导读:本文包含了序列插入论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:DNA转座子,基因转移,水平,IS6100,耐药机制
序列插入论文文献综述
聂璐,吴奎海,陈文静,李炜煊[1]（2019）在《插入序列IS6100介导DNA序列转移的机制研究》一文中研究指出目的插入序列IS6100与耐药基因转移密切相关,本研究旨在初步探究IS6100转移DNA序列的机制。方法以Genbank库中已有序列中含两个及两个以上拷贝IS6100序列的质粒或者染色体为研究对象,通过生物信息分析的方法分析各IS6100侧翼的靶位点重复序列(TSD),推测该元件转座酶可能的工作机制。结果共检索到22条序列,含5条染色体、16条质粒以及1条定位未知的转座子序列。其中有13条序列(59%)来自鞘脂菌属细菌,余下均来自条件致病菌的染色体或质粒。在鞘脂菌属细菌TKS中,IS6100拷贝数可多达29个,且IS6100和鞘脂菌属细菌基因组的GC%均接近60%。共有35条不同的8bpTSD在这些菌株中出现的频率为2~8次。TSD的GC%含量在13%~100%,有87%(30/35)的TSD序列GC%含量均≥50%。这些TSD可同时出现在同一菌株的染色体或质粒内部、同一菌株的染色体和质粒之间、不同菌株的染色体和质粒间。结论 IS6100的产生菌可能为鞘脂菌属细菌。IS6100的作用靶位点没有高度选择性,但仍倾向作用于高GC%含量位点。两个IS6100可以形成复合转座子,转移其间的DNA序列,这些转座事件可以发生在分子间和分子内。(本文来源于《中国医药生物技术》期刊2019年04期）
邹兴启,朱元源,包慧芳,孙普,郭晓宇[2]（2019）在《宿主细胞基因序列插入亚洲1型口蹄疫病毒导致病毒对牛的致病性减弱的研究》一文中研究指出1株Asia 1型口蹄疫疫苗毒株在BHK21悬浮培养细胞中传代时与宿主BHK21细胞m RNA重组,导致VP1第206位与第207位氨基酸之间插入了VDLV序列,该插入突变使得疫苗免疫效果大幅下降,不能产生有效保护。比较发现,含12 nt插入序列的变异毒株(Vac-Asia1-VDLV)与亲本毒株(Asia 1/HN/06)在BHK21细胞上的生长曲线存在较大差异,变异毒株可感染CHO-K1,pgsA-745,pgsB-618,pgsD-677细胞,毒价可达到1×105PFU/mL以上,而亲本毒不能感染CHO类细胞并产生蚀斑。动物试验结果显示,乳鼠半数致死量(LD50)与亲本毒株相比变化不明显。但牛感染试验表明,大剂量(1×107LD50)接种牛舌面,Vac-Asia1-VDLV不引起体温反应和其它临床症状,荧光定量PCR检测鼻拭子和血液时未发现病毒,而Asia 1/HN/06引起典型的口蹄疫症状,鼻拭子和血液中检出病毒。上述试验结果表明,与亲本毒相比,变异毒株Vac-Asia 1-VDLV对牛的致病性明显降低。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2019年02期）
高峰,高敬阳,叶露[3]（2018）在《基于序列拼接的基因组长插入变异集成检测方法研究》一文中研究指出针对目前基于测序的结构变异检测方法检测效果较差的问题,提出了基于序列拼接的长插入变异(ISALins)检测方法。首先融合3种不同检测工具初始的检测结果,然后在初始的预测可疑断点附近分析和提取最可能包含插入信息的高质量软切片段,并比对失败的片段;将这些候选片段利用基于De Bruijn图的方法进行拼接后完成长插入变异的检测。仿真数据和真实数据的实验结果表明:与直接融合多个单一工具检测结果相比,本文方法可以在确保检测敏感度的前提下大幅提高长插入变异的检测精度。(本文来源于《北京化工大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
