导读:本文包含了系统发育分化论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:蝶类,系统发育关系,分化时间,分子系统学
系统发育分化论文文献综述
陈振宁,汪青青,陈志,管德龙,乔枫[1]（2019）在《基于COI、Cyt b、EF-1α基因的蝶类系统发育分析及分化时间估算》一文中研究指出测定了9科48种蝴蝶线粒体基因COI、Cyt b和核基因EF-1α的部分序列,联合使用这叁个基因序列作为分子标记分析了蝶类的系统发育关系,并结合蝶类化石记录估算了蝶类各科的分化时间。结果显示:本研究构建的蝶类科间系统发育关系和主流研究结果基本一致;眼蝶、蛱蝶、斑蝶类均为单系群,其分化时间与蝶类其他各科的分化时间接近,也应被划分为科。这一结果支持国内普遍采用的周尧分类系统。(本文来源于《陕西师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年04期）
秦声远,崔相艳,赵耀,邹玉璟,陈凯[2]（2018）在《普通油茶野生居群遗传分化的地理格局及近缘种系统发育关系》一文中研究指出普通油茶(Camellia oleifera)是重要的木本油料作物,其栽培面积和年产油量均居我国木本油料作物首位。油茶籽油的单不饱和脂肪酸——油酸含量高达80%以上,被誉为"东方橄榄油",是一种优质健康的食用植物油。大力发展油茶等木本油料作物生产,可以提高我国食用植物油特别是优质健康食用植物油的供给,有助于贫困山区的农民脱贫致富,具有重要的战略意义。普通油茶野生近缘种是宝贵的遗传资源,但是普通油茶野生居群遗传分化的地理格局及近缘种系统发育关系仍不清楚,限制了普通油茶野生近缘种遗传资源的有效挖掘与利用。本研究基于生态位模型预测了野生普通油茶的潜在分布,对普通油茶野生居群进行了调查;开发了基于高通量测序的多倍体微卫星基因分型技术,对六倍体普通油茶进行了准确基因分型;基于35对微卫星分子标记,分析了17个普通油茶野生居群及65份主要栽培普通油茶品种的遗传多样性及遗传结构;对野生普通油茶籽脂肪酸组成等关键化学成分进行了分析;基于比较转录组分析,筛选了450个直系同源基因,对山茶属油茶组、短柱茶组、红山茶组和茶组的22个物种进行了系统发育分析;分析了普通油茶及其野生近缘种的地理分布格局与物种多样性。研究结果发现,普通油茶野生居群间存在明显的遗传结构。庐山、越城岭猫儿山野生居群与其他野生居群间有明显的遗传分化。我国东部与西部的野生居群间存在明显遗传分化。野生居群间遗传多样性相近,没有呈现从南向北的下降趋势。主要栽培普通油茶品种的遗传背景与东部的野生居群相似,推测可能主要选育自东部的野生居群。野生油茶籽的含油量与纬度呈显着负相关,多不饱和脂肪酸含量、维生素E和茶皂素含量与纬度呈显着正相关。研究结果显示,油茶组物种聚成单独的分支(包括狭叶油茶、小果油茶、普通油茶、越南油茶、高州油茶和茶梅),可以独立成组,部分短柱茶组物种可以归并入油茶组(包括窄叶短柱茶、落瓣短柱茶、短柱茶);其余短柱茶组物种不能聚成单独的分支,不能独立成组,部分物种(冬红短柱茶、小果短柱茶)与红山茶组物种聚在一起。普通油茶近缘种物种多样性较高的区域是南岭山脉、苗岭山脉、武陵山脉、武夷山脉等区域,这也是野生普通油茶潜在的高适生区,可能是普通油茶及其野生近缘种潜在的种间杂交带,可能蕴含丰富的遗传多样性。本研究为普通油茶野生近缘种的有效挖掘与利用提供了科学依据。(本文来源于《中国植物学会八十五周年学术年会论文摘要汇编（1993-2018）》期刊2018-10-10）
