导读:本文包含了晶体解析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:晶体化学,晶体结构,单晶解析
晶体解析论文文献综述
魏振宏,陈超,丁顺民[1]（2019）在《晶体化学教学中单晶结构解析存在的问题》一文中研究指出晶体是由原子、分子或离子在叁维空间按一定规则呈周期性排列而成,在外形上表现为具有一定形状的几何多面体。晶体内部结构可以通过X-射线单晶衍射实验及相应的程序解析获得,但除了经验丰富的晶体学家,一般的科研工作者对单晶解析都感到束手无策。晶体化学中,要顺利解析出单晶结构,关键在于初始套的确定、无序的精修、加氢叁个方面。(本文来源于《教师博览(科研版)》期刊2019年08期）
韦泓丽,杨真真,郑迎迎,商娜,刘卫东[2]（2019）在《默诺霉素合成途径中关键酶TchmY晶体结构解析》一文中研究指出默诺霉素(Moenomycin)是一种磷酸糖脂类抗生素,具有优良的毒性选择性和耐药性低的特点,但默诺霉素药代动力学参数欠佳,阻碍了其被开发为新型抗生素。研究表明默诺霉素结构中末端脂肪链对默诺霉素的活性及水溶性有至关重要的影响。通过对默诺霉素合成过程中脂肪链的研究,更好的了解其结构和功能,(本文来源于《第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集》期刊2019-08-08）
马建涛[3]（2019）在《来源于Saccharomyces cerevisiae的顺式异戊烯转移酶NUS1亚基的晶体结构解析》一文中研究指出顺式异戊烯转移酶(EC 2.5.1.87)是异戊烯基焦磷酸合成酶超家族成员之一,催化异戊烯焦磷酸(isoprenyl pyrophosphate,IPP)连续缩合到法尼基焦磷酸(farnesyl pyrophosphate,FPP)骨架上,催化形成长链聚异戊烯焦磷酸。长链聚异戊烯基焦磷酸被磷酸酶去磷酸化,产生聚异戊烯醇,再通过NADPH依赖性微粒体还原酶还原聚异戊烯醇的α-异戊烯单元,形成多萜醇。多萜醇作为糖基载体,参与蛋白的N糖基化,对生命活动具有重要意义。来源于Saccharomyces cerevisiae的顺式异戊烯转移酶由异源二聚体NUS1(核十一碳烯基焦磷酸合成酶1(nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1,NUS1))亚基和RER2(内质网驻留突变2(Retention in the ER mutation 2,RER2))亚基组成,尚未有相关的晶体结构见诸报道。本文以来源于Saccharomyces cerevisiae的NUS1亚基蛋白为研究对象,对其异源表达、突变改造、蛋白纯化、结晶与晶体结构解析等进行了研究。为了删除蛋白的跨膜区,实现可溶性表达,构建了N端119个氨基酸残基截短突变体ΔN119-NUS1;进一步截短N端28个氨基酸后构建截短突变体ΔN147-NUS1不再对TEV蛋白酶敏感,纯化后获得单一条带的蛋白;通过对半胱氨酸进行点突变,构建突变体ΔN147-NUS1 C184A/C293A,获得蛋白的单一聚体。各突变蛋白在Escherichia coli BL21 trxB(DE3)菌株中可溶性表达后,经镍亲和色谱、DEAE阴离子交换色谱纯化后,用TEV酶切除N端组氨酸标签后再经镍亲和色谱纯化获得纯化蛋白。经过对ΔN147-NUS1 C184A/C293A蛋白结晶条件初筛共获得9个结晶条件,优化后在0.1 mol·L~(-1)二甲胂酸钠pH 6.5;0.2 mol·L~(-1)硫酸铵;19%(w/v)聚乙二醇8000条件下,收到可用于结构解析的蛋白晶体。