导读:本文包含了线粒体假基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:COⅠ,猫科,线粒体假基因
线粒体假基因论文文献综述
蔡延森,李佳凌,赵矫,张亮[1]（2017）在《猫科动物DNA条形码及线粒体假基因对物种鉴定的影响》一文中研究指出在多种动物类群中,基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的DNA条形码是一种高效的物种鉴别手段,然而猫科Felidae动物中广泛存在的线粒体假基因可能影响DNA条形码的有效性。本研究共涉及猫科动物12属25种119个样本。采用3对条形码通用引物对6属11种29个猫科动物样本进行了扩增及测序。结果3个样本扩增失败,8个样本得到假基因,18个样本获得了条形码序列。结合另外93条猫科动物条形码序列(源自BOLD Systems),采用Kimura 2-parameter模型计算遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)树。结果显示,遗传距离种内为0%~8.1%,平均0.8%;种间为1.4%~13.1%,平均8.7%;属间为8.2%~21.8%,平均15.1%。NJ树显示,除3个种外,其余物种均以极高的置信度(99%)形成单系分支。而假基因序列有些可以单独形成分支,有些夹杂在COⅠ序列形成的分支中,对物种鉴定产生干扰。(本文来源于《四川动物》期刊2017年04期）
娄文静,滕文佳,刘海洋,李子,肖金花[2]（2013）在《线粒体假基因用作分子化石推算两个榕小蜂姐妹种的分化时间(英文)》一文中研究指出线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上两姐妹种榕小蜂Philotrypesis pilosa和Philotrypesis sp.中起源于线粒体Nad1-12S片段的NUMTs。该两姐妹种榕小蜂由同域物种形成过程产生,它们生活在同一生态环境里(即同一榕果内),因此可以用作很好的模型来研究在相同生态环境里物种的行为学及遗传学细微差异的进化。这些深入研究都依赖于对两个物种分化时间的正确估算。通过对所获取的NUMTs进行进化分析,我们发现:1)这些NUMTs都是最近引入核基因组事件;2)NUMTs引入事件发生在物种分化之前。由于这些NUMTs引入核内时间尚短,其碱基替换速率与线粒体基因相似,而节肢动物线粒体基因的平均碱基替换速率约为2.3×10-8替换/位点·年。根据这些进化历史特征可帮助我们将这两个姐妹种榕小蜂的分化时间追溯至0.40-0.48百万年以前。结果提示,一些线粒体假基因可以很好的用作分子化石来推断一些重要进化事件如物种形成。(本文来源于《昆虫学报》期刊2013年05期）
李艳,黎霞,陈艳[3]（2012）在《线粒体假基因研究综述》一文中研究指出线粒体基因(mtDNA)在系统学、系统地理学和物种鉴定等领域被广泛应用,线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,Numts)的存在会影响系统发生关系、生物多样性研究和种群遗传参数的推断,以及线粒体相关疾病的研究和诊断。该文对Numts的序列特征、分布规律、转入机制、联合扩增的降低措施以及应用前景进行综述,以期在mtDNA应用中降低Numts的影响和为Numts的研究应用提供参考。(本文来源于《绵阳师范学院学报》期刊2012年05期）
杨明茹,周志军,常岩林,张艳霞[4]（2012）在《4种昆虫基因组中的线粒体假基因》一文中研究指出为了进一步了解昆虫核基因组中线粒体假基因(Numts)序列分布情况,避免Numts序列对基于线粒体DNA(mtDNA)进行系统发育关系研究结果的误导,利用Blast N对GenBank中已完成核基因组和mtDNA测序的4种昆虫核基因组中的Numts序列进行检索,结果表明:冈比亚按蚊Anopheles gambiae中没有Numts序列;黑腹果蝇Drosophila melanogaster中仅有少量Numts序列;赤拟谷盗Tribolium cast-aneum和意大利蜜蜂Apis mellifera基因组中Numts序列超过100条,尤其是意大利蜜蜂中的Numts序列涵盖全部mtDNA.ND2,ND4,ND5,COⅠ与lrRNA向核内转移频率高于其他mtDNA基因片段,因此,在使用其进行系统发育关系研究时需加倍谨慎.(本文来源于《河北大学学报(自然科学版)》期刊2012年02期）