秦声远[3]（2018）在《普通油茶系统发育及种群遗传分化的地理格局》一文中研究指出普通油茶是我国第一大木本油料作物。普通油茶野生近缘种是油茶育种宝贵的遗传资源。但是,普通油茶及其野生近缘种的系统发育关系仍有较大争议,限制了遗传资源的有效挖掘与利用。普通油茶广泛分布于东亚亚热带地区,是亚热带常绿阔叶林的典型植物类型。研究普通油茶种群遗传分化的地理格局,可以为油茶遗传资源的挖掘与利用提供科学依据,还有助于了解东亚亚热带常绿阔叶林植物遗传多样性格局及其形成机制。本研究通过统计普通油茶及其近缘种的分布数据,分析普通油茶及近缘种的地理分布格局与物种多样性;基于比较转录组分析,筛选直系同源基因构建普通油茶及其近缘种的系统发育树,为厘清普通油茶及其近缘种间系统发育关系提供参考。为探究普通油茶种群间遗传分化的地理格局,本研究采用最大熵(MaxEnt)生态位模型模拟普通油茶在末次盛冰期时的潜在分布;基于35对高多态性微卫星(SSR)分子标记,分析了17个普通油茶野生种群及65份主要栽培油茶品种的遗传多样性及遗传结构。本研究的主要结果及结论如下:1、普通油茶近缘种物种多样性较高的区域是南岭山脉、苗岭山脉、武陵山脉、武夷山脉等区域,这也是普通油茶野生种群潜在的高适生区,可能是普通油茶及其野生近缘种潜在的种间杂交带,可能蕴含丰富的遗传多样性。应重点针对这些高物种多样性地区开展遗传资源的研究,挖掘与利用有价值的遗传资源。物种多样性水平沿着南岭山脉-武陵山、南岭山脉-罗霄山脉、南岭山脉-武夷山脉逐渐下降。2、基于比较转录组分析了山茶属油茶组、短柱茶组、红山茶组和茶组的22个物种,筛选了450个直系同源基因,基于直系同源基因构建的最大似然树和贝叶斯树显示了一致的系统发育关系。研究结果显示,油茶组物种聚成单独的分支(包括狭叶油茶、小果油茶、普通油茶、越南油茶、高州油茶、茶梅),可以独立成组,部分短柱茶组物种可以归并入油茶组(包括窄叶短柱茶、落瓣短柱茶、短柱茶);其余短柱茶组物种不能聚成单独的分支,不能独立成组,部分物种(冬红短柱茶、小果短柱茶)与红山茶组物种聚在一起。3、基于最大熵生态位模型模拟,普通油茶在末次盛冰期的高适生分布区仍然是武陵山脉、南岭山脉、武夷山脉及附近区域,但分布区比当今更为破碎化。部分高适生区在末次盛冰期向南退缩,但仍存在不少北部的高适生区,同时可能存在隔离的小型北方避难所,比如庐山。4、普通油茶种群间遗传多样性水平相近,没有呈现明显的从南向北的下降趋势,推测在末次盛冰期可能存在南北多个避难所。主要栽培油茶品种与野生油茶的遗传多样性水平没有显着差异。普通油茶自然种群间存在明显的遗传结构。首先,庐山、越城岭猫儿山与其他种群有明显的遗传分化。其次,东部与西部的普通油茶种群间存在明显遗传分化,而东部的普通油茶种群间遗传背景类似(如:武夷山脉、罗霄山脉、广东南岭山脉、黄山山脉等种群),西部的普通油茶种群间遗传背景类似(如:武陵山脉、苗岭山脉等种群)。主要栽培油茶品种的遗传背景与东部种群类似,推测主要来源于东部的野生油茶。(本文来源于《南昌大学》期刊2018-05-29）
