导读:本文包含了基因第位密码子多态性论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:胃溃疡,幽门螺杆菌,p53基因,单核苷酸多态性
基因第位密码子多态性论文文献综述
郝欣,王荣升,李建辉[1]（2019）在《p53基因第72密码子基因多态性与胃溃疡患者Hp易感性、预后的关系》一文中研究指出目的探讨p53基因第72密码子基因多态性与胃溃疡患者幽门螺杆菌(Hp)易感性及预后的关系。方法选取性别和年龄匹配的Hp感染阳性胃溃疡患者(观察组)和Hp感染阴性胃溃疡患者(对照组)各150例。治疗前抽取两组外周静脉血并提取DNA,设计p53基因第72密码子PCR引物进行PCR扩增,扩增产物采用PCRRFLP方法检测p53基因第72密码子基因型,观察两组p53基因第72密码子基因型表达及其与预后的关系。结果p53基因第72密码子基因型包括Pro/Pro、Arg/Arg和Pro/Arg。两组基因型Pro/Pro、Arg/Arg和Pro/Arg分布频率比较差异有统计学意义(P均<0. 05)。多因素Logistic回归分析结果显示,与基因型为Arg/Arg和Pro/Arg患者比较,基因型Pro/Pro患者Hp感染危险性升高(OR分别为0. 586、0. 512、1. 000,P均<0. 05)。药物治疗4周、停药1个月时,观察组Hp根除率和溃疡愈合率分别为77. 33%和83. 33%;与基因型Arg/Arg和Pro/Arg患者比较,基因型Pro/Pro患者Hp根除率和溃疡愈合率降低(P均<0. 05)。结论 p53基因第72密码子基因型Pro/Pro胃溃疡患者Hp易感性增加,预后差。(本文来源于《山东医药》期刊2019年01期）
韩创业[2]（2017）在《影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征筛查及其功能鉴定》一文中研究指出研究内容:本研究分为叁个部分:1、广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析;2、影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征筛查;3、影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变易感候选基因的功能的初步验证。第一部分广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析目的:调查广西地区各市AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析材材料与方法:收集2001年至2013年在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术并经病理学诊断为原发性肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的病例485例,所有患者血清乙肝表面抗原(HBV)均为阳性。Sanger测序法检测肝癌组织、部分配对癌旁组织及外周血TP53基因第249位密码子突变。绘制广西地区乙肝病毒相关性原发性肝细胞癌TP53基因第249位密码子突变地图,并结合当地1961年至2015年间满足黄曲霉菌产毒日比例,分析两者之间的关联性。将TP53基因第249位密码子突变与随访资料结合起来分析其对于预后的评价作用。单因素分析采用卡方检验和Cox风险比例模型,多因素分析采用Logistic回归与Cox风险比例模型。统计软件为SPSS 18.0。P<0.05认为达到统计学显着性。结果:1、在本研究的485例病例中,我们发现一共有165(34.0%)例病例存在TP53基因第249位密码子突变,主要突变类型为:AGG>AGT(Arg>Ser)(159例,32.8%)与AGG>AGC(Arg>Ser)(6例,1.2%)。南宁地区突变率为34.7%,桂林地区是23.1%。2、我们以产毒日占有效统计天数比例间接衡量黄曲霉毒素的暴露水平,并将其与当地HBV相关性HCC患者TP53基因第249位密码子突变率进行Spearman相关分析,结果显示并未发现两者间存在显着相关性(P=0.302,R=-0.297)。3、经倾向评分匹配(Propensity Score Matching,PSM)后,最后总计322例病例纳入临床预后分析,其中TP53基因第249位密码子突变组161例病例,TP53基因第249位密码子未突变组161病例。多因素Cox风险比例模型结果显示TP53基因第249位密码子未突变组与TP53基因第249位密码子突变组之间术后长期总生存和无瘤生存生存差异不显着(P>0.05);但两组间2年内无瘤生存差异达到统计学显着性(P=0.039,HR=1.47,95%CI=1.02-2.18),突变组患者术后2年内的复发风险相对更高。4、TP53基因第249位密码子突变与术前AFP水平联合分析结果显示在AFP水平>400 ng/m L+TP53基因第249位密码子突变组中患者术后临床预后相对较差,该组患2年内复发的风险(P=0.009,HR=1.90,95%CI=1.18-3.07)显着高于其他组。