一、登革病毒的分子进化和流行趋势（论文文献综述）
李杨思琪[1]（2021）在《2019年云南耿马县登革热临床特征、血清型及基因型分析》文中研究说明[目 的]探讨云南临沧市耿马县登革热流行趋势、临床特征、血清型及基因型特点,为当地制定有效的登革热防控和诊疗方案提供依据。[方法]采集2019年云南省临沧市耿马县登革热患者急性血清,采用BHK细胞培养法分离登革病毒及采用实时荧光定量PCR法鉴定登革病毒血清型;采用RT-PCR法获取登革病毒E基因序列,在GenBank中搜索并下载同源性较高的参考序列,采用Chromas 2、SeqMan、Mega5.0、MAFFT online 和 Megalign 等生物学软件开展登革病毒系统进化树及其氨基酸同源性（核苷酸相似性）分析;收集2019年上述登革热患者临床资料,采用Exce12017和SPSS20.0分析上述DF流行病学基本特征、临床症状、体征、实验室生化指标特征。[结 果]共采集登革热患者急性期血清样本141份,分离4种登革病毒血清型,其中33 株 DENV-1（23.40%）、43 株 DENV-2（30.50%）、64 株 DENV-3（45.40%）和1株DENV-4（0.71%）;共扩增出DENV-1、DENV-2和DENV-3三种登革病毒血清型30份E基因目标片段,包括DENV-1型14株（2株缅甸输入株、12株耿马本地株）,均为G-Ⅰ型,其中1株缅甸输入株E基因序列与4株耿马本地株基因序列处于同一进化分支（氨基酸同源性为99.2%～99.6%,核苷酸相似性为99.1%）,1株缅甸输入株与8株耿马本地株的E基因序列处于同一分支上（氨基酸同源性为99.4%～100%、核苷酸相似性为99.7%～100%）;DENV-2型6株,其中2株缅甸输入株属G-Ⅰ型（Asian Ⅰ型）,且与2019年缅甸流行株（MT705604）亲缘关系最近（氨基酸同源性为97.2%～100%、核苷酸相似性为97.6%～99.8%）,4株耿马本地株为G-Ⅳ（Cosmopolitan型）,与2016年的广州株（MK564477）亲缘关系最近（氨基酸同源性为99.6%、核苷酸相似性为99.4%）;DENV-3型10株,均为G-Ⅲ型（5株缅甸输入株、5株耿马本地株）,其中缅甸输入株与本地株E基因氨基酸同源性99.2%～100%较高（核苷酸相似性99.1%～100%）,均与2019年缅甸流行株（MW320451）关系最密切（氨基酸同源性为99.0%～100%、核苷酸相似性为99.0%～99.6%）。共对140份3种DENV血清型（DENV-1、DENV-2、DENV-3）病例临床特征进行分析发现,在临床症状方面,DENV-1主要表现为发热（96.97%）、肌肉酸痛（81.81%）、畏寒（84.85%）、乏力（87.88%）,DENV-2 主要为发热（84.44%）、畏寒（83.72%）、乏力（86.05%）,DENV-3 以发热（87.50%）、肌肉酸痛（81.25%）、畏寒（92.19%）、乏力（87.50%）为主,该三种DENV在发热、肌肉酸痛、畏寒、乏力等方面均无显着差异（P>0.05）;在临床体征方面,DENV-1出现皮疹6例（18.18%）、DENV-2 10 例（23.26%）、DENV-3 32 例（50.00%）,三种 DENV 在皮疹方面有统计学差异,尤其以DENV-3的皮疹率显着较高（P<0.05）;在血常规指标方面,DENV-1主要表现为白细胞（96.97%）、血小板（90.91%）、中性粒细胞（96.97%）、淋巴细胞（90.91%）降低,DENV-2、DENV-3 均以白细胞（86.05%、85.94%）、中性粒细胞（86.05%、82.81%）降低为主,三种DENV在白细胞、血小板、中性粒细胞、淋巴细胞降低上无显着差异（P>0.05）,但与DENV-2、DENV-3的红细胞降低率（46.51%、32.81%）相比,DENV-1的红细胞降低率（69.70%）显着较高（P<0.05）;在肝功能指标方面,DENV-1和DENV-3均主要表现为谷草转氨酶升高（42.42%、34.38%）,DENV-2以谷丙转氨酶升高（20.93%）为主,三种DENV在上述肝功能指标上无显着差异（P<0.05）;在心功能指标方面,DENV-1主要为乳酸脱氢酶（51.52%）、肌酸激酶同工酶（51.52%）升高,DENV-2和DENV-3主要表现为肌酸激酶同工酶升高（32.56%、48.44%）,三种DENV在上述心功能指标中的乳酸脱氢酶上变化有统计学差异,其中以DENV-1的乳酸脱氢酶升高较为显着（P<0.05）;在血脂指标方面,DENV-1低密度脂蛋白降低率（72.73%）明显高于DENV-2、DENV-3（62.79%、46.51%）,DENV-3高密度脂蛋白降低率（97.67%）也显着高于DENV-1、DENV-2（36.36%、65.12%）（P<0.05）;在电解质方面,DENV-2患者以钾降低（44.19%）较为显着,DENV-1以钙降低（33.33%）较为显着（P<0.05）。[结 论]2019年云南省耿马县存在4种DENV血清型,并分离出4种基因型（DENV-1 G-Ⅰ 型、DENV-2 Asian Ⅰ 型、DENV-2 Cosmopolitan 型和 DENV-3 G-Ⅲ型）,本地DENV-1和DENV-3株均来自对应缅甸边境地区的输入株,本地DENV-2来源有待于进一步研究;耿马县DF患者临床特征较典型,其中DENV-1以红细胞降低、乳酸脱氢酶升高、血钙浓度降低以及低密度脂蛋白降低为主要特征（P<0.05）,DENV-2以血钾浓度降低为主（P<0.05）,DENV-3以皮疹和高密度脂蛋白降低较为显着（P<0.05）。建议当地相关卫生部门加强临床医师培训,以防止重症DF或死亡病例的发生。
