导读:本文包含了穿膜序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:细胞穿膜肽,二级结构,蛋白质序列分析,几何模型
穿膜序列论文文献综述
屈昂[1]（2018）在《基于几何方法的细胞穿膜肽序列特征分析》一文中研究指出细胞穿膜肽是一类能以受体依赖或非受体依赖方式介导胞吞作用的小分子短肽,长度为5~30个氨基酸,能够携带不同分子穿过细胞膜,这一特性使细胞穿膜肽成为一种有效的运输载体,为药物靶向治疗提供了新希望。传统的细胞穿膜肽实验研究手段工作量大、花费高,因而利用生物信息学方法发展细胞穿膜肽以及细胞穿膜肽穿膜活性的预测分析算法,进而为实验研究穿膜肽提供理论指导,已成为当前细胞穿膜肽研究的重要辅助手段。但由于细胞穿膜肽序列短,大多数传统的序列分析方法已不再适用,因此目前对细胞穿膜肽的序列结构特征挖掘、分类预测、穿模效率评价预测等系列重要问题的有效研究还很少,对细胞穿膜肽的穿膜机制还存在争议。本文首先对不同类型细胞穿膜肽二级结构和序列特征进行了深入分析,在此基础上,融合氨基酸分类和多种氨基酸理化特征,提出一种新的蛋白质序列几何分析方法,进而发展了细胞穿膜肽和非细胞穿模肽分类预测算法,得到较好的预测结果,为今后细胞穿膜肽预测提供了新思路。论文主要工作如下:1.不同类型细胞穿膜肽二级结构特征研究基于CPPsite2.0数据库,提取了355条具有明确二级结构注释的细胞穿膜肽,其中340条注释有具体运输物质信息、187条注释有明确穿膜方式。我们从生物信息角度针对不同长度区间、运输不同类型分子细胞穿膜肽之间的异同二级结构及序列特征进行了系统研究,同时进一步对不同穿膜方式对应的细胞穿膜肽二级结构特征进行了对比研究,结果表明不同类型细胞穿膜肽之间在二级结构组成上具有不同程度差异特征,为今后揭示细胞穿膜肽相关分子结构机制奠定可靠的理论基础。2.基于球坐标蛋白质序列分析新方法的细胞穿膜肽分类为了深入挖掘蛋白质序列信息,我们利用球坐标,充分融合氨基酸分类和多种氨基酸理化特征,提出一种蛋白质序列分析新方法,并进一步结合支持向量机,发展了一种细胞穿膜肽预测分类方法,其在多个数据集中的预测效率表明该方法能够提供更多的蛋白质序列信息,可以为今后蛋白质分析提供了有效工具和新思路。(本文来源于《山东师范大学》期刊2018-05-25）
曹赞霞,董川,赵立岭,王吉华[2]（2016）在《细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系》一文中研究指出细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有不同穿膜活性的CPPs进行研究,试图找出影响CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs与非穿膜肽(Non CPPs)序列上的差异,并引入一种分析生物序列的方法.我们基于CPPsite数据库和不同的文献获取CPPs和Non CPPs序列,并进一步从CPPs序列中提取具有高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs)用于构建数据集.基于这些数据集,开展了以下研究:首先,利用方差分析的方法,对不同活性的CPPs以及Non CPPs的氨基酸及二级结构组成进行分析,发现氨基酸的静电与疏水相互作用对CPPs的穿膜活性起到了重要影响,同时螺旋结构和无规卷曲也会影响CPPs的穿膜活性;其次,使用理化性质与长度将不同活性的CPPs展示在二维平面上,发现在某些特殊的性质下不同活性的CPPs与Non CPPs可以产生聚簇现象,HCPPs、MCPPs以及LCPPs和Non CPPs被分成了叁簇,这种现象显示了它们之间的差异;最后,本文引入了生物序列理化质心的概念,将组成序列的残基看作质点,进而把序列抽象成质点系进行研究,并将此方法应用到CPPs的分析中,通过PCA方法将不同活性的CPPs投射到叁维平面上,结果发现绝大部分CPPs聚在一起,部分LCPPs与Non CPPs聚在一起.此工作对于CPPs的设计,以及理解不同活性CPPs序列上的差异具有一定的意义.另外,本文引入的生物序列理化质心的分析方法也可以用于其他生物问题的分析,同时它们可以作为某些生物分类问题的输入参数,在模式识别中起到一定的作用.(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊2016年01期）
