导读:本文包含了基因组区段论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:小麦基因组,串联重复序列,染色体鉴定,荧光原位杂交
基因组区段论文文献综述
郎涛[1]（2019）在《小麦及其近缘物种串联重复序列的全基因组发掘与染色体区段鉴定》一文中研究指出重复序列在小麦族物种基因组中占很高的比例,在普通小麦中国春基因组中含量高达85%以上,但基因组中重复序列的结构与功能研究较为薄弱。重复序列可分为串联重复(Tandem repeats,TR)和散在重复(Interspersed repeats,IR),仅少数TR在分子标记、进化研究和细胞遗传学分析中得到应用。近年来,随着基因组测序与组装技术的提升以及成本的下降,小麦族中多个物种的基因组序列的完成,为从全基因组水平上分析小麦及其近缘物种的TR的结构与功能,以及大规模开发TR探针应用于染色体精细鉴定等提供了基础。本研究基于小麦及其近缘物种的参考基因组,结合基因组学和分子细胞遗传学手段,明确了基因组中的TR分布特征,发掘了一批新的寡核苷酸(Oligo)探针,能够在小麦染色体上产生清晰稳定的荧光原位杂交(Florescent in situ hybridization,FISH)杂交信号,并利用新探针对小麦易位染色体片段进行了精细鉴定。研究结果如下:1、基因组TR分布可视化网络服务工具的建立。针对串联重复序列家族在基因组中的物理特征,基于BLAST,我们构建了TR富集与物理分布网络服务B2DSC(http://mcgb.uestc.edu.cn/b2dsc)。B2DSC作为TR分布可视化工具,实现了基于TR设计FISH寡核苷酸探针的预评估,并对FISH杂交信号进行物理定位。同时基于FISH杂交结果,评估参考基因组局部区段重复序列的拼装质量,为细胞遗传学分析改进复杂基因组质量提供指导。2、小麦及近缘物种参考基因组的TR发掘。建立了包括小麦(AABBDD)、乌拉尔图小麦(AA)、节节麦(DD)、野生二粒小麦(AABB)和栽培大麦(HH)物种的非冗余TR(non-redundant TR,NR-TR)全基因组分布数据库(http://mcgb.uestc.edu.cn/tr)。发现小麦各染色体TR含量在2-5%之间,在A、B和D组染色体上非均匀分布,以D组染色体的TR密度最高。明确了小麦基因组中不同长度TR阵列在基因组的分布与富集特征,说明重复序列结构多样性对小麦基因组进化发挥了重要作用。3、小麦基因组TR与基因表达调控分析。发现1-10 bp TR和31-60 bp TR分别在高置信度(high confidence,HC)基因的转录起始位点(transcription start site,TSS)上下游50 bp和基因转录终止位点(transcription terminal site,TTS)下游500bp内相对较高富集。在TSS上游1 Kb内和TTS下游300 bp内出现50拷贝以上TR阵列的HC基因,常常表现为完全不表达或有中低表达。类萌发素蛋白基因家族分析,发现编码区插入了TR的基因完全不表达。对93个低拷贝TR阵列的基因分析,表现了潜在的pre-miRNA序列的存在,为开展TR对全基因组的表达调控网络研究奠定了基础。4、基于高拷贝TR的寡核苷酸原位杂交探针的发掘。在TR全基因组分析的基础上,开展TR阵列的聚类分析,从46类小麦高拷贝TR以及3类大麦TR中获得了16个新寡核苷酸探针。验证发现它们在小麦染色体上有比较清晰稳定的非变性荧光原位杂交(nondenaturing FISH,ND-FISH)杂交信号,且结合B2DSC进行的基因组物理定位,构建了一张TR探针的染色体物理定位整合图谱,大大提高了FISH鉴定小麦及其近缘属物种染色体特定区段的分辨率。5、小麦高富集的小卫星(minisatellite)序列的分布与进化研究。