导读:本文包含了复制起始点论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:必需基因,复制起始点,公共生物学数据库,古菌基因组
复制起始点论文文献综述
罗昊[1]（2016）在《必需基因与复制起始点数据库的建立及分析》一文中研究指出随着基因测序技术的不断发展,生物领域内的数据呈现爆炸式增长。而如何从海量数据中挖掘出有价值的信息和模型,则逐步成为生物信息学研究的主要内容。生物必需基因和复制起始点均是维持生命正常代谢生存的主要基因组元件,本论文主要专注于上述两者的数据收集与分析,介绍了相应数据库,并对现有的数据进行生物信息学分析与应用。论文第一部分主要围绕生物必需基因这一内容展开的。首先介绍了全新版本的必需基因数据DEG,目前DEG数据库中的数据较于之前版本有了重大的扩充,不仅大量收集了不同实验条件下原核和真核生物的必需基因,同时也收集了大量必需的非编码基因元件,例如非编码RNA、启动子、调控序列及复制起始点等。并且,我们还开发了可定制的序列对比服务,用户可将自己的基因序列、注释或非注释的全基因组序列提交到DEG中,与自己选定的特殊物种或者特殊实验条件下的必需基因进行序列对比。另外,基于DEG中的数据分析,我们发现细菌基因组中必需基因在全部基因中的比例与基因组长度成指数型衰减,并对五种生物进行了必需基因与非必需基因的GO富集分析。最后,通过全面分析和比较23种细菌中必需基因和非必需基因之间的Ka/Ks值,发现在这些细菌中必需基因相比于非必需基因要更加保守。而且我们还基于蛋白质直系同源簇(COGs)数据库将蛋白质编码基因进行功能分类,发现属于COG子类中G(糖代谢与转运)、H(辅酶代谢转运)、I(转录),J(翻译、核糖体代谢和生物合成)及K(脂类代谢转运)的必需基因在细菌中相比于这些类别中的非必需基因呈现出更强的保守性。论文第二部分主要分析了生物复制起始点及其特点。我们收集了大量不同种类生物的复制起始点数据,分别建立了原核和真核生物复制起始点数据库DoriC和DeOri。其中DoriC数据库中的数据不仅有了大幅增长,而且也新增了实验验证及理论预测的古菌复制起始点数据。同时DeOri也是第一个包含不同真核生物复制起始点的数据库。论文最后介绍了第一个古菌基因组复制起始点网上预测系统Ori-Finder 2。目前,Ori-Finder 2网上服务对单个复制起始点的古菌基因组可以进行准确预测,但对多复制起始点的基因组,还不能完全准确预测所有的复制起始点。(本文来源于《天津大学》期刊2016-03-01）
刘晓磊[2]（2007）在《原核生物基因组复制起始点的识别与结构分析》一文中研究指出随着测序技术的飞速发展和越来越多的全基因组序列被测序完成,如何从海量的数据中提取有用的信息就变得极其重要。复制起始区域的识别是生物信息学关注的热点之一。本论文基于在细菌复制起始点两侧碱基组分的差异,提出识别复制起始点的双组分的窗口模型。通过窗口沿着基因组的DNA链滑动,得到两组描述组分变化的曲线。利用小波分析技术对两组曲线进行去噪处理,找出曲线之交点,进而确定原核基因组的复制起始点位置。论文第一章主要阐述生物信息学的发展背景及主要研究内容,并简单介绍人类基因组和模式生物基因组计划。论文第二章重点介绍论文中涉及的生物学背景知识,阐明了原核生物染色体复制机制。论文第叁章主要介绍小波变换的有关知识。小波分析是解决信号消噪问题的十分有效的工具。论文中重点介绍了该方法常用的小波函数以及对信号进行小波消噪的步骤。论文第四章着重介绍用双组分的窗口模型结合小波分析技术识别原核生物基因组复制起始点并对得到的结果做出相应的讨论。从得到的结果来看,原核生物基因组复制起始点分布在两条G+T和A+C含量变化趋势曲线交点附近。多数原核生物基因组在复制起始点附近G+T的含量从局部最小变为最大, A+C的含量从局部最小变为最大,只有少数基因组情况相反。论文第五章重点介绍分子马达蛋白数据库的构建过程。(本文来源于《河北工业大学》期刊2007-06-01）
