导读:本文包含了分子系统分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:陕西汉中,试栽羊肚菌,多基因联合分析,系统发育
分子系统分析论文文献综述
兰阿峰,李勃,郭素芬,彭浩,刘璐[1]（2019）在《试栽羊肚菌分子系统分析》一文中研究指出[目的]为了弄清陕西汉中试栽羊肚菌的种类归属。[方法]收集到汉中地区试栽羊肚菌子实体19个样品,采用CTAB法提取其基因组DNA,使用通用引物PCR扩增5个基因序列(ITS、LSU、EF1-α、RPB1和RPB2)保守区片段,用1. 0%的琼脂糖凝胶电泳对PCR产物进行检测,并对PCR产物送样测序。依据测序结果构建系统发育树,结合系统发育树进行物种归属鉴定。[结果]获取了所有样品的5个基因序列保守区片段,通过测序比对19个样品5个基因序列保守区片段并进行序列联合,对总长度3 025 bp的保守区序列分析并构建系统发育树,依据系统发育树鉴定出汉中试栽羊肚菌分别为六妹羊肚菌(Morchella sextelata)、梯棱羊肚菌(M. importuna)、隐形羊肚菌(M. cryptica)和北方羊肚菌(M. septentrionalis)。[结论]采用多基因联合分析法弄清楚汉中试栽羊肚菌的种类归属。(本文来源于《生物技术》期刊2019年01期）
范佳佳,盛继露,李晓红,张小平[2]（2018）在《基于SSR分子标记的青檀自然居群交配系统分析》一文中研究指出从保护遗传学角度来看,保护物种的遗传和进化潜力是其保护和复壮的重点。交配系统(mating system)是植物种群内2代个体间遗传联系的有性系统,决定了其后代居群的基因型分布,与植物演化密切相关,对植物的分布、群体有效大小、遗传结构、基因流和选择、种群演化等均有影响[1],因此,深入了解植物的繁殖信息对遗传育种方法选择和植物保护策略制定具有重要的指导意义[2]。青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)隶属于青檀属(Pteroceltis Maxim.)[3],为中国特有的单种属植物,雌雄同株(本文来源于《植物资源与环境学报》期刊2018年04期）
王诗颖[3]（2018）在《我国绿潮藻种鉴定技术及分子系统分析研究》一文中研究指出自2008年至2017年,绿潮在我国黄海海域已连续暴发十年。绿潮的周期性大规模暴发给沿海城市带来了巨大的经济损失。绿潮藻的种类构成和主要致因种、绿潮的发生和发展过程、绿潮的漂移路径、绿潮藻的生态适应性、绿潮的预警预报和防控等绿潮的相关内容皆成为了研究的热点。绿潮致因藻种的鉴定是对绿潮展开一系列深入研究的基础,而调查绿潮的发生发展过程最直接的方式是现场调查,因此,本文首次提出了PCR联立凝胶电泳鉴定绿潮致因藻种的鉴定方法,为南黄海早期漂浮绿潮致因藻种的现场调查鉴定提供了有效方法。接着对2016-2017年江苏沿海紫菜养殖笩架区的固着绿潮藻和南黄海早期漂浮绿潮藻进行种类鉴定和种群构成分析,并结合2009-2015年的监测结果,综合讨论了2009-2017年的南黄海早期漂浮绿潮藻种的演替变化规律。最后对黄海绿潮大规模暴发的主要致因种浒苔(Ulva prolifera)的5S rDNA间隔区序列进行研究,发现存在3种不同的亚型序列并进行分析讨论。主要研究结果如下:1.首次提出了PCR联立琼脂糖凝胶电泳的绿潮藻致因种的鉴定方法,该方法相较于传统的形态学分类方法,避免了绿潮藻致因种形态可塑性导致传统形态分类学难以进行鉴定的问题;相较于基于绿潮藻特征片段扩增的分子鉴定技术,避免了测序导致的成本高、耗时周期长和设备操作不便利等问题。