导读:本文包含了基因组分型论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:结核分枝杆菌,泛耐药结核分枝杆菌,全基因组测序,可变数目串联重复序列分型
基因组分型论文文献综述
陈昕昶,陈嘉臻,张文宏[1]（2018）在《用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用》一文中研究指出近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究。本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性。对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9+3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异。VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1%)分别归入6个基因簇。规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4%)分为5个簇。两种方法判断成簇的一致性为63.6%。与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为40.0%,特异度为77.1%。相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性。因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDRTB,有待进一步研究。(本文来源于《微生物与感染》期刊2018年06期）
周文渊[2]（2018）在《猪源SCCmecⅫ型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌耐药性、分子分型及全基因组序列分析》一文中研究指出猪源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)不仅严重危害养殖业,还对生物食品安全以及公共卫生安全带来极大的威胁。然而,我国生猪养殖加工销售链中猪源MRSA的流行病学特征仍缺乏系统的评估,其流行克隆的遗传进化特征也缺少系统的阐述。因此,本研究在2014年10月至2015年9月从厦门某养殖场、屠宰加工环节以及超市采集1485份猪源样本,评估猪源MRSA菌株在整个猪肉生产加工销售过程中各个环节的污染状况;采用纸片法调查猪源MRSA菌株对21种抗生素的药物敏感性;通过聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测猪源MRSA菌株中的38个耐药基因、37个毒力基因以及可移动元件(mobile genetic elements,MGEs)lsa(E)基因簇和Tn558的携带情况;通过葡萄球菌基因盒(Staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)分型、多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)、金黄色葡萄球菌蛋白A基因多态性分型(spa分型)以及脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型探究不同环节中猪源MRSA的流行克隆;利用二代高通量全基因组测序技术研究其流行克隆的遗传进化、抗性和毒力基因的遗传背景。1、采样共1485份,分离到猪源MRSA共54株,检出率为3.6%。其中,养猪场、屠宰加工环节以及超市的检出率分别为2.4%(13/542)、4.0%(31/780)以及6.1%(10/163)。药物敏感性试验结果显示,来自养殖场的MRSA菌株对≥6类抗生素耐药的菌株比例为100.0%(13/13),大于屠宰加工环节(80.6%,25/31)以及超市(40.0%,4/10)的比例。2、同时携带lsa(E)基因簇和Tn558的MRSA在养殖场(92.3%,12/13)中MRSA的比例高于屠宰加工环节(80.6%,25/31)和超市(10.0%,1/10)的比例。毒力基因hla、hlb、seg、sei、sem、ebpS、fnbA和cap5基因在养殖场(84.6%,84.6%,84.6%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%)中MRSA的携带率也高于来自屠宰加工环节(77.4%,74.2%,64.5%,67.7%,90.3%,93.5%,90.3%,87.1%)和超市(70.0%,20.0%,0.0%,0.0%,70.0%,10.0%,90.0%,60.0%)。而且,能凝固牛血浆和山羊血浆的MRSA菌株占养殖场中菌株的比例(100.0%,13/13)高于来自屠宰加工环节(90.3%,28/31)和超市环节(20.0%,2/10)的比例。