小麦基因组中一类44 bp的TR序列Ta-3A1,共有69,135个拷贝,总长约3.02 Mb,为拷贝数最高的小卫星序列。Ta-3A1主要富集于小麦3AL、5AL、7AS、7AL、5BL和5DS很短的区间内。序列的聚类分析与物理分布分析,结合小麦族代表性物种染色体的比较ND-FISH分析,发现Ta-3A1拷贝数和染色体位置的快速变化,与小麦族物种形成和多倍体化过程中的染色体重排事件有关。6、基于TR的寡核苷酸探针用于染色体结构变异精准鉴定。利用发掘的Oligo探针,对小麦-偃麦草导入系Z4、小麦-黑麦-偃麦草易位系品种Amigo以及“川麦62”的染色体进行了多重探针的FISH分析。准确鉴定了Z4的易位染色体(Tr-I)的易位断点,其中3A的断点确定在位于长臂的532.13 Mb区域,3DS的47 Mb区段插入到Tr-I的端部。FISH鉴定发现小麦品种Amigo具有小麦-黑麦1RS.1AL易位染色体,小麦7BS.7AS和7BL.7AL易位,还确定了Amigo的1B染色体随体区域,长穗偃麦草染色体片段约为120 Mb。利用多种TR-Oligo探针,将“川麦62”中5B-7B相互易位染色体的断点分别定位于5B的99-151 Mb和7B的310-379 Mb之间。证实多探针ND-FISH可大幅度提高小麦及近缘物种染色体区段重排的鉴定分辨率,实现小麦外源新种质的高效鉴定。综上,本研究围绕小麦及其近缘物种中的串联重复序列,开展生物信息学分析,开发了可展示全基因组TR染色体分布的在线网络服务,已成为物种基因组TR分析的共享平台。开发的新型基于TR的寡核苷酸探针,并构建染色体物理定位整合图谱,成功用于小麦外源染色体易位区段的精准鉴定,实现了分子细胞遗传学研究与基因组学新进展的紧密结合,研究结果对完善小麦基因组结构、功能与进化的理论和指导小麦分子染色体工程育种的实践都具有重要意义。(本文来源于《电子科技大学》期刊2019-04-02）
李秀诗,吴迅,吴文强,刘鹏飞,郭向阳[2]（2019）在《玉米Suwan种质改良过程中的关键基因组区段发掘》一文中研究指出玉米Suwan种质抗性好、适应性强、籽粒品质优,在现代育种尤其是南方玉米育种中具有不可替代的作用。明确Suwan种质优良特性在改良过程中的遗传机制对我国南方玉米生态区的玉米生产具有重要意义。本研究以Suwan1(Suwan1C10)及其衍生群体(苏兰1号C0)不同改良世代为材料,利用包含5.6万个SNP标记的MaizeSNP50芯片对供试群体进行基因型鉴定。遗传分析发现:Suwan 1群体不同改良世代间的基因组差异片段较少,仅出现5个,其中4个出现在第11轮改良世代(Suwan 1 C11), 1个出现在第15轮改良世代(Suwan 1 C15);苏兰1号不同改良世代间的基因组差异片段相对较多,共有18个,其中8个在不同改良世代间稳定遗传; Suwan种质改良形成苏兰1号群体的过程中,共获得43个Lancaster特异性遗传片段,其中35个在苏兰1号不同改良世代间稳定遗传。全基因组关联分析共鉴定出16个与穗行数显着关联的QTN,分别位于第2、第3、第5、第6、第7、第8、第9染色体上,其中SYN25713和SYN36577位于苏兰1号群体的Lancaster特异性遗传片段内;共检测到13个控制穗长相关的QTN,分别位于第1、第2、第5、第7、第8、第9染色体上,其中PZE-105143697位于苏兰1号群体的Lancaster特异性遗传片段内。该结果为后续全基因组关联研究和分子标记辅助选择等提供了重要的理论依据。(本文来源于《作物学报》期刊2019年04期）