5、TP53基因第249位密码子突变与HBV相关性原发性肝细胞癌患者术后临床预后的分层分析结果提示在TP53基因第249位密码子突变分层患者中,根治性切除(P=0.165,HR=0.70,95%CI=0.42-1.16)、术后TACE治疗(P=0.083,HR=1.63,95%CI=0.94-2.83)、术后抗病毒治疗(P=0.851,HR=0.95,95%CI=0.56-1.62)并不能显着延长患者术后2年内的无瘤生存期,但根治性切除(P=0.012,HR=0.58,95%CI=0.38-0.89)、术后抗病毒治疗(P=0.022,HR=0.61,95%CI=0.40-0.93)能让TP53基因第249位密码子非突变分层患者获得更好的2年内无瘤生存。结论:1、黄曲霉菌产毒日比例并不能有效和准确的反应黄曲霉毒素暴露程度。2、TP53基因第249位密码子突变与HBV相关性HCC患者术后2年内复发存在显着关。3、术前血清AFP水平>400 ng/m L+TP53基因第249位密码子突变亚组患者的临床预后更差。4、在TP53基因第249位密码子突变分层患者中根治性切除、术后TACE治疗、术后抗病毒治疗并不能显着延长患者术后2年内的无瘤生存期。第二部分影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征筛查目的:采用全基因组关联分析的策略,研究广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的遗传易感性。材材料与方法:1、收集2001年1月至2013年11月在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术并经病理学诊断为原发性肝细胞癌的病例485例,所有患者血清乙肝表面抗原均为阳性。利用高通量的全外显子基因分型平台Illumina exome beadchip 12v1对入组样本进行全外显子的单核苷酸多态性位点的分型。对于人群整体的质量控制我们采取以下几个方面实现:通过主成分分析来观察纳入人群是否存在分层;采纳芯片分型的样本的分型率>95%的样本;采纳在芯片分析鉴定中,不存在模糊性别的个体;同源关系鉴定中采纳identity-by-descent<0.1875的的群体(即不存在亲缘关系)。对候选位点的质量控制我们采信如下方案:剔除SNP分型成功率<95%的位点;纳入符合哈迪温伯格平衡P<1×10-6的位点;为了保证检验效能采纳最小等位基因频率大于0.05。2、收集2013年12月至2016年8月在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术HBV相关性HCC患者手术标本270例。利用Mass ARRAY SNP基因分型平台对全基因组外显子扫描得出的候选SNP位点进行独立样本验证。3、芯片扫描阶段及独立样本重复验证阶段均采用EPACTS 3.2.6软件包的Single Variant Test(选择Logistic Score Test模型)分析TP53基因第249位密码子突变与SNP之间的关联分性。卡方检验和logistic回归分析被用于分析基因遗传模型(Genetic model)与基因型之间的关系。连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)与重组模式(Recombination patterns)分析由Locus Zoom软件包完成。结果:1、经过质控后,总计459个样本,其中男性407例,女性52例;总计21501个SNP位点符合质控要求,总体成功分型率为98.35%。主成分分析的结果提示我们研究人群中并没有人群分层的存在(λ=1.008)。所有样本均不存在性别模糊和亲缘关系。由于样本量的限制,我们选择了最小等位基因频率大于0.05的单核苷酸多态性位点进行计算。芯片的分型结果的验证采用随机抽取10%样本直接测序的方法进行,结果示外显子芯片的分型和测序结果一致,结果可靠。通过计算,并没有位点在GWAS层面达到统计学显着性(P<2×10-6,根据21501 SNPs,α<0.05)。但是我们将坐落在基因上的P值排在前30位的位点作为候选位点,进行独立样本验证。2、经过Mass ARRAY SNP基因分型平台质控后,总计258个样本,其中包含80例TP53基因第249密码子突变样本,178例TP53基因第249密码子未突变样本,29个候选SNP位点符合质控要求。独立样本验证结果显示rs8022091位点在TP53基因第249密码子突变组与未突变组之间等位基因分布频率差异达到统计学显着性(P=0.0232)。位于16号染色体ADAMTS18基因上的候选SNP位点rs9930984在两组人群中等等位基因频率的差异也达到显着性(P=0.0255)。3号染色体上的坐落于WDR49基因上的SNP位点rs75218075其基因频率的分布和TP53基因第249密码子突变也呈显着关联(P=0.0295)。3、两期数据合并后在矫正了年龄、性别、民族、吸烟状态、饮酒状态这些环境暴露因素后,rs8022091(P Combined=0.042)、rs9930984(P Combined=4.84×10-6)、rs75218075(P Combined=7.36×10-5)在TP53基因第249密码子突变组与未突变组之间等位基因分布频率依然呈现显着的差异,其中rs8022091在合并两期数据后差异显着性有所下降,而rs9930984、rs75218075在两组间的差异显着性显着增加。