导读:本文包含了原位延伸论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:基因芯片,原位延伸,HBV,基因分型
原位延伸论文文献综述
李超[1]（2010）在《新型探针原位延伸基因芯片的构建研究》一文中研究指出前言基因芯片技术自上世纪末诞生以来,取得迅速发展,并已广泛应用到了基因表达谱分析、新基因发现、基因突变及多态性分析、基因组文库作图、疾病诊断和预测、遗传病相关基因分析、药物筛选、基因测序、基因调控网络分析等多个领域。尽管所有的DNA微阵列都是基于核酸链的杂交,但就这种设计间的不同却也产生了较大结果差异。目前的基因芯片技术主要包括四个主要步骤：芯片制备、样品制备、杂交反应和结果分析,而绝大多数的基因芯片仅杂交反应又出现两个甚至多个步骤,因此常规芯片复杂性较高,使得基因芯片的可操作性差、特异性不高。本实验室利用HBV基因分型实验开发出一种新型的探针原位延伸基因芯片以提高检测的可操作性、准确性、特异性及高效性。随着HBV基因分型方法的不断发展,目前主要有四种分型方法：1.全基因序列测定2.S基因序列测定3.PCR-RFLP分析法4.单克隆抗体ELISA基因型分型法,其中测序方法是鉴定基因型的金标准。但不论是利用全基因序列,还是利用S基因序列分型,均不可避免面临大量序列测定的实际困难,其它传统方法也因操作复杂并且不适合变异的HBV检测而具有一定的局限性,而近年发展起来的基因芯片则可对HBV分型进行高通量、平行化、自动化检测。该技术将事先设计好的大量HBV探针同时固定于支持物上,通过单一的杂交试验就可以完全分型,并能对大量基因同时进行检测。但是,传统的基因芯片方法存在其特异性不高,操作复杂,对于单个基因的改变检测能力差等弱点,在临床应用上也存在一定的限制。本研究构建了一种新型的基因分型方法。其原理在于当PCR引物的3’端碱基与模板碱基出现错配时,PCR反应将不会进行,根据这一原理,将基因型特异的探针固定到芯片上,并且在芯片上进行PCR反应,下游引物带有荧光信号,然后检测芯片上的荧光信号来达到分型的目的。利用此种方法杂交反应一步完成降低了常规芯片的操作复杂性,提高了检测的特异性,并可以对单个基因的突变进行检测,为进行SNP分析打下基础。由于HBV基因型与该病的地域分布、临床疾病谱、治疗方案及预后判断都有一定相关性,所以开发简便、有效的基因分型方法有很大的实用价值。目前国内对基因芯片的报道诸多,但尚没有成熟的HBV芯片应用到临床,并且我国的基因型研究开展较少,现有的报道其结果也并不完全一致,所以本研究将基因芯片技术与PCR技术结合,利用HBV全基因型分型实验构建一种新型基因芯片。实验方法一、实验材料含HBV血清样本(由沈阳市第六人民医院肝病研究室提供)HBV特异基因片段(A-H亚型)(由本实验室筛选合成)原位延伸基因芯片盒(本实验室自行设计)特异性粘合剂(703硅胶粘合剂)感受态JM109菌,pMD-18T质粒,rTaq酶限制性内切酶EcoRⅠ、NcoⅠ, VentR- (exo-) DNA聚合酶质粒提取试剂盒、PCR产物切胶回收试剂盒PCR扩增仪(Biometra Personal PCR system, Germany)生物芯片点样仪(Micro GrindⅡ600, Biorobtics Ltd, England)荧光图像扫描仪(Gene TACTM LSⅣ, Genomic Solutions Inc. USA)空气变温PCR扩增仪(实验室自制)二、实验方法1、在NCBI数据库中收集A-H八种基因型HBV的全基因组序列。利用生物信息学软件进行分析比对,筛选出分型位点。2、根据选择的位点设计探针及引物,并且分析其特异性。3、由含HBV血清中提取病毒DNA样本,测序,并通过生物信息学确定其亚型。4、制备基因芯片：处理片基,按预先设计好的微阵列点阵使用生物芯片点样仪将探针点到芯片上,水化,烘烤固定并且与基因芯片盒组装备用。1、利用血清中提取的DNA样本与相应探针在液相及原位延伸芯片盒中反应寻找最佳反应条件。2、SOEing法制备包含分型碱基位点的A-H亚型特异核酸片段作为扩增模板优化反应程序,并对芯片结果进行分析。3、把芯片结果与测序结果做对照分析芯片探针的特异性、准确性并多次试验验证其重复性。结果1、筛选并设计出了与其他细菌、病毒等无同源性的高度优化的分型相关引物及探针。2、通过血清DNA与探针的液相反应验证了探针的捕获能力及准确性。3、优化了部分亚型与探针特异结合的反应条件。4、HBV基因的芯片分型结果与测序结果一致,证实了芯片的可靠性。5、简化了常规基因芯片的操作步骤,实现了单碱基差异的检测。6、多次实验结果一致证实了芯片良好的重复性。结论1、新型探针原位延伸基因芯片通过初步验证具有良好的可行性和可操作性。2、设计专门用于该基因芯片的空气变温PCR扩增仪及原位延伸基因芯片盒,能够简化常规基因芯片的操作繁琐性。3、SOEing法构造的特异性HBV基因片段能够代替HBV病毒各亚型充当模板用于基因分型实验。4、因芯片能够实现单碱基差异的检测。(本文来源于《中国医科大学》期刊2010-04-01）
