导读:本文包含了生物信息分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:吉林梅花鹿,肌细胞生成素基因,生物信息学,结构特征
生物信息分析论文文献综述
宋兴超,徐超,刘琳玲,丛波,杨福合[1]（2019）在《吉林梅花鹿肌肉发育关联基因MyoG的鉴定及生物信息学分析》一文中研究指出为探明吉林梅花鹿MyoG基因的分子结构特征与生理功能,本研究通过提取吉林梅花鹿血液基因组DNA,利用PCR技术分段扩增、Sanger测序并拼接获取MyoG基因,对MyoG基因核苷酸及编码氨基酸序列的分子结构特征进行了生物信息学分析。结果表明,吉林梅花鹿MyoG基因序列长3 162 bp(GenBank登录号:HZ56689),含有3个外显子、2个内含子及部分5 UTR和3 UTR,编码区(CDS)为684 bp,共编码227个氨基酸,与NCBI中甘肃马鹿、水牛及山羊该基因相似性分别为99%、94%和92%;通过分析推导氨基酸序列结构发现,1～89位氨基酸为MYOD家族特有的碱性结构域,85～136位为螺旋-环-螺旋DNA结合结构域,含有21个激酶磷酸化的位点;吉林梅花鹿与甘肃马鹿该基因CDS区存在6个突变位点,导致3个氨基酸位点发生了变异;序列相似性及分子系统进化分析显示,吉林梅花鹿MyoG基因与反刍动物山羊、绵羊及水牛的亲缘关系较近。吉林梅花鹿MyoG基因的克隆及序列结构特征的生物信息学预测分析为解析鹿科动物肌肉生长发育的分子调控机制奠定了理论基础。(本文来源于《特产研究》期刊2019年04期）
邹杰,李生强,刘显军,陈刚[2]（2019）在《水稻OsERF103基因生物信息学分析、亚细胞定位及表达分析》一文中研究指出乙烯应答因子(ethylene responsive factors, ERFs)是一类植物特有的转录因子,在植物的生长发育和逆境胁迫响应中起重要调控作用。为了研究水稻(Oryza sativa) OsERF103基因(Gen Bank No. XM_015768788)的功能,本研究利用生物信息学方法对其序列特征进行分析;构建了p BWA(V)HS-OsERF103-Glosgfp融合表达载体并转化水稻原生质体,通过激光共聚焦显微镜观察融合蛋白在水稻原生质体的亚细胞定位;利用q RT-PCR技术对该基因在水稻不同组织及不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。结果表明OsERF103含有1个AP2 (APETALA2)结构域,为亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,在进化关系上与短舌野生稻(Oryza brachyantha)类脱落酸阻遏因子1 (abscisic acid repressor 1-like, ABR1-like)蛋白的亲缘关系最近;亚细胞定位结果显示OsERF103定位于细胞核;q RT-PCR分析结果显示,OsERF103在孕穗期的根、茎、叶、叶鞘、叶枕和幼穗中均有表达,其在根中表达最强,在叶和幼穗中表达较弱;OsERF103被高温、低温、PEG6000、高盐和脱落酸(abscisic acid, ABA)诱导表达,但在不同的胁迫条件下该基因表达模式不尽相同。本研究为进一步研究水稻OsERF103基因的功能提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）
周媛媛,张学谅,王静,陈欣,黄晨[3]（2019）在《副猪嗜血杆菌血清4型不同菌株间毒力相关基因验证及LpxC基因生物信息学分析》一文中研究指出副猪嗜血杆菌(Haemophilusparasuis,HPS)是猪格拉瑟氏病的病原体,以纤维素性浆膜炎、多发性关节炎和脑膜炎为主要特征,属于巴氏杆菌科中的一种小型多形性革兰氏阴性菌。副猪嗜血杆菌是感染猪的最重要的细菌之一,由副猪嗜血杆菌引起的格拉瑟氏病存在于世界范围内,最初被认为是散发发生的,尤其是与应激条件有关,HPS能从健康猪的上呼吸道分离出来,在一定条件下引起疾病。(本文来源于《中国畜牧兽医学会兽医食品卫生学分会第十五次学术交流会论文集》期刊2019-12-12）