张孟思,朱德康,汪铭书[4]（2018）在《细菌插入序列中的转座酶和转座机制》一文中研究指出插入序列(insertion sequence, IS)是细菌中最简单的移动遗传因子,由两端的反向重复序列(inverted repeats, IR)和中间的转座酶(transposase)编码序列组成。在细菌中,因为插入序列的转座酶催化活性中心氨基酸序列不同,所以将其转座酶分为DDE转座酶、DEDD转座酶、HUH转座酶和丝氨酸转座酶。在转座过程中,根据插入序列是否有复制,将插入序列的转座分为复制型转座(replicative transposition)和非复制型转座(non-replicative transposition),而将形成夏皮罗中间体(Shapiro intermediate)的非复制型转座称为保守型转座(conservative transposition)。此外,插入序列通过不同的转座机制插入到基因编码区导致基因突变、缺失和倒置;或者插入到基因上游,通过自身启动子或与基因形成杂交启动子来影响插入序列下游基因的表达,从而帮助细菌抵抗复杂的环境变化。本文主要围绕细菌插入序列的特征、转座酶、转座机制和转座影响展开综述,以期为进一步研究插入序列的机制和插入序列在细菌中所起的作用提供参考。(本文来源于《中国生物化学与分子生物学报》期刊2018年10期）
曾令怡,赵永鑫,郭宇航,张晓丽,范学财[5]（2018）在《耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌插入序列及其水平传播》一文中研究指出目的了解我院耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的临床分布并探讨插入序列与其耐药的关系,分析水平传播能力,为指导医院感染及临床合理应用抗菌药物提供科学依据。方法收集2013年9月-2015年6月我院临床分离鲍曼不动杆菌,经VITEK-II全自动细菌分析系统鉴定细菌并检测16SrRNA,Walkway-40/药敏测试系统进行药敏检测;多重PCR检测鲍曼不动杆菌携带β-内酰胺酶(A、B、C、D类)相关耐药基因。检测上游插入序列ISAba1与OXA-23、OXA-51、ADC连锁表达,并分析ISAbal与耐药基因OXA-23、ADC的相关性。质粒接合试验验证OXA碳青霉烯酶基因的水平转移。结果耐碳青霉烯类的鲍曼不动杆菌(CRAB)与碳青霉烯类敏感的鲍曼不动杆菌(CSAB)抗生素耐药率差异有统计学意义(Ps<0.01)。CRAB与CSAB产酶基因(OXA-23、ADC、TEM)检出率差异明显。50株CRAB中40株检测出ISAbal-OXA-23连锁基因,1株检测出ISAbal-OXA-51连锁基因。接合试验阳性株检测出OXA-23、OXA-24、OXA-51及插入序列。结论我院CRAB主要是产OXA-23、OXA-24、OXA-51、ADC、TEM型碳青霉烯酶,ISAbal常出现在OXA-23基因上游,ISAbal-OXA-23可能是CRAB重要的耐药机制。(本文来源于《中国微生态学杂志》期刊2018年09期）
胡海清[6]（2017）在《1.5T MR扫描仪上插入有限脉冲响应(IFIR)序列对肝门静脉血管成像的可行性》一文中研究指出目的:探讨有限脉冲响应(IFIR序列应用于)1.5T MR扫描中对肝门静脉血管成像的影响。方法:以2016年4月16日至2017年1月5日我院行门静脉IFIR检查者72例为研究对象。实施1.5T MR检查,IFIR序列扫描,扫描图像进行后处理并予以存储,观察门脉主干及各分支。分析图像质量、血管变异情况以及肥胖、呼吸异常对结果的影响。结果:72例研究对象中,在图像质量评分方面,4分、3分、2分、1分所占比例分别为36.11%、38.89%、11.11%、13.89%,血管变异情况方面,Ⅰ型概率为77.78%,Ⅱ型所占比例为19.44%,Ⅲ型概率为2.78%;在图像质量影响因素方面,呼吸异常者图像质量评分为(2.76±1.04)分,相比正常者明显更低,P值小于0.05;10例肥胖者图像质量评分(3.98±0.81)分,与对照组相比差异性不大,P值大于0.05。结论:在实施1.5T MR扫描肝门静脉血管中,予以有限脉冲响应序列扫描,具有可行性高、操作简便等优势,可将门静脉系统清晰显示,对于血管变异情况显示效果较佳。(本文来源于《现代医用影像学》期刊2017年06期）
