本文主要研究内容
作者苏比奴尔艾力（2019）在《塔里木马鹿毛色差异表达基因筛选及功能的研究》一文中研究指出：新疆的地理环境和生态环境是多种多样的,在新疆干旱半干旱森林生态系统中生存着很多有蹄类动物并发挥着重要的生态作用,而马鹿(Cervus elaphus)是具有代表性的一个。全世界的马鹿根据毛发颜色、个体大小、头骨和角型差异的不同而分为22个亚种,其中毛色是马鹿亚种分类的重要指标之一,但是在分子水平上控制马鹿毛色相关基因的研究尚未研究报道。本研究通过应用RNA-Seq技术对马鹿的塔里木亚种和天山亚种进行高通量转录组测序分析,并对差异表达候选基因进行实时荧光定量PCR分析,获得了与马鹿毛色控制相关基因的表达普,为阐明塔里木马鹿形态特征方面的分子机制奠定基础。我们得到了以下结果:1.对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织经转录组测序共获得47.51Gb Clean Data,其中各样品的数据量均达到7.29Gb,各样品的Q30碱基百分比都在85.01%以上;组装后共获得86,277条Unigene,其中长度在1kb以上的Unigene有27,802条。把Unigene与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam等7个数据库进行比对,共获得了25,038条有注释信息的Unigene。经差异表达分析后,发现了922条差异表达基因,这些基因当中上调表达的有495条基因,下调表达的有427条基因。初步得到了可能与毛色形成直接相关的基因上调表达的有KRT75、Ggt1、POMC等基因,下调表达的有MITF等基因。2.采用BLAST对差异表达基因与NR、Swiss-Prot、Pfam、eggNOG数据库进行对比,结果显示,分别有736、585、644、698个基因与这些数据库中的已知序列能匹配;将差异表达基因与COG数据库比对的基因产物进行直系同源分类结果显示,186条差异表达基因分类到26类基因家族,其中注释基因数量最多的是属于仅一般功能预测(R)。3.GO富集分析的结果显示,有568条差异表达基因富集到3大类61个小类GO term上,分别为生物学过程、细胞组分及分子功能等。在生物学过程中,富集最集中的是三羧酸循环(Tricarboxylic Acid Cycle);在细胞组成中,纤维胶原三聚体(Fibrillar Collagen Trimer)富集最集中;而在分子功能中,富集最集中的是FK506 binding。4.经过差异基因的KEGG分析,共480条基因涉及240个途径并发现显著性差异较高的8条信号通路,其中差异最显著的是细胞外基质受体互作(ECM-receptor interaction)通路,其次是蛋白质的消化与吸收(Protein digestion and absorption)和PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)。5.对MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CIITA、ARPC5L、POMC等7个差异表达基因进行qRT-PCR来验证转录组测序结果的可靠性。结果显示,这7条基因的qRT-PCR上调或下调表达趋势与RNA-Seq的结果相一致,说明转录组测序结果可靠。6.从差异表达基因中选取VDR基因利用生物信息学分析方法进行蛋白质结构预测分析。VDR蛋白为亲水性蛋白而且有较强的脂溶性,VDR蛋白是无跨膜区域无信号肽的结构蛋白,可能位于内质网膜中,物种进化中相对保守,其编码蛋白具有一定的稳定性。VDR蛋白具有丰富的磷酸化位点,其翻译后修饰在一系列蛋白功能中起着重要作用。本研究为今后塔里木马鹿形态特征的分子机制研究提供基本资料,并为进一步探讨和寻找塔里木马鹿相关功能基因结构及新基因的挖掘提供科学有效的数据信息。
Abstract
xin jiang de de li huan jing he sheng tai huan jing shi duo chong duo yang de ,zai xin jiang gan han ban gan han sen lin sheng tai ji tong zhong sheng cun zhao hen duo you ti lei dong wu bing fa hui zhao chong yao de sheng tai zuo yong ,er ma lu (Cervus elaphus)shi ju you dai biao xing de yi ge 。quan shi jie de ma lu gen ju mao fa yan se 、ge ti da xiao 、tou gu he jiao xing cha yi de bu tong er fen wei 22ge ya chong ,ji zhong mao se shi ma lu ya chong fen lei de chong yao zhi biao zhi yi ,dan shi zai fen zi shui ping shang kong zhi ma lu mao se xiang guan ji yin de yan jiu shang wei yan jiu bao dao 。ben yan jiu tong guo ying yong RNA-Seqji shu dui ma lu de da li mu ya chong he tian shan ya chong jin hang gao tong liang zhuai lu zu ce xu fen xi ,bing dui cha yi biao da hou shua ji yin jin hang shi shi ying guang ding liang PCRfen xi ,huo de le yu ma lu mao se kong zhi xiang guan ji yin de biao da pu ,wei chan ming da li mu ma lu xing tai te zheng fang mian de fen zi ji zhi dian ding ji chu 。wo men de dao le yi xia jie guo :1.dui da li mu ma lu he tian shan ma lu de pi fu zu zhi jing zhuai lu zu ce xu gong huo de 47.51Gb Clean Data,ji zhong ge yang pin de shu ju liang jun da dao 7.29Gb,ge yang pin de Q30jian ji bai fen bi dou zai 85.01%yi shang ;zu zhuang hou gong huo de 86,277tiao Unigene,ji zhong chang du zai 1kbyi shang de Unigeneyou 27,802tiao 。ba Unigeneyu NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GOhe Pfamdeng 7ge shu ju ku jin hang bi dui ,gong huo de le 25,038tiao you zhu shi xin xi de Unigene。