导读:本文包含了盒式外显子论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:选择性剪接,序列特征,调控机制,盒式外显子
盒式外显子论文文献综述
万丽娜[1]（2016）在《融合基因组特征信息识别盒式外显子的研究》一文中研究指出根据生物中心法则,真核生物基因表达主要包括转录、剪接和翻译。基因剪接是指从信使RNA前体上剪除内含子(非编码区域)、连接外显子(编码区域)为成熟信使RNA的过程,是转录和翻译间的核心步骤。一个基因可以通过选择性剪接产生多个不同的成熟信使RNA,编码为不同蛋白质。超过95%的人类基因存在选择性剪接。基因选择性剪接存在不同的剪接模式,其中,盒式外显子是最常见的一种剪接模式,即外显子可以出现在不同的成熟信使RNA中。如何识别盒式外显子对理解基因剪接调控机制具有重要意义。本研究将在基因组层面对定义盒式外显子的基因组特征进行研究,通过对组成性外显子与盒式外显子的序列特征进行整理分析,利用统计显着差异特征构建分类模型,并用此模型来识别盒式外显子,探索基因剪接的调控机制。首先,不同于已有研究者采用外显子长度、GT含量、调控元件、剪接位点信号强度等方面的基因组特征对动物不同组织进行的外显子研究,本文提取人类基因组成性外显子与盒式外显子下面五个方面的特征：序列长度、核苷酸组成、剪接位点信号强度、剪接调控元件分布和进化保守性来深入研究外显子。在此基础上获得107个统计差异特征。其次,对于已提取的基因组特征需要选择适合的分类算法,才能达到最好的分类效果。对此,基于107个特征,本文应用支持向量机、决策树、多层感知机神经网络和朴素贝叶斯分类模型,分别构建盒式外显子分类器。比较不同分类方法的预测结果,支持向量机的预测效果最优,预测精度超过90%。最后,对于所提出的外显子特征,本文应用已有数据库中基因结构与疾病发生之间的联系解释了脊髓型肌肉萎缩症和家族性、孤立性生物激素缺乏Ⅱ型遗传病的发病原因,从生物学的角度理解分类模型特征选取的合理性。对于本文所提出的提取外显子不同特征对其进行研究的方法,相关实验结果说明基于这些外显子序列特征研究基因剪接模式是可行的。(本文来源于《安徽大学》期刊2016-05-01）
邢永强,张利绒,罗辽复,陈伟[2]（2009）在《老鼠基因组盒式外显子和内含子保留型可变剪接位点预测》一文中研究指出老鼠和人类基因组的同源性超过90%,老鼠基因组的研究为人类基因组序列研究提供了参考数据.统计分析了老鼠盒式外显子和内含子保留型剪接位点附近的序列保守性特征,并据此分别利用基于多样性指标的支持向量机和二次判别法对老鼠基因组中这两种剪接类型的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测.独立检验结果表明,盒式外显子和内含子保留型的供体端和受体端可变剪接位点的预测均能达到较高的识别精度.(本文来源于《内蒙古大学学报(自然科学版)》期刊2009年05期）
张利绒,罗辽复[3]（2009）在《人类基因组中的盒式外显子和组成性外显子比较及剪接位点预测》一文中研究指出在人类基因组草图完成之后,人类基因组的DNA全序列及注释刷新了关于基因的概念,科学家们认为高等生物拓宽其分子水平差异并不取决基因的数目,而主要依靠对基因表达的调控来完成。在哺乳动物中基因表达调控有一个重要的途径:通过对人类基(本文来源于《生物物理学报》期刊2009年S1期）
张利绒,罗辽复[4]（2009）在《人类基因组中的盒式外显子和组成性外显子比较及剪接位点预测》一文中研究指出在人类基因组草图完成之后,人类基因组的DNA全序列及注释刷新了关于基因的概念,科学家们认为高等生物拓宽其分子水平差异并不取决基因的数目,而主要依靠对(本文来源于《第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集》期刊2009-07-12）
邢永强,张利绒,罗辽复[5]（2008）在《人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测》一文中研究指出信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核生物的基本特征之一,信使RNA前体的可变剪接极大地丰富了高等真核生物蛋白质的多样性,并与生物体的组织特异性密切相关。文章对人类盒式外显子和内含子保留的一些基本特征进行了统计;根据剪接位点附近的单碱基、碱基二联体和叁联体的保守性等特征,利用基于多样性指标的二次判别法,对盒式外显子和内含子保留的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测。交叉检验结果表明,盒式外显子供体端和受体端的识别精度分别达到93%、84%以上的水平;内含子保留供体端和受体端的识别精度分别达到89%、81%以上的水平。(本文来源于《生物物理学报》期刊2008年05期）