结论:我们通过GWAS策略,初步对影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征进行筛查,鉴定出rs9930984、rs75218075、rs8022091位点与TP53基因第249位密码子突变存在显着关联。第叁部分影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变易感候选SNP位点的功能的初步验证目的:对TP53基因第249位密码子突变易感候选SNP位点、基因的功能的初步验证,探讨在AFB1暴露压力下,候选基因对TP53基因第249位密码子突变的影响。材材料与方法:1、利用q RT-PCR检测肝癌组织与癌旁组织ADAMTS18、WDR49、SLC8A3基因m RNA表达量,并分析其与对应的rs9930984、rs75218075、rs8022091位点基因型的关联性。2、慢病毒介导ADAMTS18基因沉默和过表达,予以AFB1干预MHCC-97H、Hep G2和HL-7702细胞株检测ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变的影响。统计软件为SPSS 18.0。P<0.05认为达到统计学显着性。结果:1、ADAMTS18基因m RNA在HBV相关性HCC癌组织的表达量高于癌旁组织(P=0.041),WDR49基因m RNA在HBV相关性HCC癌组织的表达量高于癌旁组织(P=0.0011),而SLC8A3基因相对m RNA表达量在癌与癌旁组织间差异无统计学显着性。2、rs9930984位点的基因型与ADAMTS18基因m RNA表达量在癌旁组织中存在显着关联(P=0.0028),GT基因型的表达高于TT基因型的表达量,但其在癌组织中差异不存在显着性。rs75218075、rs8022091位点与对应的基因表达量,在相应的分组见均未观察到显着关联(P>0.05);TP53基因第249位密码子突变组与非突变组之间,不论是在癌组织还是癌旁组织,ADAMTS18、WDR49、SLC8A3基因m RNA表达量差异均未达到统计学显着性(P>0.05)。3、MHCC-97H、Hep G2、SMMC-721、BEL-7404、QGY-7703和HL-7702细胞株中rs9930984基因型均为TT基因型,rs75218075位点均为TT基因型,rs8022091位点均为CC基因型。4、MHCC-97H、Hep G2细胞株分别予以2μM浓度的AFB1干预(每个浓度6个复孔),HL-7702细胞株予以1μM浓度AFB1干预(6个复孔)下所有复孔均产生了突变,并且均为G到T的突变。这个结果提示在上述细胞株在1,2μM浓度的AFB1干预下,ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变并未产生影响。结论:1、rs9930984位点的基因型与ADAMTS18基因m RNA表达量在癌旁组织中存在显着关联(P=0.0028),GT基因型的表达量高于TT基因型的表达量,但其在癌组织中差异不存在显着性。2、MHCC-97H、Hep G2细胞株在1,2μM浓度的AFB1干预下,ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变并未产生影响。这提示我们以高浓度AFB1干预细胞株可能并不合适探讨ADAMTS18基因表达量对TP53基因第249位密码子突变的影响。可能需要重新设计AFB1干预浓度及干预时间来探索ADAMTS18基因表达量对TP53基因第249位密码子突变的影响。(本文来源于《广西医科大学》期刊2017-05-01）
喻芳明,叶滕,苏杨娜,毛广运,施小柯[3]（2016）在《p53基因第4外显子第72密码子多态性与中国女性宫颈癌相关性的Meta分析》一文中研究指出目的评价p53基因第4外显子第72密码子G/C多态性与中国女性宫颈癌的相关性。方法检索中国知网、万方数据库、维普数据库、中国生物医学文献数据库、Pub Med、EMBase、the Cochrane Library和Wan Fang Data数据库,收集国内外关于p53基因第4外显子第72密码子G/C多态性与中国女性宫颈癌相关性的病例对照研究文献,筛选符合纳入标准的研究,根据研究对象是否感染人乳头瘤病毒(HPV)分为2个亚组,并对相关数据进行Meta分析。结果共纳入13篇文献,调查宫颈癌患者1 780例及对照1 517例。Meta分析显示对于非HPV感染亚组,具有基因型G/G、基因型G/C和等位基因G的中国女性,与具有基因型C/C(OR=0.980,95%CI:0.558~1.723)、基因型G/C(OR=0.843,95%CI:0.556~1.277)和等位基因C(OR=1.070,95%CI:0.789~1.449)的中国女性发生宫颈癌的风险相当;同样对于HPV感染亚组,具有基因型G/G、基因型G/C和等位基因G的中国女性,也与具有基因型C/C(OR=0.891,95%CI:0.213~3.722)、基因型G/C(OR=1.351,95%CI:0.942~1.937)和等位基因C(OR=0.981,95%CI:0.493~1.951)的中国女性发生宫颈癌的风险相当。所纳入文献不存在发表偏倚,本研究Meta分析结果稳定。结论目前尚未发现p53基因第4外显子第72密码子G/C单核苷酸多态性与中国女性宫颈癌的发病有关。(本文来源于《预防医学》期刊2016年08期）
