导读:本文包含了比较转录组学论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:捻转血矛线虫,耐药性,转录组,生物信息学分析
比较转录组学论文文献综述
赵学亮,王姝懿,孙柯,苏倩,王文龙[1]（2019）在《捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株和耐药株比较转录组学分析》一文中研究指出为探明捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株和耐药株在转录组水平的差异,挖掘耐药相关基因,本研究采用Illumina HiSeq 4000对敏感虫株和耐药虫株进行转录组测序,构建cDNA文库,通过质控后,对其进行生物信息学分析。结果显示:敏感和耐药虫株相比较共获得218个显着(P≤0.05)差异表达基因,对显着差异表达基因进行GO功能富集,有121、82和102个基因分别注释到生物学过程、细胞组分和分子功能叁大类的206个GO terms上。KEGG数据库分析显示,有42个显着差异表达基因参与31条KEGG信号通路,显着富集在药物代谢-细胞色素P450、药物代谢-其他酶等通路。在敏感株和耐药株中,筛选出GST、CYPs和UGT等9个耐药相关基因,这些基因在捻转血矛线虫耐药中发挥重要的作用。本研究利用RNA-Seq预测出敏感虫株和耐药虫株差异表达基因在功能分类和代谢通路等方面的生物学特征,挖掘出耐药相关基因,进一步为捻转血矛线虫药物靶点预测及耐药性早期鉴别诊断的建立提供重要基础。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年09期）
雷阳,成妍,乔宁,焦彦生,苗如意[2]（2019）在《辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析》一文中研究指出为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对。结果显示,有78.95%～85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点。采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log_2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因。通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程。其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因。在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程。通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础。(本文来源于《华北农学报》期刊2019年03期）
何晓琳[3]（2019）在《蓖麻镶嵌系、雌性系间比较转录组学分析》一文中研究指出雌性系是蓖麻杂种优势利用的主要途径,镶嵌系是雌性系繁殖最重要、最经济有效的材料。镶嵌雄花的表达具有不稳定性,其生理和遗传机制尚不清楚,影响了它在生产上的应用效果。研究蓖麻镶嵌系与雌性系间的生理及基因差异,可为蓖麻性别分化调控及其育种应用提供参考。本试验以相同遗传背景的镶嵌系和雌性系为材料,在主穗现蕾期和盛花期分别对叶片叶绿素相对含量、净光合速率、可溶性营养物质及内源激素进行测定。在现蕾期、开花期及盛花期对花序进行转录组测序,对转录组测序clean reads数据分析、筛选与性别分化相关差异基因进行GO、KEGG、KOG注释。结果表明:1、在现蕾期,镶嵌系的可溶性糖和细胞分裂素含量显着高于雌性系(分别高于雌性系36.9%、61.5%)、赤霉素含量显着低于雌性系(达25.6%),在盛花期,镶嵌系的叶绿素相对含量、净光合速率、赤霉素、生长素和乙烯含量比雌性系显着升高,幅度高达15.2%、23.3%、13.8%、33.5%、73.8%;可溶性糖、可溶性淀粉和脱落酸显着下降,幅度分别为38.0%、54.9%、14.8%。可见,镶嵌雄花的形成先以可溶性糖和细胞分裂素增加为特征,之后伴随着营养物质消耗增加、叶绿素含量与净光合速率的上升和赤霉素、生长素与乙烯水平的提高以及脱落酸水平的降低。2、对镶嵌系、雌性系间基因表达量比较分析:现蕾期,共有45个差异基因,其中22个上调基因,23个下调基因。开花期,共385个差异基因,351个上调基因,34个下调基因。盛花期,共504个差异基因,88个为上调基因,416个为下调基因。