通过对ΔN147-NUS1 C184A/C293A蛋白晶体进行X射线衍射数据收集及结构修正,获得Δ147-NUS1 C184A/C293A晶体结构模型。Δ147-NUS1 C184A/C293A晶体空间群为P 2_12_12_1,分辨率2?,PDB号6JCN。ΔN147-NUS1 C184A/C293A的晶体结构可以作为相似蛋白晶体结构解析的分子置换模板。ΔN147-NUS1 C184A/C293A的晶体结构为异源二聚体顺式异戊烯转移酶催化机理的解析提供晶体结构基础。ΔN147-NUS1 C184A/C293A的晶体结构与Staphylococcus aureus十一碳烯基焦磷酸合成酶(undecaprenyl diphosphate synthase,UPPS)晶体结构的差异,可以为新型抗生素的半理性设计和模拟筛选提供一些有意义的信息。(本文来源于《江南大学》期刊2019-06-01）
冯永[4]（2019）在《来源于Penicillium herquei的郝青霉素酮合成酶PhnH的晶体结构解析》一文中研究指出五元环醚是非常重要的结构片段,存在于许多天然产物和具有活性的合成化合物中。五元环醚的合成主要通过4种方式,氧化环合反应、oxa-Michael加成反应、环氧化合物的开环反应、氢烷氧基化反应。在合成化学中,氢烷氧基化反应是形成环醚非常高效的方式。来源于Penicillium herquei NRRL 1040的PhnH被发现能够催化对映选择性氢烷氧基化反应形成herqueinone中的二氢呋喃环,该酶是目前发现唯一能催化氢烷氧基化反应形成环醚的酶。本论文选取来源于Penicillium herquei NRRL 1040的PhnH为研究对象,对其进行表达纯化,并进行晶体结构解析。来源于Penicillium herquei NRRL 1040的PhnH进行生物信息分析后发现N端有信号肽。截去信号肽部分的PhnH构建在pET-32a(+)载体上,转化至工程菌Escherichia coli BL21(DE3)中进行表达。在E.coli BL21(DE3)中的表达条件为诱导温度25℃、IPTG浓度0.5 mmol·L~(-1)、诱导时间18 h。菌体收集破碎后,通过Ni柱亲和层析、TEV酶切除标签、二次Ni柱亲和层析,获得了符合结晶纯度的PhnH。采用坐滴蒸汽扩散法通过晶体筛选试剂盒筛选PhnH结晶条件,发现了4种长晶条件并对其进行了优化。挑选高质量的蛋白晶体在台湾新竹同步辐射中心收到了两组分辨率较好(分别为1.33?和1.44?)的数据。PEG4000的结晶条件长出的晶体收到了分辨率最好的数据,蛋白晶体属于P2_1空间群,晶胞参数为a=69.57?、b=55.11?、c=70.97?。通过分子置换法解决了相位角问题。PhnH的晶体结构为同源四聚体,与尺寸排阻色谱测定结果一致。PhnH单体结构为一个典型的?桶状折迭,包含9束反平行的?片层和一个3_(10)螺旋,形成了一个结构空腔。乙酸铵晶体条件解析出的结构,在PhnH的结构空腔中发现了乙酸根离子,是来自结晶条件中的结晶试剂。相对细菌来源的DUF3237超家族成员,PhnH的结构缺少一个?螺旋而多了一段loop。(本文来源于《江南大学》期刊2019-06-01）
