导读:本文包含了蛋白对接论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:14-3-3τ蛋白,流动注射荧光分析,表面等离子共振(SPR),分子对接
蛋白对接论文文献综述
何田,贾玮娟,王弯弯,王弘[1]（2019）在《基于荧光光谱、表面等离子体共振、分子对接技术的天然产物中14-3-3τ蛋白抑制剂的筛选》一文中研究指出目的研究和建立一种从天然产物中高效筛选14-3-3τ蛋白抑制剂的方法,并初步探讨所筛选活性化合物与14-3-3τ蛋白相互作用的位点。方法采用液相色谱-荧光分析方法对天然产物中具有14-3-3τ结合活性的化合物进行筛选研究,通过表面等离子共振(SPR)技术对筛选结果进行验证,再通过分子对接技术进行活性化合物的作用位点的预测,进而选择主要的结合位点,使用氨基酸定点突变体进行结合位点的验证。结果从82个备选天然产物中筛选出了17个不同类别的具有潜在14-3-3τ结合活性的化合物,并通过SPR实验验证了其中10个化合物的结合活性;使用分子对接技术预测它们与14-3-3τ蛋白的结合位点主要为Arg56、Arg127和Tyr128,并使用3个14-3-3τ蛋白定点突变体R56A、R127A和Y128A,证明了其中5个化合物与目标蛋白的结合与此3位点相关。结论所建立的方法准确高效,可用于快速筛选天然产物中14-3-3τ小分子抑制剂,为新型乳腺癌治疗药物的研发提供了新的参考和途径。(本文来源于《国际药学研究杂志》期刊2019年08期）
杨淑玲,廖先萍,范星,庹浔[2]（2019）在《光谱法及分子对接技术研究黄体酮与牛血清白蛋白的结合机制》一文中研究指出黄体酮(Progesterone,PROG)是临床用于治疗先兆流产的常用药物之一,但其在生物体内的运输机制尚不明确。本文整合荧光光谱、红外光谱及分子对接等实验技术研究了PROG和牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用机制。光谱学实验结果表明,PROG在BSA的结合位点Ⅰ处与其结合,从而引起BSA的内源荧光猝灭,猝灭机制为静态猝灭和非辐射能量转移,两者之间的结合距离为1.63 nm。在人体正常体温条件下,两者的结合常数为1.423×10~4 L·mol~(-1)。根据热力学公式计算得到两者结合过程中ΔH=-65.31 kJ·mol~(-1)和ΔS=-131.63 J·mol~(-1)·K~(-1),说明PROG和BSA之间的主要作用力为氢键和范德华力。红外光谱研究结果表明,PROG能使BSA构象发生改变,其中α-螺旋结构和β-片层结构含量下降,β-折迭结构含量上升。分子对接结果表明,PROG与Trp214之间的相互作用是引起BSA荧光猝灭的主要原因,且PROG与Lys195残基之间存在的氢键有利于PROG-BSA复合物的稳定。分子对接结果与光谱实验结果相互印证,为揭示PROG在人体运输储藏过程提供了数据支撑。(本文来源于《发光学报》期刊2019年11期）
叶孟亮,朱玲玉,张春晖,贾伟,张鸿儒[3]（2019）在《基于分子对接技术探讨牦牛骨胶原蛋白肽GP-12促成骨活性作用机制》一文中研究指出牦牛骨中含有丰富胶原蛋白,研究表明补充胶原蛋白肽可以增加机体骨胶原纤维网架的规则性和牢固性,促进钙盐有序沉积,增加骨密度和骨强度。因此,牦牛骨胶原蛋白肽可能是其发挥抗骨质疏活性作用的功能成分之一,深入研究牦牛骨胶原蛋白肽促成骨细胞增殖作用机制对全面阐明牦牛骨胶原蛋白肽促成骨活性具有重要意义。基于此,本文拟以实验室前期制备的促成骨细胞增殖活性较强的GPAGPPGPIGNV(GP-12)肽为研究对象,通过计算机模拟分子对接技术探讨GP-12促成骨活性作用机制。利用Discovery Studio 2018软件对上述肽段GP-12和表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)执行对接。