导读:本文包含了等位基因不平衡论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:HLA-B,等位基因多态性,献血人群,深圳地区
等位基因不平衡论文文献综述
王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青[1]（2018）在《深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析》一文中研究指出目的研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A位点(Major Histocompatibility Complex ClassⅠChain-related Gene A,MICA)在深圳地区汉族献血人群中的分布特点及其与人类白细胞抗原B位点(Human Leukocyte Antigen Locus B,HLA-B)基因的连锁不平衡关系。方法采用基于聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对143名随机深圳地区汉族献血者进行MICA和HLA-B基因高分辨分型,并采用Pypop软件分析等位基因频率、单倍型频率和连锁不平(本文来源于《中国输血协会第九届输血大会论文专辑》期刊2018-11-01）
曾园媛[2]（2017）在《四种高发肿瘤的等位基因不平衡性研究》一文中研究指出肿瘤是人最主要的致死性疾病,其发生发展过程中均伴随着大量的基因组改变。当同源染色体片段相对于另一条同源染色体的拷贝数增加或减少时,伴随着一个现象的发生,等位基因不平衡。如果被扩增的同源染色体的片段携带着比另一条同源染色体更有利于肿瘤生长的遗传变异位点,则此片段在肿瘤细胞生长过程中有选择性优势。高通量测序技术的快速应用与精准医疗研究的快速发展,产生了海量基因组学数据,现在我们可以较容易且准确的获得整个基因组的完整信息。本研究从一个独特的视角来探究四种高发肿瘤(乳腺腺癌、结直肠腺癌、肺腺癌和前列腺癌)发展过程基因组的变化,以期为肿瘤的临床预后提供理论依据。为了找到在肿瘤细胞生长过程中具有选择性优势的基因座,我们构建了一个贝叶斯概率模型,用于评估在肿瘤群体中频繁发生的等位基因不平衡。在这个研究中,我们使用大型肿瘤公共数据库TCGA提供的肿瘤组织与正常组织配对的外显子测序数据,遗传变异位点数据库NCBI dbSNP Build 144的外显子区域位点,进行了等位基因不平衡性位点的评估。首先,我们从两个方面来验证了模型,一是验证样本中等位基因比例与评估的等位基因比例的一致性,二是通过体细胞拷贝数变异与等位基因不平衡的关联性来验证。其次,我们对评估的等位基因不平衡基因座进行功能预测,比较等位基因不平衡基因座和平衡基因座的功能富集度,发现对氨基酸、蛋白质编码等有影响的功能位点都富集在等位基因不平衡基因座中。再次,我们进行了等位基因不平衡与体细胞拷贝数变异的关联分析,发现体细胞拷贝数变异越频繁的区域等位基因不平衡事件也越频繁发生。然后,通过基因功能富集分析,包括染色体位置,KEGG通路,GO生物过程,我们发现不平衡基因富集在癌症相关的重要生物通路中,例如,四个肿瘤的不平衡基因都显着富集在“KEGG PATHWAYSIN CANCER”、“KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION,”、“KEGG FOCAL ADHESION”等肿瘤细胞生长与转移相关的KEGG通路中。最后,我们还验证了 DNA水平的等位基因不平衡与表达不平衡的关联,发现基因表达不平衡的发生还有其他因素在起作用。肿瘤生长是一个复杂的过程,本研究通过对肿瘤基因组的等位基因不平衡性研究,以期为肿瘤发生机制和临床预后提供参考信息。(本文来源于《厦门大学》期刊2017-04-01）
李晓燕,耿计伟,白洁[3]（2013）在《等位基因不平衡在骨髓增殖性肿瘤中的研究进展》一文中研究指出在过去的5年间,一些研究已经提出了被称为经典骨髓增生性肿瘤(MPNs)的发病机制遗传学见解,首先是JAK2V617F基因突变的发现,然后是JAK2外显子12和MPLW515突变,这些发现修正了对这一疾病的理解、诊断和治疗。这些突变是导致这一疾病的致癌事件,然而,它们不能解释这些疾病发生的异质性。遗传缺陷在大约40%原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化疾病中仍未确定。另外,体遗传因素对MPNs表型同样重要,像目前提出的TET2、ASXL1和CBL基因突变。此外,JAK2基因多态性已经提出与MPNs相关。目前仍需要更深入地研究MPNs致癌的作用机制。(本文来源于《医学综述》期刊2013年07期）