肖莹,李明丽,马黎,兰国湘,严达伟[4]（2019）在《撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测》一文中研究指出为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码蛋白信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、叁级结构和CpG岛等进行了分析,并讨论撒坝猪TNS3基因与其他物种氨基酸序列的进化关系;采用实时荧光定量PCR法检测TNS3基因在不同组织中的表达情况。结果表明:撒坝猪TNS3基因序列与NCBI上公布的野猪TNS3基因序列中的CDS区相比存在4个碱基突变;撒坝猪TNS3蛋白是疏水蛋白,也是不稳定蛋白;该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,主要在细胞外膜上发挥生物学作用,存在磷酸化位点和糖基化位点;该蛋白的叁级结构由α-螺旋(17.87%)、β-转角(4.62%)、延伸链(14.22%)和无规则卷曲(63.29%)构成;TNS3基因在不同物种进化过程中分化明显;撒坝猪TNS3基因有6个CpG岛和3种高度保守的结构功能域;撒坝猪TNS3基因在肝脏中的表达量最高,其次为大脑、背脂、肾脏、脾脏、肺脏,而在大白猪背最长肌中的表达量比撒坝猪高(P<0.05)。说明TNS3基因与猪生长性状相关。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年23期）
王瑞宁,赵子雅,冯硕,周瑞红,胡露露[5]（2019）在《赤狐DCT基因生物信息学分析》一文中研究指出为了探讨赤狐DCT基因及其所编码蛋白的性质和功能,进而为挖掘赤狐毛色基因调控机理提供理论基础,试验利用生物信息学分析方法对NCBI中公布的赤狐DCT基因序列(登录号为XM_026003622.1)的编码序列(CDS区)及其编码蛋白的理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、信号肽、高级结构进行了分析。结果表明:赤狐DCT基因CDS区全长1 650 bp,共编码549个氨基酸;编码蛋白等电点为6.07,含有20种氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量最高;编码蛋白为不稳定亲水性蛋白;该蛋白主要定位于细胞质、分泌小泡、线粒体等细胞器中,为跨膜蛋白;该蛋白存在43个磷酸化位点,且不存在信号肽;DCT蛋白主要为无规则卷曲结构;该基因保守性较好,且与其遗传关系最近的为家犬。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年23期）
宫伟,李涛[6]（2019）在《利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因》一文中研究指出目的利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路,为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 GSE103611的表达芯片从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载,该数据库中包含48个样本,包括24个原发鼻咽癌样本和24个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于CNE-2侵袭转移能力更强的CNE-2SI细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用DAVIDE在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由STRING数据库构建。Hub基因分析通过Cytoscape软件中的cytoHubba插件制作。关键基因的生存分析通过Kaplan Meier-plotter数据库分析获得。结果 GSE103611数据集中共鉴定出差异基因共3301个,其中上调506个,2795个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共2691个,其中上调1349个,1342个基因被下调。两个芯片共同上调基因47个,下调基因135个,共计182个。GO分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附;主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质;分子功能包括ATP结合等(P <0.05)。KEGG通路分析显示这些共同差异基因主要参与脂类代谢、MAPK信号通路和细胞黏附信号通路(P<0.05)。CytoHubba插件分析从PPI网络中找到前20个具有高度关联性的核心基因。生存分析发现CXCL10、CUL7、PLCB2可能与在鼻咽癌不良预后相关(P <0.05)。结论利用生物信息学分析筛查鼻咽癌转移相关DEGs和通路可以帮助了解鼻咽癌转移发生的分子机制,对鼻咽癌转移的早期诊断具有临床意义。(本文来源于《中国医药生物技术》期刊2019年06期）