程陶然,李语丽,刘平平,杨志辉,张玲玲[3]（2018）在《利用2b-RAD技术检测基因组区段缺失变异的应用潜力评价》一文中研究指出缺失变异是一种重要的基因组结构变异形式,对个体的生长发育会造成一定程度的影响。以RAD-seq、2b-RAD等为代表的简化基因组测序在降低测序成本的同时又能获取大量遗传变异信息,其中包括缺失变异的信息。本文从理论上讨论了简化基因组2b-RAD数据测序深度和缺失片段大小对检测缺失变异的影响,并利用模式生物拟南芥的半模拟数据对理论分析进行了验证。结果发现,测序数据量在20×左右,当缺失区域内含有的酶切标签数目不小于3时,缺失区域检测的错误率趋近于0,且上述结果对于不同大小的缺失片段的检测均有效,这为2b-RAD数据提供了一个新的应用方向,为实际数据缺失变异研究提供了理论上的指导。(本文来源于《中国海洋大学学报(自然科学版)》期刊2018年09期）
邓梅,何员江,苟璐璐,姚方杰,李健[4]（2018）在《小麦骨干亲本繁6产量相关性状关键基因组区段的遗传效应》一文中研究指出繁6是中国小麦育种最重要的骨干亲本之一,明确其优良特性的遗传机制对小麦育种具有重要意义。本研究鉴定了39个繁6衍生品种的7个产量相关性状,并利用全基因组SSR标记分析了繁6中控制这些性状重要遗传区段和基因位点在子代中的遗传效应。表型鉴定结果表明,繁6产量相关性状在不同世代衍生品种中表现无显着差异,表明这些性状在衍生品种选育过程中受到选择并稳定遗传。利用已获得的控制小麦产量相关"一致性"QTL区段的417个SSR标记进行分子扫描,发现11个繁6特异SSR标记在其衍生后代中被高频率遗传。性状–标记关联分析表明,21个来自繁6的特异SSR标记与产量相关性状极显着关联(P<0.01)。同时鉴定出分别位于2A和5A染色体的Xgdm93.3–Xgwm526.2和Xbarc100–Xgwm156.1区段,前者控制株高和小穗数,后者控制千粒重。本研究证实,上述两个与小麦产量相关性状关联的位点或区段在小麦产量育种进程中受到强烈的人为定向连续选择,并在四川乃至西南麦区小麦产量育种中发挥了重要作用。(本文来源于《作物学报》期刊2018年05期）
许洛,王绍新,冯健英,史峰,张娟[5]（2017）在《基于SSR遗传标记的玉米骨干亲本黄早四传递到衍生系的重要基因组区段分析》一文中研究指出研究玉米骨干亲本黄早四传递到衍生系中的重要基因组区段及其分布,对系统了解黄早四成为中国玉米育种骨干亲本的遗传机制有重要意义,并且能为进一步发掘黄早四及其衍生系中控制重要性状的基因提供理论依据和参考。以我国玉米骨干亲本黄早四及其主要衍生系共计35份自交系为试验材料,利用覆盖玉米全基因组的255个SSR标记进行遗传分析,结果表明:黄早四衍生系中存在着丰富的遗传变异,即使是不同来源的同一名称材料也存在一定遗传差异。在黄早四的遗传改良过程中,选择发挥了重要作用。在DNA水平上,检测到黄早四传递到衍生系中频率较高的48个基因组区段及一些优势等位变异,其中部分区段与前人研究报道的控制黄早四抗病性、产量和株高等性状的基因或QTL相一致。所检测到的在黄早四及其衍生系中传递频率较高的区段可能是决定骨干亲本黄早四优良特性的重要基因组区段,可作为今后进一步深入研究的重要候选区段。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2017年19期）
冯超,徐梅珍,冯晨,康明[6]（2017）在《报春苣苔属植物两种基于叶绿体基因组挖掘高变异区段的新策略》一文中研究指出报春苣苔属植物株型低矮而紧凑、花朵硕大而独特、花序繁多且集中直立、花色艳丽且变异丰富,符合对"新"、"优"、"奇"、"稀"等审美追求,是极为理想的野生观赏花卉。由于传统叶绿体DNA区段的分辨度较低,目前该属多个物种的系统发育关系尚不清楚。得益于二代测序技术的快速发展,叶绿体基因组的获取变得相当便利。如何更为有效地挖掘高变异区段以进行系统发育及群体遗传研究成为全新挑战,迫切需求相应策略。本研究以报春苣苔属植物为材料,率先搭建了该属3个完整的叶绿体基因组并进行结构注释,继而提出了两种高变异区段挖掘的新策略。策略一命名为Con Sea:基于多物种叶绿体基因组的联配结果,找出真正的保守区(Con Island)和变异区(Con Sea),并开发新的叶绿体标记。