导读:本文包含了功能相似性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:功能相似性,网络表示学习,网络嵌入,多源网络
功能相似性论文文献综述
阮璐,熊赟[1]（2019）在《基于网络表示学习的miRNA功能相似性研究》一文中研究指出miRNA是一类重要的非编码小RNA分子,与癌症等疾病有密切的关系。目前研究者已经识别大量miRNA,但是多数miRNA的功能仍然未知。为此,提出一种网络表示学习的miRNA功能相似性计算方法。通过miRNA的相关数据集如目标基因和关联疾病可以有效地计算miRNA的功能相似性,从而预测疾病相关的候选miRNA。利用不同类型生物数据集构建miRNA相关多源网络,采用网络表示学习的方式为网络中的每一个miRNA节点学习一个特征向量,进而使用特征向量来衡量miRNA的相似性。实验结果表明,与DeepWalk方法相比,该方法在同一家族的miRNA中能够取得较高的得分,并且可以在已有的数据库中找到疾病候选miRNA验证记录。(本文来源于《计算机工程》期刊2019年02期）
刘燕[2]（2019）在《中国古代之社与日本神社的原初形态和功能相似性——以韩国济州岛的堂为媒介》一文中研究指出社是中国古代的祭祀场所,也是中国文化中的一个核心概念;日本的神社虽然与中国"社"字相通,但其今日的形态与古籍中"社"的记载大相径庭,也并无证据表明两者早期存在必然联系。日本民俗学者鸟越宪叁郎﹑冈谷公二等经过实地考察,指出了韩国济州岛的堂与日本原始神社在形态上的高度一致性。但以堂为参照物可以发现,中国古代的社与堂在原初形态和功能上具有较高的共通性,这也就说明中国古代的社与日本神社在文化源流上存在一定的关联性。(本文来源于《文化学刊》期刊2019年01期）
吕莹丽,王世缘,闫琰,宁尚伟,付强[3]（2017）在《基于基因功能相似性预测小分子药物与lncRNA的相关关系》一文中研究指出目的开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显着相关的小分子-lncRNA关联网络进行拓扑性和功能性分析,依据数据库和文本挖掘评价预测的小分子-lncRNA关系。结果得到280个小分子与79个lncRNA之间805对显着相关关系;网络中小分子节点呈现幂律分布;同一小分子靶向的lncRNA对共享疾病(5.0995×10-6),同一lncRNA关联的小分子对共享疾病(3.1577×10-28)和副作用(2.1668×10-67),并具有相似的化学结构(2.053×10-62);在慢性骨髓白血病、恶性胃肠道间质瘤中,MEG3、H19、HOTAIR与伊马替尼存在潜在关联;FENDRR与Glisoxepide在糖尿病肾病治疗中存在潜在关联。结论基于基因功能相关性为预测小分子相关lncRNAs提供了一条新途径,促进了癌症靶向治疗的发展。(本文来源于《哈尔滨医科大学学报》期刊2017年05期）
杨联迎[4]（2017）在《语用功能视角下的跨文化相似性》一文中研究指出对于不同文化的研究,人们往往强调文化间的异同,忽视了文化间的相似性。本文试图以语用功能的视角,从言语交际中避免观点对抗、避免情绪对立、实现气氛和谐等方面,分析中西方文化的相似性,反映中西文化在交际语境中的趋同。(本文来源于《青年文学家》期刊2017年23期）