徐翔[4]（2011）在《使用高通量测序技术测量人脑皮层中精神疾病候选基因mRNA等位基因表达不平衡》一文中研究指出[目的]发展一种高通量测量人脑皮层等位基因特异mRNA表达不平衡的手段。[方法]建立剂量敏感基因数据库。抽取总mRNA并逆转录,PCR扩增包含SNP位点的片断,连接识别片断并用Solexa Sequencing技术测序。计算等位基因的表达差异。[结果]共测量了73个和各类精神疾病相关的剂量敏感基因,其中71个取得了理想结果。与原有荧光方法相比,重复性好,测量精度显着提高。[结论]该技术是一种更理想的高通量测量等位基因表达不平衡的手段。疾病相关的剂量敏感基因中出现等位基因表达不平衡的频率较普通基因更高。(本文来源于《复旦大学》期刊2011-04-08）
金鑫,刘苹,夏辉,夏寒冰,卢宝荣[5]（2010）在《杂草稻杂种F_2代群体等位基因非随机分离和位点间连锁不平衡的研究》一文中研究指出杂交-渐渗在物种进化过程中起到了重要作用,本研究对人工杂交和自交构建的3个杂草稻杂种F2代群体进行遗传分析,了解各群体中来自双亲不同位点等位基因的遗传规律,并以此揭示在杂草稻的杂交-渐渗过程中双亲基因的传递是否受到自然选择而发生非随机分离.采用微卫星(SSR)和插入/缺失(InDel)分子标记,检测了F2群体各位点等位基因和基因型频率,以连续卡方(X2)方法,检验了F2代群体各位点等位基因和基因型频率的观察比值和理论比值是否相符,检测配子或合子选择对偏态分离造成的影响,对3个F2群体分子标记的各两两位点进行了连锁不平衡分析和卡方统计检验.结果显示3个群体均出现显着的等位基因非随机分离,配子选择对非随机分离影响较大,某些基因位点存在显着关联关系,表明杂草稻的杂种后代群体在杂交分离过程明显受到了自然选择,这一结果为杂交-渐渗在杂草稻适应性进化过程中的作用提供了遗传和分子证据.(本文来源于《复旦学报(自然科学版)》期刊2010年05期）
贾小芳,王红[6]（2009）在《FBAT和PLINK软件计算等位基因频率和传递不平衡分析的应用研究》一文中研究指出目的研究FBAT和PLINK软件计算等位基因频率(allele frequency,Afreq)和传递不平衡分析(transmission disequilibrium test,TDT)的应用。方法对137个台湾非综合征型唇/腭裂核心家系,利用FBAT、PLINK和SPSS软件分别对核心家系和奠基者数据计算FGF19基因rs1789364的微效等位基因频率(minor allele frequency,MAF)。分别用FBAT、PLINK、SAS和SPSS软件及McNemar公式手工计算的方法,对家系数据进行TDT分析。结果FBAT软件2.0.2c版本对全部核心家系数据和奠基者数据计算的MAF不同,分别为20.8%和21.2%;FBAT软件1.7.3版本和PLINK软件对上述两种数据计算的MAF均为21.2%;SPSS软件对上述两种数据计算的MAF分别为20.8%和21.2%。FBAT软件两版本、PLINK和SAS软件与按McNemar公式手工计算的传递不平衡分析统计量等价(Z=-0.612,P=0.540);SPSS软件与McNemar校正公式的分析结果相同(χ2=0.260,P=0.610)。结论应用FBAT软件的1.7.3版本和PLINK软件计算奠基者的等位基因频率时,可以使用全部核心家系或单独奠基者的数据;用FBAT软件的2.0.2c版本时,只能用单独奠基者的数据。FBAT软件两版本和PLINK软件tdt命令的传递不平衡分析均为McNemar检验方法,PLINK软件的perm选项可提供确切概率。FBAT和PLINK软件是专门的遗传统计分析软件,可以直接利用家系数据计算等位基因频率和进行TDT等多项分析,SPSS和SAS软件的非遗传统计模块不宜作为家系资料分析的常规方法。研究者在使用相关软件和命令以前,利用公式或熟悉的软件对拟使用的软件命令进行研究,有助于避免误用,并对研究结果做出合理的解释。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2009年10期）