3、分子分型试验结果显示,养殖场和屠宰加工环节的菌株以ST9-MRSA-SCCmecⅫ型为主,分别占84.6%(11/13)和80.6%(25/31),但是ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株未能在超市发现。而且,14株属于ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ/J的相似菌株分别来自猪养殖场以及屠宰加工环节,表明ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ可能在猪养殖场和屠宰加工环节之间传播。4、利用软件OrthoMCL和kSNP构建系统发生树来评估测序的两株猪源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株与135个早先报道过的金葡菌之间的进化关系。这135个金葡菌参考基因组序列中含有78株来自人源金葡菌株,39株来自牛源金葡菌株以及18株来自猪源金葡菌株。这135株参考菌株包括11株ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株,62株非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型MRSA菌株以及62株MSSA菌株,系统发生树结果表明来自不同宿主(猪、牛、人)的ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株属于同一分支。与其他非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型金葡菌相比,所有ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株都含有可移动元件(SCCmecⅫ、SaPIbov4、Tn552以及lsa(E)基因簇)。5、两株猪源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株M3和M6中发现携带新的V型νSaα基因组岛,该结构同时携带有氨基糖苷类耐药基因aadE以及毒力基因vwb、scn、ssl、lpl等。相比于牛源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆BA01611的基因组序列,猪源菌株M3和M6基因组的黏附素基因上具有相同的非同义替换以及在磷酸ABC盐转运假基因上具有相同的插入缺失(Insertion/deletions,indels)。综上所述,该生猪养殖加工销售链中猪源MRSA菌株的流行克隆为ST9-MRSA-SCCmecⅫ型,该克隆菌株都对≥6类抗生素耐药、携带可移动元件lsa(E)基因簇和Tn558、含有多个毒力基因以及均能凝固反刍动物血浆。而且,ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆可能在猪、牛、人之间传播。这些ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆在不同宿主中定植的关键很可能是其携带多种可移动元件,包括新V型νSaα基因组岛。该克隆在不同宿主之间传播过程中,基因组携带黏附素基因以及新陈代谢相关基因的功能可能会发生改变。(本文来源于《华南理工大学》期刊2018-10-17）
廖斐[3]（2018）在《MALBAC全基因组扩增技术对LCN-DNA STR分型的研究》一文中研究指出研究背景STR作为现今各法庭科学实验室主要使用的重要遗传标记,主要原因是它具有分布广泛以及高度的遗传多态性的优点。现在各类别成熟的商品化试剂盒可以同时复合扩增十几个基因座,然而对于大多数常规的STR分型试剂盒,1 ng是最为理想的初始模板量。在法医学日常实践中有时遇到检材质量不理想的情况,这些检材使用常规试剂盒分型时经常得到不理想甚至阴性的分型结果。不断发展的法医DNA分析技术日新月异,同时检测内容的范围也不断扩大,低拷贝模板生物学检材相关分析技术受到越来越多的关注,LCN-DNA STR分型的应用需求也相应增加。在有限的检材条件下,为了得到理想的STR分型图谱,学者们提出了许多不同的方法。如增加PCR循环次数、改变PCR反应参数、纯化扩增产物以及全基因组扩增技术等,每种方法各有优劣,对分型的结果也有不同程度的改善。在此之中,全基因组扩增技术是对所有的基因组序列进行非选择性扩增,其主要目的是在避免出现序列倾向性的前提下使DNA的总量大幅度提高,并尽可能如实反映模板基因组的全貌,其扩增产物可以为随后的扩增或测序等其他基因分析技术提供足量的模板。MALBAC是全基因组扩增技术中近年新提出的一种,它结合了MDA法与PCR方法的特点,显示出较MDA法更高的均衡性与特异性,以及更低的等位基因丢失率。