导读:本文包含了等位基因变异论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:编码蛋白,等位基因,HLA,分子变异
等位基因变异论文文献综述
聂向民,朱海峰,朱传福,乔文本,刘艳[1]（2018）在《HLA等位基因A~*24:257编码蛋白分子变异特征分析》一文中研究指出目的鉴定分析HLA新等位基因A~*24:257的序列变异及其编码氨基酸残基改变在其蛋白分子空间结构中的影响。方法使用SBT单基因特异性测序进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL同源建模在线服务器以及RasMol和PDB Protein Workshop分析软件,对其编码蛋白分子空间结构及其氨基酸残基改变特点在MHC分子叁维空间结构中可能影响进行模拟分析。结果 A~*24:257与标准等位基因A~*24:02:01相比,其第28位编码氨基酸由中性缬氨酸(V)→酸性谷氨酸(E),第29位由酸性天冬氨酸(D)→中性天冬酰(本文来源于《中国输血协会第九届输血大会论文专辑》期刊2018-11-01）
张雪蕾[2]（2018）在《四种不同的HLA氨基酸变异和两种HLA等位基因在汉族人群中与麻风相关》一文中研究指出研究背景麻风是一种由麻风分枝杆菌感染引起的慢性炎症性皮肤病。它影响皮肤和周围神经,并可造成不可逆的神经功能损害以及后续不可逆的慢性残疾。宿主遗传因素被认为会影响对感染的易感性以及疾病进展。麻风风险与主要组织相容性复合体(MHC)区域内的变异强相关,尤其是人分白细胞抗原HLA-DRβ1。2009年我们对中国汉族人706例麻风患者和1225例对照进行全基因组关联分析(GWAS),发现HLA-DR区域与麻风易感性显着相关,但对于HLA的整个区域目前尚未完全阐明。HLA区域定位于6p21.3,在生物体中发挥着重要的遗传学和免疫学作用,该区域已被确定与超过200种疾病或性状有关联,包括原发性免疫缺陷、自身免疫性疾病、感染、恶性肿瘤和精神疾病。目前一般将其分为叁分,HLA-I分基因、HLA-II分基因、HLA-III分基因,经典的HLA-I分基因包括HLA-A、HLA-B、HLA-C等,经典的HLA-II分基因包括HLA-DP、HLA-DR、HLA-DQ等,HLA区域的遗传学特点包括单倍型遗传、共显性遗传、连锁不平衡性,由于HLA区域的高度复杂性,进一步确定HLA区域与很多疾病之间的具体关联一直是个难以攻克的难题。基因型填充(Imputation)是指运用已知的基因分型数据对没有进行基因分型的和基因分型数据缺失的位点进行预测的技术,是一种目前被广泛应用的精细定位方法。基因型填补能增加GWAS数据中的中单核苷酸多态性(single—nucleotide polymorphism,SNP)的密度,使得我们在已经发现的关联性位点的周围去寻找疾病位点为可能,同时也能提高对于采用了不合适的标签SNP进行标记的SNP位点的检验效能。汉族人MHC参考变异谱(Han-MHC reference panel)是我们研究团队2016年从总的MHC遗传变异数据库中提取最小等位基因频率≥0.5%的变异位点构建的,与既往研究所用的相关变异谱相比,其拥有更深的测序深度、有着更完整精确的变异信息。研究目的1)对既往研究中麻风全基因组关联分析的数据进行基因型填补;2)通过逐步条件回归分析发现麻风相关独立位点;3)发现HLA区域麻风易感基因,进一步阐明HLA区域与麻风的风险关联性。研究方法利用既往GWAS数据,使用SNP2HLA软件,运用汉族人群特异性参考数据可做为参考序列对HLA区域(I分和II分HLA基因和相应的氨基酸位点)进行基因型填补分析。选择区域内有潜在意义HLA位点,进行逐步条件回归分析,以及蛋白质空间构图。