本文主要研究内容
作者黄建敏,李菲,刘云静,李彦勋,汤晓辛（2019）在《青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析》一文中研究指出：为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点,分布在18 972条unigene中,出现频率为33. 77%,发生频率为28. 42%,SSR平均长度为15 bp,平均分布频率是1/3. 98 kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47. 59%、27. 95%、23. 45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10～144 bp之间,大多小于24 bp,大于24 bp的仅有0. 22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。
Abstract
wei tan tao qing li chai zhuai lu zu zhong jian chan chong fu xu lie (simple sequence repeat,jian chen SSR)wei dian xin xi ,kai fa qing li chai fen zi biao ji ji shu ,cai yong gao tong liang ce xu ji shu huo de qing li chai zhuai lu zu yuan shi shi yan shu ju ,jing guo sheng wu xin xi xue ruan jian Trinitypin jie hou ,huo de 66 755tiao chan ji yin cu (universal gene,jian chen unigene)。jin yi bu cai yong sheng wu xin xi xue fen xi ruan jian MISAdui suo you de unigenejin hang SSRwei dian shu ju wa jue 。gong ji sou suo chu 22 542ge SSRwei dian ,fen bu zai 18 972tiao unigenezhong ,chu xian pin lv wei 33. 77%,fa sheng pin lv wei 28. 42%,SSRping jun chang du wei 15 bp,ping jun fen bu pin lv shi 1/3. 98 kb,zai qing li chai zhuai lu zu de SSRzhong ,chan he gan suan 、san he gan suan he er he gan suan chong fu xu lie wei zhu yao chong fu lei xing ,fen bie zhan zong SSRde 47. 59%、27. 95%、23. 45%。qing li chai zhuai lu zu shu ju zhong SSRxu lie gong bao gua 161chong chong fu ji yuan lei xing 。ji zhong chu xian pin lv gao de ji xu zhu yao you A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。chong fu xu lie chang du zai 10～144 bpzhi jian ,da duo xiao yu 24 bp,da yu 24 bpde jin you 0. 22%(48ge SSRwei dian )。ling wai ,she ji shai shua de dao 15 425dui SSRyin wu 。zeng shang biao ming qing li chai SSRwei dian duo tai xing qian neng jiao gao ,ju you hen da de ke kai fa xing 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自江苏农业科学的黄建敏,李菲,刘云静,李彦勋,汤晓辛，发表于刊物江苏农业科学2019年02期论文，是一篇关于青篱柴论文,转录组论文,重复类型论文,重复基元论文,江苏农业科学2019年02期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自江苏农业科学2019年02期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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