导读:本文包含了碱基关联叁联体论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:转录因子结合位点,位置权重矩阵,位置权重矩阵打分函数算法,最佳阈值
碱基关联叁联体论文文献综述
臧露[1]（2009）在《基于PWMSA预测碱基关联叁联体转录因子结合位点》一文中研究指出调控元件是指基因周围能够与特异性转录因子结合而影响转录水平的DNA功能序列。作为一种重要的转录调控元件,转录因子结合位点的识别已经成为当前的研究热点。准确的预测、识别算法有助于人们识别不同转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响。本文是基于位置权重矩阵打分函数算法预测碱基关联叁联体转录因子结合位点的方法。由于已有的位置权重矩阵打分函数算法主要是针对单碱基位点保守性利用位置权重矩阵预测转录因子的结合位点。这种方法虽然可以迅速地识别出转录因子结合位点,但是由于位置权重矩阵模型假定:结合位点序列中的碱基具有独立的贡献与转录因子的结合力。然而,最近的实验研究证明这种假设是不完全的,结合位点的碱基之间存在着相互作用、共同贡献与转录因子的亲和力,考虑在非编码区中也应该与编码区中一样,以叁个连续的碱基来编码一个蛋白质,因而研究叁联体碱基更具有生物学意义。本文基于以前的研究,将位置权重矩阵打分函数算法应用到碱基关联叁联体,利用位置权重矩阵预测转录因子结合位点。本文算法的实现采用的是C++语言,通过实验证明了其可行性和有效性,并且通过跟已有的叁种预测转录因子结合位点的算法进行比较,均获得了较高的预测成功率,说明基于PWMSA预测碱基关联叁联体转录因子结合位点的预测性能要优于单碱基的位点权重矩阵。(本文来源于《东北师范大学》期刊2009-05-01）
杨科利,许强[2]（2008）在《基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点》一文中研究指出基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.(本文来源于《生命科学研究》期刊2008年02期）
碱基关联叁联体论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
碱基关联叁联体论文参考文献
[1].臧露.基于PWMSA预测碱基关联叁联体转录因子结合位点[D].东北师范大学.2009
[2].杨科利,许强.基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点[J].生命科学研究.2008
标签：转录因子结合位点; 位置权重矩阵; 位置权重矩阵打分函数算法; 最佳阈值;