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2008年12月5日，中国民用航空局、云南省人民政府联合批复昆明新机场总体规划。总投资230亿人民币。2012年6月28日投入转场使用。昆明长水国际机场规划目标近期两条宽距跑道，东跑道长4000米(由于空客A380的出现，实际东跑道建成4500米)，宽60米；西跑道长4000米，宽45米，东西两跑道间距1950米，飞机起降30.3万架次，旅客吞吐量3800万人次，货邮吞吐量95万吨，远期规划两组窄距跑道，共四条跑道，即建窄距380米的东次跑道长3200米，宽60米的副跑道，建窄距380米的西次跑道长3200米，宽45米的副跑道，目标年飞机起降45.6架次，旅客吞吐量6000万人次，货物吞吐量230万吨。国家“十一五”年昆明长水国际机场是中国两大国家门户枢纽机场之一，重新定为“国际航空枢纽”，总体规划目标为2030年满足旅客吞吐量1.2亿人次，年货物吞吐量300万吨，跑道规划总共5条，总投资900亿。
昆明长水机场的自然净空条件并不很好，只有端净空好，机场侧净空条件不是很好，表现为东西两侧都是山，东跑道离山脚最近的距离是1.5公里左右，西跑道离山脚最近的距离是2公里左右，决定了长水机场所建跑道都是平行的，理论上最多能建“六”条跑道，即“三组窄距跑道”，
落地落地
两组东跑道
上图是六条跑道的最佳示意图，向南运行，西边跑道复飞的航空器必须立即右转，避开中间跑道起飞或复飞的航空器；中间跑道起飞的航空器或复飞的航空器只能保持一边航迹；东边跑道复飞的航空器也只能保持一边航迹（因为东边跑道东边1.5—2公里是山区），这就与中间跑道起飞或复飞的航空器存在冲突。同理，向北运行，也是一样的道理。
下面对航空器起飞情况进行运行分析：
如上图所示：机场西边黑色箭头所指的都是山峰。东边（上图下面都是向东缓坡山峰）
从西边跑道向南起飞后的航空器必须立即右转，考虑到超障的要求，航空器起飞重量必须限制，导致航空器业载减少，影响效率及航班正常率;从东边跑道向南起飞后的航空器必须立即左转，同理，会导致航空器业载减少，影响效率及航班正常率。从西边跑道向北起飞后的航空器必须立即左转，同理，会导致航空器业载减少，影响效率及航班正常率;（或者把机场北边靠西的山削低，就不会限制航空器的起飞全重了）。从东边跑道向北起飞后的航空器必须立即右转，目前向北起飞暂不影响航空器的起飞重量。
三组跑道各自独立运行的机会非常小，必须在天气好（无低云、低能见度、大风、乱流、风切变）同时都满足的条件下才能运行。最重要的是投入非常巨大，大量的资金用来削山填谷，（据说老巴山航管雷达站也要搬迁，西边花箐村要整体搬迁，西边新建跑道还不在一个平面上），投入与产出完全不成正比，还不如重新选址建另一个机场。目前长水机场两条跑道相距1950米，都还未实现真正意义上的独立进近，因为TCAS（空中交通警戒与防撞系统）会告警。
长水机场建六条跑道，不能发挥六条跑道的效率，同理，五条跑道也是一样，中间跑道的运行效率就更低了，只能最多每小时起降20架次，正常情况下只能发挥4.38-4.5条跑道以下的功能。笔者认为必须放弃五跑道和六跑道的建设。
长水国际机场的最佳跑道应该是两组窄距长跑道，东边一组东次跑道的长度应该增加到4500米，宽60米，与主跑道间隔380米，；西边一组，西次跑道长4000米，宽45米与主跑道间隔380米。原因有两点：第一：长水机场地处云贵高原，属卡斯特地貌，因此地面沉降的可能性很大（因建长水机场的沉降时间不够），仅把次跑道作为降落跑道是不够的，一旦主跑道长时间不能用，作为“国际航空枢纽”就太被动了。第二：长水机场的低云、低能见度的天气相对比较多，建二类仪表着陆系统是必须的。