目前尚未见到MALBAC在法医学领域有关LCN-DNA STR分型方面的研究和报道,在此我们对MALBAC全基因组扩增技术对LCN-DNA STR分型结果的影响进行探索,研究包括产物产量和等位基因分型结果两方面。目的通过比较MALBAC全基因组扩增技术在使用极低模板量扩增后产物的产量和分型结果,探究MALBAC应用在法医LCN-DNA STR分析中的可行性。方法(1)选择湖北武汉5例汉族无关健康个体血样,使用QIAamp~?DNA Blood Mini kit提取基因组DNA。(2)提取的5个样本的基因组DNA用Quantifiler~?Trio DNA Quantification Kit定量。(3)每个定量样本分别释为100 pg/μL、60 pg/μL、40pg/μL、20pg/μL、10pg/μL。(4)对稀释后样本使用MALBAC?单细胞全基因组扩增试剂盒进行全基因组扩增。(5)使用Nanodrop 2000超微量分光光度计对纯化后全基因组扩增后产物进行定量。(6)使用AGCU Expressmarker 22荧光检测试剂盒对全基因组扩增产物进行毛细管电泳检测分型并记录分型数据并进行分析。结果(1)MALBAC全基因组扩增技术提高DNA模板量方面效果显着,且产物终产量在1~6μg。(2)MALBAC全基因组扩增技术较为明显地提高极低模板量的样本的STR分型成功率。结论MALBAC全基因组扩增技术对于LCN-DNA STR分型在产物量和分型结果两方面有显着的提升的同时保持了较好的等位基因覆盖率和灵敏度,为后续在法医学LCN-DNA STR研究中的应用打下了基础。(本文来源于《华中科技大学》期刊2018-05-01）
陈洪友,陈敏,屠丽红,陈涌,张曦[4]（2017）在《利用全基因组序列优化气单胞菌脉冲场凝胶电泳分型方法》一文中研究指出目的对气单胞菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法从限制性内切酶的选择和电泳条件设置上进行优化,减少片段共迁移,使片段在电泳中分布均匀且利于分析。方法利用6个种的气单胞菌的全基因组数据,通过BioEdit软件对基因组序列进行677种酶的限制性片段分析,选择产生片段数量适宜的、有效片段比例高的酶作为备选酶。对片段长度取以10为底的对数作为自变量,以片段在泳道中的相对迁移距离作为应变量,计算片段长度-相对位置拟合公式,并模拟备选酶的电泳效果图。利用气单胞菌分离株对备选酶进行试验验证,确定PFGE分型方法,并用其对腹泻分离株进行分型应用。结果经Bio Edit分析,根据片段数量及有效片段比例,PmeⅠ、PacⅠ、SwaⅠ比XbaⅠ更适合于气单胞菌的分型。从PFGE模拟效果及分离株试验验证看,Pac Ⅰ、PmeⅠ的限制性片段的分布比XbaⅠ和SwaⅠ更均匀,片段重迭更少。最终确定PmeⅠ、PacⅠ分别为气单胞菌PFGE分型的首选酶和次选酶,脉冲场电流转换时间为2.16~63.8 s。16株腹泻分离株PFGE分型辛普森多样性指数为99.17%。结论优化的PFGE方法使用PmeⅠ、PacⅠ作为气单胞菌PFGE分型的限制性内切酶,该方法产生的片段数量与分布都优于XbaⅠ,在腹泻分离株的分型中能获得良好的分辨率。此研究提供的优化程序可用于其他细菌PFGE方法的建立或优化。(本文来源于《中国食品卫生杂志》期刊2017年06期）
刘成,王吴彬,赵团结,盖钧镒[5]（2017）在《利用全基因组重测序对野生大豆染色体片段代换系群体进行深度分型》一文中研究指出以NN1138-2为受体亲本、野生大豆豆N24852为供体亲本,经过连续回交和自交获得了一套由182份家系组成的染色体片段代换系群体。经184个均匀分布在各条染色体上SSR标记分型,群体携带野生片段覆盖整个大豆基因组。采用全基因组重测序技术,对该群体进一步分型:亲本NN1138-2和N24852分别进行了9X和11X深度测序,182份家系测序深度平均为2X。通过亲本测序,共获得2,216,645个SNP标记,结合家系测序结果,群体中共包含了1347个bin标记,平均每条染色体含有67.4个bin标记,每个标记平均含有1645.6个SNP。其中bin10-20包含有SNP最多,为59602个。以新获得的高密度bin标记对代换系群体基因型分型,发现仅有四个区段不包含野生片段,分别是bin03-28、bin05-3、bin07-15和bin07-19,其他bin标记覆盖了整个染色体。同时对bin标记进行片段划分,我们获得了1402染色体片段。随后我们对SSR标记和bin标记相比,结果发现有97.4%的符合度,主对角线上的标记有99%的符合度。在标记数目上,bin标记是SSR的7.3倍:在片段数目上,以bin划分的片段是以SSR标记划分片段数(782个片段)的1.8倍,高密度的bin标记可以全面反映野生片段的导入情况。我们以籽粒硬实性状对bin标记进行定位验证,结果表明利用bin标记定位到3个QTL与硬实相关,分别为bin02-63(44212203bp-46086339bp)、bin08-16(4640853bp-5144930bp)和bin10-44(45016743bp-45128633bp),它们的LOD值分别为7.5、5.9和2.9,其中bin02-63中包含有已被报道验证的导致籽粒硬实基因GmHs-1。(本文来源于《第十届全国大豆学术讨论会论文摘要集》期刊2017-07-31）
