导读:本文包含了差异蛋白质组学分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:大猿叶甲,Sip毒素蛋白(Sip),同位素相对标记与绝对定量技术(iTRAQ),差异蛋白
差异蛋白质组学分析论文文献综述
尹彦力,沙君雪,张悠然,谭佳丽,孙敬[1]（2019）在《应用iTRAQ定量蛋白质组学技术分析Sip毒素蛋白处理后的大猿叶甲差异蛋白》一文中研究指出Sip毒素蛋白(secreted insecticidal protein, Sip)是苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis, Bt)杀虫家族中的分泌型杀虫蛋白,对鞘翅目幼虫表现出毒性。大猿叶甲(Colaphellus bowringi)是常见的十字花科害虫,Sip蛋白对大猿叶甲具有较高的杀虫活性。本实验运用同位素相对标记与绝对定量技术(isotope relative labeling and absolute quantification technique, iTRAQ)分析Sip蛋白处理后大猿叶甲的差异蛋白,同时对其进行功能注释、富集分析。通过ProteinpilotTMV4.5软件进行定量分析,在基因本体数据库(Gene Ontology, GO)、蛋白相邻类的聚簇数据库(Cluster of Orthologous Groups of proteins, COG)对其进行功能注释,并对其进行KEGG通路分析,同时对所有显着性差异表达蛋白进行GO及KEGG通路分析。与对照组比对后,在实验组中鉴定出具有定量信息的蛋白质47个,包含27个上调蛋白和20个下调蛋白。通过GO、COG功能注释和KEGG分析,发现这些差异蛋白主要涉及结合和催化活性等分子功能;主要参与细胞进程和代谢进程等生物过程;预测到这些差异性蛋白可能有的功能为翻译后修饰,蛋白质周转,伴侣、翻译,核糖体结构和生物合成等。通过富集分析,发现这些差异蛋白主要有核核小体、非包膜细胞器、细胞内非包膜细胞器、核小体、核糖体、COPI包膜囊泡、蛋白质-DNA复合物、分泌颗粒、核染色质、高尔基体堆等生物学功能。本研究发现,在经过Sip毒素蛋白处理后,Bt毒素常见的一些受体发生了差异性表达,如钙黏蛋白(cadherin),氨肽酶N (aminopeptidase N, APN),碱式磷酸酶(alkaline phosphatase, Alp),G蛋白(G-protein)。本研究结果为Sip毒素作用机理的研究提供参考,并为Sip毒素的蛋白质组学研究提供科学参考。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年10期）
饶希午,沈卫星,陈婷婷,孙东东,苗筠杰[2]（2019）在《蛋白质组学分析益气养阴法作用于肝癌大鼠的血清蛋白差异表达研究》一文中研究指出目的:观察基于癌毒病机制论的临床验方——消癌解毒方的益气养阴组分药—太子参和麦冬对肝癌大鼠血清蛋白差异表达的影响。方法:30只SD雄性大鼠随机分为正常组(n=10)、模型组(n=10)、益气养阴组(n=10)。给予模型组与益气养阴药组大鼠0.01%DEN(Sigma,纯度为99.9%,蒸馏水配制)溶液自由饮用8周后,停药2周,期间改为普通喂养,继续给药喂养6周。益气养阴组大鼠于第4周同时给予2.75 g·kg~(-1)·d~(-1)的太子参、麦冬水提液灌胃,每周6 d。模型组于第4周同时给予0.9%生理盐水灌胃,1 mL/d,每周6 d。大鼠于第16周灌胃结束后全部处死,取血清样本。将3组血清样本进行TMT肽段标记,质谱鉴定,应用KOBAS软件分析叁组差异表达蛋白质的生物信息学。结果:共鉴定到1151个蛋白点。模型组与正常组相比,差异表达明显的蛋白共234个,包含正调控蛋白151个,负调控蛋白83个。益气养阴组与模型组相比,差异表达明显的蛋白共116个,包括正调控蛋白47个,负调控蛋白69个;对差异表达蛋白对应基因于PUBMED数据库逐一进行检索,发现这些差异表达蛋白与代谢、免疫调控、炎症反应、氧化应激、细胞周期与凋亡、肿瘤转移、肝再生修复等均相关。