导读:本文包含了正选择位点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:绞股蓝,转录组测序,叁萜合成通路,定量PCR
正选择位点论文文献综述
陈奇聪[1]（2018）在《绞股蓝转录组测序挖掘叁萜合成基因与鲨烯合酶正选择位点突变表达载体构建》一文中研究指出第一部分绞股蓝转录组测序挖掘叁萜合成通路及相关酶基因目的:通过对绞股蓝(Gynostemma pentaphyllum(Thunb.)Makino,G.pentaphyllum)的根、茎和叶叁个部位分别进行转录组测序分析,挖掘绞股蓝叁萜合成通路及相关酶基因。使用q PCR技术检验绞股蓝叁萜合成通路上呈现部位差异表达的法呢基焦磷酸合酶(Farnesyl diphosphate synthase,FPS)、鲨烯合酶(Squalene synthase,SS)和鲨烯环氧化酶(Squalene epoxidase,SE)基因在转录后水平的表达,验证它们在转录组测序分析中的表达规律。同时,使用紫外分光光度法测量叁萜皂苷在根、茎和叶叁个部位的含量差异,进一步验证FPS、SS和SE在根、茎和叶的表达差异。最后总结绞股蓝FPS、SS和SE表达的部位差异性规律与叁萜皂苷含量差异分布规律,为进一步研究绞股蓝叁萜合成相关基因表达调控机制做铺垫。方法:分别提取绞股蓝根、茎和叶叁个部位的RNA并进行转录组测序反应,结合KEGG通路数据库查找注释文件当中的绞股蓝叁萜合成关键酶基因FPS、SS和SE,寻找叁个基因的序列信息和标准化的RPKM表达值。按照|Fold Change|>2的标准查找差异化基因,总结FPS、SS和SE在根、茎和叶当中的分布差异规律。PCR克隆出FPS、SS和SE的全长基因片段,稀释成一系列浓度溶液为定量PCR的标准对照品。以绞股蓝根、茎和叶c DNA为定量PCR实验组的模板,探索FPS、SS和SE在根、茎和叶当中的表达规律。分别提取绞股蓝根、茎和叶中皂苷,使用D101树脂纯化后作为供试品,同时以人参二醇作为对照品,进行显色反应,使用可见光-紫外分光光度仪测量对照品组和供试品组的吸光度值,通过标准曲线法计算绞股蓝根、茎和叶叁部位中叁萜皂苷的含量,得到绞股蓝根、茎和叶中的叁萜皂苷分布差异。结果:绞股蓝转录组测序分析数据显示叁萜合成通路中,FPS、SS和SE叁个酶基因相对表达量RPKM的部位差异趋势与q PCR定量部位表达差异趋势相一致,即叶>茎>根(叶子表达量为最高)。采用紫外-可见分光光度法测量叁萜皂苷,结果表明叶的叁萜皂苷含量依次高于茎和根。转录组测序分析、定量表达q PCR实验和叁萜皂苷含量测定实验结果存在一致性。结论:转录组测序分析得到的FPS、SS和SE叁个酶基因根>茎>叶的差异表达规律在定量表达q PCR实验得到重复,叁萜皂苷含量测定实验进一步确认了该规律。绞股蓝FPS、SS和SE叁个酶基因的部位差异表达及叁萜皂苷的差异性分布将对后续绞股蓝叁萜合成通路相关基因的表达与调控机制研究奠定了基础,为靶向提高绞股蓝叁萜皂苷含量提供理论依据。第二部分绞股蓝鲨烯合酶正选择位点突变表达载体构建目的:结合正选择位点和PCR碱基突变技术,对绞股蓝鲨烯合酶SS进行正选择位点突变,构建野生型和正选择位点突变型的绞股蓝SS原核表达载体和真核表达载体。为后续的SS蛋白正选择位点突变与酶功能关联研究做铺垫,为理解SS结构与功能关系奠定基础。方法:根据转录组测序分析得到的SS序列设计SS全长扩增引物,PCR扩增出绞股蓝SS序列连接克隆载体并测序,获取绞股蓝SS野生型基因序列。设计合适的目的基因扩增引物,对扩增后目的片段和载体双酶切后再连接,构建真核表达载体pc DNA3.1(+)-SS。使用直接连接法构建原核表达p EASY-E1-SS。使用PCR突变技术分别对pc DNA3.1(+)-SS载体与p EASY-E1-SS载体上SS片段的正选择位点S109、S196、T390和S407进行突变反应,将丝氨酸S或苏氨酸T突变成脯氨酸P,获得野生型和突变型的SS原核与真核表达载体。结果:绞股蓝SS原核表达载体p EASY-E1-SS和真核表达载体pc DNA3.1(+)-SS构建成功,SS正选择位点突变成功,获得了突变前后的绞股蓝SS原核载体载体与真核表达载体结论:绞股蓝叁萜合成通路SS基因的克隆与正选择位点突变的异源表达载体构建,是下一步研究绞股蓝SS正选择位点与酶活性关联的基础,为研究绞股蓝SS一级结构与功能的关系提供了研究前提。(本文来源于《广西医科大学》期刊2018-05-01）