马丽娜[6]（2017）在《副猪嗜血杆菌群体基因组测序、分子分型和耐药性研究》一文中研究指出副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)是猪格拉泽氏病的病原,它通过单独感染和与其他重要猪病病原的共感染或继发感染造成猪的严重损害和死亡,已成为危害世界养猪业的一种重要病原菌。由于早期体外分离培养困难导致对该菌的研究起步较晚,对其群体结构、遗传变异、分型和耐药等方面的基础研究非常缺乏。为了获得HPS的群体结构特征,本研究利用Illumina Hiseq 2000测序平台首先对50个HPS进行了全基因测序,测序菌株基因组大小2.13-2.49 Mb,GC含量39.38%-39.97%,预测基因2078-2417个/菌。结果显示:HPS基因组大小不同,GC含量稳定。以SH0165为参考基因组,通过挖掘并注释测序菌株中的单核苷酸多态性(SNP)、小片段插入缺失(Small InDel)、结构变异(SV)分析HPS的遗传变异。分析结果显示,HPS中存在广泛的SNP、Small In Del和SV,并在基因编码区(CDS)呈优势分布。在基因编码区,SNP主要为同义突变,显示了纯化选择压力;Small In Del主要通过框架改变引起CDS区变异,在整体水平上呈插入趋势;SV主要通过插入、缺失、反转和染色体内易位引起变异,绝大多数菌株缺失突变的数量均大于插入和反转,显示了HPS基因大片段的缺失趋势。与SH0165基因组比较,测序样品中的非同义突变、编码区发生的Small InDel和SV引起了基因变异。KEGG代谢通路分析显示:这些变异基因主要富集在ABC转运体、氨基酸生物合成和碳代谢通路上。综合使用胶免疫扩散(GID)传统血清定型、多重PCR分子血清定型(mPCR)、多位点序列分型(MLST)定型HPS田间分离株,探讨它们在HPS流行病学研究中的定型效力。在100个HPS中,GID和mPCR分别定型73个(73%)和93个(93%)菌株,二者结果一致性66%。mPCR将GID定型中不可分型(NT)菌株数从27个(27%)降至7个(7%)。荚膜位点分析显示,HPS荚膜位点型特异区域存在大量缺失和功能未知序列,这可能是mPCR定型中NT株产生和GID与mPCR定型结果不一致的原因。MLST分析将53个HPS分离株归为36个序列型(ST),发现14个新的等位基因序列和23个新的ST。mPCR和MLST比较分析首次证实,一个ST归属唯一血清型。同一畜群可被不同血清型甚至是同一血清型不同ST菌株感染。血清型4、5、7、8分离株中存在优势ST。使用基因组学方法从11个测序HPS中预测到9种耐药基因,可产生对氨基糖苷类、四环素类、磺胺类、氯霉素和β-内酰胺类抗生素的耐药性。抗生素敏感性检测表明绝大多数菌株对链霉素、卡那霉素和妥布霉素耐药,确证了氨基糖苷类耐药基因的耐药潜能,显示基于组学的耐药性分析可能为HPS耐药性研究提供一种有价值的手段。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
吴涛[7]（2017）在《海南省HCV分子分型、分子进化及黎族HCV基因型6特殊病毒株的全基因组研究》一文中研究指出背景:目前,全球有近1.8亿人感染丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV),而在中国约1000万为抗-HCV阳性。HCV至今尚缺有效的疫苗。依据Simmond系统,HCV可分为7个基因型和85个确定的以及20个待定的基因亚型。对HCV基因型分布及分子流行病学的研究,有助于控制HCV的播散。最新研究表明,中国HCV基因型以1b为主,占56.8%(582/997);其次为2型、3型和6型。但是,中国的南北地区HCV基因型组成和播散趋势不尽一致。与北方不同,6a在华南地区已经取代2a成为当地的第二个主要流行的HCV基因亚型,并曾在广东河源发生快速流行。海南岛毗邻广东省,主要居民为汉族(83.33%),其次是黎族(14.73%)。至今对海南岛的HCV分子流行病学研究较少。此外,海南黎族族源研究显示,其与南岛语系的多个族群有明显遗传渊源关系,其被称为“人类进入东亚入口的古老活化石”。至今HCV基因型6的各个亚型主要发现在东南亚地区流行。HCV基因型6因其遗传差异最大,亚型最复杂,已被视为HCV的最古老的病毒株,目前仍不断地发现新的HCV基因型6特殊病毒株——指不能归入已知的亚型的病毒株。HCV基因型6特殊病毒株由于病毒载量低、遗传差异大和缺乏参照序列,因此对该类病毒进行全长扩增是世界难题。前期研究发现部分来源于海南黎族的HCV基因型6病毒起源古老且独特。因此,对海南黎族的HCV基因型6特殊病毒株进行全长扩增,研究海南黎族的HCV基因型6与东南亚其他地区该型病毒的进化关系,将有助于补充该型病毒的生活史研究。目的:1.