叶露[7]（2017）在《基于序列拼接的基因组插入变异集成检测》一文中研究指出随着高通量测序技术的快速发展,出现了很多应用高通量测序数据的结构变异检测方法。由于高通量测序本身的局限性,例如片段较短、测序误差偏大等因素,常规的检测方法存在较大的局限性,检测精度和敏感度不够。针对这个问题,本文主要针对插入变异,提出了一种基于序列拼接的基因组插入变异集成检测方法,取名为ISALins。本文的主要内容如下:(1)设计基因组插入变异检测流程,分析了检测流程用到的实验数据。鉴于千人基因组发布的插入变异数量太少,本文通过编程实现生成实验要用到的插入变异标准集。为了全面验证实验的检测效果,根据实验需求准备了 NA12878个体真实测序数据和变异基准数据,仿真数据和真实数据为本课题奠定了数据基础。(2)分析了插入变异的片段特征,提出了一个聚簇支持插入变异片段的聚簇算法,保证了后续序列拼接和变异检测的有效性。同时提出一种解决基于De Brujin图序列拼接算法中重复序列的有效策略。(3)提出了一种基于序列拼接的插入变异集成检测策略,在仿真数据和真实数据上分别进行了实验。该策略的实施分为四个阶段:第一阶段,为了在保证检测敏感度的情况下,提高长插入变异的检测精度,通过融合多个工具的检测结果得到一个初始插入变异可疑断点集合;第二阶段,通过在每个可疑断点附近聚簇OEA片段,并进行软切片段(soft-clipped read)分析来得到高质量软切片段;第叁阶段,利用基于De Brujin图的方法来进行局部拼接,通过使动态k-mer和k-mer频率分析策略来消除基因组重复序列造成的错误拼接问题。第四阶段,通过将重迭群片段contigs使用比对工具bwa和blat和参考基因比对后进行插入变异检测。实验结果表明,相对于传统的插入变异检测方法,本文所提出的策略对高覆盖度和低覆盖度测序数据的变异检测效果良好,在一定程度上提高了结构变异检测精度。(本文来源于《北京化工大学》期刊2017-11-28）
黄璐[8]（2017）在《志贺菌中插入序列IS600的插入特点及其对cse2基因和Cas蛋白影响的生物信息学分析》一文中研究指出志贺菌属通称痢疾杆菌,是感染性腹泻的常见致病菌之一,可引起细菌性痢疾。随着各类抗生素在临床的长期和广泛使用,志贺氏菌的耐药问题日益严重。耐药基因的水平转移(horizontal gene transfer,HGT)是大多数细菌产生耐药性尤其是多重耐药性的主要方式之一。近年来研究发现的成簇的规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPRs),连同CRISPR相关基因(Cas)及其编码的Cas蛋白共同组成CRISPR/Cas免疫系统,它广泛存在于细菌和古细菌基因组中,提供抵御质粒和噬菌体等外来入侵遗传元件的获得性免疫,具有限制外源性遗传物质水平转移的作用。插入序列(insertion sequence,IS)是染色体的特殊组成部分,是最简单的高度可移动性转座因子,可携带耐药基因转移,其在基因组中的插入可能使细菌基因产生突变从而影响细菌基因的正常表达。本课题组前期研究发现志贺菌Cas蛋白基因cse2中存在插入序列IS600,且插入序列IS600可使cse2 mRNA的表达水平降低,推测IS插入cas基因可能会影响Cas蛋白的功能进而影响Cascade蛋白复合物的结构及CRISPR/Cas系统的功能。为进一步研究插入序列对CRISPR/Cas系统的影响,结合课题组前期工作,本研究欲通过对cse2基因的生物信息学分析探索插入序列IS600对Cas蛋白及整个CRISPR/Cas系统的影响,进而为解决志贺菌的耐药问题提供新思路。目的了解志贺菌中插入序列IS600在cse2基因中的的插入特点,分析其对cse2基因和Cse2蛋白的影响,并对cse2基因进行生物信息学分析。方法1.利用实验室前期设计的引物PCR扩增志贺菌株的CRISPR相关蛋白基因cse2并将琼脂糖凝胶电泳结果阳性条带样品送测序。2.应用Clustal X软件和Blast在线比对(Global Align)对测序结果进行比对。3.应用ORF Finder和ExPASy的Translate tool翻译并在线查找开放阅读框。