于善娟[2]（2018）在《KCNQ1基因正选择多态性位点rs231841与血红蛋白A_2表达量的关联性研究》一文中研究指出目的:本研究旨在通过公共数据库挖掘出与HbF数量性状有关的正选择位点,并在β地中海贫血个体中行关联分析,探讨与HbF合成相关的正选择位点对HbA_2表达水平的影响。方法:从公共数据库HapMap和NCBI中筛选出影响HbF表达的正选择位点。收集于2014年1月至2016年3月在广西医科大学第一附属医院儿科及产前诊断科室就诊的β地中海贫血个体的外周血标本。分别行HbA_2、HbF含量检测及DNA提取。应用高通量基因分型技术对DNA样本行基因分型。使用Haploview v.4.2软件检验单核苷酸多态性位点是否符合Hardy-Weinberg平衡。通过PLINK软件行正选择位点与HbF、HbA_2表达水平的关联性分析。结果:生物信息学分析结果显示位于染色体11p15的KCNQ1基因正选择多态性位点rs231841与HbF表达量相关联。研究共纳入了1030例β地中海贫血个体。Rs231841位点基因型为CC、CA和AA。线性回归分析显示该位点与β地中海贫血个体的Hb A_2含量有关,而与HbF含量无关联。携带有小等位基因C的个体拥有更高的HbA_2表达水平。结论:KCNQ1基因正选择位点rs231841与β地中海贫血个体的Hb A_2水平相关。携带等位基因C的个体拥有更高的HbA_2水平。该位点与HbF水平无相关性。(本文来源于《广西医科大学》期刊2018-05-01）
王伟[3]（2017）在《大脑发育相关基因调控区DNA酶Ⅰ超敏感位点的正选择分析》一文中研究指出现代人群中存在着大量受达尔文正选择作用的基因,这些基因调控区的进化特点将会为人类进化、各种疾病机理等研究提供重要线索。调控序列的加速进化可以改变靶基因的表达类型,在人类特异性表性进化过程中起到重要作用,但是对调控序列的研究要比蛋白编码区困难。DNA酶Ⅰ超敏感位点(DNase I hypersensitive sites,DHSs)被认为是调控序列的标记物。当前,已发现的所有顺式作用元件(增强子、启动子、绝缘子、沉默子以及基因座位控制区)都与DHSs相偶联。目前利用DHS-seq芯片技术在复杂的基因组中寻找基因调控序列已经被证明是一个非常成功且可验证的方法,已广泛应用于研究,因此大量的DHSs数据正在不断产出,DHSs图谱的构建也已经被纳入ENCODE计划与人类表观基因组计划。此研究中,我们结合DHSs数据库与功能基因组学数据库,使用生物信息学方法,分析了人类大脑发育相关基因调控区内DHSs的分布,并对其进行进化选择分析,推断这些DHSs在进化上的意义,之后对进化上显着加速或保守的DHSs进行功能分析。得出的结果如下:(1)通过GO term获取243个与大脑发育相关的基因,结合DHSs数据库在这些基因的调控区鉴定到184,113 DHSs,经过限制和筛选,最终3,538个DHSs可以进行进化分析。通过假定DHSs的当地古代重复序列(AREs)是处于中性进化的,有2,425个DHSs是加速进化的(aceDHSs)。此研究发现,人类脑部发育相关基因调控区受到比全基因组其他区域更强的正选择选择压力,这是进化过程中造成人与其他非人灵长类动物大脑发育及表型差异的重要原因之一。(2)在人类脑部发育相关基因调控区鉴定到2,425个aceDHSs多处于非编码区(基因间区和内含子区域),编码区(外显子区域)上的aceDHSs数量比显着少于背景DHS s的比例。说明基因编码区在进化上相对比较保守,aceDHSs对非编码区(内含子区域)的调控是大脑的发育及物种的进化的助力之一。(3)aceDHSs调控的靶基因大部分在脑组织中有较高的表达量,有38个靶基因在Biological process功能中富集与大脑发育等于大脑相关的GO条目中。表明aceDHSs对大脑发育起到了一定的调节作用。(4)在大脑发育相关基因调控区的DHSs中鉴定出48个人类特有的转录因子结合位点,大多数转录因子参与到大脑、神经系统的发育中,并且与多种大脑疾病有关,如USF1、USF2、SP1、MNX1、FOXQ1、RREB1、KLF5等。(5)根据全基因组关联研究数据库,在大脑发育相关基因调控区的DHSs内找到108个与疾病相关的SNP,并且推断SNP可能通过影响DHSs来作用于致病基因。为大脑发育相关基因调控区内的疾病相关性结构变异研究提供了新的视野。(本文来源于《华南理工大学》期刊2017-06-07）