本研究首先通过研究海南省汉族和黎族人群中的HCV基因型分布和临床特点、高危因素来了解海南省HCV的感染概况。2.应用系统发育树分析(phylogenetic anlynasis)来了解海南汉族地区HCV的来源、传播模式和规律。3.从黎族中的HCV基因型6特殊病毒株中,对两株未知的病毒株HN1316和HN1350进行了全基因组扩增和测定。进一步分析黎族“HCV基因型6特殊病毒株”与东南亚地区的HCV基因型6毒株的进化关系。方法:1.样品来源:纳入2013.1～2014.6间收集的HCV-RNA阳性慢性HCV感染者血清标本246例(其中汉族176例,黎族70例)。基因的扩增和测序:巢式PCR扩增并测序Core-E1。数据分析:应用系统发育树分析海南汉族和黎族人群中HCV基因型的分布特点。2.应用BEAST 1.6软件和贝叶斯—马尔科夫链—蒙特卡洛(Bayesian—MCMC)方法对海南汉族与中国其他地区汉族的HCV序列进行种系地理学分析。最后,扩大海南汉族的慢性HCV感染者的病例数至402例,检测其基因分型,系统分析这些患者的流行病学特点和临床特点,Logistic回归分析海南地区HCV感染的高危因素。3.设计简并引物及特异性引物,通过“DNA walking on bridges and islands”策略进行多片段PCR扩增并测定两株未知的黎族病毒株——HN1316和HN1350的全基因组序列。继而采用生物信息学软件,进行核苷酸相似性分析,构建ML(Maximun Likelihood)系统进化树以估算它们的系统进化位置,进行基因重组测定分析,来确定新的基因亚型。结果:1.海南省汉族人群的HCV流行概况:(1)海南省汉族的163例样本基因型分布为:6a是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和 1a:6a为 33.7%(55/163),1b为 33.1%(54/163),3b为 14.7%(24/163),2a 为 6.7%(11/163),3a 为 8.6%(14/163)和 1a 为 3%(5/163)。(2)种系地理学分析发现:海南的HCV与中国其它地区汉族的HCV交替分布于每一簇中。进而,扩大至402例后的检测基因型分布、流行病学特点和临床特点如下:(3)6a仍是最主要的亚型,其次是1b、3b、3a、2a和1a。(4)Logistic分析表明:海南HCV传播的高危因素分别是使用过污染的医疗器械(P<0.05)、使用血制品(P<0.05)和静脉吸毒(P<0.01);卡方检验显示6a亚型中静脉吸毒明显高于其他亚型(P<0.01)。2.海南省黎族58例的基因型分布为:基因型6为94.8%(55/58),1b为1.72%(1/58)、2a 为 1.72%(1/58)、3b 为 1.72%(1/58)。进一步对 55 例HCV 基因型 6 分析发现:6a 为 3.5%(2/58),6xa 为 3.5%(2/58),6w 为 5.2%(3/58),6e 为 1.7%(1/58),6v 为 1.7%(1/58),6r 为 1.7%(1/58),特殊病毒株为77.6%(45/58)。系统发育树分析显示这45株病毒明显有别于东南亚其他地区的病毒株而集聚为独立的进化簇。3.成功对HN1316和HN1350成功进行全基因组扩增。分析发现:两个病毒株与其他已知的6型全长序列的基因相似性在70～80%;接着构建ML系统进化树发现,HN1350与印度尼西亚、香港地区发现的6g、6w有着共同的祖先,HN1316与6a、6b、6xd和6_ZS202、老挝地区发现的6_L373有着共同祖先。进一步分析发现无明显流行病学关联的叁个病毒株:HN1350(全长)、HN1314和HN1411叁个序列之间基因差异在7.6～14%。结论:1.6a是海南汉族中最主要的感染基因型,其次为1b,提示6a在我国可能已经开始从广东地区快速传播开来。海南岛虽然与大陆隔海相望,但是海南省汉族人群同属于中国大陆汉族的HCV传播网络。2.海南黎族人群的HCV以基因6型为主,并发现多株基因6型的特殊病毒株且高度聚集,提示HCV基因型6病毒可能在黎族地区封闭地缓慢传播了非常长的时期。3.首次在黎族中发现一个HCV基因型6的新亚型。基因相似性结果显示HN1316和HN1350属于HCV基因型6,但不能归于已知亚型;这两个病毒株与东南亚周边地区来源的病毒有共同祖先,提示海南黎族可能是HCV基因型6起源的一部分;本研究中有叁株病毒满足新基因亚型命题条件,可以命名一个HCV基因型6新亚型(6xg?),联系HCV命名委员确认新命名的工作在进行中。(本文来源于《南方医科大学》期刊2017-05-01）
