导读:本文包含了全基因分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:流感病毒,分离株,低血凝滴度,基因分析
全基因分析论文文献综述
刘瑞寒[1]（2018）在《全基因分析揭示H3N2流感病毒临床分离株的低血凝滴度与NS基因截短相关》一文中研究指出甲型流感病毒(Influenza A viruses,IAV)是正粘病毒科的一员,为单股负链分节段的RNA病毒,可引起具有高度传染性的急性呼吸道疾病。它是每年季节性流感的主要病原体,也是全球儿童急性呼吸道感染的重要病毒性病原。IAV根据其表面蛋白血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的抗原性差异分为多个亚型。目前,感染人的甲型流感病毒主要有H1N1和H3N2两个亚型。为了更好的了解、预防和控制流感病毒,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)在全球范围对流感病毒进行监测,即持续、系统地对流感样病例进行标本采集和病毒分离,并分析其基因特征和流行特征。流感疫苗是预防流感病毒感染及感染导致的相关严重并发症的最有效手段。WHO利用全球各流感监测网络实验室提交的流感病毒分离株进行下一流感季流感疫苗成分的推荐。但近年甲型H3N2流感病毒疫苗成分有效性低及其在临床标本分离过程中血凝滴度降低的情况引起了研究者的关注。甲型H3N2流感病毒的低血凝滴度临床标本分离株不能参与流感疫苗推荐株的筛选,因此会影响到疫苗推荐株的匹配性从而进一步影响了H3N2流感病毒疫苗的有效性。目的:从基因水平探索近年H3N2流感病毒临床分离株中血凝滴度低的原因并分析H3N2流感病毒分离株的基因多样性。方法:统计2012年9月～2017年8月五个连续流感季由本实验室将临床标本接种MDCK细胞分离得到的H3N2流感病毒第1代分离株的血凝滴度。在五个流感季中选取40株血凝滴度≤8的低滴度毒株,并匹配相近时间段分离到的31株血凝滴度≥32的高滴度毒株,经MDCK细胞连续传代3次后再次确认血凝滴度。提取传代毒株核酸,RT-PCR分段扩增病毒全基因并测序。测序结果亦根据传代后血凝滴度分为高、低血凝滴度两组毒株,利用MEGA v 7.0建立ML系统发育树,观察两组毒株在进化树行上的分布规律;使用Datamonkey和NetNGlyc 1.0 Server在线软件进行分析,比较两组毒株的基因特征。将存在基因异常的毒株与对应基因组正常的毒株进行多次传代,观察两者的致MDCK细胞病变情况,进行毒力滴定,空斑纯化并绘制增殖曲线。同时,对全部测序毒株的基因多样性进行分析,使用RDPv4软件进行重组检测,通过DAMBE软件进行饱和度检测,应用MEGA v 7.0计算最佳核苷酸替代模型,通过TempEstv 1.5.1检测进化树的时间信号。采用贝叶斯马尔科夫蒙特卡洛(Markov Chain Monte Carlo,MCMC)方法分析各基因片段系统进化及种群动态。Datamonkey在线软件使用不同算法进行各基因片段选择压力位点预测,NetNGlyc1.0 Server在线软件进行N-糖基化位点的预测。结果:1.本研究室于2012～2017五个连续流感季,自临床标本中共分离到566株H3N2流感病毒,其中168株血凝滴度≤4,占29.68%(168/566);在2014～2015流感季分离到的血凝滴度≤4的毒株比例最高,为43.1%(69/160)。2.选取的71株分离毒株经3次传代后,原31株高血凝滴度毒株的血凝滴度均维持在32以上;而原40株低血凝滴度毒株中,15株有不同程度血凝滴度升高,其余25株血凝滴度仍保持在≤的水平。3.在系统发育树上的分布、正向选择压力位点及HA和NA蛋白上的潜在N-糖基化位点的数目和位置,高血凝滴度与低血凝滴毒株之间无差异。4.在25株滴度≤8的毒株中,有20株在全基因扩增时出现了额外截短的NS基因扩增产物。