进一步比较了其中8对新引物及4对传统引物在49个报春苣苔属物种中的多态性情况。策略二简称SACRing:直接从RD-Seq数据中分离并组装出简化叶绿体基因组,并基于各样本叶绿体基因组的共有区段,进行群体遗传或系统发育研究。进一步通过同域分布的3个自然居群的21个个体的RAD真实数据测试了该方法的可行性。结合生物信息分析及试验证据,发现基于策略一Con Sea区域开发的叶绿体新标记的多态性程度高于传统的基于非编码区开发的标记。而基于策略二组装的21个个体的简化叶绿体基因组Contig片段长度约占完整基因组的一半,变异位点可有效区分3个自然居群的不同个体,并满足群体遗传研究要求。为方便无生物信息或编程背景的研究者使用,这两种策略均已整合成perl及bash脚本(https://github.com/scbgfengchao/)。此研究为非模式物种的类似研究提供了有效借鉴,新开发的分子标记将进一步促进报春苣苔属乃至苦苣苔科的相关研究。(本文来源于《中国园艺学会2017年论文摘要集》期刊2017-10-19）
陈皇,柏景乔,刘宇,高燕宁,毕新刚[7]（2016）在《膀胱癌基因组特征性DNA区段拷贝数变化及其意义》一文中研究指出目的:分析膀胱尿路上皮癌基因组中DNA区段的拷贝数变化,筛选出膀胱癌中拷贝数异常变化的特征性DNA区段,为临床膀胱癌的诊断、复发监测及预后判断提供分子标志物。方法:利用微阵列比较基因组杂交技术(array-CGH技术)对65例行根治性全膀胱切除手术患者的新鲜冻存肿瘤组织基因组DNA样本进行检测,经生物信息学分析,筛选出11个在肿瘤组织基因组中呈高频率拷贝数变化的DNA区段。随后利用Realtime PCR技术对这11个区段在膀胱癌组织中的DNA拷贝数变化进行分析:选择array-CGH分析中无拷贝数改变的2个区段Frag-con1(6q27,TBP)和Frag-con2(3q13.33,TMEM39A)为内参,以30例健康志愿者外周血白细胞基因组DNA为对照。首先,在已完成array-CGH分析的65例肿瘤组织样本中对上述11个区段拷贝数异常改变进行Realtime PCR核查。继而,针对核实的DNA区段,进一步在两组独立样本中分别对其拷贝数改变进行检测验证。这两组膀胱癌组织样品包括:103例膀胱癌新鲜冻存组织、62例行开放性切除手术的甲醛固定石蜡包埋肿瘤组织,经统计分析后,确定在膀胱癌组织中存在拷贝数异常改变的DNA区段。结果:从array-CGH分析数据中共筛选出11个在膀胱癌组织中存在高频率拷贝数改变的候选DNA区段,其中Frag-1(6p21.31,49/65)、Frag-2(3q22.2,44/65)、Frag-3(5p13-p12,43/65)、Frag-4(11p15.3,43/65)、Frag-5(1q22,39/65)和Frag-6(2p23.3,37/65)是高频扩增区段;Frag-7(19q13.4,49/65)、Frag-8(2q33,46/65)、Frag-9(12q24.33,45/65)、Frag-10(17q21.31,41/65)和Frag-11(6pter-22.3,40/65)为高频缺失区段。与健康志愿者白细胞相比,上述11个候选DNA区段在完成了array-CGH分析的膀胱癌组织样本中共有5个区段的拷贝数改变被Realtime PCR检测核实,包括Frag-2(p=0.000)、Frag-3(p=0.047)、Frag-5(p=0.022)和Frag-6(p=0.041)拷贝数扩增,以及Frag-11(p=0.005)拷贝数缺失。与正常对照相比,两组独立样本中Frag-2、Frag-3、Frag-5、Frag-6(p=0.041)的拷贝数是显着扩增的,Frag-11的拷贝数是显着缺失的,和从起始样本中得到的结果是一致的。结论:本项研究首次发现了5个在膀胱癌基因组中存在高频率拷贝数改变的区域(3q22.2、5p13-p12、1q22、2p23.3、6pter-22.3),Frag-2、Frag-3、Frag-5、Frag-6的拷贝数扩增以及Frag-11的拷贝数缺失是膀胱癌特征性的遗传学改变。在该5个区段的基因可能在膀胱癌的发生发展过程中发挥重要作用,并有可能成为膀胱癌诊断、复发监测的分子标志物。(本文来源于《中国中西医结合学会泌尿外科专业委员会第十四次全国学术会议暨2016年广东省中西医结合学会泌尿外科专业委员会学术年会论文集》期刊2016-09-09）