文艳苹,汪皓秋,于新芬,张国忠,周银燕,钱昕[2]（2021）在《2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究》文中提出目的了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。结果 2018年杭州市共检测登革热病例80例,其中输入性病例55例,本地病例25例（DENV-1 24例,DENV-3 1例）。本地病例集中在7月下旬—10月上旬,68%的病例年龄在50岁以上。E基因进化分析表明,本地病例余杭分离株、江干-上城分离株、钱塘新区分离株均属DENV-1基因Ⅰ型,分别与2015年印度尼西亚毒株、2017年缅甸毒株、2018年宁波毒株及2018年杭州的泰国输入性病例毒株最接近。另一DENV-3本地毒株为基因Ⅲ型,与2013年新加坡毒株同源性最高,核苷酸序列一致性为99.5%。结论杭州市登革热流行以输入性病例为主。输入病例引起本地暴发的风险较高,疫情呈多点输入引起多点小规模暴发的特点。
郑宝嘉[3]（2020）在《lncRNA在登革病毒感染中调控血管内皮屏障通透性的研究》文中研究表明研究目的登革病毒（Dengue virus,DENV）是一种有包膜的单正链RNA病毒,属于黄病毒科、黄病毒属,有4个血清型,主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊等虫媒传播。登革病毒感染引起登革热（Dengue Fever,DF）,可进一步引发严重并发症即登革出血热/登革休克综合征（Dengue Hemorrhagic Fever/Dengue Shock Syndrome,DHF/DSS）,其发病机理至今尚未完全阐明,病死率可高达50%。人类基因中只有约2%能够编码蛋白,其余为转录调控元件和非编码RNA。长链非编码RNA（long non-coding RNAs,lnc RNA）是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,占非编码RNA的80%。研究发现,病毒感染可引起宿主细胞内lnc RNA的表达异常,参与调控疾病的发生发展。本研究拟通过分析人脐静脉血管内皮细胞（HUVEC）感染DENV-1前后lnc RNA的表达变化情况,从中筛选与血管通透性有关的lnc RNA并研究其调控功能,探索导致血管通透性改变的分子机制,为揭示DHF/DSS发病机制和发展分子靶向治疗提供理论基础和新的思路。研究内容及方法HUVEC感染DENV-1后进行RNA高通量测序分析。通过生物学信息分析、敲减转染技术、荧光定量PCR、蛋白免疫印迹、间接免疫荧光、鬼笔环肽染色、流式细胞术和Transwell法检测该lnc RNA的调节功能;通过生物信息分析、RNA荧光原位杂交和双荧光素酶报告基因验证该lnc RNA可能的作用靶点。研究结果及结论DENV-1感染HUVEC 24 h后测序,发现共有2623个lnc RNAs表达显着差异。通过GO、KEGG和共表达网络分析,表达差异的lnc RNAs调控预测靶基因主要参与抗原加工呈递、细胞凋亡、Ι和Ⅱ型干扰素信号通路、细胞粘附等过程。进一步筛选到由DENV-1特异性诱导产生的、与血管通透性有关的lnc RNA,因与转录因子ERG表达呈相关性,命名为ERG-associated lnc RNA（ERGAL）。ERGAL在感染后表达升高。在敲减ERGAL后,转录因子ERG及细胞间关键连接蛋白VE-cadherin和claudin5的表达均受到抑制,并且可干扰细胞骨架重塑、促进细胞凋亡和提高单层细胞通透性。RNA荧光原位杂交结果显示ERGAL位于细胞质,且其序列含有多个mi RNAs的结合位点,其中预测结合的mi R-183-5p在DENV感染后表达增加,可调节细胞连接蛋白表达和细胞骨架重塑。双荧光素酶验证ERGAL与mi R-183-5p相互结合,可能是ERGAL的作用靶点之一。综上所述,DENV-1感染HUVEC后可使细胞内大量RNA表达差异,预测这些差异表达的lnc RNA参与诱导血管内皮细胞功能改变或受损死亡的生理过程;从中筛选到的lnc RNA-ERGAL可与mi R-183-5p结合调节细胞间关键连接蛋白和细胞骨架重塑,在DENV感染时能够促进维护血管内皮屏障完整性和稳定性,与DHF/DSS发生发展有着密切的关系。