郑慧娟[8]（2017）在《德尔卑沙门菌CRISPRS分子分型及全基因组测序分析》一文中研究指出德尔卑沙门菌是重要的人兽共患病原菌,可引起人的全身性系统疾病,国内外均有该菌在医院内引起婴幼儿腹泻疾病暴发的案例。美国CDC数据显示德尔卑沙门菌在猪肉生产链中的分离率逐渐趋于首位。德尔卑沙门菌不仅可以引起猪的长程感染,而且可以在猪的各脏器内定植,同时又不会引起猪明显的临床症状,所以容易被人们忽略。最近研究发现德尔卑沙门菌在蛋鸡和鸡肉中的分离率也呈逐渐上升趋势,这对食品安全造成了新的威胁。因此,有必要对德尔卑沙门菌进行系统研究,从而为该菌的防控提供科学支撑。本研究以CRISPRS序列为基础首次对德尔卑沙门菌进行基因分型。根据分型结果选取有代表性的两株德尔卑沙门菌进行全基因组测序,解读德尔卑沙门菌基因组的遗传信息,分析其在基因组上的差异。1.德尔卑沙门菌CRISPRS分子分型2015年5月至2016年4月,对扬州市T和S两个农贸市场猪肉样品进行沙门菌流行病学调查。共进行4次采样,采集151份猪肉样品,分离得到沙门菌84株,阳性率为55.6%。不同批次(春季、夏季、秋季、冬季)样品沙门菌分离率波动较大,从45.6%-75.0%不等。T市场沙门菌的分离率为65.7%,S市场沙门菌的分离率为47.6%,二者具有显着性差异(P<0.05)。对84株沙门菌分离株进行血清型鉴定,共鉴定出14种血清型,其中德尔卑沙门菌24株,占总数的28.6%,为优势血清型,其余主要血清型还包括罗森沙门菌15株(17.9%)、鸭沙门菌11株(13.1%)、明斯特沙门菌10株(11.9%)、鼠伤寒沙门菌9株(10.7%)。本实验室前期检测了生猪、猪肉、腹泻病人、鸡肉、犬及鹅样品中沙门菌,共分离出德尔卑沙门菌376株,结合本次分离到的24株德尔卑沙门菌共400株进行CRISPRS分型研究。通过对CRISPRS基因位点分析发现,德尔卑沙门菌均含有2个CRISPRS位点,即CRISPR1和CRISPR2,共101种间隔序列。CRISPR1中共检出62种不同的间隔序列,其中18种是新发现间隔序列;CRISPR2中共检出39种不同的间隔序列,其中17种为新发现间隔序列;CRISPR1位点间隔序列数量要多于CRISPR2位点间隔序列,其多态性也高于CRISPR2位点。根据菌株间隔序列的分布,400株德尔卑沙门菌被分为51种CRISPRS型(DCT),其中以DCT24和DCT31型为最优势CRISPRS型,分别有110株和109株。通过对51种CRISPRS型进行进化树的分析,51种CRISPRS型被分为L1和L2两个谱系,而这两个谱系又被分为数个亚系。研究发现谱系L1所有菌株MLST分型均为ST40,谱系L2所有菌株多位点序列分型结果均为ST71,从这两个谱系CRISPRS位点间隔序列的分布来看只有2个相同的间隔序列,其余均不相同,表明这两个谱系的菌株亲缘关系较远,可能来源于不同的祖先。来自扬州地区屠宰场、农贸市场及人源的264株德尔卑沙门菌被分成了 37种CRISPRS型,以DCT24和DCT31为优势CRISPRS型。屠宰场共有185株细菌被分为18种CRISPRS型,其下游农贸市场共73株细菌被分为28种CRISPRS型,农贸市场菌株分型结果比屠宰场更具多样性。人源株德尔卑沙门菌CRISPRS型分别为DCT14、DCT20和DCT24型,间隔序列差异在5-14个之间,这叁种CRISPRS型都包含屠宰场、农贸市场及人叁种来源菌株,这表明德尔卑沙门菌可能在食物链中发生传播。对淮安某屠宰场猪肉源德尔卑沙门菌聚类比较分析结果显示30株德尔卑沙门菌被分为7种CRISPRS型,其之间的差异在1-9个间隔序列之间。叁次样品菌株共享DCT24型,说明在该屠宰场长期存在此型的德尔卑沙门菌。来自同一个屠宰环节的菌株却属于不同的CRISPRS型,这说明在该屠宰场德尔卑沙门菌菌株存在来源多样化。在屠宰场同一批次不同环节中也存在相同的CRISPRS型,这说明了德尔卑沙门菌可能沿着屠宰链进行传播,因此每一屠宰环节都应做好卫生工作以防交叉污染。通过对9个地区猪场德尔卑沙门菌进行聚类分析,60株德尔卑沙门菌被分成11种CRISPRS型,其间隔序列差异在1-22个不等,以DCT24和DCT47为优势CRISPRS型。综上显示CRISPRS分型方法能较好的将不同来源德尔卑沙门菌进行基因分型,并可根据间隔序列的种类、数量及分布位置来推测细菌的进化特点,更直观的看出菌株之间的差异。这在细菌分子流行病学调查中具有较高的应用价值。2.德尔卑沙门菌R10和T12菌株生物学特性及全基因组测序分析研究选取CRISRPS型谱系L1中的人源分离株R10,谱系L2中的猪肉源分离株T12进行生物学特性的研究。生化鉴定结果显示R10菌株的L-乳酸盐产碱(ILATK)为阴性,而T12菌株为阳性,其余生化指标均相同。R10菌株对四环素(TET)、复方新诺明(SXT)、链霉素(STR)、氯霉素(CHL)表现出耐药性,而T12菌株对所有测定抗生素均敏感。R10菌株对小鼠巨噬细胞RAW264.7的黏附力显着低于T12菌株(P<0.05),R10菌株侵袭力极显着低于T12菌株(P<0.01)。R10菌株对猪空肠上皮细胞IPEC-J2的黏附和侵袭力均极显着低于T12菌株(P<0.01)。以BALB/c小鼠为实验动物,测定两个菌株LD50,R10菌株LD50为1.17×107 CFU,T12菌株为2.64×107 CFU,二者在毒力上无显着性差异。生物学特性研究显示出二者具有较大差异,因此对R10和T12菌株进行了全基因组测序分析。