郭涛,孙敬武[7]（2009）在《喉癌及癌前病变等位基因不平衡性的相关研究》一文中研究指出目的探讨喉鳞状细胞癌变过程中微卫星DNA等位基因不平衡性的特征及其意义。方法选取染色体3P、9P和17P上6个多态性微卫星位点D3S1234、D9S171、D9S1748、D9S162、INFA和D17S796,利用聚合酶链式反应-简单序列长度多态性-银染技术,对49例喉癌癌前病变和喉癌组织进行等位基因不平衡分析,统计杂合性缺失(loss of heterozygosi-ty,LOH)和微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)的发生率及其与临床病理特征的相关性。结果6个微卫星标记物LOH和MSI发生率分别为:喉癌癌前病变中单纯过度增生为3.7%和14.8%,轻度不典型增生为10.8%和21.6%,重度不典型增生为26.0%和23.3%;喉鳞状细胞癌为38.7%和21.3%。其中LOH的总检出率在不同病理组间有统计学意义(χ2=17.686,P=0.000),而MSI的检出率统计学意义(χ2=0.314,P>0.05)。不同病理组间D9S171和D9S162单个位点LOH检出率有统计学意义(P=0.022,P=0.025)。在癌前病变早期MSI发生率高于LOH。结论等位基因不平衡可能参与喉癌发生发展,微卫星分析法为喉癌癌前病变的早期诊断提供新的途径。(本文来源于《中国耳鼻咽喉颅底外科杂志》期刊2009年03期）
郭涛,孙敬武[8]（2007）在《喉癌变过程中染色体3P，9P和17P上等位基因不平衡性的相关研究》一文中研究指出目的探讨喉鳞状细胞癌变过程中微卫星 DNA 等位基因不平衡性的特征及其意义。方法选取染色体3P、9P 和17P 上六个多态性微卫星位点 D3S1234、D9S171、D9S1748、 D9S162、INFA 和 D17S796,利用聚合酶链式反应-简单序列长度多态性-银染技术,对49例喉(本文来源于《中华医学会第十次全国耳鼻咽喉-头颈外科学术会议论文汇编（上）》期刊2007-10-01）
郭涛[9]（2007）在《喉癌变过程中染色体3P，9P和17P上等位基因不平衡性的相关研究》一文中研究指出目的:探讨喉癌变过程中染色体3P,9P和17P上微卫星位点的杂合性缺失和微卫星不稳定性的改变状况,探讨等位基因不平衡性在喉癌前病变的意义,及其与临床病理特征的关系。进一步探索喉癌前病变在分子水平诊断提供新途径和依据,同时可以证实了几个在喉癌前病变早期检测指标的微卫星标志物。方法:取49例喉癌前病变及喉癌组织新鲜手术切除标本,同时取同一来源的正常组织或加肝素的抗凝静脉血5ml作为正常对照。分为单纯过度增生(hyperplasias,HP)9例、轻度不典型增生(low grade dysplasia,LGD)10例、重度不典型增生(high grade dysplasia,HGD) 15例、喉鳞状细胞癌(LSCC)15例选取染色体3P、9P和17P上六个多态性微卫星位点D3S1234﹑D9S171﹑D9S1748﹑D9S162﹑INFA和D17S796,利用聚合酶链式反应-简单序列长度多态性-银染技术,对49例喉癌变组织,进行等位基因不平衡分析,统计杂合性缺失和微卫星不稳定性的发生率及其与临床资料相关性。结果: LOH和MSI发生率分别为:单纯过度增生3.7%和14.81%、轻度不典型增生10.81%和21.62%、重度不典型增生26.03%和23.29%、喉癌38.67%和21.33%。其中杂合性缺失的频率随病变组织学的严重程度增加而增高,杂合性缺失的总检出率在不同病理组间有差异有显着性(χ2=17.686, p=0.000)。六个多态性微卫星位点出现MSI病例数也呈现随病变组织学的严重程度而增加趋势,而微卫星不稳定性的检出率差异无显着性(χ2=0.314,p﹥0.05)。在HP和LGD病理组中微卫星不稳定性的检出率明显高于杂合性缺失,而在HGD和LSCC组中杂合性缺失的检出率明显高于微卫星不稳定性。杂合性缺失和微卫星不稳定性总检出率最高的位点为D9S171(62.5%),本实验中有病例同时存在2个以上位点的杂合性缺失或微卫星不稳定性,其中LGD 2/10(20%),HGD 8/15(53%),LSCC 9/15(60%),差异无显着性。结论:1.微卫星分析作为一个敏感的遗传指标已经广泛应用于肿瘤研究.本次实验结果显示49例喉癌前病变和癌组织中等位基因失衡总检出率为23.11% ,其中癌前病变为38.69%,喉癌为60%,提示喉癌变过程中基因组不稳定性增加。符合癌前病变随着组织学异常程度加重发展为癌的风险度将增加。2.喉癌前病变的早期即HP和LGD组中微卫星不稳定性频率高于杂合性缺失,微卫星不稳定性可作为微卫星分析早期癌前病变的辅助检测方法。数据统计显示,有病例同时有2个以上位点发生微卫星改变,增加癌变或复发风险,本组病例均有复发或癌变前有癌前病变史。3. D9S171位点的LOH和MSI总检出率最高,说明在D9S171位点附近也可能存在与喉癌前病变发生发展有关的候选抑癌基因,需进一步证实。目前微卫星分析已成为寻找和分析染色体上TSGs位置和失活的重要手段。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2007-05-01）