jing cha yi biao da fen xi hou ,fa xian le 922tiao cha yi biao da ji yin ,zhe xie ji yin dang zhong shang diao biao da de you 495tiao ji yin ,xia diao biao da de you 427tiao ji yin 。chu bu de dao le ke neng yu mao se xing cheng zhi jie xiang guan de ji yin shang diao biao da de you KRT75、Ggt1、POMCdeng ji yin ,xia diao biao da de you MITFdeng ji yin 。2.cai yong BLASTdui cha yi biao da ji yin yu NR、Swiss-Prot、Pfam、eggNOGshu ju ku jin hang dui bi ,jie guo xian shi ,fen bie you 736、585、644、698ge ji yin yu zhe xie shu ju ku zhong de yi zhi xu lie neng pi pei ;jiang cha yi biao da ji yin yu COGshu ju ku bi dui de ji yin chan wu jin hang zhi ji tong yuan fen lei jie guo xian shi ,186tiao cha yi biao da ji yin fen lei dao 26lei ji yin jia zu ,ji zhong zhu shi ji yin shu liang zui duo de shi shu yu jin yi ban gong neng yu ce (R)。3.GOfu ji fen xi de jie guo xian shi ,you 568tiao cha yi biao da ji yin fu ji dao 3da lei 61ge xiao lei GO termshang ,fen bie wei sheng wu xue guo cheng 、xi bao zu fen ji fen zi gong neng deng 。zai sheng wu xue guo cheng zhong ,fu ji zui ji zhong de shi san suo suan xun huan (Tricarboxylic Acid Cycle);zai xi bao zu cheng zhong ,qian wei jiao yuan san ju ti (Fibrillar Collagen Trimer)fu ji zui ji zhong ;er zai fen zi gong neng zhong ,fu ji zui ji zhong de shi FK506 binding。4.jing guo cha yi ji yin de KEGGfen xi ,gong 480tiao ji yin she ji 240ge tu jing bing fa xian xian zhe xing cha yi jiao gao de 8tiao xin hao tong lu ,ji zhong cha yi zui xian zhe de shi xi bao wai ji zhi shou ti hu zuo (ECM-receptor interaction)tong lu ,ji ci shi dan bai zhi de xiao hua yu xi shou (Protein digestion and absorption)he PI3K-Aktxin hao tong lu (PI3K-Akt signaling pathway)。5.dui MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CIITA、ARPC5L、POMCdeng 7ge cha yi biao da ji yin jin hang qRT-PCRlai yan zheng zhuai lu zu ce xu jie guo de ke kao xing 。jie guo xian shi ,zhe 7tiao ji yin de qRT-PCRshang diao huo xia diao biao da qu shi yu RNA-Seqde jie guo xiang yi zhi ,shui ming zhuai lu zu ce xu jie guo ke kao 。6.cong cha yi biao da ji yin zhong shua qu VDRji yin li yong sheng wu xin xi xue fen xi fang fa jin hang dan bai zhi jie gou yu ce fen xi 。VDRdan bai wei qin shui xing dan bai er ju you jiao jiang de zhi rong xing ,VDRdan bai shi mo kua mo ou yu mo xin hao tai de jie gou dan bai ,ke neng wei yu nei zhi wang mo zhong ,wu chong jin hua zhong xiang dui bao shou ,ji bian ma dan bai ju you yi ding de wen ding xing 。VDRdan bai ju you feng fu de lin suan hua wei dian ,ji fan yi hou xiu shi zai yi ji lie dan bai gong neng zhong qi zhao chong yao zuo yong 。ben yan jiu wei jin hou da li mu ma lu xing tai te zheng de fen zi ji zhi yan jiu di gong ji ben zi liao ,bing wei jin yi bu tan tao he xun zhao da li mu ma lu xiang guan gong neng ji yin jie gou ji xin ji yin de wa jue di gong ke xue you xiao de shu ju xin xi 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自新疆大学的苏比奴尔艾力，发表于刊物新疆大学2019-07-23论文，是一篇关于塔里木马鹿论文,转录组测序论文,毛发颜色论文,新疆大学2019-07-23论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自新疆大学2019-07-23论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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