导读:本文包含了功能驱动筛选论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:生物信息学应用,计算机科学,数据挖掘,肿瘤驱动基因
功能驱动筛选论文文献综述
彭羿达,王新慧,葛琳娜,姜珊珊,彭畅[1]（2019）在《应用生物信息学鉴定无功能型垂体瘤驱动基因及特效药物筛选》一文中研究指出目的通过无功能型垂体瘤(NFPA)致病驱动基因的鉴定以及药物的筛选验证,为生物信息学在自然科学领域的应用提供思路。方法基于基因表达微阵列芯片数据进行差异表达基因的分析。采用富集度分析(GO分析)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析以及蛋白质互作用网络(PPI)关系构建的方法,探究差异表达基因富集的生物学功能,鉴定出NFPA核心驱动基因。同时采用CCK-8、克隆形成、体外划痕以及流式测细胞凋亡等实验方法验证药物药效。结果 CALM1、PRDM10和RIPK4是原代人垂体无功能腺瘤(NFPA)致病驱动基因,STO-609可以作为抗NFPA的潜在治疗药物。此外,NFPA很可能多方面与帕金森病密切相关。结论基于计算机技术,应用生物信息学方法可进行肿瘤驱动基因的筛选,依据核心基因能够进行治疗靶点的设计以及药物药效的验证。将生物信息学手段应用于生命科学领域的研究意义重大,且切实可行。(本文来源于《脑与神经疾病杂志》期刊2019年07期）
谢俞宁,仵红娇,杨振邦,高慧,侯俊志[2]（2019）在《食管癌甲基化驱动基因的筛选、功能及调控通路分析》一文中研究指出目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据。R语言Methyl Mix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以|DM值|>0、|相关系数(Cor)|>0. 3为截断值筛选甲基化驱动基因。使用在线分析软件DAVID 6. 8(https://david. ncifcrf. gov/)对食管癌甲基化驱动基因进行基因本体(GO)功能富集分析。使用在线数据库KOBAS 3. 0(http://kobas. cbi. pku. edu. cn/)对食管癌甲基化驱动基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果筛选得到88个食管癌甲基化驱动基因,其中74(84. 1%)个为高甲基化驱动基因,14个为低甲基化驱动基因。最可能发生甲基化的食管癌甲基化驱动基因有Makorin环指蛋白3(MKRN3)基因、人Fermitin家族同系物3(FERMT3)基因、含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)基因等。在分子功能层面,食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合、转录因子活性、序列特异性、核酸结合;在生物学过程层面,食管癌甲基化驱动基因影响了转录调控、DNA模板化;在细胞成分层面,食管癌甲基化驱动基因影响了核组分、胞内组分。锌指蛋白家族如ZNF582、ZNF69、ZKSCAN7、ZNF583、ZNF568、ZNF454、ZNF790、ZNF880等和SOX1基因被富集在了多个GO中。食管癌甲基化驱动基因主要参与了乙醛酸和二羧酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,碳代谢通路及谷胱甘肽代谢通路的调控。结论食管癌甲基化驱动基因有88个,以高甲基化驱动基因为主;最可能发生甲基化调控的食管癌甲基化驱动基因有MKRN3基因、FERMT3基因、VSIG2基因等;食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合等分子功能,转录调控、DNA模板化等生物学过程,核组分、胞内组分等细胞成分;食管癌甲基化驱动基因主要调控代谢相关的多个通路。(本文来源于《山东医药》期刊2019年12期）
功能驱动筛选论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析。方法搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组。使用R语言Methyl Mix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据。R语言Methyl Mix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以|DM值|>0、|相关系数(Cor)|>0. 3为截断值筛选甲基化驱动基因。使用在线分析软件DAVID 6. 8(https://david. ncifcrf. gov/)对食管癌甲基化驱动基因进行基因本体(GO)功能富集分析。使用在线数据库KOBAS 3. 0(http://kobas. cbi. pku. edu. cn/)对食管癌甲基化驱动基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果筛选得到88个食管癌甲基化驱动基因,其中74(84. 1%)个为高甲基化驱动基因,14个为低甲基化驱动基因。最可能发生甲基化的食管癌甲基化驱动基因有Makorin环指蛋白3(MKRN3)基因、人Fermitin家族同系物3(FERMT3)基因、含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)基因等。在分子功能层面,食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合、转录因子活性、序列特异性、核酸结合;在生物学过程层面,食管癌甲基化驱动基因影响了转录调控、DNA模板化;在细胞成分层面,食管癌甲基化驱动基因影响了核组分、胞内组分。锌指蛋白家族如ZNF582、ZNF69、ZKSCAN7、ZNF583、ZNF568、ZNF454、ZNF790、ZNF880等和SOX1基因被富集在了多个GO中。食管癌甲基化驱动基因主要参与了乙醛酸和二羧酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,碳代谢通路及谷胱甘肽代谢通路的调控。结论食管癌甲基化驱动基因有88个,以高甲基化驱动基因为主;最可能发生甲基化调控的食管癌甲基化驱动基因有MKRN3基因、FERMT3基因、VSIG2基因等;食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合等分子功能,转录调控、DNA模板化等生物学过程,核组分、胞内组分等细胞成分;食管癌甲基化驱动基因主要调控代谢相关的多个通路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
功能驱动筛选论文参考文献
[1].彭羿达,王新慧,葛琳娜,姜珊珊,彭畅.应用生物信息学鉴定无功能型垂体瘤驱动基因及特效药物筛选[J].脑与神经疾病杂志.2019
[2].谢俞宁,仵红娇,杨振邦,高慧,侯俊志.食管癌甲基化驱动基因的筛选、功能及调控通路分析[J].山东医药.2019