陈文挺,张素素,陈皇,寿建忠,刘宇[8]（2014）在《膀胱癌患者白细胞基因组特异性DNA区段拷贝数变化研究》一文中研究指出目的比较分析健康志愿者外周血白细胞、膀胱癌患者肿瘤组织及相应外周血白细胞基因组中特定DNA区段的拷贝数差异。方法本课题组前期研究利用array CGH中筛选得到5个在膀胱癌组织中拷贝数发生显着变化的DNA区段:FRAGMENT-2(3q22.2)、FRAGMENT-3(5P13-P12)、FRAGMENT-5(本文来源于《第八届中国肿瘤学术大会暨第十叁届海峡两岸肿瘤学术会议论文汇编》期刊2014-09-11）
黄勇[9]（2014）在《儿童感染乙型肝炎病毒基因组部分区段突变分析》一文中研究指出乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus, HBV）感染是全球普遍的公共卫生问题，我国尤为严重。在HBV感染过程中，由于病毒自身的特殊复制方式，加上机体的免疫选择压力、抗病毒药物以及疫苗诱导等因素的作用下，HBV基因组很容易发生变异，导致免疫逃逸或耐药。同时某些关键位点的突变可能还与病毒的复制水平、疾病的严重程度及进展和预后等相关。HBV各个基因区段均可发生突变，自然发生的突变可分布于HBV整个基因组，而经过压力选择的变异可能主要位于免疫攻击的表位、药物作用的靶位或病毒复制的调控区，其中基本启动子区、前C区和S抗原a决定簇等部位是突变发生率较高的区段，也是HBV基因变异研究的热点。本研究对中国南方地区较大样本量的慢性HBV感染儿童患者以及成人对照患者血清样本，采用直接测序的方法检测了启动子区/前C区、C基因区及S区核苷酸序列的突变情况，并比较分析了C基因区及S区推导氨基酸的突变特征，探讨在分析区段序列的突变与HBeAg状态、免疫表位、HBV基因型、血清DNA载量、ALT水平和年龄等资料间的关系。主要结果及结论如下：1.儿童及成人HBV感染患者均以B基因型为主，约占75.0%，C基因型约占25.0%。2. BCP/PC区突变情况：我们在儿童患者中检出7个与HBeAg状态显着相关的突变位点，其中nt T1753G/C、A1762T、G1764A、A1846T、G1896A、G1899A突变主要见于HBeAg阴性患儿，而nt A1752G突变主要见于HBeAg阳性患儿。在成人患者中检出ntA1846T、G1896A、G1899A、A1762T、G1764A五个与HBeAg阴性状态相关的位点。7个突变位点中，仅发现A1762T/G1764A双突变在HBeAg阳性患者中与低的血清DNA载量和异常ALT水平相关，但在HBeAg阴性患者中无相关。HBeAg阴性患者BCP/PC区平均核苷酸突变数量显着高于HBeAg阳性患者，BCP/PC区突变核苷酸数量与HBeAg阴性样本比率呈正相关（儿童患者R2=0.909,成人患者R2=0.962）。儿童患者BCP/PC区平均核苷酸突变数量显着低于成人患者，年龄越低的儿童，平均核苷酸突变数量也越低，随着患者年龄的增加及感染时间增长，核苷酸突变数量逐渐累积增加。核苷酸A1846T、G1896A、G1899A在HBeAg阴性儿童患者中的突变率显着低于HBeAg阴性成人患者（G1896A突变：41.1%比91.67%；A1846T突变：17.8%比37.5%；G1899A突变：7.8%比20.8%）。