王晓燕[4]（2015）在《p53基因72位密码子单核苷酸多态性与血脂异常的相关性研究》一文中研究指出目的：通过病例-对照研究分析正常人群与血脂异常人群p53基因72位密码子多态性单核苷酸多态性基因型频率和等位基因频率的分布特点,探讨p53基因多态性与血脂异常的相关性。方法：(1)本文研究对象为四川泸州市区40岁以上汉族人群,且研究个体间无亲缘关系。根据流行病学资料和临床实验室检查结果将研究对象分为两组：正常对照组686例,男性194例,女性492例；血脂异常组,564例,男性155例,女性409例。(2)收集研究对象血凝块样本,提取基因组DNA,使用限制性片段长度多态性-聚合酶链式反应(RFLP-PCR)检测p53基因72位密码子多态性的基因型,并通过DNA测序方法检验基因分型的准确性,估计基因型及等位基因分布频率。(3)统计学处理：所有数据使用IBM SPSS 19.0软件包进行统计学分析。基因型的分布进行Hardy-Weinberg平衡检验；各组基因型和等位基因的分布差异进行卡方检验,计算OR值及其95%可信区间(95%CI)。临床检测资料比较采用独立样本t检验。结果： (1)正常对照组和血脂异常组两组年龄、性别分布相匹配。比较两组临床一般资料显示,与正常对照组相比,血脂异常组的TG、TC、LDL-C、BMI、WC均升高(P<0.001),FBG、2hPBG、ALT、AST、Cr、SBP、DBP水平在临床正常范围内升高(P<0.001)。(2)Hardy-Weinberg平衡检验基因型的分布,显示p53基因72位密码子多态性分布符合遗传平衡,说明本研究人群的群体代表性好(P>0.05)。 (3)参考NCBI数据库基因多态性资料,比较不同人群p53基因72位密码子多态性基因频率分布情况,显示本研究基因频率与亚洲人群相近,与欧洲、非裔美国人群基因分布不同。(4)比较正常对照组与血脂异常组多态性分布情况显示,两组之间基因型频率分布差异显着,有统计学意义(P=0.046)；等位基因的分布频率差异没有显着性,无统计学意义(P>0.05)。与Pro+Arg/Pro基因型人群比较,带有Arg基因型的人群发生血脂异常风险增高了33.2%(OR=1.332, 95%CI: 1.049～1.693, P=0.019)。(5)进一步将性别进行分层后发现,女性中正常对照组与血脂异常组间基因型频率的分布差异存在显着性(P=0.031),等位基因频率没有统计学意义(P>0.05),携带Arg基因型的女性人群发生血脂异常风险增高了44.1%(OR=1.441, 95%CI: 1.088～1.908, P=0.01)。男性中基因型与等位基因的频率都不存在差异,无统计学意义(P>0.05)。(6)根据血脂异常临床分型,分析女性人群中p53基因72位密码子多态性与血脂异常亚型发病的关系。结果显示,高胆固醇血症女性组与对照组相比,组间基因型和等位基因的频率差异显着,均有统计学意义(P=0.024,P=0.019),携带Arg基因型女性人群发生高胆固醇血症风险增高了60.9%(OR=1.609, 95%CI: 1.143～2.266, P=0.006)混合型高脂血症女性与正常对照组相比,两组间基因型频率分布差异性显着(P=0.042),等位基因频率的分布差异不具有统计学意义(P>0.05),携带Arg基因型女性人群发生混合型高脂血症风险增高了55.5%(OR=1.555, 95%CI: 1.067～2.267, P=0.021)。(7)比较p53基因72位密码子多态性基因型与所有研究人群临床资料关系显示,Arg基因型人群较Pro和Pro/Arg基因型人群,WC、 TC、TG、LDL-C水平升高显着(P<0.05)。女性血脂异常患者中,与携Pro和Pro/Arg基因型人群比较,携Arg基因型人群具有较高的胆固醇、甘油叁酯、低密度脂蛋白水平(P<0.05)。结论： (1)血脂异常组与正常对照组p53基因72位密码子多态性基因型分布有差异；等位基因分布在女性高胆固醇血症组与女性正常对照组中差异显着,p53基因多态性与血脂异常的发生相关。 (2)不同地区,不同种群p53基因72位密码子多态性基因型和基因频率分布有差异。 (3)相对于基因型Pro和Pro/Arg,携带基因型Arg女性人群血脂异常发病风险增高,p53基因72位密码子多态性与男性血脂异常发病无关。(4)Arg基因型可能是女性高胆固醇血症和混合型高脂血症发生的危险因素。(5)Arg基因型女性人群具有较高的胆固醇、甘油叁酯、低密度脂蛋白水平。(本文来源于《泸州医学院》期刊2015-03-01）
