导读:本文包含了链置换扩增论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:HIV相关基因,链置换扩增,DNA酶,荧光传感
链置换扩增论文文献综述
晏小玉[1]（2019）在《基于链置换扩增和DNA酶的HIV相关基因荧光传感检测新方法研究》一文中研究指出人类免疫缺陷病毒(HIV)可通过破坏感染者的免疫系统而导致获得性免疫缺陷综合症(AIDS)。免疫学检测方法如酶联免疫吸附分析(ELISA)和蛋白质印迹(WB)是用于HIV感染临床诊断的常用方法。然而,由于HIV感染后机体需要一段时间才能产生相应的抗体,因此HIV感染的免疫学检测存在“窗口期”,使HIV感染的早期诊断受到了挑战。核酸检测方法因其即使在没有HIV抗体存在的情况下也能提示病毒感染而受到广泛关注。因此,灵敏和特异地检测HIV相关基因对于HIV感染患者的早期准确诊断和治疗至关重要。链置换扩增(SDA)是一种高效的等温核酸扩增策略。此外,DNA酶因其具有循环剪切特性也可以用作信号放大单元。在本研究中,基于链置换扩增和镁离子依赖的DNA酶,构建了一种新型的荧光传感方法,用于快速检测HIV相关基因。当检测体系中存在靶DNA时,靶DNA可以与模板DNA链杂交并激活链置换扩增以产生大量DNA酶序列片段。随着镁离子的引入,DNA酶被激活从而循环剪切标有荧光基团和猝灭基团的底物链,使荧光基团和猝灭基团分离而荧光得以恢复。在最佳实验条件下,所构建的传感方法可实现对靶DNA在线性范围100 fM-1 nM的检测,检测限为61 fM,同时也能较好地区分靶DNA与错配DNA。此外,建立的荧光传感方法也成功用于分析加入人血清样本中的靶DNA。由于本荧光传感方法具有快速、简便和分析性能良好的优点,有望为临床HIV感染的早期诊断提供选择。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2019-05-01）
赵锦,夏海雄,刘雨杰,Ravinder,Pal,范安然[2]（2018）在《采用等温链置换扩增结合纳米金测流层析试纸条检测登革热病毒》一文中研究指出目的:探讨等温链置换扩增结合纳米金测流层析试纸条用于登革热病毒(DENV)快速检测的可行性。方法:采用磁珠富集法提取病毒总RNA,并逆转录为cDNA用于等温链置换扩增检测体系;等温链置换扩增用于检测DENV,琼脂糖凝胶电泳用于分析等温链置换扩增产物及其检测的敏感度;采用柠檬酸叁钠还原法制备用于试纸条的纳米金颗粒;利用核酸碱基互补配对原理设计纳米金测流层析试纸条的检测线与控制线,建立DENV的检测体系。结果:等温链置换扩增的敏感度为10 fmol/L。基于等温链置换扩增的纳米金测流层析试纸条检测DENV的敏感度也为10 fmol/L,取其检测样品浓度的对数值进行线性分析,检测浓度范围为10～10~(12)fmol/L,符合线性回归方程,线性相关系数(R~2)为0. 98。基于等温链置换扩增的纳米金测流层析试纸条检测DENV的特异性较高,与其他对照组无交叉。结论:建立了基于等温链置换扩增反应的纳米金试纸条用于DENV的检测方法,检测结果肉眼可见,敏感度高,可用于DENV的快速检测。(本文来源于《浙江大学学报(医学版)》期刊2018年04期）
张瑶,成玉梁,谢云飞,姚卫蓉,郭亚辉[3]（2018）在《基于链置换扩增反应与DNA银簇的免标记核酸检测方法》一文中研究指出提出一种基于链置换扩增反应(SDA)和DNA银簇合成的免标记核酸检测方法.该方法分为两步:第一步,模板链(TemDNA)特异性识别目标链(TarDNA)并利用链置换扩增反应扩增出银链(AgDNA);第二步,将扩增后的AgDNA链与硝酸银合成DNA银簇,再根据产物的荧光强度实现定量检测.该方法在0~1 200nmol·L-1浓度范围内对目标DNA具有良好的线性响应,检出限达540pmol·L-1,且可以根据不同的目标DNA修改模板序列.(本文来源于《武汉大学学报(理学版)》期刊2018年04期）