阳帆,黄亚兰,张晓敏,熊玲红,李玥,张仁利[4]（2020）在《深圳市2018年登革热的流行病学和基因分型》文中进行了进一步梳理目的了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情,采集患者血液标本,采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体,采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒E基因序列,与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。结果 2018年1月1日至12月31日,深圳市累计报告登革热234例,发病率为1.87/10万,本地病例144例（61.54%）,输入病例90例（38.46%）,以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月,共202例（86.32%）。以20～50岁中青年患者为主（195例,83.33%）。登革病毒1型（dengue virus type 1,DENV-1）占86.01%（166/193）,登革病毒2型（dengue virus type 2,DENV-2）占10.36%（20/193）,登革病毒3型占2.59%（5/193）,登革病毒4型占1.04%（2/193）,且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%,氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型;1株为基因Ⅳ亚型,为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%,氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型;4株为Asian Ⅰ亚型,为深圳市首次报道。结论 2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点,主要流行为DENV-1,推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入,应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。
陈倩,李丹,佟巍,蔡方舟,郭智,鲍琳琳,王卫[5]（2020）在《实时荧光定量RT-PCR方法在登革热小鼠模型中的评估及应用》文中指出目的评估登革病毒实时荧光定量RT-PCR方法,应用于登革热小鼠模型关键指标的检测。方法首先,选择合适的特异引物和探针,分子生物方法制备质粒标准品,优化PCR体系和反应条件;其次,评估该实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏性、特异性及稳定性;最后,验证该方法对登革病毒感染小鼠血清和组织样本的适用性。结果成功确定一步法实时荧光定量RT-PCR方法;该方法较为灵敏,最低检测线为49. 6 Copies/μL;方法特异性好,未见非特异性扩增;方法稳定性好,样本Ct值标准差均小于0. 5,且CV﹤5%;登革病毒感染小鼠模型样品的检测结果符合实验预期。结论该qRT-PCR方法可作为关键指标检测方法,用于登革热小鼠模型病毒的定量检测及评估。
田建华,马珍元,张新枝,王雪刚,黄呈辉[6]（2019）在《深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析》文中进行了进一步梳理目的对深圳市2014年登革病毒1型（DENV-1）流行株进行全基因序列测定,分析其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法采集2例登革热患者急性期血清标本,用BHK-21细胞培养分离病毒,RT-PCR进行病毒血清型别鉴定,并用RT-PCR进一步扩增全基因组序列,测序后进行同源性比较、系统进化树分析和遗传变异分析。结果 2例深圳DENV-1分离株进行全基因组测序结果显示同源性为100.0%,其基因组全长均为10 735 bp,编码3 329个氨基酸,与新加坡DENV-1流行株核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.3%和99.7%。全基因组序列系统进化分析显示,深圳DENV-1株为基因Ⅰ型,与Fujian2004、Zhuhai2007和Singpore2008的亲缘关系较近,均在同一进化分支上。与广州DENV-1株GZ/80相比,深圳2014年DENV-1分离株发生了碱基变异430个,氨基酸变异42个,5’UTR存在1处点突变,3’UTR序列共有8处位点发生变异。结论 2014年深圳市DENV-1株可能来源于东南亚一带。病毒在进化过程中出现一些位点变异,这些变异的生物学意义有待进一步研究。
廖沣,潘悦炀,谢杰良,张欢,张欣,胡丁文,劳梓钊,刘小虹,吴建国,李耿,吴德[7]（2018）在《2013-2016年广东省登革病毒血清Ⅰ型分布特征》文中进行了进一步梳理目的对2013-2016年广东的登革病毒血清I型序列进行分子流行病学分析,研究血清I型登革病毒在广东省的流行特征。方法分离获得2013-2016年登革病毒血清I型序列,建立全球登革病毒血清I最大似然树,预测第2簇病毒的进化速率、共祖位置;使用PAML软件计算选择压力。结果 2013-2016年的广东序列分别聚类在11簇分支中,其中8簇为基因I型毒株、1簇基因IV型毒株、2簇基因V型毒株,且与东南亚国家分离的序列聚类在一起。第2簇病毒表现出一定的独特性,最大置信树以及时空动态图显示这簇株系最早是由泰国传入广州,之后又在广东地区流行。第2簇病毒的相对进化速率要比文献报道的DENV-1基因I型的进化速率要大,但该簇病毒的序列不存在正选择压力。结论广东地区流行的登革病毒主要是从东南亚国家输入,同时发现一簇疑似本地化的株系,具有部分本地化的特征,包括:跨年传播、独立成簇,但还需要更多的证据去判定登革热是否已形成本地化。
