导读:本文包含了计算机虚拟筛选论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:非洲猪瘟病毒,天然产物,海洋化合物,非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X
计算机虚拟筛选论文文献综述
王卓亚,李阳阳,徐锡明,于日磊,魏志强[1]（2018）在《以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X为靶点的海洋药物计算机虚拟筛选》一文中研究指出目的从天然产物中高效快速地筛选出一批有效针对非洲猪瘟病毒的药物苗头化合物,为寻找能抑制猪瘟蔓延的生物饲料提供线索。方法利用计算机辅助药物设计技术,以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X的DNA结合区为靶点,进行虚拟筛选,在陆生和海洋天然产物中,化合物通过文献搜索和数据库查询明确部分天然产物的来源。结果从陆生天然产物库中筛选出16个苗头化合物,其中有5个源自中国;在海洋化合物数据库MarinChem3D中得到了59个苗头化合物,其中有8个源自中国。结论中国境内分布有13种潜在的具抑制非洲猪瘟效果的天然产物,其中大部分来源于海洋生物。(本文来源于《中国海洋药物》期刊2018年06期）
陈鑫,宋佳,陈耀贤,薛长湖,唐庆娟[2]（2018）在《海藻中降血糖成分的计算机虚拟筛选》一文中研究指出海藻作为一种高产易得、具有食药两用价值的海洋生物食品,含有多种生物活性物质,对其降血糖的机理探究成为当前研究热点。已有研究表明,α-葡萄糖苷酶抑制剂和DPP-4抑制剂能有效降血糖。本研究旨在通过计算机模拟辅助技术,探究海藻中是否含有两种酶的有效抑制成分。综合考虑对接软件打分值、目标分子同自配体之间的结构相似性及蛋白配体之间的相互作用,选用已知结构的23种果蔬小分子进行分子对接,建立α-葡萄糖苷酶抑制剂和DPP-4抑制剂的筛选方法。将筛选获得的果蔬小分子进行体外酶活验证,结果与阳性对照药物阿卡波糖和小檗碱十分接近,由此验证了计算机虚拟筛选方法的可行性。对课题组前期解析出的276种海藻小分子进行虚拟筛选,共获得12个有效的酶活抑制成分。本研究为阐明海藻降血糖的机理提供了理论依据,为海藻的高值化利用指明了新的研究方向。(本文来源于《中国食品科学技术学会第十五届年会论文摘要集》期刊2018-11-07）
冯迪,刘湲,孙影,郑珩[3]（2018）在《基于计算机虚拟筛选技术寻找NDM-1抑制剂》一文中研究指出β-内酰胺类抗生素的广泛使用,使得越来越多的细菌产生由β-内酰胺酶介导的耐药性,针对丝氨酸β-内酰胺酶,目前已有克拉维酸、舒巴坦等抑制剂与临床常用抗生素配伍使用,但尚无金属β-内酰胺酶的有效抑制剂,因此,寻找金属β-内酰胺酶尤其是目前最受瞩目的新德里金属β-内酰胺酶-1[NDM-1(B1类)]的抑制剂是遏制"超级细菌"引起的感染最迫切的要求。虚拟筛选作为发现新的先导化合物、寻找新药物的有力手段,大大缩小了人工进行配体活性筛选研究范围。我们通过计算机虚拟筛选技术,利用Discovery Studio 2.5和GOLD 3.0平台,基于NDM-1晶体结构(PDB:3Q6X),从一个含有2059个天然产物分子的化合物库里筛选得到6个可能具有金属β-内酰胺酶NDM-1(B1类)抑制活性的化合物结构。(本文来源于《国外医药(抗生素分册)》期刊2018年02期）
何侃亮,李博,袁秋贞[4]（2017）在《杨梅素潜在作用靶点及机制计算机虚拟筛选研究》一文中研究指出目的:探讨杨梅素发挥药理活性的作用靶点及其分子机制。方法:利用Pharmmapper及DRAR-CPI平台分别预测杨梅素潜在作用靶点,对所得靶蛋白进行文献挖掘分析;用STRING平台对预测靶点进行生物信息学分析,获得靶蛋白的注释、蛋白互作信息并进行通路富集分析。结果:杨梅素发挥抗癌作用的潜在作用靶点可能为Pim-1、EGFR,此外还与PI3K-Akt及MAPK通路有关。讨论:杨梅素可能通过胆碱酯酶和β-分泌酶,以及影响Neurotrophin、ErbB通路发挥改善认知功能及抑郁样行为的作用。(本文来源于《陕西医学杂志》期刊2017年12期）
