导读:本文包含了多位点序列分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:肠杆菌属,MLSA,16S,rDNA,系统发育分析
多位点序列分析论文文献综述
张德着,米飞,万永虎,向婧姝,周倩[1]（2019）在《肠杆菌及临近种属的多位点序列分析》一文中研究指出目的为建立适宜的分子分型方法,以弥补16S rDNA在肠杆菌种属聚类分析上的不足,为后续类似菌株鉴定提供参考。方法以肠杆菌属内各个种的模式菌株为研究对象,选择16S rDNA及rpoB、infB、gyrB和atpD基因序列,采用CLUSTALX软件和BioEdit软件进行序列比对和拼接;16S rDNA的相似性通过EzBioCloud数据库在线比对,拼接后的序列经MegAlign软件分析相似性;采用MEGA 7.0软件对序列多态性及系统发育关系进行分析。结果肠杆菌属部分种间的16S rDNA序列高度相似(>99%),且与Lelliottia、Klebsiella及Kosakonia等属的部分种也有98%以上的相似性,其系统发育树的聚类分析显示属内成员并没有完全聚于一簇;16S rDNA序列的变异位点占比为6.44%(74/1 149),rpoB、infB、gyrB和atpD基因串联后的变异位点占比为14.44%(380/2 630)。结论在16S rDNA高度同源的部分种属间,多位点序列分析较清晰地将肠杆菌属与其临近种属区分开,更能真实、准确地反映其生物分类学地位。(本文来源于《现代预防医学》期刊2019年21期）
王磊,陈琼城,胡璐璐,邱亚群,林一曼[2]（2019）在《深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究》一文中研究指出目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌(DEC)的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果 PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数(DI)值为0.965。MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论 MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。(本文来源于《疾病监测》期刊2019年10期）
闫瑞,杨捷琳,陈翠玲,钮冰,徐之雯[3]（2019）在《多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用》一文中研究指出克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种急性细菌病原体,最初因与新生儿重症监护室爆发的几起致死性疾病(脑膜炎,坏死性小肠结肠炎)相关而受到人们广泛关注。目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库(http://pubmlst.org/cronobacter/)中已包含超过2400多株克罗诺杆菌分离菌株的序列信息,阪崎克罗诺杆菌1 774株,丙二酸盐阳性克罗诺杆菌295株是其中的优势菌种,这些菌株共分离自40多个国家和地区。通过将7个位点的多位点序列分型(7-loci multilocus sequence typing,7-loci MLST)方案应用于2438株克诺罗菌株,共揭示了591种可定义的序列型(sequence type,ST),其中ST4(334株)、ST1(280株)、ST7(78株)和ST13(67株)为主要序列型。7-loci MLST对于克罗诺杆菌的致病型分型鉴定有很大帮助,但由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小,导致同一ST型中包含地理来源,分离时间,宿主等不相关的菌株,而对菌株溯源结果适得其反。为了解决这一问题,本研究进一步采用基于直系同源基因簇的多位点序列分析方法(Clusters of Orthologous Genes MLST, cogMLST(1865-loci)),对PubMLST中240株已完成全基因组测序的菌株,包括阪崎克罗诺杆菌ST1(67株),ST4(95株),ST13(43株)和丙二酸盐阳性克罗诺杆菌ST7(35株)进行了全基因组序列分析。结果显示,cogMLST可对ST型相同,但无相关性的菌株进行进一步分型,且不同聚类与菌株分离国家及来源之间存在一定相关性。这或许对于相同ST克罗诺杆菌属菌株的全球溯源分析及食源性疾病监测有较大帮助。(本文来源于《中国乳品工业》期刊2019年09期）
朱颖,陈炜,翁育伟[4]（2019）在《肠道病毒71型3D蛋白潜在毒力位点的序列分析》一文中研究指出目的分析不同临床严重程度感染者肠道病毒71型的3D蛋白氨基酸序列,了解潜在毒力相关变异位点。方法从NCBI数据库下载不同临床严重程度C4亚型EV71感染者3D区核苷酸序列;对推导的氨基酸序列进行比对和分析,查找不同临床严重程度病毒感染者在3D蛋白存在差异有统计学意义的氨基酸位点。结果共下载序列113株,其中来自于重症及死亡患者序列共67株、轻症患者序列46株。分析显示病毒3D区的256位和370位氨基酸残基,在不同临床严重病例中的分布差异有统计学意义,其中部分重症患者在256位为非异亮氨酸,部分轻症患者在370位为非甘氨酸。结论 C4亚型EV71病毒的3D区256位和370位氨基酸的变异,可能与病毒毒力相关。(本文来源于《海峡预防医学杂志》期刊2019年02期）