研究结果本课题研究利用前期麻风GWAS数据,以汉族人特异性参考序列做为参考平台,通过SNP2HLA对HLA区域进行了基因型填补分析,经过质控后发现了23,508SNP位点,发现总共30个HLA等位基因、184个氨基酸变异位点达到全基因组关联水平,其中P值最显着的等位基因为HLA-DRB1*15(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.14),为既往多个研究报道的麻风易感位点。为了进一步确定麻风相关性独立位点,运用逐步条件回归分析对质控后数据进行进一步分析,显示有六个独立信分达到研究范围的显着性阈值(P<1.67×10-6),HLA-DPβ1分子第71位氨基酸残基(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.19),HLA-DPβ1分子第35位氨基酸残基(P=1.75×10-14,OR=0.60,95%CI=0.52-0.68),HLA-C分子第116位氨基酸残基(P=5.12×10-11,OR=1.68,95%CI=1.44-1.96),HLA-A分子第152位氨基酸残基(P=1.16×10-11,OR=2.24,95%CI=2.83-6.79),HLA-DRB1*13:02(P=8.58×10-7,OR=2.28,95%CI=1.64-3.17),HLA-B*07:02(P=9.14×10-6,OR=2.40,95%CI=1.61-3.41)。通过对四个氨基酸位点的蛋白质空间构象分析,发现四个HLA分子氨基酸残基都位于抗原结合区域。研究结论本研究对HLA区域进行基因型填充精细定位,发现了6个麻风相关性的独立信分,增加了新的麻风相关位点,为麻风病的预防、诊断、治疗提供了新的方向。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2018-03-01）
沈荣鑫,王兰,吴疆,赵秀彩,金危危[3]（2016）在《水稻基因组结构变异介导的等位基因表达抑制及其杂种不育》一文中研究指出杂种不育是种间或亚种间的生殖隔离机制。籼稻和粳稻亚种间杂种具有很强的杂种优势,但严重的杂种不育妨碍了籼粳杂种产量潜力的利用。籼粳杂种不育由多个座位控制。我们以前克隆的Sa座位由2个相邻的等位分化基因间互作控制籼粳杂种雄性不育。我们利用图位克隆分离了一个新座位Sc的籼粳等位基因。粳稻等位基因Sc-j编码一个花粉配子体发育必需的DUF1618蛋白。测序分析发现,籼稻等位基因Sc-i发生了很大的结构变异:与Sc-j基因对应的基因有2个转座子插入成为假基因,而该假基因下游有2个或3个28kb片段顺向重复(不同籼稻品种拷贝数不同),每个重复含有一个Sc-j同源基因,但它们的启动子及其上游区序列与Sc-j的启动子序列完全不同。在Sc杂合体(杂种F1),Sc-i表达产物介导了对Sc-j的表达抑制而导致Sc-j花粉的败育。含有3个Sc-i拷贝的籼粳杂种比含有2个Sc-i拷贝的产生更严重的杂种不育。我们在杂种以CRISPR/Cas9敲除或突变1-2个Sc-i拷贝,降低Sc-i基因剂量和表达水平,结果可以提升Sc-j表达并恢复花粉育性。我们提出了一种Sc等位互作控制杂种不育的分子遗传模型。本研究表明基因组结构和拷贝数变异是基因组进化和遗传性状变异的重要机制,揭示了Sc座位的分子遗传基础,还建立了利用基因编辑创建杂种亲和等位基因以利用杂种优势的技术方法。(本文来源于《2016年全国植物生物学大会摘要集》期刊2016-10-09）
