导读:本文包含了线粒体全序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:鞘翅目,象甲科,枣食芽象甲,近缘种
线粒体全序列论文文献综述
张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰[1]（2019）在《枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析》一文中研究指出【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年11期）
王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真[2]（2019）在《云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析》一文中研究指出[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。(本文来源于《林业科学研究》期刊2019年05期）
尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃[3]（2019）在《基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性》一文中研究指出为进一步了解我国绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传变异情况和分类情况,采用PCR技术扩增绵羊痒螨(兔亚种)虫株的线粒体ATP6基因全序列,并分析所得序列,旨在探讨中国华北、华东、华中、西北、西南地区绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传多样性和种群结构。本研究成功获得88条序列,长度均为672 bp,包含41个单倍型,表现出较高的遗传多样性(π=0.014 94)和单倍型多样性(Hd=0.925 81),且以种群内部的遗传变异为主(97.92%)。进一步分析发现,5个种群间遗传分化程度较弱(F_(st)=0.020 81),基因交流频繁(Nm=11.763 5),中性检验值(Tajima's D=0.937 98,Fu's Fs=0.522 06)为不显着的正值,结合错配分布曲线呈现多峰,表明我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中比较稳定,无种群扩张事件。从单倍型网络图和NJ树可知,中国绵羊痒螨(兔亚种)没有形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。中国绵羊痒螨(兔亚种)种群遗传多样性高,但种群间无明显分化,未形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2019年08期）
李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林[4]（2019）在《基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系》一文中研究指出为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年05期）
赵亚男[5]（2019）在《甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析》一文中研究指出目的:探讨甜果螨(Carpoglyphus lactis)的饲养条件并对甜果螨进行纯培养,扩大甜果螨的样本量,保证后续实验顺利进行;测定甜果螨线粒体基因组全序列,完成全序列的注释和分析,并与部分无气门亚目螨类线粒体基因组进行比较分析。方法:(1)采集干果商店的储藏干果,分离其中孳生的粉螨。(2)制备3种不同配方的甜果螨饲养料,各挑入上述分离所得的200只甜果螨,于同一人工气候箱内进行人工饲养,4周后统计甜果螨增殖倍数。选择其中1种饲养料,设置33种温湿度条件,观察每种温湿度条件下甜果螨雌成螨6天时存活率及6天日均产卵量。(3)将上述饲养所得的甜果螨,用传统的酚氯仿抽提法和试剂盒提取法提取甜果螨基因组DNA,采用节肢动物和螨类线粒体基因的通用引物,PCR扩增出线粒体cox1、cob、rrnS和nad4-nad5目的基因的部分序列,克隆纯化后送至生物公司进行双向测序,得到目的基因序列,再分别设计种特异性上、下游引物进行Long-PCR扩增和步移法测序,直至测出线粒体基因组全序列。应用Seqman、SEQUIN 9.0、tRNAscan等生物信息学软件,对甜果螨线粒体基因组的基因结构和排列、碱基含量、PCGs基因、密码子的使用、核糖体RNA基因、转运RNA基因和非编码基因进行注释及二级结构的预测分析。最后与GenBank数据库中其他已测的4种无气门亚目螨线粒体基因组全序列进行无气门亚目螨类线粒体基因组的比较分析。结果:(1)从61种储藏干果样本中共分离出粉螨19种,隶属于6科16属,孳生的干果种类最多的螨种为甜果螨,其次为害嗜鳞螨、家食甜螨和腐食酪螨。(2)培养4周后,3种不同配方饲养料中甜果螨的平均孳生密度分别为5598.62只/g、2013.15只/g、411.23只/g,增殖倍数分别约为1400倍、500倍、100倍。