含额外截短NS基因的毒株在12h、24h、36h和48h各时间点收获的病毒培养上清中其病毒毒粒数量分别为4.8 X 1 03、3.2 X 1 05、4.5 X 1 05和3.7 X 1 05 p.f.u.ml-1,显着低于不含截短NS基因毒株各时间点收获的病毒培养上清中病毒毒粒数量,1.3×104、1.2×106、4.0×106 和 2.3×106p.f.u.ml-1。5.构建全基因编码序列及各基因片段ML系统发育树均表现为典型的以单一主干发展且侧枝很短的梯形树;2014-2015流感季的测序毒株均分为两簇,即Clade Ⅰ与Clade Ⅱ,Clade Ⅱ由基因片段重配形成并发生了该流感季的第二次抗原漂移。6.贝叶斯MCMC动态分析各基因片段的进化特征,结果显示2013年11月前后,各基因片段的有效群体大小(EPS)均急剧扩张;7.选择压力位点检测:在HA基因上共检测到6个正向选择压力位点,NA基因上检测到3个正向选择压力位点,PA基因上仅检测到1个正向选择压力位点;且3个蛋白上的4个正向选择压力位点为本研究中检测到的病毒进化过程中的协同进化位点。8.糖基化位点的检测:HA蛋白上第144位潜在糖基化位点消失而第158位潜在糖基化位点出现,126位糖基化位点的存在与否可能与2012～2013流感季和2014～2015流感季Clade Ⅱ分支两次抗漂移密切相关。结论:除了额外截短的NS基因,在H3N2流感病毒的各基因片段中未发现与血凝滴度高低相关的一致的基因改变;H3N2临床标本分离株在MDCK细胞传代过程中出现的额外截短NS基因可能是近年部分H3N2流感病毒分离株血凝滴度低的原因;含有截短的NS基因的病毒毒粒可能无法在空斑实验中由单个缺陷病毒颗粒形成空斑,NS基因的截短影响了毒株的增殖而表现为低血凝滴度。H3N2流感病毒的亚型内基因片段重配较常见,且多涉及病毒进化中抗原性的改变;H3N2流感病毒进化过程中在同一基因片段内或不同基因片段间可存在协同进化的情况;有效种群大小(EPS)的急剧扩张提示重配的发生和病毒抗原的漂移;在流感病毒分离传代过程中应重视血凝滴度低的毒株,其可能提示毒株的抗原改变和基因异常。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2018-05-01）
王楷宬,王素春,庄青叶,邱源[2]（2018）在《星状病毒鸽群分离株的全基因分析》一文中研究指出为分析鸽星状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽市场分离的鸽星状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因大小为6 872 bp,具有与其他星状病毒相似的结构和基因顺序;5'端有一段非编码区,3'端为聚A尾。与15株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析证实,该病毒与挪威2003年分离的鸽星状病毒同源性高,属于GroupⅠ基因群禽星状病毒,而与我国2011年报道的鸽星状病毒存在差异。分析结果表明,我国鸽群中的星状病毒较为多样。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2018年02期）
王楷宬,王素春,庄青叶,邱源,侯广宇[3]（2018）在《G群轮状病毒鸽群分离株的全基因分析》一文中研究指出为分析鸽轮状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽交易市场采集的肉鸽粪便样品中分离的轮状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示,G群轮状病毒鸽群分离株全基因包含11个节段,总长度为17 803 bp,具有与其他轮状病毒相似的结构和基因顺序。与24株轮状病毒代表性毒株的VP6氨基酸序列进化分析结果,以及其他5个结构蛋白氨基酸序列遗传进化分析结果均证实,该病毒属G群轮状病毒。该毒株与2011年从香港鸽群中分离的G群轮状病毒同源性最高,但衣壳糖蛋白VP7的氨基酸序列同源性仅为71.7%,抗原性存在较大差异。(本文来源于《中国动物检疫》期刊2018年01期）
