本文主要研究内容
作者王姣（2019）在《地黄属植物全基因组复制与物种分化研究》一文中研究指出：基因组测序已经证明,除了频繁的小规模重复之外,在生物进化树的许多分支上发现大规模的重复事件,即全基因组复制(WGD)。大多数有花植物其实是古多倍体,在其进化早期经历了一个或多个全基因组复制。基因加倍被认为是进化的加速器,最近的研究表明,多倍体物种能够增加对不同环境条件的耐受性,具有更高的适应性。地黄属在进化历史上是否经历全基因组复制事件仍不清楚,本文利用地黄属转录组数据,通过系统发育学分析方法估计了14个被子植物的系统关系与分化时间,并使用Ks值分析地黄属5个物种是否存在WGD事件。研究表明该属植物在进化历史上经历过两次全基因组复制事件,分别对应核心双子叶植物共享的γ古六倍体化事件(约116.07～128.28 mya),始新世中-晚期全球从温室向冰期过渡的关键时期(约42.76～48.87 mya)。多次古多倍化事件产生的复制基因对地黄属的功能进化有重要的影响。复制基因可以为植物基因的功能进化提供重要的材料来源,各种基因家族的复制扩增与减少可能加速了物种的分化,因此我们想探究经历了多倍化后的受选择基因在物种进化过程中的遗传多样性水平以及这些受选择基因是否促进了地黄属植物的分化与适应性。地黄属的5个种具有不同地理分布与生态环境,地理生境的差异性往往导致种内种间自然选择强度的不同。随着测序成本降低以及生物信息学技术的发展,利用高通量转录组对生物体基因携带的遗传信息进行深入挖掘的可行性増髙。为探讨地黄属各物种可能的生态适应性,我们首先利用地黄属转录组数据筛选出来五个物种共有的单拷贝受选择基因,并进行GO注释和KEGG注释,寻找出了共有受选择基因所控制的基因功能及其所参与的代谢通路,为地黄属物种的生长发育条件、各种代谢途径调控以及物种适应性进化的研究奠定了基础,同时为地黄属植物多种药物代谢通路和优良种质选育研究提供科学指导及参考。在此基础上,我们对来自自然地理分布区内的32个个体,进行了简化基因组测序,以筛选出的共有单拷贝受选择基因作为参考进行组装比对,从而推测这些核基因片段所控制的细胞功能及参与的细胞过程,并利用这些核基因片段进行核苷酸多样性及中性检验分析、单倍型谱系关系分析来解释了一些简单的种间关系。结果发现,地黄属水平上的9组核基因片段共得到了10～29个单倍型,单倍型多样性平均值为0.879,核苷酸多样性平均值为0.03366,可以看出地黄属具有较高的遗传多样性水平,对环境的适应能力更强,这与我们对受选择核基因的代谢通路和基因功能注释的结果一致。这些受选择核基因在地黄属植物的进化过程中推动了适应性进化的历程。中性检验分析发现绝大部分数据都属于不显著的负值,最后我们还利用这9组核基因片段的单倍型网络图及最大似然树ML进行了简单的系统发育分析,进而探讨了地黄属物种的进化历史、起源。
Abstract
ji yin zu ce xu yi jing zheng ming ,chu le pin fan de xiao gui mo chong fu zhi wai ,zai sheng wu jin hua shu de hu duo fen zhi shang fa xian da gui mo de chong fu shi jian ,ji quan ji yin zu fu zhi (WGD)。da duo shu you hua zhi wu ji shi shi gu duo bei ti ,zai ji jin hua zao ji jing li le yi ge huo duo ge quan ji yin zu fu zhi 。ji yin jia bei bei ren wei shi jin hua de jia su qi ,zui jin de yan jiu biao ming ,duo bei ti wu chong neng gou zeng jia dui bu tong huan jing tiao jian de nai shou xing ,ju you geng gao de kuo ying xing 。de huang shu zai jin hua li shi shang shi fou jing li quan ji yin zu fu zhi shi jian reng bu qing chu ,ben wen li yong de huang shu zhuai lu zu shu ju ,tong guo ji tong fa yo xue fen xi fang fa gu ji le 14ge bei zi zhi wu de ji tong guan ji yu fen hua shi jian ,bing shi yong Kszhi fen xi de huang shu 5ge wu chong shi fou cun zai WGDshi jian 。yan jiu biao ming gai shu zhi wu zai jin hua li shi shang jing li guo liang ci quan ji yin zu fu zhi shi jian ,fen bie dui ying he xin shuang zi xie zhi wu gong xiang de γgu liu bei ti hua shi jian (yao 116.07～128.28 mya),shi xin shi zhong -wan ji quan qiu cong wen shi xiang bing ji guo du de guan jian shi ji (yao 42.76～48.87 mya)。duo ci gu duo bei hua shi jian chan sheng de fu zhi ji yin dui de huang shu de gong neng jin hua you chong yao de ying xiang 。fu zhi ji yin ke yi wei zhi wu ji yin de gong neng jin hua di gong chong yao de cai liao lai yuan ,ge chong ji yin jia zu de fu zhi kuo zeng yu jian shao ke neng jia su le wu chong de fen hua ,yin ci wo men xiang tan jiu jing li le duo bei hua hou de shou shua ze ji yin zai wu chong jin hua guo cheng zhong de wei chuan duo yang xing shui ping yi ji zhe xie shou shua ze ji yin shi fou cu jin le de huang shu zhi wu de fen hua yu kuo ying xing 。