本文主要研究内容
作者陈秀琼,孟凡桥,熊华,王雅丽,周洋媚,唐雯华,邹燕梅（2019）在《胃癌相关核心基因的生物信息学分析》一文中研究指出：目的:筛选胃癌相关的核心基因及其与胃癌诊断、预后的关系,为胃癌分子诊断、靶向治疗、预后评判提供研究方向。方法:从基因表达数据库(GEO)下载胃癌相关的mRNA表达谱芯片数据,利用R软件的Limma包分别筛选出胃癌组织中较癌旁组织相比具有显著差异表达的基因(DEGs),在基因功能注释数据库(DAVID)中对DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,交互基因检索工具(STRING)及Cytoscape软件的网络分析插件CytoHubba用于构建蛋白互作网络(PPI)并进行可视化分析,筛选出核心基因;利用生存分析工具(KM数据库)分析核心基因与胃癌患者预后的关系,并量化具有预后意义的核心基因的诊断价值,利用GraphPad软件将其可视化。最后用皮尔逊(Pearson)法检验核心基因之间的相关性。结果:在GEO数据库得到的3个基因芯片表达谱中,胃癌组织与正常组织差异表达显著的基因有1 839个,上调基因851个,下调基因988个,三者取交集后,在3个表达谱芯片中均有显著差异表达的基因有66个,上调基因24个,下调基因42个;GO富集分析显示,差异表达基因的功能主要集中在细胞外空间、细胞外外泌体、消化、细胞外基质组织、胶原纤维组织;KEGG富集分析提示,差异表达基因的通路主要涉及蛋白质消化和吸收、胃酸分泌、氮代谢、ECM-受体相互作用、矿物质吸收等;PPI网络中,Cytoscape可视化分析发现10个核心基因的差异表达与胃癌的发生密切相关,KM数据库检索发现,FN1、COL1A1低表达组患者预后更佳,高表达组更差。FN1、COL1A1的AUC分别为0.93、0.90,提示两者均具有较高的诊断价值,两者的相关性分析得出相关系数r=0.59(P<0.05),提示COL1A1与FN1两者在胃癌中的表达呈正相关。结论:生物信息分析筛选的核心基因FN1、COL1A1可能成为提示胃癌患者预后、早期诊断、研发胃癌靶向药物的候选标志物或靶点。
Abstract
mu de :shai shua wei ai xiang guan de he xin ji yin ji ji yu wei ai zhen duan 、yu hou de guan ji ,wei wei ai fen zi zhen duan 、ba xiang zhi liao 、yu hou ping pan di gong yan jiu fang xiang 。fang fa :cong ji yin biao da shu ju ku (GEO)xia zai wei ai xiang guan de mRNAbiao da pu xin pian shu ju ,li yong Rruan jian de Limmabao fen bie shai shua chu wei ai zu zhi zhong jiao ai pang zu zhi xiang bi ju you xian zhe cha yi biao da de ji yin (DEGs),zai ji yin gong neng zhu shi shu ju ku (DAVID)zhong dui DEGsjin hang ji yin ben ti (GO)gong neng zhu shi ji jing dou ji yin yu ji yin zu bai ke quan shu (KEGG)fu ji fen xi ,jiao hu ji yin jian suo gong ju (STRING)ji Cytoscaperuan jian de wang lao fen xi cha jian CytoHubbayong yu gou jian dan bai hu zuo wang lao (PPI)bing jin hang ke shi hua fen xi ,shai shua chu he xin ji yin ;li yong sheng cun fen xi gong ju (KMshu ju ku )fen xi he xin ji yin yu wei ai huan zhe yu hou de guan ji ,bing liang hua ju you yu hou yi yi de he xin ji yin de zhen duan jia zhi ,li yong GraphPadruan jian jiang ji ke shi hua 。zui hou yong pi er xun (Pearson)fa jian yan he xin ji yin zhi jian de xiang guan xing 。jie guo :zai GEOshu ju ku de dao de 3ge ji yin xin pian biao da pu zhong ,wei ai zu zhi yu zheng chang zu zhi cha yi biao da xian zhe de ji yin you 1 839ge ,shang diao ji yin 851ge ,xia diao ji yin 988ge ,san zhe qu jiao ji hou ,zai 3ge biao da pu xin pian zhong jun you xian zhe cha yi biao da de ji yin you 66ge ,shang diao ji yin 24ge ,xia diao ji yin 42ge ;GOfu ji fen xi xian shi ,cha yi biao da ji yin de gong neng zhu yao ji zhong zai xi bao wai kong jian 、xi bao wai wai bi ti 、xiao hua 、xi bao wai ji zhi zu zhi 、jiao yuan qian wei zu zhi ;KEGGfu ji fen xi di shi ,cha yi biao da ji yin de tong lu zhu yao she ji dan bai zhi xiao hua he xi shou 、wei suan fen bi 、dan dai xie 、ECM-shou ti xiang hu zuo yong 、kuang wu zhi xi shou deng ;PPIwang lao zhong ,Cytoscapeke shi hua fen xi fa xian 10ge he xin ji yin de cha yi biao da yu wei ai de fa sheng mi qie xiang guan ,KMshu ju ku jian suo fa xian ,FN1、COL1A1di biao da zu huan zhe yu hou geng jia ,gao biao da zu geng cha 。FN1、COL1A1de AUCfen bie wei 0.93、0.90,di shi liang zhe jun ju you jiao gao de zhen duan jia zhi ,liang zhe de xiang guan xing fen xi de chu xiang guan ji shu r=0.59(P<0.05),di shi COL1A1yu FN1liang zhe zai wei ai zhong de biao da cheng zheng xiang guan 。jie lun :sheng wu xin xi fen xi shai shua de he xin ji yin FN1、COL1A1ke neng cheng wei di shi wei ai huan zhe yu hou 、zao ji zhen duan 、yan fa wei ai ba xiang yao wu de hou shua biao zhi wu huo ba dian 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自癌变·畸变·突变的陈秀琼,孟凡桥,熊华,王雅丽,周洋媚,唐雯华,邹燕梅，发表于刊物癌变·畸变·突变2019年04期论文，是一篇关于胃癌论文,生物信息学论文,差异基因论文,靶点论文,诊断论文,预后论文,癌变·畸变·突变2019年04期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自癌变·畸变·突变2019年04期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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