导读:本文包含了特异等位基因论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:等位基因特异扩增实时定量聚合酶链式反应,V106I,耐药突变
特异等位基因论文文献综述
何培彦,郭金磊,王恒辉,燕勇,罗建勇[1]（2019）在《等位基因特异扩增实时定量PCR检测HIV的V106I耐药突变位点的方法建立》一文中研究指出目的建立等位基因特异扩增实时定量聚合酶链式反应(ASPCR)检测艾滋病病毒(HIV)V106I耐药突变位点的方法,用于快速检测低比例的V106I突变。方法针对HIV的V106I多态性位点设计引物,建立检测方法。构建野生型和突变型质粒标准品,检测野生型质粒、突变型质粒和临床样本,评价方法的准确性、灵敏度和特异性。结果 5份接受抗病毒治疗的HIV感染者本底血清标本(2份存在V106I耐药突变位点,3份不存在V106I耐药突变位点),特异性引物扩增105野生型质粒和突变型质粒的循环阈值(Ct值)之差(△Ct)为10.26,ASPCR法能正确区分野生型和突变型质粒,临界值为9.26;对100%～0.01%的突变型质粒和野生型质粒混合物的检测显示,突变比例高于1%时得到相应的ΔCt值均<9.26,根据标准曲线计算出的突变比例与理论值具有较好的吻合度,ASPCR法检测V106I突变的灵敏度可达到1%突变比例。结论建立的ASPCR方法可用于检测临床样本V106I耐药突变位点。(本文来源于《中国艾滋病性病》期刊2019年08期）
赵汉斌[2]（2018）在《基因组分析揭示等位基因特异RNA编辑现象》一文中研究指出科技日报昆明7月17日电 （赵汉斌）核糖核酸（RNA）编辑是RNA水平一种常见的修饰，是增加基因转录和功能多样性的重要形式。17日，来自中科院昆明动物研究所的消息，由张亚平院士领导的、多个研究机构加盟的团队，在等位基因特异的RNA编辑研究上取得了重要(本文来源于《科技日报》期刊2018-07-18）
孙宇晶,线海鹏,刘向祎,刘畅,龙彦[3]（2017）在《等位基因特异荧光PCR检测ALDH2基因多态性》一文中研究指出目的了解人群乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因多态性的分布,评价等位基因特异荧光聚合酶链反应(PCR)检测ALDH2基因应用于临床的可行性。方法采用等位基因特异荧光PCR和DNA测序法同时检测375例患者外周血ALDH2基因型,结果不一致的标本采用基因芯片技术进行复检。结果 375例标本中,荧光PCR检出ALDH2*1/1型248例(66.1%)、ALDH2*1/2型107例(28.5%)、ALDH2*2/2型20例(5.4%),而DNA测序法则分别检出246例(65.6%)、108例(28.8%)和21例(5.6%),2种方法检测ALDH2基因型差异无统计学意义(χ~2=1.33,P=0.392),且一致性较好(κ=0.978,P<0.001)。2种方法基因型检测结果一致率为98.9%(371/375)。4例结果不一致的标本经基因芯片法复检,结果与等位基因特异荧光PCR一致。结论等位基因特异荧光PCR检测ALDH2基因型简便、可靠,能满足临床对ALDH2基因型检测的要求。(本文来源于《检验医学》期刊2017年04期）
祝海军[4]（2016）在《RRBS数据分析新流程的建立及其在肿瘤细胞中等位基因特异甲基化分析的应用》一文中研究指出DNA甲基化是非常重要的表观遗传修饰之一,在胚胎发育、细胞分化、X染色体失活、基因组印记、肿瘤发生等方面扮演着重要的角色。DNA甲基化谱式异常是肿瘤的重要特征之一,目前在大部分肿瘤细胞中都发现了整体的DNA甲基化水平降低和部分区域的甲基化水平增高,但具体的DNA甲基化异常的分子机制目前尚不清楚。简化的有代表性的重亚硫酸盐测序(RRBS)技术是近年来发明的全基因组水平的DNA甲基化分析技术,但是因为其数据分析的复杂性,现有的分析软件不能完全满足研究的需要。