卢永平[2]（2008）在《构建新型核酸探针原位延伸基因芯片的研究》一文中研究指出前言基因芯片的发明对生命科学研究起到了巨大的推动作用,其高通量、并行化检测的特点在基因分型、基因诊断等方面具有独特的优势。目前应用基因芯片进行分型的过程一般是:1、DNA阵列的构建;2、样品DNA或mRNA的制备;3、分子杂交;4、杂交图谱的检测和分析。在我们的研究过程中发现基因芯片也存在许多不足之处:1.基因芯片的步骤复杂,对操作者要求较高;2.芯片杂交后,样品DNA与芯片上的探针结合稳定性不好,清洗时容易造成样品DNA脱落,影响杂交信号强度;3.用基因芯片进行单碱基多态分析时,对探针的设计和杂交条件要求及其严格。为了解决以上几个方面的问题,本研究构建了新型的“核酸探针原位延伸基因芯片”。该芯片解决了基因芯片操作步骤繁琐的问题,提高了基因芯片的准确性和特异性,并且可专门用于单个碱基多态的检测。该芯片在设计探针时将基因序列的变异位点作为探针序列的3'端,设计了4条序列一样,3'末端分别为A,T,C,G的探针,然后将探针固定到芯片上。反应时,首先在溶液中进行样品DNA的PCR扩增,当样品DNA达到一定的浓度即可与芯片表面的探针进行PCR延伸反应。此时,探针3'末端与样品DNA不完全配对的探针点不发生延伸反应,探针与样品DNA结合不稳定,而两者完全配对的探针点经过延伸后,结合稳定。反应完成后经过清洗检测信号即可知样品DNA序列在探针3'位点的碱基类型。本研究为了保证实现以上的反应过程,制作了专门用于该基因芯片反应的空气变温PCR扩增仪和原位延伸基因芯片盒。本研究为了验证了“核酸探针原位延伸基因芯片”的准确性和可靠性,用该基因芯片对乙型肝炎病毒进行了基因分型。实验方法一、实验材料临床血清标本来自中国医科大学第一临床医院检验科PCR试剂盒(NEB生物工程公司)Vent_R—(exo~-)DNA聚合酶DDH_2O琼脂糖凝胶回收试剂盒PCR扩增仪(Biometra Personal PCR system,Germany)生物芯片点样仪(Micro GrindⅡ600,Biorobtics Ltd,England)激光共聚焦扫描仪(Gene TAC~(TM)LSⅣGenomic Solutions Inc.USA)空气变温PCR扩增仪和原位延伸基因芯片盒(实验室自制)二、实验方法1、应用生物信息学软件设计引物和HBV基因分型探针,并且分析其特异性。2、制备基因芯片:处理片基,按预先设计好的微阵列点阵使用生物芯片点样仪将探针点到芯片上,水化,烘烤固定并且与基因芯片盒组装备用。3、用酚-氯仿法提取HBV DNA模板。4、将样品进行扩增并测序。5、用核酸探针原位延伸基因芯片进行分型,并摸索出最优分型条件。6、重复芯片检测过程检测芯片的重复性,7、将基因芯片的分析结果与测序结果进行比较,验证基因芯片的准确性和可靠性。结果1、引物和探针序列设计合理,与其它病毒、细菌等无同源性,并且各基因型之间有很好的特异性。2、构建了新型的核酸探针原位延伸基因芯片。3、新型基因芯片的HBV基因型分析结果与测序结果一致,验证了基因芯片的可靠性。4、新型基因芯片的检测结果具有很好的重复性。结论1、引物和探针设计合理。2、构建的新型核酸探针原位延伸基因芯片可用于单碱基变异的检测。3、用新型的核酸探针原位延伸基因芯片对HBV的基因型进行了分析,证明该芯片具有很好的准确性和特异性。4、基因芯片的重复性实验表明该基因芯片具有很好的重复性。(本文来源于《中国医科大学》期刊2008-04-01）
郭一清,程汉华,黄晓,周荣家[3]（2001）在《人类中期染色体引物原位延伸标记的研究》一文中研究指出染色体上引物原位延伸标记在研究染色体结构和基因定位等方面具有重要意义。分别应用随机引物和SOX基因兼并引物在人类染色体上进行了原位延伸标记。结果表明，随机引物延伸在染色体上呈现明暗相间的带纹样特征。SOX基因兼并引物延伸发现了更多的SOX基因位座，并进一步证实该家族基因在基因组中是散在存在的。(本文来源于《遗传学报》期刊2001年02期）