方迟,刘玉方,赵兴波[5]（2011）在《猪核线粒体假基因的分布特征研究》一文中研究指出核线粒体假基因(NUMT)是线粒体DNA插入到核基因组中的DNA片段。目前,已经发现越来越多的真核生物基因组存在线粒体假基因现象。猪线粒体假基因在核基因组中的分布尚未见报道。研究通过猪线粒体基因组全序列与核基因组全序列进行比对,由BLAST程序鉴别出132个NUMT。结果表明:这些NUMT的大小在37～4 453bp,其中90%的NUMT长度处于40～1 000 bp的范围内,NUMT与相应的线粒体DNA片段之间的同源性数值范围为66%～100%。此外,鉴定出的NUMT序列几乎涵盖了包括线粒体DNA控制区在内的全部线粒体基因组,包括30个完整的线粒体基因,分布于猪的1、4、5、7、11、13、14、15、17号染色体上,近50%的NUMT定位在14号染色体上。(本文来源于《中国畜牧杂志》期刊2011年17期）
高长生,褚栋[6]（2009）在《线粒体假基因对烟粉虱生物型鉴定的影响》一文中研究指出线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(mt DNA COI)近年来广泛作为DNA条形码(DNA barcoding)标记。最近研究表明,由于线粒体假基因(Nuclear mitochondrial pseudogenes,Numts)的存在和Wolbachia等属内共生菌的影响,对线粒体的应用造成一定的影响。mt DNA COI是烟粉虱生物型鉴定与系统发育研究中应用最为广泛的分子标记。本文根据烟粉虱mt DNA COI序列设计一对引物,对B型、Q型、台湾Nauru型和浙江非B型(ZHJ)烟粉虱进行PCR扩增测序,得到长度为520bp左右的片段。构建系统树显示:B型、Nauru型和非B型(ZHJ)烟粉虱均与Q型烟粉虱聚在一起,无法区分不同的生物型。上述结果表明这几种烟粉虱生物型存在Numts。结果提示:利用线粒体DNA进行烟粉虱生物型鉴定和系统进化分析时应警惕Numts的干扰。通过设计特异引物或以长片段PCR产物为模板进行二次PCR等方法可避免Numts的污染。(本文来源于《粮食安全与植保科技创新》期刊2009-10-27）
张凤英,马凌波,乔振国,陈立侨[7]（2008）在《单个拟穴青蟹核内多拷贝线粒体COI假基因序列的研究》一文中研究指出线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,Numts)是指位于核DNA中并且与mtDNA具有高度相似性的序列,它广泛存在于生物体核基因组内。本文从单个拟穴青蟹(Scylla paramamosain)个体内筛选到14个不同的核内多拷贝mtDNA COI假基因序列片断,这些序列长度为610bp,共存在96个核苷酸变异位点,变异率为15.7%,核苷酸多态性(Pi)指数为0.05682,单倍型多样性指数(Hd)为0.8800。在这14个线粒体COI假基因中,序列1 (Seq1)拷贝数最多,占30.8%,其次是序列2(Seq2)占19.2%,其他序列一般只存在1个拷贝。14个mtDNA COI假基因分为明显两组(G1和G2),与其同源序列相比,G1组内没有插入/缺失位点的存在,G2组缺失位点8个,插入位点5个,这些插入/缺失位点使得氨基酸编码出现严重移位。利用卡方检验和同质性检验结果均证实这两组假基因来自于两个独立的核整合事件,这说明在单个拟穴青蟹体内mtDNA COI基因至少发生过两次从线粒体到核基因转移事件。(本文来源于《第六届世界华人虾蟹类养殖研讨会论文摘要集》期刊2008-12-01）
张凤英,马凌波,乔振国,陈立侨[8]（2008）在《单个拟穴青蟹核内多拷贝线粒体COI假基因序列的研究(简报)》一文中研究指出线粒体DNA(mtDNA)因它的高拷贝数、易扩增、高突变率、中性、低重组和母系遗传等特征,已广泛应用在系统进化和群体遗传研究方面[1,2]。但是,由于mtDNA本身的特征,如异质性,父系遗传泄漏(本文来源于《分子细胞生物学报》期刊2008年02期）
崔博[9]（2006）在《鸻形目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究》一文中研究指出随着聚合酶链式反应(PCR)和DNA测序技术的发展，线粒体DNA(mtDNA)已成为鸟类系统学和进化研究的理想分子标记。由于线粒体假基因与mtDNA具有一定的相似性，经常有研究者用线粒体基因的通用引物从总DNA中扩增出核基因组中的线粒体假基因，即Numts(nuclear mitochondrial DNA segments，简称Numts)。如果在系统发育研究中将Numts误认为是mtDNA，就很有可能会得出不准确或错误的结论。虽然Numts序列在一定程度上给mtDNA的应用带来了干扰，然而Numts序列是联系细胞核内外两套遗传物质的重要桥梁，另外Numts序列作为核基因组中不表达的假基因也为系统发育研究提供了新的分子标记，为从一个全新的角度来探讨物种的进化机制提供了新的线索。目前人们已利用Numts作为系统发育标记对人和A．thaliana进行了探索性研究，然而对于鸟类核基因组中的线粒体假基因研究却很少。线粒体假基因已成为一个新的热点研究领域，对鸟类Numts进行深入研究对于解决鸟类系统发育中的关键问题具有重要意义。 