~2=0.671)。此模型进一步通过14个化合物组成的样本外测试集进行验证,结果由CoMFA和CoMSIA模型得到的测试集外部验证系数(r_(pred)~2)分别为0.751和0.854。其次,利用分子对接和分子动力学模拟研究了这些黄酮类衍生物和核因子-κ蛋白激酶(PDB ID:4G3D)之间的相互作用,结果表明CoMFA和CoMSIA的立体、静电、疏水等力场系数等高图与分子对接的结果相一致,而分子动力学模拟又进一步验证了分子对接的结果。这些研究有助于揭示抑制剂与蛋白酶之间的作用模式,为进一步的新型抗癌药物的理性设计提供有益的信息。(本文来源于《中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学》期刊2016-07-01）
黄相中,侯书群,夏福婷,李艳红,王韦[8]（2016）在《黄酮类衍生物抗癌活性的分子对接、分子动力学模拟和定量构效关系研究》一文中研究指出研究具有抗癌活性的黄酮类衍生物的定量构效关系(QSAR)、对接分析、作用机理及分子动力学的模拟。首先,利用传统的多元线性回归、基于SMILES编码的新型方法、3D-QSAR中的比较分子力场分析(CoMFA)与比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对作为核因子-κ蛋白激酶抑制剂的一系列黄酮类衍生物的结构与活性关系进行了研究,得到了多种可靠的模型,并对模型进行了验证。其中基于原子契合方式构建的模型为最佳预测模型(CoMFA r~2=0.945,q_(LOO)~2=0.657;CoMSIA r~2=0.952,q_(LOO)~2=0.671)。此模型进一步通过14个化合物组成的样本外测试集进行验证,结果由CoMFA和CoMSIA模型得到的测试集外部验证系数(r_(pred)~2)分别为0.751和0.854。其次,利用分子对接和分子动力学模拟研究了这些黄酮类衍生物和核因子-κ蛋白激酶(PDB ID:4G3D)之间的相互作用,结果表明CoMFA和CoMSIA的立体、静电、疏水等力场系数等高图与分子对接的结果相一致,而分子动力学模拟又进一步验证了分子对接的结果。这些研究有助于揭示抑制剂与蛋白酶之间的作用模式,为进一步的新型抗癌药物的理性设计提供有益的信息。(本文来源于《中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学》期刊2016-07-01）
伍智蔚,易忠胜,董露,冯理涛[9]（2016）在《结合QSAR、分子对接和动力学模拟剖析小分子与不同受体的结合亲和力》一文中研究指出本文从叁种不同的角度分析小分子与受体的结合情况,互相补充,为探讨不同类型结合模式提供有用的信息和研究手段。利用比较分子相似性指数法(CoMSIA)和分子全息定量构效关系法(HQSAR),建立一系列小分子与不同受体(AhR和TTR)亲和力活性数据的定量构效关系预测模型。结果表明模型均具有较高稳定性和预测能力(q~2>0.55,r~2>0.85)。同时,根据CoMSIA模型的等值线图和HQSAR模型的原子贡献图得出BDE154和BDE019与受体之间的结合作用方式,主要为疏水作用,带羟基基团化合物不利于与受体结合。此外,分子对接结果表明模型的结合力类型分别为疏水作用和π-π堆积作用。而分子动力学模拟的结果表明,随着小分子的加入,受体的二级结构发生转变。(本文来源于《分析科学学报》期刊2016年03期）
王井丽[10]（2016）在《新型激酶抑制剂分子的3D-QSAR，分子对接和分子动力学模拟研究》一文中研究指出酪氨酸激酶JAK3(Janus Kinase 3,JAK3)是一类胞质内非受体型的蛋白激酶,仅存在于骨髓和淋巴系统。它在含有γ链的免疫调节因子受体JAK-STAT信号通路中起着非常重要的作用,是小分子免疫抑制剂的新发现的作用靶点。本论文首先对收集的60个具有活性数据的JAK3激酶抑制剂采用叁维定量构效关系(3D-QSAR),分子对接和分子动力学等多种计算机模拟方法进行研究。建立了具有可靠性的3D-QSAR模型,其比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性分析(CoMSIA)模型统计的相关性结果分别是:q2 = 0.715,r2 = 0.992和q2 = 0.739,r2 = 0.995。根据五种力场等值图可知化合物的结构信息并设计了具有潜在高活性的新化合物。分子对接结果表明,氨基酸Gly829,Lys830,Va1836,Ser835,Asp967与配体小分子形成重要的静电相互作用,及疏水性氨基酸 Leu828,Cys909,Arg953,Ile955,Leu956,Ala966 和 Asn954 也具有非常重要的作用等。