导读:本文包含了焦测序论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:单倍型,定量分析,不同步延伸,焦磷酸测序
焦测序论文文献综述
潘荣芳[1]（2017）在《不同步合成焦测序分析单倍型的研究》一文中研究指出分子单倍型,是SNPs的有序组合,能比单个SNP反映更多的生物信息,其作为基因组研究的一个重要分支,在分子层面的关联分析、连锁分析等研究领域彰显着重要作用。为解决现有实验分析方法尚不能同时定性定量分析单倍型的问题,提高单倍型实验分析方法的高效性、精确性、可靠性,本论文选择具有定量特性优势的焦磷酸测序技术,针对临床样本,提出了一种能够只经一轮焦测序就可获得单(混合)样本普通PCR产物中特定单倍型及其含量的方法,以期为研究者们提供一种快速、可靠的对常规PCR产物实施单倍型研究的实验分析手段。本论文的主要内容如下:(1)不同步合成焦测序分析单倍型的方法学原理。基于焦磷酸测序,提出了一种能够通过测序峰强度计算得出单个或混合样本中特定单倍型含量的分析方法。理论在于:将任何一个包含相邻2个独立双等位基因的区域中最多可能存在的四种单倍型分子含量看作4个未知数,通过构建四个独立的方程求解4个未知数,从而确定单倍型种类及其含量。通过引入不同步合成测序的方法将不同DNA模板中位置相同的核苷酸在不同的测序反应中延伸以用于构建满足求解4个未知数所需的独立方程。通过理论分析发现:两核苷酸参与的合成反应可以使四种不同的单倍型模板获得有规律的不同步合成信息;依据单一DNA模板的测序信号强度与核苷酸的合成数目和DNA模板量成正比原理,独立方程的构建基于四种不同的单倍型模板混合物焦测序信号强度等于不同DNA模板测序信息的加和原理。最后,以帕金森病(Parkinson's disease,PD)相关的两个 SNPs(rs11176013(A/G)和rs11564148(A/T))为研究对象,从理论上证实了不同步合成焦测序分析单倍型的方法学的可能性。(2)不同步合成焦测序分析单倍型的可行性分析。以人工合成的寡核苷酸序列为单链DNA模板,通过实验对不同步合成焦测序分析单倍型的方法学原理的可行性进行分析。实验结果显示:经标准化处理后,不同DNA起始模板量的一系列两核苷酸合成测序峰强度其对应的方程系数保持在一个恒定值,说明实际方程系数的获得并不受模板量的影响,该值与各单倍型模板的反应理论掺入核苷酸数目接近;在选定的0.5 pmol模板量下,对纯合合成模板和按不同含量组分配制的混合合成模板进行了单倍型分析,结果表明,纯(混)合模板中的单倍型种类及其含量与理论值相近,证实了不同步合成焦测序分析合成单倍型DNA模板是可行且可靠的;对于均聚物片段,实验结果表明,在1 pmol以内的模板量下,核苷酸重复数目不超过7的任意模板,只需额外地进行一次两核苷酸添加,便能使延伸反应完全。(3)不同步合成焦测序分析PCR产物的单倍型。首先,从血液样本中提取基因组DNA设计引物进行PCR得到含有目标SNPs的PCR产物,对从中获得的特定单倍型进行质粒构建。其次,将构建的特定单倍型质粒按不同含量组分配制得混合质粒作为已知样本,模拟单(混合)血液样本单倍型的检测分析,加之实验条件的优化,进一步证实了不同步合成焦测序分析PCR产物单倍型同样是可行且可靠的。最后,以真实血液样本基因组DNA作为未知样本,进行特定单倍型的含量分析研究并以TA克隆结果进行验证,通过实验分析结果对不同步合成焦测序分析单倍型的方法作出总体评价。结果表明,不同步合成焦测序方法对于未知样本PCR产物的单倍型的种类及含量分析是成功的。本方法有望为研究者们提供可靠的、可同时定性定量分析的单倍型分析方法,为疾病与单倍型的关联分析作可选平台。(本文来源于《东南大学》期刊2017-02-28）