3、对镶嵌系与雌性系间差异基因进行GO分析,发现蓖麻性别分化与细胞氨基酸代谢、DNA结合、乙烯活性信号通路、激素应答、转录调控活性、有机物分解代谢等基因相关。4、对镶嵌系、雌性系差异基因进行KEGG富集,现蕾期,有2条通路,即氨基糖和核苷酸糖代谢通路;开花期有14条通路,分别是次生代谢产物的生物合成、络氨酸代谢、苯丙氨酸代谢、色氨酸代谢等;盛花期有5条通路,即植物病原菌互作,脂肪酸伸长、植物MAPK信号转导途径、植物激素信号转导、次生代谢产物的生物合成。5、镶嵌系、雌性系间差异基因KOG注释分类主要集中在碳水化合物运输和代谢、信号转导机制、一般功能预测、次生代谢产物的合成运输和代谢分解等。碳水化合物及信号转导机制在花序分化的不同时期均表现出显着差异水平。(本文来源于《广东海洋大学》期刊2019-06-01）
王琳琳,卢艳青,于海燕,田怀香,陈臣[4]（2019）在《CcpA敲除前后植物乳杆菌代谢低聚半乳糖的比较转录组学研究》一文中研究指出低聚半乳糖(GOS)是公认的益生元化合物,但是目前对于乳酸菌利用GOS的代谢机制及调控机制的认识仍然有限。本文分别以GOS或葡萄糖作为唯一的碳源,采用转录组学和代谢组学的方法来研究植物乳杆菌及其ccpA突变株在对数生长期的差异。当野生型菌株分别以GOS和葡萄糖为碳源时相比较,总共有489(16%)个基因发生了差异表达,当ccpA突变型菌株分别以GOS和葡萄糖为碳源时相比较,只有7%的基因发生了显着变化,在以GOS为碳源的情况下,突变型和野生型相比,仅有6%的基因发生了变化。通过转录组数据可以发现,大多数基因的差异表达会受到碳源的影响,其中部分基因的差异表达受到CcpA失活的影响。尤其是发现了两个基因簇(lac与gal),与嗜酸乳杆菌中代谢GOS相关的基因簇相似,表明这两个基因簇可能参与到GOS的代谢。此外,反转录PCR的结果证明lac和gal两个基因簇由5个操纵子转录单元组成。我们还发现植物乳杆菌代谢低聚果糖及低聚半乳糖之间存在许多的共性,比如与代谢低聚糖相关基因的差异表达、代谢产物的转换、脂肪酸合成的变化等。综上,我们的研究结果表明CcpA在植物乳杆菌的碳代谢过程中起重要作用,乳酸菌应对低聚糖代谢有着相似的调控机制,为研究乳酸菌的代谢调控网络提供了新的思路。(本文来源于《第十四届益生菌与健康国际研讨会摘要集》期刊2019-05-22）
熊翠玲,杜宇,王鸿权,郑燕珍,付中民[5]（2019）在《基于比较转录组学分析揭示中华蜜蜂及意大利蜜蜂幼虫的球囊菌抗性差异机制》一文中研究指出为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录组进行比较研究。Venn分析结果显示,中蜂与意蜂的同源基因有17 656个,归属于8 111个基因家族,二者的特有基因分别有1 158和241个,分别归属于468和86个基因家族。GO分类结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集在38和28个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集于96和21个代谢通路;进一步分析发现中蜂的特有基因富集在内吞作用、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和黑化作用等4个细胞免疫通路,以及MAPK信号通路和Toll-like受体信号通路等2个体液免疫通路,而意蜂仅有1个特有基因富集在MAPK信号通路。Ka/Ks分析结果显示受到强烈正向选择、弱正向选择、中性选择和负向选择的单拷贝同源基因分别有37、281、2 630和3 269个。对受到强烈正向选择的基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析,GO结果显示中蜂和意蜂的单拷贝同源基因富集的GO条目类型相同;KEGG结果显示中蜂的单拷贝基因仅富集在氧化磷酸化。上述结果表明免疫相关基因数量的差异是二者的球囊菌抗性差异产生的重要原因之一,中蜂在与球囊菌的协同进化过程中可能通过提高能量利用从而限制球囊菌的增殖。本研究结果可为阐明中蜂及意蜂幼虫的球囊菌抗性差异产生的分子机制提供参考。(本文来源于《中国农业大学学报》期刊2019年05期）