起始性DNA甲基转移酶DNMT3A在肿瘤细胞DNA甲基化谱式异常中的作用并不清楚,我们利用RRBS技术检测了在肺癌细胞A549中过表达DNMT3A之后基因组DNA甲基化的谱式变化。通过完善数据分析流程后,我们发现过表达DNMT3A之后,基因组DNA整体甲基化上升了9.1%,并且这种上升在不同基因特征区域间没有显着差异。另外,起始性的DNA甲基化变化比例并不高,更多的是已有甲基化水平的少量上升,而且重复序列的甲基化水平也呈现与整体相当的上升。进一步区域分析发现,过表达DNMT3A导致一些基因启动子区起始性的高甲基化,包括了RFPL3、 TFAP2E等,可能参与抑制肿瘤细胞的生长。以上结果显示DNMT3A在肿瘤细胞中参与DNA甲基化水平维持,并能调控一些肿瘤相关基因的启动子区甲基化水平。接下来,我们开发了单个分子连续CpG甲基化连锁分析方法,并加入了DNA甲基化与单核苷酸多态性连锁分析以及DNA甲基化与基因表达相关性分析。利用这些分析手段,我们发现肿瘤细胞系中普遍存在等位基因特异的DNA甲基化(ASM)。为了明确这些ASM的具体特征,我们在多种肿瘤细胞系中进行了RRBS检测和数据分析,同时比较了3个公开的人类胎盘RRBS数据,结果发现这些ASM除了已知的印记基因和X染色体失活相关的区域外,存在着大量的功能未知的基因组区域。但是,与胎盘中的结果不同,不同肿瘤细胞中的这些ASM没有共同性,提示其可能只是肿瘤DNA甲基化谱式紊乱的一种表现。为了进一步分析ASM产生和维持的分子机制,我们在肿瘤细胞系中改变维持性或起始性的DNA甲基化系统,包括过表达UHRF1、抑制表达UHRF1和过表达DNMT3A,并引入了DNMT3A基因与组蛋白互作结构域的突变体。通过RRBS检测结合数据分析流程,我们发现UHRF1对于ASM的维持是必须的,而新ASM的产生则需要DNMT3A介导,这种介导与DNMT3A结合组蛋白未修饰H3K4有关。当DNMT3A突变体结合甲基化的H3K4或者不结合H3K4时,产生的新ASM显着增多,推测是导致了起始性的DNA甲基化所致。最后,我们结合了肿瘤细胞RNAseq的基因表达数据,发现肿瘤细胞中的这些ASM与基因表达无明显的相关性。综合以上结果,肿瘤细胞中新发现的ASM与DNA甲基化维持和起始系统相关,但是不具有明确的调控基因表达功能,各种肿瘤细胞特异性极大,可能是肿瘤细胞DNA甲基化谱式紊乱的一种新的特征,是DNA甲基化化酶功能不足的一种表现,进一步的分子机制可以结合临床肿瘤样本开展。综上所述,本研究开发并完善了RRBS检测的数据分析流程,发现DNMT3A在肿瘤细胞中参与DNA甲基化谱式异常调控的证据；同时发现了肿瘤细胞系中大量新的ASM,并对他们的特征与功能进行了初步分析。本研究建立的分析流程可以应用到更多的DNA甲基化调控机制研究中去,本研究的结果可以为进一步阐明肿瘤细胞中DNA甲基化谱式紊乱的分子机制提供帮助。(本文来源于《华东师范大学》期刊2016-04-01）
郑晴晴,贾伟平,张蓉,胡承,罗彦丽[5]（2015）在《竞争性等位基因特异的TaqMan聚合酶链反应法和DNA直接测序法检测KRAS G12D突变的对比分析》一文中研究指出目的对比分析竞争性等位基因特异的TaqMan聚合酶链反应(castPCR)法和DNA直接测序法检测肠镜活组织检查标本KRAS G12D突变的差异。方法应用活组织检查钳收集肠镜下结直肠腺瘤和结直肠癌组织,抽提组织DNA,分别采用castPCR法和DNA直接测序法获得KRAS G12D的突变情况。结果腺瘤组和腺癌组castPCR法检测的KRAS G12D突变率均显着高于同组DNA直接测序法(P值均<0.05),两组间castPCR法和DNA直接测序法检测的KRAS G12D突变率的差异均无统计学意义(P值均>0.05)。