一、川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查（论文文献综述）
胡承哲[1]（2021）在《宏基因组学技术鉴定藏猪腹泻粪便病毒及分子特征的研究》文中研究表明藏猪是青藏高原特有的高原型地方猪种,生活在青藏高原海拔2500 m～4300m的农区和半农半牧区,属放牧饲养较原始的瘦肉型小型猪种,对高海拔恶劣气候有极强的适应性,抗病耐粗。藏猪常年野外放牧,与牛羊混群饲养过程中,各畜种之间相互接触,一定程度上为病毒的交叉感染提供了契机。同时,在日常放牧过程中,与人群的密切接触,也有可能会造成一些人畜共患传染病在人畜之间循环传播。本研究先利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便中病毒种群,然后对藏猪腹泻粪便中相关病毒的分子特征进行分析,并对藏猪源PEDV进行分离鉴定,取得的结果如下:1.通过宏基因组学技术鉴定了藏猪腹泻粪便病毒种群为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从四川省甘孜藏族自治州16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型（Porcine stool-assocated circular virus type 7）、猪博卡病毒（Porcine bocavirus,PBoV）和猪腺病毒（Porcine adenovirus）等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）、猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（Bovine viral diarrhea virus type 1,BVDV-1）等3种;与腹泻相关的新发病原有Porcine bufavirus（PBuV）、Rabovirus和Pasivirus等3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（Porcine parvovirus type 6,PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）完整的ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。2.藏猪源PCV-2和PBuV分子特征的研究为进一步了解PCV-2在藏猪中的流行情况,本研究对采集的146份藏猪粪便样本进行PCV-2检测,检出率为10.96%（16/146,95%CI:6.4%～17.2%）,从阳性样本中扩增获得3株藏猪源PCV-2,命名为SMU-TP-L1、SMU-TP-J1和SMU-TP-J6,全长均为1767 bp,Gen Bank登录号为MK990814～MK990816,核苷酸同源性在98.4%～99.5%,与参考毒株的核苷酸同源性在96.9%～99.9%,且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系,这说明藏猪群体中存在PCV-2有可能是在引种改良藏猪品质和与内地贸易往来过程中带入,有待进一步研究证实。本研究首次在藏猪中检出PCV-2,并进行了全基因分析,呈现独特遗传进化趋势,丰富了PCV-2病毒谱,为研究病毒遗传进化方向和防控措施提供了参考。Bufavirus（BuV）是一种新近发现的人畜共患病毒,在许多哺乳动物和人类中均有报道。为进一步了解BuV在藏猪中的流行情况,本研究对采集的146份藏猪粪便样本进行PBuV检测,检出率为6.85%（10/146,95%CI:3.3%～12.2%）,获得10条PBuV NS1基因序列,核苷酸相似性为95.6%～96.3%,与猪源的参考毒株的核苷酸相似性为90.7%～99.7%,从阳性样本中成功扩增出两株藏猪源PBuV的基因组全长序列,Gen Bank登录号为MN868670～MN868671,均含有4189个核苷酸,核苷酸同源性为96.0%,与猪源参考毒株的核苷酸同源性为94.9%～98.3%,与其他物种参考毒株的核苷酸同源性仅为52.2%～63.6%。本研究首次在藏猪中检出PBuV,,并进行了NS1基因和全基因扩增,发现藏猪源PBuV呈现独特遗传进化趋势,具有丰富的遗传多样性,值得持续监测和特别关注控制,丰富了PBuV基础研究数据,为进一步研究PBuV的遗传进化趋势和致病机制提供了参考。