冯帆,姜棋予,孙慧伟,王祥喜,申立军[5]（2019）在《孕烷X受体配体结合结构域蛋白晶体的X线衍射结构解析》一文中研究指出目的:利用X线衍射技术解析孕烷X受体(PXR)配体结合结构域(LBD)蛋白晶体的3维结构。方法:对PXR蛋白LBD(130～434氨基酸残基)序列进行密码子优化并化学合成后克隆至pRSFDuet-1表达载体,再将载体导入大肠杆菌BL21(DE3),对PXR-LBD蛋白进行原核表达与分离纯化;采用晶体筛选试剂盒筛选蛋白结晶条件,采用悬滴法获得目标蛋白的晶体;对获得的蛋白晶体进行X线晶体衍射检测,并收集相关数据建立PXR-LBD的叁维结构。结果:获得了PXR-LBD的高质量晶体并利用X线衍射解析了该蛋白质晶体的结构数据,使用Phenix.refine软件和COOT软件等对结构进行修正,最终获得了高分辨率的3维结构数据。结论:完成了孕烷X受体配体结合结构域蛋白晶体的X线衍射结构解析,为研究和开发PXR相关药物奠定了基础。(本文来源于《生物技术通讯》期刊2019年03期）
郑欣欣[6]（2019）在《一种假单胞菌来源的支链氨基酸氨基转移酶的酶学性质研究及晶体结构解析》一文中研究指出氨基转移酶(AT)由于能够将氨基转移到酮或酮酸中,并且具有高对映选择性和区域选择性,是用于合成手性氨基酸或者酮酸的重要生物催化剂。在所有的转氨酶中,支链氨基酸氨基转移酶(BCAT)能可逆地催化支链氨基酸(BCAAs),如L-缬氨酸,L-亮氨酸和L-异亮氨酸,与α-酮戊二酸生成相应的酮酸和L-谷氨酸。目前,BCAT已应用于包括L-叔亮氨酸在内的非天然氨基酸及支链酮酸的生物合成。尽管BCAT具有巨大的潜力,但绝大多数的酶仍然缺乏广泛的底物范围和活性,因此研究新来源和新型酶具有很大的前景。本论文中,我们通过生物信息学的手段挖掘出4种不同来源的BCAT,并在大肠杆菌中进行了克隆、表达及纯化。在进行了活性对比后,选择了来源于假单胞菌来源的BCAT(PsBCAT),进一步对其酶学性质和晶体结构进行了分析研究。酶学性质研究结果表明,PsBCAT的最适反应pH、温度及PLP浓度分别为8.5、40oC、10 mM。PsBCAT表现出相对较宽的底物谱,并且对L-亮氨酸,L-缬氨酸,L-异亮氨酸和L-苯丙氨酸具有显着高的活性,活性分别为105 U/mg,127 U/mg,115 U/mg和98 U/mg。另外,PsBCAT对芳香族氨基酸如L-氨基酸,L-组氨酸,L-赖氨酸和L-苏氨酸具有活性。同时,为了分析PsBCAT的催化机理,本论文还解析了PsBCAT的晶体结构。基于确定的晶体结构,我们发现底物结合口袋存在一些差异,这可能影响酶的底物特异性。此外,在实际应用中,与来源于枯草芽孢杆菌的鸟氨酸氨基转移酶(BsOrnAT)进行偶联,并将偶联系统应用于L-叔亮氨酸的合成,最终转化率可以达到83%,这证明了PsBCAT能有效的催化L-叔亮氨酸的不对称合成,而偶联系统可用于除去抑制性副产物,并将反应平衡转向产物形成。综上所述,本文对PsBCAT的结构和功能特征进行了详细分析,该信息将在酮酸与手性氨基酸的合成中发挥重要作用,有利于氨基转移酶工业生产酮酸及对映体手性氨基酸。(本文来源于《新疆大学》期刊2019-05-27）
张珂嘉[7]（2019）在《七鳃鳗LIP蛋白晶体结构解析和相关位点突变的活性鉴定》一文中研究指出七鳃鳗属于原始的无颌类脊椎动物,是研究免疫起源与进化的重要模式生物。本实验室发现七鳃鳗体内存在一种具有细胞毒性作用的蛋白分子,并命名为LIP(Lamprey Immune Protein)蛋白。现已比较深入的了解到这种独特蛋白的信息及功能,比如对多种癌细胞具有强烈的杀伤活性,并且对于正常细胞没有杀伤现象,以及从多个角度证实了LIP蛋白能够损伤肿瘤细胞的细胞膜和细胞器,并明确了LIP蛋白作用肿瘤细胞的信号通路等,这就为LIP能够作为治疗肿瘤药物提供了实验基础。天然活性的LIP蛋白是否有翻译后修饰现象至今未知。本研究通过DIA蛋白质组学定量技术检测到LIP蛋白存在多种不同的修饰方式,在Asn286具有N-糖基化残基修饰,在Ser295具有O-糖基化残基修饰,为检测糖基化位点的作用,将这两个氨基酸均突变为Ala称为第一号突变体LIPN286A和第二号突变体LIPS295A。