武海萍,刘云龙,童欢,马雪萍,卜莹[2]（2014）在《高灵敏焦测序结合生物发光分析仪检测甲型H1N1流感病毒》一文中研究指出目的:建立基于核酸序列分析的快速、准确、低成本的甲型H1N1流感病毒检测方法。方法:通过优化焦测序反应体系中ATP硫酸化酶和荧光素酶的浓度,建立高灵敏的焦测序反应体系;将该体系应用于低成本、小型化的便携式生物发光分析仪,焦测序分析流感病毒M、NP、HA基因片段的核酸序列。结果:优化后的焦测序反应体系可检测低至10 fmol的DNA样本,检测灵敏度较传统焦测序提高了10倍以上。对两例样本进行检测,根据所测得的M、NP、HA基因特异性片段序列,可以确认其均为甲型H1N1感染;另外,对M2蛋白阻断剂耐药性标志位点(S31N突变)的测定结果显示该病毒存在S31N突变,为M2蛋白阻断剂耐药型。结论:高灵敏焦测序体系结合便携式生物发光分析仪成功实现了对甲型H1N1流感病毒快速、准确的低成本检测。(本文来源于《现代生物医学进展》期刊2014年35期）
苗明珠,卢守莲,王珏,黄欢,周国华[3]（2013）在《杂合型SNP定量焦测序分析技术在唐氏综合征快速产前诊断中的应用研究》一文中研究指出目的:应用杂合型SNP定量焦测序分析技术进行唐氏综合征(DS)的快速产前诊断,并探讨其在临床应用中的可行性。方法:选取21号染色体PLAC4、COL6A2、COL6A1基因的rs1053315、rs818219、rs2839110、rs1042917、rs35548026、rs8130833这6个SNP位点进行研究。对10例正常人和5例DS患者的外周血样本的6个SNP位点进行检测,建立用于诊断DS的杂合型SNP等位基因比值阈值。然后根据建立的阈值,对40例产前诊断样本(35例羊水样本和5例脐带血样本)行定量焦测序分析检测,从而对其21号染色体的情况做出诊断,并用染色体核型分析法验证焦测序检测的结果。结果:(1)等位基因比阈值范围:1.0∶1.0~1.3∶1.0判断为21号染色体二倍体;1.6∶1.0~2.2∶1.0判断为DS;1.3∶1.0~1.6∶1.0或6个位点均为纯合则结果不能判断。(2)定量焦测序分析检测:27例为21号染色体二倍体胎儿;7例为DS胎儿;5例6个SNP位点均为纯合,结果不能判断;1例因PCR扩增失败,未检测出。检测结果均在6~8h内获得,且应用便携式焦测序仪1次可检测8个样本。(3)染色体核型分析检测:33例为21号染色体二倍体胎儿,7例为DS胎儿。(4)焦测序方法的检出率为85%(34/40),准确性为100%(34/34),其中具有杂合型SNP位点样本的检出率及准确性均为100%(34/34)。结论:采用杂合型SNP定量焦测序分析技术诊断DS,检测过程快速、简便、检出率高、准确性好,可应用于DS的临床快速产前诊断。(本文来源于《现代妇产科进展》期刊2013年09期）
苗明珠[4]（2011）在《杂合型单核苷酸多态性定量焦测序分析技术在唐氏综合征快速产前诊断中的应用研究》一文中研究指出研究背景唐氏综合征,也称21叁体综合征或先天愚型,是人类最常见的染色体异常引起的疾病,是先天性智力低下最常见的遗传因素。唐氏综合征患者最突出、最严重的临床表现是中到重度智力发育障碍,其在活产儿中的发病率为1/600-1/800,占全部妊娠的1/150。目前该病尚无有效治疗方法,患儿一旦出生,将会给家庭和社会带来沉重的经济和精神负担。因此,对该病进行产前诊断,预防其活产儿的出生有重要意义。染色体核型分析是目前诊断唐氏综合征的金标准,也是国际上诊断唐氏综合征采用的最主要方法。但是该方法操作繁琐,专业技术要求较高,因为需要细胞培养,诊断周期长,一般从样本采集到获得结果要2-3周,不适宜大规模开展。因此,许多学者提出了其他快速产前诊断唐氏综合征的方法,主要有荧光原位杂交,荧光定量PCR,基因定量分析等技术。虽然这些技术可以达到快速诊断的目的,但是同时又存在各自的缺陷,如成本、操作、设备等方面的局限性,难以普及应用。因此,有必要研究一种快速、简便、有效、经济的唐氏综合征产前诊断方法,用来降低其活产儿的出生,从而达到优生的目的。焦测序技术自1998年报道以来,已被广泛地应用于SNP检测、病原微生物的快速鉴定、基因甲基化分析等方面。而本实验室的焦测序技术已很成熟。目的应用杂合型SNP定量焦测序分析技术进行唐氏综合征的快速产前诊断,并探讨该方法在临床应用中的可行性。