4.应用ProtParam工具和compute工具(计算等电点和分子量)在线分析蛋白理化性质;应用ProtScale软件分析亲水性、疏水性。5.应用TMHMM Server v.2.0进行跨膜区预测;应用Pfam 31.0程序和CDD软件进行结构域预测。6.应用PredictProtein、SOPMA和PSIPRED进行二级结构的预测。7.应用SWISS-MODEL和PDBsum Generate分别进行叁级结构的预测和预测模型的在线评估。结果1.39株志贺菌中,有2株细菌未检出cse2基因,有12株细菌cse2基因条带大小约为400bp,有25株细菌cse2基因条带大小约为1600bp;基因扩增产物的测序结果与GenBank中宋内志贺菌Ss046比对表明为目的基因cse2,且增加的1200bp通过测序确定为插入序列IS600的开放阅读框序列。2.插入序列IS600插入cse2基因位置从第263个碱基开始,位于cse2基因的后半部分,插入序列IS600插入cse2基因的热点为碱基TGC-GGC。3.菌株Ss046和菌株53G的cse2基因预测的开放阅读框不同,连续翻译的氨基酸序列不同,编码的蛋白质不同。4.菌株Ss046和菌株53G的Cse2蛋白的理化性质如等电点和分子量、脂溶指数、不稳定指数、亲水性和疏水性、氨基酸组成分布等都不相同。5.菌株Ss046和菌株53G两者的Cse2蛋白整条肽链都位于细胞膜之外,不存在跨膜结构,不是跨膜蛋白;菌株Ss046的Cse2蛋白具有两个结构域:HTH21(HTH-like domain)和rev(Integrase core domain),前者即HTH结构域,后者即整合酶核心领域;菌株53G的Cse2蛋白具有一个结构域:CRISPR Cse2。6.结合叁种方法对菌株Ss046和菌株53G的Cse2蛋白二级结构预测的结果可知:α-螺旋和β-折迭散布于整个Cse2蛋白,成为蛋白的刚性支撑,无规则卷曲所占比例也较高,间杂少量的β-转角。但两菌株Cse2蛋白二级结构成分的比例都不同。7.Cse2蛋白叁维同源结构建模显示该蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,与蛋白质二级结构预测结果相符。从构建的叁级结构模型结果来看,菌株Ss046和菌株53G的Cse2蛋白的叁级结构存在明显的差异。结论1.志贺菌中插入序列IS600在cse2基因中的插入存在热点位置,为碱基TGCGGC,该位置易发生突变,调控cse2基因表达。2.志贺菌中插入序列IS600插入cse2基因后,使Cas蛋白的理化性质、功能结构域以及二级结构、叁级结构发生了变化,进而影响Cas蛋白的功能和Cascade复合物的结构以及整个CRISPR/Cas系统的功能。(本文来源于《郑州大学》期刊2017-05-01）
李瑞华,聂大平,郭玉洁[9]（2016）在《插入序列ISEcp1B在CTX.M14、15基因阳性的肺炎克雷伯菌的检测及意义》一文中研究指出目的探讨插入序列ISEcp1B在CTX-M-14、CTX-M-15型基因阳性的肺炎克雷伯菌中的分布及与耐药性的关系。方法采用PCR、PCR定位技术及DNA序列分析方法检测插入序列ISEep1B、CTX-M-14、CTX·M-15基因;采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定药敏分析仪检测肺炎克雷伯菌的耐药性。结果(1)69例CTX-M-14、CTX-M-15基因阳性的肺炎克雷伯菌标本中,携带插入序列ISEcp1B的菌株为48例,占70%(48/69)。携带插入序列ISEcp1B的菌株与不携带者对头孢他啶、头孢曲松、氨曲南的耐药率均超过80%(P>0.05),不具有统计学差异。携带插入序列ISEcp1B的阳性组与阴性组对于头孢吡肟、环丙沙星、左氧氟沙星、阿米卡星、妥布霉素均具有良好的敏感性,但携带插入序列ISEcp1B的菌株对头孢吡肟、环丙沙星、左氧氟沙星的耐药率明显高于不携带插入序列ISEcp1B的阴性组(P<0.05),差异具有统计学意义。