代迪[5]（2016）在《基于目标基因的人类miRNA之间功能相似性计算方法研究》一文中研究指出microRNA(miRNA)是一类重要的内源性非编码小RNA分子,它可以在后转录水平通过绑定目标mRNA的3'非翻译区来调控基因的表达。由于miRNA参与了许多重要的生物过程,所以miRNA与许多重要疾病甚至癌症有关。识别人类miRNA的功能有助于开发出新的疾病诊断与治疗的药物。然而迄今为止,虽然成千上万的miRNA被识别出来,但是大部分miRNA的功能仍然是未知的。高通量技术的发展积累了大量的可利用数据,为研究者们计算人类miRNA之间的功能相似性、预测miRNA的功能提供了可能,针对现有方法的不足,本文基于目标基因提出了两种方法用于计算人类miRNA之间的功能相似性。对于编码基因而言,其功能相似性可以基于它们的序列、表达相似性或者基因本体(Gene Ontology,GO)注释计算,其中基于GO注释的方法往往取得更好的实验效果。随着基因GO注释信息的快速积累,通过目标基因GO注释信息来计算miRNA之间功能相似性的办法是切实可行的。本文基于目标基因的GO注释信息提出了一种人类miRNA之间的功能相似性计算方法一MFS_GO方法,相关对比实验表明,MFS_GO方法的性能在反映人类miRNA之间功能相似性与表达相似性关系方面和miRNA-disease关联方面优于miRFunSim方法。本文进一步将MFS_GO方法应用于乳腺癌,发现MFS_GO方法可以有效地识别新的候选乳腺癌相关miRNA,具有实用性。基因之间的功能关系可以通过相应的基因产物体现出来,而蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteraction,PPI)网络也反应了基因之间的相互关系,综合考虑这两个方面,本文提出了一种基于网络连通性(Network Connectivity.NC)的计算人类miRNA之间的功能相似性的方法—MFS_NC方法,相关实验表明,MFS_NC方法的性能在反映人类miRNA之间功能相似性与表达相似性关系方面以及miRNA-disease关联方面优于miRFunSim方法和MFS_GO方法并且可以有效识别新的候选乳腺癌相关miRNA。除此之外,MFS_NC方法在识别新的候选乳腺癌相关miRNA方面比MFS_GO方法表现略好。(本文来源于《湖南大学》期刊2016-05-05）
张树波,赖剑煌[6]（2016）在《基于GO体系的基因功能相似性度量方法》一文中研究指出比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO(Gene Ontology)体系集成了多种异质数据库的信息,用结构化的自然语言术语对基因和基因产物的功能进行注释和分类,是研究基因功能相似性的有力工具。从GO术语之间相似性、基因之间功能相似性两个方面,总结和评述过去十几年里,人类利用生物信息学方法在语义水平上研究基因功能相似性的进展和取得的成果,分析基因功能相似性计算方法存在的问题和面临的挑战,指出基于GO体系的基因功能相似性度量方法今后的主要研究方向。(本文来源于《计算机应用与软件》期刊2016年01期）
陈明明[7]（2015）在《基于基因本体术语相似性的通路功能网络构建和分析》一文中研究指出体内不同组织和不同发育阶段的细胞,或相同细胞受到不同来源刺激时,细胞中基因的表达情况及蛋白质的功能都会有所差异。近几年,高通量大规模测序技术和生物芯片技术的快速持续发展,使得研究人员能够便捷地获得不同时刻,不同状态下人类基因的表达情况。基于这些技术的发展,积累了大量关于特定表型下的不同基因的表达谱数据,这迫切需要研究人员从这些高通量数据中挖掘出与表型相关的关键通路,为探索疾病的发病机理、发现精准的疾病治疗方案和制定不同疾病的临床个性化用药方法提供理论依据。传统的差异表达基因筛选和通路注释方法,能够发现和疾病相关的风险通路,但不能用于分析通路之间的关联关系,以及它们之间是如何互作来影响疾病的发生和发展的。生物分子网络是研究分子成份之间关系的有力工具,其已被广泛用于复杂疾病的研究,为此我们希望构建一个能够有效描述疾病内通路关系的功能网络,来研究疾病的发病机制,识别重要的疾病通路。