PCR联立凝胶电泳的绿潮藻致因种鉴定方法,为黄海早期漂浮绿潮致因种的现场调查提供了有效方法。2.对2016-2017年的江苏沿海的如东、大丰和吕泗的紫菜养殖笩架区的固着绿潮藻进行种类鉴定和种类构成分析,其中如东紫菜养殖笩架区又分为如东内沙、中沙和外沙叁个区域。结果表明:2016年的吕泗、如东和大丰的紫菜养殖笩架区的固着绿潮藻主要由曲浒苔和缘管浒苔构成。其中,大丰紫菜笩架区检测出的缘管浒苔从1-4月逐渐增多;吕泗笩架区检测的固着曲浒苔数量大于缘管浒苔;如东外沙和中沙检测的固着缘管浒苔数量多于曲浒苔;如东内沙1月份检测的缘管浒苔数量最少,2月份最多。2016年11月至2017年5月,大丰紫菜笩架区的固着绿潮藻主要由曲浒苔构成,而缘管浒苔仅在4月被检测到,且数量极少;2016年11月至2017年2月在吕泗笩架区仅检测到曲浒苔;如东外沙和如东中沙检测的曲浒苔数量多于缘管浒苔;如东内沙的固着绿潮藻种类构成与2016年一致。综上,2017年所检测的曲浒苔数量显着多于2016年。除此之外,2016-2017年检测出的笩架固着绿潮藻浒苔的5S rDNA间隔区序列几乎全部与GeneBank中所发表的浒苔序列HM031152.1完全一致。2017年检测到的固着浒苔数量多于2016年,且多分布于如东中沙3-5月。3.对2016-2017年南黄海早期漂浮绿潮藻的种类构成和演替进行调查分析,并结合2009-2015年的监测结果,综合探讨了2009-2017年南黄海早期漂浮绿潮藻的演替变化趋势。结果表明,2009-2011年扁浒苔是最早出现在南黄海早期漂浮绿潮的藻种,紧接着出现曲浒苔和缘管浒苔,最后才出现浒苔,且浒苔生物量不断增大,并成为最终漂浮至青岛的大规模暴发绿潮的主要优势藻种。2012年-2017年,扁浒苔和缘管浒苔数量减少,甚至完全消失于2013-2014年的南黄海早期漂浮绿潮中。浒苔自2012年开始,成为了最早出现的早期漂浮绿潮藻,且贯穿于整个早期漂浮绿潮藻的发生过程中。4.对南黄海绿潮致因种浒苔(Ulva prolifera)的3种5S rDNA间隔区序列亚型(5S-I型、5S-II型和5S-III型)进行研究分析。结果表明,南黄海早期漂浮绿潮中的浒苔皆为5S-I型和5S-II型,且数量比例呈现一定的变化趋势。2008-2015年,5S-I型浒苔数量由100%降低至0%,5S-II型浒苔数量则呈增长趋势,由0%增加至100%;2016-2017年则呈相反趋势,5S-I型浒苔数量增加,5S-II型浒苔数量减少。在本实验室过去的研究调查仅在2010年大丰早期漂浮中检测到极少量5S-III型浒苔。在2016-2017年对江苏沿海紫菜养殖笩架固着藻和南黄海早期漂浮绿潮藻的监测调查过程中发现,紫菜笩架区固着绿潮藻所检测的浒苔皆为5S-III型。2017年笩架区5S-III型固着浒苔数量较往年多,并且除了大丰,吕泗、如东内沙、中沙和外沙均检测到5S-III型浒苔,特别是如东中沙,其2017年3-5月的浒苔皆为III型浒苔。但是,在2016-2017的南黄海早期漂浮绿潮中,并未发现5S-III型浒苔。(本文来源于《上海海洋大学》期刊2018-05-20）
