导读:本文包含了相似性限制论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:读取映射,编辑距离,相似性查询,鸽笼原理
相似性限制论文文献综述
于长永,李淼淼,赵楚,马海涛[1]（2019）在《一种新颖的编辑距离限制下的相似性确认算法》一文中研究指出针对相似性确认步骤中编辑距离计算的高复杂性问题,提出了一种在编辑距离限制下的基于鸽笼原理的字符串相似性确认算法.首先找到满足编辑距离片段映射的片段,以此片段为基准,将长度为500 bp的read分段.然后对满足编辑距离片段映射的左右部分递归地进行编辑距离计算,将各段得到的编辑距离相加即为最后结果.最后根据最长公共子串的下限将需要验证的片段数目降到最低,得到优化方案.实验结果表明,基于鸽笼原理的分段递归计算编辑距离的确认算法减少了验证步骤的时间,并能保证假阳率和假阴率都为零.(本文来源于《东北大学学报(自然科学版)》期刊2019年11期）
陈艳雯[2]（2015）在《实验检验相似性限制假说和生境过滤假说》一文中研究指出相似性限制假说(Limiting similarity hypothesis)和生境过滤假说(Habitat filtering hypothesis)一直是群落生态学研究的重要内容。相似性限制假说认为种间竞争强度很大程度上依赖于种间相似度,共存物种间必须存在一定的相似性限制,以避免过于激烈的种间竞争而导致种间竞争排斥。生境过滤假说则认为在某一类型的生境内,只可能存在适应该环境的物种,环境决定着区域物种库中哪些物种可以进入并留存在该环境中。对这两大假说的深入探究,将有助于缓解日益严重的物种多样性丧失问题,并对濒危和稀有物种的保护、自然群落的恢复以及外来物种的防治等具有重要意义。特别是近十年来随着群落谱系生态学和功能特征生态学的发展,这两大假说已成为当今群落生态学的研究热点和焦点之一。相似性限制假说的核心假设为种间竞争强度与种间相似程度成正比,与种间谱系距离成反比；即物种间相似程度越高,种间谱系距离越近,则竞争排斥越激烈。但一些研究证据表明,这种关系在自然群落中可能较弱或者没有,甚至相反。同样近期的相关研究也指出,生境过滤对群落构建的影响可能没有之前认为的那么强烈,而且会因其他生态过程的干扰,生境过滤假说的两大推论(即不同生境中物种组成相似性会降低和同一生境中物种组成相似性会逐渐增加)可能无法被观测到。因此不能依据这两大推论来检验自然群落中生境过滤是否会对群落的构建产生显着影响。鉴于相似性限制假说和生境过滤假说在物种共存理论中的重要性和上述存在的问题,本研究期望通过野外半控制的木本植物幼苗实验和一年生草本实验,定期监测植物群落结构变化,以此检验以下3个基本问题：(1) 种间竞争强度和种间谱系距离是否具有显着负相关性?(2) 不同类型的生境过滤是否会显着增加群落间物种组成差异?(3) 同一类型的生境过滤是否会显着降低群落间物种组成差异?本研究中,木本植物幼苗实验设置在浙江省宁波市天童国家野外观测站附近。实验选取了该地区常见的6个林冠层物种(青冈(Cyclobalanopsis glauca)、米槠(Castanopsis carlesii)、香樟(Cinnamomum camphora)、苦槠(Castanopsis sclerophylla)、枫香(Liquidambar formosana)和石栎(Lithocarpus glaber))作为研究对象,通过两两幼苗竞争实验,计算种间竞争强度与种间相似性的关系,以此来检验第一个基本问题。其中种间竞争强度基于实验个体的基径、株高和生物量指标计算；种间相似程度则由种间谱系距离近似代替。