信号通路分析涉及PPAR代谢、谷胱甘肽代谢、糖酵解等多条代谢相关通路。免疫相关的Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)信号转导通路的激活,癌基因相关如Ras、PI3K、P53通路等的调控,分析结果亦提示有细胞因子介导的炎症反应,自噬,细胞黏附分子,NK细胞介导的细胞毒性,细胞周期等的变化。结论:本研究证实太子参、麦冬—益气养阴法作用于肝癌大鼠有多靶点,多中心的调控作用。(本文来源于《辽宁中医杂志》期刊2019年09期）
欧阳楠,余晓凡,王进,李建祥[3]（2019）在《基于TMT蛋白质组学与生物信息学分析香烟烟雾对BEAS-2B细胞染毒的差异蛋白研究》一文中研究指出目的探究永生化人支气管上皮细胞(BEAS-2B)香烟烟雾长期染毒后蛋白组学表达差异。生物信息学分析以期研究非小细胞肺癌的发生、发展相关蛋白质的变化规律,有利于肿瘤早期诊断相关生物标志物的发现。材料和方法选取对数生长期的BEAS-2B细胞以每孔1×105的细胞密度接种于Transwell膜中,将Transwell培养皿放置于细胞气体染毒装置中进行染毒,细胞连续染烟2次记作染烟1代,共染烟30代。从BEAS-2B、S5、S20、S30细胞中提取总蛋白,使用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术,胰酶酶解后用TMT标记肽段,随后使用高效液相色谱分级,并用液相色谱-质谱串联分析,通过质谱定量分析检测出肽段对应在每个样本中的定量值,采用蛋白所对应特异性肽段的定量值中值作为该蛋白的定量值,以达到对蛋白质的定量检测。采用1.2倍作为差异表达倍数值Fold change筛选出差异表达蛋白,进行GO和KEGG等生物信息学分析。将不同染烟代数细胞中的差异表达蛋白取交集,筛选出随染烟代数增加表达趋势一致的蛋白。结果本试验共鉴定到6487个蛋白,其中5579个可定量。共筛选出279个差异表达蛋白(Fold change>1.2,P<0.05),其中上调蛋白有131个,下调的蛋白有148个。GO分析可以发现差异表达蛋白的分子功能主要为结合作用;在细胞成分中,差异表达蛋白富集位置主要集中在细胞和细胞器、细胞膜方面;主要涉及的细胞过程有细胞进程、单生物进程、生物调节、刺激反应和代谢过程。对差异表达蛋白进行了亚细胞结构定位的预测,结果显示差异表达蛋白主要定位于细胞质和细胞核中。KEGG Pathways分析显示差异表达的蛋白共参与了50条信号通路,其中癌症的中心碳代谢通路(Central carbon metabolism)、DNA复制通路(DNA replication)、细胞粘附通路〔Cell adhesion molecules(CAMs)〕、细胞周期(Cell cycle)、PI3K-Akt通路均有明显富集。与BEAS-2B细胞相比,随着染烟代数的增加,各染烟组的差异表达蛋白数量也呈上升趋势,其中PTPRJ、PPME1、SLC7A5蛋白随染烟代数增加保持上调趋势;NT5E、ARHGDIB蛋白随染烟代数增加有持续下调趋势。结论筛选出多个与香烟烟雾的长期暴露导致人永生化支气管上皮细胞BEAS-2B恶性转化的差异表达蛋白,其通路显示与肿瘤的发生、发展关联。(本文来源于《中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集》期刊2019-09-17）
余红,严建立,裘劼人,王淑珍,忻雅[4]（2019）在《草莓响应炭疽菌侵染的差异磷酸化蛋白质组学分析》一文中研究指出以不同炭疽病抗性的草莓品种‘红颊’和‘甜查理’的茎组织为试验材料,采用非标记定量磷酸化蛋白质组学技术分析其在炭疽菌侵染胁迫后磷酸化蛋白组的变化。结果表明,‘红颊’和‘甜查理’中分别有154个和173个磷酸化蛋白在病菌侵染后发生了1.5倍以上的差异表达。功能注释归类分析发现,大部分差异磷酸化蛋白参与了大分子复合体形成及结构定位、刺激应答和信号转导等生物学过程。生物信息学分析进一步表明,相对于易感品种‘红颊’,高抗品种‘甜查理’差异磷酸化蛋白特异性表现出S*Y和T*F 2种保守结构域类型,且植物激素信号传导途径和碳固定途径都发生了更高程度的磷酸化。本研究结果揭示出,这些信号通路在防御病菌入侵过程中发挥了重要作用,为后续深入揭示草莓-炭疽病菌互作分子机制及草莓抗病新品种选育奠定了宝贵的理论研究基础。(本文来源于《浙江大学学报(农业与生命科学版)》期刊2019年04期）
