导读:本文包含了加工假基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:加工假基因,功能基因,非均匀指数,碱基关联
加工假基因论文文献综述
刘红梅[1]（2013）在《人类核糖体蛋白加工假基因与其同源基因的序列信息差异》一文中研究指出引入信息参数—非均匀指数和紧邻碱基关联,对核糖体蛋白加工假基因与对应核糖体蛋白基因编码序列之间进行了对比分析,发现绝大多数(约占89%)假基因的非均匀性明显弱于对应功能基因编码序列,绝大多数(约占88%)假基因的紧邻碱基关联强于对应基因编码序列。(本文来源于《科技创新导报》期刊2013年02期）
刘国庆,李宏,赵朝霞[2]（2009）在《加工假基因演化过程中的两种信息流》一文中研究指出定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地用来表征加工假基因的突变信息。(本文来源于《生物信息学》期刊2009年03期）
刘国庆[3]（2009）在《减数分裂重组对二核苷偏好性及加工假基因分布的影响》一文中研究指出进化论是整个生物学的指导思想。生命进化的物质基础是变异,而变异的主要来源是突变和重组。如果没有重组,只有突变发生时才能改变基因组,这无疑将大大降低生命进化的效率。减数分裂重组是真核细胞减数分裂过程中同源染色体之间遗传物质的交换。重组过程通过形成交叉对减数分裂期同源染色体的正确分离起到至关重要的作用。除此之外,重组可通过选择或突变的方式在基因组进化过程中扮演着很多重要角色。尽管随着许多真核基因组测序工作的完成和遗传图谱的不断完善,重组与序列之间的相互作用机理一直在被人们探索并发现,但由于重组与各种序列特征之间的相互影响在基因组这个大环境中显得尤为复杂,还有很多未知问题有待探索和解决。二核苷相对丰度谱是反映基因组整体水平上的选择压力或突变偏好性的“基因组指纹”,它在基因组进化研究、系统发生分析中发挥着独特而重要的作用。因此,揭示基因组指纹的形成与进化压力是基因组进化研究的重要内容之一。假基因是丧失蛋白质编码能力的基因拷贝,它从分子水平上记录了基因组序列数百万年的进化路线,为基因组动力学和进化研究提供了理想的材料。尤其,加工假基因由于其反转座起源而在基因组进化研究中备受青睐。揭示加工假基因分布中所蕴含的进化压力对基因组进化研究有重要意义。基于这一思路,本文主要研究了减数分裂重组对基因组序列二核苷偏好性及加工假基因分布和进化的影响,并对其机理性的问题进行了探讨。主要研究内容如下:1.在得到果蝇重组率数据的基础上,研究果蝇基因组中二核苷偏好性和重组率的相关性。结果发现,在整个基因组范围内编码和非编码序列的总体二核苷偏好性均与重组率显着正相关。我们给出了不同二核苷偏好性与重组率的关联模式,并讨论了重组与二核苷偏好性的相互作用机理。就重组如何影响二核苷偏好性这一问题,我们提出了一种新的解释模型,即重组可能通过一种在整个基因组范围内普遍存在的机制——依赖紧邻碱基的基因转换影响二核苷偏好性。2.利用高密度人类遗传图谱得到重组率数据的基础上,研究人类基因组中二核苷偏好性和重组率的关系。结果发现在整个基因组范围内编码序列的总体二核苷偏好性与重组率显着负相关,而对非编码序列来说却显着正相关。另外,给出了具体二核苷偏好性与重组率的关联模式,讨论了重组与二核苷偏好性的相互作用机理,并与果蝇基因组进行了比较。研究结果表明,重组对基因组指纹的形成与进化有着重要作用。3.传统的观点认为,加工假基因在染色体上的插入是随机的。然而,通过分析发现人类加工假基因密度与重组率负相关,这有以下几种可能的解释:重组抑制模型认为,加工假基因可能会通过降低同源染色体同源性的方式起到降低重组率的作用;有害插入模型认为,若加工假基因在染色体上的插入突变是有害的,则在低重组区由于Hill-Robertson干涉较多,选择效率降低,导致加工假基因偏好插入到低重组区;异位重组模型认为,加工假基因在低重组区的偏好分布是对高重组区同源加工假基因之间异位重组事件负选择的结果;弱选择模型认为,由于低重组区Hill-Robertson干涉较多,选择压力会使加工假基因偏好插入到低重组区来减少干涉,促进相邻基因或外显子之间的独立进化。我们还发现,加工假基因密度与基因密度正相关,有两种可能的解释:一、加工假基因在基因密区的插入可能具有选择优势,因为这种插入突变可能有助于提高弱选择位点间的重组频率,从而减少Hill-Robertson干涉并促进相邻基因或外显子的独立进化;二、相比基因分布稀少的区域,异位重组在基因密区较少发生,这可以导致加工假基因较多地保留在基因密区。4.重组抑制模型、有害插入模型、异位重组模型和弱选择模型均有可能解释人类加工假基因密度与重组率之间的负相关性。区分验证这些不同的模型具有重要意义。通过分析发现,相比其它加工假基因,具有异位重组潜能的加工假基因,即同源相邻加工假基因更加偏好分布于低重组区(0.0-0.4 cM/Mb),差异检验也显示同源相邻加工假基因位点的重组率显着低于其它加工假基因重组率(P＜0.0001),这表明同源相邻加工假基因的分布中存在异位重组效应。不具有异位重组潜能的加工假基因也具有偏好分布于低重组区的趋势,这表明加工假基因的分布中还存在与异位重组无关的效应。另外还发现较长的加工假基因更加偏好分布于低重组区的长度效应。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2009-05-20）