3.藏猪源PEDV的分子特征及分离鉴定的研究为了解PEDV在藏猪中流行情况,从13个不同的农场收集了193头藏猪的粪便样本,通过RT-PCR检测,在所有样品中发现PEDV阳性率为38.34%（74/193,95%CI:31.5%～45.6%）,腹泻样品阳性率为42.64%（55/129）,临床健康动物阳性率为29.69%（19/64）。成功地组装获得了4个PEDV全基因组序列,核苷酸长度为28022 bp～28036 bp（Gen Bank登录号:MK140811～MK140814）。这些病毒与其他已报道的PEDV全基因组序列的核苷酸序列同源性为98.7%～98.9%,氨基酸序列同源性为98.2%～98.6%,S基因与CV777株的氨基酸序列同源性为93.4%～94.9%,是PEDV的7个ORF中同源性最低的。获得了4个PEDV全基因组序列具有跨越S2、ORF3和E基因的相同重组区域,这是PEDV基因组中跨基因重组事件的首次报道。不仅增进了目前对PEDV遗传进化的认识,而且表明PEDV的变异株在藏猪中正在不断出现。为了更好的了解藏猪源PEDV的分子特征和遗传进化,本研究使用Vero细胞分离得到1个致细胞病变的毒株,经RT-PCR和间接免疫荧光证实为PEDV,命名为SMU-TP-H3株,经空斑纯化后测得病毒滴度为105.3TCID50/m L。本研究分离获得藏猪源PEDV,对深入了解其分子特征和遗传进化提供了重要参考,为进一步研究藏猪源PEDV的生物学特性提供了重要资源。
左清秋[2]（2016）在《藏狐种群带科寄生虫感染情况研究》文中研究说明带科绦虫（Taeniidae）包含带属（Tbenia）口棘球属（Echinococcus）,能引起致死性人兽共患寄生虫病。这种疾病在全球,尤其是北半球的牧区和山区,严重地威胁着人类和牲畜的健康。我国大部分地区都有带科绦虫病的发生或流行,尤其是青藏高原地区疫情严重。目前当地有关研究多集中在寄生虫的人类环境的传播途径,而关于野外传播途径的研究较少。藏狐是青藏高原地区棘球绦虫野外传播途径的重要的终末宿主。但目前关于藏狐整个带科绦虫的感染情况仍是未知。研究藏狐带科绦虫的感染情况,有利于了解当地带科绦虫的感染情况,了解带科绦虫的野外传播机制,进而才能制定相应的防治措施。DNA条形码技术,即通过较短的DNA片段进行鉴定和分类的技术,这种技术已在多个物种中得到成功应用。但在藏狐粪便DNA样品中是否适用,且已发表的通用引物有效性如何,仍是未知。本研究的37个粪便样本于2012年采集自青藏高原地区四川省石渠县。在成功提取了粪便DNA,进行物种鉴定为藏狐后,使用DNA条形码技术和种特异引物扩增技术对37份藏狐粪样进行带科绦虫的检测。共检测出多房棘球绦虫、石渠棘球绦虫、泡状带绦虫、多棘带绦虫、亚洲带绦虫5种带科绦虫。同时,梯度实验模拟粪便环境对本实验中所使用的引物的有效性进行比较,结果显示,在此条件下,DNA条形码和种特异引物扩增目的片段效果无显着差异。
唐中玖,田洪春,杨文,刘常华,郑德福,谢红,李明惠,陈闯[3]（2005）在《四川省丘陵地区肠道蠕虫感染现状调查》文中研究指明目的了解四川省丘陵地区肠道蠕虫病流行现状。方法采用两特征整群随机抽样选点,用改良加藤厚涂片法检查肠道蠕虫卵,对12岁以下儿童用透明胶纸肛拭法检查蛲虫卵,试管滤纸培养法检查鉴别钩蚴。结果四川省丘陵地区肠道蠕虫总感染率2003年为37.91%,共查见蠕虫7种,感染率分别为:蛔虫19.97%;钩虫20.99%;鞭虫4.58%;蛲虫13.96%;华支睾吸虫0.14%;长膜壳绦虫0.01%;带绦虫0.01%;其中纳溪县和渠县蛔虫感染率高达41.87%和45.53%;岳池县和富顺县钩虫感染率高达43.67%和45.53%;渠县肠道蠕虫总感染率高达69.80%。结论十年来总感染率呈下降趋势;但蛲虫感染率上升27.37%,肠道蠕虫感染总体水平仍较高。因此,丘陵地区肠道蠕虫病的防治工作还应加强。