谢伟东,文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标[4]（2016）在《南方红豆杉4个微卫星位点等位基因变异分析》一文中研究指出以南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的4个微卫星位点为例,通过等位基因长度和序列变异分析,对各位点等位基因的变异特点、变异来源和进化关系进行研究。结果表明:这4个位点在南方红豆杉种内表现出丰富而复杂的变异特点,既有SSR重复区突变形成的等位基因,也有因侧翼序列插入/缺失(Indel)形成的等位基因,还存在同一长度形态的同形异源等位基因(allelic homoplasy),同时,在1个mt SSR位点中检测到了线粒体基因的异质性(heteroplasmy)。SSR重复序列和侧翼序列突变的共同作用是引起等位基因长度异常的主要原因。等位基因分布及其进化关系研究表明,4个位点的序列突变更符合逐步突变模型(SMM),常见等位基因在进化上具有原始性。(本文来源于《园艺学报》期刊2016年02期）
高华利,王黎明,董普辉,柴军琳,李兴峰[5]（2015）在《不同地区小麦种质穗发芽等位基因检测及其变异分布分析》一文中研究指出穗发芽是影响小麦产量和品质的重要性状,不同地区主栽小麦品种抗穗发芽基因型存在差异。为明确不同地区小麦品种抗穗发芽基因型的分布情况,并筛选出抗穗发芽的小麦种质材料,本研究分别利用与小麦抗穗发芽相关的共显性STS标记Vp1B3和Dorm-1标记,对来自于山东、河南、河北、北京、江苏、安徽、山西和陕西等不同小麦主产区的共280份小麦种质的穗发芽抗性进行分子检测。结果表明:(1)利用标记Vp1B3检测出Vp-1B的等位基因共有3种类型,分别为Vp-1Bc(与抗穗发芽相关),Vp-1Ba(与感穗发芽相关),Vp-1Bb(与抗穗发芽相关),其频率分别为66.8%,31.4%和1.8%;且在不同地区分布存在显着差异,其中山东省供试材料的Vp-1B等位基因Vp-1Bc、Vp-1Ba、Vp-1Bb的分布比例分别为69.5%、28.8%和1.7%;河北省供试材料的Vp-1B等位基因Vp-1Bc、Vp-1Ba、Vp-1Bb的分布比例分别为62.5%、31.3%和6.3%;而河南、北京、江苏、安徽、山西、陕西等地的供试材料中不含Vp-1Ba(与感穗发芽相关)基因类型;(2)标记Dorm-1在供试材料中共检测出2种特异性条带,分别为468bp(与感穗发芽相关)和606bp(与抗穗发芽相关),所占比例分别为98.6%和1.4%。(3)通过标记Vp1B3和Dorm-1的综合鉴定,在280份小麦种质材料中共筛选出4份具有抗穗发芽特性的材料,分别是周麦23、信阳0913、郑农19和徐麦8066。功能标记Vp1B3和Dorm-1可以有效用于小麦穗发芽抗性基因的综合检测,提高了小麦抗穗发芽育种的选择效率。(本文来源于《中国作物学会——2015年学术年会论文摘要集》期刊2015-08-19）
邵科,史方,闫书祥,徐念,朱滨[6]（2014）在《微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中不同等位基因的序列变异研究》一文中研究指出本研究利用PCR扩增和序列测定得到了1个特殊4碱基重复微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中的34个等位基因序列。根据序列测定的结果,初步研究了该位点的核心重复区序列以及两端侧翼序列的变异情况。该位点不同等位基因的核心序列和侧翼序列都表现出一定程度的变异,其中核心重复序列主要表现为点突变,侧翼序列主要表现为各种碱基的替换、插入和缺失以及片段的插入缺失。此外,还发现了AciG-35引物在中华鲟中的多位点扩增现象。研究结果对于准确解释微卫星分子标记用于群体遗传分析时的数据结果具有重要意义,对在微卫星标记的应用过程中可能存在的一些问题一并进行了探讨。(本文来源于《水生态学杂志》期刊2014年01期）