黄帅[4]（2017）在《偃麦草属植物分子系统发育及染色体分化研究》一文中研究指出偃麦草属(Thinopyrum)是禾本科(Poaceae)小麦族(Triticeae)的一个多年生属,该属全世界约有50种,主要分布在亚洲、欧洲的寒带和温带,中国约有6种。该属是小麦属的野生近缘属之一,其中多个种具有生长繁茂、多花多实、抗病、抗寒、抗旱、耐盐碱等优良性状,是小麦遗传改良中具有重要价值的优异外源基因供体。作为目前及将来麦类作物育种的重要叁级基因源,偃麦草属植物具有很大的开发利用潜力,对拓宽麦类作物的遗传基础具有重要意义。但是,关于偃麦草属植物的起源、种内(间)近缘关系、系统地位、物种界限等问题,仍存在较大的争议。本研究以美国国家种质资源库收集的来自不同地方的多种偃麦草属植物为供试材料,利用细胞学、荧光原位杂交、基因序列分析构建系统发育树等方法研究偃麦草属染色体组特征及染色体分化,多倍体偃麦草的染色体组结构与可能的染色体组来源等。主要结果如下:1.对184份偃麦草属材料进行根尖细胞染色体制片和染色体数目调查,结果发现百萨偃麦草(Th.bessarabicum)有二倍体、十倍体两种倍性,百萨偃麦草的十倍体类型未见报道;簇生偃麦草(Th.caespitosum)有四倍体、六倍体两种倍性;长穗偃麦草(Th.elongatum)有二倍体、四倍体、六倍体、八倍体、十倍体5种倍性,其中六倍体、八倍体比较少见,还发现染色体非7倍数的材料。2.基于磷酸甘油酸激酶的单拷贝核基因Pgk1的序列片段和磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶的单拷贝核基因PepC的序列片段,对小麦族的二倍体植物和14份偃麦草属材料进行系统发育重建,探讨偃麦草属 3 个种(Th.bessarabicum、Th.caespitosum、Th.elongatum)与近缘属植物的系统发育关系以及它们的染色体组成。结果表明:(1)偃麦草属的染色体组主要有Ee、Eb、St和一个未知组,该未知组可能由小麦族其他属的染色体组(如M、Am、Ta等)渗入E组而形成。(2)Th.bessarbicum中的Ee和Th.elongatum中的Eb在进化上已经发生明显的分化。(3)偃麦草属与拟鹅观草属(Pseudoroegneria)具有较近的近缘关系,偃麦草属的St起源于拟鹅观草属。(4)根据系统进化树推测:十倍体百萨偃麦草中含有St、Ee、Eb染色体组;四倍体和六倍体簇生偃麦草含有St染色体组;四倍体长穗偃麦草含有Ee、Eb染色体组,六倍体长穗偃麦草含有St、Ee、Eb染色体组,八倍体长穗偃麦草含有St、Ee染色体组,十倍体长穗偃麦草含有St、Ee、Eb染色体组。3.利用寡核苷酸和45s rDNA探针分别对5种倍性的偃麦草以及不同登录号的二倍体偃麦草材料进行非变性原位杂交,结果表明:(1)偃麦草属在进化过程中,45SrDNA位点数目并不一定随着偃麦草倍性的增加而增加;45S rDNA位点的位置随着倍性的增加而从染色体短臂中部或近末端移向末端。(2)二倍体长穗偃麦草的染色体组FISH核型基本一致,但具有少数差别,推测是由于地理位置的不同而导致染色体的分化,而长穗偃麦草和百萨偃麦草的染色体组FISH核型有一定的区别。(本文来源于《扬州大学》期刊2017-06-01）
唐智娇[5]（2016）在《西伯利亚鲟侧线系统发育中机械和电感受器分化机制的初探》一文中研究指出包括鱼类和两栖类在内的低等水生脊椎动物具有侧线这一重要的感觉器官。在系统演化过程中,尽管真骨鱼的电感受器发生了丢失,但软骨鱼和非新鳍亚纲的侧线系统都是由感受机械振动的机械感受器(神经丘)和感受弱电场的电感受器(壶腹器官)组成。这两类功能迥异的侧线感受器却都由感觉细胞、支持细胞和神经细胞组成,且它们都起源于一系列的侧线基板。头部侧线基板通过延伸形成感觉嵴,然后在感觉嵴的中央区形成神经丘原基,旁侧区形成壶腹器官原基。