本文主要研究内容
作者刘运泽（2019）在《棉铃虫转录组分析流程构建及Bt抗性差异表达基因分析》一文中研究指出：随着测序技术的快速发展,测序质量与通量不断提高,成本迅速下降,转录组学研究进入了黄金发展时期。为了更进一步地了解非模式生物,本文基于最新数据库与高被引工具构建了一套转录组分析流程,并利用此流程分析了实验室4个棉铃虫Helicoverpa armigera抗性品系与1种敏感品系的差异表达基因。研究的主要结果如下:1.5个品系的测序数据结果均得到2000万以上的reads,平均74亿bp的转录组数据,过滤后碱基质量均达到Q30以上。2.使用5种方法对Trinity拼接得到的234808条转录本进行质量检测,N50为928bp,Bowtie2回贴比对率均在98%以上,Ex90N50为2042bp,BUSCO检测到95%的昆虫保守基因。蛋白库Nr、Uniprot、Pfam比对的结果中Diamond优于Blast。Nr库比对结果有47%的转录本序列比对到棉铃虫,21%比对到烟草夜蛾,还比对到了家蚕、斜纹夜蛾、二化螟等鳞翅目昆虫。3.组内生物学重复Pearson相关系数接近0.9,组间聚类与PCA分析均各自聚在一起,无批次效应。4.使用DESeq2和edgeR软件分别对Salmon、RSEM得到的表达矩阵进行差异分析,结果edgeR与Salmon的组合得到差异表达基因数量最多。5.DU品系共得到1156个差异表达转录本,397个可以对应到RefSeq ID,GO分析有5个基因与氨肽酶活性有关,12个基因影响蛋白酶活性,2个基因相应抗菌免疫过程;KEGG分析有10个基因参与了肽酶通路。6.LFC2品系共得到995个差异表达转录本,268个可以对应到RefSeq ID,GO分析有4个基因与蛋白激酶抑制剂活性有关,6个基因影响跨膜转运蛋白活性,3个基因与蛋白酶体变化有关;KEGG分析有5个基因在蛋白酶激活受体信号通路发挥作用,3个基因参与了蛋白酶体通路。7.XXCAD品系共得到982个差异表达转录本,278个可以对应到RefSeq ID,GO分析有8个基因与前体代谢物的产生有关,3个基因与蛋白酶体有关,3个基因与糖基转移酶有关;KEGG分析有6个基因富集在细胞色素P450代谢通路和药物代谢通路。8.RS品系共得到1201个差异表达转录本,281个可以对应到RefSeq ID,GO分析有15个基因与ATP代谢过程相关,12个基因可以调节ATP的活性,有7个基因与前体代谢物的产生相关,2个基因参与胆固醇运输途径,3个基因参与脂肪转运途径,12个基因与核苷酸代谢途径相关;KEGG分析有2个基因富集到糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白通路,2个基因富集到蛋白酶体通路,9个基因富集到肽酶通路。
Abstract
sui zhao ce xu ji shu de kuai su fa zhan ,ce xu zhi liang yu tong liang bu duan di gao ,cheng ben xun su xia jiang ,zhuai lu zu xue yan jiu jin ru le huang jin fa zhan shi ji 。wei le geng jin yi bu de le jie fei mo shi sheng wu ,ben wen ji yu zui xin shu ju ku yu gao bei yin gong ju gou jian le yi tao zhuai lu zu fen xi liu cheng ,bing li yong ci liu cheng fen xi le shi yan shi 4ge mian ling chong Helicoverpa armigerakang xing pin ji yu 1chong min gan pin ji de cha yi biao da ji yin 。yan jiu de zhu yao jie guo ru xia :1.5ge pin ji de ce xu shu ju jie guo jun de dao 2000mo yi shang de reads,ping jun 74yi bpde zhuai lu zu shu ju ,guo lv hou jian ji zhi liang jun da dao Q30yi shang 。2.shi yong 5chong fang fa dui Trinitypin jie de dao de 234808tiao zhuai lu ben jin hang zhi liang jian ce ,N50wei 928bp,Bowtie2hui tie bi dui lv jun zai 98%yi shang ,Ex90N50wei 2042bp,BUSCOjian ce dao 95%de kun chong bao shou ji yin 。dan bai ku Nr、Uniprot、Pfambi dui de jie guo zhong Diamondyou yu Blast。Nrku bi dui jie guo you 47%de zhuai lu ben xu lie bi dui dao mian ling chong ,21%bi dui dao yan cao ye e ,hai bi dui dao le jia can 、xie wen ye e 、er hua ming deng lin chi mu kun chong 。3.zu nei sheng wu xue chong fu Pearsonxiang guan ji shu jie jin 0.9,zu jian ju lei yu PCAfen xi jun ge zi ju zai yi qi ,mo pi ci xiao ying 。4.shi yong DESeq2he edgeRruan jian fen bie dui Salmon、RSEMde dao de biao da ju zhen jin hang cha yi fen xi ,jie guo edgeRyu Salmonde zu ge de dao cha yi biao da ji yin shu liang zui duo 。5.DUpin ji gong de dao 1156ge cha yi biao da zhuai lu ben ,397ge ke yi dui ying dao RefSeq ID,GOfen xi you 5ge ji yin yu an tai mei huo xing you guan ,12ge ji yin ying xiang dan bai mei huo xing ,2ge ji yin xiang ying kang jun mian yi guo cheng ;KEGGfen xi you 10ge ji yin can yu le tai mei tong lu 。6.LFC2pin ji gong de dao 995ge cha yi biao da zhuai lu ben ,268ge ke yi dui ying dao RefSeq ID,GOfen xi you 4ge ji yin yu dan bai ji mei yi zhi ji huo xing you guan ,6ge ji yin ying xiang kua mo zhuai yun dan bai huo xing ,3ge ji yin yu dan bai mei ti bian hua you guan ;KEGGfen xi you 5ge ji yin zai dan bai mei ji huo shou ti xin hao tong lu fa hui zuo yong ,3ge ji yin can yu le dan bai mei ti tong lu 。7.XXCADpin ji gong de dao 982ge cha yi biao da zhuai lu ben ,278ge ke yi dui ying dao RefSeq ID,GOfen xi you 8ge ji yin yu qian ti dai xie wu de chan sheng you guan ,3ge ji yin yu dan bai mei ti you guan ,3ge ji yin yu tang ji zhuai yi mei you guan ;KEGGfen xi you 6ge ji yin fu ji zai xi bao se su P450dai xie tong lu he yao wu dai xie tong lu 。8.RSpin ji gong de dao 1201ge cha yi biao da zhuai lu ben ,281ge ke yi dui ying dao RefSeq ID,GOfen xi you 15ge ji yin yu ATPdai xie guo cheng xiang guan ,12ge ji yin ke yi diao jie ATPde huo xing ,you 7ge ji yin yu qian ti dai xie wu de chan sheng xiang guan ,2ge ji yin can yu dan gu chun yun shu tu jing ,3ge ji yin can yu zhi fang zhuai yun tu jing ,12ge ji yin yu he gan suan dai xie tu jing xiang guan ;KEGGfen xi you 2ge ji yin fu ji dao tang ji lin zhi xian ji chun mao ding dan bai tong lu ,2ge ji yin fu ji dao dan bai mei ti tong lu ,9ge ji yin fu ji dao tai mei tong lu 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自山东农业大学的刘运泽，发表于刊物山东农业大学2019-07-08论文，是一篇关于转录组论文,分析流程论文,棉铃虫论文,抗性论文,差异表达基因论文,山东农业大学2019-07-08论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自山东农业大学2019-07-08论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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