徐焕,陈向军,龚凌云,朱冬青,钱亭[4]（2015）在《高通量测序技术与多重连接探针依赖扩增技术在PMP22全基因分析中的应用比较》一文中研究指出目的探讨高通量测序技术与多重连接探针依赖扩增(MLPA)技术检测周围神经髓鞘蛋白22基因(PMP22)全基因突变中的应用比较。方法收集5例拟诊为腓骨肌萎缩症1型(CMT1)/遗传性压迫易感性神经病(HNPP)患者的外周血标本,采用高通量测序技术进行PMP22基因检测。结果高通量测序技术检测的基因全长捕获测序分析发现PMP22基因缺失突变1例,重复突变3例,所得结果与MLPA检测结果一致;点突变1例与一代测序(Sanger测序)结果一致。结论应用高通量测序技术不仅能准确检测出PMP22基因点突变,还能检出外显子缺失和重复突变,为CMT1和HNPP患者的早期诊断、鉴别诊断、预后判断及产前诊断提供遗传学帮助,成为一站式PMP22基因检测平台。(本文来源于《中国临床神经科学》期刊2015年01期）
阎富龙[5]（2014）在《猪源新城疫病毒JL02/2000株全基因分析和NP、P基因的克隆》一文中研究指出本实验所用NDVJL02/2000株也是分离自出现发热和呼吸困难的症状的猪。致病性实验表明NDV JL02/2000株的平均致死时间为96.7h，其半数致死量为10-9/0.1mL。对其全基因进行测序并与其他NDV毒株进行同源性比较，结果表明JL02/2000株为弱毒株且与B1株同源性较高。生物进化分析结果表明JL02/2000属于基因II型中的第II类，同时其F蛋白裂解位点序列112G-R-Q-G-R-L117也证明JL02/2000为弱毒株。通过对基因组编码的6个蛋白进行同源性分析，共发现34个氨基酸突变，其中HN蛋白第333位氨基酸由赖氨酸突变为谷氨酸，这有可能改变了JL02/2000株的HN蛋白的β折叠构象，从而引起其跨种传播。此外，其结构蛋白NP蛋白和P蛋白的辅助质粒也构建成功，为进一步利用反向遗传操作拯救该病毒并研究其基因的功能奠定基础。(本文来源于《吉林农业大学》期刊2014-05-01）
张喆[6]（2011）在《成人腹泻粪便样品中A组轮状病毒全基因分析》一文中研究指出A组轮状病毒(呼肠孤病毒科)是全世界范围内引起五岁以下婴幼儿腹泻的最主要病原。其基因组由十一个分节段的dsRNA组成,分别编码6个结构蛋白(VP1-VP4, VP6和VP7)和6个非结构蛋白(NSPl-NSP6)。结构蛋白VP4和VP7被广泛的用于A组轮状病毒的分型,目前已发现24个G基因型和33个P基因型。近来,建立了一种基于A组轮状病毒全部基因节段的新型分型系统,这种新型系统能更准确的分析轮状病毒之间的亲缘关系,研究轮状病毒的进化。本文主要对从武汉市一成人腹泻粪便样品中的两株A组轮状病毒基因测序并进行系统发生分析,具体内容如下：第一章文献综述概述轮状病毒结构,基因组构成及蛋白的主要功能、病毒致病机理、A组轮状病毒易感染人群、主要流行血清型及新分型系统。第二章A组轮状病毒毒株CC0912-1分离培养及全基因分析A群轮状病毒诊断试剂盒检测武汉市一成人腹泻粪便样品,结果呈阳性。粪便样品接种于MA104细胞,出现典型轮状病毒CPE,分离并增殖培养此毒株。病毒液中病毒核酸经PAGE检测呈4/2/3/2带型。提取CC0912-1双链RNA并进行RT-PCR扩增,全基因组克隆并测序,基于此毒株十一个基因完整开放阅读框序列的系统发生分析表明其完整基因型为G10-P[15]-I10-R2-C2-M2-Al 1-N2-T6-E2-H3。第叁章A组轮状病毒毒株CC0912-2部分基因分析比较成人腹泻粪便样品和毒株CC0912-1的PAGE带型,两者存在差异,直接从成人腹泻粪便样品中提取病毒核酸,克隆基因vp7,nspl和nsp3并测序,系统发生分析表明成人腹泻粪便样品中存在另外一株G2型A组人轮状病毒CC0912-2。(本文来源于《华中师范大学》期刊2011-05-01）