BCP/PC区核苷酸突变频率与基因型相关，C基因型患者BCP/前C区平均核苷酸突变数量显着高于B基因型患者。我们筛选到11个与基因型相关的突变位点，其中nt1721等10个位点的突变主要见于C基因型患者，而nt1752突变主要见于B基因型患者。nt G1721A、A1775G、C1856T和T1858C突变主要以联合突变的模式出现。联合突变类型G1721A/A1775G/T1858C仅出现在C基因型儿童患者中，并且与较低的患者年龄和较高的DNA滴度相关。3. C基因区突变情况：慢性HBV感染儿童C基因区氨基酸突变率及平均氨基酸突变数均远低于成人患者。C基因区氨基酸热点突变类型主要有P5T、V13A、L60V、S87G、I97L、P130T、P135Q等，这些突变位点主要位于B细胞表位（Core74-89、Core130-138）和Th表位（Core1-20、Core50-69），CTL表位突变较少。C基因区氨基酸的突变与HBeAg阴性状态显着相关，Y38H、S49T、E77D、S87G、I97L、E113、P135Q、R151Q等八种突变类型在HBeAg阴性儿童及成人患者中的突变率均明显高于HBeAg阳性患者。在HBeAg阳性儿童患者中，发生氨基酸突变的患者ALT水平更高、DNA滴度更低，但在HBeAg阴性儿童患者中则无相关性。儿童患者C基因区核苷酸突变以同义替换为主，本次分析未检出正选择位点；而成人患者同义替换与错义替换相近，检出P5、V13、S87、I97和L130五个正选择位点。C基因区正选择位点更多见于HBeAg阴性患者，我们在HBeAg阳性成人患者中未检测到正选择位点，但在HBeAg阴性成人患者中检测到九个正选择位点（包括：P5、V13、G74、A84、S87、I97、L130、P135、R151），其中88.9%（8/9）的正选择位点位于免疫表位区，以B细胞表位和Th表位为主。4. S区突变情况：疫苗接种免疫保护失败儿童a决定簇氨基酸突变率32.9%，高于未接种疫苗患儿（10%）和成人患者（22.9%）。疫苗接种儿童MHR区氨基酸突变率50.6%，也高于未接种疫苗儿童（30%）和成人患者（39%）。在MHR和a决定簇突变率较高的热点突变类型主要有I110L、K122R、T126A、I126T、P127T、Q129R/H、M133L及G145R等。Q129R、D144A、G145R和N146D仅在疫苗接种组儿童中被检出，可能与疫苗逃逸相关。疫苗接种儿童免疫表位区发生的突变，主要位于B细胞表位（占52.8%），而成人患者主要位于CTL表位（占64.6%），未接种疫苗儿童散在分布于S区。在CTL和Th表位区，aa21、aa40、aa44、aa210在成人患者中突变率较高，在疫苗接种儿童中突变率较低，而在未接种儿童中未见检出，提示这四个位点的突变可能与免疫逃逸相关。突变率最高的CTL和Th表位分别为S207-216、S37-51，这两个表位可能是S抗原承受免疫选择压力的主要区域。S区氨基酸突变与基因型相关。C基因型患者S区氨基酸突变发生率、平均氨基酸突变数均显着高于B基因型患者。该差异主要存在于CTL表位区，而在Th表位、B细胞表位/MHR及a决定簇则无明显差异。aa3、aa53、aa68、aa194及aa210五个位点在C基因型儿童及成人患者中的突变率显着高于B基因型患者（P<0.001）。S区氨基酸突变与HBeAg状态相关。HBeAg阴性患者S区氨基酸突变率及平均氨基酸突变数均显着高于HBeAg阳性患者。在Th表位该差异最显着，在CTL表位也有显着性差异，但在B细胞表位/MHR及a决定簇，差异无显着性意义。位于Th表位和/或CTL表位的L21S、N40S、G44E突变与HBeAg状态最相关，在HBeAg阴性患者中的突变率明显高于HBeAg阳性患者。疫苗接种儿童MHR及a决定簇突变与低的DNA滴度及异常ALT水平相关，与年龄、性别、HBeAg状态及基因型无相关。