崔明超,崔文,陈少军,蔡伟,江海龙[5]（2016）在《基于计算机虚拟筛选技术的芹菜素靶标的预测》一文中研究指出目的利用计算机虚拟筛选技术对芹菜素的潜在靶标进行预测。方法采用PharmMapper网络服务器进行初步预测,利用PyRx0.8中的Autodock Vina模块进行分子对接,并结合文献挖掘进行验证,利用Discovery Studio 3.5对靶蛋白-小分子复合物的相互作用模式进行分析。结果 PharmMapper筛选显示芹菜素与胰岛素受体、17β-雌二醇脱氢酶1、组织蛋白酶K的结合较好;结合文献挖掘结果,发现胰岛素受体有相关实验研究,而其他2种则少见报道;利用分子对接技术分析芹菜素与靶蛋白核心氨基酸具有氢键、范德华力、静电作用力等相互作用。结论芹菜素的潜在靶标最有可能是胰岛素受体,而17β-雌二醇脱氢酶1和组织蛋白酶K也存在可能性。(本文来源于《重庆医学》期刊2016年27期）
史海龙,赵云飞,陈哲[6]（2016）在《传统中药数据库中HIV-1蛋白酶抑制剂计算机虚拟筛选》一文中研究指出目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCMSP)中快速搜索HIV-1蛋白酶(Protease,PR)的中药小分子抑制剂。方法:采用Scripps研究所的Auto Dock Vina软件,对蛋白质晶体结构数据库PDB中PR与小分子抑制剂沙奎那韦(Saquinavir)形成的复合物(PDB代码:1HXB)叁维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(沙奎那韦)为阳性对照,筛选出传统中药库TCMSP中2个类药性良好的化学成分与PR亲和力高于上市的抗艾滋病药物沙奎那韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计以及实验合成新的抗艾滋病药物。(本文来源于《辽宁中医药大学学报》期刊2016年10期）
史海龙,李军,魏敏慧,肖磊,李贤杨[7]（2016）在《传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选》一文中研究指出目的用分子对接方法从传统中药数据库(TCM Database@Taiwan)中筛选H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂。方法流感病毒中神经氨酸酶作为一个已经被证明的抗流感药物靶点,从蛋白晶体结果数据库(Protein Data Bank,PDB)中提取晶体结构文件,对其叁维结构活性部位进行分析,采用对接软件Auto Dock Vina与数据库中药物小分子进行高通量分子对接。结果得到3个亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦(Zanamivir)的天然小分子化合物,并确定了它们的中草药来源。结论该结果可促进从传统中药中提取、设计以及实验合成新的抗H7N9流感病毒药物。(本文来源于《时珍国医国药》期刊2016年03期）
张坤,陈纪宝,秦丽,盈梅,国华[8]（2015）在《丹参抗炎分子靶点的计算机虚拟筛选和抗炎实验研究》一文中研究指出目的利用计算机靶标虚拟筛选和细胞分子学理念探讨丹参的抗炎作用机制。方法利用美国化学文摘(CAS)数据库、ChemDrawUltra 7.0软件、OpenBabe 2.3.2软件、PharmMapper服务器和蛋白质库(PDB)靶标反向预测得出丹参素的作用靶标和TNF-α的配体靶标,使其对接。通过巨噬细胞体外培养和药物干预后,利用RT-PCR和ELISA法测定TNF-αmRNA和蛋白质的表达情况。结果脂多糖(LPS)刺激后1、2、6、12、24h的TNF-αmRNA表达量和TNF-αmRNA相对表达量均显着高于LPS刺激前(P值均<0.01)。LPS+丹参10μmol/L组和LPS+丹参25μmol/L组的TNF-αmRNA表达量和TNF-αmRNA相对表达量均显着低于LPS组和空白对照组(P值分别<0.05、0.01)。经LPS诱导6、12、18h后,LPS组TNF-α蛋白质表达量均显著高于空白对照组、LPS+丹参10μmol/L组和LPS+丹参25μmol/L组(P值均<0.05)。结论从计算机虚拟筛选和分子生物学水平均能证实丹参具有抗炎作用。(本文来源于《上海医学》期刊2015年11期）