刘国庆,李宏[4]（2008）在《人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系》一文中研究指出分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,所以加工假基因较多地插入到低重组区;在异位重组模型下,同源加工假基因家族(包括同源祖先基因)之内可能发生异位重组而对机体造成危害,所以加工假基因在高重组区的插入受到较强的负选择,导致加工假基因较多地分布在低重组区。除以上两种模型以外,加工假基因还可能通过降低重组率的方式对加工假基因密度与重组率的负相关有所贡献。加工假基因偏好分布在基因密区,这可能与异位重组在该区较少发生有关。(本文来源于《生物物理学报》期刊2008年05期）
刘国庆,李宏,王芳平,应智强[5]（2007）在《人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变》一文中研究指出用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.(本文来源于《内蒙古大学学报(自然科学版)》期刊2007年06期）
张玉洪,胥飚,葛明建[6]（1999）在《加工过的假基因影响RT─PCR的可靠性》一文中研究指出为了探讨加工过的假基因对ＲＴ－ＰＣＲ的干扰以及克服的方法，运用ＢＴ－ＰＣＲ技术扩增各种组织中的β－ａｃｔｉｎ基因序列。通过设立各种对照可以发现加工过的假基因的存在，在ＲＮＡ中残存有０．１％的ＤＮＡ均可引起其结果的假阳性。哺乳类动物中加工过的假基因可能普遍存在，在ｃＤＮＡ合成前用ＤＮａｓｅ消化ＲＮＡ样品，对于提高ＲＴ－ＰＣＲ的可靠性极为重要。(本文来源于《重庆医科大学学报》期刊1999年01期）
葛明建,张玉洪,李良彬,胥飚,王梅[7]（1998）在《RT-PCR中加工过的假基因的干扰及解决办法》一文中研究指出目的发现和克服ＲＴ－ＰＣＲ中可能存在的假基因的干扰。方法采用ＲＴ－ＰＣＲ法扩增人肺鳞癌标本中角蛋白１９（ＣＫ１９ｃＤＮＡ或ＤＮＡ序列。结果通过设立分别以基因组ＤＮＡ和未经逆转录的ＲＮＡ为模板的对照可观察到ＣＫ１９假基因的干扰现象。用脱氧核糖核酸酶预处理ＲＮＡ标本或在设计错配引物的基础上选择合适的退火温度可消除干扰。结论在运用ＲＴ－ＰＣＲ法分析哺乳动物基因表达时常存在假基因的干扰，以上方法可有效地发现和克服这种干扰作用(本文来源于《中华医学遗传学杂志》期刊1998年03期）
王吉伟[8]（1996）在《人类细胞内的mRNA“逆转座”过程:产生加工过的假基因》一文中研究指出除感染性逆病毒外,已知几种“内源性”可移动元件如酵母体内的类病毒反转录转座子Ty、小鼠内的IAP及非病毒LINE元件可通过转座子编码的逆转录酶的介导,将转座子基因组RNA转录本经逆转录转座(transposition)复制。有迹象表明,哺乳(本文来源于《国外医学(分子生物学分册)》期刊1996年06期）
加工假基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地用来表征加工假基因的突变信息。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
加工假基因论文参考文献
[1].刘红梅.人类核糖体蛋白加工假基因与其同源基因的序列信息差异[J].科技创新导报.2013
[2].刘国庆,李宏,赵朝霞.加工假基因演化过程中的两种信息流[J].生物信息学.2009
[3].刘国庆.减数分裂重组对二核苷偏好性及加工假基因分布的影响[D].内蒙古大学.2009
[4].刘国庆,李宏.人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系[J].生物物理学报.2008
[5].刘国庆,李宏,王芳平,应智强.人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变[J].内蒙古大学学报(自然科学版).2007
[6].张玉洪,胥飚,葛明建.加工过的假基因影响RT─PCR的可靠性[J].重庆医科大学学报.1999
[7].葛明建,张玉洪,李良彬,胥飚,王梅.RT-PCR中加工过的假基因的干扰及解决办法[J].中华医学遗传学杂志.1998
[8].王吉伟.人类细胞内的mRNA“逆转座”过程:产生加工过的假基因[J].国外医学(分子生物学分册).1996