张瑞[7]（2010）在《水貂阿留申病毒实时定量PCR检测方法的建立、全基因分析及VP2基因主要功能区的原核表达与鉴定》一文中研究指出水貂阿留申病(AD)是由细小病毒亚科(Parvovirinae)貂阿留申病毒属(Amdovirus)水貂阿留申病毒(Aleutian mink disease virus,ADV)引起的免疫系统病理性失调,主要导致水貂的慢性传染性疾病。该病主要以水平、垂直两种形式在世界各地貂群中传播,使貂的繁殖力和毛皮质量下降,给养貂业造成极其严重的经济损失。近年,貂阿留申病在我国水貂养殖区流行的情况时有报道,严重阻碍了我国水貂养殖业的发展。因此,对国内貂阿留申病毒的分离鉴定和分子生物学特性研究,建立适应国内毒株的血清学诊断方法,将会对今后我国开展貂阿留申病的临床诊断、有效防制及进一步深入研究,提供更多的科学依据。在本研究中,首先根据GenBank上登录的貂阿留申病毒全基因序列,比对后根据其保守区域,设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立该模式的实时定量PCR检测方法,构建了检测ADV的标准DNA模版,循环阈值(Ct值)与标准质粒DNA模板在0.78×101～0.78×108拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9967。该方法对貂阿留申病毒的检测具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于貂阿留申病毒的快速检测。其次,依据标准毒株ADV-G及强致病性毒株ADV-Utah1的DNA序列设计并合成五对引物对两株(ADV-LN1、ADV-LN2)中国毒株进行全基因的PCR扩增,产物克隆到pMD18-T载体并测序。与已报道欧美毒株进行全基因序列比对分析,结果显示:ADV-LN1与ADV-G、ADV-Utah1、ADV-SL3相比,最高同源性为94.0%(ADV-Utah1),ADV-LN2与ADV-G、ADV-Utah1、ADV-SL3相比,最高同源性为94.9%(ADV-Utah1);遗传进化树分析,ADV-LN1、ADV-LN2与参考毒株ADV-G、ADV-Utah1、ADV-SL3属于不同的分支,亲缘关系较远。因此我们可以得出这样的结论:本试验所分离的中国毒株可能为远离欧美的新毒株或是因为ADV高度遗传多样性导致欧美毒株在我国长时间演化变异而来。同时,通过对所测毒株与其它细小病毒属的遗传进化分析可以看出:ADV与其它四个属的成员分属于不同的分支,而ADV之间的遗传关系较近,从而进一步验证了国际病毒分类委员会(ICTV)第八次报告新分类体系的合理性。最后,根据已完成测序的中国毒株ADV-LN1、ADV-LN2 VP2基因序列,设计一对特异性引物,应用PCR扩增,将PCR产物克隆入pMD-18T载体,进行测序分析。双酶切测序后重组质粒pMD-18T-M到目的片段连接至原核表达载体pET-28a(+)上,构建重组质粒pET-28a(+)-M。转化至BL21宿主菌,对诱导表达条件(诱导温度、IPTG浓度、诱导时间)进行优化,结果在37℃,1.0 mmol/L IPTG诱导5 h可实现重组M蛋白的高效表达。该重组M蛋白经Ni-NTA亲和层析柱纯化后,Western-blotting分析显示,重组M蛋白与ADV阳性血清发生特异性反应。综上所述,本试验制备的重组M蛋白具有良好的免疫学反应活性,这为水貂阿留申病毒血清学诊断方法的建立奠定了基础。总之,本研究初步建立了国内貂阿留申病毒株SYBR GreenⅠ模式的定量PCR检测方法,为ADV的快速诊断提供了有效的技术手段。同时,本试验完成了两株国内ADV毒株的全序列测定,为研究国内ADV病毒株的进化规律和演化特点提供基础性材料;ADV VP2蛋白主要功能区基因通过原核表达载体pET-28a(+)得到了高效表达,这为ADV血清学诊断方法的建立奠定了基础。(本文来源于《河南农业大学》期刊2010-06-01）