田洪春,唐中玖,吴庆,刘常华,卢俊康,何兴军[4]（2002）在《川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查》文中研究指明目的调查对比分析 1 0年前 （1 991年 ）后 （2 0 0 2年 ）川西高原藏区常见肠道寄生虫病流行现状。方法采用经济及地形两特征分层整群随机抽样选点 ,用改良加藤氏法检查肠道蠕虫卵 ,对 1 2岁以下儿童用透明胶纸肛拭法检查蛲虫卵。结果该县肠道寄生虫总感染率 1 991年为 5 2 .7% （4 1 0 / 778） ,2 0 0 2年为 3 0 .3 % （1 5 1 / 4 98）。共查见肠道寄生虫 5种 ,1 991年及 2 0 0 2年感染率分别为 :蛔虫 40 .6% ,1 7.3 % ;鞭虫 3 .5 % ,5 .8% ;带绦虫1 3 .8% ,1 1 .2 % ;钩虫 0 .8% ,0 .4% ;蛲虫 1 1 .3 % ,0 %。结论该区 1 0年来总感染率呈下降趋势 ,钩、鞭、蛲虫感染率较轻 ,但 2 0 0 2年学龄儿童 3 0 %左右的蛔虫感染率及农牧民 1 8.9%的带绦虫感染率已成为当地严重的公共卫生问题
韩家俊,刘常华,刘崇义,王在银,郑德福,尹光跃,谢红,文松,许国君,黄显英,吴子松,瞿斌[5]（1994）在《四川省人体寄生虫分布概况》文中认为１９８７—１９９２年按全国人体寄生虫分布调查实施细则方法，对全省寄生虫感染情况进行了抽样调查，共调查了４４县，１９６个点，９７１５９人（受检率达９４．１％），其寄生虫总感染率为８２．１％，共查见寄生虫２７种，其中９种为本调查首次报道，获得了近１０００万个数据。经计算机处理，推算全省有８０００万例寄生虫感染者，反映了我省寄生虫感染的严重性，并阐明一些重要的流行特点和规律。通过卫生部专家组现场核查和数据库验收，获得了卫生部颁发的合格证书。这是我省有史以来首次全面系统调查，为制订全国、全省寄生虫病防治规划提供了科学依据。
二、川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查（论文提纲范文）
（1）宏基因组学技术鉴定藏猪腹泻粪便病毒及分子特征的研究（论文提纲范文）
| 本论文由以下课题支持 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 藏猪病毒性腹泻概述 |
| 1 藏猪概述 |
| 2 藏猪腹泻研究概况 |
| 3 藏猪腹泻相关病毒研究进展 |
| 3.1 PEDV |
| 3.2 PDCoV |
| 3.3 HEV |
| 4 小结与展望 |
| 第二章 宏基因组学技术鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群 |
| 1 材料 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 样本处理及总核酸提取 |
| 2.2 建库和TruSeq Illumina测序 |
| 2.3 数据分析、序列组装及系统发育分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 Illumina测序结果 |
| 3.2 4 种病毒基因序列组装及系统发育分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第三章 藏猪源PCV-2和PBuV分子特征的研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA提取 |
| 2.2 样本中PCV-2 检测及全基因扩增 |
| 2.3 藏猪源PCV-2 分子特征及遗传进化分析 |
| 2.4 藏猪源PBuV NS1 基因及全基因扩增 |
| 2.5 藏猪源PBuV分子特征和遗传进化分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 样本中PCV-2 检测及全基因分析 |
| 3.2 藏猪源PBuV NS1 基因分子特征和遗传进化分析 |
| 3.3 藏猪源PBuV全基因组分析 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第四章 藏猪源PEDV分子特征及分离鉴定的研究 |
| 1 材料 |
| 1.1 临床样本 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 RNA提取及反转录 |
| 2.2 引物设计与合成 |
| 2.3 样本中PEDV检测 |
| 2.4 藏猪源PEDV全基因扩增 |
| 2.5 藏猪源PEDV分子特征、遗传进化及重组分析 |
| 2.6 病毒分离 |
| 2.7 病毒空斑纯化及结晶紫染色 |
| 2.8 病毒滴度测定 |
| 2.9 病毒鉴定 |
| 3 结果 |
| 3.1 藏猪粪便样品中PEDV检测 |
| 3.2 藏猪PEDV全基因组分子特征及遗传进化分析 |