为能够深入探究LIP空间结构方面的信息,随后解析LIP蛋白结晶结构,通过数据收集、相位解析、分析数据后建模得出LIP蛋白结构为P4_32_12空间群,分辨率为44.5~2.25?。LIP中存在一个与甘油分子稳定结合的氢键网络,并发现Asp135残基位于与配体结合的最中心位置,遂将这个氨基酸残基突变为Ala作为第叁号突变体LIP~(D135A),进而确定这个残基位点对LIP的空间构造是否具有重要作用。LIP晶体结构解析还显示其具有Jacalin-like和Aerolysin两个结构域,将LIP通过与其结构类似的斑马鱼气单胞菌家族蛋白Dln1(Danio rerio aerolysin-like protein 1)同源建模后,发现二体相互作用面上的Met158、Phe229和Pro163、Phe227残基彼此能够形成氢键,将这四个氨基酸突变成半胱氨酸,期望在突变体中形成二硫键,此作为第四号突变体LIP~(M158C-F229C)和第五号突变体LIP~(P163C-F227C)。氨基酸序列比对和疏水性分析表明,LIP的一段氨基酸链(Phe209至Gly232)可形成两个含有疏水亲水残基的两亲性β链,遂将这一氨基酸链去除作为第六号突变体LIP~(Ser212-Ala238)。通过圆二色谱和荧光光谱检测LIP蛋白及六种突变体蛋白二级结构,发现它们都是以β片层为主,除突变体LIP~(Ser212-Ala238)变得更亲水外,其它突变体二级结构没有较大差异。LDH检测细胞活力实验发现突变体LIP~(D135A)、LIP~(M158C-F229C)和LIP~(P163C-F227C)不能与癌细胞膜表面特异性结合并丧失了杀伤作用,结果说明二体相互作用面上彼此形成氢键的Met158、Phe229和Pro163、Phe227残基和氢键网络中心的Asp135残基对于LIP蛋白特异性识别并杀伤癌细胞有重要作用;而LIP和LIP~(S295A)蛋白对MCF-7细胞显示明显的杀伤作用,在免疫荧光检测结果中LIP、LIP~(N286A)和LIP~(S295A)蛋白均定位于HeLa细胞的细胞膜上,并且呈现荧光颗粒状。免疫印迹结果显示LIP、LIP~(N286A)和LIP~(S295A)蛋白以多聚体形式存在细胞膜上。突变体LIP~(S295A)和野生型LIP蛋白的活性相似度很高,说明Ser295位点的O-糖基化残基的去除不影响LIP蛋白功能;突变体LIP~(N286A)保留与LIP蛋白可特异性结合细胞膜的这一功能下对细胞没有明显的杀伤作用,说明Asn286位点的N-糖基化残基的去除能够在不影响和细胞膜结合的情况下极大的减弱LIP的杀伤作用。值得注意的是,LIP~(N286A)突变体蛋白对MCF-7细胞不仅没有明显的杀伤作用,而且可以与细胞膜表面特异性结合,超高荧光显微镜结果表明LIP~(N286A)突变体蛋白与商品化的膜标记染料Cholera Toxin Subunit B Cenjugates Alexa 555在细胞膜表面不完全重合,证明了可以将LIP~(N286A)突变体蛋白开发成为一种新型的细胞膜染料。(本文来源于《辽宁师范大学》期刊2019-05-01）
陈洪[8]（2019）在《基于叁维电子衍射的类矿物纳米晶晶体结构解析》一文中研究指出以天然沸石为代表的多孔矿物由于具有纳米、亚纳米级的孔道结构,其晶体往往停留在纳米级,难以发育成尺寸满足单晶X射线衍射结构解析所需的微米级尺寸单晶,因而,其晶体尺寸大小成为困扰新矿物结构测定、限制发现纳米级尺寸新矿物的速度的瓶颈。过去几年,随着叁维电子衍射技术的发展,叁维电子衍射已成为一个非常强大的纳米级晶体结构确定新方法,它在很多方面与传统的X射线衍射技术相比,具有难以比拟的优点。结合叁维(本文来源于《中国矿物岩石地球化学学会第17届学术年会论文摘要集》期刊2019-04-19）