目前,两类侧线感受器分化的分子基础尚不清楚,而这是理解电感受器在系统进化中出现-消失-再出现的关键。目前对鲟鱼侧线系统的研究,在形态学上已经有较全面的认识,越来越多基因和信号通路被报道与侧线系统相关。其中的研究发现,脊椎动物机械感受器的发育受到Shh、Wnt、RA等信号的调控。既然神经丘机械感受器和壶腹电感受器来自共同的祖先——侧线基板,那么侧线基板是如何分化成神经丘和壶腹器官?这些信号在分化过程中又发挥怎样的作用?我们通过转录组测序、整体原位杂交等研究手段,在分子水平上对西伯利亚鲟(Acipenser baerii)侧线系统机械和电感受器的分化机制进行了初步探究。西伯利亚鲟隶属于硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鲟形目,是非常古老的鱼类之一,也是少数几种同时具有神经丘和壶腹器官的硬骨鱼类之一,在侧线系统进化史中占有极其重要的地位,是研究侧线系统机械感受器和电感受器分化机制的重要实验材料,具有极高的研究价值。1.小分子化合物对西伯利亚鲟侧线感受器发育的影响Hedgehog信号、RA信号、典型Wnt/β-catenin信号在动物胚胎的早期发育、器官形成、组织再生和其它生理过程中具有至关重要的作用。为了阐明这些信号通路是否参与西伯利亚鲟侧线感受器神经丘和壶腹器官的分化,我们分别用小分子化合物20μM环巴胺、0.1μM视黄酸、1μM视黄酸、10μM DEAB、20μM DEAB、50mM氯化锂对st29期西伯利亚鲟胚胎处理4天,通过普通光学显微镜观察西伯利亚鲟的形态变化,扫描电镜和FM1-43染色观察侧线感受器神经丘和壶腹器官组织形态学变化和数量变化。结果显示环巴胺不仅影响西伯利亚鲟头部眼睛、触须、唇和躯干背鳍、尾鳍的发育,还抑制神经丘和壶腹器官的发育,且对壶腹器官发育的作用更显着。视黄酸低浓度组并未受到明显的抑制作用,而高浓度视黄酸处理组对神经丘和壶腹器官的抑制作用很显着,尤其是壶腹器官,几乎未见生成。DEAB两个浓度组对西伯利亚鲟仔鱼的影响并没有形成明显的差异,且与对照组相比,神经丘和壶腹器官的生成以及形态结构几乎不受DEAB的影响。同样的,氯化锂对西伯利亚鲟仔鱼神经丘和壶腹器官的生成以及形态结构几乎没有影响。以上结果初步表明环巴胺作用的Hedgehog信号通路以及视黄酸作用的RA通路可能参与了侧线感受器神经丘和壶腹器官的发育过程。2.Hedgehog信号参与西伯利亚鲟侧线感受器发育接着,我们从基因表达的角度进一步分析Hedgehog信号通路在侧线感受器发育中的作用。首先,我们对再生过程中的神经丘和壶腹器官的转录组进行比较分析,发现Hedgehog信号通路关键基因(Shh,Patched1)在两类感受器中差异表达,且它们的表达在再生过程中呈现动态性。然后,我们用环巴胺(cyclopamine,Hedgehog信号抑制剂)处理西伯利亚鲟胚胎(st29),通过整体原位杂交,在分子水平上分析了Shh,Patched1,Smoothened,Gli2基因在西伯利亚鲟中的表达。结果表明在st32和st36期的西伯利亚鲟中,Shh,Patched1,Smoothened,Gli2基因的表达较为广泛,且处理组与对照组的基因表达差异不明显。而从st41期开始,这几个基因的表达范围缩小,主要集中于眼眶下和上下唇区域。在环巴胺处理的西伯利亚鲟中,Shh基因在腹侧眼眶下区域有微弱表达,且在上下唇区域强烈表达;Smoothened基因在腹侧眼眶下区域和上下唇区域均有微弱表达。