R10菌株基因组全长为4,881,181bp,为环状结构,另有1个2834bp的质粒,GC含量为52.0%,编码区GC含量为53.2%。对R10基因组注释结果发现有4678个蛋白编码基因,编码区占86.9%,另有107个结构RNA基因(85个tRNA,22个rRNA其中8个5SrRNA,7个16S rRNA,7个23SrRNA)。T12菌株基因组全长为4,920,869bp,为环状结构,GC含量为52.1%,编码区GC含量为53.2%。对T12基因组注释有4755个蛋白编码基因,编码区占87.7%,另有106个结构RNA基因(84个tRNA,22个rRNA 其中8个5SrRNA,7个 16SrRNA,7个23S rRNA)。通过比对分析发现R10菌株基因组上存在一个新的毒力岛23(SPI-23),约有36.4 Kb,编码36个基因,而T12菌株基因组上只含有SPI-23末端1个相对保守的docB基因。通过对基因组耐药基因比对发现,R10菌株比T12菌株多了7个耐药基因,分别为aadA2,floR,FosA2,dfrA1,tetG以及两个sul1基因,分别为链霉素、氯霉素、磷霉素、磺胺类抗菌增效剂、四环素和复方新诺明耐药基因,这与R10和T12菌株的耐药表型相符合。基因组共线性分析显示,R10和T12菌株共有4个共线性模块(locallycolinearblocks,LCB),而且基因组之间存在倒置现象(倒置区域有928 Kb),并且有部分插入或缺失,从基因组结构来看两株细菌差异较大。通过比较两株细菌核苷酸序列发现共有四万多碱基差异,此结果说明二者在基因组上有着巨大的差异,可能来自于不同的祖先。德尔卑沙门菌全基因组测序分析的完成为其生物学功能的深入研究及进化分析奠定了基础。(本文来源于《扬州大学》期刊2017-05-01）
郭亚琼[9]（2017）在《隐孢子虫的全基因组测序及其在分型工具建立中的应用》一文中研究指出隐孢子虫(Cryptosporidium spp.)是一种重要的新发人兽共患病原,其属内大多数虫种具有宿主特异性,但少数虫种宿主范围广,为人兽共患虫种。此外,同一虫种中不同亚型的毒力也有差异。但人们对导致隐孢子虫虫种宿主范围和毒力差异的原因、以及一些新发感染人的虫种的人兽共患性并不清楚,从而阻碍有效药物的开发以及防控策略的制定,而该病原基因组信息的匮乏是造成以上问题的主要原因。导致隐孢子虫全基因组测序困难的原因,(本文来源于《第五届全国人畜共患病学术研讨会论文摘要集》期刊2017-04-21）
赵娜,崔步云,张雯,姜海[10]（2017）在《布鲁氏菌最小核心基因组分型》一文中研究指出目的:应用最小核心组分型方法对布鲁氏菌进行分型研究,为布鲁氏菌的分型分析提供新的思路,并为布鲁氏菌分子流行病学的研究提供新的线索。方法:使用Illumina GAⅡx对中国20株布鲁氏菌进行双末端全基因组测序,采用SOAP denovo对测序后的数据进行组装。对从GenBank下载的55株及本实验室测序的20株布鲁氏菌基因组数据,应用SOAPsnp和Mummer程序,一并纳入核心基因组分析和SNP的识别。应用Structure 2.2和MEGA软件,以Ochobactrum anthropic ATCC 49188作为外群,构建系统发生树。通过Blast将各菌株预测的基因与文献查询到的布鲁氏菌毒力基因数据库进行比对,并利用perl程序画出毒力(本文来源于《第五届全国人畜共患病学术研讨会论文摘要集》期刊2017-04-21）
基因组分型论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
猪源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)不仅严重危害养殖业,还对生物食品安全以及公共卫生安全带来极大的威胁。然而,我国生猪养殖加工销售链中猪源MRSA的流行病学特征仍缺乏系统的评估,其流行克隆的遗传进化特征也缺少系统的阐述。因此,本研究在2014年10月至2015年9月从厦门某养殖场、屠宰加工环节以及超市采集1485份猪源样本,评估猪源MRSA菌株在整个猪肉生产加工销售过程中各个环节的污染状况;采用纸片法调查猪源MRSA菌株对21种抗生素的药物敏感性;通过聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测猪源MRSA菌株中的38个耐药基因、37个毒力基因以及可移动元件(mobile genetic elements,MGEs)lsa(E)基因簇和Tn558的携带情况;通过葡萄球菌基因盒(Staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)分型、多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)、金黄色葡萄球菌蛋白A基因多态性分型(spa分型)以及脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型探究不同环节中猪源MRSA的流行克隆;利用二代高通量全基因组测序技术研究其流行克隆的遗传进化、抗性和毒力基因的遗传背景。