邹春玲[8]（2018）在《五种Ⅰ型登革病毒的毒力差异及内在分子机制的研究》文中研究说明登革病毒（Dengue virus,DENV）是目前最流行的蚊媒病毒之一,其广泛流行于热带、亚热带地区。DENV引起的一系列的症状如登革出血热/登革休克综合征（Dengue hemorrhagic fever/Dengue shock syndrome,DSS/DHF）已经严重威胁人类的健康。DENV作为黄病毒科黄病毒属的单股正链RNA病毒,缺乏精确的复制校正系统,在长期传播过程中病毒的核苷酸会发生变化最终导致病毒毒力变强亦或是变弱;其次,病毒侵染机体会导致相应的宿主反应,二者相互作用的结果影响着病毒的长期毒力。所以这两方面的因素对DENV感染后是否致病以及疾病的严重程度起着至关重要的作用。因此,进一步找寻DENV毒力相关位点以及研究病毒与宿主的相互作用具有重要意义。在过去的25年,中国广东省每年都有报告登革热病例,在2014年出现了历史高峰,当年的病毒主要以血清型1的DENV（DENV1）为主。我们实验室获取了 2014年广东省登革热爆发期间从急性期病人血清中分离得到的DENV-1型5种变异株,分别命名为 DENV1A、DENV1B、DENV1C、DENV1D、DENV1E。为了研究不同基因型的DENV-1的复制及毒力差异,我们首先用这5种变异株分别感染人胚肾细胞（293T）和蚊虫细胞（C6/36）,观察病毒体外复制能力的强弱;其次,通过病毒感染乳鼠实验,分析5种变异株的体内毒力差异。体内体外结果显示,5种变异株中的DENV1B在哺乳动物细胞及蚊虫细胞中的复制能力以及对乳鼠神经毒力都较其他变异株强。相反,DENV1E则最弱。为了进一步了解5种变异株毒力强弱的分子机制,我们分别从变异株逃逸宿主天然免疫的能力以及毒株自身蛋白结构及功能两个方面来研究。（1）5种变异株逃逸宿主天然免疫的能力:DENV感染宿主时,天然免疫系统作为抵御病毒入侵的第一道防线,会立即被激活。我们重点关注干扰素介导的天然免疫应答机制,主要研究5种变异株的非结构蛋白抑制干扰素（Interferon,IFN）产生的差异。我们分别构建了5种变异株的非结构蛋白的真核表达质粒,进行双荧光素酶报告基因检测,结果显示,DENV1B的非结构蛋白（NS2A、NS2B、NS4A）抑制RIG-I介导的IFN-β的产生较DENV1E强。与此同时,我们通过定点突变登革病毒DNA型复制子（DGL2）NS2A第66位的氨基酸,发现该位点突变后,病毒复制子的复制能力显着变弱。但是,我们用病毒感染IFNAR-/-（I型干扰素受体缺陷）小鼠及其原代细胞意外地发现,在干扰素介导的天然免疫应答存在缺陷的情况下,DENV1B的病毒载量还是比DENV1E的高。于是,我们推测2种变异株逃逸宿主抗病毒免疫反应的差异并不是导致DENV1B比DENV1E毒力强的唯一因素。病毒某些位点的氨基酸发生突变致使自身蛋白结构及功能发生改变,也可能导致病毒株的复制能力及毒力变强或是变弱。（2）5种变异株自身结构的差异:①通过高通量测序技术获取了 5种变异株的全基因组序列,系统进化分析:DENV1A/2014、DENV1B/2014和DENV1C/2014同属于DENV-1型基因1型,DENV1D/2014和DENV1E/2014属于DENV-1型基因V型。亲缘关系上DENV1B与DENV1C接近,它们与DENV1D和DENV1E进化距离最远;②3’UTR比对分析和二级结构预测结果显示:DENV1D&E的3’UTR区存在缺失,二级结构也不如DENV1A&B&C的稳定;③DENV的NS3作为一种丝氨酸蛋白酶,对病毒蛋白的成熟起着至关重要的作用。NS2B作为辅因子激活酶在NS3丝氨酸蛋白酶的活化中起着关键作用。我们采用原核蛋白表达纯化的方法,获得了具有蛋白酶活性的DENV1B-NS2B3和DENV1E-NS2B3重组蛋白,通过酶活实验发现DENV1B-NS2B3对底物的切割效率较高。序列比对结果显示,两种病毒的辅酶结构域NS2B（H）的第55位的氨基酸有差异。我们将DENV1B-NS2B3蛋白中55位的赖氨酸（Lysine,K）突变为精氨酸（Arginine,R）,NS2B（H）-NS3蛋白酶切割底物的效率有所下降。我们进一步通过定点突变DGL2 NS2B第55位的氨基酸,发现该位点突变后显着地削弱了病毒的复制能力。综上所述,本研究主要比较了5种变异株的复制能力及毒力差异,发现了DENV1B的复制能力及毒力最强的,而DENV1E最弱。探索内在分子机制的过程中,我们发现了 NS2A第66位氨基酸及NS2B第55位的氨基酸是病毒潜在的毒力决定位点,为更好地理解DENV毒力强弱的分子机制提供了理论依据,也为研究DENV蛋白功能,致病机制及新型减毒疫苗提供新思路。