何丹丹[4]（2017）在《TRIM家族基因调控区DNA酶I超敏感位点的正选择分析》一文中研究指出在灵长类动物进化过程中会受到病毒选择压力的作用,灵长类动物的宿主限制性因子通过限制病毒的复制在先天免疫系统中发挥重要作用。TRIM基因家族(tripartite protein motif family)就是这些宿主限制性因子的一部分,它们因正在成为灵长类动物先天抗病毒免疫的核心组成部分而备受关注。已有研究表明在TRIM多基因家族的基因编码区发现了正选择信号,尤其是在宿主与病毒蛋白相互作用的界面。然而,越来越多的证据显示基因表达的差异而非蛋白质编码区的变异可能在抗逆转录病毒先天免疫机制中发挥重要作用。例如,一些病毒可以通过下调TRIM基因的表达从而达到免疫监视。研究发现下调TRIM15的表达水平可以增强HIV的释放。当前基因组上的DNA酶I超敏感位点(DNase I hypersensitive site,DHS)标记了各种具活性的基因的调控元件,如启动子,增强子,绝缘子,沉默子等。并且基于GW AS,SNP以及脱氧核糖核酸酶I超敏性标记(DHSs)数据表明疾病性状相关的DNA变异聚集在人类基因组非编码调控区域,所以DNase I超敏感位点是目前研究非编码调控区域最好的一种方法。为了提高我们对人类和其亲缘关系较近的其他灵长类物种之间抗病毒差异的分子进化机制的理解,本研究通过杜克大学发表的人类、黑猩猩和猕猴的DHS数据、ENCODE计划和人类表观基因计划中的DHS数据,得到共145种细胞类型的DHSs,然后从Ensembl获取每个DHS在人类、黑猩猩、猕猴、红毛猩猩、大猩猩和绒猴六种灵长类EPO中对应的序列,然后从中筛选出14130个位于TRIM家族调控区中的DHSs,并对其进行进化特征与功能分析。结果如下:(1)根据中性进化模型,利用HyPhy对这些DHSs进行正向选择与纯化选择分析,鉴定出225个DHSs在六灵长类中显着加速进化,3109个DHS在六灵长类中显着保守,826个DHS在人类分支上显着加速进化,4401个DHS在除人类外五个灵长类中显着保守。其中人类显着加速进化但其他灵长类显着保守的DHS有375个,本研究定义这些DHS为haDHS(human accelerated DHS)。这些haDHS可能在驱动灵长类TRIM基因进化中发挥重要作用。(2)通过华盛顿大学的DHS靶基因数据库,获得这些haDHS的靶基因,其中包括了 TRIM6、TRIM8、TRIM11、TRIM13、TRIM14、TRIM23、TRIM55、TRIM68 这些参与到病毒感染过程中的TRIM家族抗病毒基因。(3)在haDHS中发现31个潜在的、人类特有的转录因子结合位点,其中包括了KROX,SP1,MAZR,TBR2,OCT1,E2F1,AP2,TGIF,MZF1,CREB,NFAT,E47,Ets1,ELF1,FLI1,IRF,Oct4,FOXJ2 18个与病毒有相互作用关系的转录因子,表明TRIM家族调控区域中人类加速进化的haDHSs通过特异性获得这些转录因子结合位点,可能是导致人类与其他灵长类在抗病毒能力具有差异的原因之一。(4)在5号染色体64919033-64921413间的haDHS以抗病毒宿主限制性因子TRIM23为靶基因,并且存在KROX,SPI这两个与HIV病毒存在相互作用的转录因子的人类特有转录因子结合位点,说明这些转录因子可能在抗病毒过程中与TRIM23抗病毒基因存在一定的关联,并导致了人类与非人灵长类动物的抗病毒差异。这些结果能够为我们从分子水平上了解跨物种间表型差异尤其是抗病毒差异提供线索。(本文来源于《华南理工大学》期刊2017-06-01）
夏云,颜渊[5]（2016）在《正选择位点及其计算软件研究进展》一文中研究指出随着分子生物学实验技术的发展和实验方法的改进,如今已经有大量的DNA相关数据。研究者从这些大数据中通过生物信息学的手段寻找关键的信息成为近年来的热门。介绍了计算正选择位点相关软件的发展过程及其现状。(本文来源于《长江大学学报(自科版)》期刊2016年27期）
