导读:本文包含了单核苷酸多态位点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:ORMDL3基因,单核苷酸多态性,哮喘,维吾尔族
单核苷酸多态位点论文文献综述
王玲,魏研荣,王丽霞,张艳丽,王晶[1]（2019）在《乌鲁木齐地区维吾尔族ORMDL3基因单核苷酸多态位点与哮喘易感性的研究》一文中研究指出目的通过对乌鲁木齐地区维吾尔族哮喘患者和正常人群中血清类黏蛋白1样蛋白3(ORMDL3)基因单核苷酸多态(SNP)位点rs7216389、rs12603332基因型的检测,探讨rs7216389、rs12603332位点与哮喘患者易感性的关系。方法利用SNaPshot技术检测100例哮喘患者和93例对照组ORMDL3基因多态位点rs7216389、rs12603332基因分型及等位基因分布频率,并分析2组等位基因构成比。结果 rs7216389位点和rs12603332位点2组基因型分布频率差异均有统计学意义(X~2=7.029,P<0.05;X~2=11.367,P<0.05)。rs7216389位点2组A、G等位基因频率分别为61.5%、38.5%和74.2%、25.8%;rs12603332 2组G、A等位基因频率分别为58.5%、41.5%和74.7%、25.3%,差异也均有统计学意义(P<0.05)。结论 ORMDL3基因rs12603332位点和rs7216389位点多态性与新疆地区维吾尔族人群哮喘易感性相关,rs12603332位点的GG型和rs7216389位点的AA型可能是哮喘病的易感基因型。(本文来源于《分子诊断与治疗杂志》期刊2019年01期）
段磊[2]（2018）在《MiR-146a异常表达及其单核苷酸多态位点rs2910164与肝癌易感性的相关研究》一文中研究指出研究背景肝癌是第六常见的癌症,同时致死率排名第叁,每年有超过700000人被诊断为肝癌,平均每10万人的发病人数为16。肝癌患者的五年生存率约为5-9%,而导致生存率低的原因主要是因为肝癌发现时多数已经处于晚期。通常情况下约70-90%肝癌的发生都与慢性肝脏内疾病的发生有关,大约有80%的肝癌发生在东亚以及撒哈拉以南非洲地区,而这主要与慢性乙肝病毒感染以及黄曲霉素B的摄入有关。而在北美,欧洲以及日本,慢性丙肝病毒感染是肝癌发生的主要危险因素,其次是饮酒。肝癌的发生是一个复杂的过程,与多种突变以及信号通路改变有关,其中最常见的基因突变是抑癌基因TP53的失活突变,大约有20-40%的肝癌病人有TP53的基因突变,并且其突变频率与肝癌的发展阶段有关。CTNNB1,编码βcatenin,发生突变的概率约为25%,主要在HCV相关的肝癌中出现。同时在染色体1q,6p,8q,17q和20q发生的基因扩增以及4q,8p,11q,13q,16q和17p的片段缺失突变在肝癌中较为常见,它们影响了一些重要的致癌基因和抑癌基因。表皮生长因子受体EGFR及Ras信号通路在超过50%的肝癌患者中都被激活,而mTOR(mammalian target of rapamycin)信号通路在约40-50%的肝癌中都因上游抑癌基因PTEN的失活而激活。MicroRNA是短链非编码的RNA,长度约为18-25个核苷酸,通常与调控的mRNA的3'端调控区域或者5'端UTR配对。MicroRNA结合到目标mRNAs后会导致目标mRNA的转录抑制,或者促进mRNA的降解,从而导致一个迅速且敏感的基因表达调控。MicroRNA己经被证明影响超过30%人类基因的表达,并且超过60%的mRNA在3'UTR有microRNA预测的结合位点。同一个microRNA可以调控多个基因的表达,而一个基因也可以被多个microRNA调控,并且microRNA的表达可以是组织或者器官特异性的。近年来越来越多的数据表明microRNA可以作为癌基因或者抑癌基因发挥作用,直接或间接的参与癌症相关的信号通路调节。MicroRNA参与调节许多重要的生理过程,对维持正常肝脏功能以及在肝脏疾病中有重要作用,并且在肝癌中存在一系列的microRNA表达下调,表明他们可能作为潜在的抑癌基因,而重新表达那些抑癌的microRNA可以导致细胞周期受阻,增加细胞凋亡,降低肿瘤血管生成和转移。MicroRNA的产生以及靶向目的基因都是非常序列特异性的,在microRNA或者microRNA靶向序列的突变可能对microRNA的功能产生深远影响。序列分析表明microRNA以及其靶向序列在进化上是高度保守的,此外microRNA基因的SNPs十分少见。这些证据表明在遗传选择的压力上,microRNA序列中出现的SNPs可能是具有功能的。理论上microRNA相关的SNPs可以通过两种机制影响肿瘤细胞。第一,突变导致microRNA功能失活从而导致抑癌的microRNA失活;第二,突变导致microRNA激活而导致致癌的microRNA表达增强。MicroRNA在产生过程中,需要Drosha和Dicer进行连续的剪辑,这一过程很大程度上依赖于前体RNA的适当折迭成一个颈环状结构,而在pri-microRNA和pre-microRNA发生序列变化可能会导致二级结构改变,从而抑制或增强pri-microRNA 的剪辑效率,这些 SNP 在 pri-microRNA,pre-microRNA 或者成熟的microRNA中,可以降低或增强microRNA的功能。SNP也可以间接影响microRNA,例如SNP在microRNA的启动子区域,影响其翻译,或者SNP在mRNA中导致microRNA的靶向位点受到破坏。MicroRNA的SNP也可以与癌症的发病危险性,预后等相关,例如在肝癌中IL1A基因3' UTR区域的rs3783553 SNP会产生一个新的miR-122和miR-378的结合位点,从而抑制IL1A的表达,降低抗肿瘤的免疫反应,增加患肝癌的危险性;在βTrCP(β-transducin repeat-containing protein)3'UTR 的一个插入缺失突变会导致miR-920的结合位点破坏,从而增加βTrCP的表达,导致NF-kB入核而激活抗凋亡基因而促进肿瘤细胞存活。SET8基因的3' UTR区域的一个SNP与肝癌患者生存提高相关,对病人组织进行免疫组化染色发现,SET8的SNP降低了 SET8的蛋白表达,而该SNP会产生一个miR-502的靶向位点,而抑制SET8会激活p53的抗凋亡以及检验点功能。研究目的和意义本课题主要的研究目的包括:(1)探究miR-146a在肝癌病人肿瘤组织、癌旁组织以及肝癌细胞系中的表达变化,是否存在表达异常,是上调或者下调?(2)采用肝癌细胞系作为模型,探究miR-146a对肝癌细胞的作用,是否能够影响细胞增殖,集落形成,细胞迁移或者裸鼠成瘤能力等。(3)测定miR-146ars2910164位点SNP在肝癌人群和健康人群对照中的基因型分布,分析该SNP与肝癌易感性之间的关系。MiR-146家族的成员包括miR-146a和miR-146b,在THP-1细胞受到LPS刺激后会受到激活而导致miR-146a和miR-146b表达增加,并且是NF-kB信号通路依赖的。MiR-146a是通过靶向IRAK-1而导致负反馈调节抑制NF-kB信号通路,从而抑制乳腺癌和胰腺癌细胞系的侵袭和转移。在pre-miR-146a的一个SNPrs2910164G＞C被证明是乳头状甲状腺癌的危险因素,而在接下来的研究表明rs2910164 SNP与前列腺癌,食管癌的发病相关联。在最近的一个研究中rs2910164 SNP与膀胱癌的发病下降以及复发减少有关。