赵学亮,王姝懿,呼和巴特尔,孙柯,苏倩[6]（2019）在《捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析》一文中研究指出为探明捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后在转录组水平上的差异,本研究采用Illumina Hiseq4000对给药前后的捻转血矛线虫进行转录组测序,筛选得到差异表达基因并通过GO和KEGG数据库对其进行功能注释及富集性分析,并利用荧光定量PCR验证部分差异表达基因。结果显示,共筛选获得851个显着差异表达基因,其中包括584个上调基因和267个下调基因。通过GO功能富集分析显示,有458、418和367个基因分别注释到生物学过程、分子功能和细胞组分叁大类;对差异表达基因进行KEGG富集分析显示,有173个差异表达基因参与到75条KEGG通路中,显着富集在核糖体合成、细胞凋亡、过氧化物酶增殖体激活受体(PPAR)等信号通路。本试验初步筛选了阿苯达唑耐药株给药前后的差异表达基因,为深入探索捻转血矛线虫耐药性分子机制、筛选对耐药性检测的分子标记及耐药性早期鉴别诊断方法的建立提供重要数据。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2019年03期）
朱育星,刘俊,艾翳,陈通,邓志和[7]（2019）在《牦牛泌乳期垂体组织比较转录组学分析》一文中研究指出试验旨在了解不同产奶量牦牛泌乳期垂体组织间的转录组差异,为进一步阐述牦牛垂体组织调控泌乳的机制提供参考。提取牦牛垂体组织总RNA,并应用RNA-Seq技术对高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期间垂体组织转录组进行高通量测序及分析。结果显示,通过比较分析高产奶量牦牛和低产奶量牦牛垂体组织转录组数据,筛选出114个差异表达基因,其中55个表现为上调,59个表现为下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路,其中GO分析显示,差异基因与许多和氨基酸代谢相关的生物学过程存在紧密关联;KEGG通路分析显示,最为富集的是细胞黏附分子通路,且金黄色葡萄球菌感染和利什曼病等大量与免疫或疾病相关的通路也出现显着富集。本研究对比了高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期垂体组织转录组数据,筛选并分析了相关差异表达基因,为提高牦牛产奶量的研究提供新的思路。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年03期）
Yu-chen,LIN,Ze-ren,SHEN,Xiao-hui,SONG,Xin,LIU,Ke,YAO[8]（2018）在《比较转录组学分析揭示阿霉素经p53信号通路诱导视网膜色素上皮细胞凋亡（英文）》一文中研究指出目的:通过比较阿霉素(ADR)作用的视网膜色素上皮细胞(ARPE-19)和正常ARPE-19间的差异表达基因和信号通路,探究ADR治疗玻璃体视网膜增殖性疾病的潜在机制。创新点:首次运用基因芯片技术通过比较转录组学分析探究ADR促进ARPE-19细胞凋亡的机制。方法:采用磺酰罗丹明B(sulforhodamine B,SRB)比色法和碘化丙啶(PI)单染结合流式细胞术检测ADR对ARPE-19细胞的增殖抑制作用;通过基因芯片技术筛选ADR作用的ARPE-19细胞(实验组)和正常ARPE-19细胞(对照组)间的差异表达基因和相关信号通路;用JC-1染色结合流式细胞术和Bcl2/Bax蛋白表达比率检测线粒体功能;通过检测γ-H2AX、p-CHK1、 p-CHK2等蛋白表达量分析DNA的损伤和修复。结论:ADR通过启动DNA损伤反应,引起p53信号通路依赖的线粒体功能失调并激活caspase依赖的凋亡,最终导致ARPE-19细胞死亡。(本文来源于《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》期刊2018年12期）
林颖辉,王文磊,许凯,徐燕,纪德华[9]（2018）在《坛紫菜不同发育时期的转录组学比较分析》一文中研究指出坛紫菜(Pyropia haitanensis)是我国南方沿海传统栽培的一种大型经济海藻。开展坛紫菜生活史的研究是紫菜人工栽培、遗传育种研究的基础,但目前仍缺乏对坛紫菜整个生长发育过程的系统性分析。本实验以坛紫菜野生型品系"北岚岭"的不同发育时期样本为实验材料,通过比较转录组分析初步揭示了坛紫菜生长发育过程中存在的调控机理。数据分析结果显示,丝状藻丝形成双分孢子的过程中,光合作用通过积累有机物用于双分孢子的分化与壳孢子的释放;双分孢子释放壳孢子到壳孢子形成叶状体的过程中,错配修复相关基因参与了壳孢子的减数分裂过程;脯氨酸、肌动蛋白和泛素结合酶等可以提高壳孢子对水体逆境环境的适应性。叶状体细胞分化成生殖细胞再形成合子的过程中,光合作用、基础代谢水平降低,DNA复制和染色质重塑过程相关代谢增强,蛋白质周转加快。果孢子在萌发形成丝状藻丝的过程中,细胞骨架、大分子HSP和植物激素不仅促进新的营养藻丝的形成,还提高了藻体对于水体环境的适应性。此外,磷脂酰肌醇信号系统是坛紫菜丝状体适应不同生长环境的重要信号转导系统。本研究为后续坛紫菜生活史的研究和新品种的选育奠定了理论基础。(本文来源于《2018年中国水产学会学术年会论文摘要集》期刊2018-11-15）