根据CDOCKER能量评分、相互作用结合位点以及与EGFR相互作用类型综合评价分子对接结果。体外模拟分子对接结果显示,GP-12肽和表皮生长因子受体EGFR的氨基酸残基结合位点为Asn12、Lys13、Leu14、Thr15、Gln16、Leu17、Gly18、Tyr45、Leu325和Phe357,结合力主要为氢键作用和范德华力。牦牛骨胶原蛋白肽GP-12潜在促成骨细胞增殖作用机制可能为:GP-12肽首先将表皮生长因子受体EGFR激活,活化后的EGFR进一步将GSK-3β因子磷酸化,从而阻止β-catenin蛋白降解,造成β-catenin蛋白在成骨细胞内的积累,从而激活Wnt/β-catenin信号通路诱导成骨细胞增殖过程。综上,牦牛骨胶原蛋白肽在未来工业生产功能性和促进营养健康的食品中具有很大的应用潜力,可用于介导治疗骨质疏松症。(本文来源于《中国食品科学技术学会第十六届年会暨第十届中美食品业高层论坛论文摘要集》期刊2019-11-13）
马翼龙,李铁,吕丽娜,耿轶钊,纪青[4]（2019）在《驱动蛋白的能量转换过程——从ATP分子结合到颈链对接》一文中研究指出驱动蛋白是一种分子马达,同时也是一种核苷酸酶,它能够将ATP分子所携带的化学能转化为其沿微管蛋白行走的机械能,每消耗一个ATP分子行走一步。对于驱动蛋白如何将ATP的化学能转化为构象变化的机械能的研究一直是生物物理学研究的热点问题。本文从3个方面对此问题的研究进展进行了综述:ATP分子与驱动蛋白结合; ATP结合引起驱动蛋白头部产生转动;驱动蛋白头部转动引起驱动蛋白颈链向头部的对接。将这叁个方面的内容合并起来就构成了驱动蛋白的能量传递路径。(本文来源于《生命科学研究》期刊2019年05期）
黄朝波,徐晗,杨明冠,李贞景,杨华[5]（2019）在《光谱法和分子对接研究红斑红曲胺与牛血清白蛋白相互作用》一文中研究指出近年来,随着对红曲色素的深入研究,其越来越多的功能活性被发现,但其某些致毒作用也使红曲色素的安全性受到了质疑。因此,阐明红曲色素在人体中与大分子的相互作用对深入研究其转运代谢及毒副作用具有重要作用。光谱法是研究溶液中小分子与蛋白质相互作用的一种有效方法,其具有灵敏度高、选择性强、用样量少、方法简单等优点,在研究中得到越来越广泛的应用。为探究红曲色素在体内的转运机制和血液中与转运蛋白的相互作用,本研究首次用红斑红曲胺(Rubropunctamine, Rub)作为红曲色素的典型代表与牛血清白蛋白(bovine serum albumin, BSA)相互作用。利用内源荧光光谱、同步荧光光谱探究不同浓度的Rub对BSA的荧光猝灭作用,采用Stern-Volmer方程、 Lineweaver-Burk函数和Van’t-Hoff方程对不同温度下BSA与Rub作用后在λ_(EX)/λ_(EM)(280.0 nm/340.0 nm)(λ_(EX)/λ_(EM)表示荧光的激发波长和发射波长)的内源荧光强度值确定二者作用类型、结合位点数及相互作用机理,进一步利用圆二色谱定量测定了Rub的结合对BSA二级结构影响,最后运用软件Discovery Studio2.5对Rub与BSA的相互结合进行分子对接模拟。结果显示:(1) Rub对BSA具有较强的内源荧光猝灭效果,在λ_(EX)/λ_(EM)(280.0 nm/340.0 nm)的荧光强度下降306.1,发射波长由338.6 nm蓝移到331.8 nm,同步荧光显示荧光猝灭主要发生在色氨酸残基上。(2)Stern-Volmer方程计算得到动态猝灭速率常数K_q为2.335×10~(12) L·(mol·s)~(-1),远大于此类型允许的最大扩散碰撞常数2.0×10~(10) L·(mol·s)~(-1),判定该猝灭是单纯的静态猝灭过程。