| 3.3 藏猪源PEDV基因组分析 |
| 3.4 藏猪PEDV全基因组重组分析 |
| 3.5 病毒分离、纯化和病毒滴度测定 |
| 3.6 病毒鉴定 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 附录一 作者在攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（2）藏狐种群带科寄生虫感染情况研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abslrad |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 带科绦虫概述 |
| 1.1.1 绦虫的分类 |
| 1.1.2 常见绦虫的特征 |
| 1.1.3 绦虫的生活史 |
| 1.2 带科绦虫病的概述 |
| 1.3 全球带科绦虫调查现状 |
| 1.4 青藏高原地区带科绦虫研究现状 |
| 1.5 藏狐和带科绦虫流行病学关系 |
| 1.6 带科绦虫检测现状 |
| 1.7 研究内容 |
| 第二章 青藏高原地区藏狐种群带科寄生虫感染情况研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 提取粪便DNA |
| 2.1.3 宿主的物种鉴定 |
| 2.1.4 虫种鉴定 |
| 2.1.5 带绦虫基因树的建立 |
| 2.1.6 梯度PCR实验 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 DNA提取和物种鉴定 |
| 2.2.2 虫种鉴定 |
| 2.2.3 带绦虫ND1和COI的基因树 |
| 2.2.4 梯度PCR实验 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 棘球绦虫 |
| 2.3.2 亚洲带绦虫 |
| 2.3.3 泡状带绦虫 |
| 2.3.4 多棘带绦虫 |
| 2.3.5 藏狐带科绦虫感染情况分析 |
| 2.3.6 DNA条形码在粪便中的应用 |
| 第三章 结论与展望 |
| 3.1 研究的主要结论 |
| 1) 藏狐的带科寄生虫感染情况 |
| 2) DNA条形码技术于藏狐粪便带科绦虫检测的适用性 |
| 3.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（3）四川省丘陵地区肠道蠕虫感染现状调查（论文提纲范文）
| 1 方法 |
| 1.1 抽样方法 |
| 1.2 调查对象 |
| 1.3 检查方法 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
（4）川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查（论文提纲范文）
| 1 方法 |
| 1.1 抽样方法 |
| 1.2 调查对象 |
| 1.3 检查方法 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 肠道寄生虫总感染率 |
| 2.2 不同性别、年龄组感染率 |
| 2.3 城区、农牧区、牧区肠道寄生虫感染率 |
| 2.4 不同职业人群肠道寄生虫感染率 |
| 2.5 藏、汉族居民肠道寄生虫感染率 |
| 3 讨论 |
四、川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查（论文参考文献）
- [1]宏基因组学技术鉴定藏猪腹泻粪便病毒及分子特征的研究[D]. 胡承哲. 西南民族大学, 2021
- [2]藏狐种群带科寄生虫感染情况研究[D]. 左清秋. 华东师范大学, 2016(09)
- [3]四川省丘陵地区肠道蠕虫感染现状调查[J]. 唐中玖,田洪春,杨文,刘常华,郑德福,谢红,李明惠,陈闯. 寄生虫病与感染性疾病, 2005(04)
- [4]川西高原藏区德格县肠道寄生虫感染情况调查[J]. 田洪春,唐中玖,吴庆,刘常华,卢俊康,何兴军. 实用寄生虫病杂志, 2002(04)
- [5]四川省人体寄生虫分布概况[J]. 韩家俊,刘常华,刘崇义,王在银,郑德福,尹光跃,谢红,文松,许国君,黄显英,吴子松,瞿斌. 中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 1994(S1)