贾长伟[9]（2019）在《叁种K-GaAl_(12)晶体制备、结构解析及两种水解模式的探究》一文中研究指出铝的溶液化学是众多学术领域研究的热点,铝水解形成的聚铝化合物是地球化学、生物化学、环境化学等多学科研究的焦点,目前已被广泛用作除味剂、表面活性剂、催化剂及水处理中的铝系高效絮凝剂和吸附剂等。其中典型的聚铝化合物包括Keggin-Al_(13)(笼状结构,中心为四面体,外围12个AlO_6八面体,简称K-Al_(13))和Plant-Al_(13)(板挂式平面结构,以下简称P-Al_(13)),也是聚合铝中的最佳凝聚-絮凝形态,在水处理中占有很大的比重,那么无论将其溶于水形成溶液投加到污水样中还是直接投入使用,都要保证聚合物要有水溶性。由于制备K-Al_(13)强制水解过程受诸多因素(包含碱化度、碱液浓度、加减速度、老化时间、pH、温度、离子强度及温度等等)影响,制备方法(如固体碱化法、电解法以及慢速滴碱法等)都较为繁杂,且很难制备得到纯的K-Al_(13)还需要后续分离纯化的过程,例如硫酸沉淀-钡盐置换法。本论文首先探索K-GaAl_(12)化合物晶体的制备方法,并获得叁种晶体。获得了一种直接制备K-GaAl_(12)氯化物晶体的方法。本文得到叁种Keggin结构的晶体都以[GaO_4Al_(12)(OH)_(24)(H_2O)_(12)]~(7+)为聚合阳离子。第一个晶体分子式为[GaO_4Al_(12)(OH)_(24)(H_2O)_(12)]Cl_7·10H_2O,该晶体结晶于四方晶系P4_12_12空间群,其晶胞参数为a=19.0310(6)?、b=19.0310(6)?、c=36.4071(13)?。合成过程将P-Al_(13)溶于水中进行老化,发生形态转变为K-Al_(13),再加入GaCl_3溶液,室温下20天后长出晶体。为首次直接从水溶液中获得K-GaAl_(12)氯化物晶体。该法重复性低。第二个晶体分子式为[GaO_4Al_(12)(OH)_(24)(H_2O)_(12)]Cl(C_(10)H_6SO_3)_6?19H_2O,(C_(10)H_6SO_3以下简称NS),晶体为叁斜晶系,P1空间群。晶胞参数a=9.6625(6)?,b=14.2903(9)?,c=20.3964(13)?,α=90.92(0)°,β=90.47(0)°,γ=97.79(10)°。合成过程是在第一个晶体制备方法上引入2-萘磺酸钠进行捕捉,溶液体系是水和甲醇的混合体系,15天后得到晶体。结合以上两个晶体制备的方法,制得第叁个晶体分子式为[GaO_4Al_(12)(OH)_(24)(H_2O)_(12)]Cl_7·10.5 H_2O,K-GaAl_(12)氯化物聚合产物。该晶体结晶于叁方晶系,R-3空间群。晶胞参数a=17.7200(2)?,b=17.7200(2)?,c=32.1759(3)?。合成过程为通过自发水解反应将纯品PAC制备出来,溶于甲醇溶剂,再将氯化镓固体溶于溶液中,在常温下结晶得到K-GaAl_(12)氯化物晶体,该法易重复。制备的纯品固体K-GaAl_(12)具有以下优点:固体中不含有Na_2SO_4,BaCl_2,AlCl_3,NaOH等杂质,为Keggin结构聚合物的纯品,制备方法简单,无需用到任何沉淀剂或捕获剂。本方法所得到的固体产物极易溶于水,在水处理中可作为固态絮凝剂直接投入使用。本论文还探究强制水解和自发水解两种不同水解模式的对铝水解形态的影响。强制水解法通过直接提供OH~-,使溶液局部碱化度升高,与Al~(3+)聚合,形成聚铝化合物,而自发水解是通过向体系中加入铝粉,与水反应释放出氢气和OH~-,即间接提供OH~-再与Al~(3+)聚合形成聚铝化合物。