功能研究表明miR-146a rs2910164 G＞C突变可以通过改变Drosha调节的剪辑过程而降低miR-146a表达。研究表明miR-146的低表达与雄性激素非依赖的前列腺癌相关,而rs2910164 SNP与荷尔蒙耐药的前列腺癌相关,因此可以推测miR-146a在前列腺癌中有重要作用。肝癌中同样存在miR-146a的异常表达,可能作为一个抑癌基因发挥作用,因此本文通过对肝癌病人肿瘤组织和癌旁组织进行miR-146a表达检测进行验证,同时采用低表达miR-146a的肝癌细胞系模型,通过转染表达miR-146a的质粒上调miR-146a的表达,研究上调miR-146a表达后细胞系细胞增殖,侵袭,集落形成以及裸鼠成瘤能力变化,检测miR-146a在肝癌中是否具有抑癌作用,此外本文通过对188例肝癌患者以及186例健康人miR-146ars2910164 SNP基因型进行检测,研究该SNP与肝癌易感性的相关性。通过上述研究可以对miR-146a在肝癌中的表达变化,是否作为抑癌基因发挥作用,以及其rs2910164 SNP与肝癌易感性进行检测,为肝癌发生发展的分子机制以及治疗提供理论依据。研究内容和方法(1)病人组织miR-146a表达检测:收集肝癌病人的肿瘤组织与癌旁组织,提取总RNA,采用荧光定量PCR对miR-146a表达进行检测,以癌旁组织作为对照分析肝癌病人肿瘤组织miR-146a的表达变化,并将肝癌病人按照肝癌的临床分期进行分组,分析miR-146a表达变化与肝癌病人的临床分期是否具有相关性。(2)肝癌细胞系miR-146a表达检测:选择一系列肝癌细胞系,培养后提取总RNA,采用荧光定量PCR对肝癌细胞系miR-146a表达变化进行检测,以正常肝癌细胞系作为对照。选择miR-146a较低的肝癌细胞系作为模型,通过构建miR-146a表达载体,在低表达miR-146a的肝癌细胞系中上调miR-146a表达,研究细胞功能变化。(3)细胞增殖测定:将HepG2和SMMC-7721细胞按照2000个/孔铺板到96孔板中,培养24h后进行miR-146a慢病毒感染,采用PLKO.1慢病毒以及未感染病毒的细胞作为对照,不同时间点对进行活细胞数目检测,分析细胞生长变化。(4)细胞集落形成能力检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒和不感染病毒的亲代细胞作为对照进行软琼脂集落形成测试,软琼脂集落形成实验上层胶浓度为0.4%,下层胶为0.6%,每孔接种细胞细胞数为4000个,在培养3周后采用结晶紫染色并用显微镜拍照计数。(5)细胞侵袭能力变化检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒和不感染病毒的亲代细胞作为对照。将细胞无血清饥饿处理过夜并消化成单个细胞,采用含有BSA的无血清培养基将细胞重悬,并将1×105细胞加入24孔板的Transwell小室,并在24孔板下室加入500ul含有FBS的DMEM完全培养基,37摄氏度培养24h后采用4%多聚甲醛将细胞固定并采用吉姆萨染液染色拍照。(6)裸鼠成瘤能力变化检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒的细胞作为对照,取8周龄雌性BABL/C裸鼠进行肿瘤细胞接种,在每只小鼠右腋下接种3×106个感染了 PLKO.1慢病毒的细胞,在每只小鼠左腋下接种3×106个感染了 miR-146a慢病毒的细胞,并在接种肿瘤后一周开始肿瘤大小测量,每隔3天测量一次,并在HepG2或SMMC-7721肿瘤细胞接种四周后处死小鼠并将肿瘤取出,测量大小,称重,拍照并记录数据。(7)Western blot检测相关信号通路蛋白:将HepG2和SMMC-7721细胞按照5×105/孔铺板在六孔板中,感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒的细胞作为对照,培养72h后收蛋白样品,对HepG2和SMMC-7721细胞pAkt,p-P38MAPK,PCNA以及NF-kB p65表达进行检测。(8)miR-146ars2910164 SNP位点基因型分布检测:采集188位肝癌病人以及186位健康人的外周血,采用QIAampDNA MiniKit试剂盒对DNA提取,然后采用PCR扩增miR-146a基因片段并送样测序检测,分析该SNP与肝癌发生的相关性。研究结果本文对肝癌病人肿瘤组织、癌旁组织以及肝癌细胞系miR-146a表达进行了检测,并在肝癌细胞系HepG2和SMMC-7721中上调miR-146a的表达,然后对细胞增殖、侵袭、集落形成、裸鼠成瘤以及相关信号通路蛋白进行检测,并分析miR-146ars2910164 SNP与肝癌的易感性。结果如下:(1)肝癌病人肿瘤组织的miR-146a表达水平与癌旁组织的表达水平存在显着性差异,肝癌患者肿瘤组织的miR-146a表达水平明显低于癌旁组织,差异具有统计学意义。通过计算得到miR-146a表达的中位数,肝癌组织为3.72±2.5,癌旁组织为9.55±5.3,癌旁组织miR-146a表达水平是肝癌组织miR-146a平均值的2.57倍。将患者根据肝癌临床级别进行分类,结果表明,miR-146a表达水平与肝癌病人的临床分期相关,临床分期(Ⅲa和Ⅲb)越高的病人则其miR-146a表达水平则较低,而临床分期(Ⅰa,Ⅰb,Ⅱa和Ⅱb)较低的病人则miR-146a表达水平较高(2)miR-146a在正常肝细胞系L02以及LM3中表达较高,而在肝癌细胞系HepG2,SMMC-7721和QGY-7701中表达较低,表明部分肝癌细胞系如HepG2,SMMC-7721和QGY-7701的miR-146a表达水平相对于正常的肝脏细胞系L02相比,呈明显下调趋势。(3)采用HepG2和SMMC-7721细胞作为模型并构建miR-146a表达载体,荧光定量PCR验证miR-146a表达成功。在HepG2和SMMC-7721细胞在上调miR-146a表达过后,与亲代细胞或者感染空载体PLKO.1病毒的细胞相比,其细胞增殖明显受到抑制,同时软琼脂集落形成能力明显受到影响,形成的集落数明显减少,在细胞侵袭实验中,穿过Transwell小室染色呈阳性的细胞数目明显变少,其细胞侵袭能力明显受到抑制,成瘤能力明显下降,其肿瘤平均大小要明显低于对照组。采用Western blot 对 HepG2 和 SMMC-7721 细胞上调 miR-146a 表达后 p-P38MAPK,pAkt,NF-kBp65,PCNA 蛋白进行检测,结果表明 p-P38MAPK,pAkt,NF-kBp65,PCNA表达均明显下降,表明miR-146a上调表达对细胞增殖以及PIK3K/Akt以及NF-kB信号通路均有影响。(4)肝癌组和健康人对照组之间miR-146ars2910164位点基因型差异具有统计学差异,rs2910164 位点 GC(OR=1.99,95%CI 1.27-3.11,P=0.003)或CC(OR=3.3,95%CI 1.72-6.32,P=0.0003)基因型携带者患肝癌的危险性明显高于rs2910164位点GG基因携带者。肝癌组和健康人对照组基本特征分析,HBV感染、肝癌家族史、饮酒因素存在相关性,并且miR-146ars2910164位点多态性与肝癌病人临床分期,肿瘤大小,组织细胞类型,转移情况,血管及淋巴浸润情况不存在相关性。结论肝癌患者肿瘤组织的miR-146a表达水平明显低于癌旁组织,并且与病人的临床分期相关,因此miR-146a表达水平变化可能作为肝癌患者潜在的预后指标。MiR-146a作为抑癌基因在肝癌中发挥作用,上调其表达可以抑制肝癌细胞系HepG2和SMMC-7721细胞增殖,集落形成,细胞侵袭以及裸鼠成瘤能力,其致癌作用可能与下调p-P38MAPK,pAkt,NF-kB p65和PCNA表达有关。MiR-146a rs2910164位点GC或CC基因型携带者患肝癌的危险性明显高于rs2910164位点GG基因型携带者,肝癌组和健康人对照组基本特征分析,HBV感染、肝癌家族史、饮酒因素存在相关性,并且与肝癌病人临床分期,肿瘤大小,组织细胞类型,转移情况,血管及淋巴浸润情况等因素不存在相关性。(本文来源于《武汉大学》期刊2018-03-01）