de huang shu de 5ge chong ju you bu tong de li fen bu yu sheng tai huan jing ,de li sheng jing de cha yi xing wang wang dao zhi chong nei chong jian zi ran shua ze jiang du de bu tong 。sui zhao ce xu cheng ben jiang di yi ji sheng wu xin xi xue ji shu de fa zhan ,li yong gao tong liang zhuai lu zu dui sheng wu ti ji yin xie dai de wei chuan xin xi jin hang shen ru wa jue de ke hang xing zeng gao 。wei tan tao de huang shu ge wu chong ke neng de sheng tai kuo ying xing ,wo men shou xian li yong de huang shu zhuai lu zu shu ju shai shua chu lai wu ge wu chong gong you de chan kao bei shou shua ze ji yin ,bing jin hang GOzhu shi he KEGGzhu shi ,xun zhao chu le gong you shou shua ze ji yin suo kong zhi de ji yin gong neng ji ji suo can yu de dai xie tong lu ,wei de huang shu wu chong de sheng chang fa yo tiao jian 、ge chong dai xie tu jing diao kong yi ji wu chong kuo ying xing jin hua de yan jiu dian ding le ji chu ,tong shi wei de huang shu zhi wu duo chong yao wu dai xie tong lu he you liang chong zhi shua yo yan jiu di gong ke xue zhi dao ji can kao 。zai ci ji chu shang ,wo men dui lai zi zi ran de li fen bu ou nei de 32ge ge ti ,jin hang le jian hua ji yin zu ce xu ,yi shai shua chu de gong you chan kao bei shou shua ze ji yin zuo wei can kao jin hang zu zhuang bi dui ,cong er tui ce zhe xie he ji yin pian duan suo kong zhi de xi bao gong neng ji can yu de xi bao guo cheng ,bing li yong zhe xie he ji yin pian duan jin hang he gan suan duo yang xing ji zhong xing jian yan fen xi 、chan bei xing pu ji guan ji fen xi lai jie shi le yi xie jian chan de chong jian guan ji 。jie guo fa xian ,de huang shu shui ping shang de 9zu he ji yin pian duan gong de dao le 10～29ge chan bei xing ,chan bei xing duo yang xing ping jun zhi wei 0.879,he gan suan duo yang xing ping jun zhi wei 0.03366,ke yi kan chu de huang shu ju you jiao gao de wei chuan duo yang xing shui ping ,dui huan jing de kuo ying neng li geng jiang ,zhe yu wo men dui shou shua ze he ji yin de dai xie tong lu he ji yin gong neng zhu shi de jie guo yi zhi 。zhe xie shou shua ze he ji yin zai de huang shu zhi wu de jin hua guo cheng zhong tui dong le kuo ying xing jin hua de li cheng 。zhong xing jian yan fen xi fa xian jue da bu fen shu ju dou shu yu bu xian zhe de fu zhi ,zui hou wo men hai li yong zhe 9zu he ji yin pian duan de chan bei xing wang lao tu ji zui da shi ran shu MLjin hang le jian chan de ji tong fa yo fen xi ,jin er tan tao le de huang shu wu chong de jin hua li shi 、qi yuan 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自西北大学的王姣，发表于刊物西北大学2019-10-11论文，是一篇关于地黄属论文,全基因组复制论文,系统发育论文,转录组数据论文,遗传多样性论文,分化与适应论文,西北大学2019-10-11论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自西北大学2019-10-11论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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