余晓,涂艺声,叶丽婻,黄倩,袁慧慧[5]（2019）在《TMT蛋白质组学与生物信息学分析不同石杉碱甲含量的蛇足石杉叶状体的蛋白差异》一文中研究指出目的分析不同石杉碱甲(Hup A)含量蛇足石杉叶状体(离体培养物,分别为株系A、B、C)的蛋白差异,探究可能与Hup A积累合成的相关酶。方法利用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)技术对不同株系蛇足石杉叶状体进行定量蛋白质组学检测和鉴定,再对差异蛋白进行GO和KEGG等生物信息学分析。结果株系B的Hup A含量最低,株系C的Hup A含量最高,是B的2倍,株系B和C两者有78个差异蛋白,且差异蛋白GO富集分析,分子功能(MF)所占比例为28.75%;通过不同株系间蛋白质差异表达的比对,分析得到这3个株系在以氨基酸为起始的生物碱代谢通路中共有2种差异蛋白(P93541、Q8RXU4)。P93541蛋白在Hup A低含量的株系B中表达下调,在相对高含量的株系A和C中均上调;而Q8RXU4蛋白在低含量的株系B中表达上调,在相对高含量的株系A和C中均表达下调。结论 Hup A含量差异与蛋白表达差异呈正相关,分析得到2种可能与Hup A积累相关的酶P93541、Q8RXU4,为Hup A生物合成生物信息学分析提供了依据。(本文来源于《中草药》期刊2019年12期）
史晓林,杨依然,刘钟,李春雯,梁博程[6]（2019）在《基于蛋白质组学方法分析绝经后骨质疏松症全血差异蛋白》一文中研究指出目的:基于蛋白质组学方法筛选绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)全血差异蛋白。方法:选择7例PMOP患者(骨质疏松组)和7例绝经后骨量正常女性(骨量正常组)作为研究对象。空腹抽取静脉血,采用高效液相色谱-串联质谱技术筛选PMOP全血差异蛋白,选取其中发生显着变化的差异蛋白进行生物信息学分析。结果:①差异蛋白鉴定及筛选结果。应用高效液相色谱-串联质谱技术共定量检测到102个PMOP差异蛋白质,其中25个蛋白质位点表达上调、77个蛋白质位点表达下调。68个蛋白质两组差异倍数超过2.0,其中39个蛋白质两组差异倍数有统计学意义(P<0.01)。②生物信息学分析结果。基因功能注释发现,差异蛋白主要参与的细胞活动为单一生物过程、细胞代谢过程、细胞生物调节、对刺激和代谢过程的反应,主要的分子功能为催化活性和结构分子活动。亚细胞定位分析发现,102个差异蛋白质中,位点表达上调的25个差异蛋白全部位于细胞内,位点表达下调的77个差异蛋白中,19个在细胞外,其他均在细胞内。39个目标差异蛋白相互作用网络图显示,蛋白酶体亚基α型-7(proteasome subunit alpha type-7,PSMA7)、蛋白酶体亚基β型-7(proteasome subunit beta type-7,PSMB7)、蛋白酶体亚基β型-3(proteasome subunit beta type-3,PSMB3)、蛋白酶体亚基α型-1(proteasome subunit alpha type-1,PSMA1)、神经前体细胞表达发育下调因子8(neural precursor cell-expressed developmentally downregulated 8,NEDD8)、DNA损伤结合蛋白1(DNA damage-binding protein 1,DDB1)、RAD23A、UBA52等蛋白位于相互作用网络节点的中心。结论:以全血作为样本采用蛋白质组学方法可筛选出数量丰富的PMOP差异蛋白,其中PSMA7、PSMB7、PSMB3、PSMA1、NEDD8、DDB1、RAD23A、UBA52可能是PMOP的潜在有效血液标志物。(本文来源于《中医正骨》期刊2019年06期）