郑景宇[3]（2017）在《中国汉族人口中GAB2基因中的单核苷酸多态位点rs3740677与迟发型AD的关系》一文中研究指出目的:本研究旨在探索生长因子受体结合蛋白-2的相关结合蛋白家族基因中的一个mi RNAs-185特异性靶向关联序列中的单核苷酸多态位点(SNPs)rs3740677与迟发型阿尔茨海默病(LOAD)发病的具体关联。方法:我们通过大样本病例对照研究,从青岛市立医院在内山东省内多家公立医院神经内科选取992例LOAD患者作为病例组,同时从青岛市立医院查体中心等多家合作医院选取1358健康正常人作为对照组,提取所有受试者外周血DNA。通过生物信息学方法从多个公开的生物学信息库中在目前已报道的所有在AD脑内差异表达的3’UTR mi RNAs的靶基因中筛选出在汉族人群中常见的AD易感基因GAB2,并用最终确定了3’UTR mi RNAs-185的特异性靶向序列中的一个常见的单核苷酸多态位点rs3740677。并利用多重高温连接酶检测反应(i MLDR)技术进行了相关基因分型。此外,我们还应用等位基因特异性多重PCR(Multi-ARMS)技术进行了APOE基因分型。最后我们应用SPSS19.0软件,采取t检验、卡方检验及Logistic回归分析等方法对相关数据进行统计学分析,得到相关统计学检验值:P值,OR值及其95%可信区间等,进而判断此SNP位点与北方汉族人群迟发性AD发病的可能关系。结果:GAB2 SNP rs3740677基因型显示等位基因“T”为最小频率等位基因。通过卡方检验,我们发现GAB2 SNP rs3740677的基因型与最小等位基因T在LOAD病例组与健康对照组间均存在显着统计学差异(基因型P=0.024;等位基因P=0.008)。此外,作为GAB2 SNP rs3740677的预期风险等位基因T,我们的卡方检验分析发现其可能对LOAD发病具有保护性作用(OR=0.833,95%CI=0.728-0.952)。通过对LOAD病例组以及健康对照组人群行进一步的APOEε4携带与否分层,我们通过卡方检验分析发现:无论在APOEε4+(携带)还是APOEε4-(非携带)条件下均未发现GAB2 SNP rs3740677基因型与最小等位基因T分布在两组间存在统计学差异(APOEε4+:基因型P=0.437,等位基因P=0.208;APOEε4-:基因型P=0.149,等位基因P=0.064)。此外,在经过发病年龄或检测年龄、性别、APOEε4携带状态等因素调整后,我们通过逻辑学回归分析检测了叁个基因型遗传模态中的GAB2 SNP rs3740677基因型在两组中的分布差异。最终结果显示:在显性遗传模态以及迭加模态中发现了GAB2SNP rs3740677基因型分布的统计学差异,并且同样呈现一种对AD发病的保护性作用。而在隐性遗传模态中我们并未发现任何统计学意义(显性遗传模态:OR=0.831,95%CI=0.702–0.983,P=0.031;迭加模态:OR=0.855,95%CI=0.745–0.983,P=0.027;隐性遗传模态:P=0.252)。此外,我们更进一步的检测的叁种模态中基因型分布与APOEε4状态的可能交互作用。最终,均未发现统计学意义。结论:我们的研究在北方汉族人群中首次证实了AD相关基因GAB2中一个3’UTR mi RNAs-185的特异性靶向序列中的常见SNPs rs3740677与LOAD发病的显着关联。而且SNPs rs3740677被进一步提示是一种对LOAD发病具有保护性作用的影响因素。(本文来源于《青岛大学》期刊2017-05-17）
田涛,王伟继,陈再忠,胡玉龙,王陌桑[4]（2016）在《大菱鲆生长性状相关单核苷酸多态位点的多家系验证》一文中研究指出为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)生长性状相关的候选单核苷酸多态(SNP)位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显着的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显着位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显着(P<0.05)。9个位点中,4个位点与体重关联显着(P<0.05),7个位点与体长关联显着(P<0.05),其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显着(P<0.05)。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间(平均为0.387),期望杂合度在0.118~0.501之间(平均为0.338);9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显着的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显着SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。(本文来源于《中国海洋大学学报(自然科学版)》期刊2016年12期）
王伟,马君,李淑元,吴娴,周许辉[5]（2015）在《叁个高频单核苷酸多态位点与中国汉族人群青少年特发性脊柱侧凸的关联性》一文中研究指出目的探讨3个高频单核苷酸多态位点(SNPs)与青少年特发性脊柱侧凸(AIS)遗传易感性的相关性。方法选择86例Cobb角>20°的中国汉族AIS患者,并以296例与患者性别匹配且无脊柱侧凸的正常人为对照。选取3个最小等位基因频率>0.1的SNPs(rs1800469、rs2449539和rs12946942),用SNa Pshot法进行基因分型,分析不同遗传模型下3个SNPs与AIS发病之间的关系。结果脊柱侧凸>20°时,男女比例为1∶8.6;AIS患者与正常人3个SNPs的基因型及等位基因频率分布差异无统计学意义(P>0.05),在不同遗传模型下,3个SNPs对AIS发病的影响均无统计学意义(P>0.05)。结论 3个SNPs可能与AIS的发病并无关联。(本文来源于《广东医学》期刊2015年24期）