郭霞,金晏,钱耕荪,许丽,屠红[8]（2007）在《启东肝癌高发区乙肝病毒流行株全基因分析》一文中研究指出目的:通过对江苏启东地区乙型肝炎病毒(HBV)全基因序列的分析,探讨该地区肝癌高发的分子病毒学病因。方法:以蛋白酶K消化后,酚/氯仿抽提7例肝炎和7例肝癌患者血清中DNA。应用聚合酶链反应(PCR),扩增血清中HBV基因全长,克隆至T载体后行全自动测序。以PHYLIP软件构建的系统进化树判断HBV的基因型;以Clastal W软件对序列进行突变分析。结果:14例标本中有12例为C基因型,2例为B基因型。肝癌和肝炎组中HBV基因型类别分布无差异。有5例HBV发生了PreS2的缺失突变,其中肝癌标本4例(57.1%),肝炎标本仅1例(14.3%)。HBV基因组中常见的点突变为PreS1区的nt.3116及核心启动子区的nt.1762/1764,发生率高达78.6%(11/14)。与肝炎组相比,肝癌中点突变发生率显着增高的位点为前C区nt.1899 G→A的突变(P=0.01)及核心启动子区nt.1653 C→T的突变(P=0.05)。结论:启东地区HBV以C基因型为主;启东HBV基因组中可能存在着与肝癌相关的点突变和缺失突变。(本文来源于《肿瘤》期刊2007年06期）
姚智慧,董关木,俞永新,刘文雪[9]（2001）在《肾综合征出血热病毒SEO亚型Gou3株S全基因分析的确证》一文中研究指出目的 为进一步了解Gou3株的分子基础 ,分析S片段全基因序列 ,以确证该株为SEO亚型毒株。方法 从感染的Vero细胞提取总RNA ,RT -PCR产物纯化后克隆于T载体测序。结果 Gou3株S片段的全基因序列共 173 2个核苷酸 ,最大读码框架从其 4 3到 13 3 2 ,共编码 4 2 9个氨基酸。序列同源比较分析表明 ,Gou3株与HTN型 76- 118株同源性为67 7% ,与SEO型为 88.1%～ 88.3 % ,与 3株SEO型毒株S片段相差高达 11.7%～ 11.9%。其氨基酸序列与 76- 118同源性为 82 .6% ,与SEO型为 97.4 %～ 98.4 %。并绘出了种系发生树。结论 Gou3株S片段全基因的序列分析 ,确证了Gou3株为新发现的SEO型病毒的亚型毒株。GenBank注册号为AF2 8865 1(本文来源于《中国人兽共患病杂志》期刊2001年06期）
全基因分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为分析鸽星状病毒中国分离株的特性,采用高通量测序方法,测定从山东省青岛市某活禽市场分离的鸽星状病毒基因组,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因大小为6 872 bp,具有与其他星状病毒相似的结构和基因顺序;5'端有一段非编码区,3'端为聚A尾。与15株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析证实,该病毒与挪威2003年分离的鸽星状病毒同源性高,属于GroupⅠ基因群禽星状病毒,而与我国2011年报道的鸽星状病毒存在差异。分析结果表明,我国鸽群中的星状病毒较为多样。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全基因分析论文参考文献
[1].刘瑞寒.全基因分析揭示H3N2流感病毒临床分离株的低血凝滴度与NS基因截短相关[D].北京协和医学院.2018
[2].王楷宬,王素春,庄青叶,邱源.星状病毒鸽群分离株的全基因分析[J].中国动物检疫.2018
[3].王楷宬,王素春,庄青叶,邱源,侯广宇.G群轮状病毒鸽群分离株的全基因分析[J].中国动物检疫.2018
[4].徐焕,陈向军,龚凌云,朱冬青,钱亭.高通量测序技术与多重连接探针依赖扩增技术在PMP22全基因分析中的应用比较[J].中国临床神经科学.2015
[5].阎富龙.猪源新城疫病毒JL02/2000株全基因分析和NP、P基因的克隆[D].吉林农业大学.2014
[6].张喆.成人腹泻粪便样品中A组轮状病毒全基因分析[D].华中师范大学.2011
[7].张瑞.水貂阿留申病毒实时定量PCR检测方法的建立、全基因分析及VP2基因主要功能区的原核表达与鉴定[D].河南农业大学.2010
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