姜黎明[9]（2017）在《登革热免疫病理机制及树鼩模型研究》文中研究指明登革病毒（Dengue virus,DENV）属于黄病毒科（Flavivirade）黄病毒属（Flavivirus）中的一个血清型亚群,主要通过埃及伊蚊和白纹伊蚊等昆虫媒介传播。登革热已成为继疟疾之后全球传播最广的第二大虫媒疾病,每年约有近25亿人群面临感染登革热的风险,确诊登革热病例超过5000万例。随着全球变暖和经贸往来增多全球热带和亚热带地区面临越来越严重的登革感染风险,造成严重的社会负担。前期研究认为引起重症登革热感染（登革出血热:dengue haemorrhagic fever,DHF;登革休克综合征:dengue shock syndrome,DSS）的主要原因是抗体依赖增强感染（Antibody-dependent enhancement:ADE）。同时越来越多的研究证明抗体依赖增强感染不仅存在异型登革病毒之间,在寨卡、乙型脑炎、登革等黄病毒之间也存在明显的抗体依赖增强感染现象。制约登革疫苗研发的难题不仅由于登革病毒及黄病毒间的抗体依赖增强感染现象,而且尚不具备理想的登革病毒感染动物模型重述人类登革热病毒感染机理。树鼩（Tree shrew）,一种外形类似于松鼠的小型哺乳动物,其基因组比啮齿动物与灵长类动物具有显着更高的相似性,已被用于许多病毒模型研究。本研究首先开展了登革病毒等虫媒病毒的流行及重组进化研究,通过MEGA7.0,RDP4.0和BioEdit等软件研究寨卡病毒（Zikavirus,ZIKA）,日本乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus,JEV）,西尼罗河病毒（West nile virus,WNV）和登革病毒的系统发育,重组和进化相关性;通过对2015年西双版纳爆发登革II型全基因组的测序及进化关系分析研究其起源及流行趋势,以便全面的了解登革及其近缘关系的虫媒病毒的流行及进化关系。由于登革病毒ADE严重制约了疫苗的研发,我们通过在THP-1细胞上模拟建立了体外ADE模型,并以此为基础进行人外周血单核细胞（human peripheral blood monouclearcells,HPBMCs）microRNA 组学测序,探讨 ADE 过程中 microRNA 表达差异谱及相关调控基因。通过自噬芯片研究自噬基因和通路在登革病毒及ADE过程中的调控机制。同时本研究还探讨了乙型脑炎E蛋白抗体引起的登革病毒ADE现象及研究2015年西双版纳爆发登革与乙型脑炎之间的交叉联系。目前尚没有理想的登革病毒感染模型,本课题还开展了登革热树鼩模型的研究。对43只健康成年树鼩通过尾静脉和皮下多点注射登革病毒,观察其病毒血症、中和抗体出现的时间和特点,对在树鼩模型引起的发病情况、血常规和组织病理学进行研究,并对动物模型主要组织中的病毒滴度和持续时间进行了检测。本研究结果表明黄病毒（DENV,WNV,JEV和ZIKA）的全整基因组在大小和结构上具有高度的相似性,特别是在DENV和WNV中。然而,基因组结构之间存在一些差异,特别是ZIKA病毒在结构蛋白区域具有C和M之间的独特前肽。另外,2K蛋白在JEV的非结构蛋白NS4A和NS4B之间呈现缺失。另外,DENV,WNV,JEV和ZIKA病毒在全球的亲缘关系呈现出了各自独特特点。本研究在THP-1细胞上成功建立了登革病毒体外ADE模型。研究DENV-3直接感染和ADE感染PBMCs,发现ADE感染8小时组中有10个上调和1个下调的已知miRNA,以及ADE感染24小时中有37个上调和4个下调的已知miRNA,这些表达差异miRNA主要作用于细胞分裂、细胞生长、蛋白质泛素化、信号转导和应激反应等。同时,为探讨乙型脑炎病毒与登革病毒直接的交叉反应及引起ADE的可能性,对2015年30例临床患者检测结果表明,患者血样均出现JEV IgG,DENV IgG和IgM阳性（>阴性值的2倍）。在登革热患者血清中,JEV IgG值与DENV IgM相似但与DENV IgG不同。在树鼩登革热动物模型的研究中,32只受感染的树鼩中有4只在2至33天出现登革热（DF）症状,病毒抗体中和滴度在7-15天出现增强。随机抽样检测结果表明,在感染后第2天至第21天出现病毒血症,在感染后45天仍然能够在脑部检测到病毒。树鼩天冬氨酸转氨酶（AST）,丙氨酸氨基转移酶（ALT）和碱性磷酸酶（ALP）在感染后12天达到峰值。在树鼩模型血常规检测中,出现轻度血小板减少和白细胞轻微下降,WBC,PLT,PCT和P-LCR也检测到明显差异,但在RBC,HGB,HCT,MPV,MCV,MCH,MCHC,RDW-SD,RDW-CV和PDW中未观察到显着变化。综上所述,本研究首先对全球范围内黄病毒（登革、寨卡、乙型脑炎、西尼罗河病毒）进行进化和重组分析,探讨了登革病毒ADE感染后的miRNA表达差异谱和调控的通路,并尝试建立登革病毒树鼩感染模型。本研究对登革病毒的重组进化,免疫病理以及动物模型的研究提供了基础研究参考数据。