徐雄,李丹,徐斌,李翀[5]（2014）在《p53基因第72位密码子多态性与肺癌临床病理特征及预后关系的Meta分析》一文中研究指出目的系统评价p53基因第72位密码子的多态性与肺癌临床病理特征及预后的关系。方法计算机检索PubMed、中国知网、维普、万方等数据库,收集有关p53基因第72位密码子多态性与肺癌临床病理特征及预后关系的研究。检索时限均从各文献数据库建库时间至2013年12月20日。由2名研究者按照纳入与排除标准独立筛选文献、提取资料和质量评价后,采用RevMan5.0软件进行Meta分析,计算比值比(OR)及其95%可信区间(CI)并行敏感性分析和发表偏倚评估。结果纳入11项研究,共2730例患者。Meta分析结果显示,男性患者中p53基因第72位密码子Arg/Arg或Arg/Pro表型多见,与女性患者相比,差异有统计学意义(OR=1.58,95%CI:1.04~2.40,P=0.03)。p53基因第72位密码子Pro/Pro表型在非鳞癌患者中居多,与鳞癌患者相比,差异有统计学意义(OR=0.69,95%CI:0.49~0.97,P=0.03)。而p53基因第72位密码子多态性与肺癌患者的吸烟史、临床分期、3年生存率无明显相关(P>0.05)。结论 p53基因第72位密码子的多态性与肺癌患者的预后无明显相关。由于纳入研究的质量和数量有限,降低了本系统评价的证据强度,本系统评价的结论仅供临床研究与实践参考。(本文来源于《临床肿瘤学杂志》期刊2014年08期）
魏桃[6]（2014）在《p53基因第72密码子多态性与青海地区胃癌易感性的关系》一文中研究指出目的:1、探讨p53基因第72密码子(Arg72Pro)单核苷酸多态性（single nucleotidepolymorphisms，SNP）与青海地区汉族胃癌易感性的关系；2、探讨p53基因第72密码子不同基因型与胃癌发生部位的关系；3、探讨p53基因Arg72Pro单核苷酸多态性与胃癌组幽门螺旋杆菌(Helicobacter Pyloi,HP)感染情况的关系。方法:采用TaqMan实时荧光定量PCR (ploymerase chain reaction)方法，检测64例汉族胃癌患者及72例汉族健康对照者外周血标本白细胞DNA的p53基因Arg72Pro单核苷酸多态性。结果: p53基因Arg72Pro的基因型分布在胃癌组及健康对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞O．05)。p53基因Arg72Pro叁种基因型Arg/Arg、Pro/Pro、Arg/Pro在胃癌组中的频率分别为21.86%、25.00%、53.14%，在对照组中分别为16.67%、31.94%、51.39%。等位基因Arg和等位基因Pro在胃癌中的频率分别为48.44%、51.56%，在对照组中分别为42.36%、57.64%。在贲门部、胃底部、胃体部、胃窦部Arg/Arg基因型频率分别为7.14%、7.14%、57.14％、28.57％；Pro/Pro基因型频率依次为12.50％、6.25％、62.5％、18.75％；Arg/Pro基因型频率依次为26.47％、5.88％、50.00％、17.65％。胃癌患者Arg/Arg、Pro/Pro、Arg/Pro在HP（+）组中的频率分别为28.57%、17.14%、54.29%；在HP（-）组中的频率分别为13.79%、34.48%、51.72%。结论:1、p53基因Arg72Pro多态性与青海地区汉族胃癌易感性无明显相关性。2、p53基因Arg72Pro多态性与胃癌发生部位无显着相关性。3、p53基因Arg72Pro多态性与胃癌组HP感染情况无显着相关性。(本文来源于《青海大学》期刊2014-06-01）
魏桃,王学红,马臻奇[7]（2014）在《p53基因第72密码子多态性与青海地区胃癌易感性》一文中研究指出目的探讨p53基因第72密码子(Arg72Pro)单核苷酸多态性(SNP)与青海地区胃癌及其胃癌发生部位易感性的关系。方法采用TaqMan实时荧光定量PCR方法,检测胃癌患者及健康对照者外周血标本p53基因Arg72Pro多态性。结果 p53基因Arg72Pro 3种基因型Arg/Arg、Pro/Pro、Arg/Pro在胃癌组中的频率分别为21.86%、25.00%、53.14%,在对照组中分别为16.67%、31.94%、51.39%。等位基因Arg和等位基因Pro在胃癌中的频率分别为48.44%、51.56%,在对照组中分别为42.36%、57.64%。两组间基因型频率及等位基因频率分布均无统计学意义(P分别为0.59、0.32),p53基因型分布和胃癌发生的部位亦不具有相关性(P=0.74)。结论p53基因Arg72Pro多态性与青海地区胃癌易感性无明显相关,与胃癌发生部位也无明显相关性。(本文来源于《青海医学院学报》期刊2014年01期）
董颖,刘心蕊,陈志强,王志忠,王冠华[8]（2014）在《p53基因第72位密码子多态性与食管癌关联研究的Meta分析》一文中研究指出目的综合评价p53基因第72位密码子多态性与食管癌发病易感性的关系。方法从PUBMED、中国知网(CNKI)和万方学位论文数据库中检索研究p53基因第72位密码子多态性与食管癌易感性关系的公开发表论文,使用STATA 11.0软件分析p53基因第72位密码子与食管癌易感性的关系。使用比值比(Odds Ratio,OR)和95%可信区间(95%Confidence Interval,95%CI)作为效应指标。同时,评价所纳入研究的异质性及发表偏倚。结果共有9篇p53第72位密码子多态性与食管癌易感性相关的公开发表论文被纳入本研究,共包括病例3032例,对照3924例。分析结果显示,p53基因第72位密码子的Pro等位基因相对于Arg的合并OR值为1.34,95%CI为1.17~1.53;显性模式和隐性模式下合并OR值及95%CI分别为1.30(1.13~1.50)和1.27(1.10~1.45);纯合基因型Pro/Pro相对于Arg/Arg的合并OR值及95%CI为1.67(1.27~2.18),P均<0.01。结论 p53第72位密码子的Pro等位基因是食管癌的易感因素,Pro/Pro纯合基因型使食管癌的患病风险明显增加。(本文来源于《宁夏医科大学学报》期刊2014年01期）