在本文中,我们提出了一种通路功能相似性网络构建方法,通过对所构建网络的分析,发现了与疾病相关的通路。构建网络的具体过程包括:以差异表达基因为基础,通过GO的本体知识结构,计算差异表达基因之间的相似性;并以差异表达基因的相似性为基础,计算通路之间的关联,构建通路网络;最后,通过挖掘通路的关键模块,识别疾病的关键通路。该方法在乳腺癌数据上的实验结果表明,与DAVID等方法相比,我们的方法不但能发现高致病风险的代谢和信号通路,还能发现风险通路之间的关联,为进一步探索疾病机理提供帮助和指导作用。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2015-12-01）
蓝朝旺[8]（2015）在《基于Gene Ontology的miRNA功能相似性的研究》一文中研究指出miRNA功能相似性可以用来预测未知的miRNA的功能,研究miRNAs之间的相互作用。miRNA序列和结构的相似性可以用来度量miRNA的功能相似性,然而有些miRNA具有相似的序列和结构,但是它们却有不同的功能。因此,需要一个有效的度量方法来度量miRNA之间的功能。由于在很多生物过程中,miRNA通过改变转录后的靶标基因来调控,所以miRNA的功能相似性可以由它的靶标基因来度量。而靶标基因的相似性可以用Gene Ontology (GO)来计算。本文提出了一个GO项的混合值来度量两个miRNA相对应的靶标基因的GO项的相似性。这个相似性可以转换成为两个miRNA之间的相似性。这个混合值主要基于项的后继节点、深度权重和项到根项之间边的关系。通过谱聚类算法将miRNA聚类,来验证算法的可行性。采用自我调整的方法和最小的类内距离方差的方法来分别计算出谱聚类中miRNA的邻矩阵的较优参数和聚类的个数。结果表明,本文的方法对算法时间不敏感,能够很好的度量GO项之间的相似性,从而将功能相似的miRNA聚到一起。与其他传统的基于边或基于节点算法相比,具有更高的准确度。本文的方法还可以用来对新发现的miRNA进行功能注释。(本文来源于《广西大学》期刊2015-06-01）
赵蕾[9]（2015）在《相似性视角下的隐喻机制与功能研究》一文中研究指出隐喻这个历久弥新的问题存在于多个学科和多种研究中,将这纷繁复杂的研究仔细梳理之后不难发现,隐喻这个问题至少涉及叁个方面,它首先是修辞学概念,并且具有其独特的概念范畴,其机制模式与功能研究应该从修辞学的对比、替代和互动关系出发,进入符号学视角,深入研究符号类比系统的相似性以及隐喻的符号学开放结构。作为语言学概念的隐喻也应从语义学范畴出发,研究隐喻的偏差和形象化,并区分话语语义学与语词语义学中隐喻的机制与功能,用语义学指导隐喻运用。其次,隐喻也是文学上的重要研究对象,在文学语境下隐喻有不同的存在形式,同时隐喻也具有诠释功能,其诠释本身也是文学诠释的重要组成部分,文学隐喻诠释应充分考虑诠释的影响因素,如对过度诠释进行扬弃,并研究象征的隐喻诠释以及隐喻的哲学意义。再次,隐喻意义还是艺术的深层意义,艺术隐喻更多地与心理和认知等感知方面联系在一起,具有思维功能。本文吸取结构主义语言学以及符号学等研究隐喻的已有成果,提出隐喻的相似性是隐喻的机制与功能的基础这一观点。同时,本文立足对相似性的探讨,区分隐喻、换喻与明喻,隐喻、象征与联觉,也通过分析已有的修辞学、语义学、认知科学等多门学科有关隐喻相似性的丰富论述,结合已有隐喻模式,尝试建立隐喻相似性理论模式,加深对隐喻相似性的距离和运用等的理解。在相似性理论视角下,隐喻机制与功能研究围绕了叁方面：隐喻的修辞学语言学结构,隐喻的内容与意义诠释和隐喻与现实的关系。在隐喻的修辞学语言学结构方面,结构主义语言学注重隐喻内部的结构与机制,符号学注重隐喻概念的指称,诗学更是从语言学以及隐喻的语法结构出发,把隐喻机制与语言艺术相结合来丰富意义。