导读:本文包含了群落多态性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:末端限制性片段长度多态性,麦芽,酵母提前絮凝(PYF),微生物群落分析
群落多态性论文文献综述
梁云[1]（2017）在《末端限制性片段长度多态性技术在引起酵母提前絮凝的麦芽微生物群落分析中的应用》一文中研究指出本文分别从麦芽微生物总DNA的提取、荧光标记引物的选择、产物的限制性酶切等条件建立并优化微生物群落分析技术--末端限制性片段长度多态性技术,利用该技术分析不同品种不同PYF值和同一品种高低不同PYF值麦芽微生物群落,确定麦芽中引起酵母提前絮凝的微生物。结果表明采用0.1g麦芽进行微生物DNA提取,采用FAM对引物进行荧光标记,细菌PCR产物采用HaeⅢ、Msp I、Rsa I 3种限制性内切酶联合酶切,真菌PCR产物采用HaeⅢ、HinfI、RsaI联合酶切,建立的T-RFLP技术确定麦芽中引起酵母提前絮凝的微生物为镰刀菌Fusarium、曲霉菌Aspergillus、核腔菌Pyrenophora。(本文来源于《中外酒业·啤酒科技》期刊2017年23期）
李彩霞[2]（2013）在《阴道细菌群落多样性及外阴阴道念珠菌病相关白念珠菌基因多态性研究》一文中研究指出第一部分454焦磷酸测序研究健康女性阴道细菌群落多样性目的了解正常女性阴道微环境中各种细菌的种类和丰度。方法采集20例健康志愿者的阴道分泌物标本,直接提取基因组DNA,使用细菌16S rRNA通用引物扩增V1-V3区,产物进行焦磷酸测序。对测序数据进行有效数据统计,评估样本中的菌群的丰度和多样性,对菌群进行门、纲、目、科、属、种六个水平的分类学比较。结果20个样本中共检测到有效序列115329条,平均每个样本5766条,序列平均长度477bp。经聚类比对,共生成2363个操作分类单元。在门的水平共检测到了6个门,其中以硬壁菌门为最多。在60个属中,乳杆菌属占绝大多数,平均含量在90%以上。而种的水平上,L.crispatus是最常见的菌种,其他种的乳杆菌少见。结论健康女性阴道菌群以乳杆菌为主,且L.crisputs是最常见的组成部分。第二部分南京地区妇女外阴阴道念珠菌病的分子流行病学研究目的了解南京地区引起外阴阴道念珠菌病的白念珠菌的优势基因型,比较不同年龄、不同生理状态下白念珠菌基因型分布是否存在差异。方法收集2011年12月至2012年04月在南京市妇幼保健医院就诊的外阴阴道念珠菌病病例,获取患者的临床资料和阴道分泌物标本。分泌物均经镜检、培养纯化及分子生物学鉴定。对鉴定为白念珠菌的菌株基因组DNA使用CA Ⅰ微卫星标记进行扩增,产物经毛细管电泳后用ABI3700测序仪扫板后分析。结果共收集外阴阴道念珠菌病例246例,微卫星标记成功扩增了208株白念珠菌DNA,共检测到了51种基因型。其中占前叁位的基因型分别是30：45,21：21和32：46,分别占所检测样本的29.3%、13.0%和12.0%。妊娠人群中主要的基因型是46：46、32：46和21：21,妊娠人群白念珠菌基因型与非妊娠人群分布存在差异。各年龄组间白念珠菌基因型分布未见明显差异。结论南京地区外阴阴道念珠菌病相关的白念珠菌基因型分布有着独特的分布特征。妊娠人群的基因型分布与非妊娠人群相比具有显着性差异。而年龄与基因型分布无关。第叁部分妊娠期外阴阴道念珠菌病相关的白念珠菌基因多态性的研究目的了解引起妊娠妇女外阴阴道念珠菌病的白念珠菌基因型分布情况。方法收集中后期妊娠外阴阴道念珠菌病患者的阴道分泌物样本,经培养鉴定为白念珠菌后提取基因组DNA。对所提取的DNA使用7个管家基因进行扩增后测序。使用Mega5.1对获得的序列构建进化树,用eBURST进行进化分析。结果共收集了妊娠VVC病例80例,共分离出念珠菌83株,其中白念珠菌77株,光滑念珠菌7株。