相对对照组,Shh和Smoothened的表达有稍微减弱,但差异不明显。而Patched1,Gli2基因在环巴胺处理仔鱼腹侧眼眶下区域和上下唇区域几乎不表达,均与对照组的表达差异明显。以上结果提示Hedgehog信号通路与神经丘和壶腹器官的发育有关,推测其在神经丘和壶腹器官的分化过程中起到了重要作用。本研究以西伯利亚鲟为模型,首先通过扫描电镜和FM1-43荧光染色对仔鱼(st43-st44)神经丘和壶腹器官进行形态学观察,发现环巴胺、视黄酸抑制了神经丘和壶腹器官的发育。然后对再生过程中神经丘和壶腹器官的转录组进行比较分析,发现Hedgehog信号关键基因Shh,Patched1,Smoothened,Gli2在两类感受器中差异表达。最后通过整体原位杂交,证明Patched1和Gli2在仔鱼腹面侧线区域的表达受Hedgehog抑制剂环巴胺的显着抑制。推测Hedgehog可能参与了神经丘和壶腹器官的分化。(本文来源于《上海海洋大学》期刊2016-05-01）
安苗,周其椿,曹恒源,郭健康[6]（2016）在《贵州两地理群体鲫的系统发育及遗传分化》一文中研究指出分布于贵州省普安县青山镇和威宁县草海的鲫,系喀斯特山区彼此隔离的2个地理群体,为探明其遗传结构,探讨彼此间系统关系及遗传分化情况,本研究对其mt DNA D-loop区进行测序分析。结果显示:普安鲫有919和921~927bp 8种序列长度类型,分属27种基因型和14种单倍型;草海鲫有923~925bp 3种序列类型,分属11种基因型和6种单倍型;序列差异因碱基替换和缺失/插入不同所致。普安鲫是银鲫和鲫指名亚种及其所含3个亚类群的混生群体;草海鲫为鲫指名亚种2个亚类群的混合群体。普安鲫及其指名亚种群体遗传多样性水平中等,草海鲫及其指名亚种群体遗传多样性偏低,普安的银鲫群体遗传多样性水平极低。研究表明,喀斯特山区2地理群体鲫具有群体组成复杂和母系来源多样的发育特点,因长期的地理隔离、生殖隔离和基因交流缺乏所造成的遗传漂变和进化速率差异,其基因型和单倍型呈明显地理分布格局,各群体间遗传分化严重。普安的银鲫系东北银鲫起源,遗传变异低,急需改善亲本质量。草海鲫因奠基者效应、瓶颈效应和遗传漂变导致其遗传多样性偏低。本研究丰富了喀斯特山区鱼类群体遗传学资料,为地方鲫种质资源鉴定与评价提供基础资料。(本文来源于《水产学报》期刊2016年02期）
顾爱华,周勇[7]（2015）在《微小RNA在血液系统发育分化中的调控作用研究》一文中研究指出【目的】血液系统的发育分化调控网络高度复杂,异常的信号调控将导致血液病,因此血液系统的调控机制研究备受关注。微小RNA具有多靶点作用特点,其信号调控研究可为揭示造血系统发育、造血细胞分化和功能的精密信号协同机制提供重要依据。但目前对于miRNA特异性调控血液系统发育分化的研究有待深入。【方法】我们通过全基因组研究发现miR142是造血系统关键的微小RNA,但其信号调控机制尚不明确。使用锌指基因突变技术及斑马鱼模型,我们获得了miR142的突变体。通过功能缺失及获得实验,我们对miR对造血干细胞、粒细胞前体等的分化功能进行了研究。通过使用计算生物学靶点预测技术及高通量转录组筛选,发现下游调控网络。并进一步利用胚胎干细胞诱导造血干细胞进行体外研究。【结果】我们最近研究发现突变删除miR-142-3p导致中性粒细胞及单核细胞数量下降,粒细胞的炎症反应迁移受到影响。产生的中性粒细胞过度成熟并向巨噬细胞状态转化,可引起慢性髓系增生衰竭。这些表型由IFNγ-Jak-Stat信号激活上调的Irf1和Stat1介导。