彭鑫,申卫红,茹松伟,宗扬勇,夏圣[3]（2008）在《大肠埃希菌表达的含PTD穿膜序列的融合蛋白3种复性方法比较》一文中研究指出目的:探索融合蛋白PTD-NFATminiDBD-eGFP纯化以及复性的条件,以提高其复性效率,为后续融合蛋白生物学功能的研究做准备。方法:表达、提取并纯化包涵体形式的融合蛋白PTD-NFATminiDBD-eGFP,分别用稀释复性、透析复性、柱上复性的方法,对融合蛋白进行复性,分析不同方法的特点及包涵体复性率,采用流式细胞术检测融合蛋白的穿膜活性。结果:3种复性方法得到的融合蛋白复性率依次为:柱上复性得率最高,其次是透析复性,稀释复性得率最低。柱上复性后蛋白的穿膜效率最高,相对较低的是稀释复性,而未复性的融合蛋白穿膜效率极低。结论:3种复性方法均能对PTD穿膜蛋白复性,但以柱上复性最佳。(本文来源于《江苏大学学报(医学版)》期刊2008年03期）
黄莉莉,杨敏,邵启祥[4]（2006）在《含有TAT穿膜序列载体的构建》一文中研究指出目的:构建具有TAT穿膜序列的载体,以携带外源性蛋白进入细胞膜内,从而便于研究外源性蛋白在细胞内的生物学功能。方法:合成含有TAT序列的引物一对:上游引物为:5’-AAGGATCCTATGGCAGGAAGAAGCGGAGA- CAGCGACGAAGA GAGCTCATGGTGAGCAAG-3’;下游引物为5’-CCGAGCTCTTACTTGTACAGCTCG TC-3’(本文来源于《中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要》期刊2006-11-01）
尹锐,郝飞,夏汝山,钟白玉,李芹阶[5]（2006）在《穿膜序列对HPV16E7CTL表位MHC-Ⅰ类抗原呈递影响的初步研究》一文中研究指出目的从时间依赖性抗原呈递动力学的角度研究穿膜序列(Tat49-57)对MHC-Ⅰ类限制性CTL表位呈递的影响。方法应用多肽固相合成技术,分别合成含CPP与HPV16E7唯一HLA-A2／H2-Kb+限制性CTL表位 E749-57的融合多肽,同时合成该表位N、C端自然延伸的抗原肽和无关对照肽。采用流式细胞仪(FACS)(本文来源于《中华医学会第十二次全国皮肤性病学术会议论文集》期刊2006-06-30）
王莉,吴玉章,林治华,石统东,周伟[6]（2002）在《穿膜序列对MHC-Ⅰ类限制性CTL表位呈递影响的研究》一文中研究指出目的 :从时间依赖性抗原呈递动力学的角度研究穿膜序列 (CPP)对 MHC- 类限制性 CTL 表位呈递的影响。 方法 :应用多肽固相合成技术 ,分别合成含 CPP与 H- 2 Kb限制性 CTL 表位 OVA2 57- 2 6 4的融合多肽 ,同时合成该表位 N、C端自然延伸的抗原肽和无关对照肽。采用流式细胞仪 (FACS)分析技术 ,检测抗原呈递细胞 (APC)在不同时相点对上述各抗原肽进行 MHC- 类呈递的情况。结果 :与不含 CPP的抗原肽相比 ,含 CPP的抗原肽中的 CTL 表位更易进入 APC内 MHC- 类呈递途径 ,表现为呈递所需时间明显缩短 (P<0 .0 5 ) ,且同一时相点的呈递强度显着增加 (P<0 .0 5 )。 结论 :在外源性抗原肽中引入穿膜序列可明显促进其 MHC- 类限制性 CTL 表位的呈递效率 ,从而有效增强外源性抗原肽的免疫原性(本文来源于《第二军医大学学报》期刊2002年10期）