郭前方,崔国辉,方丹云,晏辉钧,周俊梅,司露露,吴德,江丽芳[10]（2017）在《2014年广东省登革热大流行的病原体来源及分子进化特点》文中进行了进一步梳理【目的】分离培养与鉴定2014年广东省登革热暴发流行的病原体,从分子进化方向分析其来源和遗传进化特点,为登革热的监测和防控提供科学依据。【方法】在2014年登革热暴发流行期间,采集广东省不同地区登革热患者的血清标本,从中分离培养登革病毒并进行型别鉴定。采用RT-PCR和测序技术获取病毒的E基因和全基因组序列,并对其进行系统进化分析、贝叶斯进化分析和遗传变异分析。【结果】分离培养与鉴定了40株登革病毒1型（DENV-1）病毒,获得了这40株分离株的完整E基因序列和其中6株分离株的全基因组序列。E基因进化分析结果显示,40株分离株中有16株为基因Ⅰ型,24株为基因Ⅴ型。16株基因Ⅰ型毒株中有14株与2013年广州市和2013年新加坡流行的毒株高度同源,核苷酸相似度为99.6%99.9%,另2株基因Ⅰ型毒株则与2013年马来西亚流行的毒株亲缘关系最近,核苷酸相似度为99.7%。24株基因Ⅴ型毒株均与2009年孟加拉、广州市和2013年不丹流行的毒株同源性高,核苷酸相似度为99.0%99.9%。对6株病毒全基因组进化分析结果显示,其中5株病毒与2013年广州市和中山市流行的毒株高度同源,核苷酸相似度为99.6%99.8%,另一株病毒则与2002年的缅甸流行株亲缘关系最近,核苷酸相似度为98.8%。对E基因的遗传变异分析结果显示,与2013年广东省的流行代表株比较,2014年广东省分离株有5个氨基酸位点发生了变异,其中3个（S88V,E203G,T275R）位于EⅡ区的毒力位点区域,1个（S305P）位于EⅢ区的毒力位点区域。【结论】2014年广东省登革热的病原体主要为DENV-1,且至少有2种基因型同时在流行;其可能来源于2013年广东省流行的毒株,也可能来源于新加坡、马来西亚、缅甸等东南亚国家的毒株,其中2013年广东省流行的毒株可能是重要来源之一,提示须加强对本地毒株及传播媒介的监测和研究,以便了解登革热是否在广东省本地化的问题;在流行过程中,病毒有些氨基酸位点已发生变异,其中有4个变异位点位于登革病毒的毒力位点区域,提示有必要对这些变异的生物学意义开展进一步研究。
二、登革病毒的分子进化和流行趋势（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、登革病毒的分子进化和流行趋势（论文提纲范文）
（1）2019年云南耿马县登革热临床特征、血清型及基因型分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1 材料 |
| 1.1 登革热患者临床资料 |
| 1.2 登革热患者急性期血清样本来源 |
| 1.3 主要实验试剂 |
| 1.4 主要实验仪器及设备 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 检测方法 |
| 2.2 分析方法 |
| 结果 |
| 1 病毒分离 |
| 2 DENV基因型鉴定 |
| 2.1 E基因序列 |
| 3 登革热流行病学特征 |
| 3.1 性别分布 |
| 3.2 年龄分布 |
| 3.3 职业分布 |
| 3.4 时间分布 |
| 3.5 病例性质 |
| 3.6 基础疾病 |
| 3.7 病程 |
| 4 不同DENY血清型病例临床症状及体征 |
| 4.1 发热 |
| 4.2 肌肉酸痛 |
| 4.3 皮疹 |
| 4.4 其它主要症状 |
| 5 实验室生化指标 |
| 5.1 血常规 |
| 5.2 肝功能 |
| 5.3 心功能 |
| 5.4 肾功能 |
| 5.5 血脂 |
| 5.6 电解质 |
| 5.7 凝血功能 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 云南埃及伊蚊重要生态习性研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（3）lncRNA在登革病毒感染中调控血管内皮屏障通透性的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 技术路线 |
| 第一部分 :感染Ⅰ型登革病毒的血管内皮细胞中lncRNA共表达网络构建和验证测序结果 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 3.实验结果与分析 |
| 4.讨论 |
| 第二部分 :lncRNA-ERGAL与 miR-183-5p结合在登革病毒感染中调控血管内皮屏障通透性 |
| 引言 |
| 1.实验材料 |
| 2.实验方法 |
| 3.实验结果 |
| 4.讨论 |
| 全文总结 |
| 创新性 |
| 展望 |
| 附录一 :中英文缩略词表 |
| 附录二 :附图 |
| 参考文献 |
| 硕士期间发表及待发表的文章 |
| 致谢 |
（5）实时荧光定量RT-PCR方法在登革热小鼠模型中的评估及应用（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 实验动物 |
| 1.1.2 病毒株 |
| 1.2 主要试剂与仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 引物和探针 |
| 1.3.2 标准品的制备 |
| 1.3.3 动物感染和取材 |
| 1.3.4 病毒核酸的提取 |
| 1.3.5 一步法实时荧光定量PCR反应 |
| 1.4 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 一步法实时荧光定量PCR方法的确定 |
| 2.2 荧光定量PCR方法的评估 |