米超,赵艳宁,刘自刚,孙万仓,邹娅[7]（2019）在《白菜型冬油菜响应干旱胁迫差异蛋白质组学和HSC70-1基因克隆及表达分析》一文中研究指出为探索白菜型冬油菜抗旱机理,采用双向电泳结合液相色谱-质谱技术分析抗旱冬油菜品系DR-5差异蛋白质组变化,克隆其差异蛋白热激同源蛋白70(heat shock cognate protein 70)基因HSC70-1,研究干旱胁迫对白菜型冬油菜HSC70-1表达的影响。质谱鉴定出23个差异蛋白质,分别参与刺激响应(5)、糖/能量代谢(6)、脂代谢(2)、信号转导(1)、氨基酸/蛋白质代谢(2)、核酸代谢(1)、细胞骨架(1)、光合作用(2)、伴侣蛋白(3)。同源克隆得到1 911bp的HSC70-1基因完整开放阅读框,编码637个氨基酸残基。所编码的蛋白HSC70是稳定的疏水性蛋白质,含有HSP蛋白家族特有的核酸结合功能区及底物结合功能区,有5个活性口袋,氨基酸序列与白菜型油菜(Brassica rapa)HSC70氨基酸序列相似度达98%。实时荧光定量和半定量分析HSC70-1基因干旱胁迫下表达,发现HSC70-1在叶片中上调表达。本研究结果为冬油菜抗旱育种提供了理论基础。(本文来源于《中国油料作物学报》期刊2019年02期）
李晓亮,杨志刚,马希涛,王朝杰[8]（2019）在《人肺腺癌及癌旁组织的差异蛋白质组学分析》一文中研究指出目的通过分析人低分化腺癌、中分化腺癌及癌旁远端正常组织的差异蛋白,寻找与肺腺癌发病相关的蛋白。方法利用双向凝胶电泳的方法分离肺腺癌及癌旁组织的蛋白质,通过图像扫描寻找差异蛋白点,进而应用基质辅助激光电离飞行时间质谱得到肽质量指纹图谱,对比数据库确定差异蛋白。结果人中分化腺癌及癌旁远端正常组织、低分化腺癌及癌旁远端正常组织的平均蛋白点数分别为1810±167、1704±53、2066±144、1549±33。选取差异2倍以上蛋白点进一步分析,发现与肺腺癌相关的蛋白质共14个。结论双向凝胶电泳技术结合基质辅助激光电离飞行时间质谱可鉴定肺腺癌及癌旁远端正常组织的差异蛋白,为早期诊断肺癌,判断预后奠定基础。(本文来源于《临床肺科杂志》期刊2019年04期）
李晓亮,杨志刚,马希涛,王朝杰[9]（2019）在《中分化肺腺癌及癌旁组织中差异蛋白质组学分析》一文中研究指出目的分析人中分化肺腺癌及癌旁正常组织中的差异蛋白,寻找与肺腺癌发病相关的蛋白质。方法利用双向凝胶电泳法分离肺腺癌及癌旁正常组织中的蛋白质,通过图像扫描寻找差异2倍以上蛋白点,进而应用基质辅助激光电离飞行时间质谱得到肽质量指纹图谱,对比数据库确定差异蛋白。结果肺腺癌组织及癌旁正常组织平均蛋白点数分别为1 810±167、1 704±53。共筛选出18个差异蛋白点,其中13个差异蛋白点在肺腺癌组织中表达上升。结论双向凝胶电泳技术结合基质辅助激光电离飞行时间质谱可鉴定肺腺癌及癌旁正常组织的差异蛋白,为早期诊断肺癌、判断预后提供依据。(本文来源于《新乡医学院学报》期刊2019年04期）
王成良[10]（2019）在《蛋白质组学技术下人皮肤鳞状细胞癌细胞和基底细胞癌细胞中差异蛋白质分析》一文中研究指出目的研究分析蛋白质组学技术下人皮肤鳞状细胞癌细胞和基底细胞癌细胞中的差异蛋白质。方法选取购自美国菌种保藏中心的皮肤鳞状的细胞癌的细胞系A-431和皮肤基底的细胞癌的细胞系TE354.T,首先对细胞进行培养,等到细胞生长到培养瓶面的面积91%时候,提取样品的蛋白,使用Bradford方法检测样品蛋白蛋白质的浓度;通过IPG预制的干胶条重水化,进行等电聚焦电泳,并制作11%聚丙烯酰胺凝胶,而后平衡IPG的胶条,随后进行第二向的垂直板的SDS-PAGE电泳,使用考马斯亮兰的染色法对交替进行染色,使用扫描仪对图像进行扫描,得到样品蛋白的双向凝胶点用的图谱,分析图谱找到蛋白质点的差异。结果鳞状细胞系(A-431)的蛋白液在595 nm波长内吸光度为1.104,带入方程计算得出蛋白质的浓度是1150.7μg/ml;基底细胞系(TE.354.T)在595 nm波长内吸光度为0.898,带入方程计算得出蛋白质的浓度是936.1μg/ml。