王婧祺,韩春生,吴允正,张锦华,戴益民[5]（2018）在《江西省多地区仔猪A型产气荚膜梭菌的多位点序列分析》一文中研究指出引言产气荚膜梭菌是一种在人类和动物体内存在的条件致病菌,该菌广泛存在于水源、土壤、饲料和粪便当中。产气荚膜梭菌主要产生四种致死毒素(a、β、ε、τ毒素),它们分为五种血清型,即A、B、C、D和E,在健康和腹泻仔猪肠道内都分离到A型菌株,最新报道表明CpA所携带的beta2毒素与仔猪腹泻有关,特别是对新生仔猪或断奶仔猪危害更大,江西地区的beta2毒素携(本文来源于《中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第五届第十叁次全国学术研讨会论文集》期刊2018-11-16）
康海全,樊慧丽,孔子艳,沈俊,李心愿[6]（2018）在《NICU耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌耐药及多位点序列分析》一文中研究指出目的分析NICU耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药及同源性,为临床防控CRKP提供实验依据。方法收集2016年1-12月某教学医院NICU首次分离的CRKP,使用PCR方法检测常见ESBLs基因(SHV、TEM、CTX-M1、CTX-M2、CTX-M8、CTX-M9)、AmpC酶基因(HAD、CMY)、碳青霉烯酶基因(KPC、NDM、SME、GES、VIM、IMP、OXA-48)和多粘菌素耐药基因MCR-1等,并采用多位点序列分析(MLST)方法分析同源性。结果共收集44株CRKP,KPC-2基因携带率为100%,DHA-1携带率为70.5%,CTX-M基因携带率为68.2%,MLST共有4类分型,ST11型35株,ST48型6株,ST134型1株,未分型4株。结论 NICU病区分离CRKP均为多重耐药,NICU以携带KPC-2基因的ST11型菌株流行为主,应规范抗菌药物使用,加强消毒隔离措施,控制流行传播。(本文来源于《中华医院感染学杂志》期刊2018年18期）
李岩,王晶,张桂,杨晶,金东[7]（2018）在《2012-2014年辽宁省大连市某医院分离粪肠球菌耐药性及多位点序列分析》一文中研究指出目的了解大连市某医院2012-2014年住院患者分离粪肠球菌耐药性、携带毒力基因情况和多位点序列分型(MLST)的型别。方法使用自动化仪器法对分离菌株的耐药性进行鉴定。应用聚合酶链式反应(PCR)方法检测4种常见毒力基因的携带情况。应用MLST对分离菌株进行分型。结果分离的55株粪肠球菌中耐药菌株比例为92.72%,其中多重耐药菌的比例为65.45%。分离的粪肠球菌对四环素的耐药率最高,对红霉素、高浓度庆大霉素和利福平也有较高的耐药率。对青霉素耐药率为7.27%,未发现对糖肽类和脂肽类抗生素耐药的菌株。55株粪肠球菌共有28个MLST型别,其中CC(Clonal complex)16为优势克隆群,占菌株总数的43.64%。有多株同一克隆群的粪肠球菌具有相似的耐药谱和毒力携带情况。结论大连市某医院分离到多株属于同一克隆、多重耐药且携带多种毒力基因的粪肠球菌,需要针对优势克隆菌株的特点指导临床用药和院内感染的预防控制。(本文来源于《疾病监测》期刊2018年05期）
徐炜新,孙杰[8]（2018）在《多位点序列分析法在白念珠菌性阴道炎唑类耐药菌株分子流行病学研究中的运用》一文中研究指出目的运用多位点序列分析(MLST)法对白念珠菌性阴道炎患者阴道分离的对唑类抗菌药物耐药的白念珠菌临床菌株进行分子流行病学调查,对比耐药株和敏感株之间的基因型差异,分析其分子流行病学特征并研究耐药株的遗传多样性和种群关系。方法对上海市嘉定区中心医院2015年7月—2016年6月的白念珠菌性阴道炎患者的白带样本进行真菌培养、鉴定及体外药物敏感性试验,共收集60株对氟康唑、伏立康唑和伊曲康唑中1种或多种药物耐药的菌株;另收集同期对3种药物均敏感的菌株38株。采用MLST法对耐药菌株和敏感菌株进行分析,采用Bio Numerics 7.6软件进行亲缘性和聚类分析。结果耐药菌株组存在14种序列类型(ST),其中9种已报道,主要型别为ST310、ST1364、ST2551和ST135;敏感菌株组存在19种ST,其中12种已报道,主要型别为ST2048和ST1474。耐药菌株组的ST数/菌株数比值低于敏感菌株组,且2个组的ST数与菌株数均呈线性正相关关系(耐药菌株组:r=0.995,P=0.005;敏感菌株组:r=0.989,P=0.011)。亲缘性分析显示耐药菌株各基因型间的亲缘性要近于敏感菌株。聚类分析显示耐药菌株的种群形成了多级分支,ST310、ST1364和ST2551同处于第1分支,ST135为第2分支,其主要ST型别之间形成了较为明显的聚类分布。结论 MLST法结果显示上海市嘉定区中心医院临床分离的白念珠菌为多克隆性,唑类药物耐药菌株的基因型分布较敏感菌株更为集中。耐药菌株各基因型间的亲缘性要近于敏感菌株,且其种群分类的基因型呈明显的聚类分布。(本文来源于《检验医学》期刊2018年03期）
田一男,魏斌,李平,黄祥明,李威[9]（2018）在《西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染情况调查及多位点基因序列分析》一文中研究指出为了解西南部分地区非人灵长类贾第虫的感染情况及其集聚体和基因亚型分布,收集了西南地区部分动物园、养殖场以及试验动物养殖基地的207份猕猴、长臂猿、金丝猴和食蟹猴新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin(bg)、tpi和gdh基因,扩增产物经测序后进行分子生物学分析。结果表明:西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染率为7.73%(16/207),16份阳性样品均为集聚体B(assemblage B)。感染的品种包括猕猴、长臂猿及食蟹猴。长臂猿感染率最高(38.89%),不同品种非人灵长类贾第虫感染率差异极显着(P<0.01)。所有阳性样品均成功扩增出bg、tpi和gdh叁个基因的特异性产物。多位点基因序列分析和种系进化树分析结果显示,bg及tpi基因位点多态性变异明显,gdh位点多态性变异较小。本次调查结果表明,西南部分地区非人灵长类所携带的贾第虫具有人兽共患风险。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2018年03期）