马瑶,何向东,夏忆,陈莹,字向东[7]（2019）在《牦牛死亡结构域蛋白(FADD)基因克隆与生物信息学分析》一文中研究指出死亡结构域蛋白(FADD)是在生物细胞里起到信号转导作用的一种蛋白,在胚胎发育、细胞凋亡过程中发挥重要的生物学活性。实验以成年母牦牛的卵巢RNA为模板,利用RT-PCR技术克隆牦牛FADD基因,并进行了生物信息学分析。结果表明:牦牛FADD基因CDS区长度630 bp,编码209个氨基酸,蛋白分子式C996H1632N300O307S7,整个蛋白质带负电荷,总共原子数量3 242;分子质量23.0 ku,半衰期30 h;理论等电点6.11;消光系数18 240;不稳定指数49.08,属于不稳定蛋白;脂肪系数104.64,平均亲水系数-0.168,预测FADD蛋白为亲水蛋白。系统进化树表明,牦牛与哺乳动物亲缘关系近,与鱼亲缘关系最远,符合物种进化规律。FADD蛋白质的二级结构α螺旋、自由卷曲、β-转角和延伸链,占靶蛋白的比例分别为71.29%、22.97%、3.83%和1.91%,与叁级结构相符。牦牛FADD蛋白有13.0%位于细胞核、52.2%位于细胞质、8.7%位于细胞外、13.0%位于线粒体、4.3%位于高尔基体和8.7%位于细胞骨架。该研究成功克隆出牦牛FADD基因CDS区,为进一步研究其功能提供了一定理论依据。(本文来源于《中国草食动物科学》期刊2019年06期）
熊迪,贺巍,李颖,彭波,刘天龙[8]（2019）在《溃疡性结肠炎患者结肠黏膜基因表达谱生物信息学分析》一文中研究指出目的本研究拟用生物信息学方法,对溃疡性结肠炎患者结肠黏膜的基因表达谱数据进行深入挖掘分析,以期筛选潜在的病理机制和治疗靶点。方法基因芯片原始数据来自于GEO公共数据库,编号为GSE65114。共包括12例健康志愿者对照样本和18例溃疡性结肠炎患者样本。原始数据在GCBI分析平台进行处理,首先进行两组间差异基因表达分析,得到的差异基因再进行功能和信号通路富集分析。最后构建信号通路网络和基因共表达网络,筛选核心靶点通路和基因。结果共得到499个显着性差异基因(包括408个上调和91个下调基因),其中排名第一的是SFRP2基因。功能富集分析结果表明,这些差异基因与免疫和炎症反应密切相关。信号通路网络结果显示,Toll样受体通路处在网络核心位置。基因共表达网络中,COL6A3、IRAK3等基因被确定为核心基因。这些核心通路和基因可能在溃疡性结肠炎的病理中发挥重要作用。结论溃疡性结肠炎与炎症和免疫反应密切相关,其中Toll样受体通路和SFRP2、COL6A3、IRAK3等基因可能是溃疡性结肠炎重要的致病因素和潜在的治疗靶点。(本文来源于《解放军医药杂志》期刊2019年11期）
童也,王宇翔,徐海栋[9]（2019）在《半乳糖凝集素-3在骨关节炎中作用的生物信息学分析》一文中研究指出目的:利用生物信息学方法分析半乳糖凝集素-3(gal-3)在骨关节炎中的作用机制。方法:从GEO数据库中下载经gal-3处理的骨关节炎软骨细胞芯片,寻找芯片表达谱的差异基因并对其进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析以及疾病富集分析。此外,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异基因蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因。结果:共筛选出474个差异基因,其中包含246个上调的基因与228个下调的基因。GO富集分析结果表明,差异基因主要富集的生物学过程有骨髓白细胞迁移、白细胞趋化等;主要富集的细胞组分有细胞外基质、蛋白质细胞外基质等;主要富集的分子功能有细胞因子活性、趋化因子活性等。KEGG通路富集分析结果发现,差异基因主要涉及的通路有肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素-17信号通路等。疾病富集分析结果提示,差异基因主要富集的疾病有关节病、肺疾病、莱姆关节炎等。差异基因蛋白互作网络在Cytoscape软件共找出10个核心基因。结论:骨关节炎软骨细胞在gal-3作用下,可能通过上调白细胞介素-6等相关基因的表达在骨关节炎的进展中发挥重要作用。(本文来源于《风湿病与关节炎》期刊2019年11期）