方法通过参考文献,选取21号染色体的PLAC4、COL6A2、COL6A1叁个基因上的rs1053315、rs818219、rs2839110、rs1042917、rs35548026、rs8130833这6个SNP位点进行研究。应用这6个SNP位点对10例正常人和5例唐氏综合征患者的外周血样本进行检测,以建立用于诊断唐氏综合征的杂合型SNP等位基因比值阈值。然后根据建立的阈值,对40例产前诊断样本(35例羊水样本和5例脐带血样本)进行定量焦测序分析检测,从而对其21号染色体情况做出诊断,并用染色体核型分析的方法对焦测序检测结果进行验证。结果(1)等位基因比阈值范围:1.0:1.0-1.3:1.0,判断为21号染色体二倍体;1.6:1.0-2.2:1.0,判断为唐氏综合征;1.3:1.0-1.6:1.0或6个位点均为纯合,则结果不能判断。(2)定量焦测序分析检测:27例为21号染色体二倍体胎儿,7例为唐氏综合征胎儿;5例6个SNP位点均为纯合,结果不能判断;1例因PCR扩增失败,未检测出。检测结果均在6-8小时内获得,且应用便携式焦测序仪一次可检测8个样本。(3)染色体核型分析检测:33例为21号染色体二倍体胎儿,7例为唐氏综合征胎儿。(4)焦测序方法的检出率为85%(34/40),准确性为100%(34/34),其中具有杂合型SNP位点样本的检出率及准确性均为100%(34/34)。结论采用杂合型SNP定量焦测序分析技术诊断唐氏综合征,检测过程快速、简便、检出率高、准确性好,可应用于唐氏综合征的临床快速产前诊断。(本文来源于《南京医科大学》期刊2011-04-01）
于韶荣,刘宝瑞[5]（2010）在《PNA-PCR/焦测序:一种敏感而简便的检测血浆中KRAS突变的方法》一文中研究指出目的:KRAS基因突变是肿瘤患者常见的一种基因突变之一,大约有80%的胰腺癌患者和40%的结直肠癌患者存在KRAS突变。近年来的多个Ⅱ期、Ⅲ期临床研究结果显示KRAS突变与结直肠癌患者使用EGFR单克隆抗体药物耐药有关:KRAS(本文来源于《2010’全国肿瘤分子标志及应用学术研讨会暨第五届中国中青年肿瘤专家论坛论文汇编》期刊2010-09-10）
刘夕群,朱术会,邹秉杰,马寅姣,周国华[6]（2010）在《叁酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用》一文中研究指出为了避免四酶焦测序体系中由于叁磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)造成的测序结果偏差,文章建立了一种定量性能好的无叁磷酸腺苷双磷酸酶的叁酶焦测序体系。方法是将生物素修饰的DNA模板、荧光素酶和ATP硫酸化酶固定在磁性微球表面进行焦测序反应,当加入一种dNTP进行焦测序反应完后,采用磁性分离技术,除去焦测序反应产生的ATP和剩余的dNTP,然后加入另一种dNTP进行测序,按同样的方法去除影响下一轮测序反应的成分,实现循环测序。此体系能准确判读待测DNA的碱基序列,且可定量测定单核苷酸序列多态性(SNP)中两种等位基因型的相对比值。文章成功检测了16例正常人和8例唐氏综合征患者样本中21号染色体上两个杂合率较高位点(rs1042917和rs4818219)的等位基因型比值,所得结果能够明确说明待测样本中来自于父方和母方的21号染色体数目是否相等。该法具有良好的定量性能,适合于SNP等位基因型的定量分析,可以用于唐氏综合征的快速检测。(本文来源于《遗传》期刊2010年05期）