杨松杰,梁强[7]（2013）在《陕南鄂西丘陵麦区小麦HMW-GS组成和LMW-GS等位基因变异》一文中研究指出采用SDS-PAGE凝胶电泳和STS标记方法分别对陕南鄂西丘陵麦区小麦品种(系)中的高分子量谷蛋白亚基(HMW-GS)组成和低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)Glu-A3与Glu-B3位点的等位基因进行了检测,并通过STS特异性标记对SDS-PAGE凝胶电泳检测的HMW-GS部分结果进行了验证。结果表明:(1)陕南麦区64份小麦材料中共检测到9种HMW-GS类型,其中Glu-A1位点含有Null、1共2种等位变异,频率分别为53.12%和46.88%;Glu-B1位点有7+8、7+9、14+15和17+18共4个等位变异,频率分别为26.56%、48.44%、21.88%和3.13%;Glu-D1位点有2+12、5+10和4+12共3种等位变异,频率为71.88%、15.63%和12.49%;而且17种不同亚基组合中以"1,7+9,2+12"与"Null,7+9,2+12"为主。(2)64份小麦材料中检测到11种LMW-GS类型,其中Glu-A3位点存在Glu-A3a、Glu-A3c和Glu-A3d共3种等位变异,分布频率为10.94%、62.50%和26.56%;GluB3位点有Glu-B3a、Glu-B3b、Glu-B3d、Glu-B3e、Glu-B3f、Glu-B3g、Glu-B3i和Glu-B3j共8种等位变异,分布频率分别为6.25%、4.69%、29.69%、1.56%、3.13%、18.75%、4.69%、31.25%。(3)2个特异性STS标记对SDSPAGE凝胶电泳检测到的HMW-GS部分组成结果验证表明,STS标记可以有效克服SDS-PAGE方法检测小麦HMW-GS中的7与7*、8与8*以及2与2*亚基的误读问题,为小麦品质育种与食品加工提供理论支持。(本文来源于《西北植物学报》期刊2013年08期）
郑卫东,方兰,袁仕伟[8]（2013）在《等位基因PCR检测HBV X基因变异及其临床应用》一文中研究指出目的建立等位基因特异PCR检测乙型肝炎病毒X基因变异的方法,为临床应用提供基础。方法在3'端设计和合成与野生和突变碱基互补的引物,建立等位基因PCR检测碱基变异的方法,检测慢性乙型肝炎(CHB)和HBV相关肝细胞癌(HCC)患者血清样本中HBV X基因变异,并与核苷酸序列测定方法对比。结果 HCC组的HBV X基因变异率均显着高于CHB组(P﹤0.05)。该PCR检测方法与核苷酸序列测定方法对比,经统计学检验,差异无统计学意义(P﹥0.05)。结论 HCC发生与HBV X基因变异密切相关。所建立的PCR检测HBV X等位基因变异方法,结果可靠,且简便易行,对HCC的诊断具有一定参考价值。(本文来源于《现代预防医学》期刊2013年13期）
柳晓龙[9]（2013）在《基于单核苷酸变异的等位基因选择性剪切模型研究》一文中研究指出随着测序技术的发展，人类已经慢慢的揭开了基因组的秘密，研究的重心也开始由解密遗传信息转移向了解基因的功能挖掘基因和疾病之间的关系等方向发展在生物信息学这样的新兴领域中，揭示基因表达与转录调控的机制成为了新的研究重点之一在基因表达和转录调控中，选择性剪切扮演着一个很重要的角色选择性剪切这种调控机制不仅极大的丰富了人类基因组容纳遗传信息的容量，还与疾病等方面息息相关本文通过对基于单核苷酸变异的等位基因选择性剪切模型的研究，设计并实现了一个处理生物数据，并可以估计计算基因中不同等位基因和不同选择性剪切亚型的表达量比例的系统由于基因中选择性剪切事件较为复杂，本文构建了一个较为简单的数学模型来表示描述选择性剪切的基本事件，这种模型利用了一些其他模型没有使用的RNA-seq中潜在的信息，使结果更加准确稳定本文中构建的模型通过粒子群优化算法来对这个模型优化求解此外，本文的研究还构建了一个处理生物数据的流程系统，可以用于对大型的生物数据进行整理和简化，以便模型研究的使用在测试中，数据处理部分和模型求解部分分别在U87MG细胞的真实数据和模拟数据下得到了较好的结果(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2013-07-01）