宋学文,娄宇,依朋,王宏伟[4]（2018）在《外来入侵海洋红藻具孔斯帕林藻Sparlingia pertusa的形态观察及分子系统分析》一文中研究指出2015年5月至2016年7月在辽宁省大连市黑石礁海域发现红皮藻科入侵种具孔斯帕林藻Sparlingia pertusa(Postels et Ruprecht)G.W.Saunders,I.M.Strachan et G.T.Kraft,对其进行了详细的形态结构观察和分子系统分析。结果表明:(1)藻体直立;成熟藻体高0.2—0.8m;呈红色或暗红褐色;藻体表面分布着密集的孔洞;皮层由2—3层圆形细胞组成;髓部由3—5层椭圆形薄壁细胞组成。(2)rbc L基因序列分析结果显示本研究的6个具孔斯帕林藻样本之间无碱基差异,与产自日本的样本无碱基差异,与美国和加拿大产的样本之间的碱基序列差异为1bp(0.98%);COI基因序列分析结果显示本研究的6个具孔斯帕林藻样本之间无碱基差异,与产自加拿大的样本之间无碱基差异。具孔斯帕林藻在我国海域首次发现为中国新纪录种,同时发现斯帕林藻属Sparlingia G.W.Saunders,I.W.Strachan et G.T.Kraft为中国新纪录属,认为海洋经济物种太平洋牡蛎和虾夷扇贝的引进、船舶压舱水以及海水的流动等是该种入侵的主要原因。(本文来源于《海洋与湖沼》期刊2018年01期）
张毅,周传江,顾钱洪,孟晓林,聂国兴[5]（2016）在《基于COI和D-Loop序列豫北虾虎鱼分子系统分析》一文中研究指出虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎鱼的COI序列和D-Loop序列,构建了虾虎鱼的系统进化树.结果显示,采自黄寺、小南海、淇县、岷江地区的子陵吻虾虎鱼(Rhinogobius giurinus)聚为一个分支,而采自孙东闸和弓上水库的褐吻虾虎鱼(Rhinogobius brunneus)聚为一个单系群;这两种虾虎鱼遗传分化主要来自群体间.系统发育结果支持子陵吻虾虎鱼的韩国群体与中国群体构成姐妹群关系,中国不同地理种群间则相互交叉.(本文来源于《河南师范大学学报(自然科学版)》期刊2016年05期）
任页玫,石亚伟[6]（2014）在《双分子荧光互补系统分析S-periaxin蛋白的聚合》一文中研究指出S-periaxin蛋白是施旺氏细胞特异性表达的一种蛋白,在维持髓鞘的稳定方面发挥重要作用,该蛋白基因的突变引起腓骨肌萎缩症4F亚型的发生。Periaxin基因由于mRNA剪切方式的不同可以编码两种长短不同的含PDZ结构域的蛋白,即L-periaxin和S-periaxin。两种蛋白在施旺氏细胞的定位存在明显的差异,相对L-periaxin而言,S-periaxin无论是分子结构还是生物学功能均未见相关研究。该文从大鼠的施旺氏细胞系RSC96克隆了S-periaxin基因,构建了原核表达载体pETM-3C-S-periaxin,在大肠杆菌中进行重组表达,经Ni-NTA亲和柱和Sephacryl S-200凝胶层析柱获得电泳纯的目的蛋白。体外戊二醛交联分析蛋白的聚合状态表明,S-periaxin蛋白在体外易于形成不同聚合度的聚合物。免疫共沉淀也表明,S-periaxin蛋白存在同源蛋白间相互作用。另外,构建了原、真核双分子荧光互补系统,并利用该系统分析了细胞内S-periaxin蛋白间的相互作用。(本文来源于《中国细胞生物学学报》期刊2014年08期）