陈昆平,卢迈新,刘志刚,高风英,曹建萌[10]（2018）在《吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选》一文中研究指出为获得尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)抗链球菌病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,本研究通过染色体步移法克隆了尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区序列,长度为4178 bp,并使用生物信息学软件对Ikaros基因的启动子和转录调控元件进行预测和分析。利用PCR产物直接测序法从亲本(P0)尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区中筛查到5个SNPs,分别为SNP1(g.562,G>A)、SNP2(g.217,G>T)、SNP3(g.–53,C>T)、SNP4(g.–220,T>C)和SNP5(g.–579,T>C)。利用Snapshot技术对子一代(F1)尼罗罗非鱼易感群体和抗病群体进行相应SNPs的基因分型,分析两个群体遗传多样性参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值在0.0872~0.3747之间,表明Ikaros基因5′调控区中所有SNPs的多态性均较低。Ikaros基因5′调控区SNPs与抗链球菌病性状关联分析结果表明,SNP2、SNP3、SNP4和SNP5的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中存在显着差异(P<0.05)。连锁不平衡分析结果显示Ikaros基因5′调控区SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型,其中GGCTT单倍型与抗病性显着相关(P<0.05),GGTCT和GTCCC单倍型与易感性显着相关(P<0.05)。此外,还发现SNP2和SNP5处于完全连锁状态(r~2=1,LOD=57.25,D′=1),可作为罗非鱼抗链球菌病遗传育种的标签SNP。综上所述,在Ikaros基因5?调控区筛选到4个抗链球菌病相关SNPs和1个单倍型(GGCTT),均可作为尼罗罗非鱼分子育种的候选分子标记。(本文来源于《中国水产科学》期刊2018年02期）
多位点序列分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的通过比较多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法,探索更优的致泻性大肠埃希菌(DEC)的快速溯源方法。方法本研究采用筛选的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,对DEC菌株进行MLVA分型,并将该方法与金标准PFGE进行比较评估。结果 PFGE分型方法将58株DEC分为43种带型,其中3种带型成簇,多样性指数(DI)值为0.965。MLVA分型方法将58株菌分为42种带型,4种型别成簇,DI值为0.955。此外,2种方法对2起暴发菌株的分型结果一致。结论 MLVA方法与PFGE方法对深圳地区的58株DEC菌株的分型能力差异无统计学意义,但MLVA具有快速、简便、通量高的特点,使得MLVA优于PFGE分型方法,在疾病监测、疾病暴发调查中将会发挥重要的应用价值。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
多位点序列分析论文参考文献
[1].张德着,米飞,万永虎,向婧姝,周倩.肠杆菌及临近种属的多位点序列分析[J].现代预防医学.2019
[2].王磊,陈琼城,胡璐璐,邱亚群,林一曼.深圳地区致泻性大肠埃希菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方法的研究[J].疾病监测.2019
[3].闫瑞,杨捷琳,陈翠玲,钮冰,徐之雯.多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用[J].中国乳品工业.2019
[4].朱颖,陈炜,翁育伟.肠道病毒71型3D蛋白潜在毒力位点的序列分析[J].海峡预防医学杂志.2019
[5].王婧祺,韩春生,吴允正,张锦华,戴益民.江西省多地区仔猪A型产气荚膜梭菌的多位点序列分析[C].中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第五届第十叁次全国学术研讨会论文集.2018
[6].康海全,樊慧丽,孔子艳,沈俊,李心愿.NICU耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌耐药及多位点序列分析[J].中华医院感染学杂志.2018
[7].李岩,王晶,张桂,杨晶,金东.2012-2014年辽宁省大连市某医院分离粪肠球菌耐药性及多位点序列分析[J].疾病监测.2018
[8].徐炜新,孙杰.多位点序列分析法在白念珠菌性阴道炎唑类耐药菌株分子流行病学研究中的运用[J].检验医学.2018
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[10].陈昆平,卢迈新,刘志刚,高风英,曹建萌.吉富尼罗罗非鱼Ikaros基因5′调控区的克隆、序列分析及抗无乳链球菌相关SNP位点筛选[J].中国水产科学.2018