1、采样共1485份,分离到猪源MRSA共54株,检出率为3.6%。其中,养猪场、屠宰加工环节以及超市的检出率分别为2.4%(13/542)、4.0%(31/780)以及6.1%(10/163)。药物敏感性试验结果显示,来自养殖场的MRSA菌株对≥6类抗生素耐药的菌株比例为100.0%(13/13),大于屠宰加工环节(80.6%,25/31)以及超市(40.0%,4/10)的比例。2、同时携带lsa(E)基因簇和Tn558的MRSA在养殖场(92.3%,12/13)中MRSA的比例高于屠宰加工环节(80.6%,25/31)和超市(10.0%,1/10)的比例。毒力基因hla、hlb、seg、sei、sem、ebpS、fnbA和cap5基因在养殖场(84.6%,84.6%,84.6%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%,100.0%)中MRSA的携带率也高于来自屠宰加工环节(77.4%,74.2%,64.5%,67.7%,90.3%,93.5%,90.3%,87.1%)和超市(70.0%,20.0%,0.0%,0.0%,70.0%,10.0%,90.0%,60.0%)。而且,能凝固牛血浆和山羊血浆的MRSA菌株占养殖场中菌株的比例(100.0%,13/13)高于来自屠宰加工环节(90.3%,28/31)和超市环节(20.0%,2/10)的比例。3、分子分型试验结果显示,养殖场和屠宰加工环节的菌株以ST9-MRSA-SCCmecⅫ型为主,分别占84.6%(11/13)和80.6%(25/31),但是ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株未能在超市发现。而且,14株属于ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ/J的相似菌株分别来自猪养殖场以及屠宰加工环节,表明ST9-MRSA-t899-SCCmecⅫ可能在猪养殖场和屠宰加工环节之间传播。4、利用软件OrthoMCL和kSNP构建系统发生树来评估测序的两株猪源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株与135个早先报道过的金葡菌之间的进化关系。这135个金葡菌参考基因组序列中含有78株来自人源金葡菌株,39株来自牛源金葡菌株以及18株来自猪源金葡菌株。这135株参考菌株包括11株ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株,62株非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型MRSA菌株以及62株MSSA菌株,系统发生树结果表明来自不同宿主(猪、牛、人)的ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株属于同一分支。与其他非ST9-MRSA-SCCmecⅫ型金葡菌相比,所有ST9-MRSA-SCCmecⅫ菌株都含有可移动元件(SCCmecⅫ、SaPIbov4、Tn552以及lsa(E)基因簇)。5、两株猪源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型菌株M3和M6中发现携带新的V型νSaα基因组岛,该结构同时携带有氨基糖苷类耐药基因aadE以及毒力基因vwb、scn、ssl、lpl等。相比于牛源ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆BA01611的基因组序列,猪源菌株M3和M6基因组的黏附素基因上具有相同的非同义替换以及在磷酸ABC盐转运假基因上具有相同的插入缺失(Insertion/deletions,indels)。综上所述,该生猪养殖加工销售链中猪源MRSA菌株的流行克隆为ST9-MRSA-SCCmecⅫ型,该克隆菌株都对≥6类抗生素耐药、携带可移动元件lsa(E)基因簇和Tn558、含有多个毒力基因以及均能凝固反刍动物血浆。而且,ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆可能在猪、牛、人之间传播。这些ST9-MRSA-SCCmecⅫ型克隆在不同宿主中定植的关键很可能是其携带多种可移动元件,包括新V型νSaα基因组岛。该克隆在不同宿主之间传播过程中,基因组携带黏附素基因以及新陈代谢相关基因的功能可能会发生改变。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组分型论文参考文献
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标签：结核分枝杆菌; 泛耐药结核分枝杆菌; 全基因组测序; 可变数目串联重复序列分型;