作为具有多靶点调控功能的微小RNA,它还调控了其他通路。进一步研究发现miR142还可能抑制性调控PI3K信号。Pten突变缺失引起的PI3K-mTOR-Cebpα通路的激活导致了中性粒细胞及单核细胞数量上升,但炎症诱导趋化性和成熟度不足。该通路抑制剂LY294002和Rapamycin能够改善这一表型。我们同时发现,与PI3K直接相关的P1cγ1突变缺失导致了中性粒细胞/单核细胞分化和成熟抑制。对于其他的信号通路的ES细胞诱导造血干细胞的研究,发现其高表达于CD41+CD117+造血前体细胞,功能机制正在深入研究。【结论】本研究发现了参与造血系统调控的重要微小RNA(miR142),并探讨其下游的调控通路,揭示miR-142在中性粒及单核细胞发育分化稳态中的调控机制,该miR-142在其他谱系中的功能尚有待进一步探讨。上述研究有助于阐明血液系统谱系分化中的表观遗传学调控机制,可为血液恶性疾病的病因学研究提供新的理论依据。(本文来源于《中国毒理学会第七次全国毒理学大会暨第八届湖北科技论坛论文集》期刊2015-10-25）
邓家彬[8]（2015）在《虎耳草科的分子系统发育、时间分化及其生物地理学研究》一文中研究指出双子叶植物虎耳草目(Saxifragales)下的虎耳草科(Saxifragaceae, APG Ⅲ)包括大约33属,640余种。该科中半数以上的物种是单型属,且存在大量同一物种间的间断分布状态。由于虎耳草科各属之间、属内种之间的形态较为相似,及其在演化过程中形态上的趋同性和物种分布的非连续,致使虎耳草科的系统发育研究长期处于困惑之中,一直没有得到较为满意的结果。虎耳草科植物主要分布于北半球的高山山地,北美西部是虎耳草科各属和种的主要或典型的物种多样性分布中心,部分物种孤立分布于南美洲大陆。该科植物的染色体数目从14到220不等,大量存在同一物种的多倍体。虎耳草科植物也是多倍体起源、多倍体物种形成和进化研究,生物地理研究以及物种的进化和多样性研究的重要模式植物。本文选取56个基因和共计223份虎耳草科样本,多基因和多样本相结合的策略对虎耳草科植物的系统学首次进行较为全面、完整、客观的研究。本研究样本纳入量和DNA数据量均是目前为止在研究虎耳草科植物系统方面最为详细和完整的。结合相关化石标本记录进行年代标定和地理分布数据进一步对虎耳草科各主要植物类群(Group)之间的系统关系、分歧时间以及历史地理分布加以分析和阐述。主要研究结果如下：(1)系统发育研究表明虎耳草科植物被分为Heucheroids和狭义Saxifraga s.s.(或Saxifragoids)两大支,该两支也被称为Saxifragoideae和Heucheroideae亚科。其中Heucheroids包括8个类群和变豆叶草(Saniculiphyllum guangxiense),支持变豆叶草归于Heucheroideae亚科,其系统位置得到了较好的解决。在Saxifragoids中,狭义虎耳草类群包括虎耳草属(Saxifraga)和Saxifragella bicuspidata Hook. f.,不包括小花虎耳草属(Micranthes),小花虎耳草属与涧边草类群(Peltoboykinia)聚集为姊妹类群。(2)在系统发育树中,南美火地岛的特有单型属物种Saxifragella bicuspidata内嵌于广布北半球的虎耳草属中,且在虎耳草属的系统树中,该物种是该亚科中分化较早的一支。