一年生草本植物群落实验设置在广东省肇庆市黑石顶自然保护区附近,以当地自然草本植物群落为实验对象,通过黑色遮荫网设置4类不同光照处理来构建环境过滤梯度,计算不同遮光条件下群落组成相似性的变化来检验第二和第叁两个基本问题。通过近2年的实验观察和对实验结果的统计分析,本研究得到以下主要结论：1、在对6种林冠层植物物种的两两幼苗竞争实验中,除竞争能力最强的物种(枫香和香樟)外,其余实验物种间的竞争强度随着物种间谱系距离的增加而显着增加。该结论与相似性限制假说的核心假设相反,但与Mayfield提出的新的物种共存理论预测一致。通过进一步分析,该实验结果可能主要由于种间幼苗株高差异引起的种间竞争能力差异导致。2、处在不同遮光处理下的草本植物群落,其最终群落间物种组成差异比遮光处理前有显着的增加,而且群落间光照强度差异越大,其群落间物种组成差异增加越多。因此不同类型的生境过滤的确会显着增加群落间物种组成差异,符合生境过滤假说有关不同生境类型下群落结构变化的推论。3、处在相同遮光处理下的草本植物群落,其最终的群落间物种组成差异比遮光前也有显着增加。该结果与生境过滤假说对相同生境类型下群落结构的变化预测相反,即相同的环境过滤并不一定能增加群落间的相似性。进一步的数据分析显示,群落间较大的初始物种组成差异可能是造成草本植物群落间差异增加的重要原因。综上所述,本研究关注的相似性限制假说和生境过滤假说的叁个基本问题中,仅有一个被证实,而其他两个问题均得到了与经典期望相反的结果。这一方面暗示着自然群落的构建机制可能比相似性限制假说和生境过滤假说描述的要复杂得多,仍有一些重要的影响因素(如种间竞争能力差异和初始物种组成差异)需要仔细考虑；另一方面也强调了野外半控制实验对于检验生态学假说的重要性。这种野外半控制实验,能较大限度上排除其他非研究因素的干扰,同时也能较好得模拟自然群落中物种的生存环境。当然,由于实验条件的限制,本研究的实验结果可能仅适用于特定生活史阶段的个别植物群落,但其结果与理论预测的不一致性值得我们再次深入思考相似性限制假说和生境过滤假说的适用范围及其在群落构建机制中的重要性。(本文来源于《华东师范大学》期刊2015-05-18）
查非,刘虎[3]（2011）在《状态相似性与流量限制模型》一文中研究指出在可能世界语义中,如果根据是否含有模态算子而将一个点上为真的公式分为两类,那么可以认为不含模态算子的公式描述的是当前点的信息,其它公式描述的是其它点的信息,以及当前点与其它点的关系。通过对不同点上命题真值指派的比较,我们可以在可能世界语义模型上定义出一种状态相似性。本文构造了叁类刻画状态相似性的模型,并给出了分别刻画其中两类模型的完全的系统。本文最后讨论这些模型在时态逻辑和信念逻辑中的应用。(本文来源于《逻辑学研究》期刊2011年02期）
陈世华[4]（2006）在《光纤孤子传播的自相似性和通讯限制的研究》一文中研究指出大千世界,孤子万千。自从1834年J.S. Russell首次在浅水波中观察到孤子现象以来,人们相继在物理、化学、生物领域上发现大量的孤子,它们均传播不发散、不破裂。即使是绝对真空,人们也证实其存在电磁波孤子。但是,最能体现孤子多样性的领域是光学。绝大多数研究学者都赞成光孤子研究是所有孤子科学中的前沿课题。为什么会这样?一个重要的原因是过去十多年里光通讯技术的快速发展。这段时间中,来自高容量光通讯和全光信息处理的急速膨胀需求导致了非线性光学研究上的大规模投资。另外一个原因在于目前许多必要的技术如强大但价廉的激光器、方便获得的超快光学检测和取样技术、快速发展的材料制造科学均己经成熟。并且,光学之美在于它允许我们去直接研究繁多的高非线性效应、洞彻所涉及物理的每一个细节、分离潜在的基本效应。显然,这些也是我们选择光孤子特别是光纤孤子作为我们研究课题的主要原因。