杨乌日吐[6]（2008）在《基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子》一文中研究指出真核生物基因序列包括编码的外显子序列和不编码的内含子序列,在转录过程中内含子被切除,外显子将有序的拼接在一起形成mRNA。而选择性剪接使得一个基因序列有多种剪接方式,并能产生不同的mRNA,进而编码多种蛋白质,选择性剪接是蛋白质多样性的重要来源。选择性剪接普遍存在于真核生物基因组中,人类基因组中一半以上基因存在选择性剪接,而且选择性剪接存在于不同组织细胞和不同发育阶段,贯穿整个生命过程,并与疾病密切相关。ESTS和微阵列实验是目前确定选择性剪接事件的主要来源,但这些实验方法操作复杂,并有很多不足之处。如何用理论和计算的方法识别和预测选择性剪接是目前生物信息学研究工作的重要任务。本文将基于基因组局部序列信息,用WebLogo、序列信息参量M_(ni)和统计检验方法分析序列,并提取序列特征;用位置权重矩阵、离散增量、支持向量机和马氏距离判别式对选择性剪接事件进行了预测;并对剪接位点竞争机制和回文序列等选择性剪接有关机制进行了进一步研究。论文主要研究内容如下:1.首次运用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机的方法,基于序列信息预测分类了选择性5′╱3′剪接位点和假剪接位点。结果显示,我们的方法特异性为85.62%(81.19%)时,能预测88.74%(90.86%)的选择性5′(3′)剪接位点。2.基于剪接位点竞争机制,以序列特征为参数,用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机的方法预测了人类和小鼠的选择性5′/3′剪接位点和组成性剪接位点。我们的方法可以对67.88%(71.63%)的人类供体(受体)位点进行正确分类。供体位点的预测成功率接近目前最好的预测方法,受体位点的预测成功率高于目前最好的预测方法4～5%。并且我们的方法对小鼠选择性5′/3′剪接位点预测成功率可达到72%,可知我们的方法预测性能好,并具有一定的普适性和推广能力。3.以位置权重矩阵打分函数值来表示剪接位点强度,以打分函数相减值来表示剪接位点竞争机制,并基于剪接位点竞争机制,以打分函数相减值为唯一参数,预测了选择性5′/3′剪接位点。预测成功率与目前最好的预测结果相当。预测结果证明我们找到了表示剪接位点竞争机制的一个最佳参数:打分函数相减值。4.统计分析了盒式外显子和组成性外显子的序列长度、长度被3整除序列的比例、两侧剪接位点保守性等序列特征。用t检验方法统计计算了左侧内含子序列、右侧内含子序列和外显子序列的叁联体组分信息,得到了CCT等差异显着的叁联体。并基于上述序列特征用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机的方法,位置权重矩阵和离散增量结合马氏距离的二次判别方法对盒式外显子进行了预测。两种预测方法均约为60%。5.统计了盒式外显子两侧序列中的回文序列和两侧序列相互之间形成的回文序列,并与组成性外显子和随机序列的回文特征进行了比较。发现组成性外显子回文密度高于盒式外显子回文密度,并高于随机序列回文密度2～3倍。此统计比较结果为选择性剪接来源于组成性剪接的理论提供了又一个依据。6.本文还统计了肿瘤特异性剪接位点的序列特征,运用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机的方法预测了肿瘤特异性剪接位点,其成功率为62%,高于其它文献的结果。7.本文中首次把不同的选择性剪接模式产生的选择性供体(受体)位点归为一类,即把剪接位点分成选择性供体位点、选择性受体位点、组成性供体位点和组成性受体位点四个大类,进行了分析和预测。基于线虫选择性剪接数据的预测结果显示,把剪接位点分为四大类是可行的,这对今后的选择性剪接位点研究工作提供了一个新思路。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2008-05-30）
盒式外显子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
老鼠和人类基因组的同源性超过90%,老鼠基因组的研究为人类基因组序列研究提供了参考数据.统计分析了老鼠盒式外显子和内含子保留型剪接位点附近的序列保守性特征,并据此分别利用基于多样性指标的支持向量机和二次判别法对老鼠基因组中这两种剪接类型的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测.独立检验结果表明,盒式外显子和内含子保留型的供体端和受体端可变剪接位点的预测均能达到较高的识别精度.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
盒式外显子论文参考文献
[1].万丽娜.融合基因组特征信息识别盒式外显子的研究[D].安徽大学.2016
[2].邢永强,张利绒,罗辽复,陈伟.老鼠基因组盒式外显子和内含子保留型可变剪接位点预测[J].内蒙古大学学报(自然科学版).2009
[3].张利绒,罗辽复.人类基因组中的盒式外显子和组成性外显子比较及剪接位点预测[J].生物物理学报.2009
[4].张利绒,罗辽复.人类基因组中的盒式外显子和组成性外显子比较及剪接位点预测[C].第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集.2009
[5].邢永强,张利绒,罗辽复.人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测[J].生物物理学报.2008
[6].杨乌日吐.基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子[D].内蒙古大学.2008