王志红,兰炯采[10]（2012）在《RhCE抗原基因分型和表型不一致与等位基因变异的相关性研究》一文中研究指出目的探讨变异RhCE抗原的分子背景及RHCE基因的遗传学特征与基因多态性。方法采用单克隆抗-C、-c、-E和-e试剂检测10 373例RhD阳性和635例RhD阴性献血者的RhCE表型;选择942例标本PCR-SSP技术做RHCE基因分型,对基因分型与血清学分型不一致标本采用PCR-SSP检测22个主要RHCE变异等位基因,部分RHCE等位基因采用测序技术鉴定。结果共有54例标本(占94.27%)基因分型结果与血清学表型结果不一致,经PCR-SSP检测出22种与弱表达抗原相关的RHCE等位基因变异体,经血清学复检有36例标本RhCE抗原存在弱反应或极弱反应。结论在血清学检测时表达弱反应的RhCcEe抗原标本中检出多种RHCE等位基因类型,变异的等位基因可以影响基因分型预测血型抗原的准确性:RhCE表型和基因型不一致的原因可能由变异的等位基因或未发现的等位基因引起。(本文来源于《中国输血杂志》期刊2012年11期）
等位基因变异论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
研究背景麻风是一种由麻风分枝杆菌感染引起的慢性炎症性皮肤病。它影响皮肤和周围神经,并可造成不可逆的神经功能损害以及后续不可逆的慢性残疾。宿主遗传因素被认为会影响对感染的易感性以及疾病进展。麻风风险与主要组织相容性复合体(MHC)区域内的变异强相关,尤其是人分白细胞抗原HLA-DRβ1。2009年我们对中国汉族人706例麻风患者和1225例对照进行全基因组关联分析(GWAS),发现HLA-DR区域与麻风易感性显着相关,但对于HLA的整个区域目前尚未完全阐明。HLA区域定位于6p21.3,在生物体中发挥着重要的遗传学和免疫学作用,该区域已被确定与超过200种疾病或性状有关联,包括原发性免疫缺陷、自身免疫性疾病、感染、恶性肿瘤和精神疾病。目前一般将其分为叁分,HLA-I分基因、HLA-II分基因、HLA-III分基因,经典的HLA-I分基因包括HLA-A、HLA-B、HLA-C等,经典的HLA-II分基因包括HLA-DP、HLA-DR、HLA-DQ等,HLA区域的遗传学特点包括单倍型遗传、共显性遗传、连锁不平衡性,由于HLA区域的高度复杂性,进一步确定HLA区域与很多疾病之间的具体关联一直是个难以攻克的难题。基因型填充(Imputation)是指运用已知的基因分型数据对没有进行基因分型的和基因分型数据缺失的位点进行预测的技术,是一种目前被广泛应用的精细定位方法。基因型填补能增加GWAS数据中的中单核苷酸多态性(single—nucleotide polymorphism,SNP)的密度,使得我们在已经发现的关联性位点的周围去寻找疾病位点为可能,同时也能提高对于采用了不合适的标签SNP进行标记的SNP位点的检验效能。汉族人MHC参考变异谱(Han-MHC reference panel)是我们研究团队2016年从总的MHC遗传变异数据库中提取最小等位基因频率≥0.5%的变异位点构建的,与既往研究所用的相关变异谱相比,其拥有更深的测序深度、有着更完整精确的变异信息。