利用Lineweaver-Burk函数计算得到静态猝灭速率常数K_q随温度升高而减小,即该复合物在温度升高时变得不稳定。(3)利用等式lg[(F_0-F)/F]=lgK_0+nlgc_Q得到两者结合常数可达10~3 L·mol~(-1)以上,结合位点数近似为1,且随着温度增加表观结合常数变小。(4)不同温度下Van’t-Hoff方程计算得到ΔH,ΔS,ΔG都小于0,则该相互作用能自发进行且氢键和范德华力是其主要的相互作用力。(5)圆二色谱测得BSA与Rub结合后二级结构中α-螺旋含量由29.4%降至20.2%;β-折迭由39.9%上升到50.7%;β-转角由6.5%下降到3.5%;无规则卷曲由24.2%上升到25.6%。(6)分子对接发现Rub结合点位于BSA中由Arg458, Asp108, Glu424和Ser428等氨基酸形成的口袋内,与Arg458有范德华力作用,与Arg144形成分子内氢键,影响到Trp213微环境。(本文来源于《光谱学与光谱分析》期刊2019年10期）
曹茂启,王珏,罗骏,刘德见[6]（2019）在《分子对接技术在天然产物小分子与靶标蛋白相互作用中的研究进展》一文中研究指出天然产物小分子配体与靶标蛋白的相互作用是很多生物学过程的核心,精确预测其相互作用的模式在现代药物设计中具有重要的基础意义。本文系统的介绍了分子对接技术在天然产物小分子与靶标蛋白相互作用中的研究进展。(本文来源于《广东化工》期刊2019年19期）
郭冰,郝恩华,王菁桢,陆鹏飞,乔海莉[7]（2019）在《入侵害虫松树蜂气味结合蛋白与其相关信息化学物质的分子对接》一文中研究指出为探究入侵我国的重大林业检疫性害虫松树蜂Sirex noctilio的气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)与其相关信息化学物质的结合模式和结合能力,采用Swiss-model在线服务器对松树蜂触角中高表达的4种OBP序列进行同源模建,采用Procheck、Verify_3D和ERRAT程序对模建质量进行评价;并应用Autodock软件对OBP模型和相关信息化学物质进行分子对接分析。结果显示,在松树蜂触角中高表达的4种蛋白为SnocOBP4、SnocOBP6、SnocOBP9和SnocOBP12,其同源模建所得模型质量较好:均满足拉氏构象图中氨基酸位于最佳合理区的数量大于90%的条件;叁维结构与一级结构的兼容性评分大于0.2;所得ERRAT值分别为85.71%、95.10%、98.15%和91.82%。分子对接显示,与松树挥发物α-蒎烯和β-蒎烯结合最好的蛋白是SnocOBP12,结合能分别为-5.36 kJ/mol和-5.48 kJ/mol;与雌性信息素成分顺-9-二十九烯结合最好的蛋白是SnocOBP4,结合能为-5.42 kJ/mol;与雄性信息素成分顺-3-癸烯醇和顺-4-癸烯醇结合最好的蛋白是SnocOBP9,结合能分别为-4.37 kJ/mol和-4.45 k J/mol;而3-蒈烯、顺-7-二十七烯和反-2,4-癸二烯醛等气味分子与SnocOBP6的结合能较低,结合能最低的是顺-7-二十七烯,为-6.08 k J/mol。雄蜂主要信息素成分顺-3-癸烯醇与其同分异构体反-3-癸烯醇相比,与SnocOBP9的结合能较低;但是反-3-癸烯醇能以较强的氢键竞争SnocOBP9结合位点。研究表明这4种松树蜂OBP与相应植物挥发物或雌雄信息素具有较好的亲和力,参与了松树蜂对不同信息化学物质的识别过程。(本文来源于《植物保护学报》期刊2019年05期）
徐文丽,胡瑞雪,梁元昊,刘玉峰[8]（2019）在《分子对接在天然产物与血清蛋白结合机制研究中的应用进展》一文中研究指出分子对接实验是验证计算机辅助药物设计(CADD)结果是否正确的主要方法。近年来,它已广泛应用于天然产物药效物质的筛选,寻找针对疾病的药物,探索天然产物的作用机理。并取得了一些进展。本文通过对天然产物各种有效成分与人血清白蛋白分子对接实验的途径和方法进行文献总结和分析,为临床研究和天然产物新药研发提供了更多的理论依据。(本文来源于《第十六届沈阳科学学术年会论文集（理工农医）》期刊2019-10-10）
