本文主要研究内容
作者朱楚然,徐娇,都明理,王丽红,隋春,魏建和（2019）在《三岛柴胡基因组Survey分析及SSR位点挖掘》一文中研究指出：柴胡是我国传统中药材,主要用于治疗感冒及保肝护肝等。三岛柴胡是日本栽培品种,在我国和韩国等国家地区亦有种植。在大规模全基因组深度测序之前,需要进行低覆盖度的基因组Survey测序,以评价基因组的大小及复杂程度,确定适合该植物全基因组测序研究策略。该研究采用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2000)进行了三岛柴胡的Survey测序分析,并对所获得基因组序列进行了SSR分析,利用Primer 3设计SSR特异引物并随机选择33对引物以三岛柴胡DNA为模板,进行PCR扩增,对PCR体系以及最佳退火温度进行筛选。共获得了288. 64 G基因组数据,估计基因组大小为2 119. 58Mb,测得基因组数据深度为138×,杂合率为1. 84%,重复序列比例为83. 89%,推测三岛柴胡基因组属于复杂基因组。采用K-mer=41初步组装,得到contig N50 224 bp,总长896. 97 Mb,scaffold N50 313 bp,总长922. 67 Mb。三岛柴胡基因组序列数据中,共检测到91 377条SSR序列,分布于70 809条独立基因。主要类型为二核苷酸重复,存在49 680条,占比70. 16%。在合成的33对引物中,有21对引物成功扩增出目标条带。研究结果为后续大规模基因组测序、开发鉴定柴胡种质和性状定位的SSR分子标记奠定了基础。
Abstract
chai hu shi wo guo chuan tong zhong yao cai ,zhu yao yong yu zhi liao gan mao ji bao gan hu gan deng 。san dao chai hu shi ri ben zai pei pin chong ,zai wo guo he han guo deng guo jia de ou yi you chong zhi 。zai da gui mo quan ji yin zu shen du ce xu zhi qian ,xu yao jin hang di fu gai du de ji yin zu Surveyce xu ,yi ping jia ji yin zu de da xiao ji fu za cheng du ,que ding kuo ge gai zhi wu quan ji yin zu ce xu yan jiu ce lve 。gai yan jiu cai yong er dai gao tong liang ce xu ji shu (Illumina Hiseq 2000)jin hang le san dao chai hu de Surveyce xu fen xi ,bing dui suo huo de ji yin zu xu lie jin hang le SSRfen xi ,li yong Primer 3she ji SSRte yi yin wu bing sui ji shua ze 33dui yin wu yi san dao chai hu DNAwei mo ban ,jin hang PCRkuo zeng ,dui PCRti ji yi ji zui jia tui huo wen du jin hang shai shua 。gong huo de le 288. 64 Gji yin zu shu ju ,gu ji ji yin zu da xiao wei 2 119. 58Mb,ce de ji yin zu shu ju shen du wei 138×,za ge lv wei 1. 84%,chong fu xu lie bi li wei 83. 89%,tui ce san dao chai hu ji yin zu shu yu fu za ji yin zu 。cai yong K-mer=41chu bu zu zhuang ,de dao contig N50 224 bp,zong chang 896. 97 Mb,scaffold N50 313 bp,zong chang 922. 67 Mb。san dao chai hu ji yin zu xu lie shu ju zhong ,gong jian ce dao 91 377tiao SSRxu lie ,fen bu yu 70 809tiao du li ji yin 。zhu yao lei xing wei er he gan suan chong fu ,cun zai 49 680tiao ,zhan bi 70. 16%。zai ge cheng de 33dui yin wu zhong ,you 21dui yin wu cheng gong kuo zeng chu mu biao tiao dai 。yan jiu jie guo wei hou xu da gui mo ji yin zu ce xu 、kai fa jian ding chai hu chong zhi he xing zhuang ding wei de SSRfen zi biao ji dian ding le ji chu 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自中国中药杂志的朱楚然,徐娇,都明理,王丽红,隋春,魏建和，发表于刊物中国中药杂志2019年18期论文，是一篇关于三岛柴胡论文,基因组分析论文,标记开发论文,中国中药杂志2019年18期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自中国中药杂志2019年18期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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