刘合霞,李博[10]（2019）在《牛耳朵与黄花牛耳朵比较转录组学分析》一文中研究指出牛耳朵和黄花牛耳朵在岩溶环境的适应性上区别显着。为研究它们在岩溶环境中分子适应机制的差异及相关基因,本实验对它们的叶片转录组进行了测序,通过比较转录组分析,筛选两个物种中的直系同源基因,检测正选择基因,寻找可能参与适应岩溶环境的基因。结果表明,牛耳朵与黄花牛耳朵的N50值分别为795和819,在牛耳朵中测序得到了157 728个unigene,黄花牛耳朵为156 965个。为了解两个物种unigene的功能信息,将其与公共数据库进行BLAST同源比对;用OrthoMCL筛选两个物种间的直系同源基因,经过严格的数据筛选后,共得到了1 898对直系同源基因,并计算其Ka、Ks及Ka/Ks值,利用公式T=K/2r估算两个物种的分化时间约为0.86±0.72百万年前(Mya)。在两个物种中有152对直系同源基因受到了强烈的正选择作用,对其进行GO、KEGG功能富集分析及基因功能注释,得到了与岩溶环境适应有关的19对功能基因。对两个物种的进化分析不仅估算了大概的分化时间,而且还发现了在岩溶环境中差异适应的相关基因。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年06期）
比较转录组学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对。结果显示,有78.95%～85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点。采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log_2 Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因。通过排列前10的Gene Ontology(GO)分类可以看出,主要功能有氧化还原酶活性、碳氧裂解酶活性、过氧化物酶活性、代谢过程和逆境响应等过程。其中,有117个差异基因能归入KEGG通路,包括25个上调差异基因,92个下调差异基因。在这些通路中,包括泛素介导的蛋白水解作用、氧化磷酸化、植物激素信号转导、磷脂酶D信号通路、磷脂酰肌醇信号系统等过程。通过研究发现,辣椒抗疫病是一个高度复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括新陈代谢过程、防御反应、激素调节等,这为后期深入研究辣椒抗疫病分子机理奠定基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
比较转录组学论文参考文献
[1].赵学亮,王姝懿,孙柯,苏倩,王文龙.捻转血矛线虫阿苯达唑敏感株和耐药株比较转录组学分析[J].畜牧兽医学报.2019
[2].雷阳,成妍,乔宁,焦彦生,苗如意.辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析[J].华北农学报.2019
[3].何晓琳.蓖麻镶嵌系、雌性系间比较转录组学分析[D].广东海洋大学.2019
[4].王琳琳,卢艳青,于海燕,田怀香,陈臣.CcpA敲除前后植物乳杆菌代谢低聚半乳糖的比较转录组学研究[C].第十四届益生菌与健康国际研讨会摘要集.2019
[5].熊翠玲,杜宇,王鸿权,郑燕珍,付中民.基于比较转录组学分析揭示中华蜜蜂及意大利蜜蜂幼虫的球囊菌抗性差异机制[J].中国农业大学学报.2019
[6].赵学亮,王姝懿,呼和巴特尔,孙柯,苏倩.捻转血矛线虫阿苯达唑耐药株给药前后比较转录组学分析[J].畜牧兽医学报.2019
[7].朱育星,刘俊,艾翳,陈通,邓志和.牦牛泌乳期垂体组织比较转录组学分析[J].中国畜牧兽医.2019
[8].Yu-chen,LIN,Ze-ren,SHEN,Xiao-hui,SONG,Xin,LIU,Ke,YAO.比较转录组学分析揭示阿霉素经p53信号通路诱导视网膜色素上皮细胞凋亡（英文）[J].JournalofZhejiangUniversity-ScienceB(Biomedicine&Biotechnology).2018
[9].林颖辉,王文磊,许凯,徐燕,纪德华.坛紫菜不同发育时期的转录组学比较分析[C].2018年中国水产学会学术年会论文摘要集.2018
[10].刘合霞,李博.牛耳朵与黄花牛耳朵比较转录组学分析[J].分子植物育种.2019