腺瘤组两种检测方法的突变型符合率为55.6%,野生型符合率为100.0%,阴性符合率为100.0%,总体符合率为87.5%,一致性检验Kappa值为0.643 5;腺癌组两种检测方法的突变型符合率为50.0%,野生型符合率为100.0%,阴性符合率为100.0%,总体符合率为85.0%,一致性检验Kappa值为0.583 3。提示两种方法检测阴性的一致性程度均较高,但检测阳性的一致性程度一般。Mutation Detector分析结果显示,castPCR法能够检测出突变量<1%的突变,灵敏度高达0.1%。检测突变量分析结果显示,当KRAS G12D突变量≥4%时,castPCR法和DNA直接测序法检测KRAS G12D均为阳性;当突变量<4%时,仅castPCR法能够检测出KRAS G12D为阳性。提示castPCR法能够检测出DNA直接测序法检测不出的KRAS G12D突变,较DNA直接测序法效率高。结论 castPCR法能够高效地检测肠镜活组织检查标本中低突变量的KRAS G12D,其临床实用价值较DNA直接测序法高。(本文来源于《上海医学》期刊2015年11期）
何建林[6]（2015）在《等位基因特异DNA甲基化的描述与机器学习预测》一文中研究指出等位基因特异DNA甲基化(Allele-specific DNA methylation, ASM)是在等位基因间发生的差异甲基化现象。在等位基因间,基因组印记和序列差异都可能导致ASM的发生。印记的甲基化“胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤”(Cytosine-phosphate-guanine, CpG)位点,即亲源依赖的等位基因特异DNA甲基化(Parent-of-origin dependent ASM, P-ASM)位点,在基因组中数目是很有限的,但另一类序列依赖的等位基因特异DNA甲基化(Sequence dependent ASM, S-ASM)位点的数目却很大。基于相邻CpG位点的密度及其甲基化状态,S-ASM可以细分为离散的(Scattered S-ASM, sS-ASM)和成群的(Clustered S-ASM, cS-ASM)。最近的研究提供了更加准确的数据,支持开发基于大数据的统计学模型,来实现ASM的分类和预测。在本研究中,我们搜集了1,952个P-ASM,9,030个cS-ASM,122,735个sS-ASM。在甲基化水平分布的分析中,我们发现P-ASM, sS-ASM及cS-ASM这叁类等位基因特异DNA甲基化的事件具有明显不同的甲基化模式。P-ASM和cS-ASM更多富集在高CpG密度区域、启动子区域和内含子区域；而sS-ASM则富集在简单重复序列和单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)高频率发生的区域。使用基于Lasso (Least absolute shrinkage and selection operator)逻辑回归的特征挑选方法,我们从282个特征中挑选了21个对预测cS-ASM有显着贡献的特征。然后使用五折交叉验证(5-flod cross validation)我们发现逻辑回归分类器能更好地预测cS-ASM。通过使用小鼠常染色体甲基化数据测试分类器,我们得到了0.84的接受者操作曲线下的面积,0.77的精确度和0.54的Matthew相关系数,这说明预测结果具有较高的准确性。更进一步,我们研究了在特定的基因组区域中预测cS-ASM事件。我们发现在CpG岛区域和重复序列区域,对cS-ASM事件的预测效果比全基因组预测更好。最后,我们将在小鼠甲基化组里训练的,带有0.85的阳性预测值以及0.06的假阳率的分类器应用到人脑的甲基化数据,识别了608个与预测的cS-ASM相关的基因。基因富集分析表明与cS-ASM相关的基因显着的富集在带有可变剪切的编码区。这个研究提供了一个预钡cS-ASM的分析流程,这将有助于更深入地理解该类等位基因事件发生的原因。(本文来源于《中国科学院北京基因组研究所》期刊2015-04-01）