甜果螨雌成螨在相对湿度低于66%水平时,各温度梯度下的存活率皆为0,在15~35℃,湿度与甜果螨存活率和日均产卵量呈正相关性。(3)甜果螨(C.lactis)线粒体基因组总长为14060bp,为典型的闭合双链DNA分子,共由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因,甜果螨线粒体基因组还包括1个最大的非编码区(large non-coding region,LNR)。与粉螨科的椭圆食粉螨和伯氏嗜木螨以及麦食螨科的粉尘螨和屋尘螨比对分析发现,果螨科的甜果螨线粒体基因组没有出现基因的缺失与重排,基因排序与上述4种螨完全一致。结论:(1)本研究筛选出了快速培养甜果螨的适宜配方,探究了甜果螨纯培养的实验室条件,为粉螨的饲养提供了参考,也为干果储藏及粉螨防治提供了依据。(2)本研究获得并注释分析了甜果螨线粒体基因组全序列,是果螨科螨类线粒体基因组全序列的首次报道。为推进无气门亚目物种线粒体基因组的测序与注释以及无气门亚目分子系统学的发展积累了资料。(本文来源于《皖南医学院》期刊2019-05-01）
张耀刚,马艳艳,曹得萍,姜博璠,樊海宁[6]（2019）在《棘球属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析》一文中研究指出目的利用生物信息学技术分析棘球属绦虫线粒体基因组全序列碱基组成、基因的结构组成及排列、蛋白基因核苷酸序列变异位点、密码子使用情况及偏好性、系统发育等,为研究棘球绦虫系统起源、演化、分类及亲缘关系等提供理论基础。方法从GenBank数据库下载12种棘球属绦虫线mtDNA全序列,并以猪带绦虫作为外类群,构建系统发育树。利用OGDRAW在线分析网站及Vector NTI Express软件,分析mtDNA的组成及排列情况。用Clust-X软件对多个相似序列进行多重序列比对分析;使用Mega4.0软件选择邻接法构建进化树,并分析密码子使用情况;利用RNAfold在线预测网站使用minimum free energy (MFE) and partition function算法预测l-rRNA和s-rRNA二级结构。结果除Eg G1外,棘球绦虫属mtDNA有36个编码基因,包括22个转运RNA基因、12个蛋白基因、2个核糖体RNA基因;但Eg G1 mtDNA最小,只有30个编码基因,在起始编码区缺少6个编码转运RNA的基因,且第一个编码基因不是ND5,而是COX3;编码蛋白的基因核苷酸序列变异率为27.9%～42.7%,其中COX1最为保守,ND5变异率最大达到42.7%;棘球属绦虫线粒体蛋白质编码基因起始密码子除atg,也有一些蛋白质以gtg作为起始密码子,终止密码子以taa和tag常见,但也有以ttt作为终止密码子的;棘球绦虫属使用的密码子为密码表9,使用频率最高的密码子是UUG(2.72%),频率最低的是CUC(1%)、CGC(1%),编码亮氨酸、精氨酸的密码子最多达6个,编码甲硫氨酸、色氨酸最少只有一个,亮氨酸也是棘球属绦虫最偏好的氨基酸达到6%;棘球属绦虫核糖体基因有两个长度大小分别为977～985 bp、700～727 bp,两个基因的位置十分靠近中间只隔一个trnC基因;系统进化树中Ev、Eo单独为一枝,Em、Es及Eg G1、Ef形成姐妹枝,细粒棘球绦虫G4、G5、G6、G7、G8、G10亚型聚为一枝,进化距离较近。结论本研究将为棘球属绦虫mtDNA的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并为种系鉴定起到一定的指导作用。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2019年03期）
李燕方,古江,袁媛,谢跃,赖为民[7]（2018）在《基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性》一文中研究指出为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显着(P<0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。(本文来源于《畜牧兽医学报》期刊2018年11期）
刘树虎,王德萍,伊力哈木·乃扎木,多力坤·买买提玉素甫[8]（2018）在《线粒体DNA基因组全序列揭示克里雅人母系遗传结构》一文中研究指出目的:探知克里雅人线粒体DNA(mtDNA)遗传结构和遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库。方法:运用二代测序技术对70个来自达里雅布依的克里雅人mtDNA基因组全序列进行了测序和分型。结果:70个个体共检出变异位点256处,控制区变异位点71处,编码区变异位点185,其中多态性位点245处。A263G、A750G、A4769G、A8860G、A15326G5个位点变异率为100%。界定了20种单倍型,高频率单倍型有F1a1(15.7%)、M8a2a1(12.9%)、H1t(11.4%)、M11a2(10.0%)。主成分分析结果表明:克里雅人与维吾尔族相聚的最近,与藏族和壮族相离较远,且中亚各人群相聚的较近。多态性指标显示,克里雅人π=0.1827、HD=0.9264、DP=0.9132,遗传多样性丰富。人群邻接系统进化树结果揭示,克里雅人与新疆维吾尔族人群亲缘关系最近,与藏族人群亲缘关系远。结论:克里雅人mtDNA遗传结构与维吾尔族人群最接近、亲缘关系最近,具有明显的亚欧混合现象。这与丝绸之路贸易的兴起昌盛衰落伴随着人群交流密不可分,是人群长期基因融合的结果。(本文来源于《解剖学杂志》期刊2018年05期）