安新[4]（1991）在《中期染色体随机引物的原位延伸》一文中研究指出近来将分子技术用于固定的染色体上,有助于阐明真核染色体的组织方式,并为基因组中特定DNA序列的定位提供了新途径。本文介绍的随机引物延伸(RPE)法,可在固定后哺乳类染色体上进行标记。在RPMI1640培养基中加入胎牛血清、抗生素、L-谷氨酰胺、植物凝集素,培养人类淋巴细胞,常规制片法制片,用70%甲酰胺变性染色体,乙醇脱水。在25μl多引物DNA标记体系中进行反应,以生物素-dUTP代替dTTP。标记反应结束后经2×SS-C、PBS等洗脱。在100μl荧光-链霉亲合素复合体中显色,用荧光显微镜观察。(本文来源于《国外医学.遗传学分册》期刊1991年05期）
原位延伸论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
前言基因芯片的发明对生命科学研究起到了巨大的推动作用,其高通量、并行化检测的特点在基因分型、基因诊断等方面具有独特的优势。目前应用基因芯片进行分型的过程一般是:1、DNA阵列的构建;2、样品DNA或mRNA的制备;3、分子杂交;4、杂交图谱的检测和分析。在我们的研究过程中发现基因芯片也存在许多不足之处:1.基因芯片的步骤复杂,对操作者要求较高;2.芯片杂交后,样品DNA与芯片上的探针结合稳定性不好,清洗时容易造成样品DNA脱落,影响杂交信号强度;3.用基因芯片进行单碱基多态分析时,对探针的设计和杂交条件要求及其严格。为了解决以上几个方面的问题,本研究构建了新型的“核酸探针原位延伸基因芯片”。该芯片解决了基因芯片操作步骤繁琐的问题,提高了基因芯片的准确性和特异性,并且可专门用于单个碱基多态的检测。该芯片在设计探针时将基因序列的变异位点作为探针序列的3'端,设计了4条序列一样,3'末端分别为A,T,C,G的探针,然后将探针固定到芯片上。反应时,首先在溶液中进行样品DNA的PCR扩增,当样品DNA达到一定的浓度即可与芯片表面的探针进行PCR延伸反应。此时,探针3'末端与样品DNA不完全配对的探针点不发生延伸反应,探针与样品DNA结合不稳定,而两者完全配对的探针点经过延伸后,结合稳定。反应完成后经过清洗检测信号即可知样品DNA序列在探针3'位点的碱基类型。本研究为了保证实现以上的反应过程,制作了专门用于该基因芯片反应的空气变温PCR扩增仪和原位延伸基因芯片盒。本研究为了验证了“核酸探针原位延伸基因芯片”的准确性和可靠性,用该基因芯片对乙型肝炎病毒进行了基因分型。实验方法一、实验材料临床血清标本来自中国医科大学第一临床医院检验科PCR试剂盒(NEB生物工程公司)Vent_R—(exo~-)DNA聚合酶DDH_2O琼脂糖凝胶回收试剂盒PCR扩增仪(Biometra Personal PCR system,Germany)生物芯片点样仪(Micro GrindⅡ600,Biorobtics Ltd,England)激光共聚焦扫描仪(Gene TAC~(TM)LSⅣGenomic Solutions Inc.USA)空气变温PCR扩增仪和原位延伸基因芯片盒(实验室自制)二、实验方法1、应用生物信息学软件设计引物和HBV基因分型探针,并且分析其特异性。2、制备基因芯片:处理片基,按预先设计好的微阵列点阵使用生物芯片点样仪将探针点到芯片上,水化,烘烤固定并且与基因芯片盒组装备用。3、用酚-氯仿法提取HBV DNA模板。4、将样品进行扩增并测序。5、用核酸探针原位延伸基因芯片进行分型,并摸索出最优分型条件。6、重复芯片检测过程检测芯片的重复性,7、将基因芯片的分析结果与测序结果进行比较,验证基因芯片的准确性和可靠性。结果1、引物和探针序列设计合理,与其它病毒、细菌等无同源性,并且各基因型之间有很好的特异性。2、构建了新型的核酸探针原位延伸基因芯片。3、新型基因芯片的HBV基因型分析结果与测序结果一致,验证了基因芯片的可靠性。4、新型基因芯片的检测结果具有很好的重复性。结论1、引物和探针设计合理。2、构建的新型核酸探针原位延伸基因芯片可用于单碱基变异的检测。3、用新型的核酸探针原位延伸基因芯片对HBV的基因型进行了分析,证明该芯片具有很好的准确性和特异性。4、基因芯片的重复性实验表明该基因芯片具有很好的重复性。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
原位延伸论文参考文献
[1].李超.新型探针原位延伸基因芯片的构建研究[D].中国医科大学.2010
[2].卢永平.构建新型核酸探针原位延伸基因芯片的研究[D].中国医科大学.2008
[3].郭一清,程汉华,黄晓,周荣家.人类中期染色体引物原位延伸标记的研究[J].遗传学报.2001
[4].安新.中期染色体随机引物的原位延伸[J].国外医学.遗传学分册.1991