成人患者MHR及a决定簇突变与上述临床资料间均无相关。在疫苗接种儿童患者中，B细胞表位突变与低的DNA滴度相关(P<0.001)，CTL表位突变与DNA滴度不相关；但在成人患者则刚好相反，CTL表位突变与低的DNA滴度相关(P<0.001)，B细胞表位突变与DNA滴度不相关。HBeAg阴性患者S区核苷酸突变以非同义替换为主，而在HBeAg阳性患者以同义替换为主，HBeAg阴性患者受到的选择压力更强。B基因型患者S区核苷酸突变以非同义替换为主，C基因型患者以同义替换为主，B基因型患者受到更强的选择压力，且随着年龄的逐渐增加，B基因型患者进化速度更快。在S区，未接种疫苗儿童受选择压力较低，未筛选到有显着性意义的正选择位点，氨基酸突变多为自然筛选。疫苗接种儿童受到较弱的选择压力，S区检出5个正选择位点，这些位点主要位于a决定簇及非免疫表位区，突变主要与疫苗逃逸相关。成人患者受到较强的选择压力，S区检出12个正选择位点，这些位点主要位于免疫表位区，氨基酸突变主要与免疫逃逸相关。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2014-05-01）
何员江[10]（2013）在《小麦骨干亲本繁6产量相关性状重要基因组区段及关键位点遗传效应分析》一文中研究指出在农作物新品种选育过程中,一些优良作物品种(或品系)因其表现出良好的丰产性、抗病性和广泛的适应性,且作为杂交亲本,具有配合力高、优良性状的遗传力强等优点,并能由此衍生出许多具有广泛应用价值的新品种,这类材料被作物遗传育种学家称为骨干亲本(Founder Parent)。在我国小麦育种和研究中,骨干亲本发挥了至关重要的作用。本研究以小麦骨干亲本繁6及其衍生品种、培育其衍生品种的部分中间亲本、其他四川育成品种和4个骨干亲本等62个材料,基于产量相关性状表型分析,并结合SSR分子标记、SNP及DArT芯片技术,对小麦骨干亲本繁6及其衍生品种进行全基因组扫描分析,以期揭示小麦骨干亲本繁6产量相关性状重要基因组区段及关键位点,阐明这些基因组区段及关键位点在衍生后代品种中的遗传效应,为骨干亲本利用和产量相关性状分子育种提供参考依据,获得以下研究结果：1、较为系统的阐明了小麦骨干亲本繁6及其后代衍生品种产量相关性状的表型特征。繁6与同时期四川主栽品种雅安早主要产量性状比较发现,繁6的株高显着较低,千粒重均高于同时期主栽品种雅安早,穗长明显低于雅安早,而小穗数、小穗粒数、有效分蘖和籽粒长宽接近同时期主栽品种雅安早。繁6衍生品种的不同世代中,各性状演变趋势表现平稳,无显着的差异,即是提升繁6产量表现的各因子均能在繁6的不同衍生后代中稳定表达,反映出繁6产量性状具有极强的一般配合力。2、利用SSR分子标记、SNP和DArT芯片技术,对小麦骨干亲本繁6及其衍生品种进行全基因组扫描分析,揭示了小麦骨干亲本繁6的特异位点。采用417对产量性状相关SSR引物对62份供试材料进行PCR多态性扩增,其中172对表现出多态性,多态性引物所占的比例为172/417。172对多态性引物在繁6中共扩增出的185个多态性位点,多态性位点的遗传频率变异范围为0.051-0.949。其中,118个特异多态性位点在繁6后代品种的遗传频率等于或高于50%。其中11个SSR特异位点(Xwmcl344、Xgwm264b、 Xwmc419、Xgwm154、Xwmc657、Xwmc737、Xgpw7812、Xbarc84、Xgwm219、Xbarc1096和Xcfa2257)在四个子代的传递频率都比理论传递比例高。通过SNP和DArT芯片技术分析发现,共有7629个SNP位点和658个DArT位点在繁6的子代衍生品种的遗传频率大于50%。与子代衍生品种的其他7个亲本品种对比分析发现,分别有85个SNP位点和17个DArT位点在繁6的1-4代衍生品种保留,其中51个SNP位点和10个DArT位点在衍生后代品种不同世代中的分布频率也同样高于理论传递比例,说明在育种过程中这些特异位点都受到了持续选择。