林雨翔[6]（2015）在《染色体6q25.1区域与TOX3基因单核苷酸多态位点与福建人群乳腺癌易感性：关联分层分析》一文中研究指出目的:乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着各国妇女的健康。乳腺癌的发生和发展是环境危险因素与自身遗传因素协同作用的结果。相关研究表明,遗传背景的异质性可能影响不同个体在相同环境暴露下对乳腺癌的易感性。到目前为止,部分高外显性基因,如乳腺癌易感基因1(BRCA1)等,已被证实是与乳腺癌发病相关的重要遗传易感基因。但是大约只有20-25%的家族性乳腺癌病人可以归因于这些高外显基因的病变,并且其在普通人群中出现的频率较低,只能解释5%不到的散发性乳腺癌。SNP(Single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是相关易感基因引起疾病易感性的重要表现形式之一,是当前人类可遗传变异中最常见的一种,遍布于整个人类基因组中。近几年来,全基因组关联研究(GWAS)挖掘出了许多与乳腺癌有关的单核苷酸多态位点,然而这些位点与乳腺癌发病的相关作用机制仍不明确。因此,我们拟选取染色体6q25.1区域位点rs2046210及TOX3基因位点rs4784227作为与乳腺癌患病风险相关的重要遗传变异位点,探讨其与福建省人群乳腺癌遗传易感性的关系,并进一步依据乳腺癌传统流行病学危险因素以及不同分子亚型进行关联分层分析,研究位点rs2046210与rs4784227基因多态性在不同条件下对乳腺癌发病风险的影响。方法:采用病例对照研究的设计,针对染色体6q25.1区域的rs2046210以及TOX3基因的rs4784227两个重要遗传多态位点,纳入702例乳腺癌患者以及794例健康对照,经外周血白细胞提取基因组DNA,应用SNP scanTM方法进行基因分型。以非条件logistic回归分析模型计算相关多态位点与乳腺癌风险的比值比(OR)及其95%可信区间(95%CI),描述不同基因型在不同条件下与乳腺癌易感性的关系。结果:位点rs2046210的等位基因G与A在病例组中的分布频率为55.8%、44.2%,在对照组的分布频率为63.0%、37.0%。位点rs4784227的等位基因C与T在病例组中的分布频率为68.8%、31.2%,在对照组中的分布频率为73.1%、26.9%,差异均具有统计学意义(P<0.05)。非条件Logistic回归分析模型结果提示,与位点rs2046210的GG基因型相比,携带GA基因型的个体患乳腺癌的风险增加了63%(OR=1.63,95%CI=1.29-2.13,P=1.9×10-5),携带AA型基因的个体患乳腺癌的风险增加了68%(OR=1.68,95%CI=1.21-2.33,P=0.002),携带A等位基因者(即GA+AA)患乳腺癌的风险则增加了66%(OR=1.66,95%CI=1.32-2.10,P=1.8×10-6)。对于位点rs4784227,携带T等位基因(即CT+TT)的个体比携带CC基因型的个体患乳腺癌的风险增加了27%(OR=1.27,95%CI=1.03-1.56,P=0.032)。分层分析发现,对于rs4784227的T等位基因携带者,其危险效应在绝经后妇女(校正OR=1.44,95%CI=1.44-1.87)中更为明显,进一步的异质性检验证实,绝经前与绝经后的两个亚组中存在着一个临界异质性P值(P=0.064),表明两个亚组之间可能存在一定的层间异质性,提示对于携带rs4784227-T等位基因的个体来说,其在绝经后患乳腺癌的风险比绝经前更高。结论:染色体6q25.1区域位点rs2046210以及TOX3基因位点rs4784227与福建省汉族人群乳腺癌的易感性存在关联。(本文来源于《福建医科大学》期刊2015-06-01）
王享军[7]（2015）在《标签单核苷酸多态位点选择方法研究》一文中研究指出由单个核苷酸变异所引起的基因组水平上的遗传序列多态性,称为单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)。在人类基因组中存在着上百万的SNPs位点,对人类复杂疾病的研究带来了巨大挑战。不同遗传标记之间如SNP之间在多代遗传中所存在的一种标记非随机组合的现象,也即连锁不平衡,因此研究者可以选择少部分的SNPs位点包含大部分的遗传差异信息,这部分SNP位点称为标签单核苷酸多态位点(标签SNP,Tag SNP)。目前,已有许多的研究应用SNPs位点之间的连锁不平衡特性进行标签SNP位点选择,但是由于SNPs位点数量巨大,这些方法存在着许多缺陷,比如大部分计算方法只能应用于单体型数据,没有考虑疾病状态信息,非标签SNP位点的预测准确度低等。针对现有方法存在的问题,本文对标签SNP位点选择的主要研究工作有:(1)大部分方法都是基于SNP两两位点之间的连锁不平衡。而已有研究表明多个位点之间也存在着较强的连锁不平衡关系,能够进一步帮助减少标签SNP位点选择的数目。此外,由于实验方法和技术的限制,目前大部分测序方法得到的是基因型数据而不是单体型数据,为了进行标签SNP位点选择,这些方法必须从基因型数据中推断出单体型数据,但是这个过程是十分复杂和需要昂贵代价的。为了克服这些困难,本文提出了一种基于信息论的平均信息增益率(AIGR)的连锁不平衡度量方法,然后利用该度量方法作为聚类相似性度量提出了一种新的标签SNP位点选择方法,使用层次聚类模型和AIGR作为聚类相似性度量对SNP位点数据集进行聚类,再从每一个聚类中选择该聚类的标签SNP位点,最后对选择出的标签SNP位点使用支持向量机进行预测评价。(2)SNP位点数据与疾病状态相关的位点才是具有实际意义的,而目前大部分的标签SNP位点选择都只考虑了位点间的连锁不平衡,而没有考虑疾病的状态信息,这对于标签SNP的选择是很局限的。因此,本文进一步考虑了疾病的状态信息进行标签SNP位点选择,也就是结合SNP位点间的连锁不平衡特性和疾病的状态信息进行标签SNP位点选择。该方法的主要思想是利用稀疏表示来计算SN P位点与疾病状态之间的相关性、SNP位点与SN P位点之间的相关性。其次就是基于图理论设计了一种SNP位点的聚类方法。这种方法既剔除了与疾病状态无关的SNP位点也剔除了由于SNP位点间的连锁不平衡产生的冗余SNP位点,最终得到的标签SNP位点子集是即满足与疾病状态最相关,同时子集内的冗余SNP位点最少,保证了所选择的标签SNP位点子集的效力。(本文来源于《湖南大学》期刊2015-05-20）
麦艾[8]（2014）在《miR-146a异常表达及其单核苷酸多态位点rs2910164与胃癌易感性的相关研究》一文中研究指出背景与目的胃癌是全球最常见的癌症之一，仅次于肺癌、乳腺癌和肠癌，居第四位，而且超过70%的病例出现在发展中国家，其中50%以上的病例出现在东亚地区。此外，胃癌也是世界上因癌症导致男女两性死亡的第二大原因之一。在亚洲，胃癌是位于乳腺癌和肺癌之后的第叁大最常见癌症，居癌症死因的第二位，仅次于肺癌。尽管近年来胃癌的发病率与死亡率在许多国家呈下降的趋势，但它仍然是各地区突出的公共卫生问题之一。因此，在不久的将来，胃癌仍为人类疾病最大的经济负担之一。尽管目前胃癌的治疗手段都比较先进，各种辅助化疗的发展在一定程度上提高了临床的治疗效果，然而，伴有淋巴结转移的晚期胃癌预后仍然很差。因此，有学者认为，一些基因可能有助于胃癌向恶性潜能转化，但具体要鉴别哪些基因可以预测胃癌的预后和复发仍然需要更深入的研究。microRNAs(微小RNA，miRNAs)是一种成熟的内源性、非编码的单链小分子、高度保守的RNAs，于转录后水平发挥作用，通过干扰靶mRNA切割或抑制翻译来调控基因的表达。已经有研究证实，miRNA长度为21～25个核苷酸，在多种人类疾病中发挥作用并参与几乎所有的生物学进程，包括疾病的发展、细胞分化、增殖与死亡。研究发现，miRNA的异常表达与实体癌（其中包括胃癌）的发生、发展和预后都有密切联系，这提示miRNA可以作为肿瘤抑制基因或癌基因而存在。