长水国际机场最理想的跑道构型应该是两组窄距长跑道。如图所示：
两组东跑道
如图所示：向南运行，从西边跑道起飞或复飞航空器可以立即右转与东边运行的航空器建立安全间隔；从东边跑道起飞或复飞航空器可以保持一边航迹。同理，向北运行，从西边跑道起飞或复飞航空器可以立即左转与东边运行的航空器建立安全间隔；
那为什么不能建宽距的两组跑道，就是因为这两组跑道各自不能独立运行。建所谓的“宽距”跑道也是巨大的浪费。
但从实际的运行情况下来看，建四条跑道是最佳的选择，这是为什么呢？不管是窄距跑道，还是宽距跑道，都只能隔离运行，即这组跑道的一条跑道用于起飞，另一条跑道用于落地，起飞和落地的飞机必须同时在各自的跑道上同时运行。如果不这样，快要着陆的航空器复飞（某种原因导致不能正常着陆的飞行方式）与刚好起飞的航空器会产生严重冲突，甚至相撞。因为两个航空器都不能转弯，特别是起飞的航空器，(因为侧方1.95公里处也有航空器起飞；而复飞航空器（原来着陆的航空器），也不能立即转弯避让，因为侧方是高山。也就是花很大的投资(土石方量非常大，特别是西边)，其结果不是最大效益，还有现在的长水航城许多房屋都会成为超高建筑；东侧南边桥上的灯杆（最高处）可能超净空。
另外，也是最重要的一点，把投资真正用到刀刃上。这两组跑道正常情况下，着陆跑道用于着陆，其落地后都要穿滑起飞跑道到机位，建议高起点设计，即两头各修一条滑行道从起飞跑道末端穿滑到机位，高峰运行时，不穿滑起飞跑道，确保绝对安全，当然，穿滑起飞跑道的联络、滑行道也不能省，在流量稍小的时候，落地飞机可以直接穿滑起飞跑道到达停机位，以便节能减排提高效益。
2018年长水国际机场年起降架次360910架次,平均每天起降架次988.8架次，旅客年吞吐量达4709万人次，每个航班平均载客130人。
下面笔者从四条跑道的构型，从实际的情况来分析四条跑道能否满足“门户枢纽机场之一”，“国际航空枢纽”的需求。
中型机（C类航空器）的尾流间隔是6公里，但在实际运行中要按8公里来运作（着陆航空器必须正常接地，起飞航空器才能滑跑起飞，防止复飞航空器与起飞航空器发生冲突），笔者实地记录了五边8公里航空器落地所需的时间大约是112秒，着陆跑道一小时可以落地32架次，那么另一条跑道就可以起飞32架次，共64架次，每天运行20小时，这一组跑道达到1280架次；同理，另一组跑道也是1280架次，每天共2560架次，年起降934400架次，每个航班平均载客130人，每一天的载客量是332800人次，一年可达到12147200人次(1.21472亿人次)
重型机（D类航空器）的尾流间隔是8公里，但在实际运行中要按10公里来运作（理由同上），笔者实地记录了五边10公里航空器落地所需的时间大约是138秒，着陆跑道一小时可以落地26架次，那么另一条跑道就可以起飞26架次，共52架次，每天运行20小时，这一组跑道达到1040架次；同理，另一组跑道也是1040架次，每天共2,080架次，年起降759200架次，每个航班平均载客180人，每一天的载客量是374400人次，一年可达到136656000人次（1.36656亿人次）。这是跑道容量。
一个机场的容量可分为跑道容量，候机楼容量，空域容量，决定机场的最终容量是上述三种情况的最小值。最难改变的是空域容量。
笔者认为未来长水机场新四条跑道的构型，从跑道容量来看完全能满足“昆明门户枢纽机场之一”，“国际航空枢纽”的需求。
过去的2018年，三条跑道的首都机场旅客吞吐量是1亿100万人；两条跑道的香港国际机场旅客吞吐量7450万人。