广义上讲,光孤子是自捕获的局域波包(光束或脉冲),它们在色散介质中传播时不展宽(注意,当代非线性光学术语把所有的自捕获光束或脉冲统称为“孤子”)。它们的存在是由于倾向展宽波包的色散与倾向压缩波包的非线性之间的精确平衡。对于光纤孤子,这种平衡体现在光纤波导折射率的波长相关和强度相关之间的均衡。光纤孤子的粒子特性或强稳定性使它们不仅具有基础研究兴趣,而且可用于长距离光纤通讯。这两个领域均吸引大量的研究人员。最近,基础研究兴趣已经转向变化色散、非线性、和增益光纤中的自相似光波传播(不限于孤子)。同时在应用方面,人们致力于研究放大自发辐射噪声或其他噪声所产生的、影响光通讯性能的物理限制。因此,在本论文中,我们的主要关切是研究参数变化系统中的自相似光波传播、超短光孤子的定时抖动(利用我们发展的孤子微扰模型)、和随意非线性和色散管理孤子的相抖动(利用变分法或矩值法)。这些工作概括如下。1.自相似光波传播和线性稳定性分析首先,我们系统地研究参数变化系统中孤子、连续波、cnoidal波、抛物自相似子、厄密高斯(HG)脉冲、和混合脉冲的自相似传播。通过对系数可变NLS方程的解析研究和数值模拟,我们发现,这些自相似孤子或脉冲具有许多值得关注的演化特性。举几个例子,在这些参数变化系统中,抛物自相似子的脉冲演化只与脉冲输入能量有关,与输入脉冲形状无关,但是其他脉冲的自相似演化均受它们的初始形状影响。此外,由于连续增强的线性啁啾,抛物自相似子是单调展宽的,但是孤子、HG、和混合脉冲的情形则不然。在合适的初始条件下,这叁种脉冲会遭受到初始的脉冲压缩过程,只要GVD感应的啁啾与初始啁啾符号相反。我们也在论文中详细讨论了孤子、HG、和混合脉冲之间的区别。尽管这些,上述自相似脉冲也具有许多共同特征,如自相似的脉冲外形和严格线性的脉冲啁啾。利用这些特性和合适的参数条件,人们可以很容易地从光纤、放大器、或者吸收介质中获取严格确定的线性啁啾输出脉冲。我们接着对这些结果进行推广,在原来的NLS方程模型中增加非线性增益效应。利用相同的对称约化技术,我们可以获得该模型的精确啁啾自相似孤子解。通过添加高斯白噪声和输入高斯脉冲,我们数值证明了这类孤子的稳定性。我们同时演示,这些啁啾孤子的脉冲位置可以通过裁剪色散轮廓图来精确控制,并且,只要非线性啁啾参数选择适当,sech型孤子可以稳定存在于反常、正常、和其他管理的色散区。在结束这个话题时,我们利用线性稳定性分析方法研究了自相似孤子的稳定性问题,从而揭示了孤子稳定性增强的可能性(利用色散管理技术)。此外,自相似脉冲(特别是抛物自相似子)的实验实现也得到了详细的回顾。2.新颖孤子微扰模型和定时抖动的计算众所周知,除了光学损耗或耗散,定时抖动是限制强度调制孤子通讯总传输距离的关键因素。为了找出定时抖动的解析表达式,许多模型如绝热微扰理论、线性化方法、变分法等相继提出。本质上,它们均是基于对标准NLS方程的小微扰,在足够精度范围内,它们适合用于阐述一些表象效应。但是,在亚皮秒━飞秒区,由于高阶效应的加入,这些模型在一定程度上不能高效、准确地描述孤子噪声效应。因此,我们提出一个扩展的孤子微扰模型,其实质是基于高阶NLS方程的小微扰。利用该模型,我们相继发展了绝热微扰理论和线性化方法,从而得到孤子参数的动力学方程。根据这些演化方程并充分考虑叁阶色散、自陡、和受激Raman散射所产生的自频移效应,我们解析计算飞秒亮暗孤子的定时抖动,所得到的结果与数值模拟完全吻合。我们指出,暗孤子的定时抖动大约只有亮孤子的一半,并且,在亚皮秒━飞秒区,Raman抖动通常远大于Gordon-Haus抖动。更有趣的是,我们发现在一定参数条件下,高阶效应对定时抖动的影响可以相互抵消,从而理论上允许获得较小的定时抖动。可以期望,这些解析结果将比基于NLS方程的着名微扰理论所得到的结果具有更广泛的应用。3.