李金中,夏咸柱,殷震,涂长春,金宁一[7]（1999）在《犬瘟热疫苗弱毒融合蛋白穿膜区基因的序列分析》一文中研究指出本研究根据Ｂａｒｒｅｔ．Ｔ报道的犬瘟热病毒（ＣＤＶ）Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ株融合蛋白（Ｆ）的基因序列，设计合成了一对可扩增出穿膜区基因的引物（Ｐ８和Ｐ１０），此对引物扩增的ｃＤＮＡ长度应为６２０ｂｐ。以我国现用的某犬瘟热疫苗弱毒感染Ｖｅｒｏ细胞的总ＲＮＡ进行反转录，此反转录产物作为ＰＣＲ的模板，经扩增后得到了约为６２０ｂｐ的ＰＣＲ产物。将此ＰＣＲ产物和ｐＧＥＭ－Ｔ载体质粒连接、转化、鉴定后，得到了含有Ｐ１和Ｐ２间片段的质粒。将此质粒进行序列分析，结果在两引物间的核酸长度为５７４ｂｐ。其相对于ＣＤＶＯｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ株、海豹瘟热病毒２型（ＰＤＶ２）和海豹瘟热病毒１型（ＰＤＶ－１），在核苷酸水平分别有１５、４２和１７１个的变异，同源性分别为９７．４％、９２．７％和７０．２％。在氨基酸水平分别有７、９和４３个的变异，同源性分别为９６．３％、９５．２％和７７．５％，由此氨基酸序列推测的氨基酸疏水性分布图，与其它毒株大致相同，但由此而预测的该毒株的二级结构与其它毒株则有显着的不同，毒株的这种变异进而可能影响到其蛋白质的结构与功能。本研究首次报道了国内现用ＣＤＶ疫苗弱毒融合蛋白穿膜区的基因序列，为进一步研究?(本文来源于《中国预防兽医学报》期刊1999年02期）
穿膜序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有不同穿膜活性的CPPs进行研究,试图找出影响CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs与非穿膜肽(Non CPPs)序列上的差异,并引入一种分析生物序列的方法.我们基于CPPsite数据库和不同的文献获取CPPs和Non CPPs序列,并进一步从CPPs序列中提取具有高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs)用于构建数据集.基于这些数据集,开展了以下研究:首先,利用方差分析的方法,对不同活性的CPPs以及Non CPPs的氨基酸及二级结构组成进行分析,发现氨基酸的静电与疏水相互作用对CPPs的穿膜活性起到了重要影响,同时螺旋结构和无规卷曲也会影响CPPs的穿膜活性;其次,使用理化性质与长度将不同活性的CPPs展示在二维平面上,发现在某些特殊的性质下不同活性的CPPs与Non CPPs可以产生聚簇现象,HCPPs、MCPPs以及LCPPs和Non CPPs被分成了叁簇,这种现象显示了它们之间的差异;最后,本文引入了生物序列理化质心的概念,将组成序列的残基看作质点,进而把序列抽象成质点系进行研究,并将此方法应用到CPPs的分析中,通过PCA方法将不同活性的CPPs投射到叁维平面上,结果发现绝大部分CPPs聚在一起,部分LCPPs与Non CPPs聚在一起.此工作对于CPPs的设计,以及理解不同活性CPPs序列上的差异具有一定的意义.另外,本文引入的生物序列理化质心的分析方法也可以用于其他生物问题的分析,同时它们可以作为某些生物分类问题的输入参数,在模式识别中起到一定的作用.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
穿膜序列论文参考文献
[1].屈昂.基于几何方法的细胞穿膜肽序列特征分析[D].山东师范大学.2018
[2].曹赞霞,董川,赵立岭,王吉华.细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系[J].生物化学与生物物理进展.2016
[3].彭鑫,申卫红,茹松伟,宗扬勇,夏圣.大肠埃希菌表达的含PTD穿膜序列的融合蛋白3种复性方法比较[J].江苏大学学报(医学版).2008
[4].黄莉莉,杨敏,邵启祥.含有TAT穿膜序列载体的构建[C].中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要.2006
[5].尹锐,郝飞,夏汝山,钟白玉,李芹阶.穿膜序列对HPV16E7CTL表位MHC-Ⅰ类抗原呈递影响的初步研究[C].中华医学会第十二次全国皮肤性病学术会议论文集.2006
[6].王莉,吴玉章,林治华,石统东,周伟.穿膜序列对MHC-Ⅰ类限制性CTL表位呈递影响的研究[J].第二军医大学学报.2002
[7].李金中,夏咸柱,殷震,涂长春,金宁一.犬瘟热疫苗弱毒融合蛋白穿膜区基因的序列分析[J].中国预防兽医学报.1999