其中77株白念珠菌经ATTla、ACC1、ADP1、MPIb、SYA1、VPS13以及ZWF1b7个管家基因扩增后共形成60个序列型,这60个序列型在数据库中均未见收录。使用UPGMA法构建系统进化树可将所有菌株分成5类,其中最多的一类占所有菌株比例的58.4%。搜索数据库与国内报道的VVC菌株共同建立进化树发现都在同一类中。eBURST分析发现60个DST中最大的克隆复合体包含了23个DST。其中编号57号菌株对应的为分子进化的始祖DST。结论南京地区妊娠VVC相关的念珠菌由未报道过的序列型组成,具有独特的DST和特有的进化始祖,并呈现出基因的高度多态性。基因多态性的DST之间的遗传距离小。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2013-05-01）
蓝江林,刘波,焦会民,朱育菁,苏明星[3]（2012）在《香蕉植株内生细菌群落多态性研究》一文中研究指出采用平板法对香蕉(Musa nana)植株的内生细菌进行分离纯化,并采用细菌脂肪酸法进行鉴定。结果表明,从香蕉的健康植株和感病植株中共分离得到内生细菌21属24种。从健株分离得到9种内生细菌,其中根、茎和叶分别分离到6种、2种和8种内生细菌。从病株分离得到15属17种内生细菌,其中根、茎和叶分别分离到3种、11种和6种。香蕉健株根部的内生细菌含量最高,达5.195×106cfu g-1,下部叶片内生细菌的含量最低,仅为30 cfu g-1;香蕉病株茎部内生细菌的数量显着高于其他部位,达1.05×107cfu g-1。这说明香蕉在不同生长状态下,其内生细菌的种类和数量存在多样性。(本文来源于《热带亚热带植物学报》期刊2012年03期）
骆毅[4]（2010）在《应用末端限制性片段长度多态性技术对骨科感染中细菌群落的解析》一文中研究指出研究背景：感染是骨科临床实践中重点关注的问题之一,无论是假体相关性感染还是诸如开放性骨折、慢性骨髓炎等其它骨科感染,往往具有病原学复杂,抗生素耐药等问题,而对诸如“无菌性假体”松动这样的临床诊断中到底有无细菌的存在更是莫衷一是,争议颇多。临床传统应用的微生物纯培养方法对于这些问题的回答力有未逮。脱胎于坏境工程学科的分子生物学技术末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism, T-RFLP)通过对系统中微生物的标记DNA-16S rDNA—的检测,获取许多长度不同的末端限制性片段(Terminal Restriction Fragment, T-RF)或称分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU),从而可以全景式的解析系统中所有细菌群落的结构,这尤其对于检测那些临床传统方法不能培养的细菌意义重大。近年来T-RFLP方法正被逐渐应用于临床病原菌的检测,例如肠道菌群、阴道菌群等,但应用于骨科感染的研究尚未见报道。研究目的：1.应用T-RFLP技术分析怀疑感染的骨科标本中细菌群落分布情况；2.比较T-RFLP技术得到的结果与临床传统纯培养结果的异同；3.初步评价该技术的优缺点及其应用于临床的前景。研究方法：1.实验对象：骨科感染标本(包括假体相关性和非假体相关性),其它科感染标本；2.细菌检测方法：T-RFLP,临床纯培养；3.分析方法：i.对T-RFLP自身结果进行聚类分析；ii.对两者的比较则应用克隆文库测序、TAP (T-RFLP Analysis Program)和临床结果电子酶切的方法。研究结果：1.收集了59份临床样品,最终14份得到了T-RFLP谱图；2.聚类分析显示,样品可按照解剖部位分类,每类中末端限制性片段(T-RFs)的分布具有一般性规律：其中膝关节样品6、11、12、17中丰度最高的片段都是80bp、82bp、85bp,其总丰度超过40%；脊椎样品30、47中丰度最高的片段都是479bp,总丰度超过60%；3.