而且，胃癌的发生、发展是一个集遗传、环境及生活习惯等多因素、多机制、多步骤的演进过程，其中，基因多态性是决定胃癌个体易感性和临床转归的一个重要因素。目前，有学者认为出现在miRNA或其结合部位的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)是导致miRNA遗传变异的的异常源头，从而导致癌症易感性的差别。基因组内特定核苷酸位置上存在两种不同的碱基，其中最少一种在群体中的频率不小于1%，这种基因组的单个位点上的碱基的差异称为SNPs，它是存在于人群体中每个个体的基因序列细微差别，在整个人类基因组中分布相当广泛，其具有的生物学功能，可以通过影响成熟miRNA的二级结构、表达水平及其与靶基因的识别，使miRNA的调控网络发生异常，进而与肿瘤的发生发展密切相关。虽然大多数SNPs并不影响基因的功能，但一些特定区域的SNPs可以使人容易罹患疾病或影响对药物的敏感性。miRNA基因序列中的SNPs与癌症易感性关系的研究，开启了探索癌症发展分子生物学机制的新途径。研究表明，在许多不同类型的癌症中，如肝癌、前列腺癌、乳头状甲状腺癌和乳腺癌中均发现miR-146a异常表达，这可能在癌症的发生发展中充当一种新的调节器的作用。有报道认为，miR-146a中一种G/C多态现象rs2910164是影响乳头状甲状腺癌中miR-146a表达的原因，这同样也与肝细胞癌、前列腺癌、乳头状甲状腺癌和乳腺癌患病风险有关系。然而，由于胃癌中miR-146a的表达同时具有上调和下调作用，故此miR-146a与胃癌之间的关系仍然具有争议性。因此，本实验致力于验证胃癌组织和细胞系中miR-146a的表达，找出多态现象rs2910164与胃癌患病风险之间的特征性关系，从而有助于确定miR-146a在胃癌中的确切作用。本实验发现，在人胃癌组织中的miR-146a呈下调表达，这与胃癌细胞中得出的结果一致。携带miR-146a变异GC/CC基因型的个体与携带野生型GG基因型的个体相比，前者患胃癌的风险要低于后者；此外，从G碱基到C碱基的突变，可以导致胃癌病人中成熟miR-146a表达的上升。上述结果均表明miR-146a在胃癌病人中发挥肿瘤抑制基因的作用，由此提供证据证明了miR-146a的SNPrs2910164可能在胃癌的预后中发挥重要的作用。方法1.收集胃癌标本本病例组选取2009年7月至2013年3月在江西省南昌大学第一附属医院及广州医学院附属肿瘤医院接受手术治疗，并经临床资料和病理组织学检查确诊的胃癌患者417例，并对每病例收集配对的癌组织和非癌组织。男264例，女153例，平均年龄（51.53±12.57）岁。其中H.pylori阳性患者有119例（占28.54%），H.pylori阴性患者有298例（占71.46%）；138例患者有吸烟史（占33.09%）；76例患者有胃癌家族史（占18.23%）。2.收集非癌症对照样本同期从南昌疾控中心获得了相同地区的420例健康对照者，并同时收集其血液样本。男250例，女170例，平均年龄（44.87±7.49）岁。其中H.pylori阳性患者有104例（占24.76%），H.pylori阴性患者有316例（占75.24%）；119例患者有吸烟史（占28.33%）；58例患者有胃癌家族史（占13.81%）。3.细胞培养实验对人的胃上皮细胞系(GES-1)和6种胃癌细胞系(AGS,BGC-823, HGC-27, MKN-28, MKN-45and SGC-7901)进行培养。4. RNA的提取与miR-146a的检测实验用TRIzol分别提取组织与细胞中的总RNA，并获得相应的cDNA，运用qRT-PCR测出样本中miR-146a与miR-146a前体的含量。5. miR146a的瞬时转染实验选miR-146a表达水平最低的AGS细胞作转染实验，用miR-146a mimic和NC对AGS细胞进行12孔板的转染，测定转染效率。6.细胞增殖实验转染24小时后的AGS细胞按每孔0.5×104个细胞的密度接种于96孔板中，孵育24小时后，用CCK-8试剂按试剂盒检测其增殖能力。7.克隆形成实验转染24小时后的AGS细胞按每孔1000个细胞的密度接种于新的6cm培养皿中孵育10天，进行克隆形成分析。8.细胞周期分析收集转染24小时后的AGS细胞经过相应的处理，通过流式细胞仪对细胞的DNA含量进行分析。9.血液样本的DNA分离及基因分型应用QuickGene DNA全血试剂盒（富士，东京，日本）来提取全血样本中的基因组DNA，并用7500实时PCR系统(AppliedBiosystems)对miR-146a SNP (rs2910164, G/C)进行基因分型工作。10.统计学分析采用SPSS17.0软件进行统计学分析。病例组与对照组之间基本情况的比较采用χ2检验；采用χ2检验计算Hardy-Weinberg平衡吻合度，分析对照组人口学特征和各位点基因型频率的观察值与预期值，评估其代表性；以多因素Logistic回归法计算表示胃癌发病相对风险度的比值比（odds ratio, OR）及其95%可信区间（confidence interval, CI）。P <0.05为差异有统计学意义。结果1.病例组与对照组的一般资料无统计学差异病例组（417例）与对照组（420例）在性别(P=0.261)、年龄（P=0.292）、H. pylori的感染状态(P=0.217)、居住地（P=0.103）、胃癌家族史(P=0.082)、吸烟史(P=0.135)等方面无统计学差异（P值均大于0.05）。2.胃癌标本中miR-146a呈低表达随机抽取的53例胃癌标本中，相对于配对正常组织，50例（94.3%）胃癌组织中miR-146a的表达降低，组间差异有统计学意义（P <0.01）。3.胃癌细胞系中miR-146a呈低表达与人的正常胃上皮细胞系（GES-1）相比，六种来源于胃癌的细胞系（AGS, BGC-823, HGC-27, MKN-28, MKN-45和SGC-7901）中的miR-146a均呈现明显的低表达（P值均小于0.05）。4. miR146a的瞬时转染实验选miR-146a表达水平最低的AGS细胞作转染实验，发现转染了miR-146a mimic的细胞与单纯转染NC或未转染（Mock组）的AGS细胞比较，miR-146a的表达水平呈明显的上调（P <0.01）。5. miR146a对细胞增殖能力的改变转染24小时后的AGS细胞，通过CCK-8法发现转染miR-146a mimic的细胞增殖率明显低于NC对照组细胞（P <0.01）。克隆形成实验中，miR-146a mimic转染组AGS细胞的克隆形成率低于对照组（P<0.05）。6.细胞周期通过流式细胞仪分析转染24小时后的AGS细胞，显示转染miR-146a mimic的细胞更多集中在G0/G1期（P <0.05）。7.不同rs2910164基因型与胃癌患病风险的关系携带rs2910164GC和CC基因型的个体患胃癌的风险比GG纯合子携带者低约0.605倍(95%CI,0.368-0.912;P=0.011)；此外，C等位基因与G等位基因比较，前者与胃癌的发生呈显着的低相关性(OR=0.611;95%CI,0.504-0.922; P=0.008)。8.不同rs2910164基因型与胃癌易感性的关系分层分析后发现，rs2910164的GC/CC基因型携带者患淋巴结转移的风险明显低于GG纯合子携带者（OR=0.527;95%CI:0.360-0.791; P=0.005）；此外，Ⅲ/Ⅳ期的胃癌病人中，GC/CC基因型携带者的患癌风险低于GG纯合子携带者(OR=0.622;95%CI:0.423-0.917; P=0.023)。9.多态位点rs2910164的G/C基因变异对miR-146a表达的影响mir-146a SNPrs2910164的不同基因型胃癌病人中，GG、GC和CC基因型的分布分别是30(46.15%)、26(40.00%)和9例(13.85%)。与rs2910164GG基因型相比，GC、CC和GC/CC基因型携带者均表现出较高的成熟mir-146a表达水平（P均小于0.01）；但是，上述叁种基因型携带者与GG基因型的病人相比，组间pri-miR-146a的表达水平没有统计学差异（图4B，均P>0.05）。结论1． miR-146a通过抑制胃癌细胞的增殖和克隆形成能力，在胃癌中发挥肿瘤抑制基因的作用。2. miR-146a多态位点rs2910164C等位基因携带者的胃癌易感性相对低于G纯合子携带者。3．miR-146a多态位点rs2910164C等位基因的携带者中成熟miR-146a的表达高于G纯合子携带者。(本文来源于《广州医科大学》期刊2014-04-01）