为了更深入地了解行鸟形目鸟类之间的进化关系以及假基因在分子系统学中的应用价值，本研究首次利用特异性引物采取PCR方法扩增鸻形目11种鸟类的线粒体ATP8／6基因(部分ATP8和部分ATP6基因)及其假基因(Numts)片段。实验中所检测的鸻形目11种鸟类线粒体ATP8／6基因的长度均为626bp，无插入缺失；Numts片段长度均为618bp，与线粒体ATPS／6基因相比存在一处长为8bp的缺失，未见插入现象，并且在序列内部含有终止密码子。鸻形目11种鸟类Numts的核苷酸变异值从0.2％到1.6％，共有14个可变核苷酸位点，转换颠换的比值为1.2，碱基替换在各密码子上发生的频率几乎相同(分别为34.6％，32.3％，33.1％)，没有明显的转换倾向性；而线粒体基因的核苷酸变异值从8.7％到25.8％，共有243个可变核苷酸位点，转换颠换的比值为1.6，碱基替换在密码子叁个位点发生的频率分别为20.08％，4.6％，74.6％。用线粒体ATP8／6基因和Numts序列分别构建NJ树和MP树，系统发育分析显示线粒体基因能够很好的反映(本文来源于《辽宁师范大学》期刊2006-05-01）
张凤英,马凌波,乔振国,马春艳[10]（2006）在《青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析》一文中研究指出线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramam osain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因(nuc learm itochondrial pseudogenes,Num ts)和5个线粒体COI基因序列。在所获得的34个假基因中共定义了29种单倍型,根据序列的相似度,这些假基因可以分为2类,每类假基因都有各自保守的核苷酸序列。第Ⅰ类假基因存在2处插入序列和1处8 bp的缺失序列,这些位点导致了整个阅读框的移位;在第Ⅱ类假基因和5个线粒体COI序列中只有碱基替换,未发现插入和缺失序列。实验结果分析表明,这两类假基因分别代表了2次核整合事件,即核转移事件的最低值。研究结果提示了利用线粒体DNA进行青蟹遗传结构和系统进化研究时应警惕假基因的干扰。(本文来源于《遗传》期刊2006年01期）
线粒体假基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上两姐妹种榕小蜂Philotrypesis pilosa和Philotrypesis sp.中起源于线粒体Nad1-12S片段的NUMTs。该两姐妹种榕小蜂由同域物种形成过程产生,它们生活在同一生态环境里(即同一榕果内),因此可以用作很好的模型来研究在相同生态环境里物种的行为学及遗传学细微差异的进化。这些深入研究都依赖于对两个物种分化时间的正确估算。通过对所获取的NUMTs进行进化分析,我们发现:1)这些NUMTs都是最近引入核基因组事件;2)NUMTs引入事件发生在物种分化之前。由于这些NUMTs引入核内时间尚短,其碱基替换速率与线粒体基因相似,而节肢动物线粒体基因的平均碱基替换速率约为2.3×10-8替换/位点·年。根据这些进化历史特征可帮助我们将这两个姐妹种榕小蜂的分化时间追溯至0.40-0.48百万年以前。结果提示,一些线粒体假基因可以很好的用作分子化石来推断一些重要进化事件如物种形成。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
线粒体假基因论文参考文献
[1].蔡延森,李佳凌,赵矫,张亮.猫科动物DNA条形码及线粒体假基因对物种鉴定的影响[J].四川动物.2017
[2].娄文静,滕文佳,刘海洋,李子,肖金花.线粒体假基因用作分子化石推算两个榕小蜂姐妹种的分化时间(英文)[J].昆虫学报.2013
[3].李艳,黎霞,陈艳.线粒体假基因研究综述[J].绵阳师范学院学报.2012
[4].杨明茹,周志军,常岩林,张艳霞.4种昆虫基因组中的线粒体假基因[J].河北大学学报(自然科学版).2012
[5].方迟,刘玉方,赵兴波.猪核线粒体假基因的分布特征研究[J].中国畜牧杂志.2011
[6].高长生,褚栋.线粒体假基因对烟粉虱生物型鉴定的影响[C].粮食安全与植保科技创新.2009
[7].张凤英,马凌波,乔振国,陈立侨.单个拟穴青蟹核内多拷贝线粒体COI假基因序列的研究[C].第六届世界华人虾蟹类养殖研讨会论文摘要集.2008
[8].张凤英,马凌波,乔振国,陈立侨.单个拟穴青蟹核内多拷贝线粒体COI假基因序列的研究(简报)[J].分子细胞生物学报.2008
[9].崔博.鸻形目鸟类线粒体假基因遗传特征及其进化研究[D].辽宁师范大学.2006
[10].张凤英,马凌波,乔振国,马春艳.青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析[J].遗传.2006