在隐喻的内容与意义诠释方面,本文认为隐喻首先可以作为一种意义的结构,隐喻内容包含在结构各个部分的相互关系中。其次,隐喻的内容在语境中体现为话语现象,具有隐喻与语境、隐喻与话语这两种关系。再次,就文学而言,文学中的隐喻贯穿在文学中的表层结构与深层结构,而文学隐喻的诠释常常存在过度诠释与不足诠释等问题,将隐喻相似性理论与文学诠释结合有助于发掘隐喻在话语语义学研究方面的优越性以及隐喻思维对诗意以及其他艺术领域产生的启发,可以运用隐喻相似性理论与模式分析诗歌、小说等文学作品,为文学理论新解提供支持。在隐喻与现实的关系方面,本文认为隐喻不仅是一种语言现象,更是一种思维方式,作为日常生活中的隐喻以及隐喻思维涉及了认知、图像、身体等方面。同时,隐喻与哲学话语有密切的关系,人类语言整体上是个隐喻性的符号系统,在能指的狂欢中,隐喻可以视为一种改变观察世界万物角度的模式,甚至是构造世界的方式之一,这种具有“诗性智慧”的隐喻思维同样与真实联系,连接了具体与陌生、虚构与真实。(本文来源于《山东大学》期刊2015-03-30）
杨鹏,邓益民,殷习[10]（2015）在《可变功能机械行为链序结构相似性及应用》一文中研究指出为研究以可变功能为目标的机械系统再设计,行为过程作为产品设计理论研究的一个重要方面,为设计者提供了较大的创新空间.基于系统相似性,通过对典型可变功能机械各行为过程进行行为链的序结构相似性分析,总结了可变功能机械各对应行为链序结构具有功能有序、结构有序及运动时间有序的特点及规律,归纳出基于行为链序结构相似性的应用性规则,提出运用行为链序结构的相似性及其变化特点为系统进行可变功能再设计及优化提供新的理论与方法.最后,用实例验证了结论的正确性及可行性.(本文来源于《工程设计学报》期刊2015年01期）
功能相似性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
社是中国古代的祭祀场所,也是中国文化中的一个核心概念;日本的神社虽然与中国"社"字相通,但其今日的形态与古籍中"社"的记载大相径庭,也并无证据表明两者早期存在必然联系。日本民俗学者鸟越宪叁郎﹑冈谷公二等经过实地考察,指出了韩国济州岛的堂与日本原始神社在形态上的高度一致性。但以堂为参照物可以发现,中国古代的社与堂在原初形态和功能上具有较高的共通性,这也就说明中国古代的社与日本神社在文化源流上存在一定的关联性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
功能相似性论文参考文献
[1].阮璐,熊赟.基于网络表示学习的miRNA功能相似性研究[J].计算机工程.2019
[2].刘燕.中国古代之社与日本神社的原初形态和功能相似性——以韩国济州岛的堂为媒介[J].文化学刊.2019
[3].吕莹丽,王世缘,闫琰,宁尚伟,付强.基于基因功能相似性预测小分子药物与lncRNA的相关关系[J].哈尔滨医科大学学报.2017
[4].杨联迎.语用功能视角下的跨文化相似性[J].青年文学家.2017
[5].代迪.基于目标基因的人类miRNA之间功能相似性计算方法研究[D].湖南大学.2016
[6].张树波,赖剑煌.基于GO体系的基因功能相似性度量方法[J].计算机应用与软件.2016
[7].陈明明.基于基因本体术语相似性的通路功能网络构建和分析[D].哈尔滨工业大学.2015
[8].蓝朝旺.基于GeneOntology的miRNA功能相似性的研究[D].广西大学.2015
[9].赵蕾.相似性视角下的隐喻机制与功能研究[D].山东大学.2015
[10].杨鹏,邓益民,殷习.可变功能机械行为链序结构相似性及应用[J].工程设计学报.2015