3、基于分子标记区段分析,共获得13个小麦骨干亲本繁6的特异基因组区段,分布于1B、2A、2B、3B、4A、4B、5A、6B、7A、7B上,其中4对引物在1A和4B染色体上分别形成Xwmc419～Xwmc657和Kbarc61～Xwmc134、Xwmc419～Xbarc61,相隔分别为2.3、6.6和7.5cM。4、基于产量相关性状表型分析,并结合SSR分子标记、SNP及DArT芯片技术,对繁6的特异位点与产量相关性状进行关联分析。结果发现,4个SSR高频率遗传位点Xbarc10、Xgwm526、Xbarc100和Xcfa2170与株高、穗长、小穗数、千粒重等性状密切相关；其中标记Xgwm526与株高、小穗数关联,位于2A染色体上的Xgdm93.3～Xgwm526.2染色体区段。标记Xbarc100与千粒重关联,位于5A染色体上的Xbarc100～Xgwm156.1区段。另外有2个特异位点Xgwm614和Xbarc61在衍生四代品种中都有遗传,分别与株高和穗长关联。繁6特异SNP位点wsnp_Ex_rep_c67542_66164609与小穗粒数显着关联,3个SNP位点(wsnp_Ex_rep_c66448_64683704、 wsnp_Ra_c39394_47110214、wsnp_RFL_Contig4076_4580964)与籽粒长度显着关联。繁6的3个特异DArT位点(wPt-669297、wPt-7074、wPt-669299)与株高、有效分蘖、千粒重、籽粒宽度关联,5个DArT位点(wPt-9124、tPt-3689、wPt-9791、wPt-5037、 wPt-1730)与株高、有效分蘖、籽粒宽度关联。5、综上,骨干亲本的形成是多个优良性状的优化组合,很难仅从某一方面或某几方面就反映出一个品种能够作为优良亲本的本质特征,本研究发现繁6的表型特征及特异的基因组区域可能在其能够成为骨干亲本中起着非常重要的作用。(本文来源于《四川农业大学》期刊2013-05-01）
基因组区段论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
玉米Suwan种质抗性好、适应性强、籽粒品质优,在现代育种尤其是南方玉米育种中具有不可替代的作用。明确Suwan种质优良特性在改良过程中的遗传机制对我国南方玉米生态区的玉米生产具有重要意义。本研究以Suwan1(Suwan1C10)及其衍生群体(苏兰1号C0)不同改良世代为材料,利用包含5.6万个SNP标记的MaizeSNP50芯片对供试群体进行基因型鉴定。遗传分析发现:Suwan 1群体不同改良世代间的基因组差异片段较少,仅出现5个,其中4个出现在第11轮改良世代(Suwan 1 C11), 1个出现在第15轮改良世代(Suwan 1 C15);苏兰1号不同改良世代间的基因组差异片段相对较多,共有18个,其中8个在不同改良世代间稳定遗传; Suwan种质改良形成苏兰1号群体的过程中,共获得43个Lancaster特异性遗传片段,其中35个在苏兰1号不同改良世代间稳定遗传。全基因组关联分析共鉴定出16个与穗行数显着关联的QTN,分别位于第2、第3、第5、第6、第7、第8、第9染色体上,其中SYN25713和SYN36577位于苏兰1号群体的Lancaster特异性遗传片段内;共检测到13个控制穗长相关的QTN,分别位于第1、第2、第5、第7、第8、第9染色体上,其中PZE-105143697位于苏兰1号群体的Lancaster特异性遗传片段内。该结果为后续全基因组关联研究和分子标记辅助选择等提供了重要的理论依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组区段论文参考文献
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