结合前人的分析结果、标本查阅和本研究结果,接受其原始的命名Saxifraga bicuspidata Hook.f.。(3)通过外类群化石标定结果推测出,大约在38.37百万年前(MYA, 95%HPD=30.99.46.11 MYA)即始新世中晚期,虎耳草科植物开始出现迅速分化和多样性。而到了大约在30.04百万年前(95%HPD=23.87.37.15 MYA)和大约30.85百万年前(95%HPD=23.47-39.33 MYA), Heucheroids和Saxifragoids两大亚科内开始出现分化。(4)利用S-DIVA对虎耳草科植物的祖先地理分布重建表明虎耳草科物种经历了几次主要的辐射传播：一次辐射传播发生在东亚,其他几次均发生在北美西部,并且在北美西部出现了几次独立的扩散传播。长距离传播和地理隔离在虎耳草科物种的起源和多样性方面起着重要的作用；该科物种通过白令陆桥在东亚和北美西部之间交互迁徙和传播,且这种相互“交流”的现象一直持续到了中新世晚期。(5)本系统研究结果表明,尽量多的序列加上较为完备的物种介入,研究虎耳草科植物系统发育切实可行且相对可靠。该策略有助于虎耳草科植物系统发育的研究,澄清了虎耳草科植物中各个类群之间的系统关系,同时对其它科、目等难于把握类群的系统发育研究也起到了一定的借鉴意义。(本文来源于《四川农业大学》期刊2015-05-01）
李岩,冯缨,刘斌,吕光辉,王习勇[9]（2014）在《新疆十字花科短命植物系统发育关系及分化时间》一文中研究指出利用核ITS、叶绿体trnL-F(含trnL内含子和trnL-trnF间隔区)DNA序列,研究分布在新疆的十字花科短命植物的系统发育关系,探讨本区十字花科短命植物与非短命植物之间的系统关系,并利用分子钟原理,估算短命植物的分化时间。主要研究结果如下:短命植物不是单系群,而是聚为多个分支,镶嵌在非短命植物类群中;短命植物分支(属/种)分别与分类学上相近的非短命植物分类单位(近缘属/同属物种)具有很近的系统发育关系,说明短命植物并非单一起源,其分化和发育并未超越属种的演化关系。十字花科短命植物的亲缘关系:涩荠属、丝叶芥属、鸟头荠属、念珠芥属、四齿芥属、绵果荠属、棒果芥属和紫罗兰属亲缘关系较近;离子芥属、脱喙荠属和异果芥属具有较近的亲缘关系;舟果荠属、菘蓝属、厚翅荠属3个属的物种嵌合在一起,并与线果芥属的关系较近;四棱荠属和螺喙荠属系统发育关系很近;庭荠属、独行菜属、高河菜属的短命植物均与同属的物种聚在一起,高河菜属与四棱荠属、螺喙荠属的关系较近。计算表明,涩荠属短命植物的分化时间大致在14~6 Ma,即中新世中期至晚期,要早于第叁纪末第四纪初的结论。短命植物在这个时间段的分化可能与期间青藏高原的不断隆起密切相关,青藏高原的隆起导致亚洲内陆气候的干旱化以及干旱、半干旱区逐渐形成,促进了短命植物在新疆的进化和发育。(本文来源于《干旱区研究》期刊2014年06期）
明庆磊,王阿旻,程超[10]（2013）在《基于28S rRNA和COⅠ基因探讨赤拟谷盗与杂拟谷盗的遗传分化和系统发育》一文中研究指出赤拟谷盗与杂拟谷盗形态相似且种间生殖隔离不完全,为探明这两个近缘种之间的遗传分化和系统发育关系,对赤拟谷盗与杂拟谷盗30个个体的一个核基因28S核糖体RNA(28S rRNA)和一个线粒体基因细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(CO I)进行了PCR扩增、测序和分析,发现这两个基因分别有2个和3个单倍型,种间没有相同的单倍型。