史海龙,崔亚亚,李军,王玉成,李贤杨[9]（2015）在《传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选》一文中研究指出目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCM database@Taiwan)中快速搜索H7N9亚型流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的中药小分子抑制剂。方法:采用Auto Dock Vina软件对蛋白质晶体结构数据库PDB中NA与小分子抑制剂扎那米韦形成的复合物(PDB代码为4MWX)叁维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(扎那米韦)的自由结合能为阈值,筛选出中国传统中药数据库中3个类药性良好的化学成分与NA亲和力高于上市的抗流感药物扎那米韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计及实验合成新抗H7N9流感病毒药物。(本文来源于《中国实验方剂学杂志》期刊2015年24期）
张鲁嘉,姚志强,魏东芝[10]（2015）在《酶的底物谱预测新技术—计算机虚拟筛选与虚拟生长系统的研究》一文中研究指出酶作为功能性生物大分子,在各个领域的作用正日益突出。而其最有价值、最重要的一个特性就是底物选择性。目前,不论是合成新的生物系统,还是寻找可以工业应用的酶制剂,最大的工作量就是研究酶的底物特异性:发现酶的最适(本文来源于《2015中国酶工程与糖生物工程学术研讨会论文摘要集》期刊2015-08-21）
计算机虚拟筛选论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
海藻作为一种高产易得、具有食药两用价值的海洋生物食品,含有多种生物活性物质,对其降血糖的机理探究成为当前研究热点。已有研究表明,α-葡萄糖苷酶抑制剂和DPP-4抑制剂能有效降血糖。本研究旨在通过计算机模拟辅助技术,探究海藻中是否含有两种酶的有效抑制成分。综合考虑对接软件打分值、目标分子同自配体之间的结构相似性及蛋白配体之间的相互作用,选用已知结构的23种果蔬小分子进行分子对接,建立α-葡萄糖苷酶抑制剂和DPP-4抑制剂的筛选方法。将筛选获得的果蔬小分子进行体外酶活验证,结果与阳性对照药物阿卡波糖和小檗碱十分接近,由此验证了计算机虚拟筛选方法的可行性。对课题组前期解析出的276种海藻小分子进行虚拟筛选,共获得12个有效的酶活抑制成分。本研究为阐明海藻降血糖的机理提供了理论依据,为海藻的高值化利用指明了新的研究方向。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
计算机虚拟筛选论文参考文献
[1].王卓亚,李阳阳,徐锡明,于日磊,魏志强.以非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X为靶点的海洋药物计算机虚拟筛选[J].中国海洋药物.2018
[2].陈鑫,宋佳,陈耀贤,薛长湖,唐庆娟.海藻中降血糖成分的计算机虚拟筛选[C].中国食品科学技术学会第十五届年会论文摘要集.2018
[3].冯迪,刘湲,孙影,郑珩.基于计算机虚拟筛选技术寻找NDM-1抑制剂[J].国外医药(抗生素分册).2018
[4].何侃亮,李博,袁秋贞.杨梅素潜在作用靶点及机制计算机虚拟筛选研究[J].陕西医学杂志.2017
[5].崔明超,崔文,陈少军,蔡伟,江海龙.基于计算机虚拟筛选技术的芹菜素靶标的预测[J].重庆医学.2016
[6].史海龙,赵云飞,陈哲.传统中药数据库中HIV-1蛋白酶抑制剂计算机虚拟筛选[J].辽宁中医药大学学报.2016
[7].史海龙,李军,魏敏慧,肖磊,李贤杨.传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选[J].时珍国医国药.2016
[8].张坤,陈纪宝,秦丽,盈梅,国华.丹参抗炎分子靶点的计算机虚拟筛选和抗炎实验研究[J].上海医学.2015
[9].史海龙,崔亚亚,李军,王玉成,李贤杨.传统中药中H7N9病毒神经氨酸酶抑制剂的计算机虚拟筛选[J].中国实验方剂学杂志.2015
[10].张鲁嘉,姚志强,魏东芝.酶的底物谱预测新技术—计算机虚拟筛选与虚拟生长系统的研究[C].2015中国酶工程与糖生物工程学术研讨会论文摘要集.2015
标签：非洲猪瘟病毒; 天然产物; 海洋化合物; 非洲猪瘟病毒DNA聚合酶X;