孙恩涛,杨邦和,陶香林,叶长江,李朝品[9]（2018）在《伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列测定研究》一文中研究指出目的:测定并分析伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列。方法:采用长片段PCR扩增和引物步移法测序。结果:伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列为14 273 bp,为闭合环状分子,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA。tRNA长度47～63 bp,平均(53.6±3.49) bp,仅trn K能折迭形成叁叶草结构,其余均为缺乏T-臂或D-臂的非典型结构;最大的非编码区LNR位于trn F和trn S1之间,长341 bp,有1段类似微卫星的重复序列(AT) n和多个能稳定形成茎环的二级结构。结论:获得了伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列。(本文来源于《皖南医学院学报》期刊2018年05期）
李燕方,古江,尹潇潇,谢跃,杨光友[10]（2018）在《我国绵羊痒螨(兔亚种)线粒体ATP6基因全序列的种群遗传多样性》一文中研究指出为了解我国痒螨种群的遗传多样性特点,我们采用PCR扩增测序我国5个地区88个绵羊痒螨(兔亚种)分离株的线粒体ATP6基因全序列,并进行遗传多样性分析。共得到88条ATP6基因全序列,序列全长均为672bp,存在41个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.92581和0.01494;遗传变异主要发生在绵羊痒螨(兔亚种)种群的内部(97.92%);我国绵羊痒螨(兔亚种)各地理种群间存在一定的遗传分化(Fst=0.02081),种群间基因交流较为频繁(Nm=11.7635);中性检验结果都为不显着的正值。结合错配分布曲线呈现多峰,暗示我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中没有发生过种群扩张;单倍型网络图和NJ树可知我国绵羊痒螨(兔亚种)种群并未形成以地理分布、兔品种、温度带划分的遗传结构。(本文来源于《第十一届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会摘要集》期刊2018-08-10）
线粒体全序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
线粒体全序列论文参考文献
[1].张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰.枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析[J].昆虫学报.2019
[2].王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真.云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析[J].林业科学研究.2019
[3].尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃.基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J].浙江农业学报.2019
[4].李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林.基于线粒体DNAD-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系[J].中国畜牧兽医.2019
[5].赵亚男.甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析[D].皖南医学院.2019
[6].张耀刚,马艳艳,曹得萍,姜博璠,樊海宁.棘球属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析[J].中国人兽共患病学报.2019
[7].李燕方,古江,袁媛,谢跃,赖为民.基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J].畜牧兽医学报.2018
[8].刘树虎,王德萍,伊力哈木·乃扎木,多力坤·买买提玉素甫.线粒体DNA基因组全序列揭示克里雅人母系遗传结构[J].解剖学杂志.2018
[9].孙恩涛,杨邦和,陶香林,叶长江,李朝品.伯氏嗜木螨线粒体基因组全序列测定研究[J].皖南医学院学报.2018
[10].李燕方,古江,尹潇潇,谢跃,杨光友.我国绵羊痒螨(兔亚种)线粒体ATP6基因全序列的种群遗传多样性[C].第十一届全国寄生虫学青年工作者学术研讨会摘要集.2018