对2种细胞系蛋白双向凝胶电泳的图谱对比分析,在2组凝胶内共有19个蛋白质的斑点表达,差异显着,具有统计学意义(P <0.05),其中在鳞状癌细胞内表达下降有2个蛋白,在鳞状癌细胞内表达上升有13个蛋白,基底的癌细胞内没有检测出有4个蛋白。结论基底细胞系与鳞状细胞系内提取蛋白样品进行的双向电泳图谱内有差异存在,这些差异的蛋白质是影响2种肿瘤在转移方面存在差异的主要因素。(本文来源于《实用癌症杂志》期刊2019年01期）
差异蛋白质组学分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:观察基于癌毒病机制论的临床验方——消癌解毒方的益气养阴组分药—太子参和麦冬对肝癌大鼠血清蛋白差异表达的影响。方法:30只SD雄性大鼠随机分为正常组(n=10)、模型组(n=10)、益气养阴组(n=10)。给予模型组与益气养阴药组大鼠0.01%DEN(Sigma,纯度为99.9%,蒸馏水配制)溶液自由饮用8周后,停药2周,期间改为普通喂养,继续给药喂养6周。益气养阴组大鼠于第4周同时给予2.75 g·kg~(-1)·d~(-1)的太子参、麦冬水提液灌胃,每周6 d。模型组于第4周同时给予0.9%生理盐水灌胃,1 mL/d,每周6 d。大鼠于第16周灌胃结束后全部处死,取血清样本。将3组血清样本进行TMT肽段标记,质谱鉴定,应用KOBAS软件分析叁组差异表达蛋白质的生物信息学。结果:共鉴定到1151个蛋白点。模型组与正常组相比,差异表达明显的蛋白共234个,包含正调控蛋白151个,负调控蛋白83个。益气养阴组与模型组相比,差异表达明显的蛋白共116个,包括正调控蛋白47个,负调控蛋白69个;对差异表达蛋白对应基因于PUBMED数据库逐一进行检索,发现这些差异表达蛋白与代谢、免疫调控、炎症反应、氧化应激、细胞周期与凋亡、肿瘤转移、肝再生修复等均相关。信号通路分析涉及PPAR代谢、谷胱甘肽代谢、糖酵解等多条代谢相关通路。免疫相关的Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)信号转导通路的激活,癌基因相关如Ras、PI3K、P53通路等的调控,分析结果亦提示有细胞因子介导的炎症反应,自噬,细胞黏附分子,NK细胞介导的细胞毒性,细胞周期等的变化。结论:本研究证实太子参、麦冬—益气养阴法作用于肝癌大鼠有多靶点,多中心的调控作用。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
差异蛋白质组学分析论文参考文献
[1].尹彦力,沙君雪,张悠然,谭佳丽,孙敬.应用iTRAQ定量蛋白质组学技术分析Sip毒素蛋白处理后的大猿叶甲差异蛋白[J].农业生物技术学报.2019
[2].饶希午,沈卫星,陈婷婷,孙东东,苗筠杰.蛋白质组学分析益气养阴法作用于肝癌大鼠的血清蛋白差异表达研究[J].辽宁中医杂志.2019
[3].欧阳楠,余晓凡,王进,李建祥.基于TMT蛋白质组学与生物信息学分析香烟烟雾对BEAS-2B细胞染毒的差异蛋白研究[C].中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集.2019
[4].余红,严建立,裘劼人,王淑珍,忻雅.草莓响应炭疽菌侵染的差异磷酸化蛋白质组学分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版).2019
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[8].李晓亮,杨志刚,马希涛,王朝杰.人肺腺癌及癌旁组织的差异蛋白质组学分析[J].临床肺科杂志.2019
[9].李晓亮,杨志刚,马希涛,王朝杰.中分化肺腺癌及癌旁组织中差异蛋白质组学分析[J].新乡医学院学报.2019
[10].王成良.蛋白质组学技术下人皮肤鳞状细胞癌细胞和基底细胞癌细胞中差异蛋白质分析[J].实用癌症杂志.2019