对13号样品构建了克隆文库并测序,Blast分析(Basic Local Alignment Search Tool)序列结果为停乳链球菌,与临床培养结果一致；4.临床已知培养结果者电子酶切分析得到的T-RFs大多与T-RFLP实测情况相符(为丰度最多的片段,且两者相差在1-3bp)。结论：本研究应用末端限制性片段长度多态性技术对骨科感染标本中细菌群落结构的分布进行了全景式的扫描分析,并同临床传统纯培养方法进行了比较,发现：1.无论有无假体的存在,相同解剖部位的感染中细菌群落的分布都具有很高的相似性；2.部分临床诊断为“无菌性假体松动”的病例中可能也是有细菌感染存在的,且其菌群分布规律与相同解剖部位感染患者亦相似；3.通过对各种不同临床来源的样品处理以及与临床结果比对,证实了末端限制性片段长度多态性技术安全、稳定、可靠,具有广阔的临床应用前景；但为进一步提高临床样品的检出率,实验条件尚有待优化。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2010-06-01）
王岩,沈锡权,吴祖芳,翁佩芳[5]（2009）在《PCR-SSCP技术在微生物群落多态性分析中的应用进展》一文中研究指出PCR-SSCP技术是新近发展起来的一种分子生物学分析技术,因具有快速、简便、灵敏和适于大样本筛查的特点,能有效检出碱基置换、缺失、插入等基因变异,因而有广泛和潜在的应用价值。该文较系统地介绍了PCR-SSCP方法的发展过程、技术优势及其在环境生态、食品微生物等领域中微生物群落多态性检测的应用进展,并对其发展前景作了展望。(本文来源于《生物技术》期刊2009年03期）
李学梅,余育和,冯伟松,颜庆云,吴利[6]（2009）在《转基因鱼试验湖浮游生物群落DNA多态性与物种组成关系》一文中研究指出采用RAPD和PCR-DGGE指纹技术对转基因鱼试验湖的浮游生物群落DNA多态性进行了研究,并探讨了DNA多态性与物种组成的关系.结果显示:(1)形态学分类共鉴定到44种/类浮游生物:其中藻类13种,原生动物11种,轮虫16种,枝角类和桡足类各2种.多甲藻(Peridinium sp.)、球形砂壳虫(Difflugia globulosa)、螺形龟甲轮虫(Keratella cochlearis)和针簇多肢轮虫(Polyarthra trigla)4个物种在各个站丰度相对较高.(2)RAPD扩增共获得128条长度在200-1200bp的谱带,多态率为61.7%,特异性谱带占总谱带的19.5%.(3)PCR-DGGE指纹分析共获得87条扩增谱带,其中原核生物谱带相对较多(50条),真核生物谱带较少(37条),多态率分别为86%和64.9%.尽管形态学鉴定和DNA指纹分析都表现出较高物种多样性,但其相似性聚类却有差别:物种组成聚类中B、C站聚为一类,D、E站聚为一类,A站独为一类;两种DNA指纹分析聚类结果显示C、D、E叁站聚为一类,A、B聚为一类.综上所述,在对浮游生物群落的研究中,形态学方法与DNA指纹技术不显着对应,后者能揭示更丰富的物种多样性,但毫无疑问叁种方法可以从不同方面表征群落结构.这将为进一步研究湖泊浮游生物群落结构和功能关系奠定坚实的基础.(本文来源于《湖泊科学》期刊2009年03期）
李自刚,李兴道,蒋媛媛,边传周,介晓磊[7]（2008）在《水稻秸秆还田对河南沿黄稻区土壤细菌群落分子多态性影响》一文中研究指出模拟河南省沿黄稻区水稻秸秆还田生态条件,分别在种植过水稻的潮土和没有种植过水稻的潮土中添加水稻秸秆培养70 d,在第0,5,25,45,70 d时采集土样.直接提取土样细菌总DNA,对细菌总DNA经PCR扩增后,对其产物进行DGGE分析.结果表明,施有水稻秸秆处理的土壤细菌群落多态性的变化远远复杂于空白对照土壤中的细菌群落变化,说明水稻秸秆还田能够增加土壤细菌群落分子多态性的丰富度;并且水稻秸秆刺激作用下不同土壤细菌群落分子多态性高峰出现时间不同.(本文来源于《河南农业大学学报》期刊2008年01期）
