本文主要研究内容
作者耿广东,陈立杰,张素勤（2019）在《基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发》一文中研究指出：为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237 773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1 279 534～8 460 233,测序质量值Q30范围为92.61%～94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%～47.18%。共开发1 656 258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2 690 638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283 376个高一致性的群体SNP标记。
Abstract
wei gei gu cha shu wei chuan tu pu gou jian 、fen zi fu zhu yo chong he wu chong jin hua deng yan jiu di gong can kao ,yi 48fen gui zhou gu cha shu chong zhi wei yan jiu dui xiang ,li yong SLAF-seqji shu ,huo qu da liang duo tai xing SLAFbiao qian ,jin er kai fa yi pi te yi xing jiang 、wen ding xing gao de chan he gan suan duo tai xing (SNP)wei dian 。jie guo biao ming ,li yong mi hou tao can kao ji yin zu jin hang dian zi mei qie yu ce ,shua ze HaeIIImei jin hang mei qie ,de dao 237 773ge SLAFbiao qian ,ji shuang duan bi dui xiao lv wei 91.40%,mei qie xiao lv wei 96.41%,shui ming SLAFjian ku zheng chang 。ce xu hou ge yang pin suo huo de de dou chang shu wei 1 279 534～8 460 233,ce xu zhi liang zhi Q30fan wei wei 92.61%～94.88%,jun zhi wei 93.84%,ce xu huo de de GCbi li wei 43.52%～47.18%。gong kai fa 1 656 258ge gu cha shu SLAFbiao qian ,yang pin de ping jun ce xu shen du wei 24.21×,ji zhong duo tai xing SLAFbiao qian you 462897ge ,gen ju suo huo de de duo tai xing SLAFbiao qian lai tong ji SNPwei dian xin xi ,gong de dao 2 690 638ge qun ti SNPbiao ji ,gen ju wan zheng du da yu 0.8ju ci yao ji yin pin lv (MAF)da yu 0.05de biao zhun jin hang guo lv ,de dao 283 376ge gao yi zhi xing de qun ti SNPbiao ji 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自经济林研究的耿广东,陈立杰,张素勤，发表于刊物经济林研究2019年02期论文，是一篇关于古茶树论文,位点论文,高通量测序论文,分子标记论文,经济林研究2019年02期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自经济林研究2019年02期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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