陈晓林,范勇,孙筱放[4]（2010）在《结合多重链置换扩增和等位基因特异性PCR从单细胞中扩增脊髓性肌萎缩症运动神经元生存基因》一文中研究指出目的:建立结合多重链置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)全基因组扩增法和等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)对单细胞进行脊髓性肌萎缩(spinal muscular atrophy,SMA)诊断的方法。方法:对脊髓性肌萎缩症运动神经元生存基因(survival motor neuron gene1,smn1)7号外显子纯合缺失皮肤成纤维细胞及正常的皮肤成纤维细胞使用MDA法进行全基因组扩增,使用AS-PCR检测扩增产物的smn1和smn2基因,同时扩增D5S435、D5S351这2个微卫星位点,评估扩增效率、等位基因脱扣(allele dropout,ADO)率及污染检测。结果:对18个SMA细胞和21个smn1基因正常的细胞进行扩增。smn1和smn2基因扩增成功率分别为90.4%(19/21)和94.8%(37/39)。2个微卫星的扩增成功率为82.1%(32/39)和88.9%(16/18),ADO率分别为16.22%(6/37)和12.5%(2/16)。总扩增成功率为88.89%(104/117),总ADO率为15.09%(8/53)。结论:建立了结合MDA和等位基因特异性PCR对单个细胞进行smn1、smn2基因的扩增方法,为SMA单细胞植入前诊断奠定了基础。(本文来源于《生殖与避孕》期刊2010年06期）
陈晓林[5]（2010）在《多重链置换扩增在脊髓性肌萎缩、β地中海贫血单细胞诊断中的应用研究》一文中研究指出β地中海贫血和脊髓性肌萎缩是两种常见的单基因遗传病。其中β地中海贫血是是我国南方常见的一种常染色体隐性遗传、血红蛋白异常性疾病,携带率约为2.8%。该病由于珠蛋白基因缺失或突变导致。β珠蛋白基因簇位于人11号染色体上,包含5个功能基因和1个假基因,这些基因的突变导致血红蛋白合成异常而发病。全世界约发现200多种突变,我国大约有28种突变。地贫基因的突变会导致贫血及后续的器官损害,严重危害人的生命。SMA是一种常见的致死性常染色体隐性遗传性疾病,其发病率约1/6000-1/10000。人群携带率约1/40-1/50。染色体5q13的脊髓性肌萎缩运动神经元生存基因(survival motor neuron gene 1, smn1)的缺失是导致SMA发病的主要病因。Smn1基因的突变使脊髓运动神经元退变而导致肌无力和肌萎缩,由于肌肉渐进性的退化,患者走路、爬行、吞咽、甚至呼吸等功能都会逐渐丧失,常因呼吸衰竭而死亡。上面两种疾病至今仍缺乏有效的治疗方法。现在一般使用产前诊断的方法来减少患儿的出生。然而,产前诊断需要终止妊娠,给孕妇及家庭带来巨大的伤害。胚胎植入前诊断(preimplantation genetic diagnosis, PGD)是一种基于试管婴儿的技术发展起来的不同于产前诊断的诊断方法。PGD通过对体外授精形成胚胎进行细胞活检,使用PCR或者荧光原位杂交等技术,进行遗传病的诊断,根据结果移植合适的胚胎到宫腔中的一种技术,这种技术可以避免产前诊断所需要的终止妊娠。根据欧洲人类生殖与胚胎协会PGD分会的统计,目前全世界实行PGD周期总数超过20,000例,成功分娩6,000多个健康胎儿。为许多患者夫妇带来了希望。已经有许多对β地中海贫血和SMA进行植入前诊断的报道。如通过使用单链构象多态性、变性梯度凝胶电泳、荧光PCR(Fluorescence PCR, F-PCR)、巢式PCR、连锁分析结合微小测序等方法进行β地中海贫血的单细胞诊断和植入前诊断;通过限制性酶切、等位基因特异性PCR(allele-specific PCR, AS-PCR)、荧光PCR(Fluorescence PCR, F-PCR)、微小测序等方法进行SMA的植入前诊断。然而上述的方法都基于单细胞诊断技术,因此具有一些缺点,如只能同时扩增少量基因位点、样本不能保留、每种反应体系都需要进行优化、高等位基因脱扣率(allele drop out, ADO)等。为了解决这个问题,全基因组扩增技术(whole genome amplication, WGA)用于扩增单细胞全基因组DNA已经引入到PGD之中。WGA的方法有许多种,如引物延伸预扩增聚合酶链反应(primer extension preamplification PCR, PEP-PCR),简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotide primed PCR, DOP-PCR),多重链置换扩增(multiple displacement amplification, MDA)等。