于玲[7]（2014）在《蜈蚣藻属（Grateloupia C. Agardh）叁个新种》一文中研究指出对采自中国海南、青岛和大连的叁种蜈蚣藻属海藻，进行详细的分类与鉴定，基于形态学观察和分子系统分析相结合的方法，明确了这叁种红藻的分类学地位，得出的结论如下：（1）采自海南省陵水新村的一种红藻，具有以下特征：藻体线型，软骨质，质地光滑；主枝和分枝均细小，2-3回叉状分枝；藻体幼嫩时是实心的，成熟时髓部是中空的；囊果主要分布于主枝和分枝的基部；其辅助细胞生殖枝丛的类型是Grateloupia型。在基于rbcL基因和UPA基因构建的系统发育树中，藻体的四个样本形成一个独立的分支，并聚集在海膜科蜈蚣藻属这个大的分化支中，与蜈蚣藻属其它种的序列差异度远大于1%的种内差异。根据形态学和分子分析的结果，均可与本属中其它种类区分开来，鉴定其为一新种，命名为Grateloupia tenuis H. W. Wang et R. X. Luan sp. nov.。（2）采自山东省青岛鲁迅公园的一种红藻，具有以下特征：藻体深紫红色；质地黏滑，软骨质；主枝扁形，具有不规则羽状分枝，并生有许多小育枝；其辅助细胞生殖枝丛的类型是Grateloupia型。在基于rbcL基因和UPA基因构建的系统发育树中，藻体的四个样本形成一个独立的分支，并聚集在海膜科蜈蚣藻属这个大的分化支中，与蜈蚣藻属其它种的序列差异度大于1%的种内差异。根据形态学和分子分析的结果，均可与本属中其它种类区分开来，鉴定其为一新种，命名（暂定）为Grateloupia serra H. W.Wang et L. Yu sp. nov.。（3）采自辽宁省大连黑石礁的一种红藻，具有以下特征：藻体单生，深紫红色或深枣红色；扁平叶状，质地柔软；叶片边缘具有长短不一的小枝，呈披针形或剑形；其辅助细胞生殖枝丛的类型是Grateloupia型。在基于rbcL基因构建的系统树中，藻体的四个样本形成一个独立的分支，并聚集在海膜科蜈蚣藻属这个大的分化支中；在基于UPA基因构建的系统树中，也聚成一个独立的分支，并聚集在海膜科蜈蚣藻属这一大的分化支中，但不能明确其近缘种。因此，其精确的分类地位仍需深入的研究和评价。根据形态学和分子分析的结果，暂时鉴定其为一新种，命名（暂定）为Grateloupia lancifoliaH. W. Wang et L. Yu sp. nov.。(本文来源于《辽宁师范大学》期刊2014-03-01）
孔丽丽[8]（2013）在《可逆叁分子反应模型的系统分析》一文中研究指出讨论了生化反应中一个可逆叁分子一级饱和反应的数学模型,应用常微分方程定性方法进行了分析,得到了该系统的一切正初值的正半轨线有界;并且当B>2x20+dc/(c+x0)2时系统存在稳定的极限环。(本文来源于《山西大同大学学报(自然科学版)》期刊2013年05期）
李伟[9]（2012）在《蛋白质配体结合位点柔性的系统分析及分子柔性对接方法的发展和应用》一文中研究指出在药物靶标确定和叁维结构已知的情况下,基于受体结构的虚拟数据库筛选方法利用分子对接技术自动地匹配受体结合腔穴和化合物数据库中的小分子叁维结构,然后利用基于分子力场的能量函数或者经验性函数对分子对接的模式进行打分,进而选择与受体相互作用最好的一组化合物进行生物活性测试,从而大大节省了寻找先导化合物的费用和难度。尽管分子对接在先导化合物的寻找方面有许多成功的应用,但仍然存在很大的问题,其中忽略蛋白柔性常常是导致失败的重要原因。由于蛋白质受体和配体小分子在分子识别过程中,配体结合位点会发生不同程度的构象变化,如何通过计算化学的方法去评估和预测配体结合位点残基的构象柔性,缩小构象搜索的空间,一直是这个研究领域中具有挑战性的一个重要问题。幸运的是,随着结构生物学的发展,大量晶体结构的解析,为我们更好的理解分子识别和改进分子对接方法,提供了重要的资源和基础。