Moinfar,F,Kremser,M,-L,侯巍[10]（2005）在《子宫内膜间质肉瘤中的等位基因不平衡:非肿瘤性正常表现的子宫内膜和子宫肌层组织中常见的基因突变》一文中研究指出Endometrial stromal sarcoma (ESS) is among the rarest primary malignant tumors of the uterus. The aim of this study was to examine the possibility of loss of heterozygosity (LOH) and microsatellite instability (MIS) in different tissue co mponents of ESS. Using PCR, we examined DNA extracts from microdissected tissues of 27 uterus samples containing malignant stromal cells of ESS (20 low grade an d 3 high grade sarcomas)-, benign tumor cells of endometrial stromal nodules (E SN, 4 cases) as well as tumor-free myometrial and endometrial tissues close to and distant from the tumors. Normal cervical tissues (epithelial cells, stroma c ells) were also microdissected and analyzed. Fifteen polymorphic DNA markers (ch romosomes 2p, 3p, 5q, 10q, 11q, 13q, and 17p) were tested to identify possible g enetic alterations. Samples from 10 women with prolapsed uteri without any histo pathologic abnormalities were also selected as controls. While no genetic altera tions could be identified in 12 (44.5%) ESS cases, 15 (55.5%) revealed LOH wit h at least one polymorphic DNA marker. LOH were found in 3 (100%) high-grade s arcomas, 10 (50%) low-grade ESS, and 2 (50%) benignESN. Although LOH was foun d more often in the neoplastic stromal cells, several cases showed concurrent an d independent LOH in the tumor-free myometrial or endometrial tissues either cl ose to or distant from the tumors. The most common genetic abnormality (LOH) was observed at PTEN, a tumor suppressor gene located on chromosome 10q. No tumor w as associated with microsatellite instability (MSI). The control group without a ny histologic abnormalities did not show LOH or MSI. The frequent occurrence of LOH and the lack of MSI suggest that loss of function(s) of tumor suppressor gen es and not mismatch repair deficiency plays a key role in the pathogenesis of en dometrial stromal neoplasms. The concurrent and independent occurrence of LOH in the stromal tumor cells and the tumor-free and normal-appearing myometrial an d endometrial tissues strongly support the concept of genetic alterations in mic roenvironmental tissues and the interaction(s) between different tissue componen ts in the development and progression of endometrial stromal neoplasms.(本文来源于《世界核心医学期刊文摘(妇产科学分册)》期刊2005年05期）