强制水解产物形态以Keggin-Al_(13)结构为主而自发水解产物形态以Plant-Al_(13)为主。由于强制水解中要直接提供OH~-,普遍用的原料为强碱NaOH,所以强制水解体系下就存在NaCl。是否NaCl限制了Plant-Al_(13)的生成?本论文探究NaCl对于利用强制水解制备P-Al_(13)的合成以及结晶的影响,同时还探究其它弱碱(在水体系中间接提供OH~-)如NaAlO_2、NaHCO_3对于两种水解模式的影响从而判断两种水解模式的联系。聚铝水解原理中不同碱化度(OH/Al)B对应不同物相区,利用强制水解预设碱化度在可制备P-Al_(13)的范围内,分析溶液~(27)Al NMR和固体XRD,体系中先结晶出NaCl物相最后结晶出P-Al_(13)物相,说明水解模式不是限定水解产物的决定性因素。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2019-04-18）
齐悦,杨洁,邓冬艳[10]（2018）在《Olex2程序解析晶体结构及精修的典型过程》一文中研究指出Olex2程序是晶体解析的免费软件,可在www.olex2.org网站注册下载,其具有衍射数据处理、结构解析和精修、画图以及准备发表文章用的各种表格等所有晶体结构分析所常用及必需的功能。主要介绍Olex2程序的主要功能、以及利用Olex2程序举例说明晶体结构的解析和精修过程。使学生了解X射线单晶结构分析的基本过程,为以后的科研打下坚实的基础。(本文来源于《实验室科学》期刊2018年06期）
晶体解析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
默诺霉素(Moenomycin)是一种磷酸糖脂类抗生素,具有优良的毒性选择性和耐药性低的特点,但默诺霉素药代动力学参数欠佳,阻碍了其被开发为新型抗生素。研究表明默诺霉素结构中末端脂肪链对默诺霉素的活性及水溶性有至关重要的影响。通过对默诺霉素合成过程中脂肪链的研究,更好的了解其结构和功能,
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
晶体解析论文参考文献
[1].魏振宏,陈超,丁顺民.晶体化学教学中单晶结构解析存在的问题[J].教师博览(科研版).2019
[2].韦泓丽,杨真真,郑迎迎,商娜,刘卫东.默诺霉素合成途径中关键酶TchmY晶体结构解析[C].第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集.2019
[3].马建涛.来源于Saccharomycescerevisiae的顺式异戊烯转移酶NUS1亚基的晶体结构解析[D].江南大学.2019
[4].冯永.来源于Penicilliumherquei的郝青霉素酮合成酶PhnH的晶体结构解析[D].江南大学.2019
[5].冯帆,姜棋予,孙慧伟,王祥喜,申立军.孕烷X受体配体结合结构域蛋白晶体的X线衍射结构解析[J].生物技术通讯.2019
[6].郑欣欣.一种假单胞菌来源的支链氨基酸氨基转移酶的酶学性质研究及晶体结构解析[D].新疆大学.2019
[7].张珂嘉.七鳃鳗LIP蛋白晶体结构解析和相关位点突变的活性鉴定[D].辽宁师范大学.2019
[8].陈洪.基于叁维电子衍射的类矿物纳米晶晶体结构解析[C].中国矿物岩石地球化学学会第17届学术年会论文摘要集.2019
[9].贾长伟.叁种K-GaAl_(12)晶体制备、结构解析及两种水解模式的探究[D].内蒙古大学.2019
[10].齐悦,杨洁,邓冬艳.Olex2程序解析晶体结构及精修的典型过程[J].实验室科学.2018