适应性选择检测论文-OMMEH,Sheila,Cecily,肖宁

适应性选择检测论文-OMMEH,Sheila,Cecily,肖宁

导读:本文包含了适应性选择检测论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献,主要关键词:适应进化,纯化选择,候选基因,计算分子进化

适应性选择检测论文文献综述

OMMEH,Sheila,Cecily,肖宁[1](2017)在《芯片检测家禽繁殖和适应性特征候选基因的选择特征(英文)》一文中研究指出家禽是非常重要的农业资源,对妇女和青年占较高人口比例的发展中国家的农村贫困人口具有重要意义。然而,家禽养殖业正受到全球气候变化引起的低产量、低繁殖和致命的疾病暴发和热应激条件的威胁。基于公共数据库中的候选基因序列,及开源的BLASTp软件和程序可用于物种间的同源染色体基因选择比较分析。MUSCLE软件的FastMe命令可以执行多个序列比对之前的系统发育史重建。为探测候选基因的特征,采用PAML包的嵌套密码替换模型,通过似然比检验(LRTs)和贝叶斯(BEB)后验概率来计算非同义的替换率。该计算方法检测了蛋白质激酶(PKR)、2',5'-寡腺苷酸合成酶(OAS)、toll样受体7(TLR7)和toll样受体3(TLR3)免疫基因的适应和纯化选择的特征。热休克蛋白70(HSP70)、热休克蛋白90(HSP90)和小热休克蛋白(sH SP)基因中也检测到了纯化选择。在vipr1和生长激素受体中,所有的品系均证明发生了催乳素中的纯化选择,而品系导致家禽和其他鸟类物种受到积极的正选择。对于生长激素基因,在偶蹄类中检测到正向选择。胰岛素生长因子I受体基因在位于受体L域的460位置处的异亮氨酸上具有正选择。这些结果为后续的体外和体内研究的统计检测和实验验证奠定了基础,对发展中国家家禽养殖业的分子标记和品种的遗传改良的深入研究非常重要。(本文来源于《贵州师范大学学报(自然科学版)》期刊2017年06期)