| 2.2.1 灵敏性分析 |
| 2.2.2 特异性分析 |
| 2.2.3 稳定性分析 |
| 2.3 DENV RT-PCR方法的初步应用 |
| 3 讨论 |
（6）深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 病毒株 |
| 1.2 主要材料和试剂 |
| 1.3 引物设计 |
| 1.4 病毒基因片段的PCR扩增和测序 |
| 1.5全基因组系统进化树分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 DENV-1型病毒基因组全序列基本特征 |
| 2.2 DENV-1型病毒基因组全序列同源性分析 |
| 2.3 全基因组序列进化分析 |
| 3 讨论 |
（7）2013-2016年广东省登革病毒血清Ⅰ型分布特征（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1 序列获取 |
| 1.1 样本来源 |
| 1.2 测序 |
| 2 结果 |
| 2.1 病毒分离结果 |
| 2.2 系统发育树聚类情况分析 |
| 2.3 第2簇病毒共组位置分析 |
| 2.4 进化速率 |
| 2.5 基因正选择位点分析 |
| 3 讨论 |
（8）五种Ⅰ型登革病毒的毒力差异及内在分子机制的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 不同基因型的DENV1毒力差异的研究 |
| 材料和方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 实验结果 |
| 一、不同基因型的DENV1在哺乳动物细胞系和蚊虫细胞系中复制能力的差异 |
| 二、不同基因型的DENV1接种乳鼠颅脑后毒力差异 |
| 三、DENV1B、DENV1E在上皮细胞和内皮细胞中复制能力的差异 |
| 讨论 |
| 第二部分 病毒逃逸宿主天然免疫的差异 |
| 材料和方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 实验结果 |
| 一、DENV1B&E非结构蛋白抑制宿主抗病毒天然免疫RLR信号通路的差异 |
| 二、5种病毒株系统进化分析和非结构蛋白氨基酸序列的差异比对 |
| 三、DENV1B在Ⅰ型干扰素受体缺陷的小鼠细胞及体内复制得都比DENV1E快 |
| 讨论 |
| 第三部分 DENV1病毒株全基因组生物信息学分析及NS2B3丝氨酸蛋白酶活性的研究 |
| 材料和方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 实验结果 |
| 一、5种病毒株全基因组生物信息学分析 |
| 二、DENV1B-NS2B3、DENV1E-NS2B3丝氨酸蛋白酶活性差异 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 硕士期间所完成的论文 |
| 附录 |
| 致谢 |
（9）登革热免疫病理机制及树鼩模型研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 登革病毒等虫媒病毒的流行及重组进化研究 |
| 前言 |
| 1.1 登革病毒研究概况 |
| 1.2 登革病毒的培养和胞内复制 |
| 1.3 登革病毒世界范围内流行情况 |
| 1.4 JEV、ZIKA和WNV等病毒概况及与登革病毒交叉性 |
| 2 实验材料与仪器 |
| 2.1 细胞株、临床血样和抗体等 |
| 3 研究方法与步骤 |
| 3.1 登革病毒培养及扩增 |
| 3.2 登革病毒电镜观察 |
| 3.3 Ⅰ-Ⅳ登革病毒基因同源性分析及Capsid蛋白二级结构预测 |
| 3.4 云南省西双版纳州2015年爆发登革热病人血清中病毒基因组提取 |
| 3.5 系统发育学分析 |
| 3.6 ZIKA, JEV, WNV和DENV的全球亲缘关系图绘制 |
| 3.7 重组分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 登革病毒透射电子显微镜观察 |
| 4.2 Ⅰ-Ⅳ登革病毒基因同源性分析及C蛋白二级结构预测 |
| 4.3 2015年西双版纳爆发的登革病毒全基因组与全球范围内序列同源性比对及亲缘关系 |
| 4.4 2015年版纳登革病毒全基因组与亲缘序列重组分析 |
| 4.5 2015年西双版纳爆发的登革病毒E基因与全球范围内序列同源性比对及进化关系 |
| 4.6 2015年版纳登革病毒全基因组与全球范围内序列突变及重组分析 |
| 4.7 黄病毒(DENV1-4,ZIKA,JEV和WNV)的基因组大小和同源性及系统进化关系 |
| 4.8 基因组水平分析黄病毒(DENV1-4,ZIKA,JEV和WNV)的系统发育分析 |
| 4.9 黄病毒(DENV1-4,ZIKA,JEV和WNV)世界范围内黄病毒的亲缘关系 |
| 4.10 黄病毒(DENV1-4,ZIKA,JEV和WNV)间重组事件 |
| 5 讨论 |
| 第二部分 登革病毒等虫媒病毒间的抗体依赖增强感染研究 |
| 前言 |
| 2 实验材料与仪器 |
| 2.1 抗体和药物 |