研究目的1)对既往研究中麻风全基因组关联分析的数据进行基因型填补;2)通过逐步条件回归分析发现麻风相关独立位点;3)发现HLA区域麻风易感基因,进一步阐明HLA区域与麻风的风险关联性。研究方法利用既往GWAS数据,使用SNP2HLA软件,运用汉族人群特异性参考数据可做为参考序列对HLA区域(I分和II分HLA基因和相应的氨基酸位点)进行基因型填补分析。选择区域内有潜在意义HLA位点,进行逐步条件回归分析,以及蛋白质空间构图。研究结果本课题研究利用前期麻风GWAS数据,以汉族人特异性参考序列做为参考平台,通过SNP2HLA对HLA区域进行了基因型填补分析,经过质控后发现了23,508SNP位点,发现总共30个HLA等位基因、184个氨基酸变异位点达到全基因组关联水平,其中P值最显着的等位基因为HLA-DRB1*15(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.14),为既往多个研究报道的麻风易感位点。为了进一步确定麻风相关性独立位点,运用逐步条件回归分析对质控后数据进行进一步分析,显示有六个独立信分达到研究范围的显着性阈值(P<1.67×10-6),HLA-DPβ1分子第71位氨基酸残基(P=1.28×10-42,OR=2.71,95%CI=2.34-3.19),HLA-DPβ1分子第35位氨基酸残基(P=1.75×10-14,OR=0.60,95%CI=0.52-0.68),HLA-C分子第116位氨基酸残基(P=5.12×10-11,OR=1.68,95%CI=1.44-1.96),HLA-A分子第152位氨基酸残基(P=1.16×10-11,OR=2.24,95%CI=2.83-6.79),HLA-DRB1*13:02(P=8.58×10-7,OR=2.28,95%CI=1.64-3.17),HLA-B*07:02(P=9.14×10-6,OR=2.40,95%CI=1.61-3.41)。通过对四个氨基酸位点的蛋白质空间构象分析,发现四个HLA分子氨基酸残基都位于抗原结合区域。研究结论本研究对HLA区域进行基因型填充精细定位,发现了6个麻风相关性的独立信分,增加了新的麻风相关位点,为麻风病的预防、诊断、治疗提供了新的方向。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
等位基因变异论文参考文献
[1].聂向民,朱海峰,朱传福,乔文本,刘艳.HLA等位基因A~*24:257编码蛋白分子变异特征分析[C].中国输血协会第九届输血大会论文专辑.2018
[2].张雪蕾.四种不同的HLA氨基酸变异和两种HLA等位基因在汉族人群中与麻风相关[D].安徽医科大学.2018
[3].沈荣鑫,王兰,吴疆,赵秀彩,金危危.水稻基因组结构变异介导的等位基因表达抑制及其杂种不育[C].2016年全国植物生物学大会摘要集.2016
[4].谢伟东,文亚峰,韩文军,周宏,徐刚标.南方红豆杉4个微卫星位点等位基因变异分析[J].园艺学报.2016
[5].高华利,王黎明,董普辉,柴军琳,李兴峰.不同地区小麦种质穗发芽等位基因检测及其变异分布分析[C].中国作物学会——2015年学术年会论文摘要集.2015
[6].邵科,史方,闫书祥,徐念,朱滨.微卫星位点AciG-35在中华鲟野生个体中不同等位基因的序列变异研究[J].水生态学杂志.2014
[7].杨松杰,梁强.陕南鄂西丘陵麦区小麦HMW-GS组成和LMW-GS等位基因变异[J].西北植物学报.2013
[8].郑卫东,方兰,袁仕伟.等位基因PCR检测HBVX基因变异及其临床应用[J].现代预防医学.2013
[9].柳晓龙.基于单核苷酸变异的等位基因选择性剪切模型研究[D].哈尔滨工业大学.2013
[10].王志红,兰炯采.RhCE抗原基因分型和表型不一致与等位基因变异的相关性研究[J].中国输血杂志.2012