刘念[2](2010)在《裸子植物的分子系统发育、分歧时间估计和适应性选择检测》一文中研究指出裸子植物是现存种子植物中的一大分支,其系统发育关系(尤其是盖子植物纲的系统位置)对于我们了解种子植物的进化具有极其重要的意义。本论文收集并测定了世界范围内涵盖16科71属(属等级约占83.5%)的裸子植物类群的核18S、26S、叶绿体16S、rbcL、matK、rps4和线粒体coxⅠ、atpⅠ的分子序列数据,力图在基于溯祖理论的模型指导下,利用上述8基因,以最大似然法(ML)等统计模型和STAR、STEAC和MPEST等软件重建真实的裸子植物物种树,分析采样数量、快速进化位点对构建物种树的影响,同时对造成裸子植物系统发育关系复杂的生物学因素进行探讨。基于8个基因的分析结果表明,所有单基因数据和基因联合数据都支持被子植物、银杏纲、苏铁纲、买麻藤纲、松科和非松科植物分别成一单系。18S基因ML系统发育树支持松杉纲成一单系,而松杉纲与买麻藤纲成姊妹群;26S基因ML系统发育树支持买麻藤纲与被子植物成姊妹群,银杏纲和苏铁纲成为姊妹群,松杉纲为一单系类群;叶绿体16S基因ML系统发育树中松杉纲成并系类群,买麻藤纲和非松科植物成姊妹群;叶绿体rbcL基因ML系统发育树分辨率低,各大类群成平行支;叶绿体matK基因ML系统发育树分辨率最高,该基因树中买麻藤纲成为种子植物的基出支,被子植物继其之后,银杏纲、苏铁纲和松杉纲聚为一支,松杉纲成单系类群;叶绿体rps4基因ML系统发育树中被子植物、苏铁纲和银杏纲聚为一支,剩余各大类群在叁组中都成为平行支;线粒体atpⅠ基因ML系统发育树中被子植物成为种子植物的基出支,松杉纲都成并系类群,松科与苏铁纲成姊妹群,买麻藤纲中麻黄与蕨类被聚为一支。8基因联合数据ML系统发育树的拓扑结构为(蕨类,(被子植物,(苏铁纲,(银杏纲,(非松科植物,(松科,买麻藤纲))))))。而去除密码子第叁碱基并不改变各单基因ML树和8基因联合ML系统发育树的拓扑结构,只是降低了各发育支的自展支持率和系统发育树的分辨率。物种采样数从20,45到70也不改变各ML系统发育树的拓扑结构。利用STAR分析方法获得的裸子植物物种树拓扑结构为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),STEAC方法获得的裸子植物物种树拓扑结构为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),而MPEST方法获得的裸子植物物种树拓扑结构则为(蕨类,((被子植物,(银杏纲,苏铁纲)),(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))。STAR, STEAC和MPEST叁种软件所得到的物种树都与8基因联合系统发育分析结果略有不同,但它们都一致支持松杉纲为单系类群,买麻藤与松杉纲为姊妹群。我们发现,STAR, STEAC和MPEST叁种方法所得到的物种树中,连接被子植物、苏铁纲、银杏纲、买麻藤纲、松科和非松科植物这些大类群的系统发育树的枝长都极短。这种情况极容易产生基因树与物种树不一致的现象,也就是所谓的"AGT (anomalous gene tree)现象”,它可以在一定程度上解释联合基因树与物种树不一致的原因。根据前人研究结果,AGT存在时距离法重建物种树优于ML法,也就是STEAC法和STAR法的分析结果较为可靠,因此裸子植物系统发育关系应为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),买麻藤应该是与松杉纲为姊妹群关系,而非原来研究中的松科。南洋杉科是最原始的松杉纲类群之一,其系统发育关系与起源(分歧)时间研究具有极为重要的意义。利用自行测定和GenBank中获得的核核糖体18S和26S、叶绿体16S、rbcL、matK和rps4以及线粒体coxl和atpl等8个基因的DNA序列,利用BEST软件重建了南洋杉科物种树,确定该科属间系统发育关系应为((瓦勒迈杉属,贝壳杉属),南洋杉属)。以瓦勒迈杉属和南洋杉属Araucaria族和Eutacta族的化石记录作为时间标定,利用PAML软件估计南洋杉科的起源在308±53百万年前,即该科在石炭纪晚期起源,而非以往认为的叁迭纪。用相同基因组合还估计出南洋杉属起源于246±47百万年前,贝壳杉属起源于61±15百万年前。此外,我们采用PAML程序检测麻黄属14种及其他9种裸子植物rbcL基因的适应性进化。以“分枝”模型检测到该属植物RbcL蛋白催化活性区先后经历了叁次大范围的选择;以“分枝-位点”模型检测出在该基因第365位密码子位点存在正选择的物种;计算机叁维结构模建进一步显示该位点引起RbcL蛋白βG折迭、βH折迭和βE折迭的空间结构变化,这些变化可能与麻黄属该蛋白对环境的适应有关。(本文来源于《复旦大学》期刊2010-04-10)