不携带插入序列ISEcp1B的阴性组对哌拉西林/他唑巴坦的耐药率高于携带插入序列ISEcp1B的阳性组(P<0.05),差异具有统计学意义。(2)DNA序列分析结果显示插入序列ISEcp1B位于CTX-M-14或CTX-M-15基因的上游,且插入序列ISEcp1B与CTX-M-14及CTX-M-15基因间隔区序列不同。结论 CTX-M-14或CTX-M-15型肺炎克雷伯菌的β-内酰胺酶基因上游多数存在插入序列ISEcp1B。插入序列ISEcp1B可能参与CTX-M-14或CTX-M-15型肺炎克雷伯菌耐药基因的播散。(本文来源于《第七届中国临床微生物学大会暨微生物学与免疫学论坛论文汇编》期刊2016-09-09）
田蕾,郭妍君,任丽,王钰,孙菲[10]（2016）在《利用TAIL-PCR技术分析拟南芥At1g52910突变体插入位点的侧翼序列》一文中研究指出在筛选与维管发育相关的拟南芥突变体过程中,发现拟南芥基因At1g52910突变体的花器官明显异常。TAIL-PCR分析结果表明突变体为Ds单位点插入突变,突变体后代表型出现分离现象,暗示有其它突变位点存在。(本文来源于《中国野生植物资源》期刊2016年04期）
序列插入论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
1株Asia 1型口蹄疫疫苗毒株在BHK21悬浮培养细胞中传代时与宿主BHK21细胞m RNA重组,导致VP1第206位与第207位氨基酸之间插入了VDLV序列,该插入突变使得疫苗免疫效果大幅下降,不能产生有效保护。比较发现,含12 nt插入序列的变异毒株(Vac-Asia1-VDLV)与亲本毒株(Asia 1/HN/06)在BHK21细胞上的生长曲线存在较大差异,变异毒株可感染CHO-K1,pgsA-745,pgsB-618,pgsD-677细胞,毒价可达到1×105PFU/mL以上,而亲本毒不能感染CHO类细胞并产生蚀斑。动物试验结果显示,乳鼠半数致死量(LD50)与亲本毒株相比变化不明显。但牛感染试验表明,大剂量(1×107LD50)接种牛舌面,Vac-Asia1-VDLV不引起体温反应和其它临床症状,荧光定量PCR检测鼻拭子和血液时未发现病毒,而Asia 1/HN/06引起典型的口蹄疫症状,鼻拭子和血液中检出病毒。上述试验结果表明,与亲本毒相比,变异毒株Vac-Asia 1-VDLV对牛的致病性明显降低。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列插入论文参考文献
[1].聂璐,吴奎海,陈文静,李炜煊.插入序列IS6100介导DNA序列转移的机制研究[J].中国医药生物技术.2019
[2].邹兴启,朱元源,包慧芳,孙普,郭晓宇.宿主细胞基因序列插入亚洲1型口蹄疫病毒导致病毒对牛的致病性减弱的研究[J].中国兽医科学.2019
[3].高峰,高敬阳,叶露.基于序列拼接的基因组长插入变异集成检测方法研究[J].北京化工大学学报(自然科学版).2018
[4].张孟思,朱德康,汪铭书.细菌插入序列中的转座酶和转座机制[J].中国生物化学与分子生物学报.2018
[5].曾令怡,赵永鑫,郭宇航,张晓丽,范学财.耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌插入序列及其水平传播[J].中国微生态学杂志.2018
[6].胡海清.1.5TMR扫描仪上插入有限脉冲响应(IFIR)序列对肝门静脉血管成像的可行性[J].现代医用影像学.2017
[7].叶露.基于序列拼接的基因组插入变异集成检测[D].北京化工大学.2017
[8].黄璐.志贺菌中插入序列IS600的插入特点及其对cse2基因和Cas蛋白影响的生物信息学分析[D].郑州大学.2017
[9].李瑞华,聂大平,郭玉洁.插入序列ISEcp1B在CTX.M14、15基因阳性的肺炎克雷伯菌的检测及意义[C].第七届中国临床微生物学大会暨微生物学与免疫学论坛论文汇编.2016
[10].田蕾,郭妍君,任丽,王钰,孙菲.利用TAIL-PCR技术分析拟南芥At1g52910突变体插入位点的侧翼序列[J].中国野生植物资源.2016