徐超男[7]（2014）在《甘蓝型油菜种子高油酸和低亚麻酸等位基因特异标记的开发及分子标记辅助选择》一文中研究指出油菜是世界上产油率最高的经济作物之一。在我国自产食用植物油中,菜籽油是第一大来源,在我国市场上有着重要的地位。菜籽油中的脂肪酸组成及比例是影响其食用以及经济价值的关键因素,培育高油酸低亚麻酸的品种是当前油菜育种工作的重要目标之一。本研究在前人研究的基础上,开发了控制甘蓝型油菜高油酸、低亚麻酸含量的FAD2和FAD3等位基因特异标记,结合四引物ARMS-PCR技术建立标记辅助选择程序。此外,通过农杆菌介导转化的具有不同拷贝数目的反义FAD2植株进行聚合杂交,获得了新的高油酸低亚麻酸的油菜资源。主要研究结果如下：1、开发了一种简单、快速、可用于大规模群体基因型鉴定的DNA提取方法。与常规CTAB提取方法作比较,该方法具有速度快,操作步骤简单,无毒害、效率高的优势。2、基于FAD2基因和FAD3基因的序列差异,分别设计了四引物等位基因特异引物。实验结果显示,四引物PCR扩增结果条带清晰明了,检测结果与常规两引物PCR扩增结果一致,可用于高油酸、低亚麻酸油菜分子标记辅助育种的前景选择中。3、利用四引物PCR扩增系统,本研究对“D126x华5”组合的BC4F2及BC5F2世代油酸和亚麻酸位点进行基因分型,并对BC4F2世代筛选的17株纯合高油酸低亚麻酸材料进行侧翼标记背景的选择,统计在目标基因附近发生重组的频率。4、分别对组合“D126x华5”的BC3F3、BC3F4及BC4F2各世代各株系进行品质性状及农艺性状的综合考察。结果显示,上述叁个世代的品质性状相对稳定,其中油酸含量相比轮回亲本提高了约10个百分点。在已考察的6种农艺性状中,BC3F4世代所有农艺性状都已回复为轮回亲本水平,而BC3F3及BC4F2世代除主花序长度及每果粒数外,其他性状也回复甚至超过轮回亲本。5、对含有已经完全纯合的具有不同反义FAD2拷贝数目的材料进行杂交,包括“单拷贝×中11”,“单拷贝×华5”,“单拷贝×单拷贝”以及“单拷贝×3拷贝”4个组合。通过测定双亲、F1及F2代油酸的含量,发现不同反义FAD2基因拷贝数目的材料相互间进行杂交后,没有表现出累积效应。(本文来源于《华中农业大学》期刊2014-06-01）
李洪亮,柴永山,张雨良,孙玉友,魏才强[8]（2014）在《等位基因特异扩增在水稻香味遗传改良中的应用价值》一文中研究指出常规育种方法培育香型水稻除了育种年限长,且在后代材料选择过程中,香味基因往往容易丢失。而通过回交转育手段将香味性状导入优良的非香型水稻品种中,则要寻找出一种高效的分子检测手段加以辅助鉴定。本研究以稻花香2号、金禾香稻、南韩长粒香、黑香米,以及8个非香稻品种(品系)为试验材料,利用等位基因特异扩增方法对水稻香味基因进行鉴定。结果表明,南韩长粒香、黑香米及非香稻获得长度为585bp和355bp的两条带,而稻花香2号、金禾香稻仅获得长度为577bp的一条带,供试材料的分子检测结果与香味基因型不完全一致,这在一定程度上限制了等位基因特异扩增法在水稻香味遗传改良中的应用。(本文来源于《作物杂志》期刊2014年02期）
高明,申瑞平,张鹏,慕卫[9]（2013）在《竞争性特异等位基因PCR检测山东甜菜夜蛾对高效氯氰菊酯的抗性》一文中研究指出为明确山东地区甜菜夜蛾对高效氯氰菊酯抗性水平,采用竞争性特异等位基因PCR方法,检测甜菜夜蛾钠离子通道基因片段上L1014F的突变频率。结果表明,敏感种群个体中均未发现突变个体;田间章丘种群92%个体具有L1014F突变,其中64%为L1014F突变纯合子,28%为L1014F突变杂合子。经高效氯氰菊酯汰选5代后的抗性种群检测个体中均未发现敏感型纯合子。安丘种群的L1014F突变等位基因频率最高,为85%,泰安、滕州和滨州种群分别为50%、43.33%和30%,相关性分析表明甜菜夜蛾L1014F突变等位基因频率与对高效氯氰菊酯不敏感度呈线性正相关(Y=1.106x+0.079,R2=0.93)。(本文来源于《植物保护学报》期刊2013年04期）