PEP-PCR和DOP-PCR都是基于PCR为基础的,因此其具有基因组覆盖不完全高ADO率、扩增片段短不适用于需要高质量模板的后续基因分析方法等缺点。MDA是目前为止最好的WGA方法。其最早由Lizardi博士建立,主要基于Phi29 DNA聚合酶的恒温链置换扩增原理,具有恒温扩增、扩增片段长、基因组覆盖度高等优点。研究目的:本研究通过使用AS-PCR、微卫星分析、反向斑点杂交(reverse dot blot, RDB)比较不同MDA孵育时间对扩增成功率、ADO率影响,优化MDA的孵育时间。同时通过结合MDA、AS-PCR,微卫星分析对单细胞进行SMA诊断;结合MDA、RDB对β地中海贫血进行诊断,建立结合MDA对单细胞进行SMA和β地中海贫血诊断的方法,为日后建立SMA、β地中海贫血的植入前诊断平台打下基础。材料:取本研究所建立的5株成纤维细胞系做为研究材料。其中,有两株smn1基因纯合缺失成纤维细胞(S1和S2);1株β41-42/β17双重杂合突变β地中海贫血成纤维细胞(TH1);1株β41-42/β41-42纯合突变β地中海贫血成纤维细胞(TH2);1株正常人包皮成纤维细胞(N1)。这些细胞的突变类型均事先通过基因检测明确诊断。共取得49个单个成纤维细胞。其中包括13个TH1单个成纤维细胞,10个TH2单个成纤维细胞,8个S1单个成纤维细胞,10个S2单个成纤维细胞。8个N1单个成纤维细胞。方法:1.单个细胞制备2.将细胞分为16小时孵育组和4小时孵育组进行单细胞MDA扩增3.应用AS-PCR对MDA产物进行smn1和smn2基因的检测4.应用单重荧光PCR法对MDA产物扩增smn1基因紧密连锁的两个STR位点D5S351、D5S4355.应用RDB法对MDA产物进行β地中海贫血的18种β地贫突变位点的检测结果:1. MDA单个成纤维细胞的总扩增率89.3%(342/383),smn1基因的总扩增成功率为90.48%(19/21),smn2基因的扩增成功率为94.87% (37/39)。D5S351和D5S435的扩增成功率分别为94.87% (37/39),87.18% (34/39)。结合MDA、STR、AS-PCR对SMA进行PGD的总的扩增成功率为92.02%(127/138)。RDB检测扩增成功率为88% (220/250)。总ADO率是13.92%(11/79),D5S351的ADO率是16.22% (6/37),D5S435的ADO率是12.5%(2/16),结合MDA、STR、AS-PCR对SMA进行PGD的总ADO率为15.09%(8/53),RDB的ADO率是11.54%(3/26)。2. 16小时组与4小时组在扩增成功率方面分别为90.48% (171/189)和88.14% (171/194),结果无显着性差异(χ2检验,P>0.05);16小时组和4小时组的ADO率分别为17.07% (7/41)和10.53% (4/38),两者比较结果无显着性差异(χ2检验,P>0.05)。结论:1.本研究通过比较不同MDA孵育间对扩增成功率、ADO率的影响。使MDA的孵育时间降低到4个小时。使整个单细胞基因诊断时间缩短。为日后运用于植入前诊断创造了有利的条件。2.首次使用结合MDA、等位基因特异性PCR和STR分析的方法对单细胞SMA进行诊断。该方法可以诊断出smn1基因纯合缺失的患者。为SMA的植入前诊断奠定基础。3.首次使用MDA结合RDB技术对单细胞β地中海贫血进行诊断。该方法可以对单细胞同时检测18个β地中海贫血的突变位点。为β地中海贫血的植入前诊断奠定基础。(本文来源于《广州医学院》期刊2010-05-01）