王晓燕,万沁,张珑山,左唯乂,胡传飞[9]（2014）在《p53基因72位密码子多态性与高脂血症的相关性》一文中研究指出目的探讨p53基因72位密码子多态性与高脂血症的相关性。方法采用PCR-RFLP技术和PCR方法检测高脂血症组202例(均为胆固醇和低密度脂蛋白水平升高)和正常对照组194例p53基因72位密码子多态性的分布情况。结果 p53基因72位密码子多态性位点基因型为ArgArg/ArgPro/ProPro,高脂血症组叁种基因型频率分别为39.1%、45.0%和15.8%,正常对照组叁种基因型频率分别为28.4%、55.7%和16.0%,两组差异无显着性(P>0.05);两组中女性的3种基因型频率分别为42.8%、42.1%、15.1%和27.3%、58.0%、14.7%,差异有统计学意义(P=0.012);男性中叁种基因型分布差异无显着性(P>0.05)。等位基因频率在两组中及男性、女性中的分布差异均没有统计学意义。结论 p53基因72位密码子多态性与高脂血症存在相关性,携带Arg/Arg基因型的女性高脂血症发病风险增高。基因型Arg/Arg可能是高胆固醇、高低密度脂蛋白血症发生的一个危险因素。(本文来源于《中国动脉硬化杂志》期刊2014年01期）
姚月婷,刘峰,李铮,曹丹凤,杨旭[10]（2014）在《宿主p53基因第4外显子72位密码子多态性(Pro/Arg)与HPV16感染的相关性研究》一文中研究指出目的研究宿主p53基因密码子72多态性(Pro/Arg)在HPV16感染者和正常健康人群中的分布情况。方法采用TaqMan SNP Genotyping Assays方法进行p53基因密码子72(Pro/Arg)多态性分析。结果 p53基因密码子72(Pro/Arg)突变的基因型和等位基因频率在HPV16感染组和对照组中差异无统计学意义(P=0.30和P=0.88)。不同遗传模型分析显示,p53基因密码子72(Pro/Arg)多态性在HPV16感染组和对照组中差异无统计学意义(P 0.12~0.88)。结论本研究未发现宿主p53基因密码子72(Pro/Arg)多态性与HPV16感染相关,结合其他报道数据,推测该突变可能在宫颈正常细胞向癌症细胞转化中起到重要作用。(本文来源于《中华临床医师杂志(电子版)》期刊2014年01期）
基因第位密码子多态性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
研究内容:本研究分为叁个部分:1、广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析;2、影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征筛查;3、影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变易感候选基因的功能的初步验证。第一部分广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析目的:调查广西地区各市AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变谱及临床预后分析材材料与方法:收集2001年至2013年在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术并经病理学诊断为原发性肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的病例485例,所有患者血清乙肝表面抗原(HBV)均为阳性。Sanger测序法检测肝癌组织、部分配对癌旁组织及外周血TP53基因第249位密码子突变。绘制广西地区乙肝病毒相关性原发性肝细胞癌TP53基因第249位密码子突变地图,并结合当地1961年至2015年间满足黄曲霉菌产毒日比例,分析两者之间的关联性。将TP53基因第249位密码子突变与随访资料结合起来分析其对于预后的评价作用。单因素分析采用卡方检验和Cox风险比例模型,多因素分析采用Logistic回归与Cox风险比例模型。统计软件为SPSS 18.0。P<0.05认为达到统计学显着性。结果:1、在本研究的485例病例中,我们发现一共有165(34.0%)例病例存在TP53基因第249位密码子突变,主要突变类型为:AGG>AGT(Arg>Ser)(159例,32.8%)与AGG>AGC(Arg>Ser)(6例,1.2%)。南宁地区突变率为34.7%,桂林地区是23.1%。