童静,郑艳侠,孟歌,李鹏飞[9]（2019）在《磺胺类蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂的分子对接和叁维定量构效关系研究》一文中研究指出目的:初步探索研究磺胺类化合物与蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)的作用模式,建立具有良好预测能力的叁维定量构效关系(3D-QSAR)模型。方法:通过分子对接(Surflex-Dock)研究阐明磺胺类化合物与PTP1B的结合模式,采用比较分子场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)进行3D-QSAR研究。结果:分子对接结果显示,该类化合物可以与PTP1B酶的Site A位点很好地结合。建立的Co MFA模型交叉验证系数(q~2)为0.516,Co MSIA模型q~2为0.503。结论:该类化合物可与PTP1B酶很好地结合,建立的Co MFA模型和Co MSIA模型均具有良好的预测能力,为该类化合物的下一步设计提供理论依据。(本文来源于《中国药师》期刊2019年09期）
韩忠保,吴雨杭,米媛媛,刘丽艳,苏桂田[10]（2019）在《荧光光谱法结合分子对接研究人血清白蛋白对齐墩果酸与熊果酸的异构体识别作用》一文中研究指出五环叁萜化合物齐墩果酸(OA)与熊果酸(UA)为同分异构体,具有相似的理化性质和稍有差异的药理活性。目前人们主要采用各种色谱、质谱类方法实现对OA与UA的异构体识别,未见使用荧光光谱法的报道。提出了一种使用荧光猝灭法实现对OA与UA异构体识别的方法。首先考察了两种常见的血清蛋白—牛血清白蛋白(BSA)与人血清白蛋白(HSA)同OA与UA的作用情况,结果表明OA与UA均可有效地猝灭BSA与HSA的荧光发射。对所得荧光猝灭数据计算可知OA, UA与BSA, HSA作用的双分子猝灭速率常数(K_q)均远大于生物大分子荧光猝灭所观察到的最大散射碰撞速率常数2.0×10~(10) L·(mol·s)~(-1),说明猝灭类型均为静态猝灭,即OA与UA均是通过与BSA及HSA形成稳定复合物方式实现荧光猝灭的。应用双对数方程对所得荧光猝灭数据计算可知OA, UA与BSA, HSA所形成的复合物中结合位点数在0.90～1.26之间,说明所形成的复合物为1∶1型。BSA与OA, UA所形成复合物的表观结合常数(K_A)为同一数量级,相差不大,但是HSA与OA, UA所形成复合物的K_A差别很大, HSA-UA复合物的KA比HSA-OA复合物高124.91倍,表明HSA-UA复合物的稳定性更强。同步荧光实验结果显示, OA与UA的加入对于HSA波长差(Δλ)为60 nm同步荧光光谱的影响大于Δλ为15 nm的同步荧光光谱,由此可以说明OA与UA在HSA上的结合位点可能位于Trp残基附近。分子对接模拟计算结果表明OA与UA均对接在HSA结构中一个疏水性空腔中,主客体之间存在强烈的氢键与疏水作用。OA同Arg218, His242, Pro447等残基间存在氢键作用,键长分别为2.95, 2.97与3.17?,此外还与Lys195, Lys199, Trp214, Arg222, Leu238, Asp451和Tyr452等七个氨基酸残基间存在疏水作用。UA同Trp214, Arg218和Lys444等残基存在氢键作用,键长分别为3.01, 2.88与2.65?,此外还与Leu198, Gln221, Arg222, Asn295, Val343, Pro447, Cys448, Asp451和Val455等9个氨基酸残基间存在疏水作用。由于UA同HSA作用位点数目多于OA,说明UA与HSA疏水性空腔的空间匹配程度更高。因此,认为HSA-UA与HSA-OA复合物间稳定性差异是HSA实现对OA与UA异构体识别的原因。(本文来源于《光谱学与光谱分析》期刊2019年07期）