胡茂龙,龙卫华,高建芹,付叁雄,陈锋[10]（2013）在《油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R等位基因特异PCR标记的开发与应用》一文中研究指出油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R是从抗性突变体M9中克隆获得,抗性基因BnALS1R与野生型基因BnALS1存在1处SNP,即乙酰乳酸合酶第638位丝氨酸残基被天冬酰胺酸替代。为获得油菜抗除草剂基因BnALS1R的分子标记,根据该处点突变,结合获得的BnALS3与BnALS1序列,开发30条等位基因特异PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)引物,采用筛选出的3条AS-PCR引物在F2、BC1和BC2群体中进行PCR扩增。结果表明,该标记有效检测出群体中存在的3种基因型,其分离比分别为1∶2∶1、1∶1、1∶1,均遵循单基因遗传规律。应用该标记对获得的抗性恢复系进行PCR扩增,结果发现所有抗性恢复系均能扩增出抗性基因BnALS1R目的条带,表明3条标记引物可应用于抗性基因的检测。AS-PCR标记的获得将促进以抗性基因进行油菜抗除草剂分子标记辅助选择育种。(本文来源于《作物学报》期刊2013年10期）
特异等位基因论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
科技日报昆明7月17日电 （赵汉斌）核糖核酸（RNA）编辑是RNA水平一种常见的修饰，是增加基因转录和功能多样性的重要形式。17日，来自中科院昆明动物研究所的消息，由张亚平院士领导的、多个研究机构加盟的团队，在等位基因特异的RNA编辑研究上取得了重要
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
特异等位基因论文参考文献
[1].何培彦,郭金磊,王恒辉,燕勇,罗建勇.等位基因特异扩增实时定量PCR检测HIV的V106I耐药突变位点的方法建立[J].中国艾滋病性病.2019
[2].赵汉斌.基因组分析揭示等位基因特异RNA编辑现象[N].科技日报.2018
[3].孙宇晶,线海鹏,刘向祎,刘畅,龙彦.等位基因特异荧光PCR检测ALDH2基因多态性[J].检验医学.2017
[4].祝海军.RRBS数据分析新流程的建立及其在肿瘤细胞中等位基因特异甲基化分析的应用[D].华东师范大学.2016
[5].郑晴晴,贾伟平,张蓉,胡承,罗彦丽.竞争性等位基因特异的TaqMan聚合酶链反应法和DNA直接测序法检测KRASG12D突变的对比分析[J].上海医学.2015
[6].何建林.等位基因特异DNA甲基化的描述与机器学习预测[D].中国科学院北京基因组研究所.2015
[7].徐超男.甘蓝型油菜种子高油酸和低亚麻酸等位基因特异标记的开发及分子标记辅助选择[D].华中农业大学.2014
[8].李洪亮,柴永山,张雨良,孙玉友,魏才强.等位基因特异扩增在水稻香味遗传改良中的应用价值[J].作物杂志.2014
[9].高明,申瑞平,张鹏,慕卫.竞争性特异等位基因PCR检测山东甜菜夜蛾对高效氯氰菊酯的抗性[J].植物保护学报.2013
[10].胡茂龙,龙卫华,高建芹,付叁雄,陈锋.油菜抗咪唑啉酮类除草剂基因BnALS1R等位基因特异PCR标记的开发与应用[J].作物学报.2013
标签：等位基因特异扩增实时定量聚合酶链式反应; V106I; 耐药突变;