夏月,Sardar,Khan,贺纪正,朱永官[8]（2007）在《限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究》一文中研究指出限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.(本文来源于《环境科学学报》期刊2007年06期）
卜元卿,黄为一[9]（2005）在《稻秸对土壤细菌群落分子多态性的影响》一文中研究指出模拟稻秸原位还田条件,分别在水稻土和红壤中添加水稻秸秆培养70d ,第0、5、2 5、4 5、70天采集土样。采用非机械破壁法直接提取水稻土和红壤细菌总DNA ,水稻土细菌总DNA经过二次纯化;红壤细菌总DNA经过一次纯化后,PCR扩增其16SrDNAV3可变区,均可获得清晰的目的条带,对扩增产物进行DGGE分析,结果显示:水稻土和红壤样品的DGGE条带增加,说明稻秸能够增加土壤细菌群落分子多态性的丰富度,随着培养期的延长,施有稻秸的处理中土壤细菌群落多态性的变化远远复杂于空白对照土壤中的细菌群落变化;同时发现在稻秸刺激下不同土壤细菌群落多态性高峰期出现时间不同(本文来源于《土壤学报》期刊2005年02期）
颜庆云,余育和,张文静[10]（2005）在《武汉东湖浮游生物群落DNA多态性与富营养化》一文中研究指出对武汉东湖不同程度富营养化湖区 ,即站 、站 与站 浮游生物进行了群落级 DNA多态性的 DNA指纹研究 ,并就其拓扑结构与富营养化特征参数之间关系进行了分析。实验结果如下 :(1)各站点总氮、总磷及叶绿素 a分别为 1.14 6～ 2 .2 35mg/ L、0 .0 13～ 0 .2 10 mg/ L 和 4 0 .2 5～ 10 9.2 2 μg/ L;(2 )所筛选的 5个随机引物共获得 2 9个扩增位点 ,其中多态位点占75 .9% ,各引物扩增谱带数在 2～ 6间。站 的扩增条带数最多、谱带多态率最高 (6 9.6 % )、特有带最多 ;(3)特定浮游生物类群的特异性 PCR扩增谱带为 1～ 6条不等 ,站间差别甚小。聚类及综合分析表明 :DNA指纹拓扑结构与浮游生物及特定浮游生物类群的物种多样性丰度相吻合 ,并与富营养化主要指示参数存在明显相关 ,即在一定范围内浮游生物群落 DNA多态性与富营养化程度呈反方向发展 ,而原生动物则表现出同向性发展趋势。因此 ,群落级 DNA指纹分析不仅能为生态学研究洞开一片新颖的视窗 ,并有可能孕育出一种简便而灵敏的水体富营养化危机预警系统(本文来源于《生态学报》期刊2005年03期）
群落多态性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
第一部分454焦磷酸测序研究健康女性阴道细菌群落多样性目的了解正常女性阴道微环境中各种细菌的种类和丰度。方法采集20例健康志愿者的阴道分泌物标本,直接提取基因组DNA,使用细菌16S rRNA通用引物扩增V1-V3区,产物进行焦磷酸测序。对测序数据进行有效数据统计,评估样本中的菌群的丰度和多样性,对菌群进行门、纲、目、科、属、种六个水平的分类学比较。结果20个样本中共检测到有效序列115329条,平均每个样本5766条,序列平均长度477bp。经聚类比对,共生成2363个操作分类单元。在门的水平共检测到了6个门,其中以硬壁菌门为最多。在60个属中,乳杆菌属占绝大多数,平均含量在90%以上。而种的水平上,L.crispatus是最常见的菌种,其他种的乳杆菌少见。结论健康女性阴道菌群以乳杆菌为主,且L.crisputs是最常见的组成部分。第二部分南京地区妇女外阴阴道念珠菌病的分子流行病学研究目的了解南京地区引起外阴阴道念珠菌病的白念珠菌的优势基因型,比较不同年龄、不同生理状态下白念珠菌基因型分布是否存在差异。