等位基因不平衡论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
肿瘤是人最主要的致死性疾病,其发生发展过程中均伴随着大量的基因组改变。当同源染色体片段相对于另一条同源染色体的拷贝数增加或减少时,伴随着一个现象的发生,等位基因不平衡。如果被扩增的同源染色体的片段携带着比另一条同源染色体更有利于肿瘤生长的遗传变异位点,则此片段在肿瘤细胞生长过程中有选择性优势。高通量测序技术的快速应用与精准医疗研究的快速发展,产生了海量基因组学数据,现在我们可以较容易且准确的获得整个基因组的完整信息。本研究从一个独特的视角来探究四种高发肿瘤(乳腺腺癌、结直肠腺癌、肺腺癌和前列腺癌)发展过程基因组的变化,以期为肿瘤的临床预后提供理论依据。为了找到在肿瘤细胞生长过程中具有选择性优势的基因座,我们构建了一个贝叶斯概率模型,用于评估在肿瘤群体中频繁发生的等位基因不平衡。在这个研究中,我们使用大型肿瘤公共数据库TCGA提供的肿瘤组织与正常组织配对的外显子测序数据,遗传变异位点数据库NCBI dbSNP Build 144的外显子区域位点,进行了等位基因不平衡性位点的评估。首先,我们从两个方面来验证了模型,一是验证样本中等位基因比例与评估的等位基因比例的一致性,二是通过体细胞拷贝数变异与等位基因不平衡的关联性来验证。其次,我们对评估的等位基因不平衡基因座进行功能预测,比较等位基因不平衡基因座和平衡基因座的功能富集度,发现对氨基酸、蛋白质编码等有影响的功能位点都富集在等位基因不平衡基因座中。再次,我们进行了等位基因不平衡与体细胞拷贝数变异的关联分析,发现体细胞拷贝数变异越频繁的区域等位基因不平衡事件也越频繁发生。然后,通过基因功能富集分析,包括染色体位置,KEGG通路,GO生物过程,我们发现不平衡基因富集在癌症相关的重要生物通路中,例如,四个肿瘤的不平衡基因都显着富集在“KEGG PATHWAYSIN CANCER”、“KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION,”、“KEGG FOCAL ADHESION”等肿瘤细胞生长与转移相关的KEGG通路中。最后,我们还验证了 DNA水平的等位基因不平衡与表达不平衡的关联,发现基因表达不平衡的发生还有其他因素在起作用。肿瘤生长是一个复杂的过程,本研究通过对肿瘤基因组的等位基因不平衡性研究,以期为肿瘤发生机制和临床预后提供参考信息。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
等位基因不平衡论文参考文献
[1].王宋兴,徐筠娉,何柳媚,洪文旭,高素青.深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析[C].中国输血协会第九届输血大会论文专辑.2018
[2].曾园媛.四种高发肿瘤的等位基因不平衡性研究[D].厦门大学.2017
[3].李晓燕,耿计伟,白洁.等位基因不平衡在骨髓增殖性肿瘤中的研究进展[J].医学综述.2013
[4].徐翔.使用高通量测序技术测量人脑皮层中精神疾病候选基因mRNA等位基因表达不平衡[D].复旦大学.2011
[5].金鑫,刘苹,夏辉,夏寒冰,卢宝荣.杂草稻杂种F_2代群体等位基因非随机分离和位点间连锁不平衡的研究[J].复旦学报(自然科学版).2010
[6].贾小芳,王红.FBAT和PLINK软件计算等位基因频率和传递不平衡分析的应用研究[J].中国优生与遗传杂志.2009
[7].郭涛,孙敬武.喉癌及癌前病变等位基因不平衡性的相关研究[J].中国耳鼻咽喉颅底外科杂志.2009
[8].郭涛,孙敬武.喉癌变过程中染色体3P，9P和17P上等位基因不平衡性的相关研究[C].中华医学会第十次全国耳鼻咽喉-头颈外科学术会议论文汇编（上）.2007
[9].郭涛.喉癌变过程中染色体3P，9P和17P上等位基因不平衡性的相关研究[D].安徽医科大学.2007
[10].Moinfar,F,Kremser,M,-L,侯巍.子宫内膜间质肉瘤中的等位基因不平衡:非肿瘤性正常表现的子宫内膜和子宫肌层组织中常见的基因突变[J].世界核心医学期刊文摘(妇产科学分册).2005