因此,我们建立了一个专门用于研究配体结合位点柔性的关系型数据库Flex-Site DB (http://flexsi.te.huanglab.org.cn/flexsite),包括5,525个配体小分子结合位点,每个结合位点都包含多套蛋白晶体结构数据描述不同的蛋白构象,总共30,313套晶体结构数据。Flex-Site DB提供的信息有助于研究蛋白质配体结合位点的构象变化和蛋白质与配体之间的相互作用,以及两者之间的关系。同时,Flex-Site DB提供了配体结合位点的多个不同叁维构象,结合位点残基的物理和化学的性质,以及蛋白质和配体相互作用的描述符。通过蛋白质晶体结构构象变化的统计分析和多重时间尺度蒙特卡洛构象搜索的方法,我们系统研究了配体结合位点残基的柔性状况。大部分的配体结合位点在结合了相似结构的化合物时,构象变化较小；在结合了结构差异较大的化合物时,有显着的构象变化,但主要是在残基的侧链水平。对于配体结合位点同一类型的极性残基,能够通过侧链与配体小分子形成氢键的残基,同侧链不与配体形成氢键的残基相比,更加刚性,突变率也更低。能与配体形成氢键相互作用的蛋白质残基侧链刚性较强的原因可能是,在与配体结合过程中,这类残基不发生较大构象变化,从而减少熵的损失。我们的结果显示,在先导化合物的发现和优化过程中,在大多数情况下只需要对少数几个柔性较强的残基进行侧链的构象搜索。并且,我们通过多重时间尺度蒙特卡洛构象搜索的方法预测配体结合位点的柔性残基的策略以及通过Flex-Site DB中鉴定到的柔性残基,能直接促进我们对于柔性对接方法的发展。除了利用Flex-Site DB中残基侧链柔性的信息,我们使用多重时间尺度的蒙特卡洛算法在没有配体结合的情况下,对结合位点的残基进行构象搜索,然后将搜索到的多个残基构象整合到D0CK3.5.54的柔性对接算法中来模拟“构象选择”的过程。此方法在10个不同的蛋白上进行了测试,总共做了20个对接。其中11个对接中都获得较好的结果,而刚性对接只有6个得到较好的结果。我们挑选了PIM1(proviral integration site in Moloney)激酶作为我们应用柔性对接方法来虚拟筛选的实例。PIM1激酶是与白血病和前列腺癌紧密相关的重要的药物靶点蛋白。柔性对接不仅较好地重现PIM1激酶配体小分子的结合模式,而且还能提高阳性化合物的富集率。柔性对接在PIM1激酶上虚拟筛选了小规模的LOPAC小分子化合物库,发现一个与PIM1形成很好相互作用的小分子硫利达嗪,是多巴胺受体D1/D2的选择性拮抗剂,并通过测定半数抑制率确认了它是PIM1和PIM3微摩尔级别的结构新颖的抑制剂。另外,基于“诱导契合”学说,我们改进了柔性对接策略,在柔性对接生成的蛋白质配体复合物中,对柔性残基侧链进行进一步的构象搜索和能量最小化。结果显示,残基侧链构象搜索和能量最小化,能够更好地重现复合物晶体结构中配体的结合模式,并且阳性化合物富集能力也有所提升。因此,基于我们对LOPAC化合物库筛选的经验以及对柔性对接方法的进一步提高,我们在PIM1激酶上筛选了更大规模的化合物库。最终我们挑选了70个具有较好结合模式的化合物,并在接下来的工作中会测试它们的生物学活性。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2012-10-01）