适应性选择检测论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

裸子植物是现存种子植物中的一大分支,其系统发育关系(尤其是盖子植物纲的系统位置)对于我们了解种子植物的进化具有极其重要的意义。本论文收集并测定了世界范围内涵盖16科71属(属等级约占83.5%)的裸子植物类群的核18S、26S、叶绿体16S、rbcL、matK、rps4和线粒体coxⅠ、atpⅠ的分子序列数据,力图在基于溯祖理论的模型指导下,利用上述8基因,以最大似然法(ML)等统计模型和STAR、STEAC和MPEST等软件重建真实的裸子植物物种树,分析采样数量、快速进化位点对构建物种树的影响,同时对造成裸子植物系统发育关系复杂的生物学因素进行探讨。基于8个基因的分析结果表明,所有单基因数据和基因联合数据都支持被子植物、银杏纲、苏铁纲、买麻藤纲、松科和非松科植物分别成一单系。18S基因ML系统发育树支持松杉纲成一单系,而松杉纲与买麻藤纲成姊妹群;26S基因ML系统发育树支持买麻藤纲与被子植物成姊妹群,银杏纲和苏铁纲成为姊妹群,松杉纲为一单系类群;叶绿体16S基因ML系统发育树中松杉纲成并系类群,买麻藤纲和非松科植物成姊妹群;叶绿体rbcL基因ML系统发育树分辨率低,各大类群成平行支;叶绿体matK基因ML系统发育树分辨率最高,该基因树中买麻藤纲成为种子植物的基出支,被子植物继其之后,银杏纲、苏铁纲和松杉纲聚为一支,松杉纲成单系类群;叶绿体rps4基因ML系统发育树中被子植物、苏铁纲和银杏纲聚为一支,剩余各大类群在叁组中都成为平行支;线粒体atpⅠ基因ML系统发育树中被子植物成为种子植物的基出支,松杉纲都成并系类群,松科与苏铁纲成姊妹群,买麻藤纲中麻黄与蕨类被聚为一支。8基因联合数据ML系统发育树的拓扑结构为(蕨类,(被子植物,(苏铁纲,(银杏纲,(非松科植物,(松科,买麻藤纲))))))。而去除密码子第叁碱基并不改变各单基因ML树和8基因联合ML系统发育树的拓扑结构,只是降低了各发育支的自展支持率和系统发育树的分辨率。物种采样数从20,45到70也不改变各ML系统发育树的拓扑结构。利用STAR分析方法获得的裸子植物物种树拓扑结构为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),STEAC方法获得的裸子植物物种树拓扑结构为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),而MPEST方法获得的裸子植物物种树拓扑结构则为(蕨类,((被子植物,(银杏纲,苏铁纲)),(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))。STAR, STEAC和MPEST叁种软件所得到的物种树都与8基因联合系统发育分析结果略有不同,但它们都一致支持松杉纲为单系类群,买麻藤与松杉纲为姊妹群。我们发现,STAR, STEAC和MPEST叁种方法所得到的物种树中,连接被子植物、苏铁纲、银杏纲、买麻藤纲、松科和非松科植物这些大类群的系统发育树的枝长都极短。这种情况极容易产生基因树与物种树不一致的现象,也就是所谓的"AGT (anomalous gene tree)现象”,它可以在一定程度上解释联合基因树与物种树不一致的原因。根据前人研究结果,AGT存在时距离法重建物种树优于ML法,也就是STEAC法和STAR法的分析结果较为可靠,因此裸子植物系统发育关系应为(蕨类,((被子植物,苏铁纲),(银杏纲,(买麻藤纲,(松科,非松科植物))))),买麻藤应该是与松杉纲为姊妹群关系,而非原来研究中的松科。南洋杉科是最原始的松杉纲类群之一,其系统发育关系与起源(分歧)时间研究具有极为重要的意义。利用自行测定和GenBank中获得的核核糖体18S和26S、叶绿体16S、rbcL、matK和rps4以及线粒体coxl和atpl等8个基因的DNA序列,利用BEST软件重建了南洋杉科物种树,确定该科属间系统发育关系应为((瓦勒迈杉属,贝壳杉属),南洋杉属)。以瓦勒迈杉属和南洋杉属Araucaria族和Eutacta族的化石记录作为时间标定,利用PAML软件估计南洋杉科的起源在308±53百万年前,即该科在石炭纪晚期起源,而非以往认为的叁迭纪。用相同基因组合还估计出南洋杉属起源于246±47百万年前,贝壳杉属起源于61±15百万年前。此外,我们采用PAML程序检测麻黄属14种及其他9种裸子植物rbcL基因的适应性进化。以“分枝”模型检测到该属植物RbcL蛋白催化活性区先后经历了叁次大范围的选择;以“分枝-位点”模型检测出在该基因第365位密码子位点存在正选择的物种;计算机叁维结构模建进一步显示该位点引起RbcL蛋白βG折迭、βH折迭和βE折迭的空间结构变化,这些变化可能与麻黄属该蛋白对环境的适应有关。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

适应性选择检测论文参考文献

[1].OMMEH,Sheila,Cecily,肖宁.芯片检测家禽繁殖和适应性特征候选基因的选择特征(英文)[J].贵州师范大学学报(自然科学版).2017

[2].刘念.裸子植物的分子系统发育、分歧时间估计和适应性选择检测[D].复旦大学.2010

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