何艳[6]（2010）在《缺口酶依赖的DNA链置换扩增技术的研究》一文中研究指出背景与目的:近年来核酸等温扩增技术迅猛发展,显现出广阔的应用前景。链置换扩增技术是一种快速、灵敏、特异的DNA等温扩增方法,但硫修饰的dNTP的掺入限制了其在分子生物学领域的应用范围。缺口酶是一种能在天然DNA特异序列内部或附近产生单链缺口,而对底物不需要任何修饰的限制性内切酶。本研究对链置换扩增技术进行革新,以缺口酶取代普通限制性内切酶与dNTP[αS]掺入,提出了缺口酶依赖的DNA链置换扩增技术(nickase-dependent DNA strand displacement amplification),使其适用于基层医疗卫生单位,用于某些疾病及病原体的检测。方法:1)以Lambda DNA或pUC18质粒DNA为模板扩增短目的片段,初步建立合适的扩增体系,摸索包括聚合酶与切口酶的相对用量,引物与模板的相对用量,反应条件(温度、时间、离子强度、pH值)等。2)以上述工作为基础探讨扩增较长目的片段(>500 bp)的可能性。3)分别以人全基因组DNA,淋球菌基因组DNA和白色念珠菌基因组DNA为模板扩增特异性片段。结果:1)以Lambda DNA为模板扩增出131/133 bp片段,优化条件建立了最适的短片段扩增体系;2)以Lambda DNA为模板扩增出200 bp,500 bp产物片段;3)以pUC18质粒DNA为模板扩增出500 bp产物片段;4)以Lambda DNA为模板扩增出1.2 kb产物片段,但产量及纯度有待改进。5)以人全基因组DNA,淋球菌基因组DNA和白色念珠菌基因组DNA为模板扩增,电泳未见单一目的片段。结论:1)本研究将缺口酶与链置换扩增技术相结合新创的缺口酶依赖的DNA链置换扩增(NDA)体系能以Lambda DNA及pUC18 DNA为模板快速敏感有效地扩增短目的片段。2)NDA体系扩增短目的片段其合适的扩增条件是:25μL反应体系中,dNTP终浓度为0.4μM, primers为1μM,NaCl为100 mM,Bst DNA polymerase Large Fragment用量为8 U,Nt.BstNBI为2 U,反应温度为55℃,反应时间为15-30 min;3)NDA方法有扩增较长(>500 bp)片段的可能,但是对于复杂基因组DNA,反应体系尚需进一步改进。(本文来源于《南华大学》期刊2010-05-01）
谭耀驹,李红玉,唐林国,陈江华,马志明[7]（2006）在《链置换扩增技术在结核病诊断中的应用》一文中研究指出目的探讨链置换扩增(SDA)技术检测结核分枝杆菌复合群(MTBC)的临床意义和可信性。方法应用SDA技术与荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR),直接检测了453份结核性样本,其中痰标本332份、胸腔积液78份、脑脊液43份。结果332份痰标本培养阳性131份,其中110株(涂阳88份)为MTBC,21株(涂阳20份)为非结核分枝杆菌。在110份证实有MTBC、21份证实有非结核分枝杆菌生长的样本中,SDA和FQ-PCR的敏感性分别为99.1%和95.2%,特异性分别为94.6%和95.2%。在311例结核分枝杆菌感染的患者中,SDA和FQ-PCR的阳性率分别为55.3%(172/311)和47.0%(146/311)。121份结核性胸腔积液、脑脊液样本中,分枝杆菌阳性20例,经鉴定其中19例为结核分枝杆菌,1例为非结核分枝杆菌,SDA和FQ-PCR检测的阳性率分别为43.4%(52/120)和33.4%(40/120)。SDA技术设立的内扩增质量控制(IAC)可确保检测结果的准确性。结论自动检测分析系统能快速、特异地检测临床样本中MTBC,设立IAC可提高结果的可信性。(本文来源于《中华结核和呼吸杂志》期刊2006年12期）
陈庆海,府伟灵,陈鸣,张波,汤万里[8]（2004）在《压电基因传感器在HCMV链置换扩增实时检测中的实验研究》一文中研究指出目的 探讨自行研发的压电基因传感器对链置换扩增 (SDA)的实时检测。方法 以巨细胞病毒 (HCMV)为检测对象 ,建立成熟的 SDA反应系统 ;在自行研发的压电基因传感器检测仪上对巨细胞病毒 SDA反应进行实时检测。结果 SDA反应可引起压电基因传感器的频率持续下降 ;在一定范围内核酸杂交所引起的频率下降幅度与加入的靶序列浓度呈正相关 ;加样时温差等因素对早期频率变化曲线的影响不可忽视 ;实验温度是影响SDA压电基因传感器检测灵敏度的重要因素。结论 自行研发的压电基因传感器可成功实现对 SDA反应的实时检测 ;该系统可直接检测基因组 DNA并可广泛应用于病原微生物的临床检测。(本文来源于《中华医院感染学杂志》期刊2004年01期）