尤红俊,赵倩倩,韩稳琦,常凤军,寿锡凌[10]（2019）在《基于基因表达综合数据库芯片的慢性心力衰竭生物标志物的筛选与生物信息学分析》一文中研究指出目的:对慢性心力衰竭(CHF)患者基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找表达特征基因谱。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)中基因芯片数据筛选出CHF信息的芯片。分别采用GO富集分析和KEGG富集分析对差异基因进行功能注释和通路分析。结果:CHF患者外周血样品中9个基因存在差异表达,其中4个(CX3CR1、HSPA1L、DYNLL1、MYC)表达上调,5个(JUN、ZNF331、RORA、TRIM13、PPP1R16B)表达下调。这些差异表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,主要集中在14个方面,在分子功能—蛋白质结合方面富集最显着(GO:0005515),同时主要富集在Inflammatory bowel disease (IBD)、MAPK signaling pathway、Erb B signaling pathway和Colorectal cancer四条通路上。结论:通过对GEO数据库中CHF的表达数据分析研究而筛选出的差异表达基因,可能为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据。(本文来源于《心肺血管病杂志》期刊2019年11期）
生物信息分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
乙烯应答因子(ethylene responsive factors, ERFs)是一类植物特有的转录因子,在植物的生长发育和逆境胁迫响应中起重要调控作用。为了研究水稻(Oryza sativa) OsERF103基因(Gen Bank No. XM_015768788)的功能,本研究利用生物信息学方法对其序列特征进行分析;构建了p BWA(V)HS-OsERF103-Glosgfp融合表达载体并转化水稻原生质体,通过激光共聚焦显微镜观察融合蛋白在水稻原生质体的亚细胞定位;利用q RT-PCR技术对该基因在水稻不同组织及不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。结果表明OsERF103含有1个AP2 (APETALA2)结构域,为亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,在进化关系上与短舌野生稻(Oryza brachyantha)类脱落酸阻遏因子1 (abscisic acid repressor 1-like, ABR1-like)蛋白的亲缘关系最近;亚细胞定位结果显示OsERF103定位于细胞核;q RT-PCR分析结果显示,OsERF103在孕穗期的根、茎、叶、叶鞘、叶枕和幼穗中均有表达,其在根中表达最强,在叶和幼穗中表达较弱;OsERF103被高温、低温、PEG6000、高盐和脱落酸(abscisic acid, ABA)诱导表达,但在不同的胁迫条件下该基因表达模式不尽相同。本研究为进一步研究水稻OsERF103基因的功能提供了基础资料。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
生物信息分析论文参考文献
[1].宋兴超,徐超,刘琳玲,丛波,杨福合.吉林梅花鹿肌肉发育关联基因MyoG的鉴定及生物信息学分析[J].特产研究.2019
[2].邹杰,李生强,刘显军,陈刚.水稻OsERF103基因生物信息学分析、亚细胞定位及表达分析[J].农业生物技术学报.2019
[3].周媛媛,张学谅,王静,陈欣,黄晨.副猪嗜血杆菌血清4型不同菌株间毒力相关基因验证及LpxC基因生物信息学分析[C].中国畜牧兽医学会兽医食品卫生学分会第十五次学术交流会论文集.2019
[4].肖莹,李明丽,马黎,兰国湘,严达伟.撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[5].王瑞宁,赵子雅,冯硕,周瑞红,胡露露.赤狐DCT基因生物信息学分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[6].宫伟,李涛.利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因[J].中国医药生物技术.2019
[7].马瑶,何向东,夏忆,陈莹,字向东.牦牛死亡结构域蛋白(FADD)基因克隆与生物信息学分析[J].中国草食动物科学.2019
[8].熊迪,贺巍,李颖,彭波,刘天龙.溃疡性结肠炎患者结肠黏膜基因表达谱生物信息学分析[J].解放军医药杂志.2019
[9].童也,王宇翔,徐海栋.半乳糖凝集素-3在骨关节炎中作用的生物信息学分析[J].风湿病与关节炎.2019
[10].尤红俊,赵倩倩,韩稳琦,常凤军,寿锡凌.基于基因表达综合数据库芯片的慢性心力衰竭生物标志物的筛选与生物信息学分析[J].心肺血管病杂志.2019