| 2.2 病毒和细胞系 |
| 2.3 患者和样品 |
| 2.4 RT~2 Profiler~(TM) PCR Array Human Autophagy |
| 2.5 PBMC细胞登革病毒ADE感染miRNA表达谱 |
| 2.6 全球范围内ZIKA,JEV,WNV和DENV的全基因组和E基因 |
| 3 研究方法与步骤 |
| 3.1 黄热病毒间的抗体交叉反应 |
| 3.2 2015年西双版纳爆发的登革与乙型脑炎的交叉反应研究 |
| 3.3 登革病毒THP-1细胞系上抗体依赖增强感染模型建立 |
| 3.4 自噬药物对THP-1细胞作用及电镜观察 |
| 3.5 在PBMC细胞中miRNA在登革病毒ADE条件下的表达差异 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 异型乙脑病毒抗体JEV E对DENV-2的增强作用 |
| 4.2 2015年版纳爆发的登革与乙型脑炎抗体关系 |
| 4.3 登革病毒THP-1细胞上的ADE |
| 4.4 自噬药物在THP-1 ADE感染中的作用 |
| 4.5 PBMC细胞中miRNA在登革病毒ADE条件下的组学研究结果 |
| 5 讨论 |
| 第三部分 登革病毒树鼩动物模型研究 |
| 前言 |
| 2 实验材料与仪器 |
| 2.1 树鼩 病毒 |
| 2.2 主要试剂耗材 |
| 2.3 主要仪器 |
| 3 研究方法与步骤 |
| 3.1 攻毒 |
| 3.2 体重体温测量 |
| 3.3 采血及脑和肝的采取 |
| 3.4 血清中和效价检测 |
| 3.5 血常规及血清生化指标检测 |
| 3.6 脑和肝病理切片 |
| 4 结果 |
| 4.1 登革病毒感染树鼩后的登革热和致死性 |
| 4.2 树鼩的病毒血症 |
| 4.3 受登革感染后树鼩血清的中和效价 |
| 4.4 树鼩血常规检测 |
| 4.5 树鼩血清生化检测 |
| 4.6 树鼩脑和肝病毒载量 |
| 5 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 一、主要缩略词表 |
| 二、溶液配制 |
| 三、部分测序结果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 博士研究生期间发表的第一作者论文 |
（10）2014年广东省登革热大流行的病原体来源及分子进化特点（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 标本 |
| 1.2 登革病毒的分离培养与鉴定 |
| 1.3 登革病毒1型E基因和全基因组的扩增与测序 |
| 1.3.1 引物设计与基因扩增 |
| 1.3.2 测序与拼接 |
| 1.4 E基因和全基因组的分子进化分析 |
| 1.4.1 参考毒株的选择 |
| 1.4.2 系统进化分析 |
| 1.4.3 贝叶斯进化分析 |
| 1.4.4遗传变异分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 病毒分离培养与鉴定的结果 |
| 2.2 基因扩增与测序的结果 |
| 2.3 分离株E基因的分子进化分析 |
| 2.3.1 分离株E基因的系统进化分析 |
| 2.3.2 分离株的流行地域分布 |
| 2.3.3 分离株E基因的贝叶斯分析 |
| 2.3.4 分离株E基因的遗传变异分析 |
| 2.4 分离株全基因组的遗传进化分析 |
| 3 讨论 |
四、登革病毒的分子进化和流行趋势（论文参考文献）
- [1]2019年云南耿马县登革热临床特征、血清型及基因型分析[D]. 李杨思琪. 昆明医科大学, 2021
- [2]2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究[J]. 文艳苹,汪皓秋,于新芬,张国忠,周银燕,钱昕. 中华微生物学和免疫学杂志, 2021(02)
- [3]lncRNA在登革病毒感染中调控血管内皮屏障通透性的研究[D]. 郑宝嘉. 暨南大学, 2020(03)
- [4]深圳市2018年登革热的流行病学和基因分型[J]. 阳帆,黄亚兰,张晓敏,熊玲红,李玥,张仁利. 中华传染病杂志, 2020(06)
- [5]实时荧光定量RT-PCR方法在登革热小鼠模型中的评估及应用[J]. 陈倩,李丹,佟巍,蔡方舟,郭智,鲍琳琳,王卫. 中国比较医学杂志, 2020(03)
- [6]深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析[J]. 田建华,马珍元,张新枝,王雪刚,黄呈辉. 热带医学杂志, 2019(09)
- [7]2013-2016年广东省登革病毒血清Ⅰ型分布特征[J]. 廖沣,潘悦炀,谢杰良,张欢,张欣,胡丁文,劳梓钊,刘小虹,吴建国,李耿,吴德. 现代预防医学, 2018(21)
- [8]五种Ⅰ型登革病毒的毒力差异及内在分子机制的研究[D]. 邹春玲. 苏州大学, 2018(01)
- [9]登革热免疫病理机制及树鼩模型研究[D]. 姜黎明. 北京协和医学院, 2017(11)
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