2、我们以产毒日占有效统计天数比例间接衡量黄曲霉毒素的暴露水平,并将其与当地HBV相关性HCC患者TP53基因第249位密码子突变率进行Spearman相关分析,结果显示并未发现两者间存在显着相关性(P=0.302,R=-0.297)。3、经倾向评分匹配(Propensity Score Matching,PSM)后,最后总计322例病例纳入临床预后分析,其中TP53基因第249位密码子突变组161例病例,TP53基因第249位密码子未突变组161病例。多因素Cox风险比例模型结果显示TP53基因第249位密码子未突变组与TP53基因第249位密码子突变组之间术后长期总生存和无瘤生存生存差异不显着(P>0.05);但两组间2年内无瘤生存差异达到统计学显着性(P=0.039,HR=1.47,95%CI=1.02-2.18),突变组患者术后2年内的复发风险相对更高。4、TP53基因第249位密码子突变与术前AFP水平联合分析结果显示在AFP水平>400 ng/m L+TP53基因第249位密码子突变组中患者术后临床预后相对较差,该组患2年内复发的风险(P=0.009,HR=1.90,95%CI=1.18-3.07)显着高于其他组。5、TP53基因第249位密码子突变与HBV相关性原发性肝细胞癌患者术后临床预后的分层分析结果提示在TP53基因第249位密码子突变分层患者中,根治性切除(P=0.165,HR=0.70,95%CI=0.42-1.16)、术后TACE治疗(P=0.083,HR=1.63,95%CI=0.94-2.83)、术后抗病毒治疗(P=0.851,HR=0.95,95%CI=0.56-1.62)并不能显着延长患者术后2年内的无瘤生存期,但根治性切除(P=0.012,HR=0.58,95%CI=0.38-0.89)、术后抗病毒治疗(P=0.022,HR=0.61,95%CI=0.40-0.93)能让TP53基因第249位密码子非突变分层患者获得更好的2年内无瘤生存。结论:1、黄曲霉菌产毒日比例并不能有效和准确的反应黄曲霉毒素暴露程度。2、TP53基因第249位密码子突变与HBV相关性HCC患者术后2年内复发存在显着关。3、术前血清AFP水平>400 ng/m L+TP53基因第249位密码子突变亚组患者的临床预后更差。4、在TP53基因第249位密码子突变分层患者中根治性切除、术后TACE治疗、术后抗病毒治疗并不能显着延长患者术后2年内的无瘤生存期。第二部分影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征筛查目的:采用全基因组关联分析的策略,研究广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的遗传易感性。材材料与方法:1、收集2001年1月至2013年11月在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术并经病理学诊断为原发性肝细胞癌的病例485例,所有患者血清乙肝表面抗原均为阳性。利用高通量的全外显子基因分型平台Illumina exome beadchip 12v1对入组样本进行全外显子的单核苷酸多态性位点的分型。对于人群整体的质量控制我们采取以下几个方面实现:通过主成分分析来观察纳入人群是否存在分层;采纳芯片分型的样本的分型率>95%的样本;采纳在芯片分析鉴定中,不存在模糊性别的个体;同源关系鉴定中采纳identity-by-descent<0.1875的的群体(即不存在亲缘关系)。对候选位点的质量控制我们采信如下方案:剔除SNP分型成功率<95%的位点;纳入符合哈迪温伯格平衡P<1×10-6的位点;为了保证检验效能采纳最小等位基因频率大于0.05。2、收集2013年12月至2016年8月在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除术HBV相关性HCC患者手术标本270例。利用Mass ARRAY SNP基因分型平台对全基因组外显子扫描得出的候选SNP位点进行独立样本验证。3、芯片扫描阶段及独立样本重复验证阶段均采用EPACTS 3.2.6软件包的Single Variant Test(选择Logistic Score Test模型)分析TP53基因第249位密码子突变与SNP之间的关联分性。卡方检验和logistic回归分析被用于分析基因遗传模型(Genetic model)与基因型之间的关系。连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)与重组模式(Recombination patterns)分析由Locus Zoom软件包完成。结果:1、经过质控后,总计459个样本,其中男性407例,女性52例;总计21501个SNP位点符合质控要求,总体成功分型率为98.35%。主成分分析的结果提示我们研究人群中并没有人群分层的存在(λ=1.008)。所有样本均不存在性别模糊和亲缘关系。由于样本量的限制,我们选择了最小等位基因频率大于0.05的单核苷酸多态性位点进行计算。芯片的分型结果的验证采用随机抽取10%样本直接测序的方法进行,结果示外显子芯片的分型和测序结果一致,结果可靠。通过计算,并没有位点在GWAS层面达到统计学显着性(P<2×10-6,根据21501 SNPs,α<0.05)。