周琴[9]（2014）在《中国汉族人群IL-4基因叁个多态位点（rs2227284，rs2243283and rs2243288）的单核苷酸多态性与CHB的易感性》一文中研究指出背景乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus, HBV）感染的后果主要受病毒、宿主和环境叁者影响。随着人们对HBV认识逐渐增多，宿主遗传因素对HBV感染的后果的影响亦日渐受到人们的关注，其中细胞因子的基因多态性成为研究热点。多项研究已证明细胞因子的基因多态性与HBV感染慢性化的关系密切。白介素4（Interleukin-4,IL-4）在调节T淋巴细胞亚群的动态平衡中起着关键的作用，而T淋巴细胞亚群失衡可影响人类对治疗性疫苗的应答及人类自身免疫性疾病的易感性。此外，IL-4可抑制γ干扰素（Interferon-γ,IFN-γ）和炎症介质的产生，从而防止炎症对肝脏的损伤。亦有报道称IL-4基因突变时，可能改变其表达及其下游信号，从而增加免疫相关性肝脏疾病的个人易感性。因此其单核苷酸多态性（singlenucleotide polymorphism, SNP）可能与慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)的发病及临床不同转归相关。目的研究IL-4rs2227284G/T、rs2243283C/G和rs2243288A/G位点SNP与中国汉族人群HBV感染慢性化的关系。方法随机入组501位慢性HBV患者作为病例组，301位急性自限性HBV感染者作为对照组。分别检测病例组及对照组所有入组人员的IL-4基因rs2227284G/T、rs2243283C/G和rs2243288A/G叁个位点的SNP，分析两组间的等位基因频率、单体型频率、基因型是否存在差异；分析以上叁个位点的不同遗传模型是否存在统计学意义；计算以上叁个位点的两两位点间的连锁不平衡系数(D’)。我们所采用的是多重单碱基延伸SNP分型技术(Multiplex SNaPshot technique)。结果1．rs2227284位点3种基因型TT、GT、GG在病例组的分布频率分别为74.3%、24.3%、1.4%,在对照组分别为76.1%、22.3%、1.6%; rs2243283位点3种基因型CG、CC、GG在病例组的分布频率分别为33.1%、63.3%、3.6%,在对照组分别为30.2%、65.1%、4.7%; rs2243288位点3种基因型GG、GA、AA在病例组的分布频率分别为65.1%、31.5%、3.4%,在对照组分别为66.4%、30.6%、3.0%。χ2检验结果显示, IL-4基因以上3个位点各基因型在两组间分布差异均无统计学意义（p值分别为：rs2227284，p=0.969; rs2243283, p=0.416; rs2243288p=0.685）。2．统计分析显示IL-4基因rs2227284位点的T等位基因在病例组及对照组的频率分别为86.4%和87.2%；rs2227284位点的G等位基因在病例组及对照组的频率分别在分别为13.6%和12.8%。rs2243283位点的C等位基因在病例组及对照组的频率分别为79.8%和80.2%；rs2243283位点的G等位基因在病例组及对照组的频率分别为20.2%和19.8%。rs2243288位点的G等位基因在病例组及对照组的频率分别为80.8%和81.7%；rs2243288位点的A等位基因在病例组及对照组的频率分别为19.2%和18.3%。结论：经卡方检验，叁个位点rs2227284、 rs2243283和rs2243288的等位基因频率在病例组与对照组间均无统计学差异（P值分别为rs2227284，P=0.655，OR(95%CI)=1.071(0.793-1.445)；rs2243283，P=0.849，OR(95%CI)=0.976(0.758-1.257)； rs2243288， P=0.659，OR(95%CI)=1.060(0.818-1.375)）。3．病例组与对照组间加性模型、显性模型和隐性模型叁种不同的遗传模型也显示无统计学差异(rs2227284次要等位基因为G，加性模型、显性模型和隐性模型的p值分别为0.771，0.563，0.766；rs2243283次要等位基因为G，加性模型、显性模型和隐性模型的p值分别为0.571,0.599,0.071；rs2243288次要等位基因为A，加性模型、显性模型和隐性模型的p值分别为0.902,0.691,0.555)。4．结果显示IL-4单体型频率GCA、TCA、TCG及TGG在病例组分别为13.5%、5.4%、60.9%、19.8%；对照组分别为12.8%、5.5%、62.0%、19.7%。分析显示无明显的统计学意义。P值分别为GCA，P=0.670；TCA,P=0.989；TCG，P=0.733；TGG，P=0.950。结论中国汉族人群中IL-4基因标签单核苷酸多态性(tag Single nucleotidepolymorphisms, tagSNPs) rs2227284，rs2243283和rs2243288可能与HBV感染的慢性化无关。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2014-03-01）
常乐[10]（2013）在《载脂蛋白M基因单核苷酸多态位点rs805297与中国汉族人群冠心病的相关性研究》一文中研究指出冠状动脉粥样硬化性心脏病（coronary artery disease，CAD）是一种受环境因素和遗传因素共同作用所致的复杂性疾病。大部分CAD的病理基础是冠状动脉粥样硬化（atherosclerosis，AS），脂蛋白以及单核细胞进入血管内膜下组织，来自血液的单核细胞吞噬大量脂质转变成为泡沫细胞，从而触发AS过程并导致CAD。载脂蛋白M（Apolipoprotein M，ApoM）是一种脂质转运蛋白类蛋白，主要与人血浆高密度脂蛋白（HDL）相关，少量存在于富含甘油叁酯脂蛋白和低密度脂蛋白。ApoM在β-HDL前体形成和胆固醇代谢过程中发挥重要作用，其作为脂蛋白的主要组成部分可能参与脂质转运和代谢的过程，并与CAD的形成和发展有着密切的关系。大量证据提示遗传因素在CAD保护方面起着重要作用，ApoM基因被认为是一个潜在的候选基因对CAD的发生有保护作用。通过研究已发现ApoM基因上多个单核苷酸多态性位点（SNPs）与糖尿病和冠心病相关。但是至今仍没有相关报道发现rs805297位点对CAD的作用。本研究中我们用病例-对照关联分析方法对946例CAD患者和1259例正常对照群体ApoM启动子区单核苷酸多态位点rs805297进行了研究，结果显示，ApoM基因rs805297位点小等位基因A增加中国汉族人群CAD的发病风险（Padj=0.037，OR=1.325），不同模式下分析可得到加性和隐性模式校正P值分别为0.035和0.022，与CAD发生显着相关。本研究的结果从遗传学角度上揭示了位于ApoM启动子区域的SNP rs805297可能参与了CAD发生的分子遗传机制，该位点变异可能增加CAD的发生风险，提示ApoM可能是中国汉族人群CAD的重要遗传因素之一。(本文来源于《华中科技大学》期刊2013-01-01）