在28S rRNA基因区,两个种的种内核苷酸序列均没有变异;在CO I基因区,种内核苷酸变异位点不超过2个,且核苷酸变异没有导致其编码氨基酸发生改变。然而,在28S rRNA和CO I基因区,种间核苷酸序列分别存在76个和144个位点,且CO I基因区的核苷酸变异位点导致25个编码氨基酸发生改变。系统发育分析表明,赤拟谷盗与弗氏拟谷盗和黑拟谷盗的亲缘关系要近于与杂拟谷盗的亲缘关系,这与由其形态推导的系统发育关系并不完全一致。表明,尽管赤拟谷盗与杂拟谷盗形态和大小相似,但其种间的分子遗传分化明显,用28S rRNA和CO I基因来评价它们的遗传变异与系统发育关系是非常有用的。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2013年05期）
系统发育分化论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
普通油茶(Camellia oleifera)是重要的木本油料作物,其栽培面积和年产油量均居我国木本油料作物首位。油茶籽油的单不饱和脂肪酸——油酸含量高达80%以上,被誉为"东方橄榄油",是一种优质健康的食用植物油。大力发展油茶等木本油料作物生产,可以提高我国食用植物油特别是优质健康食用植物油的供给,有助于贫困山区的农民脱贫致富,具有重要的战略意义。普通油茶野生近缘种是宝贵的遗传资源,但是普通油茶野生居群遗传分化的地理格局及近缘种系统发育关系仍不清楚,限制了普通油茶野生近缘种遗传资源的有效挖掘与利用。本研究基于生态位模型预测了野生普通油茶的潜在分布,对普通油茶野生居群进行了调查;开发了基于高通量测序的多倍体微卫星基因分型技术,对六倍体普通油茶进行了准确基因分型;基于35对微卫星分子标记,分析了17个普通油茶野生居群及65份主要栽培普通油茶品种的遗传多样性及遗传结构;对野生普通油茶籽脂肪酸组成等关键化学成分进行了分析;基于比较转录组分析,筛选了450个直系同源基因,对山茶属油茶组、短柱茶组、红山茶组和茶组的22个物种进行了系统发育分析;分析了普通油茶及其野生近缘种的地理分布格局与物种多样性。研究结果发现,普通油茶野生居群间存在明显的遗传结构。庐山、越城岭猫儿山野生居群与其他野生居群间有明显的遗传分化。我国东部与西部的野生居群间存在明显遗传分化。野生居群间遗传多样性相近,没有呈现从南向北的下降趋势。主要栽培普通油茶品种的遗传背景与东部的野生居群相似,推测可能主要选育自东部的野生居群。野生油茶籽的含油量与纬度呈显着负相关,多不饱和脂肪酸含量、维生素E和茶皂素含量与纬度呈显着正相关。研究结果显示,油茶组物种聚成单独的分支(包括狭叶油茶、小果油茶、普通油茶、越南油茶、高州油茶和茶梅),可以独立成组,部分短柱茶组物种可以归并入油茶组(包括窄叶短柱茶、落瓣短柱茶、短柱茶);其余短柱茶组物种不能聚成单独的分支,不能独立成组,部分物种(冬红短柱茶、小果短柱茶)与红山茶组物种聚在一起。普通油茶近缘种物种多样性较高的区域是南岭山脉、苗岭山脉、武陵山脉、武夷山脉等区域,这也是野生普通油茶潜在的高适生区,可能是普通油茶及其野生近缘种潜在的种间杂交带,可能蕴含丰富的遗传多样性。本研究为普通油茶野生近缘种的有效挖掘与利用提供了科学依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
系统发育分化论文参考文献
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