张迪,霍克克[3]（2003）在《真核DNA复制起始点的结构与功能研究进展》一文中研究指出DNA复制是细胞分裂的中心环节之一 ,在细胞周期中受到严谨的调控。染色体DNA的复制是由许多复制起点处形成的起始复制叉开始的。复制原点的结构和功能是控制染色体复制的关键因素。在DNA复制起始与RNA转录启动这两种不同的基因表达关键过程之间存在着共有顺式作用序列和共用反式作用因子。对DNA复制的研究是分子生物学的一项基本内容 ,具有重要的理论意义。本文主要对涉及DNA复制起始的顺式元件的结构和功能及其与RNA转录的关系进行了评述和总结。(本文来源于《高技术通讯》期刊2003年12期）
张志芳,张颖,吕鸿声,李载平,吴祥甫[4]（1995）在《家蚕核多角体病毒DNA复制起始点hr3的结构功能》一文中研究指出从家蚕核多角体病毒(BmNPV)基因组克隆得到含同源重复序列3(hr3)的Pst I K片断。证明含hr3的质粒DNA以野生型BmNPV为辅助病毒,在BmN细胞中能够复制,表明hr3是BmNPV的DNA复制起始点。BmNPV的hr3以野生型苜蓿尺蠖核多角体病毒(AcNPV)为辅助病毒转染Sf9细胞亦得到复制,说明与AcNPV复制有关的因子亦能作用于BmNPV的复制起始点。测定了hr3的全序列,并和AcNPV的hr序列作了比较,对hr可能采取的进化方式作了讨论。(本文来源于《中国科学(B辑 化学 生命科学 地学)》期刊1995年09期）
陈永青[5]（1986）在《大肠杆菌DNA复制起始点(oric)与12KD膜蛋白的结合特性》一文中研究指出oric是大肠杆菌DNA复制的起始点,位在基因图谱中dnaA-ilv区段的83.5分钟处。根据Jacob等提出的复制子模型,认为细菌染色体DNA是附着在细胞膜上,这种接触对于子染色体的分离以及控制DNA复制是重要的。在研究DNA复制与膜蛋白关系中,我们已经从大肠杆菌的细胞膜中分离并纯化了一个12KD的膜蛋白,它对oric有特异的亲和力。本文进一步叙述oric与12KD蛋白结合的特性并对结合位点作初步的分析。(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊1986年02期）
复制起始点论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
随着测序技术的飞速发展和越来越多的全基因组序列被测序完成,如何从海量的数据中提取有用的信息就变得极其重要。复制起始区域的识别是生物信息学关注的热点之一。本论文基于在细菌复制起始点两侧碱基组分的差异,提出识别复制起始点的双组分的窗口模型。通过窗口沿着基因组的DNA链滑动,得到两组描述组分变化的曲线。利用小波分析技术对两组曲线进行去噪处理,找出曲线之交点,进而确定原核基因组的复制起始点位置。论文第一章主要阐述生物信息学的发展背景及主要研究内容,并简单介绍人类基因组和模式生物基因组计划。论文第二章重点介绍论文中涉及的生物学背景知识,阐明了原核生物染色体复制机制。论文第叁章主要介绍小波变换的有关知识。小波分析是解决信号消噪问题的十分有效的工具。论文中重点介绍了该方法常用的小波函数以及对信号进行小波消噪的步骤。论文第四章着重介绍用双组分的窗口模型结合小波分析技术识别原核生物基因组复制起始点并对得到的结果做出相应的讨论。从得到的结果来看,原核生物基因组复制起始点分布在两条G+T和A+C含量变化趋势曲线交点附近。多数原核生物基因组在复制起始点附近G+T的含量从局部最小变为最大, A+C的含量从局部最小变为最大,只有少数基因组情况相反。论文第五章重点介绍分子马达蛋白数据库的构建过程。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
复制起始点论文参考文献
[1].罗昊.必需基因与复制起始点数据库的建立及分析[D].天津大学.2016
[2].刘晓磊.原核生物基因组复制起始点的识别与结构分析[D].河北工业大学.2007
[3].张迪,霍克克.真核DNA复制起始点的结构与功能研究进展[J].高技术通讯.2003
[4].张志芳,张颖,吕鸿声,李载平,吴祥甫.家蚕核多角体病毒DNA复制起始点hr3的结构功能[J].中国科学(B辑化学生命科学地学).1995
[5].陈永青.大肠杆菌DNA复制起始点(oric)与12KD膜蛋白的结合特性[J].生物化学与生物物理进展.1986