单核苷酸多态位点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
研究背景肝癌是第六常见的癌症,同时致死率排名第叁,每年有超过700000人被诊断为肝癌,平均每10万人的发病人数为16。肝癌患者的五年生存率约为5-9%,而导致生存率低的原因主要是因为肝癌发现时多数已经处于晚期。通常情况下约70-90%肝癌的发生都与慢性肝脏内疾病的发生有关,大约有80%的肝癌发生在东亚以及撒哈拉以南非洲地区,而这主要与慢性乙肝病毒感染以及黄曲霉素B的摄入有关。而在北美,欧洲以及日本,慢性丙肝病毒感染是肝癌发生的主要危险因素,其次是饮酒。肝癌的发生是一个复杂的过程,与多种突变以及信号通路改变有关,其中最常见的基因突变是抑癌基因TP53的失活突变,大约有20-40%的肝癌病人有TP53的基因突变,并且其突变频率与肝癌的发展阶段有关。CTNNB1,编码βcatenin,发生突变的概率约为25%,主要在HCV相关的肝癌中出现。同时在染色体1q,6p,8q,17q和20q发生的基因扩增以及4q,8p,11q,13q,16q和17p的片段缺失突变在肝癌中较为常见,它们影响了一些重要的致癌基因和抑癌基因。表皮生长因子受体EGFR及Ras信号通路在超过50%的肝癌患者中都被激活,而mTOR(mammalian target of rapamycin)信号通路在约40-50%的肝癌中都因上游抑癌基因PTEN的失活而激活。MicroRNA是短链非编码的RNA,长度约为18-25个核苷酸,通常与调控的mRNA的3'端调控区域或者5'端UTR配对。MicroRNA结合到目标mRNAs后会导致目标mRNA的转录抑制,或者促进mRNA的降解,从而导致一个迅速且敏感的基因表达调控。MicroRNA己经被证明影响超过30%人类基因的表达,并且超过60%的mRNA在3'UTR有microRNA预测的结合位点。同一个microRNA可以调控多个基因的表达,而一个基因也可以被多个microRNA调控,并且microRNA的表达可以是组织或者器官特异性的。近年来越来越多的数据表明microRNA可以作为癌基因或者抑癌基因发挥作用,直接或间接的参与癌症相关的信号通路调节。MicroRNA参与调节许多重要的生理过程,对维持正常肝脏功能以及在肝脏疾病中有重要作用,并且在肝癌中存在一系列的microRNA表达下调,表明他们可能作为潜在的抑癌基因,而重新表达那些抑癌的microRNA可以导致细胞周期受阻,增加细胞凋亡,降低肿瘤血管生成和转移。MicroRNA的产生以及靶向目的基因都是非常序列特异性的,在microRNA或者microRNA靶向序列的突变可能对microRNA的功能产生深远影响。序列分析表明microRNA以及其靶向序列在进化上是高度保守的,此外microRNA基因的SNPs十分少见。这些证据表明在遗传选择的压力上,microRNA序列中出现的SNPs可能是具有功能的。理论上microRNA相关的SNPs可以通过两种机制影响肿瘤细胞。第一,突变导致microRNA功能失活从而导致抑癌的microRNA失活;第二,突变导致microRNA激活而导致致癌的microRNA表达增强。MicroRNA在产生过程中,需要Drosha和Dicer进行连续的剪辑,这一过程很大程度上依赖于前体RNA的适当折迭成一个颈环状结构,而在pri-microRNA和pre-microRNA发生序列变化可能会导致二级结构改变,从而抑制或增强pri-microRNA 的剪辑效率,这些 SNP 在 pri-microRNA,pre-microRNA 或者成熟的microRNA中,可以降低或增强microRNA的功能。SNP也可以间接影响microRNA,例如SNP在microRNA的启动子区域,影响其翻译,或者SNP在mRNA中导致microRNA的靶向位点受到破坏。MicroRNA的SNP也可以与癌症的发病危险性,预后等相关,例如在肝癌中IL1A基因3' UTR区域的rs3783553 SNP会产生一个新的miR-122和miR-378的结合位点,从而抑制IL1A的表达,降低抗肿瘤的免疫反应,增加患肝癌的危险性;在βTrCP(β-transducin repeat-containing protein)3'UTR 的一个插入缺失突变会导致miR-920的结合位点破坏,从而增加βTrCP的表达,导致NF-kB入核而激活抗凋亡基因而促进肿瘤细胞存活。SET8基因的3' UTR区域的一个SNP与肝癌患者生存提高相关,对病人组织进行免疫组化染色发现,SET8的SNP降低了 SET8的蛋白表达,而该SNP会产生一个miR-502的靶向位点,而抑制SET8会激活p53的抗凋亡以及检验点功能。研究目的和意义本课题主要的研究目的包括:(1)探究miR-146a在肝癌病人肿瘤组织、癌旁组织以及肝癌细胞系中的表达变化,是否存在表达异常,是上调或者下调?(2)采用肝癌细胞系作为模型,探究miR-146a对肝癌细胞的作用,是否能够影响细胞增殖,集落形成,细胞迁移或者裸鼠成瘤能力等。(3)测定miR-146ars2910164位点SNP在肝癌人群和健康人群对照中的基因型分布,分析该SNP与肝癌易感性之间的关系。MiR-146家族的成员包括miR-146a和miR-146b,在THP-1细胞受到LPS刺激后会受到激活而导致miR-146a和miR-146b表达增加,并且是NF-kB信号通路依赖的。MiR-146a是通过靶向IRAK-1而导致负反馈调节抑制NF-kB信号通路,从而抑制乳腺癌和胰腺癌细胞系的侵袭和转移。在pre-miR-146a的一个SNPrs2910164G＞C被证明是乳头状甲状腺癌的危险因素,而在接下来的研究表明rs2910164 SNP与前列腺癌,食管癌的发病相关联。在最近的一个研究中rs2910164 SNP与膀胱癌的发病下降以及复发减少有关。功能研究表明miR-146a rs2910164 G＞C突变可以通过改变Drosha调节的剪辑过程而降低miR-146a表达。研究表明miR-146的低表达与雄性激素非依赖的前列腺癌相关,而rs2910164 SNP与荷尔蒙耐药的前列腺癌相关,因此可以推测miR-146a在前列腺癌中有重要作用。肝癌中同样存在miR-146a的异常表达,可能作为一个抑癌基因发挥作用,因此本文通过对肝癌病人肿瘤组织和癌旁组织进行miR-146a表达检测进行验证,同时采用低表达miR-146a的肝癌细胞系模型,通过转染表达miR-146a的质粒上调miR-146a的表达,研究上调miR-146a表达后细胞系细胞增殖,侵袭,集落形成以及裸鼠成瘤能力变化,检测miR-146a在肝癌中是否具有抑癌作用,此外本文通过对188例肝癌患者以及186例健康人miR-146ars2910164 SNP基因型进行检测,研究该SNP与肝癌易感性的相关性。