朱术会,邹秉杰,武海萍,马寅姣,陈颖[7]（2010）在《热稳定生物素化荧光素酶的制备及其在焦测序中的应用》一文中研究指出新一代大规模焦测序技术需要稳定的可固定化的荧光素酶,为了制备热稳定性好且被生物素化的荧光素酶,本研究采用基因工程方法将生物素羧基载体蛋白C端87个氨基酸残基(BCCP87)与荧光素酶在大肠杆菌E.coli BL21(DE3)中进行融合表达,以实现菌体内直接表达生物素化的荧光素酶(BCCP-LUC);并对北美萤火虫(Photinus pyralis)荧光素酶基因进行了定点突变以增强其热稳定性;用链亲和素包被的磁珠对重组融合蛋白进行固定化,用于焦测序。实验结果表明:突变后的荧光素酶在50℃环境中仍具有活性;在43℃下10min活性保留大于80%,热稳定性明显增强。Western blot分析结果表明,荧光素酶能够在大肠杆菌内生物素化。用链亲和素包被的磁珠结合BCCP-LUC后具有较高活性(2.1×105RLU/μL Beads),经过多次洗涤活性无明显下降。采用微球固定的荧光素酶以及ATP硫酸化酶成功的进行了DNA序列的测定且定量准确,表明固定化的荧光素酶可以应用于焦测序中,为建立高通量大规模芯片焦测序技术提供有效、稳定的工具酶。(本文来源于《分析化学》期刊2010年04期）
刘夕群[8]（2009）在《定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用研究》一文中研究指出唐氏综合征是新生儿最常见的染色体疾病,以严重先天性智力低下为主要表型特征。此病给社会,家庭带来沉重的精神和经济负担。因此有必要建立一种有效的,经济的,简便的产前诊断方法,用来降低其活产儿的出生率,从而达到优生的目的。正是基于这一目的,本论文建立了一种利用定量焦测序技术检测孕妇血浆中胎盘特异性RNA上的杂合型SNP来实现对唐氏综合征产前无创诊断的方法。通过参考文献,选取了PLAC4,COL6A2,COL6A1叁个胎盘特异性mRNA。利用改进的等位基因特异性PCR法筛选这叁个mRNA上的杂合型SNP,通过对84例正常中国人基因组样本进行筛查,最后选出6个SNP位点,分别为PLAC4 mRNA上的rs8130833,rs4818219, COL6A2 mRNA上的rs 2839110,rs1042917,rs35548026和COL6A1 mRNA上的rs1053315。6个SNP位点的杂合子覆盖率达到92.9 %。运用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,仅有1例未检出杂合子,检出率为90 %,准确率为100 %。为了证明所选择的mRNA在同源染色体上是同步且同效率转录,以20例正常胎儿胎盘组织DNA和RNA为样本,用等位基因特异性PCR法和焦测序法分别对rs4818219,rs1042917和rs1053315位点做了检测,结果表明这3个位点在DNA上的基因型与在RNA上的基因型完全一致,且RNA上杂合型SNP两个基因型比例均为1:1,由此可以推断所选择的mRNA在两条同源染色体上是同步且同效率转录的。用焦测序检测了15例正常孕妇血浆RNA-SNP以及全血DNA-SNP,结果rs8130833,rs4818219(位于PLAC4基因上),rs1042917,rs35548026(位于COL6A2基因上)四个SNP位点均检测到全血DNA-SNP(代表母亲的基因型)为纯合型而血浆RNA-SNP(代表胎儿基因型)为杂合型的样本,且杂合型RNA-SNP两个基因型比值为1:1,由此证明PLAC4和COL6A2基因在血浆中是胎儿特异性的。由于所做的孕妇血浆样品量较少,针对rs1053315和rs 2839110位点,暂未找到胎儿为杂合型的样品。以上的研究为定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用奠定了一定的基础。(本文来源于《南京医科大学》期刊2009-05-01）
陈之遥,周国华[9]（2008）在《焦测序技术的研究进展》一文中研究指出焦测序技术是一种实时DNA测序技术。它在DNA聚合酶、叁磷酸腺苷硫酸化酶、荧光素酶和叁磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下,将焦磷酸转化为等量的荧光信号,通过荧光信号的高低实时检测待测序列,操作简便,可实现高通量、自动化测定,检测不需要电泳,不需要对样品标记和染色,结果准确可靠重复性好。本文综述了焦测序技术的基本原理、历史及其在测序模板制备技术、反应体系和检测仪器叁个方面的最新进展,并重点介绍制备单链的Late-PCR技术、高灵敏度反应体系的获得以及454公司超高通量测序技术,并对焦测序技术的发展做了展望。(本文来源于《现代生物医学进展》期刊2008年08期）