方法收集2011年12月至2012年04月在南京市妇幼保健医院就诊的外阴阴道念珠菌病病例,获取患者的临床资料和阴道分泌物标本。分泌物均经镜检、培养纯化及分子生物学鉴定。对鉴定为白念珠菌的菌株基因组DNA使用CA Ⅰ微卫星标记进行扩增,产物经毛细管电泳后用ABI3700测序仪扫板后分析。结果共收集外阴阴道念珠菌病例246例,微卫星标记成功扩增了208株白念珠菌DNA,共检测到了51种基因型。其中占前叁位的基因型分别是30：45,21：21和32：46,分别占所检测样本的29.3%、13.0%和12.0%。妊娠人群中主要的基因型是46：46、32：46和21：21,妊娠人群白念珠菌基因型与非妊娠人群分布存在差异。各年龄组间白念珠菌基因型分布未见明显差异。结论南京地区外阴阴道念珠菌病相关的白念珠菌基因型分布有着独特的分布特征。妊娠人群的基因型分布与非妊娠人群相比具有显着性差异。而年龄与基因型分布无关。第叁部分妊娠期外阴阴道念珠菌病相关的白念珠菌基因多态性的研究目的了解引起妊娠妇女外阴阴道念珠菌病的白念珠菌基因型分布情况。方法收集中后期妊娠外阴阴道念珠菌病患者的阴道分泌物样本,经培养鉴定为白念珠菌后提取基因组DNA。对所提取的DNA使用7个管家基因进行扩增后测序。使用Mega5.1对获得的序列构建进化树,用eBURST进行进化分析。结果共收集了妊娠VVC病例80例,共分离出念珠菌83株,其中白念珠菌77株,光滑念珠菌7株。其中77株白念珠菌经ATTla、ACC1、ADP1、MPIb、SYA1、VPS13以及ZWF1b7个管家基因扩增后共形成60个序列型,这60个序列型在数据库中均未见收录。使用UPGMA法构建系统进化树可将所有菌株分成5类,其中最多的一类占所有菌株比例的58.4%。搜索数据库与国内报道的VVC菌株共同建立进化树发现都在同一类中。eBURST分析发现60个DST中最大的克隆复合体包含了23个DST。其中编号57号菌株对应的为分子进化的始祖DST。结论南京地区妊娠VVC相关的念珠菌由未报道过的序列型组成,具有独特的DST和特有的进化始祖,并呈现出基因的高度多态性。基因多态性的DST之间的遗传距离小。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
群落多态性论文参考文献
[1].梁云.末端限制性片段长度多态性技术在引起酵母提前絮凝的麦芽微生物群落分析中的应用[J].中外酒业·啤酒科技.2017
[2].李彩霞.阴道细菌群落多样性及外阴阴道念珠菌病相关白念珠菌基因多态性研究[D].北京协和医学院.2013
[3].蓝江林,刘波,焦会民,朱育菁,苏明星.香蕉植株内生细菌群落多态性研究[J].热带亚热带植物学报.2012
[4].骆毅.应用末端限制性片段长度多态性技术对骨科感染中细菌群落的解析[D].北京协和医学院.2010
[5].王岩,沈锡权,吴祖芳,翁佩芳.PCR-SSCP技术在微生物群落多态性分析中的应用进展[J].生物技术.2009
[6].李学梅,余育和,冯伟松,颜庆云,吴利.转基因鱼试验湖浮游生物群落DNA多态性与物种组成关系[J].湖泊科学.2009
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[8].夏月,Sardar,Khan,贺纪正,朱永官.限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究[J].环境科学学报.2007
[9].卜元卿,黄为一.稻秸对土壤细菌群落分子多态性的影响[J].土壤学报.2005
[10].颜庆云,余育和,张文静.武汉东湖浮游生物群落DNA多态性与富营养化[J].生态学报.2005
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