蛋白对接论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
黄体酮(Progesterone,PROG)是临床用于治疗先兆流产的常用药物之一,但其在生物体内的运输机制尚不明确。本文整合荧光光谱、红外光谱及分子对接等实验技术研究了PROG和牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用机制。光谱学实验结果表明,PROG在BSA的结合位点Ⅰ处与其结合,从而引起BSA的内源荧光猝灭,猝灭机制为静态猝灭和非辐射能量转移,两者之间的结合距离为1.63 nm。在人体正常体温条件下,两者的结合常数为1.423×10~4 L·mol~(-1)。根据热力学公式计算得到两者结合过程中ΔH=-65.31 kJ·mol~(-1)和ΔS=-131.63 J·mol~(-1)·K~(-1),说明PROG和BSA之间的主要作用力为氢键和范德华力。红外光谱研究结果表明,PROG能使BSA构象发生改变,其中α-螺旋结构和β-片层结构含量下降,β-折迭结构含量上升。分子对接结果表明,PROG与Trp214之间的相互作用是引起BSA荧光猝灭的主要原因,且PROG与Lys195残基之间存在的氢键有利于PROG-BSA复合物的稳定。分子对接结果与光谱实验结果相互印证,为揭示PROG在人体运输储藏过程提供了数据支撑。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
蛋白对接论文参考文献
[1].何田,贾玮娟,王弯弯,王弘.基于荧光光谱、表面等离子体共振、分子对接技术的天然产物中14-3-3τ蛋白抑制剂的筛选[J].国际药学研究杂志.2019
[2].杨淑玲,廖先萍,范星,庹浔.光谱法及分子对接技术研究黄体酮与牛血清白蛋白的结合机制[J].发光学报.2019
[3].叶孟亮,朱玲玉,张春晖,贾伟,张鸿儒.基于分子对接技术探讨牦牛骨胶原蛋白肽GP-12促成骨活性作用机制[C].中国食品科学技术学会第十六届年会暨第十届中美食品业高层论坛论文摘要集.2019
[4].马翼龙,李铁,吕丽娜,耿轶钊,纪青.驱动蛋白的能量转换过程——从ATP分子结合到颈链对接[J].生命科学研究.2019
[5].黄朝波,徐晗,杨明冠,李贞景,杨华.光谱法和分子对接研究红斑红曲胺与牛血清白蛋白相互作用[J].光谱学与光谱分析.2019
[6].曹茂启,王珏,罗骏,刘德见.分子对接技术在天然产物小分子与靶标蛋白相互作用中的研究进展[J].广东化工.2019
[7].郭冰,郝恩华,王菁桢,陆鹏飞,乔海莉.入侵害虫松树蜂气味结合蛋白与其相关信息化学物质的分子对接[J].植物保护学报.2019
[8].徐文丽,胡瑞雪,梁元昊,刘玉峰.分子对接在天然产物与血清蛋白结合机制研究中的应用进展[C].第十六届沈阳科学学术年会论文集（理工农医）.2019
[9].童静,郑艳侠,孟歌,李鹏飞.磺胺类蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂的分子对接和叁维定量构效关系研究[J].中国药师.2019
[10].韩忠保,吴雨杭,米媛媛,刘丽艳,苏桂田.荧光光谱法结合分子对接研究人血清白蛋白对齐墩果酸与熊果酸的异构体识别作用[J].光谱学与光谱分析.2019
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