陈斌,府伟灵,蒋天伦,黄君富[9]（2004）在《链置换扩增压电DNA传感器检测铜绿假单胞菌的临床应用研究》一文中研究指出目的 探讨链置换扩增 (SDA )压电 DNA传感器检测铜绿假单胞菌的临床应用。方法 应用 SDA压电DNA传感器芯片技术和特异性寡核苷酸探针 ,对临床标本 33份进行铜绿假单胞菌检测 ,并以荧光定量 PCR作参照 ,与常规培养进行对比分析。结果 在 33份临床标本中 ,SDA压电 DNA传感器检出 17份铜绿假单胞菌阳性 ,与荧光定量 PCR结果完全一致 ,而这两种方法与常规分离培养略有差异。结论 SDA压电 DNA传感器芯片技术能直接检测铜绿假单胞菌基因组 DNA,具有准确、快速、灵敏的优点。(本文来源于《中华医院感染学杂志》期刊2004年01期）
蒋天伦,府伟灵,张波,陈鸣,刘明华[10]（2002）在《链置换扩增(SDA)压电DNA传感器》一文中研究指出目的 构建链置换扩增 (SDA)压电DNA传感器 ,研究其响应特性。方法 ①将SDA与压电DNA传感器结合 ,建立SDA压电DNA传感器结合技术 ;②以结核菌IS61 1 0片段为检测对象 ,研究SDA压电DNA传感器的响应特性。结果 ①SDA压电DNA传感器的响应信号达到 50 0Hz左右 ;②SDA压电DNA传感器出现频率下降的时间长度 (响应时间 )与加入的检测核酸的浓度相关 ;③不同浓度检测核酸 (靶核酸 )导致的频率下降绝对值差别不大。结论 SDA压电DNA传感器能直接检测基因组DNA ;其响应时间与检测物 (靶核酸 )的加入量相关 ,可以用作定量依据(本文来源于《第叁军医大学学报》期刊2002年01期）
链置换扩增论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:探讨等温链置换扩增结合纳米金测流层析试纸条用于登革热病毒(DENV)快速检测的可行性。方法:采用磁珠富集法提取病毒总RNA,并逆转录为cDNA用于等温链置换扩增检测体系;等温链置换扩增用于检测DENV,琼脂糖凝胶电泳用于分析等温链置换扩增产物及其检测的敏感度;采用柠檬酸叁钠还原法制备用于试纸条的纳米金颗粒;利用核酸碱基互补配对原理设计纳米金测流层析试纸条的检测线与控制线,建立DENV的检测体系。结果:等温链置换扩增的敏感度为10 fmol/L。基于等温链置换扩增的纳米金测流层析试纸条检测DENV的敏感度也为10 fmol/L,取其检测样品浓度的对数值进行线性分析,检测浓度范围为10～10~(12)fmol/L,符合线性回归方程,线性相关系数(R~2)为0. 98。基于等温链置换扩增的纳米金测流层析试纸条检测DENV的特异性较高,与其他对照组无交叉。结论:建立了基于等温链置换扩增反应的纳米金试纸条用于DENV的检测方法,检测结果肉眼可见,敏感度高,可用于DENV的快速检测。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
链置换扩增论文参考文献
[1].晏小玉.基于链置换扩增和DNA酶的HIV相关基因荧光传感检测新方法研究[D].重庆医科大学.2019
[2].赵锦,夏海雄,刘雨杰,Ravinder,Pal,范安然.采用等温链置换扩增结合纳米金测流层析试纸条检测登革热病毒[J].浙江大学学报(医学版).2018
[3].张瑶,成玉梁,谢云飞,姚卫蓉,郭亚辉.基于链置换扩增反应与DNA银簇的免标记核酸检测方法[J].武汉大学学报(理学版).2018
[4].陈晓林,范勇,孙筱放.结合多重链置换扩增和等位基因特异性PCR从单细胞中扩增脊髓性肌萎缩症运动神经元生存基因[J].生殖与避孕.2010
[5].陈晓林.多重链置换扩增在脊髓性肌萎缩、β地中海贫血单细胞诊断中的应用研究[D].广州医学院.2010
[6].何艳.缺口酶依赖的DNA链置换扩增技术的研究[D].南华大学.2010
[7].谭耀驹,李红玉,唐林国,陈江华,马志明.链置换扩增技术在结核病诊断中的应用[J].中华结核和呼吸杂志.2006
[8].陈庆海,府伟灵,陈鸣,张波,汤万里.压电基因传感器在HCMV链置换扩增实时检测中的实验研究[J].中华医院感染学杂志.2004
[9].陈斌,府伟灵,蒋天伦,黄君富.链置换扩增压电DNA传感器检测铜绿假单胞菌的临床应用研究[J].中华医院感染学杂志.2004
[10].蒋天伦,府伟灵,张波,陈鸣,刘明华.链置换扩增(SDA)压电DNA传感器[J].第叁军医大学学报.2002