非线性和色散管理孤子的相抖动鉴于相调制光纤通讯上的实际应用,随意非线性和色散管理孤子的相波动也在本文中得到详细的解析和数值探讨。利用变分法或矩值法,我们首次得到该复杂孤子系统相抖动的精确解析表达式。值得注意的是,在我们的推导过程中,啁啾波动效应连同色散和非线性效应均得到充分的考虑。我们指出,在非线性相噪声的控制上,不管输入孤子啁啾化与否,啁啾波动效应均通过纤维色散扮演着重要的角色。更重要地,我们从该表达式看出,在给定噪声强度和输入孤子参数情况下,相方差可由系统累积色散、色散━非线性之比完全确定。很显然,该成果会对最近非线性相噪声控制的有趣话题产生积极的影响,同时能提供有效途径来减轻系统的非线性和色散破坏。接着,我们数值例证了以上解析结果。在第一个演示中,我们考虑熟悉的常色散和非线性系统。它不仅准确再现一些着名的结论,如相方差的立方增长,相方差与脉宽的叁次方成反比等等,而且更新我们的观点,即残余频移除了产生大的定时抖动外,同时会产生不可忽略的非线性相噪声。我们的解析结果也被应用到另一个实验可实现的孤子系统,其色散随距离指数递增(递减),但非线性保持常数。显然,通过选择合适的啁啾参数,这个特殊的孤子系统允许快速的脉冲增宽(压缩),而且不辐射任何色散波。我们看出,非线性相噪声在脉冲展宽过程中(不考虑初始频移效应时)会得到极大的抑制,但是在脉冲压缩时则会急剧的放大。在最后的演示中,我们考虑理论上感兴趣的余弦变化孤子系统。我们可清晰地看出,在该管理系统中,不管孤子的初始频移存在与否,非线性相噪声均表现为近线性增长。总之,我们的解析结果适用广义NLS方程描述的随意管理孤子系统,也必将在光纤通讯和光信息处理等领域上找到潜在的应用。4.随机分步Fourier方法在本文最后部分,我们发展了一个强大、高效的随机广义NLS方程的模拟算法。该算法是基于常规分步Fourier方法之上,同时综合考虑了乘法和加法噪声的作用。利用该算法,我们已经数值计算孤子传播的定时抖动和相抖动,而且所获得的数值结果与理论预测完全一致。微扰作用下的脉冲演化也可以通过该算法进行数值模拟。(本文来源于《华中科技大学》期刊2006-10-01）
相似性限制论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
相似性限制假说(Limiting similarity hypothesis)和生境过滤假说(Habitat filtering hypothesis)一直是群落生态学研究的重要内容。相似性限制假说认为种间竞争强度很大程度上依赖于种间相似度,共存物种间必须存在一定的相似性限制,以避免过于激烈的种间竞争而导致种间竞争排斥。生境过滤假说则认为在某一类型的生境内,只可能存在适应该环境的物种,环境决定着区域物种库中哪些物种可以进入并留存在该环境中。对这两大假说的深入探究,将有助于缓解日益严重的物种多样性丧失问题,并对濒危和稀有物种的保护、自然群落的恢复以及外来物种的防治等具有重要意义。特别是近十年来随着群落谱系生态学和功能特征生态学的发展,这两大假说已成为当今群落生态学的研究热点和焦点之一。相似性限制假说的核心假设为种间竞争强度与种间相似程度成正比,与种间谱系距离成反比；即物种间相似程度越高,种间谱系距离越近,则竞争排斥越激烈。但一些研究证据表明,这种关系在自然群落中可能较弱或者没有,甚至相反。同样近期的相关研究也指出,生境过滤对群落构建的影响可能没有之前认为的那么强烈,而且会因其他生态过程的干扰,生境过滤假说的两大推论(即不同生境中物种组成相似性会降低和同一生境中物种组成相似性会逐渐增加)可能无法被观测到。因此不能依据这两大推论来检验自然群落中生境过滤是否会对群落的构建产生显着影响。