汪维鹏,武海萍,周国华[10]（2008）在《焦测序法检测禽流感病毒》一文中研究指出以焦测序技术为检测平台,在研究禽流感病毒基因特性的基础上,建立一种检测禽流感病毒及确定其是否为高致病性禽流感病毒的序列测定法。首先,选择一段保守的M基因序列及一段包含裂解位点的HA基因序列为研究对象,采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增技术初步判断其是否为禽流感病毒及病毒亚型;然后采用焦测序法检测目的片段序列;最后,对焦测序法检测序列进行分析,从基因序列上判断其是否为禽流感病毒,并进一步判断病毒的亚型以及是否为高致病性禽流感病毒。研究结果表明,当焦测序反应中叁磷酸酰苷双磷酸酶(Apyrase)的浓度为1.6U/mL时,能有效抑制错误信号的产生;当Klenow的浓度为90U/mL时,可读序列长度为33个碱基。采用优化的焦测序反应体系测定了4个样本,其中1个样本被判断为H5N1亚型禽流感病毒,具有潜在的高致病性;另外3个样本为H9N2型禽流感病毒,具有低致病性。本方法具有准确、快速和实时检测等优点。(本文来源于《分析化学》期刊2008年06期）
焦测序论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:建立基于核酸序列分析的快速、准确、低成本的甲型H1N1流感病毒检测方法。方法:通过优化焦测序反应体系中ATP硫酸化酶和荧光素酶的浓度,建立高灵敏的焦测序反应体系;将该体系应用于低成本、小型化的便携式生物发光分析仪,焦测序分析流感病毒M、NP、HA基因片段的核酸序列。结果:优化后的焦测序反应体系可检测低至10 fmol的DNA样本,检测灵敏度较传统焦测序提高了10倍以上。对两例样本进行检测,根据所测得的M、NP、HA基因特异性片段序列,可以确认其均为甲型H1N1感染;另外,对M2蛋白阻断剂耐药性标志位点(S31N突变)的测定结果显示该病毒存在S31N突变,为M2蛋白阻断剂耐药型。结论:高灵敏焦测序体系结合便携式生物发光分析仪成功实现了对甲型H1N1流感病毒快速、准确的低成本检测。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
焦测序论文参考文献
[1].潘荣芳.不同步合成焦测序分析单倍型的研究[D].东南大学.2017
[2].武海萍,刘云龙,童欢,马雪萍,卜莹.高灵敏焦测序结合生物发光分析仪检测甲型H1N1流感病毒[J].现代生物医学进展.2014
[3].苗明珠,卢守莲,王珏,黄欢,周国华.杂合型SNP定量焦测序分析技术在唐氏综合征快速产前诊断中的应用研究[J].现代妇产科进展.2013
[4].苗明珠.杂合型单核苷酸多态性定量焦测序分析技术在唐氏综合征快速产前诊断中的应用研究[D].南京医科大学.2011
[5].于韶荣,刘宝瑞.PNA-PCR/焦测序:一种敏感而简便的检测血浆中KRAS突变的方法[C].2010’全国肿瘤分子标志及应用学术研讨会暨第五届中国中青年肿瘤专家论坛论文汇编.2010
[6].刘夕群,朱术会,邹秉杰,马寅姣,周国华.叁酶焦测序体系的建立及其在唐氏综合征快速诊断中的应用[J].遗传.2010
[7].朱术会,邹秉杰,武海萍,马寅姣,陈颖.热稳定生物素化荧光素酶的制备及其在焦测序中的应用[J].分析化学.2010
[8].刘夕群.定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用研究[D].南京医科大学.2009
[9].陈之遥,周国华.焦测序技术的研究进展[J].现代生物医学进展.2008
[10].汪维鹏,武海萍,周国华.焦测序法检测禽流感病毒[J].分析化学.2008