李丽莎,李祥龙,周荣艳,李兰会,张永改[6]（2016）在《MC1R基因编码区的系统发育分析和正选择位点检测》一文中研究指出黑素皮质素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因在黑色素细胞的表达上发挥重要作用,并与皮肤色素沉积密切相关。MC1R基因的选择压力分析对识别重要的功能位点具有深远影响。为研究不同动物MC1R基因在进化过程中是否受到正选择作用,基于位点模型对MC1R基因进行研究。结果表明,动物MC1R基因主要经历中性漂变和纯化选择作用,并且发现MC1R基因受到正选择作用的是编码29、191、253、304氨基酸的位点。本研究从分子进化的角度为MC1R基因调控黑色素的形成提供了一个新的思路。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2016年03期）
李丽莎,李祥龙,周荣艳,李兰会,张永改[7]（2015）在《酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测》一文中研究指出酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2015年09期）
刘宗涛,赵广,余建秋,牛李丽,李静[8]（2015）在《红面猴Trim5基因的克隆、正选择位点及密码子偏好性分析》一文中研究指出Trim5α基因由于受到来自逆转录病毒的强烈选择作用,在不同物种中能够以物种特异性的方式限制逆转录病毒。Trim5α蛋白中氨基酸的改变会对抗逆转录病毒的活性产生重要影响,因此研究Trim5α基因中的正选择作用的位点对于理解该基因的进化及后续的功能性实验有重要作用。本研究采用RT-PCR和RACE方法从红面猴(Macaca artoides)的血液中克隆了Trim5α基因全序,其全长2853 bp,CDS区域为1494 bp,编码497个AA,3’端1260 bp;5’端序列99 bp。结合NCBI中下载的其它灵长类动物Trim5α基因,进行正选择的氨基酸位点分析,发现有25个AA位点受到强烈的正选择作用,其中Coiled-coil及Spry结构域有18个位点,这表明Coiled-coil及Spry结构域是该蛋白与逆转录病毒的衣壳蛋白作用的重要区域。通过比较不同猕猴动物Trim5α密码子使用的差异发现,红面猴在Trim5α密码子使用偏好上与恒河猴最相似,其次是藏酋猴,食蟹猴,而与地中海猕猴差异最大。通过密码子适应指数(CAI)的值可以预测蛋白的表达水平,CAI值越高蛋白表达水平越高,我们通过分析恒河猴,藏酋猴,食蟹猴,地中海猕猴,及红面猴的CAI值,推测除地中海猕猴外其他的4类猕猴Trim5α表达水平一致,而地中海猕猴Trim5α的表达水平略低。另外我们通过比较红面猴Trim5α基因密码子与大肠杆菌的K12菌株密码子使用的差异,发现有29个密码子,尤其是编码精氨酸的密码子存在较大差异,这或许对于红面猴Trim5α原核表达中密码子的改造有重要意义。(本文来源于《四川省动物学会第十届会员代表大会暨第十一次学术研讨会论文摘要集》期刊2015-09-18）
明晨,Bettina,Harr,李海鹏[9]（2015）在《家鼠的群体历史推断和正选择位点检测》一文中研究指出正选择能促进物种对其生存环境的适应。对物种基因组中正选择位点的研究能加深我们对适应性进化的了解。传统的检测正选择位点的方法都无法排除群体历史对正选择信号的干扰。这里,我们以欧洲家鼠(Mus musculusdomesticus)为研究对象,通过全基因组测序技术获得高密度的多态性位点数据,以最大似然性估计来推断欧洲家鼠的群体历史。通过不同群体历史模型之间的比较显示:伊朗群体在大约24,379年前遭受到了强烈的瓶颈效应。伴随着人类的贸易活动,法国和德国的群体在大约3914年从伊朗开始了向欧洲的迁徙。在近代,叁个群体都有不同程度的群体扩张。这个模型和史料也是吻合的。以该群体历史模型为基础,我们进一步对叁个不同的家鼠群体进行了全基因组扫描,通过正选择和中性两种不同情况之下的似然性比较,检测到了许多正选择候选位点。这种方法能够有效的排除群体历史对正选择信号的假阳性干扰,为其他物种的正选择位点检测提供了一个有利的借鉴(本文来源于《遗传多样性：前沿与挑战——中国的遗传学研究（2013-2015）——2015中国遗传学会大会论文摘要汇编》期刊2015-08-14）