此外,分子动力学模拟进一步验证了分子对接的结论,并在分子动力学稳定构象的基础上,计算了结合自由能,表明范德华力的贡献对整体结合自由能的贡献最大等重要信息。因此,所得的结论为开发新的高活性的抑制剂分子提供一定的理论指导。Src homology(SH2)结构域是酪氨酸蛋白激酶信号传导通路中的一个重要组成部分。SH2结构域参与的信号通路的异常,可导致多种肿瘤及遗传性疾病的发生,因此SH2结构域可以作为一种潜在的药物靶标,其抑制剂可成为一种新的具有分子靶向的抗癌药。本文借助计算机辅助模拟设计软件,对SH2结构域激酶抑制剂进行了理论研究工作,建立了可靠的 3D-QSAR 模型(CoMFA:q2 = 0.566,r2 = 0.957;CoMSIA:q2 = 0.664,r2= 0.967),并利用分子对接方法研究其与受体蛋白的可能作用机理。根据得到的信息设计了新的具有潜在高活性的抑制剂分子。(本文来源于《上海应用技术大学》期刊2016-05-25）
分子对接分子动力学模拟论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
结合定量结构-活性相关(QSAR)技术和分子对接、分子动力学(MD)模拟,研究了新型酰胺-膦酸酯类衍生物与可溶性环氧化物水解酶(hsEH)结合的相互作用特征.二维QSAR模型表现出较好的拟合能力和预测能力(r~2=0.942,q2=0.918),并且模型表明酰胺-膦酸酯类衍生物中C—N键的频数对hsEH活性抑制能力具有重要影响.采用比较分子力场分析方法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)建立了相关性显着、预测能力强的叁维QSAR定量模型(CoMFA:r~2=0.986,q2=0.619;CoMSIA:r~2=0.912,q2=0.630),模型指出疏水作用力、静电作用力和氢键作用力对hsEH活性抑制能力有重要的影响.二维QSAR模型的预测结果更为准确,叁维QSAR模型更为直观地表现了由于分子结构差异导致不同的力场效应对预测结果的影响.分子对接结果指出了分子内酰胺基团、膦酸酯基团、以及—NH—分子结构能与氨基酸残基HIS524,ASP335,TYR383,TYR466,GLN384和Trp525形成稳定氢键来增加结合的稳定性,并且小分子受到氢键作用力的同时还受到结合位点疏水残基的强疏水作用力和芳香性π环之间相互吸引的π-π堆积的非共价键作用.分子动力学模拟通过残基结合后的柔性差异变化验证了结合位点分子对接结果的可靠性,结合自由能也为对接作用机制的合理性提供了验证.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子对接分子动力学模拟论文参考文献
[1].刘冬琳,刘鹰翔,李耿,马玉卓,曾巧玲.HIV-1整合酶链转移抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究[J].化学通报.2019
[2].易忠胜,段家喜,聂瑾芳,赵赛.基于分子对接、分子动力学模拟的新型酰胺-膦酸酯类hsEH抑制剂的QSAR研究[J].分子科学学报.2018
[3].王志正.LSD1抑制剂的3D-QSAR，分子对接和分子动力学模拟研究[D].郑州大学.2018
[4].蔡晓力.JAK3选择性抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究[D].广东药科大学.2018
[5].张玲,刘鹰翔,赵钟祥,蔡晓力,马玉卓.由3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究吲唑类化合物与PI3Kδ抑制剂的相互作用[J].化学通报.2018
[6].潘显超,杨亚,魏潇,刘平先,王力.分子对接和分子动力学模拟P450119过氧化酶催化苯乙烯类底物研究[C].第十届全国化学生物学学术会议论文摘要集（墙报）.2017
[7].黄相中,侯书群,夏福婷,李艳红,王韦.黄酮类衍生物抗癌活性的分子对接、分子动力学模拟和定量构效关系研究[C].中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学.2016
[8].黄相中,侯书群,夏福婷,李艳红,王韦.黄酮类衍生物抗癌活性的分子对接、分子动力学模拟和定量构效关系研究[C].中国化学会第30届学术年会摘要集-第二十五分会：化学信息学与化学计量学.2016
[9].伍智蔚,易忠胜,董露,冯理涛.结合QSAR、分子对接和动力学模拟剖析小分子与不同受体的结合亲和力[J].分析科学学报.2016
[10].王井丽.新型激酶抑制剂分子的3D-QSAR，分子对接和分子动力学模拟研究[D].上海应用技术大学.2016