鉴于相似性限制假说和生境过滤假说在物种共存理论中的重要性和上述存在的问题,本研究期望通过野外半控制的木本植物幼苗实验和一年生草本实验,定期监测植物群落结构变化,以此检验以下3个基本问题：(1) 种间竞争强度和种间谱系距离是否具有显着负相关性?(2) 不同类型的生境过滤是否会显着增加群落间物种组成差异?(3) 同一类型的生境过滤是否会显着降低群落间物种组成差异?本研究中,木本植物幼苗实验设置在浙江省宁波市天童国家野外观测站附近。实验选取了该地区常见的6个林冠层物种(青冈(Cyclobalanopsis glauca)、米槠(Castanopsis carlesii)、香樟(Cinnamomum camphora)、苦槠(Castanopsis sclerophylla)、枫香(Liquidambar formosana)和石栎(Lithocarpus glaber))作为研究对象,通过两两幼苗竞争实验,计算种间竞争强度与种间相似性的关系,以此来检验第一个基本问题。其中种间竞争强度基于实验个体的基径、株高和生物量指标计算；种间相似程度则由种间谱系距离近似代替。一年生草本植物群落实验设置在广东省肇庆市黑石顶自然保护区附近,以当地自然草本植物群落为实验对象,通过黑色遮荫网设置4类不同光照处理来构建环境过滤梯度,计算不同遮光条件下群落组成相似性的变化来检验第二和第叁两个基本问题。通过近2年的实验观察和对实验结果的统计分析,本研究得到以下主要结论：1、在对6种林冠层植物物种的两两幼苗竞争实验中,除竞争能力最强的物种(枫香和香樟)外,其余实验物种间的竞争强度随着物种间谱系距离的增加而显着增加。该结论与相似性限制假说的核心假设相反,但与Mayfield提出的新的物种共存理论预测一致。通过进一步分析,该实验结果可能主要由于种间幼苗株高差异引起的种间竞争能力差异导致。2、处在不同遮光处理下的草本植物群落,其最终群落间物种组成差异比遮光处理前有显着的增加,而且群落间光照强度差异越大,其群落间物种组成差异增加越多。因此不同类型的生境过滤的确会显着增加群落间物种组成差异,符合生境过滤假说有关不同生境类型下群落结构变化的推论。3、处在相同遮光处理下的草本植物群落,其最终的群落间物种组成差异比遮光前也有显着增加。该结果与生境过滤假说对相同生境类型下群落结构的变化预测相反,即相同的环境过滤并不一定能增加群落间的相似性。进一步的数据分析显示,群落间较大的初始物种组成差异可能是造成草本植物群落间差异增加的重要原因。综上所述,本研究关注的相似性限制假说和生境过滤假说的叁个基本问题中,仅有一个被证实,而其他两个问题均得到了与经典期望相反的结果。这一方面暗示着自然群落的构建机制可能比相似性限制假说和生境过滤假说描述的要复杂得多,仍有一些重要的影响因素(如种间竞争能力差异和初始物种组成差异)需要仔细考虑；另一方面也强调了野外半控制实验对于检验生态学假说的重要性。这种野外半控制实验,能较大限度上排除其他非研究因素的干扰,同时也能较好得模拟自然群落中物种的生存环境。当然,由于实验条件的限制,本研究的实验结果可能仅适用于特定生活史阶段的个别植物群落,但其结果与理论预测的不一致性值得我们再次深入思考相似性限制假说和生境过滤假说的适用范围及其在群落构建机制中的重要性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
相似性限制论文参考文献
[1].于长永,李淼淼,赵楚,马海涛.一种新颖的编辑距离限制下的相似性确认算法[J].东北大学学报(自然科学版).2019
[2].陈艳雯.实验检验相似性限制假说和生境过滤假说[D].华东师范大学.2015
[3].查非,刘虎.状态相似性与流量限制模型[J].逻辑学研究.2011
[4].陈世华.光纤孤子传播的自相似性和通讯限制的研究[D].华中科技大学.2006