唐艳艳,秦超[10]（2015）在《Collapsin反应调节蛋白家族在神经系统中的适应性进化与正选择位点分析》一文中研究指出目的(1)了解Collapsin反应调节蛋白(Collapsin response mediatorproteins,CRMPs)家族内基因成员的直系同源与旁系同源关系,追踪CRMP家族的进化历史;(2)检测CRMPs在生物进化过程中受到的选择压力;(3)探讨处于正选择压力下的位点与功能位点之间的关系及其可能在神经系统疾病发病中的作用。方法本文对Collapsin反应调节蛋白家族成员进行了一系列的研究:首先根据序列相似性搜索的方(本文来源于《中华医学峰会暨中华医学会神经病学分会第八届全国中青年神经病学学术会议论文汇编》期刊2015-07-11）
正选择位点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:本研究旨在通过公共数据库挖掘出与HbF数量性状有关的正选择位点,并在β地中海贫血个体中行关联分析,探讨与HbF合成相关的正选择位点对HbA_2表达水平的影响。方法:从公共数据库HapMap和NCBI中筛选出影响HbF表达的正选择位点。收集于2014年1月至2016年3月在广西医科大学第一附属医院儿科及产前诊断科室就诊的β地中海贫血个体的外周血标本。分别行HbA_2、HbF含量检测及DNA提取。应用高通量基因分型技术对DNA样本行基因分型。使用Haploview v.4.2软件检验单核苷酸多态性位点是否符合Hardy-Weinberg平衡。通过PLINK软件行正选择位点与HbF、HbA_2表达水平的关联性分析。结果:生物信息学分析结果显示位于染色体11p15的KCNQ1基因正选择多态性位点rs231841与HbF表达量相关联。研究共纳入了1030例β地中海贫血个体。Rs231841位点基因型为CC、CA和AA。线性回归分析显示该位点与β地中海贫血个体的Hb A_2含量有关,而与HbF含量无关联。携带有小等位基因C的个体拥有更高的HbA_2表达水平。结论:KCNQ1基因正选择位点rs231841与β地中海贫血个体的Hb A_2水平相关。携带等位基因C的个体拥有更高的HbA_2水平。该位点与HbF水平无相关性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
正选择位点论文参考文献
[1].陈奇聪.绞股蓝转录组测序挖掘叁萜合成基因与鲨烯合酶正选择位点突变表达载体构建[D].广西医科大学.2018
[2].于善娟.KCNQ1基因正选择多态性位点rs231841与血红蛋白A_2表达量的关联性研究[D].广西医科大学.2018
[3].王伟.大脑发育相关基因调控区DNA酶Ⅰ超敏感位点的正选择分析[D].华南理工大学.2017
[4].何丹丹.TRIM家族基因调控区DNA酶I超敏感位点的正选择分析[D].华南理工大学.2017
[5].夏云,颜渊.正选择位点及其计算软件研究进展[J].长江大学学报(自科版).2016
[6].李丽莎,李祥龙,周荣艳,李兰会,张永改.MC1R基因编码区的系统发育分析和正选择位点检测[J].江苏农业科学.2016
[7].李丽莎,李祥龙,周荣艳,李兰会,张永改.酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测[J].中国畜牧兽医.2015
[8].刘宗涛,赵广,余建秋,牛李丽,李静.红面猴Trim5基因的克隆、正选择位点及密码子偏好性分析[C].四川省动物学会第十届会员代表大会暨第十一次学术研讨会论文摘要集.2015
[9].明晨,Bettina,Harr,李海鹏.家鼠的群体历史推断和正选择位点检测[C].遗传多样性：前沿与挑战——中国的遗传学研究（2013-2015）——2015中国遗传学会大会论文摘要汇编.2015
[10].唐艳艳,秦超.Collapsin反应调节蛋白家族在神经系统中的适应性进化与正选择位点分析[C].中华医学峰会暨中华医学会神经病学分会第八届全国中青年神经病学学术会议论文汇编.2015