陈杲,刘彪,姜淼,吕爱平[10]（2010）在《丹参与叁七配伍协同分子机制的系统分析》一文中研究指出目的:应用系统生物学方法计算机模拟分析丹参与叁七配伍协同的分子机制。方法:采用TCMGeneDIT数据库系统,文本挖掘丹参、叁七各自所能影响的基因或蛋白质数据;从多个分子相互作用数据库以及文献中查询与这些基因或蛋白质相互作用蛋白质的信息,构建丹参、叁七及其配伍后的蛋白质相互作用网络,以Cytoscape软件进行可视化;应用Merge程序比较3个网络的异同;采用IPCA软件分析网络中的高连接区,BiNGO计算机工具进行基因本位论的聚类分析。结果:21个蛋白质与叁七和41个与丹参相关,其中9个相同,去除冗余有53个基因应与两药配伍后药理机制相关;构建的3个网络均由数百上千个蛋白质参与组成;丹参、叁七相关网络相同蛋白质构成的子网络明显多于直接用重迭基因相互作用信息建立的网络(651:572),模拟配伍后网络与叁七、丹参相关网络比较,出现了一个由480新蛋白质相互作用构成的子网络;在丹参、叁七相关网络相同蛋白质构成的子网络中,存在4高连接区,基因本位论注释均主要与凋亡、增殖的细胞进程有关,模拟配伍后出现的新子网络功能主要与小G蛋白信号转导通路有关。结论:本研究方法可以更全面模拟药物作用机制,且能模拟分析系统的涌现性;丹参和叁七配伍可能主要在凋亡、增殖等以及小G蛋白信号转导通路上发挥协同作用而有效治疗冠心病。(本文来源于《世界科学技术(中医药现代化)》期刊2010年04期）
分子系统分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
从保护遗传学角度来看,保护物种的遗传和进化潜力是其保护和复壮的重点。交配系统(mating system)是植物种群内2代个体间遗传联系的有性系统,决定了其后代居群的基因型分布,与植物演化密切相关,对植物的分布、群体有效大小、遗传结构、基因流和选择、种群演化等均有影响[1],因此,深入了解植物的繁殖信息对遗传育种方法选择和植物保护策略制定具有重要的指导意义[2]。青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)隶属于青檀属(Pteroceltis Maxim.)[3],为中国特有的单种属植物,雌雄同株
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子系统分析论文参考文献
[1].兰阿峰,李勃,郭素芬,彭浩,刘璐.试栽羊肚菌分子系统分析[J].生物技术.2019
[2].范佳佳,盛继露,李晓红,张小平.基于SSR分子标记的青檀自然居群交配系统分析[J].植物资源与环境学报.2018
[3].王诗颖.我国绿潮藻种鉴定技术及分子系统分析研究[D].上海海洋大学.2018
[4].宋学文,娄宇,依朋,王宏伟.外来入侵海洋红藻具孔斯帕林藻Sparlingiapertusa的形态观察及分子系统分析[J].海洋与湖沼.2018
[5].张毅,周传江,顾钱洪,孟晓林,聂国兴.基于COI和D-Loop序列豫北虾虎鱼分子系统分析[J].河南师范大学学报(自然科学版).2016
[6].任页玫,石亚伟.双分子荧光互补系统分析S-periaxin蛋白的聚合[J].中国细胞生物学学报.2014
[7].于玲.蜈蚣藻属（GrateloupiaC.Agardh）叁个新种[D].辽宁师范大学.2014
[8].孔丽丽.可逆叁分子反应模型的系统分析[J].山西大同大学学报(自然科学版).2013
[9].李伟.蛋白质配体结合位点柔性的系统分析及分子柔性对接方法的发展和应用[D].北京协和医学院.2012
[10].陈杲,刘彪,姜淼,吕爱平.丹参与叁七配伍协同分子机制的系统分析[J].世界科学技术(中医药现代化).2010