通过上述研究可以对miR-146a在肝癌中的表达变化,是否作为抑癌基因发挥作用,以及其rs2910164 SNP与肝癌易感性进行检测,为肝癌发生发展的分子机制以及治疗提供理论依据。研究内容和方法(1)病人组织miR-146a表达检测:收集肝癌病人的肿瘤组织与癌旁组织,提取总RNA,采用荧光定量PCR对miR-146a表达进行检测,以癌旁组织作为对照分析肝癌病人肿瘤组织miR-146a的表达变化,并将肝癌病人按照肝癌的临床分期进行分组,分析miR-146a表达变化与肝癌病人的临床分期是否具有相关性。(2)肝癌细胞系miR-146a表达检测:选择一系列肝癌细胞系,培养后提取总RNA,采用荧光定量PCR对肝癌细胞系miR-146a表达变化进行检测,以正常肝癌细胞系作为对照。选择miR-146a较低的肝癌细胞系作为模型,通过构建miR-146a表达载体,在低表达miR-146a的肝癌细胞系中上调miR-146a表达,研究细胞功能变化。(3)细胞增殖测定:将HepG2和SMMC-7721细胞按照2000个/孔铺板到96孔板中,培养24h后进行miR-146a慢病毒感染,采用PLKO.1慢病毒以及未感染病毒的细胞作为对照,不同时间点对进行活细胞数目检测,分析细胞生长变化。(4)细胞集落形成能力检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒和不感染病毒的亲代细胞作为对照进行软琼脂集落形成测试,软琼脂集落形成实验上层胶浓度为0.4%,下层胶为0.6%,每孔接种细胞细胞数为4000个,在培养3周后采用结晶紫染色并用显微镜拍照计数。(5)细胞侵袭能力变化检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒和不感染病毒的亲代细胞作为对照。将细胞无血清饥饿处理过夜并消化成单个细胞,采用含有BSA的无血清培养基将细胞重悬,并将1×105细胞加入24孔板的Transwell小室,并在24孔板下室加入500ul含有FBS的DMEM完全培养基,37摄氏度培养24h后采用4%多聚甲醛将细胞固定并采用吉姆萨染液染色拍照。(6)裸鼠成瘤能力变化检测:将HepG2和SMMC-7721细胞感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒的细胞作为对照,取8周龄雌性BABL/C裸鼠进行肿瘤细胞接种,在每只小鼠右腋下接种3×106个感染了 PLKO.1慢病毒的细胞,在每只小鼠左腋下接种3×106个感染了 miR-146a慢病毒的细胞,并在接种肿瘤后一周开始肿瘤大小测量,每隔3天测量一次,并在HepG2或SMMC-7721肿瘤细胞接种四周后处死小鼠并将肿瘤取出,测量大小,称重,拍照并记录数据。(7)Western blot检测相关信号通路蛋白:将HepG2和SMMC-7721细胞按照5×105/孔铺板在六孔板中,感染miR-146a慢病毒,并以感染PLKO.1慢病毒的细胞作为对照,培养72h后收蛋白样品,对HepG2和SMMC-7721细胞pAkt,p-P38MAPK,PCNA以及NF-kB p65表达进行检测。(8)miR-146ars2910164 SNP位点基因型分布检测:采集188位肝癌病人以及186位健康人的外周血,采用QIAampDNA MiniKit试剂盒对DNA提取,然后采用PCR扩增miR-146a基因片段并送样测序检测,分析该SNP与肝癌发生的相关性。研究结果本文对肝癌病人肿瘤组织、癌旁组织以及肝癌细胞系miR-146a表达进行了检测,并在肝癌细胞系HepG2和SMMC-7721中上调miR-146a的表达,然后对细胞增殖、侵袭、集落形成、裸鼠成瘤以及相关信号通路蛋白进行检测,并分析miR-146ars2910164 SNP与肝癌的易感性。结果如下:(1)肝癌病人肿瘤组织的miR-146a表达水平与癌旁组织的表达水平存在显着性差异,肝癌患者肿瘤组织的miR-146a表达水平明显低于癌旁组织,差异具有统计学意义。通过计算得到miR-146a表达的中位数,肝癌组织为3.72±2.5,癌旁组织为9.55±5.3,癌旁组织miR-146a表达水平是肝癌组织miR-146a平均值的2.57倍。将患者根据肝癌临床级别进行分类,结果表明,miR-146a表达水平与肝癌病人的临床分期相关,临床分期(Ⅲa和Ⅲb)越高的病人则其miR-146a表达水平则较低,而临床分期(Ⅰa,Ⅰb,Ⅱa和Ⅱb)较低的病人则miR-146a表达水平较高(2)miR-146a在正常肝细胞系L02以及LM3中表达较高,而在肝癌细胞系HepG2,SMMC-7721和QGY-7701中表达较低,表明部分肝癌细胞系如HepG2,SMMC-7721和QGY-7701的miR-146a表达水平相对于正常的肝脏细胞系L02相比,呈明显下调趋势。(3)采用HepG2和SMMC-7721细胞作为模型并构建miR-146a表达载体,荧光定量PCR验证miR-146a表达成功。在HepG2和SMMC-7721细胞在上调miR-146a表达过后,与亲代细胞或者感染空载体PLKO.1病毒的细胞相比,其细胞增殖明显受到抑制,同时软琼脂集落形成能力明显受到影响,形成的集落数明显减少,在细胞侵袭实验中,穿过Transwell小室染色呈阳性的细胞数目明显变少,其细胞侵袭能力明显受到抑制,成瘤能力明显下降,其肿瘤平均大小要明显低于对照组。采用Western blot 对 HepG2 和 SMMC-7721 细胞上调 miR-146a 表达后 p-P38MAPK,pAkt,NF-kBp65,PCNA 蛋白进行检测,结果表明 p-P38MAPK,pAkt,NF-kBp65,PCNA表达均明显下降,表明miR-146a上调表达对细胞增殖以及PIK3K/Akt以及NF-kB信号通路均有影响。(4)肝癌组和健康人对照组之间miR-146ars2910164位点基因型差异具有统计学差异,rs2910164 位点 GC(OR=1.99,95%CI 1.27-3.11,P=0.003)或CC(OR=3.3,95%CI 1.72-6.32,P=0.0003)基因型携带者患肝癌的危险性明显高于rs2910164位点GG基因携带者。肝癌组和健康人对照组基本特征分析,HBV感染、肝癌家族史、饮酒因素存在相关性,并且miR-146ars2910164位点多态性与肝癌病人临床分期,肿瘤大小,组织细胞类型,转移情况,血管及淋巴浸润情况不存在相关性。结论肝癌患者肿瘤组织的miR-146a表达水平明显低于癌旁组织,并且与病人的临床分期相关,因此miR-146a表达水平变化可能作为肝癌患者潜在的预后指标。MiR-146a作为抑癌基因在肝癌中发挥作用,上调其表达可以抑制肝癌细胞系HepG2和SMMC-7721细胞增殖,集落形成,细胞侵袭以及裸鼠成瘤能力,其致癌作用可能与下调p-P38MAPK,pAkt,NF-kB p65和PCNA表达有关。MiR-146a rs2910164位点GC或CC基因型携带者患肝癌的危险性明显高于rs2910164位点GG基因型携带者,肝癌组和健康人对照组基本特征分析,HBV感染、肝癌家族史、饮酒因素存在相关性,并且与肝癌病人临床分期,肿瘤大小,组织细胞类型,转移情况,血管及淋巴浸润情况等因素不存在相关性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
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