但是我们将坐落在基因上的P值排在前30位的位点作为候选位点,进行独立样本验证。2、经过Mass ARRAY SNP基因分型平台质控后,总计258个样本,其中包含80例TP53基因第249密码子突变样本,178例TP53基因第249密码子未突变样本,29个候选SNP位点符合质控要求。独立样本验证结果显示rs8022091位点在TP53基因第249密码子突变组与未突变组之间等位基因分布频率差异达到统计学显着性(P=0.0232)。位于16号染色体ADAMTS18基因上的候选SNP位点rs9930984在两组人群中等等位基因频率的差异也达到显着性(P=0.0255)。3号染色体上的坐落于WDR49基因上的SNP位点rs75218075其基因频率的分布和TP53基因第249密码子突变也呈显着关联(P=0.0295)。3、两期数据合并后在矫正了年龄、性别、民族、吸烟状态、饮酒状态这些环境暴露因素后,rs8022091(P Combined=0.042)、rs9930984(P Combined=4.84×10-6)、rs75218075(P Combined=7.36×10-5)在TP53基因第249密码子突变组与未突变组之间等位基因分布频率依然呈现显着的差异,其中rs8022091在合并两期数据后差异显着性有所下降,而rs9930984、rs75218075在两组间的差异显着性显着增加。结论:我们通过GWAS策略,初步对影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变的全外显子多态性特征进行筛查,鉴定出rs9930984、rs75218075、rs8022091位点与TP53基因第249位密码子突变存在显着关联。第叁部分影响广西AFB1/HBV双暴露原发性肝细胞癌亚型TP53基因第249位密码子突变易感候选SNP位点的功能的初步验证目的:对TP53基因第249位密码子突变易感候选SNP位点、基因的功能的初步验证,探讨在AFB1暴露压力下,候选基因对TP53基因第249位密码子突变的影响。材材料与方法:1、利用q RT-PCR检测肝癌组织与癌旁组织ADAMTS18、WDR49、SLC8A3基因m RNA表达量,并分析其与对应的rs9930984、rs75218075、rs8022091位点基因型的关联性。2、慢病毒介导ADAMTS18基因沉默和过表达,予以AFB1干预MHCC-97H、Hep G2和HL-7702细胞株检测ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变的影响。统计软件为SPSS 18.0。P<0.05认为达到统计学显着性。结果:1、ADAMTS18基因m RNA在HBV相关性HCC癌组织的表达量高于癌旁组织(P=0.041),WDR49基因m RNA在HBV相关性HCC癌组织的表达量高于癌旁组织(P=0.0011),而SLC8A3基因相对m RNA表达量在癌与癌旁组织间差异无统计学显着性。2、rs9930984位点的基因型与ADAMTS18基因m RNA表达量在癌旁组织中存在显着关联(P=0.0028),GT基因型的表达高于TT基因型的表达量,但其在癌组织中差异不存在显着性。rs75218075、rs8022091位点与对应的基因表达量,在相应的分组见均未观察到显着关联(P>0.05);TP53基因第249位密码子突变组与非突变组之间,不论是在癌组织还是癌旁组织,ADAMTS18、WDR49、SLC8A3基因m RNA表达量差异均未达到统计学显着性(P>0.05)。3、MHCC-97H、Hep G2、SMMC-721、BEL-7404、QGY-7703和HL-7702细胞株中rs9930984基因型均为TT基因型,rs75218075位点均为TT基因型,rs8022091位点均为CC基因型。4、MHCC-97H、Hep G2细胞株分别予以2μM浓度的AFB1干预(每个浓度6个复孔),HL-7702细胞株予以1μM浓度AFB1干预(6个复孔)下所有复孔均产生了突变,并且均为G到T的突变。这个结果提示在上述细胞株在1,2μM浓度的AFB1干预下,ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变并未产生影响。结论:1、rs9930984位点的基因型与ADAMTS18基因m RNA表达量在癌旁组织中存在显着关联(P=0.0028),GT基因型的表达量高于TT基因型的表达量,但其在癌组织中差异不存在显着性。2、MHCC-97H、Hep G2细胞株在1,2μM浓度的AFB1干预下,ADAMTS18基因沉默和过表达对AFB1致TP53基因第249位密码子突变并未产生影响。这提示我们以高浓度AFB1干预细胞株可能并不合适探讨ADAMTS18基因表达量对TP53基因第249位密码子突变的影响。可能需要重新设计AFB1干预浓度及干预时间来探索ADAMTS18基因表达量对TP53基因第249位密码子突变的影响。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因第位密码子多态性论文参考文献
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